2PWCA

Hiv-1 protease in complex with a amino decorated pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
publication title Structure-Guided Design of C2-Symmetric HIV-1 Protease Inhibitors Based on a Pyrrolidine Scaffold.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pwcA00
2G1OA 4Y4EA 4DJQA 2UY0A 2XYEA 5P5CA 4Q1WA 1HVRA 3LZVA 1PSAA 4B1DA 1GVTA 3INHA 3BXSA 4YBIA 2P8HA 4B77A 3NXNA 4NJSA 4DUSA 4X7IA 1RNEA 1G2KA 4WY6A 1HPSA 3IGBA 1APVE 2I4VA 3VV6A 2IGXA 3T7PA 5P0HA 4JP9A 1APTE 3APPA 4ER2E 1G0VA 2QI3A 5P0TA 3OUBA 5P2NA 5P5DA 3L38A 5P73A 4Y37A 5P8RA 3DV5A 3DCKA 3O9CA 5P60A 3CYXA 5P13A 2B7FA 3MSJA 1LYAA 5E5KA 5P3CA 5P4CA 3RSVA 5ENKA 5P16A 5P65A 4L7HA 3BUFA 5P84A 4Y4ZA 4OD9A 1M43A 4Y4BA 3OGQA 2WEBA 4B0QA 4Y48A 2PYMA 5AH6A 4Y3LA 3VF3A 4L1AB 2OHTA 2HB3A 4J0VA 1DAZC 3S8IA 3OAGA 5P17A 1D4LA 5P4GA 1ZPAA 5AGZA 4F76A 4FRIA 4HDPA 1SIPA 1KJ4A 2QNQA 4ZSQA 3EBZA 2HIZA 4I0FA 4RRNA 5P6VA 1FQXA 2VNNA 5JFUA 3I25A 3C9XA 2A4FA 1SDVA 1K6VA 3LPJA 1SP5A 1OHRA 5OZUA 5P24A 2HAHA 3S54A 1YM4A 4OBZA 2V11C 2AODA 4YD4A 5P44A 4Y4JA 4GJDA 3SA8A 5DPZA 7UPJA 3DM6A 3I2LA 2I4UA 4RVXA 4J0YA 3OTSA 1GVXA 2BBBA 1RQ9A 3SKGA 5P18A 4Z2ZA 4ACXA 5P8DA 5P8VA 5P0WA 3RTNA 5P53A 3SACA 5OZ2A 1ZP8A 5P46A 2QMPA 5P3WA 5P01A 4FAFA 1HSGA 4U7VA 5JFPA 5P47A 5P5KA 3VSXA 1XS7D 5P7AA 4FS4A 1BVGA 5I3YA 2R38A 5IVSA 4Y3GA 4I1CA 3R4BA 3NU9A 5P5YA 3EKPA 3OWNA 3QIHA 4GYEA 1A8GA 3UDJA 5P2IA 5P6YA 4QJ2A 5P6RA 5P7PA 1SDTA 4ZPEA 1KJHA 2I0DA 2SAMA 3KT5A 5P50A 2VA5A 2AZ8A 3IXJA 5KQYA 2I4WA 3TPJA 4HVPA 2JE4A 4Q1YA 5P8PA 4LBTA 1A94A 5P55A 5F00A 2NMYA 3TOFA 5P30A 5P5GA 4Y50A 5P5HA 3R0YA 4DQEA 5OZFA 2FGVA 4RYGA 4I11A 2FMBA 3HDKA 4FSLA 3BVBA 3IVHA 3ZLQA 4Y5NA 3O9BA 4QGIA 5UPJA 5OZ3A 2AQUA 5KOQA 3PMYA 4Y5KA 4YCTA 5DQCA 3SFCA 2WL0A 5P3FA 5P7ZA 3VCMA 5OZOA 1B11A 3DJKA 5P8OA 4NJTA 1NSOA 4RLDA 5P5IA 5P3SA 5P3GA 2VA6A 3N4LA 1FQ4A 3FV3A 5OZLA 4RROA 5DQ4A 5P2LA 1ENTE 1T6GA 2PK6A 3SAAA 4IVTA 2UPJA 1YTHA 5P88A 5COPA 5OZJA 3EM6A 3ECGA 3Q70A 