2Q31 | Genus

Total Genus 106

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	106
sequence length	362
structure length	335
Chain Sequence	TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Multiple crystal structures of actin dimers and their implications for interactions in the actin filament. pubmed doi rcsb
molecule tags	Structural protein
molecule keywords	Actin, alpha skeletal muscle
total genus	106
structure length	335
sequence length	362
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2007-05-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00022	Actin	Actin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	2q31A01
3.30.420.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	2q31A02
3.90.640.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Actin; Chain A, domain 4	Actin; Chain A, domain 4	2q31A03

2P9SB 4ISEA 4C23A 5FPMA 4PL8A 4BRFA 3VEOA 3LDPA 5KPTA 5BR9A 3LDLA 3CI5A 3VEYA 1GLFO 5F2RA 4LC9B 3A5OC 5BN8A 4I6MB 3TPQA 4Y0WA 1Q18A 3D2FA 2QWRA 3RSEB 4IZ9A 3HI0A 3AAPA 2CGLA 4EHTA 4FL9A 3H1QA 5F1XA 1DKGD 3QICA 3R9PA 4FPBA 2Q0RA 3JS6A 3CERA 2Q36A 2NRHA 4MLHA 1S22A 2GELA 1JCEA 2E2QA 1RFQA 3LM2A 2GWJA 5ADXH 5BRDA 4IO8A 2VYPA 3GG4A 5BRFA 4QS8A 3VPZA 1OKJA 1BG3A 2PBDA 2IVNA 3U9DA 3VEZA 1XQSC 3LL3A 3I8BA 3WXIA 1IJJA 4FWKA 3KHYA 5FPDA 4WQ4A 1TYQA 1QHAA 4GY2B 4BQLA 3SMPA 4HTLA 3VGMA 4B9QA 3WEEA 5KPRA 2YHYA 3EO3A 1LCUA 4H0VB 2FSJA 2IVOA 3VF6A 5BRHA 1NGJA 3CETA 3ATUA 3M6GA 4GNIA 3LDQA 4H5RA 3ATVA 1HKBA 3WXLA 1MWMA 4YDUC 4BR7A 5AZIB 3DJCA 3FZLA 4BQZA 2P9PB 4M63C 1G99A 2P9IA 5AZJA 2W40A 2P9LA 3TU5A 5E26A 5AQXA 3FFKB 4PKIA 3VGKA 3QBXA 3A8YA 2NZTA 3BP8A 5EX5A 5E84A 3P4IA 2GWKA 3WXJA 5BN9A 2D4WA 3S41A 3ULEA 3O5BA 3DXKB 1BWFO 2GUPA 2I7PA 2BTFA 2VCPA 3J8AA 4IWVA 4H5WA 3ZETB 1ZBSA 3D2EA 3A5LC 2P9UA 1GLEG 1X9JA 4M7YA 1MWKA 1V4SA 4ISGA 2E2PA 4MO4A 4B1UB 4BR4A 4NB4A 3WUHA 4RWTA 3VEVA 1NLVA 4B1YB 2A3ZA 4FWNA 3VGLA 1ESVA 3ZX0A 1TUUA 4CZMA 1X3MA 4J8FA 2E1ZA 2H3GX 4BRNA 2YCHA 4WQ4C 1HUXA 4CBXA 3H3OB 4XH4A 1WOQA 1WUAA 1HLUA 3A5NC 3DXMB 1RGIA 4B1WB 3GOIA 1HKCA 3FLCO 3QMLA 1BA0A 2QWLA 3C7NB 1K8KA 