2PSVA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with carb-kb45
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Design of Mutation-resistant HIV Protease Inhibitors with the Substrate Envelope Hypothesis.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2psvA00
4UPJA 4RYGA 4QJ8A 5OZ6A 5P5QA 1YG9A 5P4TA 4ER2E 4PHVA 2FDDA 5P5GA 3VYEA 2AVMA 4YD6A 1A94A 3D91A 3BUGA 4R8YA 3K4VC 4J1CA 3R2FA 3OXVA 3OAGA 4YBFA 3T7QA 5P0XA 5P16A 3LZUA 4RVIA 3DV1A 5P28A 3OQAA 1SMRA 2B60A 1PSOE 2P8HA 5P7XA 2NNPA 5KAOA 2P83A 2ZJHA 1MERA 1HPVA 3UPJA 3OOZA 4Q1XA 4QLHA 3SA4A 5OZZA 3Q4BA 2XFKA 3JVYA 1Z8CA 4NJTA 1VIJA 4B77A 3IVHA 3LIZA 5HD0A 4Y45A 1FQ7A 5OYZA 3OUBA 4YBIA 5P42A 3SA9A 4EWOA 1FMBA 2R43A 1BWBA 4J55A 2P3CA 5P0MA 1DMPA 1EBYA 2RKGA 5OZ1A 5P8FA 2XFJA 5P0FA 5P63A 5KQXA 5P26A 5SY3A 4Z2ZA 3LIXA 1BDLA 1D4LA 2NTRA 5P3KA 5P4BA 3ZPSA 3BUFA 2I0AA 3EKVA 3KA2A 3S7MA 3LNKA 4R95A 5P4YA 5P2UA 2I4UA 1HOSA 1BILA 4I0FA 5IE1A 4BEKA 3QN8A 5P34A 9HVPA 5P2KA 1AJXA 1XN2A 1UPJA 3OUDA 4F76A 1ME6A 5P6UA 5P2CA 5P6EA 4ZPEA 5P5EA 3SA3A 2QD7A 5P0IA 4JECA 3PM4A 2J9JA 2BPYA 5ER1E 2OHRA 1HEGE 5P79A 3SA7A 3GI6A 4I0GA 5P00A 1LS5A 3L5DA 3GI5A 5P1PA 1SGUA 1OEXA 3HVPA 1QBUA 5P2TA 5OZUA 4GYEA 1HVIA 4Z22A 4CKUA 5P10A 3EL0A 4ZPGA 5P13A 1SBGA 5P1OA 5P27A 4DUSA 3L38A 1HWRA 1K6CA 3DUYA 5P0BA 3S54A 2Z54A 4X7IA 5P83A 4J0ZA 3LPJA 5OZ2A 3LPKA 5OZMA 2CENA 3ST5A 5FIVA 5OZGA 3U7SA 4B70A 2V12C 5P20A 4DQGA 4I0EA 5P2AA 3UDHA 5P0UA 1D4IA 2NMZA 4GB2A 1A8GA 5P08A 4DVFA 3OTYA 1RL8A 2FNTA 5C9BA 3QROA 3FV3A 3WZ7A 1TQFA 1QBSA 3OQDA 3K5CA 1IDBA 1ODXA 1YM4A 3ECGA 4DPIA 2FMBA 4Y5AA 5IVRA 4FSEA 2WEDA 2FIVA 5P8NA 3PBZA 3S7LA 5P6RA 5P5UA 1YTJA 5P2FA 3SACA 4JOOA 5P4FA 3D1ZA 5P7IA 5P0GA 5AH7A 4FRJA 2WF0A 2VIZA 3UDJA 5OZ7A 5P3MA 