2Q8JA

Crystal structure of the complex of c-lobe of bovine lactoferrin with mannitol and mannose at 2.7 a resolution
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the complex of C-lobe of bovine lactoferrin with Mannitol and Mannose at 2.7 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 104
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2q8jA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2q8jA02
1A7LA 1UTHA 2VD2A 1HSLA 1ANFA 4YKPA 3Q27A 4ZEIA 4FORA 2A5TB 4R74A 2V84A 5H8HA 1Y1MA 1WVJA 1MQGA 1FQAA 3IB0A 4ZDMA 2YJPA 3OO8A 1N0TA 3B6TA 1P99A 4NWDA 2QS4A 3I3VA 1WDNA 5ICTA 4RY1A 1B4ZA 3Q28A 1ZLQA 2PVUA 3KN7A 4YB7A 3RTFB 4IO7A 3VV5A 5KCJA 3C36A 1N3WA 2YPNA 5ITOA 3SEWA 5CI5A 3G3IA 4X9TA 3O66A 3TYHA 3R6UA 1MG1A 5IAIA 2NVUB 4ECFA 1B05A 3CRBA 3CR9A 4IO5A 4ELPA 1H3DA 1H44A 4HCYA 4DXBA 1DMBA 4ND9A 4EDPA 3SEVA 4JWYA 1Y3PA 5K2YA 4G8HA 4LONB 2QRYA 3CIJA 4Q5TA 3ILUB 1M5CA 2QSXA 3ZKLA 2UYFA 3TZAA 5H8QA 1MDP1 1JW4A 2OJTA 1UIUA 2ONSA 3MW0A 3MP8A 1ZJLA 3VFJA 4YMBA 1AL3A 1US5A 4MLQA 3OSRA 3AXFA 4MF3A 4EQ7A 2I3WA 4Q0CA 1NH8A 3MC2A 4YMAA 4KYEA 2OLBA 1B5HA 4ZEFA 4EXLA 4O3CA 5CC2A 3Q26A 3B6QA 2DP8A 3PPOA 3RY3A 1P1WA 4G4PA 4RJZA 4IO4A 4DLDA 4GQOA 3KJ7A 1PEBA 2OBGA 1JEUA 3DELB 5BWJA 3MZ9A 3G3JA 1B58A 4WEPA 3MJNA 4XKNA 3TELA 1MM7A 2D21A 1LAGE 1TFDA 1MY2A 2DE3A 1DPEA 5FTHA 1FTJA 2DOJA 1O63A 1POY1 1B3LA 1SW5A 1JVYA 4LQ2A 1EZOA 5DEXA 4GF8A 2XD2A 1MXYA 5EYFA 4EXKA 2W7YA 4QFOA 1RYXA 2Q88A 4I1DA 5HBCA 4U4SA 3HN0A 4X1DA 1HSEA 4GVOA 2AL5A 4H67A 4OEUA 4GRKA 3RGYA 2XXHA 1QJMA 4RK2A 1LBCA 3KOSA 3A3UA 4QFNA 3OSQA 1UTHB 4L17A 4X48A 1VFEA 4U1ZA 1ZTYA 2V25A 3TPAA 5CMCA 3TQLA 2YLNA 4XXUA 2H99A 2ZNSA 3FVGA 3LSXA 4JBZA 1NL5A 3V5AA 1B4HA 