2Q64A

Hiv-1 pr mutant in complex with nelfinavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMSLPGAWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Molecular analysis of the HIV-1 resistance development: enzymatic activities, crystal structures, and thermodynamics of nelfinavir-resistant HIV protease mutants
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2q64A00
5ENMA 5P6XA 5P0LA 5P2OA 3A2OA 4CMSA 1ZTZA 1ODWA 1APVE 5P51A 3ZL7A 1YTIA 4EWOA 4YD4A 5OZ8A 3OQKA 5P8NA 5P65A 3I8WA 3TKGA 2R8NA 5P1MA 3OADA 4Y3MA 5P73A 3UDJA 4NJVA 4Y48A 4B78A 4DJRA 4B00A 5OZDA 5P1JA 5P4ZA 5P8GA 1AM5A 1OEWA 4DJWA 1MT7A 4HA5A 3IN3A 3SA9A 5P4CA 1SIPA 2J9KA 4OBZB 5HU0A 1DP5A 3LZVA 4F73A 3VV6A 5P2BA 1MEUA 5P62A 5OZ6A 3ZKSA 3K5FA 4Y36A 3D20A 1OD1A 5P3TA 5P7JA 5P1FA 4I0GA 4QJ9A 5P7ZA 3U71A 1HSGA 3O9CA 5OZJA 4YOAA 3DV1A 3Q5HA 2PSVA 3QVCA 3HAWA 3PMYA 3RSVA 3S85A 5AHAA 3TL9A 4PHVA 5OZSA 2ZHRA 1FQ7A 5BRYA 3K4VA 4CPTA 2AOFA 2VKMA 3KDDA 2F80A 4FRKA 4CPSA 2HPEA 5P84A 5P5IA 1MVPA 4FGXA 1GVVA 4GJDA 5P71A 1SP5A 5P5EA 1EPOE 4B77A 2QI5A 5OZAA 1PPKE 2PH8A 3OQ7A 5P0ZA 3INFA 1GVUA 4H3JA 4OC6B 1MUIA 5P46A 5P01A 2I4WA 3GGUA 4YD7A 2HB2A 4LXAA 3KT5A 3MSJA 2OAHA 3KYRA 3VFBA 1FQ8A 3IXOA 1NPVA 4GB2A 4RVXA 1FMUA 3HAUA 3N4LA 5P5YA 1Z1RA 2OHRA 4RLDA 3L5FA 1SIVA 3INHA 5IVSA 3SABA 3PGIA 5P31A 3VV7A 2NXMA 3JVYA 4YDGA 4R5NA 3LPJA 4CPWA 3T11A 4RCEA 3BUGA 5P5DA 4I0EA 5P2IA 5P6BA 5AH8A 1A8GA 2BPWA 5KAOA 3S56A 4R93A 1HIHA 2AVOA 5P3BA 1B6KA 1C70A 2RMPA 5P7AA 4Y3PA 5P6QA 4Y4ZA 5P1GA 1G2KA 4H3FA 4EQJA 3KFRA 4HEGA 5P09A 5P55A 5P5CA 4XXSA 5P3OA 2F3KA 2G21A 1XS7D 4DQCA 2CENA 2Q11A 5P8QA 5P7OA 2WEDA 1KJ4A 5P3KA 1LYWB 4YD5A 5IVRA 4RROA 5P57A 1GVTA 2P8HA 5OZNA 5P6KA 5P8VA 1QBRA 2FIVA 2AZBA 4FCOA 3ZLQA 5P7FA 5F00A 3UDMA 2HPFA 4Y4TA 5P39A 3I25A 3G70A 4FSLA 4GJBA 3NXEA 2O4LA 2PSUA 1SDUA 4EJDA 5P6WA 5P0IA 4LBTA 5P0FA 5P43A 1K2CA 5P8DA 5P7XA 5P4VA 2B8VA 2ER0E 5KR1A 3SFCA 1HVIA 1FFFC 1G35A 4Y5AA 3KMXA 5P2QA 5SY2A 4DUSA 2OHTA 5P4PA 2QI6A 3O9EA 