5P7JA 3T7PA 5P1DA 2QZWA 4HA5A 2QI7A 3HDKA 4J5JA 5OZPA 5P22A 1B6KA 3VUCA 4J1FA 3VLAA 2HB3A 2JYSA 1HXWA 1HIVA 1APTE 5OYTA 4D88A 3O9BA 1EPPE 5HDZA 5P6QA 5P5RA 4I0IA 2QI5A 5P1KA 5JG1A 3NDUA 2IRZA 2QP8A 4H3GA 1GVXA 1EPNE 3OXXA 5OZKA 5P3HA 2P3DA 4Q1YA 2ER9E 5OZ8A 1SIVA 4EYRA 4A6BA 1A30A 1B6JA 4Y4AA 4DJVA 2AOCA 2B7FA 2HC0A 1HPSA 4Q1WA 3M9FA 3TTPA 5P82A 3OHFA 5P5CA 4GJ6A 5P0TA 1IZHA 4FRSA 3UDQA 3FSMA 5P0QA 5I3VA 4ZSRA 1K1TA 2VA5A 4IVTA 1MRWA 4LL3A 3L3AA 5OZ4A 5OZSA 1TSQA 1B5FB 2AVSA 4NJSA 5P4GA 1FIVA 5P2QA 5P56A 5OZ9A 3I7EA 5P5VA 4Y3QA 2FGUA 1ZBGA 3MSLA 1B6PA 1HVSA 2AZ8A 3JW2A 3R0YA 3VCMA 1RV7A 5COOA 4NPUA 2AOEA 2SAMA 2AODA 5P64A 3N3IA 5P02A 3BVAA 3O9FA 4OC6B 3EL4A 1ZSRA 3ER3E 4RCDA 3MXDA 1NSOA 2ZGAA 2QMPA 4Y36A 3QVIA 4AA8A 4EP3A 3OU3A 1LYAA 4Y44A 3CIBA 5P7BA 1M0BA 1MT8A 1TCXA 4PEPA 2G1SA 3O9CA 3NDTA 4APRE 3PWWA 1ZPAA 3UFNA 5P6CA 3OQ7A 2QD6A 2IKOA 1BXQA 3Q70A 5P30A 4J54A 1C6XA 3OADB 5OZ3A 5P7HA 3N4LA 4MC6A 1EC1A 2VIJA 5P33A 3INDA 4RROA 2ZJKA 3O99A 3IA9A 3KM4A 1D4SA 5P3ZA 3QIHA 1T7JA 4Y37A 1BVGA 4FRIA 5DR4A 4CMSA 4Y3ZA 3LIQA 3CIDA 2ER0E 2G20A 3L59A 4YDFA 4GJCA 5SY2A 1T7KA 1FQ4A 1SIPA 1MSMA 4DV9A 2ER6E 2R3TA 1PPLE 4NJVA 5P03A 1QBTA 1T6EX 5P4XA 5P71A 1HVCA 3WB5A 1EBKC 5DPZA 2HS2A 2R5QA 1HPOA 5P54A 4J0YA 2B7ZA 3UFLA 3K5FA 5P8UA 1SDVA 5F00A 4OBZA 7HVPA 5P8CA 5P1JA 1QS8A 5P3CA 3VSXA 2IEOA 2V00A 2AVOA 1UH7A 4GJBA 5P06A 5P1XA 3DK1A 2AQUA 3VYDA 5P1NA 2QAKA 3KFNA 5DQ4A 5OZCA 4LHHA 3TPPA 3UQWA 5P6DA 4BFDA 5P32A 4F75A 2VIYA 1HXBA 1GKTA 5P1RA 4DPFA 5P0KA 2ZHRA 1K2CA 3UHLA 3OAGB 5P68A 4F73A 4B1DA 4LC7A 3G6ZA 3NDXA 1B6MA 1EBZA 5C9DA 5P88A 4GIDA 3TOFA 5T4SA 4EQ0A 2VKMA 3EKQA 3ZLQA 1E80E 5OZ5A 2VA7A 4YDGA 1A8KA 5P6IA 3Q5HA 4L7GA 5P1AA 3TPLA 1ODYA 2ZDZA 4DJYA 8HVPA 3T6IA 2VS2A 