2Q8XA

The high-resolution crystal structure of ixt6, a thermophilic, intracellular xylanase from g. stearothermophilus
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
NSSLPSLRDVFANDFRIGAAVNPVTIEMQKQLLIDHVNSITAENHMKFEHLQPEEGKFTFQEADRIVDFACSHRMAVRGHTLVWHNQTPDWVFQDGQGHFVSRDVLLERMKCHISTVVRRYKGKIYCWDVINEAVADEGNELLRPSKWRQIIGDDFMEQAFLYAYEADPDALLFYNDYNECFPEKREKIFALVKSLRDKGIPIHGIGMQAHWSLTRPSLDEIRAAIERYASLGVVLHITELDVSMFEFHDRRTDLAAPTSEMIERQAERYGQIFALFKEYRDVIQSVTFWGIADDHTWLDNFPVHGRKNWPLLFDEQHKPKPAFWRAVSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
publication title Structure-specificity relationships of an intracellular xylanase from Geobacillus stearothermophilus
pubmed doi rcsb
molecule keywords intra-cellular xylanase
total genus 132
structure length 330
sequence length 330
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2007-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2q8xA00
2BVTA 3AIRA 4AY1A 1JG9A 4F8XA 3MKKA 1JD9A 3B9EA 3GXFA 4UFIA 3KEHA 4MAZA 2VQUA 1UWTA 1A3HA 2VURA 4LX4A 1HJXA 2UY2A 2VT0A 1UH2A 3T2OA 3ZOAA 4W8AA 4N0RA 1VFUA 3G6LA 4BQ4A 3BSHA 2Y8VA 5IHRA 3RM9A 3AOFA 1IT0A 4JL2A 2O9OA 4P7QA 3AISA 4V28A 5EMYA 3AS3A 2WZHA 4B15A 4H8UA 1L8NA 1HJQA 3ZR6A 2ZXAA 1TA3A 3SEPA 1BVZA 3AI0A 4MAVA 3FHAA 3WL1A 4CU6A 3KL5A 2PWDA 3VGGA 3CUHA 1BGGA 3WFLA 4KRUA 3WMCA 1GJUA 2YL6A 3W82A 1LWJA 2CIPA 2EBNA 4CN4A 1WNOA 1BQCA 1E71M 8A3HA 2WCSA 1OM0A 3L4UA 2XVKA 3J7HA 1KWKA 2G8ZA 2BHZA 4ZXOA 4WKFA 3N9KA 4UQBA 3N1AA 2E0PA 2X0HA 1VBRA 1GPFA 2O9RA 3PZMA 1CENA 2ZX6A 3U7VA 8CGTA 1O6IA 1VFMA 5A8PA 1BPLB 2JF7A 4QCFA 1W1VA 3WEOA 2J7HA 4TX8A 1E4LA 2E9MA 3W38A 1BYDA 1JFHA 3S2CA 1PPIA 2J79A 2J8GA 4UZSA 2Q8XA 2Y2WA 3GH5A 1CPUA 3AHVA 4S3JA 2OWWA 2EPKX 1C8QA 4J3WA 2EXOA 3ARWA 5CLTA 4UFLA 2JEPA 3L4VA 1UD6A 1QVBA 4DWSC 1EIBA 2VZSA 4J3SA 4U33A 4WSJA 3BAJA 1ODUA 3RMEA 2J7CA 1PZ3A 3BCDA 1OBAA 2WNWA 3ZJ8A 1V0NA 2D2OA 4W88A 3U5YA 2VRKA 1JXKA 1VJSA 1ZB5A 5A69A 3TTSA 1GOQA 1UKOA 1VEPA 3VGDA 1H1NA 3L4XA 5EFFA 5LYRA 3TTQA 4AD2A 1TE1A 1DHKA 1JGIA 3PTMA 2WHMA 2D20A 1JZ4A 2DSWA 2E9LA 3W26A 4EK7A 4CU7A 