2Q8JA

Crystal structure of the complex of c-lobe of bovine lactoferrin with mannitol and mannose at 2.7 a resolution
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of the complex of C-lobe of bovine lactoferrin with Mannitol and Mannose at 2.7 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 104
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2q8jA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2q8jA02
2F34A 3GLBA 4KCCA 2QSXA 4EXKA 4OFOA 3DP4A 5HBCA 4R75A 1DOTA 5H8NA 4PFTA 1NNTA 4GQOA 5F7VA 2NWJA 4F2OA 1Z7NE 3K6VA 5AA3A 3V83A 1R9QA 1IQ7A 3N26A 4KFQA 1OQHA 1B7UA 4NWDA 2O69A 2O84X 3S9LC 4AQ4A 3OENA 1PBPA 1QJMA 4IO4A 4MLQA 4G77A 3DP6A 1MXWA 2QMWA 1JNFA 5I56B 1LBCA 3C32A 3BFUA 4IO6A 4NF5B 2H9BA 3TAJA 3GZGA 4OMBA 1FTJA 3IO4A 3K02A 4Q0CA 2Y7WA 1Y4TA 4FE8A 4R72A 3IL1B 3O66A 1P99A 1MRPA 1SD3A 4IO7A 4OZ9A 4ZS9A 5F1QA 3UA8A 4YZZA 1SYHA 4GLIA 4ZE9A 3B7DA 1LGBC 4JWYA 1LFGA 4NMYA 2F7CA 3TTMA 1B5IA 4NF6A 3CSBA 2HZLA 3H6VA 4PFYA 1XT8A 4U1OA 3MW0A 4LZ5A 5L9OA 4IGRA 1FCKA 4DE8A 2F97A 3W9WA 3EHUA 1S7YA 1ZBMA 4NTLA 1B58A 3Q27A 3LSFB 1DPPA 4GXSB 3IX1A 2DS9A 3UP9A 4Q30B 3PMVA 4X1BA 5EHMA 3HO7A 2V3UA 2XD2A 2DE4A 2ONSA 3KFMA 5CMCA 1A8FA 4EQ7A 3S9NC 2D21A 1URSA 3E3KA 2RC9A 4OHNA 4YKJA 1PB9A 1YCJA 2UVHA 2OLBA 4OEUA 4ZEIA 3FUZA 3ILTB 3E9XA 3OEMA 2G93A 3QIMA 2E1SA 1QW0A 1XC1A 2I6EA 2ZNUA 2CMOA 3IR1A 1P1QA 1P1NA 4IGTA 1IEJA 4O3AA 5DEXB 4ZEBA 3TYHA 1ZU0A 3N94A 4IY6A 1TWYA 1US5A 3HSTA 4F1VA 1H43A 4FJPA 1JEUA 1RKMA 2DVCA 2NOOA 3PUZE 3KJTA 4OWDA 3KSXA 3TUSA 4ONYA 2ZYMA 3KG2A 3FIRA 2HAUA 3VXCA 3OSRA 1B5HA 4YU0A 3MQ9A 4KYEA 1BIYA 3T22A 1B1XA 1FQBA 4XKNA 3RY3A 1N76A 4RK9A 2GFEA 4FAJA 1SVXB 3IJXB 3UORA 2ZNTA 3K1NA 3TQLA 4R2BA 2Q2AA 