2PYMA

Hiv-1 pr mutant in complex with nelfinavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMSLPGAWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Molecular analysis of the HIV-1 resistance development: enzymatic activities, crystal structures, and thermodynamics of nelfinavir-resistant HIV protease mutants
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pymA00
1IZIA 2P3BA 1MUIA 2F8GA 5P4ZA 4Q1WA 3LINA 1B6KA 2PYNA 4OBJA 2G1NA 3VV6A 4IVSA 3PWMA 3G72A 1IZHA 2Q64A 3TL9A 3TPJA 5P0BA 4Y51A 2QK5A 2OHRA 2WECA 3NDWA 1APVE 3L5BA 4I11A 2OHLA 5P7AA 2P83A 3CYWA 5HU1A 5KQZA 3KFPA 5P3KA 2WF0A 4Z4XA 4ZSPA 1HXWA 5DR7A 5P5HA 1FFIC 2BPXA 1K1UA 3EMYA 4EYRA 2QI0A 1K2BA 3OWNA 1LF3A 3LPJA 2JJIA 5P0JA 2ER7E 5P3ZA 3SKFA 1HBVA 5DQ5A 5KR8A 2AVOA 4Q1NA 1APWE 3I8WA 2P8HA 2QZKA 2OHSA 5OZBA 1FFFC 2R9BA 5P8VA 1GKTA 1YTIA 4Y5LA 3T6IA 5OZGA 5P2EA 5P4SA 5P85A 5P1EA 1BIMA 1SIPA 4Y4AA 4PHVA 3UFNA 3WB4A 4YOBA 3ECGA 1EC1A 5AH9A 5P0YA 2QD8A 5I3WA 5ER2E 3F9QA 3OXVA 2A4FA 1E5OE 1HSGA 2AVSA 5P3YA 1T7JA 1YX9A 3ZL7A 5P0MA 1A8GA 3OU1B 3SKGA 4DJPA 1BDLA 1BVEA 5KQXA 2ZJIA 5P6OA 4ER1E 4FRSA 4DQBA 5P82A 2FNSA 4LC7A 1TZSA 5P6QA 5P4EA 4J0ZA 5P78A 4OD9B 8HVPA 1ZJ7A 3OUCA 1XL2A 5P88A 2G21A 4Y4JA 4QLHA 5DGWA 3SA7A 1ODWA 5BS4A 5I3YA 4L1AB 5APRE 2VIZA 2AZCA 2OHMA 1ZSFA 3R2FA 2RMPA 1NH0A 2G94A 4DJQA 5P7UA 5IS4A 4EPJA 3I25A 5P4UA 3WZ8A 5P6MA 5P1WA 3HBOA 3UDJA 2IKOA 3O9DA 6FIVA 1CZIE 1QRPE 2WKZA 5P65A 3PSGA 4ZEAA 4OBDA 5OZQA 1BDRA 3R0YA 5P5CA 1KJ4A 2SAMA 5OZ3A 1MEUA 5P1CA 5P7KA 5E5JA 5P77A 5P56A 5P1YA 5P39A 2APRA 3KDCA 5P34A 3NYGA 3VSXA 3BRAA 3EL0A 3DCKA 5P2QA 4Y5GA 3S45A 4Y44A 3NDTA 3AUPA 2PSVA 1EBWA 5HE7A 2AOEA 4Y5BA 5P71A 4I0EA 1C6YA 1LYWB 1YG9A 5P26A 3KM4A 3OHHA 1Z1HA 3L3AA 5OYYA 2V16C 4Z22A 1APTE 5P0KA 5P8SA 