2Q5KA

Crystal structure of lopinavir bound to wild type hiv-1 protease
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Design and Synthesis of HIV-1 Protease Inhibitors Incorporating Oxazolidinones as P2/P2' Ligands in Pseudosymmetric Dipeptide Isosteres.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2q5kA00
5DGUA 3KFNA 4R8YA 5P14A 2RKGA 1QBUA 3KM4A 5P4UA 3VLBA 3TPJA 5P2XA 2QK5A 5P0TA 4Y4BA 3ZKIA 4ZIPA 4DJWA 3QROA 3S54A 1TCXA 5P19A 3OY4A 5P6RA 5P8JA 1B11A 5P4KA 3WB4A 5P75A 1HTRB 3EM3A 2B8LA 5P8DA 3ZMGA 5P2HA 4A6CA 1RQ9A 2PSUA 2XFKA 3HAWA 4HEGA 3IVIA 3VEUA 3SQFA 4Y36A 2V13A 2V0ZC 3LHGA 2ZJHA 4Y4ZA 5DQ4A 1XL5A 3UDYA 1HVIA 1HVCA 3EBZA 2QZLA 1K6CA 2JXRA 1HEFE 5OZEA 5P1VA 5P0JA 3VYDA 1FQ8A 5P7PA 2BB9A 1PPKE 1MTBA 1ZSRA 2V00A 1DPJA 5P1HA 4A6BA 2O40A 5P6UA 4YE3A 4I0GA 3PCWA 2IDWA 3Q3TA 3D1XA 4Z4XA 4QLHA 3O9CA 5OZ1A 4GMIA 2FMBA 2FXDA 5P5SA 1YTGA 1LV1A 4FL8A 3LITA 2B8VA 5DQ2A 5AH6A 4FRKA 4Y5EA 1B5FA 3SO9A 5P36A 4FCOA 5P05A 4FGXA 4DQHA 4Q1XA 1LS5A 1A8GA 3HVPA 5P7HA 2FXEA 1UPJA 1EBYA 4Y35A 2QZKA 1KJ4A 3DUYA 4TRZA 1ENTE 1QRPE 2RKFA 3NDWA 5P2CA 2JE4A 1KJGA 4FIVA 3QVCA 1PPLE 5HE4A 2P3BB 5P1XA 1BIMA 2RMPA 4H3IA 2FIVA 4RGHA 4YD5A 5P8MA 5CONA 2I0AA 3KDBA 4KB9A 1BXOA 5P0PA 1T3RA 5P2JA 5P3TA 3KT2A 5P5PA 2NMYA 2VA6A 4EP2A 5ISJA 5P30A 1M4HA 1HHPA 3FKTA 3GGVA 1K6TA 4MC2A 5P2AA 5P0HA 2F81A 3O9HA 4D83A 5P4HA 2WF2A 4AA8A 1K1TA 2HB2A 2VIJA 5P3LA 3PCZA 4DUSA 3VFBA 4EJLA 5OZMA 4OBJA 2IKUA 4YA8A 4Y3JA 2HS1A 5OZNA 5EZZA 3NU6A 5C9BA 1FQ5A 1HTFA 5P0XA 2OHQA 2H6TA 5P1AA 2VNNA 2RSPA 3OQKA 3F9QA 3CKRA 5P63A 3BUGA 4Y4AA 2H6SA 5F00A 5P6KA 1E82E 5HCTA 5P83A 2O4KA 5OZRA 2I4UA 4U7VA 3L59A 3RSVA 1SIVA 1HVLA 5P4ZA 1XE5A 4TVGA 4EHCA 4B0QA 2QHZA 3DJKA 3DK1A 2AQUA 4XXSA 5OYSA 1Z1RA 1FQ4A 3I6OA 