4LXMA 5P35A 5P6OA 2QK5A 4I0IA 4K4QA 3EL0A 2HM1A 5OZHA 4D8CA 5OZIA 5AH7A 1K1UA 5P7EA 1A30A 5AHBA 3NDTA 5P6FA 5P1NA 5P0VA 3NDWA 1CMSA 4GJCA 4GYEA 3QIHA 1NSOA 1TZSA 1WBMA 2PSGA 1E5OE 2XFJA 1KJGA 3K1WA 3OXWA 5I3VA 1YT9A 5P4EA 4Y5MA 1IDBA 5P54A 2VA5A 1EBKC 5P6SA 2QD8A 2QI3A 2XYEA 4DVFA 1FFIC 1AAQA 5P3XA 4R92A 1ZSRA 3NYGA 5P5TA 3BXSA 1SDVA 5P30A 2I1AA 1MESA 3WSJA 1FIVA 4KE1A 3S7LA 5P5WA 4U7VA 5P2JA 5P38A 1J71A 4Y43A 2IEOA 4GJAA 4Y5GA 2O4SA 3KFSA 5P8FA 5P1CA 1EPQE 4ZSMA 5P2RA 1W50A 4QJ7A 4LL3A 5P5VA 1ODXA 2WF3A 1EEDP 3UQUA 3I7EA 5P7PA 1RNEA 1FG8C 4NJUA 3GGVA 5P5SA 5JFPA 2WEAA 2FNTA 2P3BA 3KFNA 2VIJA 1APUE 5P45A 5P50A 3LIZA 3RU1A 4J54A 3IXJA 3T7XA 4Y4GA 5P44A 1KZKA 3PI5A 5P1EA 5P00A 4JPEA 5I3YA 1DPJA 3FNTA 4I8WA 3HD8A 4DQFA 1HPXA 1RPIA 3OAGA 5I70A 1UH7A 3IVIA 4BELA 3BXRA 3OOZA 1TW7A 2WEBA 3H0BA 2Z4OA 1T6EX 1YM4A 1DAZC 5P12A 1M43A 5P81A 4MC2A 4WY1A 1T7KA 4Y3EA 4CPUA 3GGXA 5OZTA 3DV5A 1EAGA 2AODA 3EL4A 5KQYA 3DUYA 5P4SA 3PSYA 4DV9A 2BPYA 2AQUA 5P16A 4D83A 3APPA 1VIJA 4Y58A 3S54A 5HDXA 3OXVA 5P0MA 5P2CA 3PLDA 3QBFA 5P1XA 3FSMA 2PK6A 4I10A 3CYXA 1IBQA 2QI0A 4DPIA 4RRSA 5UPJA 4L1AB 5DQ1A 2NMZA 1HOSA 2VA7A 3KFPA 3UPJA 1M4HA 3QBHA 5OZEA 1PFZA 1FF0C 2AZ8A 1BVGA 4J17A 5P37A 5P86A 3DJKA 1KJFA 1N49A 2AVMA 2G1NA 5P0AA 2WF4A 1HTEA 4Y3YA 1B6LA 1BIMA 1HVHA 3OU4B 5OZ9A 2WHHA 3IGBA 2F3FA 5P1WA 2FDEA 5P5OA 1BDQA 5P0SA 3DM6A 4GJ6A 1MPPA 5OZRA 1MT8A 3EKVA 1BXOA 1SH9A 5P85A 2UXZA 5P4AA 3SA7A 4RRNA 2V11C 4HZTA 4DPFA 2UY0A 2QZKA 4OBHA 5P2TA 2FGUA 4CKUA 3UQXA 5HVPA 2I0AA 2IGXA 1PSNA 3PBDA 3MXEA 1BVEA 4YA8A 3AUPA 1LS5A 4Y4UA 1IIQA 3NSHA 4YDFA 5P67A 4HLAA 5P03A 5OZ2A 4YCTA 5P1OA 3F9QA 4A4QA 3PWWA 4EJKA 3ZKQA 3RTNA 3PWRA 3EM6A 3QVIA 4EYRA 2V13A 5DQ2A 3L5CA 2PYMA 3CICA 5P8MA 5P1VA 4D88A 5IE1A 5P89A 2CEMA 2ANLA 2R5QA 3LZUA 1YM2A 3TLHA 3ZMGA 4EXHA 3PCWA 2G1RA 3ER5E 1HRNA 4I12A 3M9FA 3MXDA 4X7IA 5P1QA 4JP9A 2VJ9A 4OD9A 5P3RA 2P3CA 4MC1A 1PSOE 3DOXA 3IAWA 5P4HA 4RYCA 4I0JA 4Y39A 1B5FA 4L7HA 4PZWA 5P7IA 2JXRA 5P0TA 5P2XA 