2Q3KA

Crystal structure of lysine sulfonamide inhibitor reveals the displacement of the conserved flap water molecule in hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Viral protein
molecule keywords Protease
publication title Crystal structure of lysine sulfonamide inhibitor reveals the displacement of the conserved flap water molecule in human immunodeficiency virus type 1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2q3kA00
3R0WA 5P0VA 2AOCA 4Y4WA 5P7QA 3UDRA 4AA8A 4YD4A 3CYXA 4Y53A 5P2WA 5P6XA 2OHNA 3EL1A 5P3VA 4LL3A 2QD8A 3QN8A 1E81E 5P25A 5P3PA 1MESA 3UQWA 1ME6A 3R4BA 1SBGA 5P3GA 1FFIC 5P2QA 3SQFA 1KJFA 2QHZA 3OOTA 5P3FA 4BFDA 1EPME 1C6ZA 5AH7A 5P1PA 1HVRA 1K6TA 3AUPA 5P6UA 5P79A 3VUCA 3LIZA 2PH6A 2OHPA 4GJ6A 1YTHA 5P0MA 3LZYA 3ZKNA 2ANLA 5COKA 1QBRA 3TPLA 5P8FA 2O4SA 2RSPA 1HVCA 3LHGA 5P2JA 1G2KA 3OY4A 5HD0A 2WEZA 3SPKA 3ZKGA 3ZKSA 4OBKA 3ZLQA 5HU1A 3R0YA 5P65A 3UCBA 5JODA 2QI0A 4FL8A 3ZPUA 5P5ZA 2ZHTA 5OYQA 4Y5EA 5HCTA 4Y4GA 5P6DA 3OHHA 1K6VA 1Z1HA 1UPJA 5F00A 3INDA 5P3NA 1C6XA 4LXKA 2AZBA 4L7GA 5P2SA 3IA9A 5P42A 5P2EA 3NDWA 3CKTA 1C70A 4J1HA 4J1FA 4Y43A 5P53A 3EM6A 5P5PA 5PEPA 5P5UA 4GJAA 1G35A 2J9KA 5P1SA 4FAFA 1HEGE 5ISKA 4CPWA 3QBHA 1EBKC 4RCDA 3GW5A 2AOGA 2FGUA 4B72A 2O4NA 3OU4B 5DR4A 5P49A 5P28A 2OHMA 4EWOA 3ZKIA 3OGPA 2P3CA 1HBVA 2I1AA 4I11A 1HTGA 2Q3KA 3IXKA 2AVMA 5P5EA 5P41A 3F9QA 4BEKA 2QHYA 4I8ZA 4J1IA 4B00A 5P6QA 3T7XA 1PSAA 2VNNA 2G21A 4R92A 1PFZA 1LS5A 2FXEA 3LZSA 3ZOVA 4Y3EA 2R9BA 1AM5A 2WL0A 1T6GA 2BPZA 2WF2A 3UF3A 2AOFA 3GI6A 2V0ZC 3VYEA 3UQUA 5P8JA 2AOJA 4A6CA 2IS0A 3S43B 4OBZA 1M0BA 3WSJA 1T6EX 3S45A 5OZMA 5P8PA 2B7FA 5P34A 5P5KA 5OZ3A 4ZPEA 5P50A 3NWXA 1GNOA 5P7HA 1PROA 1XL5A 2AZ9A 3NDTA 5P4BA 3HVGA 3QRMA 5P27A 4ZSMA 5P88A 3FNUA 4H3JA 1EBYA 1FQ6A 