2H6SA 5KR1A 5P2YA 2Q3KA 2IL2A 4XXSA 4Y57A 5P2UA 3BXSA 4Y4GA 4B77A 4Y3XA 3VG1A 5CLMA 5JFUA 4H1EA 5P18A 1XN3A 4Y3JA 2QNPA 1MRXA 3TOHA 1GVUA 2JE4A 4Y3PA 2WHHA 5P6DA 2Q63A 5OZFA 4OBFA 2P3CA 2BB9A 4OC6A 4D89A 3R0WA 4Y53A 1Z1RA 2WJOA 1W5VA 2BPWA 3VCMA 1DIFA 5P81A 5P22A 3UQXA 4EJ8A 5P3NA 4Y45A 1B6MA 5P5OA 1YTGA 3SA9A 1E80E 1K1TA 5P47A 5P02A 1PPLE 3PVKA 3QROA 4B0QA 3IN4A 3B7VA 3LZYA 3CKRA 5P0IA 5OZRA 4AA8A 3SM2A 3O99A 4FCOA 3TH9A 1PPME 5P7JA 5P2HA 1LYBA 2NMYA 5SZ9A 3LZSA 5AH7A 5P2GA 5KOQA 5OZ6A 5P3MA 3QVCA 1FG6C 5P29A 1EPPE 4F75A 3QP0A 2IDWA 2QI3A 3EKQA 3NU5A 1D4YA 2RKFA 3OTSA 5P03A 5P57A 4HVPA 2G27A 4FS4A 4Y5NA 4I0GA 3QBHA 1RNEA 4RROA 2I0DA 4B1DA 4RRSA 1MPPA 4FRIA 5OZWA 4J1CA 3ZPSA 4Q5MA 3VV7A 2JYSA 3K5FA 5P4JA 2BPYA 5KR0A 3NXNA 2ASIA 1QBSA 1GVWA 4RVIA 5P6SA 3URIA 4FAFA 2ZE1A 2XFIA 1MIQA 5P31A 3D3TA 4U8WA 2NNPA 2IQGA 1B6JA 1BILA 1D4IA 4Y3LA 3S53A 2FGVA 5P7RA 3EKWA 5P3GA 1QS8A 3PB5A 2G1SA 5P2NA 3OAGB 1ZPAA 3OXWA 4XX3A 4KE0A 3EBZA 3VLAA 4Y50A 3BGCA 5OZ2A 2PSGA 4EJKA 4N00A 5OZ8A 5P30A 2J9JA 5DR4A 2WF3A 5P2SA 3PHVA 4AZYA 1IZDA 4GYEA 5P35A 5P7DA 3D1YA 3PBDA 4CPWA 4F74A 3S7LA 1FKNA 3IGBA 1SMRA 4Y38A 5P1DA 3S56A 4Y5AA 5P8QA 3GI6A 4S1GA 4GJAA 1EPLE 2V00A 2WEZA 4Y5EA 4OBZB 1QBRA 2B60A 3FNSA 2G69A 4OBHA 5P8EA 1LV1A 4HDBA 1BV9A 3K5DA 3NDXA 1FEJC 5P1TA 4CPSA 5P3RA 2Q15A 3VF3A 1M43A 1AVFA 2G20A 1SDUA 4B70A 3OY4A 3SO9A 4B05A 5P2VA 4Y5PA 1MTRA 4U7QA 3VYEA 3OOZA 3O9FA 1MT9A 2QD7A 1HTEA 3K5CA 2B8LA 5P3AA 4R92A 5P0RA 4CPQA 1JLDA 2PK5A 2ZHRA 5P5BA 1BAIA 5OZVA 5OZMA 4F73A 3ZPUA 1DAZC 5P3BA 5P28A 2G1OA 2R5PA 3APRE 5C9DA 5P1ZA 4L6BA 1KJ7A 5P08A 2NMZA 4I8WA 2PMAA 4ZPEA 1K6CA 1YM4A 4MC2A 2V10C 5ENMA 5FIVA 3T3CA 3LHGA 3VLBA 4Y41A 3LIXA 2P4JA 2QMGA 3SAAA 4BELA 1LYAB 3TTPA 3U71A 3B80A 1IBQA 1XS7D 3NXEA 2I4DA 