4G77A 3ZS6A 1B6HA 5I2KA 2ZYMA 3G3GA 1XC1A 3G3FA 1AH5A 1ZIUA 5JTYA 2DQVA 4QRZA 3S9LC 4I62A 3D4GA 1IEJA 4XIGQ 2Q8JA 1B7HA 2I49A 1OIBA 2F6PA 1P1QA 2WKYA 4X1BA 1SVXB 1D3KA 1D9VA 4MLVA 3OELA 3IJXB 1S9TA 1LFGA 2I48A 3IK6B 1DSNA 1URGA 3RT8A 5KCJB 4BDNA 1M5BA 2VHAA 3OO7A 3H7MA 2ONKE 3M3KA 2A5TA 4KD5A 2CMOA 2Z8EA 1LB8A 1B1HA 2HZLA 2XHDA 4OQOA 4GIZA 3K6XA 1SW1A 4BDOA 4U2RA 3IJOB 2B3FA 3VLVA 4U23A 2Q89A 3T9VA 4FATA 4H8JA 2Z8FA 2OK2A 4OESA 1EU8A 3TTRA 4Q30B 3LSLA 3TQWA 4NF5B 4XTCQ 3O6IA 2Z22A 2AL4A 1D9YA 5AE4A 2PX1A 1YPNA 2XXVA 4LZ5A 3CG3A 4R2BA 1OLCA 5ELVA 3A3CA 1SW4A 1H43A 1S50A 4GL0A 3EQ1A 2F78A 3T22A 2REJA 2R71A 4KFQA 1LCFA 2VOZA 1B32A 4UA8A 3VVFA 1PB8A 2DWIA 4H0WA 4R6YA 3IOTA 3TFLA 4F3SA 2Y7PA 4F3PA 4GFRA 2GH9A 2RKMA 1PC3A 3U93A 1LFHA 1M5FA 2ZNUA 3CI8A 2H98A 2O1MA 1FQDA 4LZ8A 4YB5A 4NEDA 2ZYNA 3BBRA 4AB6A 1PBPA 5DEXB 2DSFA 3GXAA 3SERA 2F36A 1J1NA 1MDQA 1FTOA 5M2VA 2F97A 4IO6A 3GBBA 3KG2A 3TCFA 4IB2A 3ECRA 3RLFE 4PFTA 4KHZE 1GGGA 4BDRA 4OZ9A 3CSBA 4ZEKA 1FQFA 4E0WA 3MVWA 1DTZA 3K4UA 3RN8A 1FQEA 2BJJX 4H5GA 3BFTA 4KQPA 1GR2A 3FASA 4QSEA 3U92A 3UK4A 2I4BA 5BUUA 3SEXA 4HS7A 5H8FB 3S9NC 4KYDA 2Y84A 3B6WA 4RK9A 4PE5B 3C4MA 2I4CA 4R72A 4PQJA 2DE4A 1A8FA 4I9DA 1QKAA 3H6UA 1P1NA 3QUFA 3G7WA 4JSOA 3OO6A 2HFBA 3KBRA 4I8CA 4ZEBA 1B3EA 4YB6A 1P1UA 4TLLB 5I2NA 1QKBA 1IZ1A 3OXNA 3N5LA 4F18A 2FYIA 3LUYA 1ZKBA 1UTBA 3DP6A 3V89B 1B3HA 1SD3A 2V3QA 1NNTA 4QFKA 1URSA 4H6DA 1Q1KA 4O3AA 3THIA 3OOAA 3E4RA 3K6UA 1MQJA 3FZVA 2F35A 3RUMA 4XKRA 2PBWA 2ZMBA 3TCHA 4Z0IA 1GTKA 3LSFB 4PFUA 3L6HA 4O3BA 5JK4A 2DWJA 4N6PA 3IOVA 3PUWE 1S7YA 3IOUA 3W9VA 1B1XA 1R9LA 2O84X 1B3GA 3KN3A 2OCUA 1BP5A 3C35A 1AMFA 5B70A 1QW0A 2R6GE 1DPPA 4F1YA 3K0VA 3UORA 3QAXA 1IXHA 