2Q15A

Structure of bace complexed to compound 3a
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
385
structure length
385
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLQQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title 2-Amino-3,4-dihydroquinazolines as inhibitors of BACE-1 (beta-Site APP cleaving enzyme): Use of structure based design to convert a micromolar hit into a nanomolar lead.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 385
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-05-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2q15A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2q15A02
4PZXA 4J0ZA 1FB7A 4TVHA 3S7LA 2BPXA 2RKGA 4Y58A 2AQUA 1FQ7A 2OAHA 3R4BA 3VV6A 5P3UA 3GI4A 4I8WA 1MESA 5P3DA 1D4SA 3B80A 4Y45A 5P6JA 3G72A 3IXJA 3HVGA 4PYVA 3INFA 2B7ZA 2I4QA 4ZPFA 3R0WA 3OOTA 2PSUA 4J55A 5TOLA 4RYCA 2VA7A 1GVVA 2VNMA 3BVBA 1PROA 3QBHA 3L3AA 3UDRA 3LIZA 5IVQA 1W5YA 1D4LA 1TSUA 5OYVA 4Y4UA 2UY0A 4ER4E 4WTUA 1YTJA 3VSWA 4D85A 5DR1A 5P33A 1SIPA 4DFGA 3SPKA 4I12A 1LYWB 4J1EA 4OBGA 1IDAA 1UPJA 5OZJA 5P0NA 4Y4AA 4ZSPA 5P6BA 3EM3A 4OD9A 5P2DA 5P78A 3DUYA 4I0IA 3OQAA 4EP3A 1DW6C 5P3OA 3L5CA 3ZOVA 4TRZA 3NU9A 5P8BA 5AH8A 1B11A 5IS4A 3SKGA 4AA8A 3LITA 4QJ2A 2G27A 3NWXA 1TCXA 4RVJA 2G1OA 1MRWA 5P04A 3OOZA 2PWCA 5P3GA 5OZTA 4Y3SA 5AH9A 5OYYA 5P8DA 2IKOA 3TOFA 4Q5MA 3QAAA 5OZRA 4RCDA 5ENKA 3KMYA 5P8VA 2HAHA 3APRE 3OGPA 4ZEAA 3UQUA 5HVPA 5P0AA 2ZHUA 2FIVA 4LXKA 5OZYA 3OWNA 5P36A 2PWRA 5DQ1A 3S7MA 2Q3KA 1WKRA 3JVYA 5KQXA 5P0ZA 1C6YA 5P64A 1KJ7A 1NSOA 3CKPA 2Q63A 1RQ9A 5P0PA 3OUDB 7HVPA 1MIQA 3O9LA 4QJAA 3NR6A 4Y3NA 5P66A 3BUFA 4MC1A 1T7IA 2ER7E 5P45A 4L6BA 2QAKA 4H1EA 3LIQA 2I0DA 5P84A 3EM6A 2ASIA 5KR1A 2MIPA 2ZJLA 5P5EA 4Y3FA 1MPPA 4ACUA 2QMPA 1EBZA 3OTSA 4Y4ZA 3QIHA 2WL0A 3LPKA 5OYSA 1IZHA 