5P32A 3TPJA 4TRZA 5P3KA 4Y4DA 5P2IA 5OZ9A 3VYDA 5P8OA 4Y38A 3PLDA 5P4CA 5KR8A 4D85A 1SGZA 2NXMA 5OYXA 5P54A 3DOXA 3D1ZA 5P5AA 4BELA 9HVPA 4I8WA 3Q4BA 5P76A 1EC0A 5P24A 2V16C 4RYGA 5P4XA 4YD5A 4EXHA 3TOGA 5OZDA 5P5FA 5P1ZA 2AVSA 5E5KA 5IE1A 2HIZA 5P2BA 1IDBA 5P07A 2HB2A 2WECA 3O9BA 4EYRA 3UQXA 4DJQA 2FNSA 5P0SA 3VSXA 5P40A 2PWRA 3MWSA 3KN0A 1HSIA 3BUGA 1HPSA 2MIPA 1AJXA 1W5VA 4DJRA 1GVTA 5P3JA 2IRZA 4J0YA 1XS7D 3EBZA 5P16A 1HXBA 2AVOA 3IAWA 5P29A 2BQVA 1APWE 3OGQA 4MC9A 5CONA 5P05A 3BXRA 2IL2A 1T7IA 3S53A 3ZKMA 3UPJA 3BXSA 5P2AA 1YT9A 5P6TA 5DQ4A 2FDDA 5P6RA 3MXDA 3B7VA 1F7AA 5P18A 4ZE6A 3N4LA 1IVPA 1RL8A 4ZSRA 5P4TA 1B11A 5ISJA 3T7PA 4DJYA 3GI4A 5P73A 4QJAA 2QK5A 4LXMA 5P20A 3BUFA 2JE4A 5DR1A 4Z50A 3MSKA 5P3YA 2QI3A 4YCTA 4Y57A 5E5JA 3O9LA 4EJLA 4Y4BA 5OZZA 4L7HA 4Y51A 4GIDA 1LV1A 2QMFA 2WF0A 5P15A 3RSVA 3ST5A 5P0XA 4OBGA 5P6GA 2F81A 3D20A 4HDFA 4UPJA 3T11A 3EL4A 4I0DA 1ZP8A 5P5MA 5OZXA 5P0IA 3RU1A 1IBQA 3U6AA 2HM1A 1HSGA 5OZUA 4YE3A 3IN4A 3VFBA 3NDXA 2BKSA 2Q64A 1DW6C 1AVFA 5P7KA 3EKVA 1YTIA 3QAAA 6APRE 3FIVA 3PSUA 2F3FA 3KFNA 2ZJIA 3RTMA 5P7IA 4B05A 1YM4A 5P4WA 2AVVA 1YX9A 5ER1E 1HTRB 3IN3A 1HRNA 4Y47A 1HSHA 5P5HA 3MSJA 5OZJA 4MC2A 5P2YA 3OOZA 5P4JA 2Q15A 5EZZA 4CPQA 4DQBA 2XFJA 2AVQA 5P1CA 3OK9A 1TSUA 2G26A 5P83A 4HE9A 1AXAA 2AOIA 5ENMA 1HPOA 5DR8A 5P11A 3KDDA 2Q11A 4LXAA 2QNPA 3PHVA 2O40A 4GJCA 5DR0A 1K2BA 4Y5CA 5P0KA 2PYMA 5IVRA 5P0GA 4PYVA 5IVTA 4Y5BA 1TCXA 3OUCA 2R3TA 3NU4A 3SACA 4Y48A 4FGXA 2VIEA 3FKTA 1SDUA 2PWCA 2WF1A 4B77A 5P0AA 5P4VA 1XL2A 3A2OA 3TOFA 3CICA 1W5YA 2WJOA 4Y3AA 2FLEA 3CKRA 3RSXA 1PPME 3KT5A 3O9GA 2IENA 2VA6A 1FB7A 2V11C 4FRSA 1HTEA 3OU1A 3UDKA 5P6PA 4DJWA 3SABA 2R43A 4MC1A 1ZBGA 2IEOA 2VJ7A 2IGYA 2VKMA 3QS1A 2F3KA 3KDCA 3L38A 2OHKA 2R3WA 1AIDA 1OD1A 3NU6A 4Y39A 