The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
62
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sequence length |
217
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structure length |
217
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Chain Sequence |
TQRTFPGCTIRNTPSEPIHCIVWAKYLFNQLFGEEDADQEVSPDRADPEAAWEPTEAEARARASNEDGDIKRISTKEWAKSTGYDPVKLFTKLFKDDIRYLLTMDKLWRKRKPPVPLDWAEVQSQGEETNASDQQNEPQLGLKDQQVLDVKSYARLFSKSIETLRVHLAEKGDGAELIWDKDDPSAMDFVTSAANLRMHIFSMNMKSRFDIKSMAGN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The intrinsic affinity between E2 and the Cys domain of E1 in ubiquitin-like modifications.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SUMO-activating enzyme subunit 2
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| molecule tags |
Protein binding
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| total genus |
62
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| structure length |
217
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| sequence length |
217
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| ec nomenclature |
ec
6.3.2.-: |
| pdb deposition date | 2007-05-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Y8R B; 3GZN B; 3KYD B; 1R4M B; 2PX9 A; 1YOV B; 1Y8Q B; 3DBH B; 3KYC B; 3DBL B; 2NVU B; 3DBR B; 1R4N B; 1TT5 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KAI C; 1YW7 A; 4F93 B; 1I50 J; 1R5H A; 1ON1 A; 1B59 A; 1ETX A; 1YJN I; 5E1X A; 3I54 A; 1AA7 A; 2EFN A; 3HXL A; 2GZW A; 4NDL A; 3SZG A; 1IV6 A; 3L2V A; 2V9P A; 4A3C J; 3V7C A; 2VON A; 5HLI A; 1BIB A; 1IN6 A; 5DCM A; 1QZZ A; 1GVJ A; 2VQC A; 2VKD A; 4BQO A; 2XRN A; 1FBQ A; 2ZO4 A; 5HLG A; 3GTL J; 1HDP A; 1X1D A; 2VN2 A; 4Z2Y A; 5CVJ A; 3H1C A; 2PLY A; 2RVC A; 3L9F A; 4HX4 A; 4I09 A; 3MAJ A; 2BVM A; 3MKL A; 4HA8 A; 5DS9 A; 1Z7U A; 3OMY A; 1RKT A; 5HDN A; 3I59 B; 2EBI A; 1MMN A; 1MBE A; 5IT9 K; 4RB0 A; 4YIF A; 3HC7 A; 3I9V 2; 1AU7 A; 1TL8 A; 3CO6 C; 1EF4 A; 1BBY A; 4I02 A; 2BXZ A; 2QQ8 A; 2Y75 A; 1IRG A; 1WI9 A; 1F9N A; 4A3F J; 2Z3Y A; 3HRM A; 2L9R A; 3OSG A; 1FX7 