2F7AA 3M3FA 2GRVA 2R9JA 2QMXA 3CVGA 5LOMA 4JSDA 1B51A 5I57A 4NF6B 1MY3A 2PT2A 2F5XA 1JEVA 3OEMA 3WAEA 4NF5A 2RC9A 1WODA 3BFUA 2UVJA 5TP9B 3FV1A 2RCBA 4OMBA 1FTKA 2Y7RA 5AA4B 2RF1A 1MH4A 3IX1A 1MY1A 2UXAA 4LP2B 2O7UA 1P1OA 3MVXA 2DXRA 3CG1A 2PT1A 4ISUA 3S9MC 4WEDA 3JYRA 2P2AA 4PFWA 2GFEA 3IAZA 3H03A 1I6QA 3U1OA 1LBBA 5DT6A 4H5FA 2A5SA 3M3LA 1ELJA 1POTA 1I6AA 3TEPA 3OENA 2DWAA 3IOWA 4ELQA 1QUJA 3V83A 3FJ7A 1HSJA 1TXFA 1N76A 3PPNA 3P7IA 3W15C 4G68C 3DP8A 4M1VA 4YU0A 2O69A 1Y3QA 3TMGA 4KR5A 2F6GA 4U1OA 1MRPA 5L9MA 3PPPA 4YKIA 1FTMA 3IB1A 5H8SA 4IGRA 1XHYA 1VR5A 2QPQA 3K00A 3A09A 2GHBA 4LA9A 1N7XA 4G2ZA 4M4GA 1I6BA 4JB7A 3DM0A 1XOCA 3HHFA 1OQGA 5I2NB 2I0CA 3MZBA 3SEYA 1R6ZA 4UACA 3W9WA 2HAVA 5DVJA 1UTBB 1MQIA 4LUBA 1MH3A 2AIXA 5CMMA 5H8FA 2NOOA 2XXPA 5F7VA 1VE4A 4PFYA 2O7IA 2I3VA 4G68B 1NKXA 4NTLA 4U22A 1Y4CA 3FVNA 3CSGA 3TTKA 3HCQA 4ZZAA 1EZPA 4NF4B 5DVIA 4GXAA 4C1UA 3T66A 2QS1A 2V3TA 1B40A 1MXWA 3IL1B 4DDDA 1RKMA 3PMVA 4DXUA 1OVTA 3KJTA 2XD3A 2XX7A 2ZYOA 1MPCA 3FGSA 3MWBA 5L9SA 1MQDA 4OEVA 5I59B 3FUZA 3K6WA 4QSCA 4OVJA 3S2VA 5IKBA 1SI0A 1F9BA 3GBAA 4GWOA 2PYYA 2VGQA 3BKIB 5H8NA 4QHQA 2OWTA 4AQ4A 5I57B 2REGA 4FEBA 2ANJA 1B52A 2ZYKA 1ZBMA 4F2OA 1A8EA 4GLIA 5EHSA 3UIFA 3KSXA 3F11A 3U94A 1NFTA 1QUIA 4HW8A 1AOVA 3Q29A 3ZKKA 4PP0A 2RC7A 2H5YA 3TCGA 1TWYA 4QF9A 3H06B 4F2QA 4G8MA 4NE4A 1M5EA 2Y7KA 4RPOA 2RCAA 1DTGA 3N6UA 4RPNA 1Z7ME 1B5JA 4IO2A 4EUOA 3IB2A 3VXBA 4OYVA 1Y20A 4LZ7A 4NF6A 3G3HA 3N6TA 4KCDA 3T93B 2UVGA 3KFMA 4F31B 2V93A 1A99A 2IEEA 4LATA 2THIA 3T96B 3TODA 4ELRA 5TP9A 2HEUA 1JQFA 3QYTA 5AA2D 1Y4TA 2OZZA 3RT6B 4ZS9A 4Q8RA 5AA4A 4P0IA 2V3UA 1MXXA 3FATA 4R2FA 1SYHA 4IO3A 3UN6A 1NH7A 5AA2B 1R9QA 3PMWA 2CZLA 3PUYE 5CBRA 