2QNNA 4Y3WA 3SACA 3MWSA 1EPOE 2AZ8A 3PCWA 5UPJA 3FNUA 5C9FA 1HWRA 4YDGA 5P6WA 3NR6A 2HM1A 3WZ7A 5P5LA 1AJXA 5KAOA 5P0EA 2CEMA 5P1UA 3LITA 5C9BA 2HC0A 1ZAPA 2QU3A 1E82E 2ZHSA 5OZZA 3HD8A 2Z4OA 3TLHA 1EEDP 1IDAA 5P75A 1SGZA 2IS0A 5P3CA 4YCYA 5P0GA 3R1GB 1WKRA 1CMSA 5OZ4A 5P2JA 1DMPA 2PYMA 3UDPA 3QRSA 1EPME 5P8RA 1HEFE 2F3KA 1MTBA 4JECA 3SM1A 2ZGAA 4L7HA 4Q1XA 3K4VC 4FGXA 5P6VA 5P06A 2ZDZA 3D1ZA 5P3IA 5DQ4A 3SQFA 3L5EA 2QP8A 4L7GA 4B78A 2PH8A 3OUDB 5P0SA 5P7IA 3T7QA 1XDHA 4HDPA 4Y3AA 2HB3A 3GGXA 3UQPA 1HPVA 3PRSA 4I1CA 3LNKA 4HA5A 2BPZA 1EC0A 1SH9A 1FMXA 2B8VA 5AH6A 3OU1A 2FDDA 5SY3A 3S54A 5P2RA 4FSEA 5P27A 5P7CA 3DOXA 3INFA 5HE5A 4Y5MA 5P6EA 2FIVA 4OD9A 2QMPA 2QZXA 1D4LA 3S2OA 5ISJA 1KJFA 5OZJA 5P1FA 4X2LA 1ER8E 3ZKIA 2B42A 1G0VA 1HRNA 4GJ7A 4L1AA 1BVGA 5P7ZA 3OADB 3EKYA 3L5DA 4I10A 5KR2A 1W6IA 1FQ4A 2V0ZC 4YCKA 3PI5A 4ZPFA 3NUJA 3NSHA 5TOLA 3KT2A 3O9BA 4ZE6A 4XX4A 4KE1A 2QD6A 3GGUA 2OHUA 3IN3A 2RKGA 4RCFA 4HE9A 5SY2A 3UQUA 5I3XA 5P4BA 5P4RA 3QVIA 1ZP8A 2I0AA 4QJ2A 1HIIA 1MT7A 3FKTA 4K4RA 5AH8A 3OOTA 4EP3A 3BVAA 5P2BA 5P3LA 5P59A 5OYRA 4LXMA 3IAWA 1EPNE 1B11A 5P8PA 4CMSA 4E43A 3BXRA 2G1RA 2R43A 5P23A 4GZFA 2PWCA 2VA7A 2AODA 5AHCA 2HIZA 2I4UA 4Y9WA 3RSVA 2O40A 3HZCA 3OXCA 3UFLA 1AJVA 1K6PA 1HVLA 5P4KA 4I0HA 1LF4A 4J1HA 4YBIA 3OU4B 4DQFA 1LYWA 1F34A 4PYVA 3PWRA 4Y3NA 3OU3A 4H3FA 2QHCA 4TRZA 5J25A 4NJSA 3MSLA 5P0ZA 3EL5A 3GI5A 1TW7A 5P5ZA 3HVGA 5P5UA 2QZLA 1WBMA 5P3JA 2HS2A 2PH6A 4GJDA 5P0XA 3BC4A 4Y4ZA 3VYDA 3LIQA 5KQYA 1SBGA 5OZKA 2ZJLA 5P4NA 1HVJA 4Y3SA 5P8UA 5P00A 3EC0A 3Q3TA 5P3QA 3HW1A 5P76A 1NPAA 4M8YA 4TVGA 1DP5A 2QMFA 3VF7A 4J0PA 1HTFA 3T11A 6APRE 2H6TA 2O4KA 3DK1A 2QI5A 3MSJA 1T7IA 5OYZA 5OZCA 5I70A 2PQZA 1META 3CIDA 5P2XA 2XFKA 5HDVA 4Y35A 4D88A 5P7SA 4QJ9A 5P2TA 3GW5A 