2Q54A

Crystal structure of kb73 bound to hiv-1 protease
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Design and Synthesis of HIV-1 Protease Inhibitors Incorporating Oxazolidinones as P2/P2' Ligands in Pseudosymmetric Dipeptide Isosteres.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2q54A00
2B60A 2FDPA 2HM1A 2PSGA 3FNUA 8HVPA 4I10A 5HVPA 2F3FA 1EAGA 1HVKA 5P3UA 5P0FA 5P7JA 4LHHA 1MTRA 2AOJA 3RTHA 3SQFA 2ZHRA 5P12A 2PH6A 2QI5A 1JLDA 2NPHA 1LS5A 3O9CA 2EWYA 2NXMA 1BIMA 3Q4BA 2IL2A 3O9GA 4RVIA 5OYRA 3QIHA 1HPXA 1VIKA 2IS0A 4ZLSA 1KJHA 3ZKQA 2I4DA 3VUCA 4I0ZA 5P6XA 1HTEA 2ZJKA 3CICA 4H3FA 3NDWA 4TVGA 2HB2A 2PSUA 1HVJA 1SGZA 4Q1YA 3OU3A 1IZIA 1HWRA 1Z8CA 3OQKA 4DPIA 4I11A 3I7EA 1MERA 4B1EA 2P8HA 5P53A 3EKTA 2I0AA 3WZ7A 2F8GA 5P3PA 2F80A 5P8EA 4AA8A 5IVQA 1EPRE 3DM6A 5P0QA 3NU4A 4DQGA 4OD9B 5P3EA 1C70A 3GGAA 5P30A 5FIVA 1META 5DR0A 5P07A 1MT7A 1XDHA 2QZWA 4J0PA 4R5NA 5P7DA 3CYXA 5OZ4A 1OHRA 4YD4A 2VA5A 5P7AA 2IDWA 3SKFA 3IVHA 4CPTA 2R43A 3DCRA 2OHTA 4Y4WA 3TTPA 3PLLA 3EM3A 3OXXA 3OY4A 5P6LA 4DQEA 2AOFA 1HVCA 3FSMA 4PPHA 5DQ5A 2BQVA 4J54A 2HAHA 3KT5A 4X2LA 4PHVA 5BRYA 1LYBB 1G35A 1MEUA 5P3FA 4YD5A 5P89A 4J55A 1XN3A 1ZLFA 5OZQA 1ZPKA 5P86A 1M0BA 2G26A 4HDFA 3ZLQA 2JYSA 3VYFA 5P00A 5P6JA 2PC0A 1UH9A 5P0TA 2JJJA 1AZ5A 1WBMA 1BVEA 4DPFA 2NMZA 5P36A 1PSOE 5P7HA 4ZSPA 2B8VA 4H3JA 5P61A 5F01A 1YT9A 3QRVA 3TLHA 3DUYA 5HE4A 5P26A 3F9QA 1KZKA 5P5KA 2QHYA 4RCFA 2VIYA 4R93A 1SGUA 1NPAA 4MC1A 5P4AA 4WTUA 3K5DA 4EJ8A 5B18A 2Q15A 2QHCA 5P7UA 1K2BA 3PM4A 5P0JA 2Q64A 3PBZA 5P5DA 3UF3A 4DI2A 3R1GB 4A6CA 1RL8A 4Y54A 1WKRA 3HDKA 5P7KA 4ZPGA 4F73A 5OZMA 5P6YA 2WKZA 4DUSA 2QMPA 4KE1A 5P4NA 3D20A 2PYMA 4K9HA 5P4TA 2Z54A 1SBGA 1IIQA 4PYVA 3KFNA 3IVIA 2XFKA 3CIDA 3T7XA 1W5XA 