1FTLA 3K6VA 1TFAA 5KDTB 1PB9A 5ITPA 4BDLA 5EHMA 5TPAB 3ZSFA 4KPTA 4FAJA 2P1SA 1LCTA 2Y7WA 5AA3A 4RYAA 4JWXA 3QXMA 5L8DA 4E0XA 2P0SA 4TOZA 1SYIA 4MH5A 3PGFA 2O1LA 4LVQA 1B5IA 4U21A 2DWHA 3H6VA 5AA1A 3MVZA 3MQ9A 3GZGA 4YZZA 3IR1A 2VP1A 1Y3NA 1MS7A 1IXIA 3N94A 3R7XA 2DS9A 1B7UA 3C34A 4OENA 2H25A 1B2HA 3N26A 1IUDA 4C1TA 2VD3A 3FXUA 1A40A 4THIA 4EF1A 2F7CA 3K1MA 1JW5A 2OWSA 1BIYA 1N7WA 3SETA 5CRYA 1A54A 3IORA 1TT1A 3EHSA 3LC8A 1XT8A 3B7DA 2QS3A 5A5XB 5DYHA 3O6HA 1B7ZA 1II5A 1KWHA 1Z7NE 4OXVA 2DVZA 1CB6A 2LAOA 3TKDA 5H8NB 3H3GA 4FECA 4G68A 2XXRA 2I0BA 2QL3A 3FVOA 3VE1B 3SKPA 1NMUA 3T9XB 3ONMA 1MY4A 4F1UA 4NF4A 3C32A 1FQBA 2PMSA 1MXZA 1YAEA 3IO4A 4POWA 1Y1ZA 3HV1A 3SEUA 4QFLA 5HPQA 1IXGA 2Z23A 4ESXA 4HTGA 2NWJA 4H8IA 5I59A 1PB7A 4DE8A 3K2DA 1B46A 1MPDA 1Y9UA 1XVXA 2HZKA 4QFPA 1IXCA 3U8QA 1LFIA 2DE2A 4GXSB 3O97A 2D5WA 3KOTA 4ONYA 1YTVA 1EH3A 3H6WA 1UIVA 3L6GA 1LB9A 3EF7A 1B3FA 4DCYA 3VVEA 4ZE9A 2G29A 4YICA 3QIMA 5F1QA 3KN8A 4R75A 5TU0A 5DVFA 2GHAA 1UQWA 3C9HA 1SDXA 3K1NA 5CMBA 4TLMB 3PU5A 5I56A 4ESWA 4RNSA 3PUXE 1USYE 3O29A 2XXUA 4IY6A 2QMWA 3RTWB 4JXIA 2O68A 2DYXA 1GV8A 3LSWA 4GD5A 5J1DA 5K2XA 2HXWA 1N3XA 4R73A 2XXTA 1O64A 3E3KA 1B0HA 2I58A 4JWOA 3M8UA 4NF8B 2E0SA 4MBPA 4WKMA 3FXQA 4N13A 4JDFA 1ATGA 1NNKA 2H4IA 1N04A 3HPIA 2F34A 1URDA 1QUKA 3V8XB 1OLAA 3HHGA 2HQ0A 3JZJA 1LGBC 2D3IA 3I5OA 3HO7A 3KSJA 4YKKA 4XKQA 1OVBA 5L9OA 4FIMA 1LSTA 5AA2A 3TUSA 1H76A 3QK6A 1M5DA 1EZ9A 5FHNA 4OERA 1MPBA 4N07A 4BLAA 5I58B 2AYSA 4OFJA 3EHUA 5KDTA 3I6VA 4OWDA 5TPAA 2XX9A 4DCXA 4ZECA 2XXQA 2UVIA 2KLFA 5HM4B 2HAUA 1MXVA 3MVYA 4RA1A 2QS2A 3OD7A 5FHOA 5KZTA 1ZU0A 1H45A 4C0RA 1L5TA 3PMXA 3S9EA 1OMPA 3DP4A 1ZMGA 3CFZA 2IA4A 4GOTA 1XVYA 5ICQA 1LAXA 