2H25A 4U4SA 1JW1A 1QUIA 3T9VA 1PB8A 4P11A 3VLVA 1B40A 1BP5A 1XS5A 2FA7A 4GD5A 1NFTA 4GF8A 4KHZE 3O2AA 3T93B 4DXCA 4EQ9A 2W7YA 2OBGA 2P0SA 3BBRA 3O6GA 4M1VA 2PYYA 2V84A 1VFEA 2DXYA 3OO8A 3HCQA 1I6BA 1SBPA 3G3GA 3QUFA 4NWCA 3SKPA 4OYVA 4PETA 5J1DA 2VP1A 1FTLA 1Y9UA 4GFRA 5L9MA 1EU8A 2QRYA 1LCTA 4G8NA 5CBSA 5TP9A 3MC2A 4R6KA 4RXLA 2DE3A 5I2NA 4BDRA 2Q89A 3FJMA 1B3FA 1WDNA 1ZMGA 1RYXA 3BKIB 4H8JA 4KR5A 3T66A 5I59B 3S9MC 3V8XB 4BDOA 2LAOA 3MPKA 3PMXA 3C31A 4JDFA 4RA1A 4BDMA 4ELPA 1US4A 5KCJA 3RN8A 2OCUA 3SEUA 2O1LA 4GL8A 4BDLA 4ZECA 4X1DA 4OFJA 1TFAA 2GHBA 4F3SA 1ZKBA 3EN3A 5ITOA 2WKYA 3EPEA 3CR9A 3G3JA 3SEVA 1Y1ZA 3ONMA 4I62A 2F5XA 3C33A 3MAMA 1IXIA 3MJNA 1B1HA 1LAFE 1NKXA 4FEBA 4FATA 3QYTA 2R71A 1H76A 4N07A 5BUUA 3FATA 2XX9A 1N3XA 1A99A 3ZKKA 5A5XA 2RC8A 4JSOA 5H8HA 4NF6B 4N6PA 3C4MA 3EQ1A 5FHOA 2BJJX 1QVSA 3WAFA 3G3IA 5DYHA 5B70A 4POXA 4QF9A 4QHQA 4WKMA 3U93A 1GR2A 4R6HA 4XKPA 3K6WA 3MBPA 4H8IA 4XXUA 1OLCA 2THIA 2HAVA 3IAZA 4MF3A 1UTBA 1MPBA 2NUVA 2H98A 3FVGA 3PUVE 4Z0IA 2RF1A 3H06B 4QRZA 3U72A 1MPCA 1H3DA 4UA8A 3HN0A 1JW4A 1QUKA 3TKDA 4EDPA 4Q8RA 1MH4A 5H8SA 3IOUA 3K2DA 2ALUA 2OWTA 2V93A 3VE1B 5JEIA 2NXOA 5I2KB 1GTKA 4MBPA 4DXUA 3RT8A 1FW0A 5HPQA 1EZOA 3IB2A 2IEEA 1FQAA 1LAGE 4F1YA 4DIGA 3I6VA 1I6AA 1TT1A 3KEIA 2HCAA 5AA4A 4QFPA 1Y4CA 3FZVA 3PMWA 3ZKLA 4HCWA 1OMPA 4KQPA 1OIBA 4G68C 4R2FA 5DEXA 5TPAB 1VR5A 2QS1A 2XXWA 1PDAA 2VOZA 4WEDA 3HHGA 4DXBA 4H0WA 3H6WA 3N5LA 5H8NB 1Z7ME 4BDNA 4ELRA 3K01A 3MP6A 1A55A 3VV5A 2D5WA 4F19A 1B32A 4H1XA 1MH3A 1N84A 1Q35A 4ZEFA 3DP8A 3VVEA 2HFBA 3PPNA 2B3FA 2I58A 1L5TA 4F39A 4RJZA 3S4UA 2RKMA 1MDQA 2QS3A 1KWHA 1MM6A 3OO7A 4NF8B 1IXGA 3PV0E 5AA2B 3PD8A 4U1ZA 1ZJLA 4TLLB 3MWBA 2Q9TA 2VHAA 