2PWRA

Hiv-1 protease in complex with a carbamoyl decorated pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
publication title Structure-Guided Design of C2-Symmetric HIV-1 Protease Inhibitors Based on a Pyrrolidine Scaffold.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pwrA00
5P1WA 1DAZC 3OU1A 3QVIA 2ZJMA 1D4IA 5P39A 4B77A 4DJQA 1D4LA 4S1GA 5P2JA 3BRAA 2P3BA 3LINA 1TQFA 4ZPGA 3NUJA 3INEA 5P6PA 5P6UA 5P3JA 4LP9A 1BBSA 3FNUA 4Y4AA 5P0YA 3TPLA 1MUIA 1MT9A 5P28A 3QN8A 1F7AA 2ZHTA 3OOZA 1FFFC 5P3DA 5DQCA 3Q6YA 4YCYA 3EM3A 2NXMA 5P6CA 3KYRA 3UQXA 4Y4DA 5P4ZA 5AHAA 1EC3A 4DQFA 2BPZA 5P8IA 2QD6A 5P16A 2SAMA 4LHHA 3S56A 3O9AA 5KAOA 3K5FA 1FLHA 5P7DA 1TZSA 3GI0A 5P5IA 5P4YA 2JYSA 3PM4A 2ASIA 2QI5A 3IXOA 3S54A 4ZE6A 1FMUA 4KE0A 5P3AA 1FQ4A 1HTGA 3Q3TA 5OYWA 2IGYA 5P52A 3MSLA 1MVPA 3LZSA 5P63A 1BV9A 2VA5A 4K4PA 4MC9A 4GMIA 5SZ9A 2QNNA 2QZLA 2VNMA 5OZ6A 4DJVA 2XYFA 1XDHA 4KB9A 3Q5HA 1MT8A 5P46A 4Y3SA 1HWRA 4Y35A 5P6BA 3SA4A 2ZJKA 5P32A 1MEUA 1EBKC 5P8MA 5P3UA 4DV9A 3QRVA 1OEWA 4Z2ZA 2FNTA 4BFDA 5OZ9A 1YM2A 4YD5A 3NLSA 3TPRA 2ZHUA 2B8VA 3BGCA 5P42A 5P86A 5P17A 2G1SA 3A2OA 5P2QA 1K6TA 5P3BA 4LAPA 4BEKA 2HC0A 3S43B 5HVPA 3JW2A 1HVCA 1Z1RA 5E5JA 4Y3LA 5P06A 3OU1B 1FQ6A 4HE9A 5P0XA 3ZLQA 5P36A 5P47A 3GI5A 5OZOA 1Z8CA 2P3BB 5P0DA 5P0NA 3OXWA 5P7XA 2B42A 3HDKA 1KJ7A 5J25A 4DPFA 1OD1A 3O9CA 5P4JA 2PYNA 2ZGAA 2VIYA 5DR1A 1J71A 4B78A 4OC6A 4APRE 5KOQA 4Y39A 3D20A 4I0IA 5ISJA 3EKVA 1D4HA 3UDJA 1META 3OHHA 5P70A 4FAFA 2WHHA 1IBQA 5OZIA 1XN2A 3L5BA 3SQFA 3GGVA 1M4HA 5P0VA 3VV8A 1IZIA 5OZEA 1PPKE 4B0QA 4N00A 3LZYA 3INHA 2V10C 1HSIA 1Z1HA 5HD0A 5P6LA 4J1EA 4NKKA 5P4VA 4I0ZA 3FKTA 5C9BA 4CPTA 4EHCA 2G1YA 1W5VA 2P83A 2WEBA 3H5BA 4PZXA 5P5NA 4TRYA 4H3FA 2XFJA 3OQ7A 5OZYA 