1GQKA 1Q6GA 1Q6EA 1WPCA 4WKAA 2WHLA 3K8MA 5A8NA 2WKLA 3VDAA 3VIHA 2A3BA 2E8ZA 2GJXB 2Y24A 2VRQA 3VX1A 1H41A 3D5HA 4H2CA 3WDHA 2D24A 3KE0A 2HVMA 1NQ6A 2VCCA 5M03A 2WLYA 2DIJA 4UCFA 5I5RA 1ODZA 3AS0A 1V3KA 3VU2A 1Z32X 1RD6A 2PWEA 3CGTA 2X1IA 3OZOA 1WP6A 5A95A 1TZ7A 4R5EA 3ZT5A 5A6LA 4U5KA 1UR9A 4HA1A 3AZTA 1J0HA 2F8QA 3IK2A 1KBBA 3VMPA 4TXEA 2XG9A 1EO5A 1PIGA 2G4FA 5JUVA 5ABHA 3WY1A 3VM7A 5I24A 2WVSA 1ZU8A 4LPCA 3ARZA 4F66A 2J4GA 2VZTA 3NDYA 1HIZA 3WSUA 1VBUA 1WDQA 2CESA 4MDOA 2VCAA 2WW5A 4GKLA 1E40A 3KL0A 4MB5A 3ZJ6A 4WF7A 1E73M 4B9YA 3WH6A 3CZKA 5A8QA 3MV11 4CD4A 3HMCA 4M81A 5FCZA 4KRTA 3AMGA 4E2OA 1ISWA 1KGXA 3A4XA 5EBAA 1W3KA 3CHFA 1TA3B 4PYSA 3VUPA 3K46A 4OJYA 1KR0A 4ATLA 1QW9A 1EXPA 1W9XA 4UQEA 4U2YA 4D6JA 4V2XA 1JYNA 5A94A 1UD5A 3AS2A 2ZUTA 3FNDA 4WSKA 3NSXA 1ZBKA 5ECUA 2Y8KA 1NWTA 3GBEA 4HP5A 1E43A 2JF6A 1U2YA 2AOSA 2J7FA 3LPGA 3W53A 2QPUA 1J0YA 2X2YA 5ABFA 2QLYA 3WENA 1M53A 4ZE5A 3W37A 1GJWA 1KXVA 1JD7A 2J75A 3GNOA 4EANA 2YA1A 4TX6A 2GJPA 3EDKA 1TFVA 3N12A 2AMGA 2PWFA 2V38A 2TAAA 1GOOA 3BAWA 4Q22A 4NI3A 3T0BA 4YHGA 3W27A 3RM8A 1W32A 2EEXA 1KBKA 2W67A 4M8UA 2YA0A 4L4PA 4FK9A 2CYGA 4HPHA 1HJUA 4UR9A 5KEZA 4W85A 4H8VA 3ARXA 2CBVA 3IAQA 1XV8A 3WD1A 3WBAA 1JZ3A 4LYQA 5HXMA 3OZPA 2XWEA 4UFMA 3AIEA 1ZJBA 4MPKA 5BRPA 3VGFA 4P8UA 2WVUA 1Y7VA 4J3VA 4D6DA 4M24A 4RE2A 5D8WA 4D1JA 2JIEA 3DECA 2VOTA 3VD4A 1KGUA 4ACZA 1DWGM 1KXHA 2FH8A 1B2YA 4AEEA 4AZ6A 4D6GA 3WDIA 4BCEA 4HMEA 3AZRA 4TVUA 5A2CA 4MJ4A 1I1WA 1NWSA 2DEPA 5IDIA 5FIPA 5I77A 3F5LA 4W7VA 3GZAA 4TTGA 3SCRA 7A3HA 3L4YA 2VX5A 3OLDA 4HMDA 3ALFA 3B9AA 4NF7A 3W81A 1OD0A 2D22A 3I3DA 2A3HA 1BLIA 3VDBA 1UD2A 1J18A 4W5ZA 3WFZA 3WH7A 3CHEA 2UWFA 5HOSA 2ZX9A 2QMJA 3KZSA 3F5JA 4UOQA 1W2VA 3QHOA 1XRVA 3ZT7A 2EJ1A 3UR8A 3PZNA 2C0HA 2WMFA 1WZMA 3MS8A 4QFUA 3WQ6A 3VIMA 3UETA 1CEOA 1MW3A 1BFNA 4PCTA 1VFOA 4PUDA 1W2PA 2VVNA 1QHOA 1OIMA 1TMQA 3EBVA 1QBAA 2J7BA 1L0PA 2WHJA 4W87A 1GCYA 1NWUA 2W66A 1M7XA 3CLWA 2DT3A 4JCMA 2VUYA 3W6LA 3CMGA 1E6QM 1UWQA 2XHYA 3IANA 3VO0A 1X6LA 1GZJA 2WANA 3VIPA 3AYSA 3ARSA 5BCAA 1NOFA 2WC4A 3A47A 3VIOA 1HNYA 1HKIA 