1QBTA 5P1BA 3Q5HA 2A1EA 3O9LB 5P63A 1HSIA 5P5UA 3INDA 2VNMA 5P3KA 3G72A 3INEA 5P4KA 1W51A 3FX5A 5P2RA 1M0BA 5P1FA 2QI5A 1PSNA 2PQZA 4J55A 2WKZA 2B8LA 5P7TA 5P86A 1EC0A 3DOXA 4ZEAA 3LINA 3PSGA 1Z1RA 4RVJA 5OZHA 5P6OA 5OZ6A 1BDRA 4B05A 1JLDA 4Y5LA 5P7WA 3QN8A 5ER2E 1FIVA 4HE9A 5P0GA 5T4SA 3HVPA 4GMIA 4DJOA 4I8ZA 5P1EA 3MSKA 2NR6A 4APRE 3PBDA 1XL2A 4FLGA 1IZEA 5P37A 4A6CA 4Q1XA 1ZSFA 2FS4A 3WB4A 2I4QA 1HEFE 2OHUA 4I12A 2IKUA 3EXOA 5OZ5A 5OZSA 3M9FA 4DQHA 2ZDZA 4AA8A 3APRE 3PRSA 4K8SA 1VIKA 3SA4A 5SY2A 1KJ7A 1HTRB 4YD3A 3QRSA 5P58A 2RMPA 4NPUA 1EPLE 3K1WA 5OYYA 5P4AA 3ZL7A 1LYAB 4RYCA 4R8YA 3SO9A 3QS1A 4EXHA 3UQWA 4OD9B 5P4DA 4Y56A 5P0FA 1MUIA 3VYFA 4YCYA 2G27A 4MC6A 1W5YA 5P2EA 4YDFA 5OZ0A 1T3RA 5P3OA 4EWOA 3L5CA 4B72A 4FAEA 4Y3ZA 2FXEA 3OAGB 4Y45A 4Y3YA 4L6BA 2QK5A 4Q5MA 3OU4A 4DJWA 3ER3E 5COKA 3RVIA 5OYZA 5P5ZA 2WF4A 2QI4A 5IS4A 5HCTA 1RL8A 3Q4BA 5C9FA 5ER1E 3TOHA 2AOCA 3VFAA 5IVQA 1DP5A 1QBRA 3EL9A 4OBZB 1GNMA 5P1KA 1PFZA 1FMBA 3NWQA 5P2YA 5P8HA 4I0HA 5P8EA 5P1LA 1EPQE 1WBKA 5P6NA 5P69A 5JODA 3LIQA 5P6CA 3NU4A 5ISJA 1LF2A 5OYWA 5OZ9A 3PWRA 4ZIPA 1MVPA 5P3UA 5KR1A 5CONA 4L7GA 1MRWA 3RSXA 3VLBA 5OZPA 3UCBA 5P80A 5P74A 3TPLA 5P76A 4TVGA 5P3NA 3BHEA 3BGBA 3TTPA 4I8WA 5P5NA 5P19A 2HPEA 2PSVA 4I10A 5DR3A 4J54A 5P0NA 1YTJA 4Y36A 2BPXA 4J0TA 4KE1A 2Z54A 3OADA 3SABA 2PH8A 5P1MA 2V13A 2ZJHA 3WZ8A 1YTGA 1META 5HDXA 3R0WA 3N3IA 4GJ5A 5OYXA 3SA9A 1EPRE 5HU0A 5P81A 2VIZA 5APRE 2V10C 1RV7A 3KFRA 1DMPA 4PYVA 4Y58A 4H3JA 3MWSA 5OZTA 1TQFA 2AVSA 2WEDA 3QPJA 5P6LA 5TOLA 4QJ6A 5ENMA 4Y6MA 1HXBA 1C6YA 2G1YA 5P36A 4XXSA 5P1ZA 3LZUA 4HEGA 1BAIA 2XFIA 3MSLA 5P20A 3KMYA 1D4YA 5P0DA 5SXNA 2J9JA 5OZRA 5P7IA 3SQFA 5P4LA 4AZYA 4Y3WA 4BFBA 5P8KA 5P64A 4FIVA 1APUE 2B8VA 5P03A 4FM6A 5P7CA 5P5XA 2AVMA 1E80E 5OZCA 5P05A 1C6XA 3DV1A 3S7MA 1BXOA 1BWAA 1UH9A 4B78A 5P10A 2OHSA 1MERA 3TPRA 2PWRA 2R3TA 4I0EA 4X2LA 3BUHA 2PK5A 3AIDA 5P5FA 4ZSMA 5DQ2A 4DJRA 4DFGA 3KDBA 1HPVA 2Q55A 5FIVA 5P1TA 4QJ9A 3EMYA 