2P8HA 3HLOA 5P1XA 4RGHA 2V11C 5P3VA 2AOJA 2WHHA 5P08A 2NTRA 2BPWA 2VA5A 3N4LA 9HVPA 5P73A 1NPAA 5P2OA 3LIVA 3KA2A 5P17A 4DQBA 3OAGA 1PPKE 3NXEA 1ZLFA 5P1OA 5P28A 2WF4A 3UDPA 5P3XA 5P6QA 1LV1A 2RENA 5HCTA 4AZYA 1B6PA 4I10A 5HE7A 4Y4XA 4A4QA 5P1EA 1HSHA 4GJ8A 3H0BA 4HEGA 5P4DA 4CPSA 3SACA 2WF2A 1LF2A 5P8MA 5P8PA 5P6KA 5P77A 1FFIC 3BC4A 2AZBA 3TL9A 3L5BA 3IN4A 5P2CA 4DJVA 3LIXA 1E81E 5P6MA 4DV9A 5AHBA 3BRAA 5P5LA 3BGBA 3KFSA 2Z4OA 5P7ZA 5P5YA 1K6CA 3U71A 3FIVA 2P3BA 3LHGA 3SA9A 3KFRA 4H3JA 5IVTA 4NJSA 3LZSA 2PK6A 5OYTA 2ZE1A 2AOGA 3N3IA 4DJPA 1K6PA 4OBKA 3FNSA 4CP7A 1LF4A 2P3DA 5OYXA 3EKYA 2QI7A 1W6HA 1BWAA 3MSJA 2AZCA 4B1CA 5P8LA 4CPQA 2VIZA 1T7KA 2QP8A 1W6IA 2IEOA 5P5VA 5OZBA 1T6EX 3ZKMA 5P2VA 4Y6MA 5P5RA 4B0QA 5ISKA 4Y3PA 2QZWA 2QMFA 5P5UA 3SA7A 2F81A 3D1YA 3HVPA 1SP5A 1BVGA 5P0XA 5OZ5A 4OBZA 4Y3AA 3OADB 1AXAA 1GNOA 4Y3GA 1AIDA 1EPME 1LEEA 3BUHA 1ZAPA 2P3AA 5P74A 4Q1YA 2VA6A 2ZHSA 1C70A 2PQZA 3OQ7A 1YTHA 2ER6E 2G1YA 3CMSA 4GMIA 2JJJA 2BKTA 3PB5A 3QVCA 3GGVA 4DI2A 4QJ9A 4Y3EA 5P1RA 3KDCA 2JYSA 3KDBA 3L5DA 1W50A 3AUPA 3PSUA 4YCKA 5OZWA 1PFZA 4DVFA 1SMEA 1EPOE 3NWQA 5P06A 5P3PA 3VYEA 3O9CA 3S43A 4OC6B 1FQ5A 3NU5A 5P3JA 1EBWA 2ZYEA 5P4NA 2NPHA 4F76A 5P6UA 5P5SA 5P5KA 1M4HA 4Y5KA 2HIZA 3DOXA 3KF0A 4Y4BA 5KQZA 2AZ8A 1K1UA 2QD7A 1FMXA 3HBOA 1MERA 5BRYA 1RPIA 4Y48A 2F3KA 2HB4A 3O9IA 5P7RA 4TVGA 2AOFA 4EPJA 5PEPA 1HTRB 4EJLA 4CPUA 4PEPA 2QZLA 4FIVA 1EPNE 5P1YA 5COKA 2XFKA 1EBKC 5CONA 5P7TA 5OZKA 1ME6A 5P1NA 3SM2A 2O4KA 4ZPGA 3HW1A 3OADA 2NXMA 5P83A 5HU1A 3QPJA 5OZMA 3EMYA 3PLLA 4RVXA 5P2EA 3TOHA 4EJDA 4FE6A 3F9QA 5P58A 5P3IA 3GI0A 2VIEA 1MT8A 3A2OA 2FS4A 3DK1A 4Y3ZA 5P24A 5P4WA 5P0HA 5P4OA 5P1FA 1BDRA 3UDKA 3VYDA 2WEBA 1YTGA 2QD6A 3EKXA 2XYFA 5P0KA 3UDNA 2F3EA 1PSNA 5P5WA 1LYBB 3HDKA 2NMYA 5P7BA 1J71A 5IVRA 4Y41A 5DGUA 2OHKA 5P7OA 