2Q9DA

Structure of spin-labeled t4 lysozyme mutant a41r1
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNCAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Structural determinants of nitroxide motion in spin-labeled proteins: Solvent-exposed sites in helix B of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2q9dA00
219LA 182LA 3C7ZA 189LA 1L72A 142LA 4S0WA 4K5YA 6LZMA 3GUOA 4ZPUA 1P46A 1L52A 1C61A 190LA 178LA 1P37A 4W59A 3HU9A 1SSWA 225LA 4IAPA 2B72A 1LYGA 156LA 2ANXA 175LA 1G0QA 1L12A 229LA 4LDOA 1C6IA 3HTDA 1L27A 191LA 1C60A 3UONA 1C6HA 1DYBA 1QUDA 1QTZA 1L85A 2Z6BA 3HT9A 1C6MA 2OEAX 1L50A 3JR6A 1G0LA 4W54A 160LA 259LA 3DN2A 140LA 235LA 2B6YA 241LA 244LA 1PQIA 126LA 1C66A 1L00A 187LA 1LYFA 125LA 188LA 1L71A 143LA 201LA 2NTHA 1L26A 1L47A 1CU2A 1P5CA 3OE0A 4W52A 1L56A 1L81A 1OVKA 257LA 1L62A 3SB6A 1LYJA 227LA 1OV5A 123LA 1L24A 3D4SA 3HUQA 2QB0B 1L23A 1L97A 171LA 1L31A 253LA 1OVJA 4I7SA 1LYHA 3PBLA 4I7MA 1L06A 2B75A 1L73A 1L99A 1L95A 1LYEA 2OTYX 165LA 1L90A 1G06A 1JTNA 2RBNA 232LA 209LA 1L17A 1D2YA 2RAYX 1L39A 1CUPA 1QT4A 2RH1A 3PDSA 199LA 1L57A 157LA 196LA 3HTBA 254LA 1L80A 1QS5A 2NTGA 255LA 1G0MA 4W55A 2CUUA 1QUHA 1SWZA 1G0JA 2Q9DA 1L98A 4EKQA 1DYEA 4GBRB 1L55A 1C6CA 261LA 4PK0A 1L20A 1LYDA 1LWKA 102LA 1KW7A 3HUAA 3HTFA 1D9WA 1LYIA 234LA 163LA 176LA 1DYAA 131LA 1CTWA 4I7KA 1L79A 1L53A 4EKRA 2B6TA 5LZMA 147LA 1C62A 1B6IA 1C6NA 1C6DA 1SX7A 1L82A 3HUKA 151LA 4EKSA 238LA 3CDQA 1T97A 161LA 152LA 1OWYA 1L30A 250LA 3HH3A 1LI2A 1OWZA 205LA 1OVHA 3DN6A 1NHBA 206LA 4LZMA 2O7AA 1ZYTA 252LA 2HULA 129LA 2O79A 4DKLA 2RB2X 1WTHA 245LA 3CDTA 3GUNA 4W56A 1I6SA 1QSQA 107LA 150LA 1L70A 4I7QA 1LGXA 1T8AA 1LGUA 1LGWA 3V2WA 3DN3A 3CDOA 3FADA 4EJ4A 1L76A 221LA 1L84A 3HT7A 4I7OA 1LPYA 2OU0X 3C8SA 1L60A 237LA 1L48A 247LA 1P36A 1PQMA 4EKPA 1C69A 2QARC 211LA 1C6FA 249LA 3OE6A 1L63A 3C81A 1L41A 1CV0A 3C82A 260LA 1XEPA 1D3FA 122LA 1P2RA 3FA0A 110LA 1LI3A 3L2XA 186LA 181LA 4ARLA 220LA 3DMZA 113LA 1L19A 1XJUA 1L66A 1L58A 1QTHA 115LA 3DKEX 1L15A 2B70A 1QTVA 2RBOA 3FI5A 1L14A 1SWYA 1CV4A 243LA 2OE4X 168LA 1L61A 2F47A 3DN0A 1D3JA 1DYDA 