2JYSA 5JG1A 2OF0A 3IN3A 5OYUA 1MT7A 5AH7A 3NU6A 5P35A 1M4HA 4Y47A 2BQVA 4E43A 1QRPE 4MC1A 1ODWA 1B6PA 3T7XA 1XE5A 1G6LA 5P2TA 5P4NA 2I4DA 3LZSA 2ZJNA 3Q3TA 3OXVA 4Q1NA 5P1CA 4DPIA 5KR8A 3PGIA 2RKFA 3CKPA 4KE0A 3R1GB 4FSEA 3EM3A 2NTRA 2VIYA 4J1IA 2RKGA 1APWE 3U7SA 3VLAA 4J0ZA 3INFA 4ZLSA 1IBQA 2AZBA 5P0SA 3ZKGA 3ZPTA 5P04A 5P8IA 4Y5MA 4CPSA 4YD6A 2Q11A 4Z4XA 2XYFA 1BBSA 4KUPA 1FFFC 3PWMA 5DR1A 4RCFA 5P7DA 2ZHSA 3TPPA 5P4EA 2IQGA 1HHPA 2HPFA 3VV7A 3SPKA 5P7JA 1MSNA 3KFSA 2QZWA 5P0JA 5P1NA 8HVPA 5P87A 2G1NA 1LYBB 1T7JA 3OXXA 2QZXA 4J5JA 5P67A 5P85A 4CPTA 5P0KA 4EXGA 1G35A 3Q6YA 3EKQA 3TL9A 2G94A 3JVYA 3EM4A 4QJAA 1IZHA 2AZ9A 3G6ZA 1FFIC 3EKVA 3UQXA 1FQ5A 5OYRA 4PHVA 1U8GA 2O4NA 4LC7A 4L7JA 2VKMA 3QRMA 3RU1A 2I0AA 3URLA 1GNOA 5P6WA 4J1HA 3GI5A 5P3QA 3EKYA 5P7MA 1K1UA 4WY1A 2FDPA 2ZJIA 5P8SA 2AOHA 4Y51A 1EC3A 4FRSA 5EZZA 1D4SA 1A30A 5HU1A 4CPWA 2QMFA 4Y5CA 5P2GA 2VA7A 4Y4XA 5P4BA 4BFDA 4A6BA 3CMSA 1FG6C 3OU4B 2IENA 1XL5A 5P4UA 3NUJA 2FXDA 3NR6A 2O4LA 5DGUA 4RZ1A 2F3KA 1IVPA 2G69A 1IZIA 6FIVA 4R92A 5COOA 4J17A 3D3TA 5P0BA 3K5FA 2NPHA 1HPXA 3OUDA 2F3EA 1IDBA 4EJKA 2AOFA 3I6OA 2VJ6A 3NLSA 3VYDA 1PPKE 3GI6A 3PCWA 2ZHUA 1W5WA 6APRE 2I1AA 5HDUA 2CEJA 1Z1HA 1PPLE 1SH9A 3PJ6A 3NU3A 1KJGA 3WSJA 3JW2A 1EPOE 5AHBA 4GJBA 5OZNA 2HC0A 4YDGA 5P0VA 5HE7A 4H3FA 2OHRA 5P25A 3OU3A 5HCOA 2QD7A 2WJOA 2FIVA 5P5RA 1TW7A 2BJUA 1E5OE 4N00A 5P28A 2WF2A 5AH9A 4FCOA 5P0LA 4Y3PA 3VUCA 5DQ1A 4DJVA 2QI0A 1EBZA 1K1TA 3OADB 3L3AA 5P4XA 5P1DA 5P3PA 5HVPA 4CPUA 3IVIA 4FRJA 4R93A 1ER8E 3NSHA 5P34A 3T6IA 3UDPA 3UQRA 3NDWA 4OBFA 2V00A 3IA9A 3H5BA 5P70A 1BDLA 6UPJA 3GI4A 4FM8A 5CLMA 3S85A 5P7OA 1HVHA 1IZDA 5P72A 4RRSA 3ZKSA 3PSYA 3ZPSA 4J1KA 3EKTA 3TNEA 3O9DA 4DQBA 4B1EA 4LL3A 5DR7A 3T7QA 2WHHA 1YT9A 5P02A 4I0IA 1HEGE 3O9GA 1LYWA 4K4QA 3PEPA 5OZ7A 5P8NA 2PH6A 1HIVA 5P71A 2J9JB 5IVRA 3SA7A 2O40A 2R43A 5P4JA 5P41A 1D4JA 1NPWA 2IEOA 3OY4A 2QI1A 3U71A 3I7EA 1LF3A 3EC0A 3HD8A 3F9QA 5P32A 1LF4A 3OXCA 5P7NA 3SM1A 