5P79A 3OGPA 3ZKGA 4J1HA 1UH8A 4DQBA 1HVLA 1QDMA 1T7IA 3L5DA 1T3RA 4GIDA 5P06A 1FGCC 4ZSQA 3KF0A 4Y9WA 1EC1A 5F01A 5P1ZA 4DQEA 4DFGA 5P7MA 4Y4DA 1B6PA 2QI7A 2HIZA 4YD6A 1B6MA 2P3DA 5P7GA 4L7JA 5P3HA 4R91A 3U6AA 2AOHA 1HIVA 5P4FA 1K1TA 5DQ4A 4EXGA 5P7HA 4GZFA 3OU1B 4YD3A 2VA6A 1PROA 5P24A 3EL9A 1MSMA 1VIKA 1RQ9A 3S7MA 1W5VA 4WTUA 4ZEAA 5DR4A 3BC4A 1LYBA 2ER7E 2OHQA 5P14A 3D1XA 4NJTA 3KDBA 4PYVA 4RCDA 4YBIA 1HVCA 5P4IA 5P58A 3ZKNA 1C6YA 1ER8E 1LV1A 4Y54A 5P22A 1D4JA 1PSAA 5SY3A 3L58A 2OHPA 2BBBA 3LIXA 2QMGA 1C6XA 1OEXA 4M8XA 3AIDA 1ZAPA 2VIYA 1SMEA 4QJ2A 2O40A 3CIDA 5P4BA 5P56A 3VYDA 3VF5A 5P6RA 3UFLA 3MWSA 4B1DA 1BDRA 5P1TA 4DI2A 4Z22A 1BV9A 4I11A 2Q64A 1APWE 3IVHA 2B7ZA 5AHCA 3HW1A 4FRJA 5P7QA 3FX5A 4ACXA 2QI4A 5P8CA 3HVPA 2AOIA 4Y4WA 2V12C 5AH6A 2FLEA 5P82A 5P2DA 4ZPGA 3SA4A 3EXOA 1IVQA 4XX3A 5P4UA 2UPJA 1SMRA 3HLOA 1NPAA 3O99A 3VSWA 5P15A 1LYAA 5P0WA 1TCXA 2H6SA 3OUBA 4YCKA 5P8SA 3KA2A 3R4BA 5P1UA 2VJ6A 4CPXA 5OZBA 2NNPA 3UQWA 2FNSA 5P1LA 4J5JA 1BDLA 3S43B 5KR2A 5P08A 2OHMA 4AA8A 5P3ZA 3TTPA 1GVXA 5ENKA 3ST5A 1CPIA 1RV7A 2VNMA 4R8YA 5P63A 2QCIA 4Z50A 3SM2A 5HDUA 4YBFA 5P3AA 3OQFA 1D4HA 2PMAA 2PQZA 4Y3TA 5P7BA 4ER1E 5P7DA 5P3CA 3LIQA 4KE0A 1CZIE 5P6MA 3UHLA 5P80A 3NU3A 4B70A 2WL0A 4XKXA 1D4SA 3LIYA 3S45A 4U7QA 5P1KA 2JJIA 3SPKA 5P6NA 5P4NA 2JE4A 1A8KA 5P1IA 3L5EA 2P83A 4ZPEA 3KDCA 2WF1A 4Y3LA 1K6CA 2XFKA 1F34A 3OQAA 5DR7A 3LNKA 4K9HA 1QBTA 3SA8A 2B8LA 5P8KA 4I1CA 3URLA 5P69A 5KR0A 3KN0A 1LZQA 5P3GA 5P26A 5P5FA 1UPJA 5P5QA 5KOQA 2FMBA 2SAMA 3B7VA 5P6IA 4FM7A 1EPNE 4Y44A 5DR3A 5HCTA 3H5BA 4NJSA 2V10C 2FXDA 1META 1W51A 2B42A 1TQFA 3EKYA 2HAHA 2AOGA 2AVSA 3O9LA 5P2UA 3FNUA 3UCBA 7HVPA 2WEZA 2ZHUA 1YTJA 3EL5A 4ZIPA 1HXBA 3SQFA 2CEJA 2R9BA 5P47A 4OBKA 2QAKA 2BKTA 3TPLA 2G24A 2ER9E 3VUCA 4HDBA 5P53A 4PZXA 5P1YA 2Q54A 3DCKA 3KT2A 2I4DA 4B1EA 2Q15A 2VS2A 1ZPAA 3NDUA 3L59A 5P2WA 3BGBA 4XX4A 5P0UA 3OXCA 3NU4A 5OZPA 5P8AA 4FAFA 1BWBA 5P5UA 3QI1A 1XE6A 3UDRA 4DJYA 1NH0A 2R5PA 4F75A 4ZE6A 4DJXA 