1UH7A 3OWNA 3CYWA 4OD9A 4ZPGA 1HWRA 1MT7A 2IQGA 5P7RA 2IDWA 4RCFA 2FS4A 3LPKA 4Y35A 1EBWA 5SY2A 5P0NA 4Y4JA 5P4ZA 3NUOA 2R5QA 3DJKA 3KMXA 3QRSA 4I0JA 5P6WA 5P82A 4ACUA 1GVWA 2OHRA 5P4KA 2A4FA 5P3DA 4YOBA 1D4HA 5SXNA 1K2CA 1TZSA 5HE5A 3BVAA 3EC0A 5P3LA 1Q9PA 1MPPA 5P4PA 5P3WA 3LPJA 5OZSA 3EKPA 3UDNA 1APVE 4HVPA 3RTHA 5P12A 4EP3A 5P57A 4RLDA 4RVIA 4U7QA 1A94A 4RZ1A 3TH9A 5P26A 1APUE 3DUYA 3LIVA 3I7EA 3PJ6A 5HDZA 3K5DA 1KJGA 1MTBA 1K6CA 3VF3A 4WY6A 5P7OA 4ZIPA 3S54A 3SA5A 4Q1WA 2HPFA 4OBZB 3L5FA 5CLMA 3EL9A 5P67A 5UPJA 4YD7A 3PBDA 4JP9A 1TCWA 4YA8A 3SO9A 1MERA 3ER5E 4DPIA 4K4PA 5HDXA 5OZLA 3I25A 3EKQA 5P7FA 4M8YA 4OBHA 5HE7A 4EXGA 5SZ9A 5P60A 5OZFA 1CZIE 4Y3SA 5P02A 4D89A 3HZCA 1IVQA 2ZJHA 2QI4A 3SA7A 2R8NA 4TVGA 3PEPA 3O9IA 5P2LA 4Y3GA 1BVGA 1YM2A 5OZ7A 5P1HA 1WBMA 5P4EA 2PK6A 5P71A 4FIVA 5P4QA 4RVJA 3G6ZA 5P0CA 4B0QA 1ZSFA 3MSLA 5OZ1A 1BDRA 3OQFA 1J71A 2G1RA 3AIDA 3L58A 3UFNA 5P87A 3KDBA 2FXDA 3OADA 1FEJC 4J54A 3K5GA 2VJ9A 3APRE 3R2FA 3UDQA 3O9FA 5COOA 1LEEA 1E5OE 4I0IA 4J1EA 1YTJA 3EM4A 1EAGA 2WEBA 5JFPA 4HLAA 4Z4XA 3LPIA 3L5CA 1FIVA 3VF7A 2ZYEA 2BKTA 3QROA 5P39A 5KR1A 5P4UA 2VIYA 3B80A 3UDMA 2UXZA 1LYBA 2QMGA 5P8KA 1AJVA 5P8GA 3TKGA 2ZGAA 3K4VA 2O4KA 3EXOA 3S7MA 1EBZA 5P0LA 3JVYA 1VIKA 2NNPA 3HDKA 2G1YA 2ER0E 2G1NA 4YBFA 1FMXA 4GJBA 4WTUA 3PVKA 2JXRA 4H3FA 3SFCA 2ZDZA 1LYWB 4YD6A 4R8YA 4OBFA 1XN2A 1F34A 2BPWA 1ZTZA 2NMZA 3L3AA 1A8GA 2J9JA 5TOLA 5C9DA 2I4VA 1W50A 5P3TA 2F3EA 2FGVA 5P5GA 3TKWA 3INHA 5P7MA 5I3YA 3EKYA 3GGXA 2HB4A 1ODXA 4GMIA 5OZGA 5AHBA 3S8IA 5P0PA 5P1QA 2ZHUA 5P2KA 1M43A 1HVHA 2WF3A 4D88A 4EQ0A 4NPUA 2P3AA 4I0GA 3BVBA 1GVVA 1MVPA 2OHTA 1ZAPA 4RVXA 4FM8A 3UDYA 5KQYA 4DJOA 5P7WA 4RGHA 4CPTA 4QJ8A 3PLLA 5C9BA 5BWYA 3TPPA 5P33A 3VLAA 3DV5A 3K5FA 1ZSRA 4Y41A 1B6MA 3FNTA 