4P0IA 4P0GA 2DQVA 1MXYA 1SDXA 3IK6B 3MP8A 3IOWA 1LLSA 5AA2D 4F31B 2ANJA 4KD5A 1B3GA 3DELB 1PB7A 3CI8A 3OXNA 1B7ZA 4OEVA 2YPNA 4R9FA 4PE5B 1PEBA 3EHTA 3IB0A 1QKAA 1A40A 2FYIA 5TPAA 1XVYA 3KN3A 1OLAA 3RT6B 2I4BA 3RTFB 1D3KA 2DXRA 2V3QA 3KJ7A 4GIZA 1BTJA 4GXAA 4NF4B 3CFZA 2ONRA 3O6IA 5I2NB 3CG1A 4H67A 1XVXA 1O63A 5AA1A 3HHFA 2FNCA 3HV1A 3TPAA 1MY2A 4RY1A 2XXXA 4I9DA 2NVUB 2V25A 3P7IA 1WVJA 1M5EA 2IA4A 3G3HA 3M3FA 4GRKA 2Y7KA 3ZSFA 4YKPA 4C1UA 5AA2A 4MH5A 1EH3A 2CZLA 3PUWE 2F78A 4GL0A 4ZZAA 1B3EA 5CI5A 3G7WA 4H5FA 2Y7RA 1UIUA 4PQJA 1BLFA 5I58B 1UTHA 1AIVA 3O6HA 5H8FB 3C36A 1USYE 3UGWA 4L17A 3QSLA 3CFLA 3CRBA 3OEKA 2AL4A 3FJ7A 2Z23A 3T9HB 3UN6A 1GV8A 2YLNA 2XXUA 5H8HB 2P2AA 3IOTA 2PVUA 2Q88A 1DPEA 3OMBA 4NF4A 5JTYB 4EF2A 3CIJA 4QFOA 5CMBA 1POY1 3PU5A 1NNKA 3K6UA 1UTBB 3FXQA 4U4XA 3VFJA 4ZEDA 2DWAA 3KSJA 4OTEA 3FXUA 3H03A 4YB7A 3OELA 3U1OA 2H4IA 4ELQA 2QMXA 5I56A 4ELOA 3TELA 3AXFA 4QSDA 3SETA 1A7LA 2ZMBA 4MFIA 4ESXA 4UACA 4YB5A 5FHNA 3PPQA 4X48A 4RPNA 4THIA 5ICTA 1B52A 1NNFA 5EHSA 1MXXA 2Z8DA 2B65A 3FJGA 3IB1A 3TMGA 1IUDA 2XXTA 3B6TA 5H8FA 1VSOA 2ZXTA 5TU0A 3CFXA 3EHSA 3MVXA 3N6TA 1QUJA 5FTHA 3TCGA 2HXWA 4I8CA 4Q5TA 4JSDA 4WXJA 1QKBA 2YJPA 4XKQA 1MPDA 1FQDA 1LB8A 1AMFA 2RINA 3FASA 3FD3A 4I1DA 2QJEA 1N0TA 1MY3A 1MQHA 2RC7A 1N3WA 3T96B 2PT2A 4ZE8A 2Q8JA 2I4CA 1LSTA 2XX8A 1DSNA 1P1WA 1SYIA 4OERA 1SW1A 1AH5A 1FQEA 4EUOA 4OETA 1Y1MA 3U92A 4XKRA 1SI1A 3C34A 2A5TB 1R9LA 1T0KA 4FEDA 1O64A 2H99A 1MY1A 1Y3PA 2Y7IA 3F11A 3R7XA 5I84A 3K1MA 1MY4A 4QSEA 4LONB 4DZ1A 2I3VA 3OSQA 4YICA 3UIFA 3K00A 2DWJA 2RCAA 3E4RA 1PC3A 1MDP1 4IO3A 3M3LA 3MUQA 4R6YA 4YB6A 2Z22A 2M8CA 1M5CA 1B0HA 2VGQA 1SW4A 3O28A 3M3KA 3PPRA 3PUXE 4GWOA 3VVFA 4AB6A 4LQ5A 