4DJPA 2A1EA 5P5ZA 3D1YA 5OYXA 1MTRA 4IVTA 4BFDA 5P2FA 4RVJA 1EPLE 3LZYA 4EPJA 5HE4A 4GJ5A 3TKWA 2QMPA 2Q55A 1MTBA 2XFIA 2ZHSA 5P0GA 5P07A 1HTGA 3OTSA 4GJ8A 3I2LA 4EP2A 5C9BA 5OZ7A 2PWCA 4Y3NA 3OUCA 4FSEA 1AXAA 3NU9A 1PPLE 5P41A 5P3WA 3GI6A 4Q1WA 1HTRB 3OHHA 3K5DA 3JW2A 4Y4JA 5T4SA 3UDYA 5ISKA 5DR1A 5P6JA 5KQZA 4KUPA 3OUDA 3BVBA 3ZPSA 4RGHA 4YCYA 1YG9A 3BRAA 3CIBA 1K6PA 2FDPA 1W6HA 4J1EA 4NPTA 5TOLA 4I0HA 1AJVA 4Y38A 3OWNA 1AJXA 2QZLA 5P48A 4AA9A 2R43A 5P7WA 2NR6A 1BILA 5HDVA 1LF2A 5P3NA 5E5KA 4Q1XA 5IS4A 3KMYA 3INDA 4EHCA 4F76A 1IZEA 5P4XA 2ER6E 3UDKA 5OZ5A 3MSLA 4Y3DA 1APTE 1EPME 2RKFA 3EKXA 3HBOA 3PHVA 2J9JA 5P8OA 5HE7A 3IN4A 5OZYA 5OYWA 4HDPA 3TNEA 4EP3A 2Q63A 2I0DA 1QS8A 3O9BA 5P5BA 1FEJC 2AOEA 5OZGA 3PI0A 3BUFA 5P0HA 2BQVA 4Y3GA 3RTMA 2B7FA 4Y5PA 1U8GA 3KM4A 1TCWA 4RCFA 9HVPA 5KQXA 1LF3A 4J1KA 1WBKA 5P5NA 2WKZA 5P7VA 1HSHA 3RTHA 1FMXA 4YE3A 4PEPA 1Z8CA 1MIQA 1AIDA 2IRZA 2V0ZC 3QAAA 5KQFA 2BJUA 1DW6C 3ZPTA 5OYQA 3L5BA 4QJAA 2OHNA 3QRMA 2QNPA 5OZUA 3QRVA 3DCRA 4S1GA 5P8BA 1TSQA 4R95A 5P1SA 3NUOA 5OZ0A 1E82E 4K8SA 4TRWA 4F74A 4Q5MA 1ZBGA 5P8HA 1MSNA 5P6VA 3D1ZA 4Y3WA 5P5XA 1FB7A 4BEKA 3JVWA 4CP7A 2H6TA 4B05A 1YTGA 4Y4XA 4FRSA 3DK1A 2ZJIA 3VYFA 3FIVA 3OU3A 4OBZA 5JODA 3LPIA 3SLZA 2O4NA 2IKUA 5OZMA 1IDAA 4Y3JA 4D89A 3IXKA 3SA3A 3ER3E 2F8GA 5JFUA 4DQGA 1HPOA 3T3CA 2IGYA 3EKPA 2WECA 2HS1A 3EKTA 1AVFA 4NPUA 2FXEA 5P27A 3ZOVA 5OZLA 3NWXA 3PJ6A 2P4JA 2R38A 3UQRA 4COEA 4JECA 4J0VA 5P40A 1W6IA 3CMSA 5P3VA 2B60A 1E81E 5J25A 2P3BB 5P8PA 4RVIA 3PSUA 1PPME 1QBUA 4DJQA 5P2GA 5P6GA 4RZ1A 2NXLA 4UPJA 4LP9A 3SA5A 4TVGA 1Z1HA 3VG1A 3K5GA 2QU3A 5P5KA 1HPVA 5P6TA 1ME6A 3O9GA 5OZCA 5P3MA 3OAGB 1GVWA 3SKFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5ENM A;  5P6X A;  5P0L A;  5P2O A;  3A2O A;  4CMS A;  1ZTZ A;  1ODW A;  1APV E;  5P51 A;  3ZL7 A;  1YTI A;  4EWO A;  4YD4 A;  5OZ8 A;  3OQK A;  5P8N A;  5P65 A;  3I8W A;  3TKG A;  2R8N A;  5P1M A;  3OAD A;  4Y3M A;  5P73 A;  3UDJ A;  4NJV A;  4Y48 