A; 2ID6 A; 1G4D A; 3TO7 A; 1ONV A; 2LVS A; 3HIF A; 2H6C A; 1K7A A; 2EA4 A; 3CD6 I; 5CYV A; 3JRH A; 1RRJ A; 2JPC A; 1QGP A; 5CQE A; 5ICE A; 4I76 A; 1RUO A; 3AAF A; 5E3L A; 5F0C A; 2NS8 A; 1G3W A; 3KLO A; 3FF5 A; 3CMY A; 1P6R A; 3F8M A; 3DKY A; 3K4B A; 3GWZ A; 4ESJ A; 1G3S A; 3EET A; 4CIC A; 2TDX A; 4IF4 A; 3BCB A; 4CA0 A; 5M5Y J; 2DJN A; 2L9S A; 4ETS A; 1XS9 A; 3DTE A; 4M72 A; 4M9Z A; 3GFL A; 3CCQ I; 4NNJ A; 3OYD A; 1F43 A; 4KN4 X; 3CLQ A; 1W7P D; 6PAX A; 4PFO A; 3U9G A; 1HXD A; 4FE4 A; 5K5Q A; 1RUN A; 3MKW B; 2KIM A; 3WTV C; 2ZNY A; 4CYC A; 3EYI A; 4KMF A; 3OYG A; 5F6F A; 2K9N A; 1LE8 A; 2A6E F; 5C4J J; 2C6Y A; 4OIP F; 3FXM A; 4MQV A; 1UEL B; 2CUE A; 1A04 A; 3F0C A; 3MZ8 A; 5BPD A; 2I5U A; 1I6H J; 3GFJ A; 2DMT A; 1TLH B; 3V42 A; 2X0L A; 3BTJ A; 3M7G A; 3VYR B; 3M9A A; 2QCO A; 1WKM A; 2VJ5 A; 4UUV A; 4HV5 A; 2F5E A; 1K4S A; 3D5S C; 4RM3 A; 3BG5 A; 3VWB A; 1GLN A; 2E60 A; 5H6R A; 2IGM A; 2EQR A; 3LFK A; 4IHT A; 1B8I B; 4RAG A; 1FP2 A; 1OKR A; 2VOP A; 2NS0 A; 3FK7 A; 1ZRF A; 1N75 A; 1MBH A; 5CVV A; 2HNH A; 2A05 A; 4II3 A; 5J4Y A; 1D0Z A; 1IZ1 A; 1MMD A; 4QLC U; 2TCT A; 4ZDL A; 2A61 A; 3A01 B; 3DXJ F; 4D5F A; 2UUZ A; 3FXO A; 1ZYR F; 1FOW A; 3H5N A; 4Y7N J; 4IKF A; 2R7U A; 2I8D A; 2YPR A; 1VTN C; 5L3C A; 1SEU A; 2DA5 A; 3LL7 A; 4OIR F; 4AIK A; 3OY9 A; 2B0L A; 1T0F A; 1KU9 A; 2WB1 A; 2A5Y B; 4RGR A; 4Z6Y A; 3K70 C; 3CC7 I; 2HYG D; 4HDU A; 4F55 A; 2QBY B; 3VPR A; 4LB5 A; 3VOE A; 1P4W A; 5EF6 A; 2GWR A; 2LH9 A; 1IRF A; 4P5O A; 2LSO A; 4XNF A; 1IRZ A; 1A6I A; 2KPM A; 2R93 J; 2L4A A; 2VT3 A; 4RAF A; 1LFB A; 2L4M A; 3CCV I; 1R7J A; 4W97 A; 1B9N A; 3P5J A; 2D1V A; 2O9L A; 3J7A Y; 1ZR2 A; 2E5N A; 2DMP A; 2H8R A; 2O7O A; 1ZN2 A; 3AKZ A; 2DXI A; 2Y31 A; 3S3N A; 2D1H A; 1OR7 C; 3K10 A; 3DFG A; 4M3E A; 3AG3 H; 1YJ9 I; 1DU6 A; 2BW3 B; 4J19 A; 1WJB A; 4WXC A; 3ZQF A; 3QPH A; 1TWH J; 1T95 A; 3I59 A; 1U8B A; 2NOJ B; 4QWQ A; 3OR2 C; 1J9I A; 2AO9 A; 2GAU A; 2VXD A; 3FXQ A; 4DZJ A; 3A03 A; 1ZLK A; 2X9D A; 1IDY A; 3RYR A; 4OIN F; 1RZ4 A; 4CHU A; 3U1K A; 4V2G A; 2VBZ A; 2K5C A; 4HX7 A; 3RJP A; 3K69 A; 3HZJ A; 1VQ5 I; 2G7H A; 3MKY