3KGCA 4U2RA 3TDJA 1FTKA 1CE2A 4OXVA 1DTGA 1S9TA 1WODA 5H8QB 3N6UA 1NL5A 3H3GA 4LQ2A 3SDFA 3UK4A 5ITPA 2O1MA 2Q2CA 2R6GE 1AOVA 3KN7A 1YAEA 1JETA 2AL5A 4FIMA 1IIWA 1N04A 3O29A 2HQ0A 2I0CA 1MS7A 2PT1A 4R73A 4ECFA 5CBRA 1A54A 1URDA 1M5FA 3A09A 1FQFA 3A3CA 3T9UA 3O97A 1JEVA 1ZTYA 1UQWA 4G68A 1UTHB 3IORA 4BLAA 3TFLA 2Z8EA 1YPNA 4E0XA 1S50A 3SEWA 5DVIA 3DLNA 5CC2A 4RPOA 2PBWA 3O9PA 1B0LA 5DTBA 3CVGA 2XX7A 1IZ1A 4HTGA 5AE4A 2XHDA 3FV1A 1B05A 3KN8A 1RYOA 1B3HA 4LATA 4TOZA 3FVOA 4N13A 5K2XA 3OO6A 3OD7A 5I59A 4F18A 3JV9A 4AB5A 1FQCA 1OVBA 2VD2A 1JW5A 4FORA 5IKBA 2XXYA 2Y7PA 4NF8A 1TXFA 4JXIA 3SESA 4G2ZA 3K0VA 5EYFA 2D3IA 4KPTA 3H6TA 3TTLA 3VVDA 1I6QA 4EF1A 4X9TA 1B5JA 2ZNSA 3E13X 4Z7EA 4WEPA 2F7AA 2E0SA 3USDA 1ATGA 4U22A 2VD3A 4PFUA 3JZJA 3KZGA 4PP0A 3OO9A 1XOCA 3QUJA 4G4PA 4LZ8A 4YAHX 4KYSA 1URGA 2HZKA 2XXRA 1BKAA 2O7UA 4JWOA 4TQUQ 2XD3A 5A5XB 2DVZA 1LB9A 1MQIA 3QK6A 4OFLA 4QSCA 4RNSA 5DVJA 3ZS6A 1LCFA 1N7WA 4C1TA 1LAXA 3DM0A 2X7QA 3C9HA 4YMAA 1EZPA 2KLFA 3MVYA 1AL3A 3TTRA 3KOSA 3TZAA 4MLVA 1IXCA 3LC8A 5KDTA 1P1UA 4LA9A 1JVXA 2I49A 2PX1A 2QS4A 2GRVA 2ZYKA 3MZ9A 2AIXA 3KOTA 4QFNA 3WAEA 1SW5A 4NEDA 5FHMA 4JWXA 1II5A 2F7BA 2I0BA 1M5BA 4G8MA 4JBZA 4G8HA 2H5YA 3JYRA 1SI0A 3L6HA 3MVWA 3LR1A 5I58A 3FGSA 1NH7A 1D9VA 3B6WA 3I5OA 3RUMA 1NMUA 4O3CA 5AA4B 4ZZEA 2DSFA 5BWJA 1ZIUA 1P1OA 3M8UA 3MZ1A 5LOMA 4HCYA 3B6QA 3Q26A 2HEUA 1HSJA 3LUYA 4KYDA 2OJTA 5JK4A 1VFDA 4LZ7A 4RYAA 5K2YA 3OOAA 1QULA 2GH9A 5TP9B 1LFHA 3LSXA 2DE2A 4LVQA 5H8QA 1Y3NA 1HSLA 1A8EA 4U21A 1MXUA 3THIA 1R6ZA 1B46A 1R1NA 4FECA 4E0WA 2AYSA 2ONKE 2DOJA 1I69A 4U23A 2GHAA 2RCBA 3G3FA 1M5DA 4QFLA 5CM6A 5KCJB 1H44A 1N7XA 2QPQA 1D4NA 4R9GA 4ZEKA 1MQGA 3D4CA 3K6XA 4OVJA 2O68A 4OENA 