3K4AA 2VX7A 3VGHA 4J28A 3I3BA 3KWXA 1C7SA 4D6CA 3NCOA 3TA9A 4CD5A 3AICA 2WWDA 2WWCA 1GW1A 2WSPA 4YPJA 3ARYA 4MNKA 2ZXBA 1I75A 4JFWA 3TP4A 1W3HA 4PN2A 1E6PA 5E09A 2XJ7A 4KMQA 5HDRA 4PMNA 1E6XM 2GVYA 4HOZA 5ABFB 2J77A 3D3AA 3WD2A 4QCEA 1KXQA 3LPFA 5TD4A 1ZS2A 4MDPA 2EQDA 2J47A 4J3TA 4AYSA 2WSKA 2JEQA 2QF8A 3SCTA 5AYIA 3PTKA 5CXPA 2C7FA 5JBDA 2VRJA 3AMCA 3OLIA 3GH4A 4RL3A 1QI2A 1KXTA 2X0YA 1FH9A 1UG6A 2OYLA 1XH2A 1BG9A 1J12A 2DDXA 4ML4A 1JL8A 3F5KA 4HPGA 2OWXA 3NSNA 3AHXA 5IXEA 3SCWA 4UFHA 3GNPA 5BWFA 3PZUA 1V08A 4W86A 1NP2A 1GOIA 3DHUA 3DC0A 1P6WA 4TVCA 1RP9A 4HA3A 1CYGA 4XV0A 3WH8A 2J78A 1HP4A 4Q7NA 4XX6A 2XWDA 3NUKA 1E4NA 3RM4A 1QNQA 4Z2GA 2Y4SA 4HMCA 3CO4A 3O2LA 1W3JA 1MW1A 3AIWA 6TAAA 2FHBA 1CXKA 4UFKA 3SUUA 4F9DA 2YDQA 4W7WA 1EH9A 3MUY1 4ACZB 1E15A 4P8WA 1JFXA 2XVLA 3PZVA 1I1XA 3AHTA 3AHZA 3WQWA 1VIWA 1UYQA 1KQYA 1K9EA 3NIYA 2ZUMA 1E4MM 1JF6A 1KCKA 5CZKA 3VVGA 4QAWA 2WZIA 4Z2HA 4EKJA 3QHNA 4W89A 1CXFA 3RPMA 1US3A 2BVYA 2E4TA 1CZ1A 1DWJM 5D9OA 2FH6A 4XZWA 5D9MA 5HPOA 3WH5A 4IM4A 1H11A 4PTMA 3SCUA 4PMZA 1UWUA 5D4YA 1R8LA 1BTCA 4JFTA 2HISA 1MXGA 2YJQA 1C8YA 1V3JA 4CUCA 2Z1KA 3ARRA 1PEZA 1GOMA 4KGJA 1BGAA 2OSYA 3FW6A 3ZR5A 1TUXA 4TTUA 3VDCA 3IAPA 3MV01 5EFDA 3K8LA 1W1TA 2ZWYA 5M5DA 4PCSA 1V03A 2XUCA 3CH9A 1W91A 5A6BD 2CHNA 4FLSA 4RE3A 2QV4A 1SMAA 3W25A 1QI0A 3OG2A 3SIMA 4BQ3A 1MVYA 2W62A 5FL0A 4C7FA 1JNDA 1UD4A 1WCGA 3FY1A 4OZOA 1CECA 2VZUA 4D6EA 1JYXA 3EDFA 1V0MA 1UR2A 2WMIA 4P7NA 5FD0A 5D9PA 4MB4A 2ZE0A 4JZ5A 3WQ5A 4LYPA 1YQ2A 1H0IA 1QNOA 4W8BA 1JI2A 1K9FA 5A1AA 3VNYA 4P7OA 1PZ2A 3EMQA 2YKKA 2WBKA 4WJXA 4DM2A 2CKSA 2PB1A 2V3DA 1TCMA 1AVAA 2DIEA 4B16A 1ITXA 1QHPA 2E3ZA 4CCCA 4UTFA 4AXNA 4AZIA 1RPKA 1D7FA 1ECEA 1QNSA 2YOCA 1HL8A 1MQRA 4UQ9A 1MYRA 4ATDA 2VX4A 1GNXA 4AZCA 5A8MA 4AEFA 2J7EA 1SMDA 1ZL1A 3OIHA 1ZBWA 3WD0A 1OIFA 2ZUSA 3M7SA 3CTTA 1PX4A 3OGVA 2ZUUA 1K6AA 1EDQA 4NSBA 4PRWA 3L4TA 3LPOA 2BY2A 4URIA 2VL4A 3WF4A 1TR1A 2WVTA 4R27A 1DWAM 1C92A 5C70A 1E6SM 4MB1A 1W1PA 7TAAA 1E6RA 2IXUA 2V5CA 4GZJA 1UA3A 2W91A 1VAHA 1GQIA 4GI6A 2EPOA 1CXLA 3WELA 1HT6A 2XGIA 1UA7A 1ISYA 1GQLA 