2R9BA 3OGQA 3PVKA 5P0YA 5P4KA 5OZUA 1PSOE 3QROA 4Y5GA 4JPEA 2Q11A 5AH6A 3K4VC 2PSVA 2WF3A 4Y36A 1MUIA 5P65A 1T6GA 4FGXA 4GB2A 4B72A 4ZIPA 1VIKA 3T7QA 3UPJA 4M8YA 5SY2A 5P81A 1G35A 4ZPEA 3DV1A 5P4EA 5P3ZA 3VUCA 5IE1A 2WEDA 3UDYA 1Q9PA 1QRPE 1EC1A 1Z1RA 1DIFA 3ST5A 1NH0A 2HB3A 4Y3HA 1D4IA 1HVSA 3IGBA 4LXMA 3OUCA 5P2NA 4YD7A 5P8QA 5OZLA 5P05A 4FRKA 1QS8A 1AZ5A 5OZGA 2V0ZC 4RLDA 5P2YA 3ZPUA 5P2ZA 5P8AA 4JECA 4Y3XA 4Y3LA 2QZXA 5P7NA 5P4CA 3OU4A 2ZHVA 5P0UA 1QBTA 5OZ9A 3AIDA 5P85A 4B78A 2V10C 1DMPA 3DCKA 3SLZA 2P3CA 2UXZA 4HZTA 3OU1A 4QJ6A 3SO9A 1BAIA 3WZ6A 5UPJA 5HD0A 3RTNA 4I0HA 4Y5PA 2IRZA 1B5FB 2V13A 3U7SA 1YM4A 3CKTA 5JG1A 4ACXA 4J5JA 3ZKNA 5P8OA 4L1AA 5ER2E 1EBYA 3C9XA 5P1VA 4Y5CA 4DQCA 4Y3QA 5F01A 5P0JA 2WEZA 1ZSRA 2FDPA 1AVFA 5P3RA 4QJ7A 2WKZA 6FIVA 2QU3A 2F8GA 4OBJA 4Q1NA 1WBMA 2O4LA 5P1MA 1FFFC 1CZIE 4Y4EA 4Y3DA 5P02A 1APUE 2J9JA 3Q3TA 4I0ZA 1TSQA 3TPLA 4EQ0A 1HVLA 4FRIA 4EHCA 5P3AA 3ZKIA 1PPME 5P4FA 1OEXA 1HXBA 2FXEA 3ZMGA 5P82A 4IVSA 4Q1WA 2IDWA 4J0VA 5OZDA 5P54A 2I4VA 3UHLA 4Y4TA 3OU3A 5HDUA 2R5QA 1TW7A 3LNKA 3PCZA 5P15A 1ZSFA 5P68A 2XYEA 1HVRA 4BFBA 3NUJA 3ECGA 5OZ6A 1LYAB 2Q55A 4U8WA 5P31A 5EZXA 1K2CA 1A8KA 3OXVA 2G1SA 5P0RA 5P1TA 4YBFA 5ENMA 3OQKA 4UPJA 1HWRA 2I4DA 3EL0A 3PMYA 1FEJC 5P59A 4RRNA 3R2FA 3EL4A 1OD1A 3HD8A 2B7FA 3NU3A 5P1CA 2QI3A 3D1XA 3OTYA 4Y4WA 5P6WA 5P7QA 3BXSA 3I7EA 5P8SA 4B70A 5P4HA 1APVE 3FNTA 3K5DA 5OYRA 4FAFA 4J17A 3SA5A 4NKKA 4CPWA 5P7FA 4EJKA 3O99A 4KE1A 2VIYA 5JODA 5HDXA 5P4AA 5J25A 2FLEA 1HPVA 5P6OA 4LHHA 5P3QA 3D91A 3D3TA 2ZJNA 4QGIA 2QNPA 2ANLA 3HAWA 3SKFA 4Z2ZA 4YA8A 1BXOA 1KJFA 4J1FA 2PYMA 5KR2A 1HTGA 2BBBA 4EYRA 1HIVA 4B1DA 2HM1A 4EXHA 5HDVA 4Z50A 3SABA 1ODWA 5SZ9A 3QS1A 2QI5A 1XE6A 5P39A 1EPQE 3NDWA 4F75A 2PYNA 5DQ5A 5AHAA 2WF0A 1E82E 1META 1HTFA 5P25A 2R5PA 1F7AA 3EM4A 5P6ZA 5P46A 1IZEA 