3HAUA 5OZKA 2XYEA 4J0VA 4Y4XA 2QU2A 5P4AA 2G94A 3FSMA 3NYGA 3BGCA 5P1UA 5HDUA 1SDVA 5P59A 5JG1A 2QAKA 5DR7A 4DFGA 3VSWA 3Q3TA 2QI1A 4B78A 3NUJA 3KFRA 1RNEA 1IZHA 5P00A 4H3IA 3RTNA 4B1EA 4QJ2A 4CMSA 4CPUA 4L1AB 5P0WA 1FQ8A 4F76A 5HDVA 4YD3A 5P3IA 1D4KA 2ZHVA 5IS4A 3IVHA 1BXQA 4Y9WA 1FG8C 4EHCA 5HE4A 5P7YA 5P3MA 4Y56A 1G0VA 1HVIA 5KAOA 3S2OA 3HVPA 5P0TA 3WZ6A 2IKUA 5KOQA 4F75A 2SAMA 2AZCA 5DQCA 4AA9A 4OBDA 3NXNA 4YDFA 5P1IA 7HVPA 1EPOE 1HVSA 2P4JA 5P36A 2I4QA 3OUAA 1PPLE 3OTYA 2I4UA 4Y4EA 2OHLA 3PBZA 4Y5LA 2HC0A 3IXJA 5P81A 2WEDA 2F80A 5P6AA 3HBOA 3SM1A 3NXEA 4PPHA 5P86A 5P77A 5P09A 4FAEA 3PSYA 3Q70A 4GJDA 3TL9A 5P4OA 1META 4YDGA 5P8HA 4PZWA 4LBTA 1IDAA 3KT2A 5P38A 4TRYA 4DH6A 2H6TA 3PGIA 6FIVA 3OQAA 5P0HA 1FF0C 5P68A 1SGUA 3NU5A 4ACXA 1T3RA 3U71A 4AMTA 4J55A 4D83A 4GJ9A 1K1TA 5DQ1A 5P1AA 3ECGA 5AH9A 5P2CA 2I4DA 4L6BA 2QI6A 3WB4A 2VIJA 5HU0A 5P1WA 5P3QA 1PSOE 4I0FA 4GJ8A 4ZSPA 5P8SA 3K1WA 2HS2A 1TQFA 3Q6YA 1IIQA 2NXDA 1D4YA 1ZLFA 5ER2E 3WB5A 4RRNA 3ZKQA 5EZXA 1OEWA 2FIVA 1QRPE 4Y3NA 2FMBA 1IZDA 4Y3QA 5P4IA 5P8BA 5P85A 1SMRA 4B70A 5P1FA 3OTSA 4J1CA 4L7JA 3OXWA 4Y5AA 5P2TA 3OXVA 3I2LA 2QCIA 4DI2A 4APEA 3PMYA 4Z22A 3SA3A 1HPVA 5P7LA 3QVCA 4FM6A 5P17A 5P8CA 1B5FA 4Y5MA 1MIQA 4KB9A 3CIDA 4EJ8A 4OC6A 1M4HA 4ZPFA 5P35A 3EKWA 5P56A 5P2ZA 3DK1A 2Q5KA 5OYSA 5HCOA 3OAGA 4S1GA 3EL5A 3GGVA 5P4NA 5P7XA 3O99A 7UPJA 2ZJJA 4XX4A 2CEJA 2G24A 1RQ9A 4U8WA 1E82E 2QNQA 5P1KA 3JW2A 4FRJA 5T4SA 1EPNE 3BGBA 3VLBA 3URLA 1XN3A 3KFSA 4IVTA 3D1XA 3PWRA 5P84A 2ZJMA 5P5SA 5P8DA 1A30A 5P3SA 1LF4A 1QDMA 3HW1A 1YTGA 4ER4E 1RV7A 5I3WA 1HIHA 2UPJA 1HEFE 5P6EA 5P5IA 3CIBA 2B60A 1JLDA 1MUIA 1FQXA 3PM4A 2P3BA 2RENA 2AOEA 4HZTA 4OBJA 4GJ7A 5P8RA 5IVSA 3WZ8A 1HVLA 5P5TA 3L5BA 5P03A 4Y36A 5P5JA 3PCWA 1B6JA 3VV7A 5P48A 1KJHA 3QBFA 