5IVSA 1FQ6A 1G0VA 5P27A 4Y4XA 3H5BA 3UDMA 2XFJA 2G1RA 2FNSA 5P47A 4H3FA 5P2GA 4EXGA 5P0UA 5JG1A 1HSIA 1ZJ7A 4Q1WA 1D4HA 3ZL7A 1SP5A 5P7TA 1YM4A 2ER9E 1E5OE 5OZUA 4FRJA 5P3AA 2PK6A 5P7YA 5SY3A 2PMAA 4Y5CA 5E5KA 2V10C 2O4SA 5J25A 3PHVA 3ZKSA 3OTSA 3AUPA 2QI0A 3T11A 5P0IA 1XN3A 2I4WA 4YHQA 3WB5A 3SA7A 3MSLA 2OAHA 2QP8A 3OOZA 3QRSA 4I11A 5TOLA 4L7JA 1RPIA 4FSEA 2G1SA 3M9FA 2ZJLA 2QNPA 1MT7A 3IXOA 3VG1A 1TCWA 3ZPUA 1EPPE 5APRE 3H0BA 5OZPA 4DV9A 1W5XA 5P89A 4B1CA 4YBIA 5P51A 3EKTA 3NU9A 1D4KA 3OAGB 2A1EA 3ECGA 5P58A 2AVOA 2G69A 1HPOA 3CMSA 4ER4E 4JPEA 5P6NA 5OZ5A 4GZFA 4CPUA 2QHCA 2OHSA 5P0KA 4AA9A 2P3BA 1YT9A 2IL2A 4Z22A 5P69A 5CLMA 3UQRA 1T6GA 2QZXA 5P70A 4CP7A 2R3TA 3JW2A 3HZCA 5P56A 4B70A 1CZIE 5P2EA 3RTNA 5OYTA 4J0PA 5T4SA 4DJQA 3MXDA 2XYFA 2QI4A 5OZCA 4NJTA 3ZKXA 4B05A 3BUFA 3C9XA 3G6ZA 5P6WA 4K4QA 3G72A 3N4LA 2BJUA 5P2OA 4LAPA 2PWCA 3FNSA 1BVEA 1BDQA 5OZVA 5SXNA 3CKPA 2ZHUA 3CYXA 4APRE 5AGZA 5P5NA 3WZ6A 5P8PA 5P7SA 2ZJNA 1YTHA 3MSKA 4YD3A 1ZAPA 5OZTA 2QI5A 5P5XA 4Y5KA 4QJ6A 3SA6A 1FMUA 3OHFA 3S53A 2AOJA 3IGBA 4J54A 3EKVA 2G20A 5OZGA 1GVXA 5P46A 3NYGA 2BBBA 1B6JA 4WTUA 4KE1A 4Y3HA 5P11A 3HD8A 2NXMA 1APVE 5P5TA 1TZSA 4CPWA 5I3YA 5OZ6A 1C6XA 3QPJA 2BQVA 3L5EA 4F73A 4HDFA 5P88A 1T7KA 1HBVA 4DQEA 4Y43A 3O99A 5HD0A 5AHCA 1AAQA 3L5BA 4R91A 2HC0A 3NSHA 2QHYA 2F3FA 4FRIA 3G70A 4RVIA 4R92A 3GGXA 1FIVA 3FSMA 3GI4A 3Q70A 4LBTA 2FDEA 1HVSA 4Y4DA 2P83A 4U7QA 5P6GA 3IA9A 1K6PA 2AIDA 3EKWA 1T7JA 2A4FA 1MT8A 5HDZA 5DQ1A 3FV3A 5P01A 5P7RA 2P3CA 1AZ5A 3OWNA 3KT5A 5P5YA 1TW7A 1EPME 3UPJA 2R43A 5P20A 5P3BA 3IXKA 5P1UA 5P80A 3TPRA 1QBTA 3VV8A 3U71A 4MC6A 5OZWA 3VF7A 2V11C 5HDXA 2VJ9A 4I8WA 4YOAA 5P52A 3FIVA 1C6ZA 1MRWA 1HIHA 3TL9A 5P35A 1EBWA 1XN2A 3BVBA 3JVYA 5P0SA 5P6QA 3QVIA 4XKXA 