3BC4A 4F76A 3ER5E 5P5PA 1K2BA 1GVTA 4IVSA 5P0QA 4EJLA 3DCKA 3PCZA 5SY3A 2F3FA 1LF2A 1B6MA 5AHBA 3R0YA 2HIZA 1BDRA 2FGVA 4K9HA 5P7HA 4J55A 3VYDA 4IVTA 4GJ8A 1FG8C 4EYRA 3UF3A 5P1ZA 3CMSA 2OHMA 2PK5A 4RLDA 2RSPA 5P5FA 3PWRA 3HVGA 5P4QA 9HVPA 2WF2A 1ME6A 1DIFA 4RVIA 5P5SA 3VUCA 3WZ7A 4H3IA 3KDDA 1LEEA 4X7IA 4Y5LA 1XE6A 2ZJJA 5P5GA 5IVQA 1HVSA 1T6GA 4XKXA 4Y3NA 1MERA 5I3XA 5P5VA 4Y3DA 3UTLA 2G69A 3B7VA 5P1BA 1M43A 4GJ7A 3BVAA 4ER4E 4PPHA 2NMZA 3LNKA 3MSJA 5C9FA 1DP5A 5P35A 4QLHA 3U6AA 2BKSA 2I4XA 5P2TA 2Z54A 4J1HA 2QI7A 3K5DA 3EXOA 1A94A 1FKNA 2WEAA 3VYEA 5P1KA 1TSUA 4YHQA 4R95A 1GVVA 5P7IA 3QROA 2NMYA 4RYGA 2RKFA 1EC1A 1VIJA 3R1GB 4Q1XA 3SFCA 5P0SA 5DR0A 1ZPKA 5P24A 4LXKA 4Y5BA 5HE4A 1NPWA 5T4SA 5P4DA 5P4FA 4DH6A 2OHQA 3QPJA 5P38A 5P4NA 4NJUA 5P18A 1T3RA 5P5HA 1ODXA 4ZIPA 3UDYA 1EPRE 3LIYA 5OZQA 3H0BA 1C6XA 5P8GA 3IXKA 1SGZA 4LBTA 4YD7A 3UPJA 1PSAA 2Q64A 5KR0A 5P3SA 4EPJA 4Y56A 4RCEA 5P3IA 1APUE 1APTE 5P82A 3T7PA 3UDRA 3APRE 4EWOA 3PI0A 1LV1A 5BWYA 3LPJA 4J1FA 2WF3A 5P09A 5P73A 5P0IA 4OD9A 5P2AA 3KF0A 1T7IA 1YG9A 2I0DA 1ZAPA 1QRPE 3EKPA 5P3MA 5P8CA 2VNNA 5P1DA 5DGUA 4EJ8A 1XE5A 5COPA 1IZDA 3WZ8A 3S2OA 4AA8A 5IE1A 3EKWA 2R5PA 1HPSA 5P2UA 1IVQA 5P0FA 3O9FA 3OQAA 5P26A 2AIDA 1E81E 4FIVA 3NU5A 1T7KA 1AJVA 5P5LA 5P0WA 5P7PA 2O40A 3UHLA 5P4PA 2V16C 4Z4XA 3EC0A 5P1QA 4Y3XA 5P76A 1KJGA 3NDXA 5P8NA 2QCIA 1W50A 2HB3A 3F9QA 5HCTA 1APWE 5P60A 5P89A 4Y5MA 3KMYA 1RQ9A 5P7VA 4YOBA 3T3CA 3OU4A 5KQYA 4B1DA 5P55A 5P77A 1RNEA 2AZ9A 1G35A 3HD8A 1HPXA 5P3OA 5P7WA 3PMUA 5P0RA 5IS4A 1QBUA 3IVHA 1EPLE 3MWSA 4U7QA 5PEPA 2BPYA 2J9JB 2FDPA 1OEXA 1XN3A 2QI0A 3D1ZA 5P1XA 2AVQA 5P7KA 2O4NA 4Q1WA 2NTRA 5P5MA 3UQRA 2OHLA 5OZ4A 4I1CA 2R3TA 1WBKA 3BVBA 4Y5NA 2OHNA 2HS2A 2IEOA 4HEGA 5P0PA 3D1YA 