3EL1A 2VS2A 5P0CA 4X2LA 4RVIA 1KJHA 5P0BA 4N00A 1HTEA 3BXRA 5OZCA 5I3XA 4DJQA 4R91A 3EKTA 2BPYA 5P4RA 5DR0A 2Q54A 1BV9A 1KJ4A 3OXXA 3BGCA 3UDMA 4Y9WA 3VFAA 2JE4A 1GVUA 1LYWA 3PWWA 3VEUA 2I4XA 2OHPA 5P22A 3SQFA 2R43A 4Y4GA 5HU0A 4YCYA 3L58A 2QHZA 1HHPA 3NU4A 5P6NA 4I0GA 3SA4A 4GYEA 2Q5KA 2QMGA 2A4FA 5KR0A 5P5PA 5P2JA 5I3VA 1ZJ7A 4NPTA 3TOGA 4MC9A 3QP0A 5P6PA 5P5GA 1EPRE 1FQXA 5P6SA 3OUAA 3DJKA 1SBGA 3FV3A 5P4XA 2OHSA 5DR7A 5DQ2A 4HE9A 5P52A 4Y5LA 1XL5A 5P10A 2BPVA 4D83A 5DR3A 3T6IA 1HVKA 5P7KA 5P67A 4DJXA 5OZEA 4Y44A 2FGUA 1YG9A 4HDFA 2AZ9A 1FG6C 4K9HA 5P3KA 5P4JA 5AH7A 4YBIA 5P8HA 3PGIA 2ZHRA 4MC6A 2G21A 4EP2A 3BVAA 4XX3A 2I1AA 4J0TA 1EPLE 1HRNA 4L7GA 2AVQA 2A1EA 3OUDA 5P5NA 3Q70A 4I0JA 5E5JA 4Y56A 4Y4JA 3K4VA 5P2RA 5DQCA 5P6XA 5CLMA 1RNEA 5P8TA 1XL2A 4Y3TA 1LF3A 3VF5A 3EC0A 5P6TA 1C6XA 3M9FA 5P7IA 3VV7A 3O9EA 5P07A 4CPTA 4GZFA 1K6TA 2P83A 3EBZA 4HVPA 3T3CA 3LZUA 3KFNA 3NDTA 5P11A 5KQFA 1IZIA 3NXNA 1BIMA 5P35A 2WEAA 5P87A 5P34A 4XXSA 1UH9A 3KMXA 3ZKQA 5OZ8A 3IN3A 3OUBA 2FMBA 2QU2A 5P0DA 5P7XA 4Z4XA 3NYGA 4YE3A 5P3WA 1W51A 1B6MA 1HXWA 5P6LA 4YOBA 4A6CA 5HE5A 4I0DA 5P37A 5P63A 1AAQA 1BILA 5OYWA 5ER1E 4K4QA 5P5CA 4K4RA 4IVTA 2AVMA 3G6ZA 5P1GA 1MTBA 1MTRA 2AOHA 5BS4A 4H3FA 5COOA 3OK9A 2JJIA 2R3WA 4QLHA 1GVXA 2V12C 5P2IA 5P8KA 1G0VA 2CEJA 2OHLA 2HPEA 4TRYA 5P2TA 4YD6A 4FS4A 4R8YA 3UQXA 3MWSA 3LZYA 3APPA 2BB9A 1MT7A 1QBSA 3QRVA 5P7YA 5KOQA 5P0QA 4M8XA 1IDBA 4U7QA 5P0VA 1EC0A 5OZ7A 5P1IA 1HVCA 2QI1A 4GJAA 3O9FA 5P4MA 4HLAA 3UDQA 4B05A 5P5XA 4R92A 1RL8A 3WSJA 1QDMA 1BBSA 1K1TA 5HE4A 2QNQA 3T7XA 5I70A 4WY1A 3S56A 2WF1A 1BVEA 3K5CA 3S2OA 2B60A 3SFCA 2ER9E 5P7DA 2R3TA 4BEKA 4DJRA 1KJGA 2ZJKA 5P5HA 1IZDA 5P0TA 3TKGA 2QNNA 3O9DA 5P1JA 5OYQA 1A8GA 4FM6A 5P3HA 1WBKA 4APRE 5DQ4A 4HDPA 2NNPA 5P0MA 3PBZA 2NNKA 3PBDA 5P2LA 4NJUA 5P3NA 2G24A 2AVOA 