B; 1LNW A; 4R79 A; 4EGY A; 3PQJ A; 3PL8 A; 1OYY A; 1WJA A; 1TC3 C; 1ZRD A; 2CS3 A; 1Z7L A; 4LIU A; 3CQZ J; 4NC6 A; 1SVL A; 1MBG A; 3F8B A; 2B7E A; 2DAO A; 4F52 A; 4B43 A; 3FWE A; 1PDN C; 1K78 B; 1P9Q C; 1V54 H; 1J09 A; 1RKW A; 3IAS 2; 4KIG A; 3DBH B; 3KZY A; 3WG7 H; 5K1Y A; 5K7Z A; 2XV4 S; 4CXF A; 3ZR8 X; 4M6Y A; 1T38 A; 1BR2 A; 1N78 A; 1ZG1 A; 1A31 A; 1OCP A; 3PNY A; 5CVU A; 4HLX A; 3LSG A; 5D6E A; 3ULQ B; 3JTG A; 4HSR A; 3O2P E; 1W1W E; 2M30 A; 2H1L A; 4EJW A; 3PUF A; 4MEX F; 1KYW A; 4GYI A; 1BOB A; 2CUJ A; 2CGP A; 4U88 A; 1WI3 A; 1LVA A; 2H09 A; 4ENJ A; 1K61 A; 1XMK A; 4IRI A; 3GCM A; 4FX0 A; 1R6R A; 3ZOB A; 2HDD A; 4HQE A; 1U9O A; 4KIB A; 4OAY A; 5CVR A; 4MTE A; 4ZZL A; 3G6E I; 5BNG A; 3OS0 A; 2O0Y A; 4JOM A; 1R4N B; 2HQN A; 4ZZD A; 3OOP A; 5EDN A; 3BTI A; 5FLX K; 2Y48 A; 5EZH A; 2ISY A; 1QPM A; 2IXS A; 2QGU A; 4EM1 A; 5GAG J; 1J59 A; 1ZTR A; 2LLK A; 2ME6 A; 1W7P B; 3L2R A; 1UMQ A; 1TW2 A; 3QOP A; 1LJ9 A; 3GX4 X; 3N4M A; 2ZBK A; 4ASN A; 1HW5 A; 3EUH C; 2R7W A; 2V6E A; 2V4J C; 4HPQ A; 1B8I A; 2KLO A; 5B5E C; 2R5Z B; 4BDY A; 2VBX A; 1NG6 A; 1E3O C; 3GLX A; 3BQY A; 4HBL A; 1J0R A; 4Y17 A; 4UUS A; 1RC9 A; 3S8P A; 5J1R A; 4RGU A; 2HGC A; 4B3A A; 1MJB A; 4O6J A; 2IS6 A; 3H0G J; 1V4R A; 3RKY A; 3R4K A; 3A01 A; 2FE3 A; 2BVL A; 4P9F A; 3ZMU A; 4F3Q A; 5DM6 F; 3SXY A; 4JP0 A; 1QHG A; 4HF2 A; 4M9X A; 2M3A A; 2HS5 A; 1FMV A; 3CES A; 2WY7 Q; 1LE8 B; 1YJW I; 4B1R A; 1MIJ A; 2Z5U A; 5FLV A; 4IRH A; 1EKE A; 2HZT A; 3TGN A; 2R7V A; 1AHD P; 4A3D J; 2YSR A; 4CCJ A; 1D1C A; 4C3I J; 4I98 B; 2OQG A; 4G9Y A; 1T33 A; 3BOQ A; 2QBY A; 2HQ5 A; 1IUY A; 3NQO A; 2B63 J; 3SZT A; 3J7A O; 1TQM A; 2MBF A; 4L9J A; 1QA6 A; 3JRD A; 1YG2 A; 2Y9Y A; 4PSW A; 5KVR A; 4A93 J; 1JTX A; 2BV6 A; 1JI8 A; 2LKX A; 3ZQC A; 1W0U A; 4XRS G; 3BTL A; 1G3Y A; 3OOU A; 3P9I A; 1JGS A; 3ROU A; 2L0K A; 3S3M A; 2E1O A; 2F2E A; 4CO8 A; 1Z0X A; 1ZGJ A; 2EIK H; 3K1M A; 2Q8K A; 5C44 J; 1WFX A; 2DDB A; 3TO9 A; 3K4N A; 2BW3 A; 4BEH B; 4E7Z A; 1D0Y A; 2LY9 A; 3KEY A; 3IL2 A; 2GIZ A; 3K2Z A; 3CDL A; 1W5C C; 1ZGA A; 2NVQ J; 1UST A; 4NQW A; 4C2M J; 1D5V A; 2UZK A; 2QSF X; 