4Y5KA 1GNMA 5P7LA 4Y57A 1E82E 3BXRA 4PEPA 4Q5MA 5ER1E 5OZ2A 4WY6A 5CLMA 1DW6C 4QJ7A 4Y4ZA 3OUCA 5IVTA 5P1HA 4YOAA 3KMXA 1GKTA 1MRXA 4Y4EA 1HXBA 5KOSA 5P4LA 5P0HA 4GIDA 3QAAA 5DPZA 5P48A 3HAWA 2QU3A 5P2BA 2UPJA 3LPIA 4R5NA 3OXXA 2RENA 4YD6A 4EP3A 5P2NA 2AOJA 1MTBA 4B72A 4J0ZA 5P56A 1TSQA 1ODYA 1HVRA 5P5EA 4HVPA 3I7EA 4YE3A 3PEPA 3SLZA 3M9FA 3KFSA 5P0EA 5OZBA 5P62A 3ECGA 3SM1A 3TOFA 3IVIA 3L58A 5P6QA 2G1NA 2FXEA 5P31A 2O4KA 5DR3A 2QMFA 5P78A 5HTZA 3DV1A 5P1JA 5P0JA 3QI1A 1QBSA 1G6LA 4Q1YA 4KUPA 3EKYA 2R8NA 2HAHA 2IENA 3PSYA 5P37A 2PSUA 3JVWA 3ZMGA 2B60A 3BUGA 4DJYA 5P0CA 4FRKA 2G26A 3IGBA 1FQ5A 1U8GA 5P8BA 1EPOE 3LITA 5OZCA 5P1AA 2B8LA 5OZHA 4Y4JA 3G70A 2AODA 3KFNA 3OK9A 3BUHA 5OZAA 5P01A 2MIPA 1GVXA 3CKTA 1FFIC 5CONA 5P3XA 5P2KA 5P80A 3OWNA 3OHFA 3UQPA 3LIVA 3OQKA 1MESA 2F3EA 5P53A 4JECA 5P14A 4MC6A 5OZJA 2Q54A 3UDHA 4Y4WA 3OUAA 3O9IA 4B1EA 1VIKA 5OZ7A 2QD8A 3SM2A 1LYAA 1FIVA 5P4KA 5P2CA 4CPXA 5I70A 4YCKA 3VFBA 1EC0A 5P5AA 5P2RA 1T6EX 5OZVA 1SBGA 5JG1A 4Y5AA 2CEMA 4FRIA 3NDUA 4Y54A 2BPXA 3OUDA 3EL5A 3WSJA 4D8CA 2FDDA 3KT5A 2CENA 2B7ZA 2F81A 5AH8A 5P15A 4FRJA 5OYUA 5P66A 5TOLA 5P6ZA 1SH9A 4RCFA 4HDFA 4WTUA 3DV5A 4QJ8A 5FIVA 4FM6A 3Q4BA 1SDVA 5P81A 4U8WA 5P84A 3WB5A 4ZPFA 3PVKA 4TRWA 2XFIA 2IDWA 5P7UA 3UDQA 2UY0A 2QAKA 3OGQA 3ZL7A 3L5DA 4Y51A 2FIVA 4L1AA 1A30A 3D1XA 5OYQA 2VIEA 2R5QA 5P3TA 2IL2A 3VFAA 4GJDA 5P3PA 2FGUA 1ZLFA 5P71A 4BFBA 5P4IA 5OZWA 3S8IA 5UPJA 3U71A 2ER9E 2PYMA 3WB4A 1AJXA 2OHSA 2BKTA 5P64A 4FM8A 3PWMA 5P0ZA 4E43A 4NPUA 4DFGA 5P04A 5DR4A 1W51A 3TPJA 3SAAA 1HSHA 2QD7A 5P8RA 5F01A 1ZBGA 5P7JA 5B18A 5P49A 2VA6A 3SKFA 4TRZA 3OQDA 5OZ8A 3URJA 3TPPA 4Y5EA 3OTYA 3ST5A 4Y3AA 5OYXA 5P88A 1LF3A 1LYAB 1B6JA 2Q15A 3K5GA 5EZXA 3SA8A 2R43A 3EL9A 5P5BA 4J1IA 