3ZKMA 1LV1A 2XYEA 3JVWA 2AVQA 3OXCA 3EKWA 3LIYA 2P3AA 4RLDA 3BHEA 4B0QA 3MSKA 5P3BA 4K8SA 3UQXA 3PGIA 5P5JA 3EXOA 5P2OA 1MESA 1ENTE 3I2LA 4K4RA 1MVPA 2NNKA 4K9HA 5P3RA 5P61A 3KT2A 5P2JA 5AH9A 1ODWA 5AGZA 5P57A 3ZMGA 5P4UA 1FQ8A 4J17A 2QU3A 5P7ZA 5P47A 5P1FA 1F34A 2FDPA 1XE5A 4NKKA 5F01A 1QDMA 5DQ2A 1T7IA 4J0PA 4B05A 1DW6C 2BB9A 3EC0A 4GJ7A 5P38A 5BRYA 3OUDB 5P8AA 1ZAPA 5P7CA 3H5BA 3PI0A 2R5PA 4OBKA 3T3CA 4YD7A 5P6FA 2F81A 2PH8A 3CKPA 2J9JB 5P07A 3RSXA 5P7LA 3HW1A 3VYFA 5P1WA 5P5AA 2PC0A 2OHLA 4Y35A 3EL9A 4Y4TA 4AA9A 2V10C 3B7VA 3HZCA 1EPRE 5P31A 4KB9A 1PFZA 4A6CA 2ASIA 5P0PA 4Y3MA 3NDWA 1KJ4A 4XXSA 5HU0A 4WY1A 5OYRA 4Y54A 5KQZA 4YD3A 3QBHA 4CPWA 5P4VA 4Y3GA 2V13A 3TL9A 2QK5A 4L7JA 3CICA 3SQFA 3TH9A 1HVRA 3BGBA 1YT9A 2Z4OA 3CKTA 2WF4A 1HHPA 5DGWA 5P04A 5OZFA 5P3NA 3RTNA 4EJDA 1FLHA 2IGYA 1FF0C 3RSVA 4FS4A 4DQBA 3QRMA 5P2NA 3MXEA 4ZSMA 2NXMA 2QU2A 4EP2A 1HVJA 4B1EA 2F3FA 3NUJA 1MTRA 1GVTA 4Y3JA 3S43A 1BWAA 3OU1A 4CPQA 4ER1E 5P0ZA 1RQ9A 5OYWA 4EPJA 1APVE 4RZ1A 4M8YA 4LXAA 5P5DA 1FGCC 2ZHUA 4Y3FA 2R3WA 4YHQA 2QHYA 4EJ8A 3B80A 5P8QA 3PWRA 5P58A 5P70A 2WF2A 5OYXA 5KQFA 3FNTA 4Y5CA 5OZWA 1FQXA 3IXJA 4I8ZA 3PMYA 2Q11A 3SA6A 3S85A 2QI1A 2VNNA 4ZLSA 1FFFC 5P0WA 4I0JA 2VNMA 1XDHA 3KFSA 2JXRA 3QP0A 1SGZA 4OD9A 3LPIA 1AAQA 3O9LA 3ZKGA 5BWYA 1E82E 5OZYA 2QMDA 3PSGA 5OZ0A 5I3YA 5P39A 3BRAA 5P7EA 4D89A 2VIEA 1LF3A 3S8IA 1C70A 4QJ6A 3IGBA 4CPSA 2UY0A 1HBVA 1HEFE 3PLLA 3IN4A 5P6VA 3SO9A 2AZCA 5P6WA 5P86A 5ISJA 3TPJA 1QRPE 1EPLE 1M43A 3R1GB 2BPXA 1XL2A 5P76A 2BJUA 5P7OA 3RVIA 3ZKXA 5P14A 5AHBA 2WF1A 3VLBA 3S56A 4ACXA 3F9QA 2EWYA 2G1NA 5I3WA 4TRYA 1ZP8A 2QMFA 5P2GA 1EPME 3O9AA 5OZXA 4FM8A 5P3FA 5DR0A 1HVHA 5JFUA 5P7UA 5B18A 5P7RA 1FQ5A 3OU4A 2G22A 3QPJA 5P3TA 4XKXA 4U8WA 