1QT8A 195LA 2O4WA 1L83A 3RUNA 192LA 1L65A 2IGCA 3SBAA 1L44A 137LA 222LA 1C6AA 1G07A 1L05A 128LA 145LA 1L64A 2F32A 1L42A 3GUIA 200LA 3HT8A 4W53A 4ARJA 4YXAC 1QTCA 3G3VA 2Q9EA 3OE9A 1C6QA 7LZMA 1L0KA 166LA 3HDEA 1L25A 3DN4A 3HDFA 262LA 246LA 1QUGA 1KNIA 1QT3A 170LA 3SN6R 114LA 1G0PA 240LA 3SBBC 164LA 1CUQA 2RB1X 1PQDA 4ARMB 1L91A 1LLHA 228LA 2RBPA 155LA 3NY8A 4OO9A 1TLAA 180LA 2OE9X 1QT6A 2ANVA 3DN1A 239LA 2LCBA 1G1VA 1P3NA 119LA 4I7JA 174LA 1L45A 1JQUA 1L13A 1QTDA 1KY1A 1SX2A 2HUKA 130LA 1L87A 1L21A 1L77A 258LA 184LA 1L94A 3GULA 4DJHA 1CV6A 1G0GA 4E97A 3CDRA 172LA 1KY0A 2OE7X 1SSYA 1CV1A 1C65A 3G3WA 1DYFA 1D3NA 4ARQB 1C64A 1L04A 210LA 3F8VA 1P2LA 231LA 1P6YA 1C6BA 4GRVA 1L28A 3NY9A 3GUKA 3DMXA 2A4TA 1L37A 1L36A 2B74A 1L68A 4LDLA 162LA 251LA 3OE8A 1KW5A 1P56A 1L09A 3HT6A 216LA 1L93A 120LA 1QS9A 198LA 1CV5A 2OTZX 3DMVA 1C6EA 4I7RA 1CX6A 159LA 3C7YA 2RB0X 3LZMA 3EMLA 4W51A 4YXCA 3C8RA 1C6GA 141LA 1CV3A 139LA 2B6XA 4I7TA 3QAKA 1L67A 1C63A 1L86A 1C67A 1L01A 144LA 1QTBA 4I7LA 4W58A 158LA 3HTGA 1L03A 1K28A 3HH4A 1CU6A 4EPIA 1CX7A 1OV7A 2RBSA 248LA 3CDVA 3SB7A 3HH5A 2LZMA 3GUJA 1L02A 4AQNA 146LA 1CU5A 1L33A 108LA 148LE 3GUPA 1L74A 1L46A 197LA 1C6PA 1L92A 3DN8A 1CU3A 1L07A 2B7XA 4EPFA 2RAZX 1PQOA 3K2RA 212LA 1CU0A 1L40A 3HWLA 2OU8A 1JTMA 1L18A 3C7WA 3F9LA 3V2YA 3DNAA 233LA 104LA 2F2QA 1EPYA 1C68A 1T8GA 4DAJA 4ARMA 1L59A 2RBQA 167LA 1L43A 1PQJA 1QSBA 1CVKA 1L54A 2L78A 1DYCA 1L88A 4PJZA 1D2WA 185LA 1L10A 111LA 3SB5A 1OYUA 1L34A 118LA 4I7PA 1D3MA 1L75A 1DYGA 1C6JA 1L29A 3C80A 223LA 112LA 3G3XA 138LA 1C6TA 1L22A 4YX7C 1L96A 183LA 1L16A 4EXMA 1T6HA 1L38A 4W57A 2B6ZA 236LA 4LDEA 1L49A 1ZURA 3ODUA 4ARPA 103LA 1C6LA 1QT5A 4ARQA 3NYAA 1QUOA 217LA 215LA 256LA 3C83A 3HH6A 2LC9A 3C8QA 1LI6A 2B73A 1LW9A 1L69A 1L0JA 109LA 1G0KA 1L08A 1LWGA 3SB8A 2HUMA 3GUMA 1KS3A 226LA 2OU9A 2B6WA 218LA 149LA 3L64A 127LA 214LA 1C6KA 213LA 2RBRA 1QT7A 3SB9A 177LA 3VW7A 5I14A 1L32A 169LA 1PQKA 1L11A 1L35A 242LA 3HU8A 1XJTA 1L89A 1ZWNA 1G1WA 1L51A 173LA 1T8FA 1P7SA 4I7NA 230LA 3RZEA 1P64A 224LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