3AARA 2AP1A 3FE1A 3MCPA 4EIAA 2I7NA 1YAGA 1SAZA 2P9SA 2ITMA 2QW9A 2HF4A 3LDOA 4WYBA 5BPMA 2Q97A 1T6CA 2E2NA 3EKSA 3FZKA 1BO5O 3MN5A 4BRDA 3ENHA 3O1WA 1BOTO 3FR0A 4I6MA 3WQUA 2FF6A 4E1JA 2P9KB 3O4WA 2YI1A 3RSEA 2HOEA 1GLCG 4CZKA 5AZJB 1NGEA 3GBTA 4A2AA 4CJ7A 1NWKA 5AR0A 1IG8A 3U4LA 4BR0A 4CZJA 3BF1A 4BVOA 1QZ5A 2QWOA 3IMXA 1KAZA 4A2BA 1BUPA 1Z6RA 3QB0A 3O8MA 3UKRB 1U6ZA 2F9WA 5AQFA 1ATSA 4XEIA 3MN9A 5LY3A 4FO0A 3BUZB 3GL1A 2P9NA 3MK6A 2ZGZA 3SK3A 1NMDA 5AFUA 4JN4A 3C0BA 2QWQA 3H3NO 3FZHA 4JAXA 2E88A 2E20A 4M7XA 1JCGA 3CJAA 4JHDA 5FPNA 4O8KA 3HZ6A 1GLLO 5FPEA 1QQMA 5JLHA 1D4XA 4BROA 5AQOA 2W41A 2E1YA 3DAWA 3LDNA 3QFUA 3D2FB 3EZWA 4WQ5A 4BRLA 3A5MC 3F9MA 1DGKN 4IJNA 2D1KA 3A0IX 2V51B 4O5FA 4H5TA 4H5NA 2HF3A 3L0QA 4IXCA 3UB5A 5AZIA 5LJWA 1NM1A 2Q1NA 3EL2A 2A5XA 4BC2A 2VWBA 1E4FT 1YXQA 1TUYA 5AQZA 3UE5A 4KBOA 4PKHA 1XC3A 5EVZA 3IUCA 4IJAA 2QWPA 3W0LA 4AM7A 2NLXA 3DXKA 4FPAA 4K41A 4FWMA 1TYQB 4FOEA 4CZEA 2PAVA 1R59O 2FSKA 2YHXA 3ZETA 1GLJO 2ASOA 2DPNA 4BG8A 1GLDG 2YJFA 2D0OA 5KQ8A 5BREA 3CJ9A 5ADXA 5AQNA 4BREA 4K43A 4BC5A 4CBWA 1Y64A 4FWOA 5AQPA 3CJ1A 3ZEUB 5AQJA 1NGHA 4F9OA 4BRCA 3ENOA 1S3XA 3W3DA 5BPLA 3O08A 2Q31A 2ASMA 1Z05A 3FGUA 1MDUB 3CQYA 4NO7A 4CZHA 5I9EB 3HSCA 4CZGA 4JD2B 2CH6A 1U2VB 4CZIA 3MDQA 1NGGA 5EY4A 4Z94A 1LOTB 1P8ZA 4XH5A 2A6AA 4A61A 2E8AA 2YJEA 4H0YB 3QFPA 4BR2A 4H0PA 2OANA 3CHWA 2BUPA 3SLCA 4ISFA 3VENA 5AQSA 5CE3A 1ZXOA 4CD1A 4BRKA 3QBWA 1SQKA 2KHOA 4JNEA 2EWSA 4DCHA 1NGDA 3FZMA 3I33A 4BVPA 5AQKA 3UKUB 4H0XB 1EQYA 2A41A 3WT0A 3GE1A 3KVGA 1KXPA 3UKRA 3CJ7A 5AQYA 4K25A 1KAYA 4K42A 3JXUA 4BGBA 4FWPA 3WQTA 1SZ2A 5EXWA 5TKYA 2V52B 2QXLA 5AQRA 4BRPA 2A40A 2ZGYA 3DWLA 3CIPA 4B1VA 4YDUA 3IDHA 2QM1A 3O80A 1CZAN 2J4RA 2FF3B 4H0OA 1JCFA 3FZFA 1BA1A 5AQGA 3HM8A 3BEXA 3ID8A 3EN9A 1HX1A 3VEWA 2V7ZA 3H1VX 5AQLA 3VF4A 3H45C 2Q0UA 3CJCA 4A62A 4BG9A 5KPZA 1RDWX 3EKUA 1NGCA 4DB3A 2QWMA 2F9TA 2YHWA 2D0PA 1KAXA 2P9NB 1T44A 4HWIA 5BPNA 4EFHA 2Q2RA 1MA9B 5EOYA 2P9PA 3ZX2A 4BRMA 5F0XA 3VERA 5AQHA 5AQVA 3M1FA 2V7YA 3VESA 4JHDB 2ZF5O 2WUSA 1QQNA 2FSNA 3IFRA 4BGAA 4BRHA 4BRGA 1GLBG 2CGJA 3B8AX 3MMVA 4FOIA 