5P4SA 5P1OA 2WJOA 3OK9A 5P5YA 4ER4E 5OZTA 1ZAPA 3NU3A 1HEGE 5P7ZA 1QBRA 5P31A 5P1TA 1AJXA 5P57A 3URLA 4YD3A 2HPFA 4TRWA 5P6GA 2PMAA 5P3IA 1C6ZA 5HCTA 5CLMA 5HDXA 2P83A 1TCWA 5P1NA 5OZFA 5P3LA 3KMXA 1YTIA 4Z50A 2R9BA 2PK5A 3TL9A 4B1DA 5P3HA 3APRE 5P7CA 3OXVA 2ANLA 1MUIA 2Q3KA 4FM6A 5P46A 2I1AA 1CPIA 2VA7A 5P8FA 1SIPA 5P1KA 3QBHA 1LF2A 4Y3MA 4Y4EA 5ISKA 5P4LA 2NXDA 3JW2A 5P45A 5P4UA 2ZE1A 5OZ2A 5P87A 5P7MA 5HTZA 5C9FA 5OZ1A 4D88A 2R8NA 2HPEA 3VLAA 4YHQA 5P0HA 1TZSA 4QJ7A 1B6KA 2RSPA 1BWAA 3L59A 3OQFA 3UDQA 4ACUA 2UXZA 5P5TA 5P4YA 5I3WA 5E5JA 3QRMA 4YCYA 3KYRA 3O9AA 3OTYA 4LBTA 4Q1NA 4XXSA 5P51A 3NYGA 4MC6A 2A4FA 7UPJA 3VFBA 5P5EA 4DJPA 2JJIA 5F00A 5P1YA 5OZ8A 4YOAA 2B7ZA 2Q54A 4F74A 1HSIA 3UDPA 4Y4BA 3LIYA 3FIVA 4OD9A 1PPME 3R0WA 2OHNA 3OQDA 5P72A 4D8CA 5P8DA 4Y5MA 5P4JA 2P3BB 1Z1RA 4ZPEA 3QN8A 5P77A 4E43A 5P1XA 1G2KA 3ZMGA 3EKPA 1SMRA 2VS2A 5P0UA 2V10C 5P5IA 3WB5A 5P5ZA 5P71A 4RVJA 4TVHA 5OZ6A 5P5OA 4Y3LA 3SPKA 5P37A 2XFIA 3OU4B 5P1CA 2G1YA 5KQZA 4Y3WA 3UPJA 5P65A 1FQ4A 5OZJA 5P15A 2QZKA 4QJ9A 1T6GA 1EC3A 3IA9A 5P2AA 5P2TA 2FS4A 4Q5MA 5P5FA 4Y3JA 5IS4A 1K6PA 3O9HA 6UPJA 2O40A 1EBWA 2WECA 5P2UA 5HD0A 5P48A 2R3TA 1BILA 1D4IA 5OYXA 5P75A 3Q70A 4DJQA 1W6IA 2AOIA 2NNKA 3QROA 4Y57A 2OF0A 4KE0A 5P5QA 1LYAB 2JXRA 4GJ8A 4FS4A 3B7VA 4D83A 5P5RA 5P3XA 3KDBA 4RCEA 2AZBA 3OADA 1BDLA 5P8VA 1HIVA 3VF3A 5P0AA 3S56A 5P1RA 4EXGA 1SDTA 4WY1A 5DR4A 4U7VA 5HDZA 1SDVA 1ER8E 1QDMA 1A8KA 5P3SA 5P08A 1RNEA 4FL8A 3INHA 2P4JA 5P5SA 4HLAA 3PCZA 2FNTA 3EKWA 3TKGA 5P4XA 5I3VA 5OYWA 1QBUA 5OZZA 5P2JA 5DR3A 3PGIA 4PZWA 4J0YA 5OZUA 1FQ6A 4HVPA 5P02A 3QP0A 4CMSA 3INEA 2Z4OA 1DIFA 5JFUA 5EZXA 5P33A 1SMEA 3ECGA 1B5FA 3UTLA 5OZ5A 4S1GA 1OEXA 4APRE 5OZEA 1BXOA 5HE5A 3SA7A 5P42A 4GIDA 4FSLA 2QI7A 4EQJA 5P7QA 3NXNA 5P4MA 4I0JA 5ENKA 3UHLA 5P3MA 5P0GA 3OQ7A 5P0BA 5P83A 3EM4A 2VA6A 5P6TA 3OUDA 4YDGA 4GJCA 5P13A 1HPOA 4I0IA 4GJBA 1W5WA 4QJ2A 3S43A 1G6LA 4QJ6A 2WF2A 3CKPA 2BPYA 3UDNA 5P84A 5P8SA 4Y5LA 4OBFA 4D85A 1M4HA 4DJXA 5EZZA 1ME6A 4Y3QA 3PB5A 3IXJA 4ZIPA 3G6ZA 5P68A 4EXHA 1BAIA 5P29A 1K1TA 1KJFA 2B8LA 5P2EA 2G1RA 1QRPE 3DV1A 3ZPSA 5AHBA 2OHSA 3OUCA 5OYVA 1EC1A 4YD7A 1C6XA 5P34A 3ZKMA 2QNNA 5P4WA 4I0DA 1PSAA 5OZLA 3PBDA 4Y47A 3T3CA 4XKXA 3PJ6A 3GI4A 5P80A 2BPXA 4APEA 5P6IA 4BFDA 2IKOA 5P7WA 4CKUA 5P7YA 2IKUA 4Y45A 1E81E 4ZE6A 3EL4A 3EKQA 3EKXA 5DR7A 5P27A 2P3BA 4XX4A 3SABA 3K5CA 4Y3TA 4LP9A 3PI0A 3EXOA 4LL3A 2WEDA 5P7IA 2I4WA 4K4RA 5KOSA 3K5FA 4J1EA 4Y3FA 1MT8A 1BXQA 3VG1A 3U7SA 3ZKXA 5P3TA 3M9FA 2RMPA 1IVQA 3OXCA 2AZ8A 3T6IA 3TPRA 3SACA 5P5VA 5P3JA 2CENA 3QAAA 5DQ1A 3LIVA 4OBKA 4Y48A 1EPME 4YDFA 3EBZA 4LAPA 2V16C 4YA8A 4J1FA 3R2FA 2BBBA 4Y4JA 5DR8A 3SM2A 3O9LB 5P7RA 1NSOA 4PZXA 3QBFA 2V12C 4HDPA 2IQGA 1VIJA 2QU2A 5P0PA 1T6EX 5P2KA 5J25A 4YCKA 3GW5A 2NR6A 3UQRA 3LHGA 2V00A 3KF0A 1D4SA 4J5JA 4FE6A 3VSWA 3LIZA 3CMSA 2OHQA 3QVIA 2JE4A 5P2HA 5P14A 2BB9A 4Y4UA 1T3RA 4Y44A 3KN0A 3GGXA 4Y53A 5P18A 5C9BA 1FFIC 5P76A 1FQ7A 2CEMA 2FGVA 2ZHTA 2PWRA 4EHCA 2BJUA 3QS1A 2ZJNA 3TH9A 5P3KA 1GKTA 5P81A 4RVXA 3QRSA 4AA9A 5BWYA 5COPA 2VKMA 1B6JA 3OUBA 1DP5A 4Y3NA 5P0XA 3O9FA 3DOXA 4EP3A 3ZKGA 2IGXA 5OZ0A 2A1EA 3MSKA 1EC0A 4YOBA 3PWMA 2QCIA 1APTE 3Q3TA 4RZ1A 5P7XA 1EBKC 3PCWA 5P6SA 4DJYA 1LF3A 1WBKA 4ZSMA 3GI6A 2RENA 5OZNA 4CPUA 1XN2A 3TOGA 1IDBA 1SP5A 1ZPAA 2FGUA 2AODA 2ZHVA 5P63A 3HLOA 1RQ9A 4B0QA 4Y5GA 3ZKIA 3SA8A 5P8NA 4BEKA 4Y4TA 3CKTA 5P6FA 5HCOA 1HEFE 5P28A 3O9BA 5P3WA 3BVBA 3T7QA 4AUCA 5P78A 2UY0A 3D1XA 3OGPA 4OBZA 4Y3EA 1HRNA 1XL2A 1TQFA 5I3XA 5P6AA 1MSMA 4I0HA 3OOZA 