3VV6A 2VS2A 4YDFA 3ZKNA 2UY0A 5P7QA 1F7AA 3CKTA 5P6AA 2BKTA 5IVQA 2AVSA 5BS4A 4Y3WA 5P06A 5P0YA 4I0FA 5P3VA 5P5WA 3OAGA 4PYVA 1PFZA 3UFLA 1HVJA 3IAWA 1KJ7A 2J9KA 2AOGA 5P1EA 3GW5A 1FG6C 1HVHA 2VIEA 3OK9A 4R93A 5P1ZA 2BPZA 3PI5A 5P1CA 5P74A 1IZEA 4B77A 4CKUA 1NPWA 5P6XA 1VIKA 3GI5A 1J71A 4AUCA 4GJBA 5JODA 5P0AA 5P5AA 1AJVA 3TPPA 1MESA 1T6EX 3OU3A 4Y50A 3HBOA 4OBHA 5P7ZA 5P45A 1BWAA 5P5JA 1APWE 5OZ8A 6APRE 3PBDA 3OU4B 3NXNA 4X7IA 4Y4UA 4N00A 5COOA 4BFBA 1D4LA 3PRSA 3Q4BA 3QBHA 3S43B 1FFFC 3KN0A 4X2LA 5P3HA 1EPQE 5OYZA 5P00A 5P71A 1MSMA 1SDUA 3K5FA 4FAFA 4AMTA 1EPLE 5P6YA 4GJ5A 5P2FA 1EBZA 4Y57A 3EL1A 5KQXA 5P61A 1LYWB 5P7MA 5OYYA 1HWRA 2ER6E 5P1NA 5P6VA 3O9EA 2AOIA 1SGUA 1SBGA 2FDDA 2P3AA 3OUCA 5P5VA 5KQFA 3UDNA 2O4NA 3L5DA 5P2SA 5P1JA 5AH7A 5DR8A 3S2OA 3QI1A 2I1AA 3UDQA 1W51A 3SKGA 5P42A 5P4GA 1HIVA 5P87A 5OZBA 2JJJA 1GVVA 4Y41A 1MIQA 3FX5A 1KJHA 1W50A 5I70A 2CENA 5P03A 4YDGA 5OZYA 5P5KA 4EPJA 5P7GA 2NMZA 2WEAA 5OZOA 1HIIA 5P7BA 3O9IA 4LXAA 2P4JA 3SM1A 2BKSA 3MSJA 2QI7A 1Z1HA 2PYMA 3APPA 3EKXA 5P4FA 4QJ9A 2AODA 2Q55A 3KFSA 5AH9A 5DR0A 4DPFA 5P8BA 4FM7A 3L5CA 5OZSA 4YBFA 1QS8A 3PI0A 2QNQA 5P4EA 2AOEA 5P60A 5P7JA 3INEA 4Q1YA 5P54A 4E43A 4I8ZA 2OHUA 5P4OA 5P6DA 5P29A 3CICA 1IZDA 4HDPA 5P86A 1IDBA 3NU4A 4L1AB 4ACUA 3HAUA 3IN3A 4YD6A 1M43A 3K5CA 1G35A 5EZXA 4OBDA 5P8HA 5P6FA 3UQXA 5P0VA 2IGYA 5UPJA 4BELA 3U6AA 3HW1A 4I0ZA 5P7VA 5P0MA 3UQUA 1EC3A 2P3DA 1YTJA 1XE6A 4RVXA 4EP3A 1SH9A 1RNEA 2FGVA 3MXEA 4GJ8A 4J0YA 5COPA 3KFRA 2OHTA 4IVTA 4PPHA 5OZKA 3BRAA 3L3AA 5P82A 5P09A 5P44A 3OU4A 2OHNA 2F8GA 1A94A 3EL4A 5P22A 1K1UA 4ZPFA 2ZJIA 5P50A 3DOXA 3S43A 5JFUA 5P62A 5I3WA 5P2TA 4DI2A 5IVRA 5P38A 5P57A 5HVPA 5P02A 1NH0A 1SDTA 4JOOA 4D8CA 1HSHA 4XX3A 2G1YA 5P6JA 3T7QA 4ZSPA 1FGCC 