4OOUA 5HBFA 3T2PA 1EDTA 5JIPA 1K9TA 1MW0A 1LJYA 3E1F1 3CUIA 4GI8A 3HU7A 3UERA 1ITCA 3DYOA 5JIWA 2ZXDA 2YA2A 1OGGA 2W61A 1VFFA 5BXRA 1XH1A 3GH7A 4AIEA 1EOMA 2YL5A 4QP0A 1E3ZA 4ZXLA 4NZCA 1BAGA 1QNPA 4AWEA 5E70A 1US2A 5DFAA 3BMWA 1E70M 3MO4A 1MFUA 1UR0A 2O92A 3AFBA 3NYDA 1NP0A 4OUEA 1CGWA 1U33A 4U5IA 1FHDA 1TG7A 4JKKA 5E6ZA 1LQ0A 4PMRA 3M46A 4BQ5A 3RDKA 5A6SA 3CUJA 3K1DA 3CMJA 3OBAA 3QOMA 3ECQA 1FP8A 3DHPA 3VKKA 2BFGA 3WDPP 1J01A 1GVIA 4MB3A 3I3EA 4A3YA 5DMYA 3MUIA 2WKGA 1E56A 3CZJA 1XCXA 2WB5A 5C8BB 2V3EA 2OSXA 3W6MA 3WN6A 2BHUA 1WZAA 1KB3A 1EDGA 4D71A 3CZLA 1B90A 1HVQA 2XPKA 2BS9A 3TOPA 3W0KA 3VM5A 3LMYA 3VIJA 3VIIA 4E4PA 2JIWA 3IJ9A 1CLXA 2BXYA 5IHSA 2FHCA 1QBBA 2RGMA 4XZBA 4OOZA 2G3JA 2W92A 3WEMA 5LA2A 1CTNA 1J0KA 2J8FA 3EYPA 1E1EA 4M80A 1NWRA 4WK9A 1OT1A 2OYMA 4MTVA 3WNNA 2PC8A 5I3DA 3WDRA 2CERA 4BF7A 5M3WA 1ISZA 2DPEA 3RCNA 4MADA 1ZBCA 4PMXA 4ATWA 1HJVA 4MNJA 3WQ4A 5GNZA 4K68A 4P8XA 3WNLA 2O9TA 2YL8A 3T2QA 1JYVA 1FHLA 2O9PA 2WMIB 5CPQA 4LGXA 3MANA 3SCQA 1W9UA 1OGSA 4W93A 4ZEPA 3CZ8A 2WAGA 1B1YA 4CVWA 2EPMX 4H7VA 1W9PA 1B3WA 1JDCA 2FDMA 3ZIZA 1LL4A 1EO7A 1YHTA 4IUGA 3WQVA 3SUSA 4DWSA 2VC9A 1C3FA 1C93A 4AZCB 5C71A 4W7UA 5A6BA 2CHOA 1E55A 2BHYA 5A3HA 2D0GA 2ZX5A 1NARA 2GK1A 3W28A 2BY1A 1UD3A 2OLHA 1X1NA 3VIKA 4PMDA 3THCA 1QPKA 1E6NA 4HZ6A 1VEMA 2VR4A 2CEQA 2XSAA 1G9HA 1UKQA 3FAXA 1V02E 4JKLA 5EB8A 4AIOA 1LG1A 3BCFA 3B9DA 3L2LA 2WMKA 4V27A 1XSIA 3K4DA 4N42A 2W4XA 1XSKA 1UR8A 1CWYA 1DWHM 2DSVA 3CIVA 3LPPA 5CJ5A 1FA2A 4JFVA 1B31A 2XM2A 4GINA 3TONA 1KCLA 4PUEA 1EGZA 2F2HA 3ZJKA 1AQHA 2ZUNA 1CGXA 1J0ZA 3VTRA 1V6UA 3QR3A 4AZ7A 3ZT6A 3SCSA 2BV9A 4PSPA 3AIUA 1V3IA 3HN3A 3ZO9A 5JBFA 4CD6A 1DWFM 3SCPA 2YLAA 1G1YA 4GZIA 1V0LA 1UQYA 4H8HA 4TOQA 4ACYA 1BYAA 5E9AA 2OSWA 1GOWA 1G0CA 3IJ7A 3W29A 1V6VA 3ARVA 4GXPA 1E0VA 4XB3A 3M6DA 1J11A 5LA1A 3BLKA 1BSIA 1N82A 2WVVA 5I0DA 1J0JA 1FOBA 4BZYA 1R7AA 3A6OA 4U3AA 2RGLA 1JDAA 2A3AA 2XM1A 2IXVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BVT A;  3AIR A;  4AY1 A;  1JG9 A;  4F8X A;  3MKK A;  1JD9 A;  3B9E A;  3GXF A;  4UFI A;  3KEH A;  4MAZ A;  