5AQIA 1V4TA 2FLOA 3SJHA 4CD3A 4H5VA 4PL7A 2AA4A 4XH1A 1ATRA 4BR5A 3G25A 1ATNA 3VOVA 3VEXA 3ZX3A 1YUWA 3CJBA 3KZBA 2A42A 3WEEB 1YVNA 3D7EO 3ZEUA 1E4GT 3AY9A 4L3QA 1GLAG 2E2OA 4FWLA 1C0GA 1X3NA 1NBWA 4CZLA 2IIRA 4CI6A 3O1BA 2IVPA 3L4IA 4BRQA 3HBTA 2UYTA 1DEJA 2QWNA 4FWRA 4H0TB 5AQTA 4BRAA 1NGAA 4QS9A 3AAQA 1H1VA 3LM9A 4BC3A 2GEMA 3VF2A 2ZWHA 5JLFA 4JD2A 1U2VA 2P9IB 3DXMA 4FSVA 4RCHA 1J6ZA 3H46O 1HJOA 2P9LB 3R6MA 5ELZA 2FXUA 2CGKA 3CQXA 4QS7A 5B8HA 2CH5A 3C7NA 1HPMA 1BDGA 4WQ5C 1NGFA 4BC4A 4CBUA 3MN6A 5AQWA 5JICA 4MLEA 4B1XB 3QDKA 3ULEB 3BF3A 3HTVA 4H03B 3R8EA 3U9ZA 3VETA 1BU6O 3H6EA 2ASPA 5AQQA 4B1ZA 4EAHD 5AFUH 3D2EB 3UKUA 4DHYA 2P9KA 2P9UB 2GTDA 4MO5A 3WXKA 4AM6A 4BR9A 5JMVA 1QZ6A 3O6WA 4FWQA 1T6DA 4CZFA 1HKGA 1NGBA 4BRIA 4PKGA 1XUPO 5LJVA 2HMPA 3OHRA 1ZC6A 5KQDA 5AQMA 4FWSA 5AQUA 3MN7A 3SMSA 3U8XA 1C0FA 1NGIA 3M3ZA 4DQ8A 4RTFD 1K8KB 3GDQA 4EHUA 1QQOA 3L6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4ISEA 3KIOA 3OYAA 2I5JA 5FPMA 4BRFA 1VQLN 3RTVA 4FJ7A 3LDPA 4B8AB 5BR9A 4FLXA 2C1GA 2O8CB 1NJIO 2OPPA 5BN8A 1WSHA 4KFBA 3TPQA 4BWMA 3CCRN 1XHZA 1Q18A 2QWRA 4XIUA 2IDOA 2O8DB 1OH5A 1RTIA 5CZ2A 4YOUA 5F1XA 3R9PA 2F7TA 3SAHA 2Q36A 4RW9A 1TL1A 4C1NK 2GELA 3ZT2A 2NRVA 2KFZA 2E2QA 5C10A 1RFQA 1XHXA 3I8DA 3SPYA 1CLQA 4CGJA 4M3YA 3VPZA 1RT1A 4CEDA 1J5OA 3CMEN 4JKDA 3VEZA 1IKWA 5GAGP 3OS2A 1KSPA 3LP3A 3I8BA 4JI7K 2YHBA 4FWKA 4WQ4A 4DTJA 1TYQA 4CEOA 4N56A 1KCFA 4DFPA 2D0CA 4K8XA 3DLGA 4BQLA 4J2BA 2IC3A 3QNOA 3AVIA 1C1BA 3M8PA 4QOZB 3SBTA 1QSYA 2HNZA 2IVOA 1W97L 5BRHA 3CETA 3M6GA 4HCBA 3ID6A 4H5RA 3LP0A 4YNQA 5M1KA 1ZBIA 1NOZA 3ENBA 1EX4A 5AZJA 3K9KA 4IG3A 5E26A 5AQXA 5M1QA 3D45A 2FBXA 2VG5A 2EX3A 2GWKA 3WXJA 3CPEA 4IFEA 4AHVA 5DK5A 3ALYA 3ZSVA 1XMOK 4H5WA 4EP5A 1VQ4N 1XWLA 3MEGA 4DG1A 1V4SA 3K57A 4FK0A 3QEVA 3WUHA 4RWTA 3U3GA 4LF4K 1NLVA 2A3ZA 3VGLA 4CZMA 1IKXA 2HBJA 3KLHA 4J8FA 2H3GX 3RWUA 4Z4FA 2HHVA 4BRNA 3KWGA 4KTQA 4I9LA 3ZT3A 3H3OB 3KK1A 2O8EB 1B92A 1WUAA 1RGIA 4LD0A 4B1WB 3QMLA 2QWLA 3AARA 2AP1A 1YAGA 1SAZA 4X62K 5GAEP 1VSKA 2E4LA 3LDOA 4FLTA 4BRDA 1T6CA 4ID5A 4DR6K 2HVHA 1IO2A 1RT3A 4DLGA 3O4WA 