A;  4B78 A;  4DJR A;  4B00 A;  5OZD A;  5P1J A;  5P4Z A;  5P8G A;  1AM5 A;  1OEW A;  4DJW A;  1MT7 A;  4HA5 A;  3IN3 A;  3SA9 A;  5P4C A;  1SIP A;  2J9K A;  4OBZ B;  5HU0 A;  1DP5 A;  3LZV A;  4F73 A;  3VV6 A;  5P2B A;  1MEU A;  5P62 A;  5OZ6 A;  3ZKS A;  3K5F A;  4Y36 A;  3D20 A;  1OD1 A;  5P3T A;  5P7J A;  5P1F A;  4I0G A;  4QJ9 A;  5P7Z A;  3U71 A;  1HSG A;  3O9C A;  5OZJ A;  4YOA A;  3DV1 A;  3Q5H A;  2PSV A;  3QVC A;  3HAW A;  3PMY A;  3RSV A;  3S85 A;  5AHA A;  3TL9 A;  4PHV A;  5OZS A;  2ZHR A;  1FQ7 A;  5BRY A;  3K4V A;  4CPT A;  2AOF A;  2VKM A;  3KDD A;  2F80 A;  4FRK A;  4CPS A;  2HPE A;  5P84 A;  5P5I A;  1MVP A;  4FGX A;  1GVV A;  4GJD A;  5P71 A;  1SP5 A;  5P5E A;  1EPO E;  4B77 A;  2QI5 A;  5OZA A;  1PPK E;  2PH8 A;  3OQ7 A;  5P0Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4FS4 A;  3Q6Y A;  4Y6M A;  4FM6 A;  1FQX A;  2ZJM A;  5P3F A;  3RVI A;  5OYU A;  4ER4 E;  3T7Q A;  5P0O A;  3IA9 A;  4Y3X A;  1DMP A;  5DR8 A;  3VLB A;  1SGU A;  5P2Z A;  1ZPK A;  4TRY A;  5P5M A;  4Y4E A;  1K6T A;  4APE A;  4JPC A;  4U8W A;  2QP8 A;  4M8Y A;  5P4M A;  5P68 A;  3WZ8 A;  2G27 A;  3EC0 A;  1MER A;  5P87 A;  3OU1 A;  5P42 A;  4PPH A;  4HVP A;  3TOH A;  3D3T A;  4Y37 A;  5P20 A;  4BFB A;  3ECG A;  1OHR A;  2BKS A;  2F81 A;  4Y3Z A;  5P10 A;  5P05 A;  1UH9 A;  3VFA A;  5P4T A;  2R3W A;  3INE A;  2I4X A;  3LIV A;  2AOC A;  5P36 A;  1Q9P A;  5OZZ A;  1QRP E;  4N00 A;  4QJ8 A;  1EBZ A;  3OUD B;  1XE5 A;  5P5R A;  2IEN A;  2OHU A;  3O9F A;  3WZ6 A;  3NLS A;  3SKG A;  3CKP A;  4Z4X A;  3EM3 A;  4Z2Z A;  3C9X A;  5P7N A;  5P75 A;  3NU5 A;  5OYY A;  3UQP A;  3SO9 A;  3O9I A;  4AMT A;  5P6Z A;  3K5C A;  1W5Y A;  2RKG A;  5IVQ A;  1BWA A;  5P5J A;  2QHZ A;  3WB4 A;  3NXN A;  5P1H A;  1F7A A;  1HVJ A;  2I4V A;  3VF7 A;  5P3J A;  3UDN A;  2BB9 A;  1IZD A;  2WJO A;  3O9A A;  1HVK A;  2OF0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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