5P2IA 3SKGA 3WSJA 3LPKA 3D1ZA 5P7TA 5P2RA 4L7HA 5P2LA 1ODXA 4Y5EA 5KAOA 4GYEA 1BVGA 3SFCA 4Y37A 1ZSFA 4OC6A 3LPJA 4YD6A 5SY3A 5OZOA 4JP9A 5HDUA 3N4LA 5P66A 1KJGA 5P6EA 5P43A 1TSQA 5P88A 3L58A 3BXSA 1ENTE 2ZJLA 5P8TA 3L5DA 4Y3YA 5ER1E 4Y50A 1BDQA 3BVAA 1MT9A 4GJ5A 1F34A 4L7GA 2ASIA 4LXAA 5P1ZA 3HW1A 3CIBA 4JECA 3LIQA 5P1WA 1A8GA 5P8AA 1IZEA 4Y3ZA 3MSJA 5P52A 5P1SA 2AVVA 5P4PA 3ZPTA 1AAQA 4NPTA 5P0YA 5HU0A 1LYWB 2IGYA 3B80A 4GMIA 5P2GA 4DH6A 4R95A 4B70A 2SAMA 5P4EA 5P47A 1MIQA 5P16A 3SA4A 3RTMA 3FNSA 4EPJA 2O4LA 5OZHA 1AIDA 2AVOA 5IVTA 3OU1B 5P64A 3O9DA 5P54A 5P09A 4OBDA 4RRNA 2VIEA 3CKRA 2XYEA 4EP2A 3HVGA 4DJOA 5AHAA 4PEPA 3I2LA 1GVUA 5P11A 2R5PA 2ZGAA 1D4HA 2PYNA 3HBOA 4J17A 5P59A 2OHLA 2BPVA 1ZJ7A 3ZKSA 5KQFA 5P4IA 5P4DA 5P67A 4D89A 3BUGA 4EJDA 4Q1XA 5P25A 4J0TA 3EKYA 5P23A 3EL9A 5P0OA 5I3YA 5P5AA 1BWBA 5P1AA 4CPSA 5P3DA 4YBIA 1EPLE 2BKSA 5P2BA 1FKNA 1EPOE 4M8XA 3S85A 4B77A 1A30A 2R38A 3UQWA 2WEAA 4DV9A 4FAFA 5P82A 1D4YA 3S8IA 5P6DA 2O4KA 3BUHA 4GJ9A 5P73A 2QI3A 4H1EA 4Y3RA 2F81A 4L7JA 1MESA 3NDUA 4DJVA 2BKTA 2QNQA 1APUE 2FDDA 1LZQA 2VJ7A 5P41A 5P5JA 2VIJA 4YE3A 1DMPA 2H6TA 2XYFA 5DQ4A 5P2CA 4CPWA 2AQUA 2ER9E 2NTRA 2H6SA 3G72A 1OD1A 3NSHA 1YTGA 4Y41A 1SIVA 5P49A 5IVRA 4TRYA 5KR0A 4MC9A 5P6RA 4DFGA 4RLDA 5P8UA 5DQ2A 3ZPUA 4J1IA 4Q1WA 2FNSA 4UPJA 3IXOA 2HIZA 2QI1A 5OZRA 2IENA 2PK6A 3HD8A 1LYBA 4NPUA 1BBSA 1ZP8A 4Z22A 2QK5A 3S53A 1FMBA 5OZ9A 1YTHA 3LITA 1LEEA 3EL5A 5P1HA 5P0VA 3NU6A 5TOLA 3VV8A 2VIZA 1HIHA 5P8RA 2AZ9A 2P3AA 1RV7A 2P3DA 5P1MA 5P5CA 2ZJHA 2HB3A 5JODA 1KJ4A 2WF0A 5OYZA 5P55A 3FNTA 3L5FA 1BV7A 4DJWA 1XE6A 3I8WA 2Q55A 2AOGA 3SA3A 1YG9A 1DPJA 3INDA 2MIPA 3L5EA 4F75A 2QI4A 2V13A 4FIVA 1HXWA 3OQAA 1XL5A 3SA9A 3A2OA 3OGQA 5P2MA 5P6MA 3UDMA 7HVPA 3TOHA 