2D0BA 3P5JA 3E9OA 4DR4K 3M5RA 1YITN 4CZKA 4CJFA 4OLAA 1NWKA 4BR0A 3KJVA 3SQ4A 1HNZK 1S1VA 1ASVA 1KAZA 4A2BA 4HUFA 2F9WA 4DQPA 5AQFA 4LFCK 3AVMA 5J2PA 4JK9A 2R7YA 3C0BA 3OYMA 4DQQA 1FJGK 3ZLJA 3RR8A 2E88A 4YHHK 1Q9XA 4KH5A 1TVRA 4M7XA 1WSFA 3LPUA 4CIFA 4C8KA 4KB0A 4UQGA 1GLLO 1X9SA 4ELTA 3V9XA 1NJZA 4RW6A 1TGOA 3MWTA 3DRPA 4BRLA 2UUAK 2IAJA 3F9MA 1Q81O 4MDAA 1WSGA 3D6RA 3THWA 4A57A 4DV2K 5HRRA 2HF3A 3HM9A 1Q86O 5CHIA 5LJWA 2GX9A 1NM1A 1BCOA 2KFNA 2A5XA 5I3UA 4DU3A 3QEWA 2NRRA 3CFRA 5HROA 4CIEA 1XC3A 3DLHA 3MWPA 4JK7A 3E01A 4AM7A 4K41A 4AQYK 2W6LA 1JKHA 1VQ5N 2PAVA 4DFKA 3ZETA 4N76A 4GVEA 4ILHA 1J5EK 5BREA 4CFCA 3OVNA 5ADXA 3RVCA 1NK6A 1L3SA 2UXDK 4K43A 4BC5A 4CBWA 1Y64A 5GINA 1VHXA 3KK7A 1S3XA 5AJ3K 2HBMA 3CC4N 3M8SA 1JXEA 2O8BB 3O4QA 1X1PA 3F2KA 3HP9A 4CK2A 1W2BM 3TTFA 3NF8A 2OTJN 3IKMA 4DSFA 1NGGA 5EY4A 3ULDA 4E3SA 4A61A 3CHWA 3CCLN 1TV6A 3MECA 5AQSA 1TKTA 1R0AA 5J2NA 1D8YA 4IOXA 3OA9A 4DTRA 4IKFA 1SQKA 3MX2A 3DYAA 3T19A 3L2WA 4IBNA 3GE1A 3KVGA 1KXPA 4CF8A 3TAGA 3LAMA 2YV0X 3PIPL 5EXWA 2YNIA 4FLWA 1NK4A 4M3XA 4OJRA 4CJ4A 1WSIA 5C15A 4GMJB 1TKXA 4GV6A 5AQRA 1HQUA 3HT3A 4C8MA 1QSSA 3T1AA 4B1VA 3IDHA 5JS2A 1M1KO 4R5PA 2XO7A 1ZYQA 4DFMA 3HM8A 3BEXA 2V7ZA 2GV9A 4FW2A 3AO3A 3G4SN 4A62A 2HB5A 1BQNA 3VA3A 3HXMA 5C12A 4DB3A 4EP4A 2QWMA 3NH2A 4CERA 3EYZA 4CCHA 2D0PA 2P9NB 3CPWM 4E7KA 2QEXN 2QA4N 2D5RA 4EFHA 4OPKA 3CCQN 5JENA 3ZSZA 5F0XA 5AQHA 4FYDA 2HVIA 3PUFA 1IV0A 2PYJA 2WUSA 4KKOA 3IFRA 4PUOA 1GLBG 3BGRA 2HBLA 5AQIA 1NNEA 4CD3A 2NRWA 3J80O 4PL7A 2AA4A 4J2DA 4JRPA 4LF9K 2Z1JA 2YHAA 4WE1A 4Z4EA 5KRSA 3PX4A 4BR5A 4WF9L 3G25A 3VOVA 3CQ8A 1Y97A 2A42A 1HNWK 3ZEUA 3RR7A 4O0IA 1S6PA 4CI6A 4BRQA 4FZZA 2QWNA 2IGIA 3KD1E 5SZTA 4BRAA 4TSXA 2HHWA 4QS9A 4OKEA 3OYIA 4YY3K 4DLEA 3J7AP 3AVCA 5AZJB 3KKRA 2CGKA 1BQMA 2CH5A 1HPMA 1BDGA 4BC4A 1VSIA 1VQON 3N4QA 4MLEA 4HVJA 4H03B 3U9ZA 2HSTA 4FK2A 1E3MA 4B1ZA 4EAHD 4F3TA 3DLBA 2G8IA 4CJWA 1Q8IA 5AFUH 3UKUA 1NK0A 2OZMA 4DHYA 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3ZETB 4CF2A 3D2EA 2HHHK 1IG9A 4JYAK 1MWKA 1QE1A 1KVAA 2E2PA 4KRFA 4B1UB 3OYHA 1NJWA 3AVHA 4AHCA 