5JG1A 5P7PA 4NPTA 2HPFA 5P5WA 1KJHA 1G6LA 3EL4A 2HB4A 2VIEA 2MIPA 2XYEA 2F80A 3OTYA 4WY6A 1VIKA 5P3FA 5IVTA 1A8KA 3MSKA 3RTMA 2F3FA 1ZBGA 2QAKA 4LHHA 1Z8CA 2BQVA 5P40A 4RVXA 3LZUA 5P63A 5P54A 5P3XA 5AGZA 5P8NA 3RU1A 4CKUA 4Y36A 4YE3A 2XFJA 1HVRA 4YD3A 4TVHA 4Y3YA 4EXGA 4Q1YA 1YTHA 4R95A 4EWOA 4ZIPA 5P4WA 5P3UA 5OZTA 4DQGA 4DPFA 4J1FA 5P8FA 3O9EA 2UPJA 4Y3MA 3S43B 5P8AA 4JP9A 2WEAA 5P0DA 1BDQA 2G24A 3EM3A 3Q4BA 4GJ9A 4Y5KA 4GJ8A 4H3GA 4J1IA 5P86A 5P6PA 2B7ZA 2AVVA 3OHFA 5P61A 2V11C 3FSMA 5P2IA 3IXJA 1HTGA 1GVVA 4Y5CA 4GJCA 4YD5A 4KB9A 4CPTA 5P0CA 3APPA 4I0ZA 4I12A 4R8YA 4D83A 2VJ9A 5P4OA 3OAGA 2HS1A 3K5GA 5OZUA 9HVPA 5P49A 3T7PA 1DW6C 1W5WA 4JOOA 2O4SA 5P2AA 5COPA 2AOIA 4RVJA 1FQ7A 5P6HA 1B6PA 1A94A 5P5JA 4B1CA 4RGHA 4FE6A 5OZ7A 1BV7A 2NXDA 4MC9A 5IVSA 3EM6A 5EZZA 5P8HA 3QAAA 4LBTA 4Y3ZA 4DQEA 5OZXA 3D1XA 3C9XA 1MT8A 3EXOA 5P53A 1HTRB 5P5GA 1HXBA 1TCXA 4YCTA 5BWYA 3OQFA 2VNNA 3IXKA 4ZPGA 5P1IA 3D20A 4FRKA 3SABA 1PFZA 5P6IA 4OBZA 5P0FA 3KYRA 4B72A 4NPUA 1SMEA 5P6UA 5P50A 4J0TA 3HDKA 2R3WA 4DJOA 4DH6A 1UH8A 4JPEA 1FGCC 4KUPA 4ZSQA 4K4PA 5P5TA 1HVSA 2AQUA 4GJ5A 4LL3A 1G35A 4LP9A 4PZWA 3INEA 2O4PA 3DV5A 1HPSA 5P6ZA 1ZTZA 3JW2A 4ZSRA 1D4SA 2ZHTA 5P5DA 5HDZA 3IVIA 4BFBA 2QMDA 1EPQE 4HLAA 4Y4DA 5P41A 3DCRA 1TQFA 5P17A 1C6XA 4BEKA 2AIDA 2QHZA 3DM6A 4OBGA 4YOAA 4J0VA 2R38A 4Y39A 4TRYA 4Y43A 1ZSRA 2OHNA 5OZAA 3PM4A 5P3EA 5DQ2A 2QNQA 2AOFA 3FNTA 3TKGA 2NTRA 5P3OA 4Y6MA 5P43A 5HDXA 4Y54A 2WF1A 1NPWA 2IRZA 1KJGA 5P4DA 3RSXA 3ZKSA 4Y56A 3LPIA 1A30A 1ODYA 2IGYA 5P5NA 4MC6A 5JFPA 1W5YA 1LYAA 1UPJA 4EQ0A 1OEXA 5P1NA 4X7IA 3M9FA 4LAPA 4MC1A 5OYXA 4YD6A 3ZKMA 1FQ8A 5P0OA 5P1AA 5DR3A 2VJ7A 1ENTE 4A6BA 5P44A 1T7KA 5P0AA 3ZOVA 1EC2A 5P5XA 2PSUA 4DFGA 3GGAA 5P4AA 4I0FA 4Y4WA 3LZVA 3KN0A 3ST5A 