1APWE 2OHUA 4H3GA 5P3OA 3VYDA 4Z2ZA 1AXAA 3AIDA 3OTSA 4L6BA 5P4CA 2AOCA 6FIVA 1ODYA 5P2ZA 3UQXA 1QS8A 4Y4XA 3PRSA 5P2QA 5P5UA 6APRE 2NNPA 4DJRA 1HSHA 3L5CA 4Y5NA 4GJ6A 5P0DA 2Q63A 1U8GA 1DAZC 1EEDP 3VCMA 5HDVA 5IE1A 1J71A 5SXNA 2PH8A 1W5YA 4EJLA 3QVCA 5P5HA 5P0CA 3IN4A 1IZDA 3PSGA 3LIXA 2PSVA 3GGVA 4FLGA 1MVPA 2APRA 5OZBA 3NR6A 5P8JA 3LINA 1B6PA 5P1GA 2ZYEA 3OHHA 4KB9A 1HHPA 3DCKA 1A9MA 3VEUA 3BC4A 4Y3PA 2I4UA 4WY6A 4QLHA 4CPRA 4RGHA 4ZEAA 1NPVA 4Y3DA 5P7NA 5OZCA 3VFAA 3Q5HA 4JPEA 4J1HA 3PWWA 1HVHA 4U8WA 1AVFA 5P3CA 3PSUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B60 A;  2FDP A;  2HM1 A;  2PSG A;  3FNU A;  8HVP A;  4I10 A;  5HVP A;  2F3F A;  1EAG A;  1HVK A;  5P3U A;  5P0F A;  5P7J A;  4LHH A;  1MTR A;  2AOJ A;  3RTH A;  3SQF A;  2ZHR A;  5P12 A;  2PH6 A;  2QI5 A;  1JLD A;  2NPH A;  1LS5 A;  3O9C A;  2EWY A;  2NXM A;  1BIM A;  3Q4B A;  2IL2 A;  3O9G A;  4RVI A;  5OYR A;  3QIH A;  1HPX A;  1VIK A;  2IS0 A;  4ZLS A;  1KJH A;  3ZKQ A;  2I4D A;  3VUC A;  4I0Z A;  5P6X A;  1HTE A;  2ZJK A;  3CIC A;  4H3F A;  3NDW A;  4TVG A;  2HB2 A;  2PSU A;  1HVJ A;  1SGZ A;  4Q1Y A;  3OU3 A;  1IZI A;  1HWR A;  1Z8C A;  3OQK A;  4DPI A;  4I11 A;  3I7E A;  1MER A;  4B1E A;  2P8H A;  5P53 A;  3EKT A;  2I0A A;  3WZ7 A;  2F8G A;  5P3P A;  2F80 A;  5P8E A;  4AA8 A;  5IVQ A;  1EPR E;  3DM6 A;  5P0Q A;  3NU4 A;  4DQG A;  4OD9 B;  5P3E A;  1C70 A;  3GGA A;  5P30 A;  5FIV A;  1MET A;  5DR0 A;  5P07 A;  1MT7 A;  1XDH A;  2QZW A;  4J0P A;  4R5N A;  5P7D A;  3CYX A;  5OZ4 A;  1OHR A;  4YD4 A;  2VA5 A;  5P7A A;  2IDW A;  3SKF A;  3IVH A;  4CPT A;  2R43 A;  3DCR A;  2OHT A;  4Y4W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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