4FWNA 1T8EA 2P5OA 3NVMA 1YJNN 4AHRA 3SCXA 4LY7A 1LAWA 4FK4A 2Y1JA 4GV9A 2B6AA 1HLUA 3DXMB 3EE9A 2BDPA 3PO5A 1VQ7N 4LH4A 1BA0A 1K8KA 3FE1A 1RT5A 4JI0K 4EIAA 1A5VA 2I7NA 1VQ8N 4LF8K 2OZSA 3SPZA 3B6PA 4CESA 1D9FA 2QW9A 3ZSRA 1Q82O 1F21A 1BIUA 4WYBA 2F4VK 3FZKA 2PY5A 4JEPA 3ENHA 1BOTO 3FR0A 3HPGA 3NGZA 4E1JA 2P9KB 2YI1A 3RSEA 4M3TA 4CJ7A 5AR0A 3U4LA 3IAYA 4J2EA 4CZJA 4DU1A 4CFBA 4BVOA 3IMXA 4KH4A 2NRZA 4DF8A 3EE8A 3ZYYX 4Q5VA 3O8MA 3AA5X 3MN9A 1WSEA 1N36K 4FO0A 3OY9A 3AVBA 2P9NA 2ZGZA 5D3GA 2XY7A 2QWQA 3TANA 4LFBK 1RTHA 4JAXA 3O4NA 4YFUA 4BACA 4JI4K 1JCGA 3K5NA 3PX6A 3P1GA 3RMCA 1W0HA 3OYDA 3S9HA 2W41A 2E1YA 2YX6A 1UAXA 1X9MA 3OTOK 3AVJA 4N41A 3D2FB 2QTDA 3AVNA 1VQPN 4BE0A 4J2AA 3QIOA 4KHUA 2HHSA 3I56N 2D1KA 4JK8A 4H5TA 1N8RO 3SQ1A 4IXCA 4M3RA 1K9MO 1DTQA 2YNGA 2PYLA 2Q1NA 3EL2A 2XY6A 3Q7BA 4CJQA 1XC9A 3M8RA 1YXQA 1TK5A 4FM2A 4WFNL 1TUYA 1S9GA 2FBVA 4O5BA 1RBTA 3IUCA 4X65K 4IJAA 4JI2K 2NLXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3MED A;  3L2V A;  4XH1 A;  1JLA A;  4B08 A;  3LDS A;  1ATR A;  3OYN A;  3PX0 A;  4CVN E;  5GAD P;  2A1S A;  3VEX A;  3ZX3 A;  3KZB A;  3HP6 A;  3WEE B;  1YVN A;  1TK8 A;  4E72 A;  1E4G T;  2E2O A;  1X3N A;  1C0G A;  3J81 O;  3LP2 A;  2XHB A;  4B9M A;  5TKW A;  4CZL A;  2IIR A;  4CF9 A;  2O8B A;  4JI5 K;  3HBT A;  2UYT A;  1DEJ A;  5M1O A;  4O0J A;  5AQT A;  1WSJ A;  1H1V A;  2GEM A;  1YJW N;  2ZWH A;  1QQC A;  5JLF A;  4CJV A;  4OO1 J;  3BZK A;  4YOY A;  3OYB A;  4FJM A;  3BZC A;  2FXU A;  3C7N A;  2ZJQ L;  1KVC A;  4OVL A;  4CBU A;  4JKH A;  4E7H A;  1JJ2 M;  5AQW A;  3HVR A;  3QDK A;  4JI1 K;  4AIL C;  1WB9 A;  3NF7 A;  3CC2 N;  2ASP A;  4CHN A;  1C6V A;  1WBD A;  3K5M A;  3R1X A;  1IKY A;  2P9U B;  3HOS A;  2GTD A;  5HRS A;  4IEI A;  1VSE A;  4OGE A;  3ZCM A;  5JMV A;  4KI6 A;  1T6D A;  1NGB A;  4PKG A;  1U4B A;  5LJV A;  3JYT A;  1FK9 A;  5KQD A;  4OLB A;  5AQU A;  3MN7 A;  3U8X A;  1NOY A;  4DQ8 A;  2F8S A;  3AVK A;  3V1Q A;  1S9E A;  4B9L A;  1SKR A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2Q31A

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