2QK5A 1XE5A 3R1GB 3LPJA 2ER0E 3KDDA 4YD3A 5P18A 3ZKGA 3WB4A 4DQEA 2AIDA 5P4TA 3SA8A 5P55A 2HPFA 4ZSQA 1ODXA 5P76A 2AOEA 4Y5EA 4FL8A 2R8NA 3ZKXA 3ZKSA 4L7JA 1TQFA 5P1BA 5P6YA 4FRJA 1W5VA 4FM7A 4J54A 1SDUA 4CMSA 2IENA 3I8WA 3KT5A 5P5JA 3ZPTA 3TNEA 1D4HA 3VF3A 4YHQA 4F74A 4BELA 4OC6A 2WECA 3O9GA 3EKWA 4R95A 2QD8A 5P5IA 2QCIA 1HEGE 2F3FA 5P6VA 5P8IA 4PPHA 2VKMA 2B8VA 2V00A 1ZBGA 5P3TA 4FSLA 5P5MA 3IXOA 5P7JA 5P88A 3GW5A 3VYFA 3R0YA 5P3SA 3RTMA 1HVJA 2EWYA 2HB2A 3NDXA 4DPFA 4Y5NA 5P29A 3RVIA 4GJ7A 1U8GA 2QHYA 5P12A 5P7AA 2QHCA 3ER5E 5OZZA 2I0AA 1GVWA 5P4IA 1UH7A 3S53A 3WZ8A 1AJXA 5P57A 5P86A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PZX A;  4J0Z A;  1FB7 A;  4TVH A;  3S7L A;  2BPX A;  2RKG A;  4Y58 A;  2AQU A;  1FQ7 A;  2OAH A;  3R4B A;  3VV6 A;  5P3U A;  3GI4 A;  4I8W A;  1MES A;  5P3D A;  1D4S A;  3B80 A;  4Y45 A;  5P6J A;  3G72 A;  3IXJ A;  3HVG A;  4PYV A;  3INF A;  2B7Z A;  2I4Q A;  4ZPF A;  3R0W A;  3OOT A;  2PSU A;  4J55 A;  5TOL A;  4RYC A;  2VA7 A;  1GVV A;  2VNM A;  3BVB A;  1PRO A;  3QBH A;  3L3A A;  3UDR A;  3LIZ A;  5IVQ A;  1W5Y A;  1D4L A;  1TSU A;  5OYV A;  4Y4U A;  2UY0 A;  4ER4 E;  4WTU A;  1YTJ A;  3VSW A;  4D85 A;  5DR1 A;  5P33 A;  1SIP A;  4DFG A;  3SPK A;  4I12 A;  1LYW B;  4J1E A;  4OBG A;  1IDA A;  1UPJ A;  5OZJ A;  5P0N A;  4Y4A A;  4ZSP A;  5P6B A;  3EM3 A;  4OD9 A;  5P2D A;  5P78 A;  3DUY A;  4I0I A;  3OQA A;  4EP3 A;  1DW6 C;  5P3O A;  3L5C A;  3ZOV A;  4TRZ A;  3NU9 A;  5P8B A;  5AH8 A;  1B11 A;  5IS4 A;  3SKG A;  4AA8 A;  3LIT A;  4QJ2 A;  2G27 A;  3NWX A;  1TCX A;  4RVJ A;  2G1O A;  1MRW A;  5P04 A;  3OOZ A;  2PWC A;  5P3G A;  5OZT A;  4Y3S A;  5AH9 A;  5OYY A;  5P8D A;  2IKO A;  3TOF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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