4QFKA 2Y84A 1NH8A 4DCXA 2UVGA 2I48A 4F3PA 4G68B 3RGYA 4F3GA 3SERA 1MQJA 5CMKA 3T9XB 4EQBA 3Q29A 1B4ZA 3FVKA 4KI0E 2DWHA 1USYH 2UVJA 2B3BA 5L8DA 1JVYA 3MPLA 4C0RA 2ABHA 3L6GA 5IAIA 1Q1KA 1ZLQA 3GXAA 3PUYE 1H45A 4JB7A 4POWA 3VLWA 4PFWA 1D9YA 5CRYA 3V5AA 5I57A 3MZBA 1CB6A 3IOVA 5M2VA 3VDFA 3VLUA 1IITA 1F9BA 1MM7A 2G29A 3EF7A 5HM4B 4M4GA 2ZYNA 1YTVA 2UVIA 5ISUA 4ZDMA 3Q25A 2XXVA 1IXHA 4ISUA 4YMBA 3GBBA 5I2KA 1MXZA 2UXAA 1B2HA 4O3BA 3H6UA 1O7TA 1B7HA 3IJOB 3SEYA 1B9JA 3U94A 1SQYA 4F1UA 4KCDA 1B3LA 2REJA 2ZYOA 2OK2A 1PBQA 3K1PA 5I57B 2DWIA 2F6PA 4HS7A 3FXRA 3LSLA 4H5GA 1GGGA 3R6UA 4F29A 1B6HA 1MG1A 4XTCQ 1FTOA 4DLDA 3ILUB 4H65A 5JTYA 1LFIA 1NNPA 4F22A 2QS2A 2X26A 4GVOA 3RPWA 1LBBA 2V3TA 4ESWA 3TODA 2DP8A 1B51A 3BFTA 3ECRA 3GBAA 4BDQA 5KDTB 5DVFA 3MVZA 5ELVA 2OWSA 4OESA 3TTNA 4GOTA 1B4HA 4YKIA 1MQDA 3I3VA 4NE4A 3VXBA 3U8QA 3S2VA 3RLFE 2DYXA 4TLMB 3PD9A 3CSGA 3QXMA 2A5SA 2PMSA 3PPPA 1FTMA 2UYFA 3D4GA 3TCFA 3W9VA 4F3BA 3A3UA 5ICQA 5L9SA 1ELJA 2F6GA 3TEPA 2UYEA 2Z8FA 4LP2B 3TQWA 1POTA 1JQFA 2O7IA 4F2QA 3TTKA 3V89B 1Y3QA 3LBSA 3S9EA 3FV2A 3PGFA 4IY5A 5KZTA 3MP1A 5DT6A 3ODBA 4HW8A 1DMBA 2X7PA 5B7DA 1Y20A 2XXQA 1EZ9A 2O51A 3K4UA 2F36A 3W15C 4DCYA 3FVNA 4EXLA 2REGA 1TFDA 2F35A 4LUBA 4IO5A 2O6AA 3H7MA 2XXIA 3HPIA 4RK2A 2R9JA 1VE4A 2P1SA 3IO6A 4YKKA 3KBRA 5CMMA 3G3KA 2A5TA 2ESNA 1MXVA 2F8DA 4NF5A 3TCHA 3RQTA 5FTIA 3PPOA 1UIVA 3H4ZA 3RTWB 1MY0A 1SW2A 3SEXA 2QL3A 3Q28A 4R74A 3R26A 1GVCA 1HSEA 1J1NA 1OVTA 2XXPA 4IB2A 4IO2A 4ND9A 3RNNA 1ANFA 1LAHE 2I3WA 2XXHA 3C35A 1DTZA 3QAXA 1XHYA 2OZZA 4H6DA 1OQGA 3LSWA 3CG3A 4DDDA 4K3FA 4XIGQ 4OQOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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