1HPXA 5ENMA 1AXAA 5P2DA 4AZYA 4N00A 5P7SA 4COEA 5P7VA 5P72A 3HD8A 5P66A 3NUOA 4KE0A 1T6GA 3DCRA 3K1WA 1LYAB 5P8RA 4DJWA 3BUHA 5P51A 1GNOA 2WKZA 1K6VA 5P73A 5P1UA 1BVEA 3INFA 1K2BA 4Y3EA 5P3LA 4I0HA 3APPA 4KUPA 3LZYA 4YCKA 4YOBA 1WBKA 1AIDA 4RCEA 4LXMA 1LF2A 1IVPA 1HSHA 5P7KA 5P3JA 5P8BA 5P44A 3IXKA 2PYNA 3EM6A 5DGUA 4Y43A 3UDPA 5P3YA 3UQPA 2NR6A 2PK5A 5P5YA 4PZXA 2QZXA 1AZ5A 5P3QA 1SH9A 5P5IA 3SM1A 5P18A 5P09A 2WECA 4U7QA 2AOJA 5P1ZA 3INHA 4WY6A 3UCBA 3EM3A 4QGIA 5OZJA 2BPZA 5P35A 1XN3A 2BKTA 3NR6A 4I10A 5JFPA 2OHQA 5BS4A 2RMPA 4Y51A 1BAIA 5P87A 2QI3A 4QJ9A 2I4DA 4OBZB 2R9BA 5P4WA 4B78A 2B8VA 1PSAA 4Y6MA 3KF0A 1UH8A 2FGVA 4Y5BA 2PWCA 2G26A 2P3BA 3CYWA 1FG8C 4H3FA 3ZKNA 4QJAA 3KN0A 5P37A 3IN3A 5P50A 2G24A 1HTFA 5HU1A 4YCYA 4JP9A 3EBZA 3IVIA 4EJKA 4Y39A 3OQFA 3URIA 5P3SA 1WBMA 5P43A 4APEA 2ZHVA 4Q5MA 4GJAA 5P1EA 5EZZA 5P0NA 5OZIA 4NPTA 4GMIA 5AHAA 5P52A 5SZ9A 4Y5MA 3EKXA 1LF4A 2B8LA 3L58A 4TRZA 3PLDA 5P3OA 4RYCA 5P4HA 2A1EA 5P7QA 2VA6A 3KT5A 5OZRA 4LXKA 5P5WA 4GJ5A 1E81E 4YCTA 3A2OA 1W5YA 3FNUA 5OYSA 3QVCA 5P74A 3FX5A 2QHZA 2IQGA 3NSHA 2FS4A 5P11A 2I1AA 3ZPUA 4B1CA 1MPPA 2G94A 1BDQA 4RCFA 1M4HA 5OZBA 5DR7A 3HVGA 3Q3TA 4RRSA 1BIMA 3DJKA 3ZOVA 1MT7A 5ISKA 4HVPA 2AOFA 1HTRB 3GGXA 5P3DA 3KMYA 5P89A 3RTMA 4ZE6A 4TRWA 5P1LA 5P4JA 5P59A 5P8EA 1OD1A 1EC0A 5P77A 1MSNA 3PMUA 4FAFA 2H6SA 4PPHA 4CPTA 5P0OA 2IL2A 3NXEA 3BXRA 1IZEA 2IKUA 4DQEA 4Y3RA 2NMYA 2QZLA 2QMGA 5P4AA 1YTIA 2BPWA 4Y4WA 5IVQA 2UPJA 5HE7A 3PCWA 4Y3PA 3OUCA 2WEAA 1C6YA 3SPKA 2QI4A 2WJOA 3O9HA 2MIPA 4QJ7A 4DJPA 5OZOA 4Y9WA 1DPJA 5P8DA 1TCWA 3QRVA 2RKFA 5E5KA 1APWE 3VFBA 4HDFA 5P85A 3O9DA 5P6NA 2WF3A 1DAZC 3L5FA 3U6AA 5P2VA 4I1CA 3O9EA 5UPJA 2CEJA 4WTUA 1K1UA 1C6ZA 2VJ6A 1VIKA 1YX9A 3BC4A 5P4OA 5P2EA 1SMEA 