1RL8A 5P73A 4B00A 3NWQA 2ZHVA 5P3OA 3OUAA 1LYWA 4S1GA 5P72A 5P7WA 1APTE 1FMBA 3PMYA 2Q63A 1LF3A 3PWWA 1DW6C 5AH8A 3UDJA 2BPVA 2EWYA 4EJKA 3EKPA 2R3WA 2Z4OA 4DQGA 4RCEA 4Y3EA 4YCTA 5P4QA 3NDXA 4Q5MA 5P10A 8HVPA 3RTMA 3OGPA 1OEXA 1PPME 4I0JA 6FIVA 1HTEA 3D3TA 5P1LA 5HU1A 3A2OA 2HIZA 2R8NA 3S85A 3MWSA 4QJAA 5P37A 4ZSRA 7HVPA 5P1FA 3T7XA 2ER0E 4DJYA 1HPVA 4J1KA 1QBRA 2G1OA 1GNNA 5P33A 4J0ZA 2ZHRA 2AOCA 2QU3A 5OZ9A 3ST5A 1U8GA 1MPPA 2OF0A 5P2KA 4FAEA 5P16A 5KQYA 5AHAA 1XS7D 3OTYA 4CMSA 5P5LA 4FS4A 2V16C 3TH9A 4NJUA 2ANLA 5P40A 2ZDZA 4FLGA 5OZIA 2JJIA 3OOTA 2Z54A 2IENA 4RZ1A 4OD9B 5P8VA 1FKNA 5COKA 5P66A 5P4XA 5P4TA 1OEWA 3GI0A 2AZ8A 3EKYA 1D4YA 4YCYA 3OADB 4EQ0A 2ER7E 5P5RA 4I0HA 3VF3A 2WF1A 2OHRA 3OU1B 3TNEA 5P5GA 5DR3A 3INDA 4YOBA 3BC4A 4K4PA 3NUJA 5I3XA 1PSAA 3SA3A 1B6LA 3QAAA 3VV7A 5P2LA 1MRXA 4L1AA 1EPNE 3SFCA 5P5DA 5P1BA 5OZJA 2F3KA 5BWYA 4NKKA 3OXVA 4MC1A 1OHRA 5SZ9A 5P1GA 3UDKA 5HE7A 4Y4EA 3U7SA 4Y3XA 2AZBA 3LPJA 1EBKC 2ZJKA 2HS2A 1FEJC 4KE0A 3O9FA 3EMYA 4OBZB 5P0EA 3OUDB 5P2DA 4WY1A 5P41A 4D89A 5P81A 5P3PA 1YG9A 2BPXA 4TVHA 4UPJA 1META 3R0WA 4CPQA 3I8WA 2AZCA 1EPOE 1EC2A 4Y3TA 2BPWA 2P8HA 1IZHA 3K1WA 3NXEA 2PQZA 3OXWA 1D4IA 5P4RA 3S8IA 1FFIC 5IVTA 1QBSA 3S7MA 2PSVA 3SPKA 2FDPA 5P6BA 4ZPGA 5OZFA 5P7OA 1FLHA 3TKGA 3PB5A 3PMUA 1HSGA 5P8TA 1NSOA 3NU3A 3NU5A 5P0RA 5P78A 3PLLA 2ZHTA 2QZWA 4K8SA 1HXWA 5OZDA 4Y47A 5P3JA 1WBKA 1FF0C 5KR0A 3BVAA 5P2QA 1K6VA 3O9LB 4RYGA 5P8OA 1FG8C 5OYWA 5P4PA 5HDUA 2WEBA 3GI6A 2VJ7A 4RLDA 1MUIA 5P6IA 5KR1A 2QNNA 1YX9A 3KMXA 1PROA 3O9DA 5P85A 2JYSA 1HOSA 4Y4TA 5HE5A 2PH6A 3T6IA 4I0DA 5P8EA 1BILA 2QD6A 2R38A 5OYQA 7UPJA 5P4BA 2ZYEA 3CIBA 3NDTA 2NXDA 4BFDA 5P0QA 2VIZA 4JECA 1D4JA 4GJ9A 3VYFA 3NLSA 5OZ0A 3BXRA 4EYRA 5P2BA 1XDHA 5ENKA 