2VQU A;  1UWT A;  1A3H A;  2VUR A;  4LX4 A;  1HJX A;  2UY2 A;  2VT0 A;  1UH2 A;  3T2O A;  3ZOA A;  4W8A A;  4N0R A;  1VFU A;  3G6L A;  4BQ4 A;  3BSH A;  2Y8V A;  5IHR A;  3RM9 A;  3AOF A;  1IT0 A;  4JL2 A;  2O9O A;  4P7Q A;  3AIS A;  4V28 A;  5EMY A;  3AS3 A;  2WZH A;  4B15 A;  4H8U A;  1L8N A;  1HJQ A;  3ZR6 A;  2ZXA A;  1TA3 A;  3SEP A;  1BVZ A;  3AI0 A;  4MAV A;  3FHA A;  3WL1 A;  4CU6 A;  3KL5 A;  2PWD A;  3VGG A;  3CUH A;  1BGG A;  3WFL A;  4KRU A;  3WMC A;  1GJU A;  2YL6 A;  3W82 A;  1LWJ A;  2CIP A;  2EBN A;  4CN4 A;  1WNO A;  1BQC A;  1E71 M;  8A3H A;  2WCS A;  1OM0 A;  3L4U A;  2XVK A;  3J7H A;  1KWK A;  2G8Z A;  2BHZ A;  4ZXO A;  4WKF A;  3N9K A;  4UQB A;  3N1A A;  2E0P A;  2X0H A;  1VBR A;  1GPF A;  2O9R A;  3PZM A;  1CEN A;  2ZX6 A;  3U7V A;  8CGT A;  1O6I A;  1VFM A;  5A8P A;  1BPL B;  2JF7 A;  4QCF A;  1W1V A;  3WEO A;  2J7H A;  4TX8 A;  1E4L A;  2E9M A;  3W38 A;  1BYD A;  1JFH A;  3S2C A;  1PPI A;  2J79 A;  2J8G A;  4UZS A;  2Q8X A;  2Y2W A;  3GH5 A;  1CPU A;  3AHV A;  4S3J A;  2OWW A;  2EPK X;  1C8Q A;  4J3W A;  2EXO A;  3ARW A;  5CLT A;  4UFL A;  2JEP A;  3L4V A;  1UD6 A;  1QVB A;  4DWS C;  1EIB A;  2VZS A;  4J3S A;  4U33 A;  4WSJ A;  3BAJ A;  1ODU A;  3RME A;  2J7C A;  1PZ3 A;  3BCD A;  1OBA A;  2WNW A;  3ZJ8 A;  1V0N A;  2D2O A;  4W88 A;  3U5Y A;  2VRK A;  1JXK A;  1VJS A;  1ZB5 A;  5A69 A;  3TTS A;  1GOQ A;  1UKO A;  1VEP A;  3VGD A;  1H1N A;  3L4X A;  5EFF A;  5LYR A;  3TTQ A;  4AD2 A;  1TE1 A;  1DHK A;  1JGI A;  3PTM A;  2WHM A;  2D20 A;  1JZ4 A;  2DSW A;  2E9L A;  3W26 A;  4EK7 A;  4CU7 A;  1GQK A;  1Q6G A;  1Q6E A;  1WPC A;  4WKA A;  2WHL A;  3K8M A;  5A8N A;  2WKL A;  3VDA A;  3VIH A;  2A3B A;  2E8Z A;  2GJX B;  2Y24 A;  2VRQ A;  3VX1 A;  1H41 A;  3D5H A;  4H2C A;  3WDH A;  2D24 A;  3KE0 A;  2HVM A;  1NQ6 A;  2VCC A;  5M03 A;  2WLY A;  2DIJ A;  4UCF A;  5I5R A;  1ODZ A;  3AS0 A;  1V3K A;  3VU2 A;  1Z32 X;  1RD6 A;  2PWE A;  3CGT A;  2X1I A;  3OZO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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