1YTIA 4TRZA 3NU5A 3OU1A 3L5BA 2UXZA 4LHHA 3S43A 3UQPA 1SGZA 5OZ1A 3L5EA 2QNNA 1HVLA 4Y3AA 5P3HA 5P4PA 1CZIE 2WEAA 3ZMGA 3RTHA 3OTYA 3S2OA 1EC2A 3HAWA 3OXWA 4PZXA 1QDMA 5P08A 2HS2A 3S56A 3LPKA 1OEXA 1AZ5A 2PYNA 3KT2A 3QVCA 1RPIA 2Q64A 1MSMA 3WZ7A 5OZGA 5P26A 2QNPA 3G70A 2OHPA 1FQ8A 5P7VA 1HVKA 1LYBA 5P7YA 3VF7A 1BV9A 3SKFA 2VIEA 4LP9A 2IKOA 5P6QA 5P0EA 2QHYA 5HTZA 5P2DA 1MT9A 5P1AA 3AUPA 2R5QA 4ZPGA 5P42A 5BWYA 2P3BA 3D1YA 5P0UA 3CKRA 4DQGA 5P5VA 4COEA 2O4PA 5P1SA 2AIDA 2ZJJA 5OZZA 1SGUA 4QJ7A 3HW1A 5P89A 1EAGA 3SA5A 4Y54A 2IGYA 5P3VA 4NJVA 3UDRA 5OZ8A 4DV9A 1BWBA 5P22A 3SA6A 1YX9A 2B60A 2Q5KA 5P12A 5P29A 1FLHA 1UPJA 2AOGA 3UF3A 3ZKXA 5P8UA 5BRYA 4XX3A 5P1QA 5P66A 2JXRA 2ER0E 4F73A 2AOJA 5P4ZA 4DVFA 5P6IA 1A8KA 5P4VA 1E82E 5P1JA 5OYQA 1IVQA 3HBOA 4D88A 2HM1A 5P2OA 5C9BA 1BVEA 4U7QA 5P2JA 5P3DA 1ZBGA 5J25A 3OOZA 2F81A 2MIPA 5P4RA 5P7EA 3OQKA 3LIVA 2ZYEA 1EEDP 3PHVA 2IS0A 5P59A 4GJAA 4Y3EA 4Y3DA 1AXAA 1QBUA 5P2HA 2QCIA 3HZCA 5P4WA 5AH8A 3BUGA 4CKUA 5P4OA 4MC9A 3KF0A 4I0JA 4EP2A 5KQXA 3JVWA 5P3EA 1W5XA 1W6IA 3OUDB 3DUYA 4H1EA 1EPNE 3EKXA 2Q15A 2AZCA 5P7SA 3OQ7A 2BPZA 1GVUA 5P1GA 1K6CA 4GB2A 4S1GA 4YD5A 4RGHA 1HVJA 2FNSA 1EC1A 2QD6A 4ZPFA 2ER7E 5P1HA 5P52A 2WF0A 1TZSA 2ER9E 3BRAA 4Y3NA 4ACUA 4F75A 5P4IA 1D4KA 5P1PA 2O4SA 5I3WA 5P7XA 4RCDA 5P14A 3O9AA 1GVWA 5DR0A 3ZKQA 3UDKA 4LXMA 3QBHA 7HVPA 2OAHA 4D89A 4R95A 3QVIA 1HWRA 2QD8A 1LS5A 3PI0A 5P2AA 3QAAA 3NYGA 3PB5A 4PPHA 5EZXA 2PSUA 5P8QA 4J1EA 1ODXA 5P0CA 3OGPA 3UPJA 2R8NA 5P1XA 4EJLA 2FGUA 2AOEA 3VSWA 1W50A 1LZQA 5P1VA 1ZAPA 4QJ8A 4GZFA 2F80A 5P2VA 3OUAA 5DR8A 5P5WA 3NDXA 1LYWB 5OZDA 3L5FA 3OQAA 5ISKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G1O A;  4Y4E A;  4DJQ A;  2UY0 A;  2XYE A;  5P5C A;  4Q1W A;  1HVR A;  3LZV A;  1PSA A;  4B1D A;  1GVT A;  3INH A;  3BXS A;  4YBI A;  2P8H A;  4B77 A;  3NXN A;  4NJS A;  4DUS A;  4X7I A;  1RNE A;  1G2K A;  4WY6 A;  1HPS A;  3IGB A;  1APV E;  2I4V A;  3VV6 A;  2IGX A;  3T7P