4Y36A 5P5DA 1PPLE 5OZXA 3UFLA 5HCOA 3G6ZA 5P6JA 1KJHA 5P6EA 4EJKA 5P12A 4NPTA 4Y50A 2PSGA 3T7XA 4I10A 2G1RA 3OUDB 1RL8A 5P3RA 3QP0A 2V00A 4I0HA 2OHTA 3UQWA 2PQZA 5P2VA 3UCBA 5P5KA 1HVKA 5P2WA 5P6AA 5P6MA 5P8PA 4AZYA 2XYEA 4GYEA 1N49A 3OTSA 5P6GA 4RROA 4ZSRA 2AOHA 5P7MA 5P7OA 4GJ6A 2QMGA 4R93A 5P3NA 5P74A 3PLLA 1E80E 4L1AB 4RVXA 4J0TA 4H3JA 4DPIA 5P5ZA 5P8FA 2F80A 1PSNA 2OF0A 1HTEA 3NXEA 3LPKA 4J1CA 1YTHA 4NJVA 7UPJA 5P2EA 5P57A 2R3WA 1EPNE 5P20A 2NXDA 3GGUA 4Y43A 6FIVA 3U7SA 3O9BA 5HDVA 5P1UA 5P59A 5P00A 2AOFA 5P6HA 3TNEA 4Y5CA 3VLAA 5DR8A 2HPFA 4FSLA 4B05A 1HPVA 2G20A 5P6KA 4GZFA 2I4UA 4LXMA 4JPCA 1B6KA 2VKMA 3PMYA 4OC6B 1ZTZA 2O4SA 4LXAA 3OADA 4BELA 4FE6A 4TVHA 3TOHA 4DQHA 2AZBA 2PK6A 4DQBA 3NSHA 5P7TA 1K1TA 2Q5KA 1W5YA 1B11A 2ZHRA 5P0TA 1ZSRA 3BGBA 4DJWA 3PBDA 5JODA 5BRYA 3B80A 1MT7A 4APEA 1FMBA 5OZRA 5P44A 3I25A 1HVHA 4Y3GA 4B1CA 4CPUA 5OZDA 6UPJA 1SIVA 1RV7A 4YBFA 5P0KA 2FMBA 5P3ZA 4CPQA 5ENKA 3RTHA 2QMPA 3AUPA 3C9XA 3APPA 4FGXA 1HTRB 4EQJA 5P5QA 4DJUA 5APRE 4A4QA 4CP7A 4ER1E 5HDXA 1W6HA 3LZUA 5SXNA 1FQ8A 3FSMA 3AIDA 2P3DA 1HVJA 1FEJC 5DQ2A 5P0AA 1SMRA 1IVPA 3PI5A 3SACA 1TW7A 5SY2A 3D3TA 5P72A 2HPEA 5AH6A 3S7MA 3VYFA 2HB4A 5P8HA 2PH8A 5OYSA 3EKQA 2V12C 5P0UA 2PWCA 3PRSA 5P1IA 2P4JA 5P6RA 3QS1A 4FRSA 3RTMA 5OZ0A 3OOTA 5P50A 3EL0A 5P6XA 5COOA 3T11A 3URLA 4DQGA 5P2DA 5P3FA 3NU4A 3SA9A 2OHUA 3N3IA 3QIHA 3NU3A 4Y4GA 2V11C 1B5FA 5P4UA 4ER2E 4U7VA 2Q11A 5P10A 5DQ4A 3KN0A 5P1PA 5P7NA 4RRSA 5P1VA 5P6WA 4XX4A 3KFRA 3NDTA 2IKUA 3ZKMA 1TCWA 3O9LA 1HOSA 1QDMA 2IGXA 5P22A 3HAUA 5P5TA 3SO9A 5OYVA 1C6ZA 2QU2A 2IQGA 5P4CA 4Q1NA 2Q55A 3ZPUA 5P1TA 4HZTA 4OBFA 5P87A 1PROA 4CMSA 1UH8A 5P75A 5P67A 4J1KA 3KDBA 2ER6E 5KQFA 5P4HA 3NYGA 2BJUA 3EKXA 3UDMA 2QHYA 1K2CA 4I8ZA 2I4DA 