5P5QA 5P19A 1B5FB 4ZLSA 3QRMA 3EKXA 3N4LA 4COEA 2AZ9A 3EM4A 3BUFA 4QJ8A 5P83A 5P5KA 5P3VA 1HHPA 3FIVA 1QBUA 3TPPA 5P66A 5P32A 1FQ6A 1N49A 3UQWA 4EP2A 2R8NA 7HVPA 4ACXA 5P7BA 5P1SA 5P11A 3URJA 4RCDA 2FS4A 4JPCA 3PMUA 3GGVA 3OUDA 1ODXA 1XE6A 1QDMA 1IIQA 1UH7A 5DR0A 5P5VA 1YM2A 3N3IA 5AHBA 4Y4BA 3NLSA 2AOHA 4DI2A 1BWBA 2I1AA 2R5QA 1KZKA 3LIZA 2ZJHA 4Z2ZA 2V12C 2OHQA 3GI4A 4U7VA 3KFNA 5OYVA 5P4MA 5P6RA 3Q5HA 5HDUA 5P8BA 3BUGA 4J5JA 3S8IA 2OHKA 2NXLA 5P2KA 5P64A 1C6ZA 5P1XA 4YDFA 4Y3HA 1HVCA 5P7WA 2O4NA 4DJVA 4HZTA 5P13A 2I4WA 3IVHA 3OQAA 1LF2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IZI A;  2P3B A;  1MUI A;  2F8G A;  5P4Z A;  4Q1W A;  3LIN A;  1B6K A;  2PYN A;  4OBJ A;  2G1N A;  3VV6 A;  4IVS A;  3PWM A;  3G72 A;  1IZH A;  2Q64 A;  3TL9 A;  3TPJ A;  5P0B A;  4Y51 A;  2QK5 A;  2OHR A;  2WEC A;  3NDW A;  1APV E;  3L5B A;  4I11 A;  2OHL A;  5P7A A;  2P83 A;  3CYW A;  5HU1 A;  5KQZ A;  3KFP A;  5P3K A;  2WF0 A;  4Z4X A;  4ZSP A;  1HXW A;  5DR7 A;  5P5H A;  1FFI C;  2BPX A;  1K1U A;  3EMY A;  4EYR A;  2QI0 A;  1K2B A;  3OWN A;  1LF3 A;  3LPJ A;  2JJI A;  5P0J A;  2ER7 E;  5P3Z A;  3SKF A;  1HBV A;  5DQ5 A;  5KR8 A;  2AVO A;  4Q1N A;  1APW E;  3I8W A;  2P8H A;  2QZK A;  2OHS A;  5OZB A;  1FFF C;  2R9B A;  5P8V A;  1GKT A;  1YTI A;  4Y5L A;  3T6I A;  5OZG A;  5P2E A;  5P4S A;  5P85 A;  5P1E A;  1BIM A;  1SIP A;  4Y4A A;  4PHV A;  3UFN A;  3WB4 A;  4YOB A;  3ECG A;  1EC1 A;  5AH9 A;  5P0Y A;  2QD8 A;  5I3W A;  5ER2 E;  3F9Q A;  3OXV A;  2A4F A;  1E5O E;  1HSG A;  2AVS A;  5P3Y A;  1T7J A;  1YX9 A;  3ZL7 A;  5P0M A;  1A8G A;  3OU1 B;  3SKG A;  4DJP A;  1BDL A;  1BVE A;  5KQX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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