1DP5A 2QI5A 2V10C 4I12A 1RPIA 4NPTA 5BRYA 1HIVA 4FM7A 5P3ZA 5P2OA 2JYSA 5P13A 2QHCA 4GYEA 4Z2ZA 3CKPA 4YCYA 1CPIA 5P23A 1Z8CA 4J17A 5P7CA 1W6IA 1QBTA 5P5WA 1IZIA 3OHFA 4DUSA 5P4GA 1W6HA 2Z4OA 1HTFA 5DPZA 5P75A 5P5CA 1GVUA 2VNMA 3JVWA 2B8VA 4XKXA 5P4DA 2R5PA 4Y3FA 1MTRA 2ZHRA 2ZJKA 3CMSA 4FE6A 2WKZA 3SLZA 3VV8A 4Y3XA 5P3XA 2PMAA 4Y4UA 4F73A 1SIVA 3VG1A 2Q55A 4Y58A 2V13A 5P06A 2VIZA 4CP7A 5OZ4A 8HVPA 1UH8A 5OYZA 4J1KA 2UY0A 2J9JB 2XFIA 5P1DA 4D8CA 2PK5A 3KMYA 1SMEA 3SA8A 4ER1E 2RKFA 5P52A 1LZQA 4AUCA 4HEGA 3OQKA 3D3TA 3HAWA 1EC2A 1MRWA 1ENTE 2ER9E 5P1LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3R0W A;  5P0V A;  2AOC A;  4Y4W A;  5P7Q A;  3UDR A;  4AA8 A;  4YD4 A;  3CYX A;  4Y53 A;  5P2W A;  5P6X A;  2OHN A;  3EL1 A;  5P3V A;  4LL3 A;  2QD8 A;  3QN8 A;  1E81 E;  5P25 A;  5P3P A;  1MES A;  3UQW A;  1ME6 A;  3R4B A;  1SBG A;  5P3G A;  1FFI C;  5P2Q A;  3SQF A;  1KJF A;  2QHZ A;  3OOT A;  5P3F A;  4BFD A;  1EPM E;  1C6Z A;  5AH7 A;  5P1P A;  1HVR A;  1K6T A;  3AUP A;  5P6U A;  5P79 A;  3VUC A;  3LIZ A;  2PH6 A;  2OHP A;  4GJ6 A;  1YTH A;  5P0M A;  3LZY A;  3ZKN A;  2ANL A;  5COK A;  1QBR A;  3TPL A;  5P8F A;  2O4S A;  2RSP A;  1HVC A;  3LHG A;  5P2J A;  1G2K A;  3OY4 A;  5HD0 A;  2WEZ A;  3SPK A;  3ZKG A;  3ZKS A;  4OBK A;  3ZLQ A;  5HU1 A;  3R0Y A;  5P65 A;  3UCB A;  5JOD A;  2QI0 A;  4FL8 A;  3ZPU A;  5P5Z A;  2ZHT A;  5OYQ A;  4Y5E A;  5HCT A;  4Y4G A;  5P6D A;  3OHH A;  1K6V A;  1Z1H A;  1UPJ A;  5F00 A;  3IND A;  5P3N A;  1C6X A;  4LXK A;  2AZB A;  4L7G A;  5P2S A;  3IA9 A;  5P42 A;  5P2E A;  3NDW A;  3CKT A;  1C70 A;  4J1H A;  4J1F A;  4Y43 A;  5P53 A;  3EM6 A;  5P5P A;  5PEP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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