A;  5P0H A;  4JP9 A;  1APT E;  3APP A;  4ER2 E;  1G0V A;  2QI3 A;  5P0T A;  3OUB A;  5P2N A;  5P5D A;  3L38 A;  5P73 A;  4Y37 A;  5P8R A;  3DV5 A;  3DCK A;  3O9C A;  5P60 A;  3CYX A;  5P13 A;  2B7F A;  3MSJ A;  1LYA A;  5E5K A;  5P3C A;  5P4C A;  3RSV A;  5ENK A;  5P16 A;  5P65 A;  4L7H A;  3BUF A;  5P84 A;  4Y4Z A;  4OD9 A;  1M43 A;  4Y4B A;  3OGQ A;  2WEB A;  4B0Q A;  4Y48 A;  2PYM A;  5AH6 A;  4Y3L A;  3VF3 A;  4L1A B;  2OHT A;  2HB3 A;  4J0V A;  1DAZ C;  3S8I A;  3OAG A;  5P17 A;  1D4L A;  5P4G A;  1ZPA A;  5AGZ A;  4F76 A;  4FRI A;  4HDP A;  1SIP A;  1KJ4 A;  2QNQ A;  4ZSQ A;  3EBZ A;  2HIZ A;  4I0F A;  4RRN A;  5P6V A;  1FQX A;  2VNN A;  5JFU A;  3I25 A;  3C9X A;  2A4F A;  1SDV A;  1K6V A;  3LPJ A;  1SP5 A;  1OHR A; 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 2QZX A;  4J5J A;  5P67 A;  5P85 A;  4CPT A;  5P0K A;  4EXG A;  1G35 A;  3Q6Y A;  3EKQ A;  3TL9 A;  2G94 A;  3JVY A;  3EM4 A;  4QJA A;  1IZH A;  2AZ9 A;  3G6Z A;  1FFI C;  3EKV A;  3UQX A;  1FQ5 A;  5OYR A;  4PHV A;  1U8G A;  2O4N A;  4LC7 A;  4L7J A;  2VKM A;  3QRM A;  3RU1 A;  2I0A A;  3URL A;  1GNO A;  5P6W A;  4J1H A;  3GI5 A;  5P3Q A;  3EKY A;  5P7M A;  1K1U A;  4WY1 A;  2FDP A;  2ZJI A;  5P8S A;  2AOH A;  4Y51 A;  1EC3 A;  4FRS A;  5EZZ A;  1D4S A;  1A30 A;  5HU1 A;  4CPW A;  2QMF A;  4Y5C A;  5P2G A;  2VA7 A;  4Y4X A;  5P4B A;  4BFD A;  4A6B A;  3CMS A;  1FG6 C;  3OU4 B;  2IEN A;  1XL5 A;  5P4U A;  3NUJ A;  2FXD A;  3NR6 A;  2O4L A;  5DGU A;  4RZ1 A;  2F3K A;  1IVP A;  2G69 A;  1IZI A;  6FIV A;  4R92 A;  5COO A;  4J17 A;  3D3T A;  5P0B A;  3K5F A;  2NPH A;  1HPX A;  3OUD A;  2F3E A;  1IDB A;  4EJK A;  2AOF A;  3I6O A;  2VJ6 A;  3NLS A;  3VYD A;  1PPK E;  3GI6 A;  3PCW A;  2ZHU A;  1W5W A;  6APR E;  2I1A A;  5HDU A;  2CEJ A;  1Z1H A;  1PPL E;  1SH9 A;  3PJ6 A;  3NU3 A;  1KJG A;  3WSJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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