2PYNA 3LNKA 1HVRA 4Y6MA 5P7XA 2QMGA 3LZSA 4GJAA 1D4SA 4FE6A 5P6MA 4NPUA 5HTZA 1ZLFA 3LZVA 4OD9A 5P0DA 5P8FA 4Y3NA 5P3KA 5P4MA 1GVWA 5P2WA 3FNUA 1UH8A 5P7NA 5KR2A 1HVKA 5E5JA 3OADA 4DJVA 2IEOA 4Y3YA 1BV9A 1TQFA 1GVTA 1WBMA 1B6PA 3QP0A 2Q64A 5P1DA 2G1NA 4Y4JA 5ISKA 3OU1A 1A30A 3BHEA 5P28A 3QN8A 4J1IA 4RCDA 2B42A 5ENMA 5P7LA 1AIDA 5P39A 5P15A 2FNTA 4B72A 2VKMA 1DIFA 3RVIA 3T3CA 5P1KA 3O9AA 5P5MA 2UPJA 5P17A 5P32A 4M8YA 4MC9A 5P1PA 3GGUA 3QRMA 4Y3ZA 5PEPA 1IVPA 3DCRA 2AOFA 5DQCA 5AHBA 3INHA 4QJ7A 5P7EA 5P7FA 4NPTA 4Y3GA 5P6EA 2OHPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DGU A;  3KFN A;  4R8Y A;  5P14 A;  2RKG A;  1QBU A;  3KM4 A;  5P4U A;  3VLB A;  3TPJ A;  5P2X A;  2QK5 A;  5P0T A;  4Y4B A;  3ZKI A;  4ZIP A;  4DJW A;  3QRO A;  3S54 A;  1TCX A;  5P19 A;  3OY4 A;  5P6R A;  5P8J A;  1B11 A;  5P4K A;  3WB4 A;  5P75 A;  1HTR B;  3EM3 A;  2B8L A;  5P8D A;  3ZMG A;  5P2H A;  4A6C A;  1RQ9 A;  2PSU A;  2XFK A;  3HAW A;  4HEG A;  3IVI A;  3VEU A;  3SQF A;  4Y36 A;  2V13 A;  2V0Z C;  3LHG A;  2ZJH A;  4Y4Z A;  5DQ4 A;  1XL5 A;  3UDY A;  1HVI A;  1HVC A;  3EBZ A;  2QZL A;  1K6C A;  2JXR A;  1HEF E;  5OZE A;  5P1V A;  5P0J A;  3VYD A;  1FQ8 A;  5P7P A;  2BB9 A;  1PPK E;  1MTB A;  1ZSR A;  2V00 A;  1DPJ A;  5P1H A;  4A6B A;  2O40 A;  5P6U A;  4YE3 A;  4I0G A;  3PCW A;  2IDW A;  3Q3T A;  3D1X A;  4Z4X A;  4QLH A;  3O9C A;  5OZ1 A;  4GMI A;  2FMB A;  2FXD A;  5P5S A;  1YTG A;  1LV1 A;  4FL8 A;  3LIT A;  2B8V A;  5DQ2 A;  5AH6 A;  4FRK A;  4Y5E A;  1B5F A;  3SO9 A;  5P36 A;  4FCO A;  5P05 A;  4FGX A;  4DQH A;  4Q1X A;  1LS5 A;  1A8G A;  3HVP A;  5P7H A;  2FXE A;  1UPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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