2CMP A; 2L7Z A; 2BHY A; 4BU2 A; 1MMS A; 3DEU A; 3MKZ A; 1X2M A; 2M4K A; 3BJ6 A; 4II2 A; 3A2K A; 3M8E A; 3VSL A; 3FDY A; 3RZO J; 2G9W A; 2J5O A; 1IXR C; 3OL3 A; 4K2E A; 3V4G A; 2L7K A; 4KMU X; 3ABT A; 5F27 A; 2JJ7 A; 5LFA A; 4IRG A; 3LMM A; 4XOR A; 2K3F A; 2JRT A; 2EK5 A; 1X3U A; 1WWX A; 3M1C A; 4KIS A; 2XAF A; 2XSD C; 3W6J B; 3IUO A; 1H8A C; 2EIM H; 2MD0 A; 1I6X A; 2OCC H; 1R71 A; 4GGG A; 1HA8 A; 3K4M A; 3OIO A; 1E17 A; 2M87 A; 5LHG A; 3GBG A; 1XTA A; 2GA2 A; 2VC0 A; 1YIO A; 5BPI A; 2VKV A; 1HLV A; 4C2T A; 5E79 C; 2RKH A; 5B1B H; 1ETK A; 2IA2 A; 2ZME C; 5E3N A; 2F5D A; 2DA2 A; 2GXA A; 3BR1 A; 3T0Y A; 4IQJ A; 1HW1 A; 4Q5S F; 5LBQ A; 3G4S I; 2GLO A; 1X19 A; 4AYB N; 4FET A; 2E35 A; 5J1Y A; 1I1G A; 2KQR A; 5BS6 A; 3VYT B; 4PJL A; 3KP5 A; 1NG7 A; 3ZQL A; 3WTW C; 1MBJ A; 1BR1 A; 3H5R A; 4CUG A; 2W85 A; 1WGX A; 2DK5 A; 2FMY A; 5K5R A; 1LUJ B; 3FBI B; 2DMU A; 1W7P A; 3SJM A; 2GA1 A; 3GXO A; 1VQM I; 3WE2 A; 2CQK A; 1G6N A; 2NNN A; 2XKO A; 3ZMS A; 3MMY B; 3LA3 A; 2EZH A; 1MGT A; 2W1O A; 4XR6 A; 1UZC A; 4P1W A; 2JA8 J; 3IKV A; 4XKW A; 2OBP A; 3ZN0 A; 2R5Z A; 2VI6 A; 2HFH A; 1J75 A; 1S9H A; 1QVU A; 2KJB A; 1OR7 A; 1OIS A; 3L2W A; 3FXU A; 3EUK L; 2Y0M A; 3ECO A; 2PBI A; 1IDZ A; 3FZV A; 4A0X A; 1R23 A; 4QTR A; 3GVA A; 2L02 A; 4HF1 A; 2R7T A; 1H88 C; 2P6S A; 2XAG A; 2DTR A; 4MFE A; 5ICC A; 4LLG F; 2FQ3 A; 3DF8 A; 1FSE A; 2KDO A; 3KP3 A; 3JSO A; 5FKO A; 2QLZ A; 1FNN A; 2X1D A; 3K0L A; 2XSJ C; 4B8X A; 3CO7 C; 2IP2 A; 4Y4R A; 1K6Y A; 1FYM A; 4GYG A; 2DA3 A; 4WCG A; 1HQC A; 4IO9 F; 1Z3Y A; 3OWT A; 4YEJ A; 3Q0V A; 2FQ4 A; 2VOO A; 2XC7 A; 2COB A; 2COM A; 1FBS A; 4L9T A; 2W57 A; 3E5X A; 3JCU C; 2XDV A; 3F22 A; 4Q4Z F; 3NAU A; 1YYV A; 3HEF A; 3LSM A; 4P55 A; 4C3J J; 3QU6 A; 2TRT A; 2H8W A; 2K02 A; 2Q0O A; 3B6A A; 3A1Y A; 1Y56 A; 4A12 A; 2FSW A; 3PO3 J; 4L5E A; 1E3P A; 5HLH A; 3TP3 A; 3QRF F; 4OOI A; 2VT2 A; 3FIW A; 5FKL A; 2UWM A; 2MC4 A; 5LGT A; 5EG0 A; 3TDU C; 4DJA A; 5DM7 F; 1LEB A; 2E2J J; 3FK6 A; 3H9J A; 3VOD A; 1Z21 A; 4AM3 A; 3S14 J; 1QO0 D; 2DOF A; 2FXA A; 2ZME B; 1AWC A; 4V2F A; 1R5I D; 1QQI A; 2X6X A; 1ERD A; 1RNL A; 4EGZ A; 3HTU A; 2R7Q A; 2IGO A; 4A69 C; 5LRS A; 2R7X A; 2DFI A; 4JQF A; 1TW3 A; 3B02 A; 2BY1 A; 2PJR B; 3ABL H; 2VKE A; 1ETY A; 2X6Y A; 4RMN A; 4AID A; 1EH6 A; 2BXY A; 1ETV A; 1FTZ A; 3N05 A; 4BGD A; 3WTX C; 1O7F A; 1ZK8 A; 4M9S A; 3HRU A; 3VSK A; 1JJ6 C; 2QSH X; 1I1S A; 3OYI A; 3PQK A; 5F1J A; 4UB8 C; 3WTU C; 1K6O A; 5FGM A; 5LHH A; 4BBR J; 1XB4 A; 2DMQ A; 4ZYH A; 1RIO H; 3FHZ A; 1TQI A; 2O3F A; 4KUM A; 1GXQ A; 3J80 Z; 5IOZ A; 1X1A A; 3EUH A; 1VQ4 I; 5AON A; 2ZFU A; 5JHF A; 3K2A A; 1O4X A; 1LDK B; 2J5P A; 3CC4 I; 5E1W A; 1P4A A; 2P81 A; 2FJ1 A; 1PYV A; 2VBY A; 1Z3X A; 2WV0 A; 3E7L A; 1SD7 A; 4OIQ F; 1VQK I; 5LEK A; 1VI0 A; 1KU2 A; 2OF7 A; 2XAU A; 3DPU A; 2DO7 A; 3GME A; 4JYK A; 2L9V A; 2NXN B; 2P6T A; 4KT5 C; 4PJM A; 1PP7 U; 1J5Y A; 1QZY A; 2E34 A; 2RNG A; 3F6V A; 5K7H A; 1G2H A; 3S2W A; 4LIT A; 3GF2 A; 1GT0 C; 2MGQ A; 2IGK A; 3K1N A; 1USS A; 2RN7 A; 2QF7 A; 1W36 C; 1JKP C; 3BTC A; 3T8T A; 2ECC A; 1VQ9 I; 3IAM 2; 3AG2 H; 5HVQ C; 3OYN A; 3MFK A; 3BDD A; 2LC2 A; 3KP6 A; 1WJC A; 1JUS A; 2ME0 A; 3IH3 A; 3COA C; 2F6C A; 3WHB A; 2QKL B; 2PMZ N; 1I27 A; 3FIS A; 4RA2 A; 2RRE A; 5C4X J; 1I3A A; 4NB5 A; 1E3H A; 4I6Z A; 1JGG A; 2IRF G; 1H89 C; 2P7V B; 4DYQ A; 2EZL A; 1TT5 B; 3X2Q H; 4CGZ A; 5F64 A; 4O3M A; 2RV8 A; 4U87 A; 1W4M A; 4EJU A; 3CCS I; 2VIX A; 4ZYA A; 2M4G A; 1UB9 A; 3RCO A; 5D8K B; 4EEF G; 3ABU A; 2LD5 A; 5GAH J; 4FIS A; 4E7K A; 2D45 A; 3GTO J; 3G71 I; 4BH9 A; 2QEN A; 1JE8 A; 5E8I A; 4HAM A; 4KA4 A; 1SFU A; 1OCZ H; 1U0J A; 2JA2 A; 1J7K A; 2VJI A; 4C3H J; 1VND A; 3CLO A; 4CH7 A; 3QAH A; 2CW7 A; 3OYH A; 3ERE D; 1DDN A; 4IVN A; 3VB2 A; 2P7C B; 4CCN A; 3OV8 A; 4YRV A; 3T5X A; 4EV0 A; 4HEA 2; 3V8K A; 5FD5 A; 2QA4 I; 1XD7 A; 2IEK A; 2QUF A; 1T39 A; 3H9G A; 3MEX A; 2CSO A; 4E6K G; 3P9K A; 1GUU A; 4BAC A; 3RKW A; 1V5E A; 4G6T B; 2ETH A; 2H94 A; 5ICF A; 3RKQ A; 3RPU A; 2Z2S B; 2B9S A; 4PFP A; 4BL0 B; 1X3Z B; 1U5T B; 2VUM J; 1HSJ A; 2A6H F; 2XGC A; 5D5W B; 2KRC A; 4A3I J; 2WC2 A; 1OLT A; 2KT0 A; 3DPL C; 2GIV A; 2ZME A; 5IP6 A; 4BXX J; 1IV8 A; 2O6G E; 2EFW A; 4PGH A; 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