4EP2A 1KJFA 1BXQA 2QHCA 3IN3A 3O9HA 4Y4XA 1RPIA 3TL9A 5P3QA 1BIMA 3VF7A 1EBYA 2B7FA 4R91A 2ER0E 3TLHA 5AHCA 2I4QA 4AUCA 3HW1A 5P3CA 5P3LA 2BPVA 3EKTA 3VG1A 4I0FA 3R4BA 2BBBA 1LYBA 3BHEA 1AM5A 4LL3A 4GJBA 5OZSA 5HU1A 2QI6A 3LIXA 4OD9B 4XXSA 1EPME 4F74A 4HDBA 1FF0C 1YT9A 5P6NA 1ODWA 2FLEA 1MIQA 5P4WA 4B00A 5P79A 2NPHA 2FS4A 5P2IA 4I12A 5P6SA 4Y3YA 2WF4A 3ZKXA 2R38A 4D88A 1IDAA 4L7JA 2NNPA 4RZ1A 3NXNA 1MRWA 5P1OA 4QJ2A 4PZWA 4EXGA 3CKPA 3PLDA 5OZZA 5P0BA 2ER7E 2P3AA 2AVVA 3KM4A 2PC0A 3OQFA 1IZEA 4PYVA 4ACUA 3ER3E 3O99A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1W A;  1DAZ C;  3OU1 A;  3QVI A;  2ZJM A;  1D4I A;  5P39 A;  4B77 A;  4DJQ A;  1D4L A;  4S1G A;  5P2J A;  3BRA A;  2P3B A;  3LIN A;  1TQF A;  4ZPG A;  3NUJ A;  3INE A;  5P6P A;  5P6U A;  5P3J A;  4LP9 A;  1BBS A;  3FNU A;  4Y4A A;  5P0Y A;  3TPL A;  1MUI A;  1MT9 A;  5P28 A;  3QN8 A;  1F7A A;  2ZHT A;  3OOZ A;  1FFF C;  5P3D A;  5DQC A;  3Q6Y A;  4YCY A;  3EM3 A;  2NXM A;  5P6C A;  3KYR A;  3UQX A;  4Y4D A;  5P4Z A;  5AHA A;  1EC3 A;  4DQF A;  2BPZ A;  5P8I A;  2QD6 A;  5P16 A;  2SAM A;  4LHH A;  3S56 A;  3O9A A;  5KAO A;  3K5F A;  1FLH A;  5P7D A;  1TZS A;  3GI0 A;  5P5I A;  5P4Y A;  2JYS A;  3PM4 A;  2ASI A;  2QI5 A;  3IXO A;  3S54 A;  4ZE6 A;  1FMU A;  4KE0 A;  5P3A A;  1FQ4 A;  1HTG A;  3Q3T A;  5OYW A;  2IGY A;  5P52 A;  3MSL A;  1MVP A;  3LZS A;  5P63 A;  1BV9 A;  2VA5 A;  4K4P A;  4MC9 A;  4GMI A;  5SZ9 A;  2QNN A;  2QZL A;  2VNM A;  5OZ6 A;  4DJV A;  2XYF A;  1XDH A;  4KB9 A;  3Q5H A;  1MT8 A;  5P46 A;  4Y3S A;  1HWR A;  4Y35 A;  5P6B A;  3SA4 A;  2ZJK A;  5P32 A;  1MEU A;  1EBK C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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