2Q3KA 2QHCA 2WEBA 4L1AA 5P19A 1ER8E 5P4SA 5PEPA 1D4YA 2H6TA 3QI1A 2HM1A 4Y3TA 5P8IA 3VF5A 3SA5A 3GI0A 1FKNA 3OGQA 3MSJA 5P4LA 3S43B 2IS0A 3DM6A 3OU1B 1G2KA 2AZBA 2AVVA 3KDBA 4FAEA 3D3TA 4I0ZA 4Y4JA 3PSUA 2PSVA 4Y3HA 3KFRA 3UDNA 5P6GA 4B00A 3D20A 5P6ZA 4Q1NA 5P1GA 5P3XA 2FXEA 5P80A 5P8SA 2OAHA 4J0TA 5C9FA 4A4QA 5P2XA 5P6OA 4HLAA 2O4NA 2PMAA 2NXLA 1Z1RA 3NU9A 4R93A 5P3UA 3TKGA 4FGXA 5OZTA 2XYFA 1KJFA 5P4CA 1IIQA 4EHCA 3CMSA 4OD9B 5OZEA 5IS4A 3O9LB 4OBFA 3S45A 2ZJNA 5P60A 4BFBA 5P6SA 3K5DA 1YTGA 5P8TA 3GGVA 5DQ5A 2F8GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UPJ A;  4RYG A;  4QJ8 A;  5OZ6 A;  5P5Q A;  1YG9 A;  5P4T A;  4ER2 E;  4PHV A;  2FDD A;  5P5G A;  3VYE A;  2AVM A;  4YD6 A;  1A94 A;  3D91 A;  3BUG A;  4R8Y A;  3K4V C;  4J1C A;  3R2F A;  3OXV A;  3OAG A;  4YBF A;  3T7Q A;  5P0X A;  5P16 A;  3LZU A;  4RVI A;  3DV1 A;  5P28 A;  3OQA A;  1SMR A;  2B60 A;  1PSO E;  2P8H A;  5P7X A;  2NNP A;  5KAO A;  2P83 A;  2ZJH A;  1MER A;  1HPV A;  3UPJ A;  3OOZ A;  4Q1X A;  4QLH A;  3SA4 A;  5OZZ A;  3Q4B A;  2XFK A;  3JVY A;  1Z8C A;  4NJT A;  1VIJ A;  4B77 A;  3IVH A;  3LIZ A;  5HD0 A;  4Y45 A;  1FQ7 A;  5OYZ A;  3OUB A;  4YBI A;  5P42 A;  3SA9 A;  4EWO A;  1FMB A;  2R43 A;  1BWB A;  4J55 A;  2P3C A;  5P0M A;  1DMP A;  1EBY A;  2RKG A;  5OZ1 A;  5P8F A;  2XFJ A;  5P0F A;  5P63 A;  5KQX A;  5P26 A;  5SY3 A;  4Z2Z A;  3LIX A;  1BDL A;  1D4L A;  2NTR A;  5P3K A;  5P4B A;  3ZPS A;  3BUF A;  2I0A A;  3EKV A;  3KA2 A;  3S7M A;  3LNK A;  4R95 A;  5P4Y A;  5P2U A;  2I4U A;  1HOS A;  1BIL A;  4I0F A;  5IE1 A;  4BEK A;  3QN8 A;  5P34 A;  9HVP A;  5P2K A;  1AJX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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