3K01A 2XX8A 3T9HB 3OO9A 4LQ5A 3UGWA 4ZZEA 3E9XA 1B0LA 1IIWA 3RQTA 4KYSA 3KGCA 1SBPA 1O7TA 2NXOA 3R26A 4FJPA 1MM6A 1AIVA 4EQBA 3MPLA 3FJGA 3UP9A 4Z7EA 4EQ9A 4OFOA 3MAMA 4DIGA 3O2AA 4OHNA 4MFIA 3PD8A 3MUQA 1IQ7A 5FTIA 1BLFA 4ELOA 3IO6A 5H8HB 2X7QA 4PETA 3S4UA 4G8NA 3ODBA 1GVCA 3VVDA 2Q2AA 3RNNA 4H65A 4P0GA 4F19A 1QULA 5CM6A 4WXJA 1RYOA 3D4CA 1PBQA 3G3KA 5A5XA 4HCWA 4DXCA 3O9PA 2ZXTA 3QSLA 2XXXA 2I6EA 2NUVA 4NMYA 2UYEA 3KZGA 3RPWA 3Q25A 4F3GA 1SI1A 3JV9A 4OTEA 1T0KA 3C33A 3MPKA 4YAHX 1VSOA 1FQCA 2G93A 1BKAA 3CFXA 4TQUQ 4AB5A 3VXCA 2XXYA 3TTNA 1SQYA 3TAJA 3FVKA 1CE2A 5I84A 3USDA 2RC8A 2X26A 2X7PA 4OFLA 1D4NA 4DZ1A 1DOTA 2M8CA 2ZNTA 3PUVE 3T9UA 2Q9TA 5I56B 3U72A 5H8QB 3TTLA 4KCCA 3FD3A 4ZE8A 1LLSA 3C31A 3PPQA 2H9BA 1JETA 1FCKA 2XXWA 5CMKA 3FIRA 1MXUA 3O28A 4NWCA 3VLUA 4U4XA 1SW2A 3TTMA 4OETA 1Q35A 1NNFA 3O6GA 5CBSA 3PPRA 1JVXA 4IY5A 2Z8DA 2RINA 1I69A 1NNPA 3OEKA 4ZEDA 5FHMA 4R6KA 3PV0E 3LR1A 2ONRA 3QUJA 3EPEA 2Y7IA 1MY0A 1QVSA 5JEIA 3SDFA 3K02A 4F39A 3H4ZA 4RXLA 4F1VA 3SESA 1N84A 3WAFA 4POXA 2F7BA 4R9GA 4P11A 2QJEA 2F8DA 1BTJA 3TDJA 2O51A 4F29A 3MZ1A 4EF2A 3DLNA 2DVCA 2DXYA 3VDFA 4NF8A 1OQHA 5DTBA 3MBPA 3MP6A 2ESNA 1US4A 1LAHE 2UVHA 2ABHA 4BDMA 4R9FA 4FEDA 3PUZE 3EHTA 4YKJA 1VFDA 3FV2A 4K3FA 3FJMA 2FA7A 1A55A 3OMBA 3UA8A 2Q2CA 1R1NA 2FNCA 2B3BA 2E1SA 1IITA 4KI0E 4GL8A 3VLWA 2HCAA 1B9JA 1USYH 1FW0A 4FE8A 4H1XA 5I58A 2XXIA 4QSDA 1LAFE 5B7DA 4BDQA 3KEIA 4XKPA 1JNFA 3HSTA 2B65A 1MQHA 5I2KB 1YCJA 3ILTB 3E13X 4F22A 1XS5A 5JTYB 3K1PA 3PD9A 3EN3A 3CFLA 2O6AA 1PDAA 2ALUA 3H6TA 3GLBA 3FXRA 4IGTA 5ISUA 4R6HA 1JW1A 4F3BA 3MP1A 3LBSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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