182LA 142LA 1W08A 6LZMA 1IP4A 1C61A 3W6FA 1JJ1A 4RW1A 5D5FA 1B7PA 3A3RX 3WL2A 4ET9A 3HTDA 1YAOA 1L27A 1C60A 3UONA 1LJ4A 4QGZA 1UIAA 3AW6A 5A3ZA 3ZVQB 4WG1A 1L50A 3EXDA 1G0LA 208LA 1BVKC 3TMVA 1IP1A 1QIOA 4KXIA 3W6BA 241LA 1YL1X 4MSTA 126LA 1LMNA 1BWJA 5I14A 1YQVY 125LA 1BGIA 2NTHA 1HSXA 5L9JA 1L47A 5B05A 4W52A 2WARA 1G7MC 1OVKA 1GBXA 227LA 3W6EA 3LYOA 1JHLA 253LA 4NGLA 3TXJA 3T6UA 1IWYA 4GCDA 4I7MA 1DKKA 1D6QA 1L73A 2G4PA 1HHLA 2RBNA 1YROA 5LVJA 4WL7A 1QT4A 4OWAA 1IP6A 3A34A 3HTBA 1IR7A 4ZIXA 4HPEA 3W3EA 255LA 5KXXA 4EKQA 4ETDA 4GN5C 1L55A 8LYZA 1C6CA 4PK0A 2F4AA 4H8YA 1LWKA 1KW7A 4B4EA 163LA 176LA 1HEPA 2X0AA 1CTWA 1UCOA 1GDXA 4EKRA 5LZMA 1UBZA 5FELA 4WM6A 1BVXA 2D4IA 1GE1A 6LYZA 1C6DA 1LJKA 1L82A 5C6IA 238LA 1T97A 3GXKA 5HMVA 1TDYA 3AB6A 1LI2A 1LYZA 1QDTA 206LA 3EMSA 5KXMA 4BS7A 5E4PA 4XADA 4LYOA 245LA 1LMPA 3GUNA 1KXWA 4I7QA 3N9AA 1RE2A 4NY5A 1LGUA 1IOCA 1CKHA 3TMWA 3DN3A 3WULA 4EJ4A 1B7QA 2W1YA 1BB3A 5I54A 1L48A 247LA 1B5YA 2QARC 2Z18A 1ALCA 5B07A 4DQ7A 4GCEA 3EO5A 1PS5A 1P2RA 3FA0A 110LA 2ZNXY 181LA 3L2XA 5DN4A 1YKXX 4XJIA 113LA 1LMOA 1L19A 1TBYA 1XJUA 2AUBA 1DXJA 1QTVA 2RBOA 1NDGC 4PHIA 135LA 2HEDA 3FI5A 1L14A 1BWHA 4M6DA 2BQJA 1IP2A 2O4WA 4DD7A 1L83A 3RUNA 3WU7A 1LZRA 2EPEA 1B5VA 2IGCA 4LYCA 4LFPA 1L44A 1C6AA 4TWSA 1OUCA 1JJ0A 1KIPC 1L05A 1XEJA 1WVVA 1LSDA 2MECA 1LZ4A 4NHQA 4PJ2C 4YXAC 3ATOA 3OE9A 4G4CA 1DI5A 3A96A 1L0KA 3DN4A 4NHSA 246LA 4IASA 1QUGA 5L3IA 1C46A 2BQHA 4PGJB 4XYYA 4ARMB 1OUFA 1LLHA 4H8ZA 155LA 1LMCA 1NBZC 5APEA 3P64A 4ETEA 2ANVA 3AZ6A 1EQ5A 2LCBA 1KXXA 5DLAA 1NHEA 1NBYC 4WM3A 1OUJA 4I7JA 4UWNA 1L45A 1XGQC 7LYZA 130LA 2BQEA 258LA 2DQGY 3CDRA 1LSZA 2OE7X 1CV1A 5B1FA 1LZDA 5I5QA 1C64A 3F8VA 1P2LA 231LA 1P6YA 4BAPA 1HEWA 3NY9A 3GUKA 2A4TA 162LA 251LA 1KW5A 4GCBA 216LA 5FHWA 1GBWA 1YAQA 1CV5A 1VDQA 1CX6A 4PRQA 3C7YA 2RB0X 3LZMA 5HLLA 3P68A 4WM2A 139LA 5KXKA 1GBZA 4O34A 144LA 1EQEA 3CQLA 1LHJA 4EMNA 1K28A 1L03A 1SLYA 3HH4A 3WH1A 2RBSA 4NGWA 5EBHA 5LVHA 1LZBA 1L02A 3WU9A 1REYA 1BHZA 1L74A 1IOQA 1CU3A 1L07A 1IOTA 3WPKA 4DYGA 3HWLA 3C7WA 1L18A 3F9LA 1GFJA 3V2YA 1XGUC 233LA 1IC7Y 2RBQA 167LA 1OUGA 3AJNA 111LA 4DD1A 1C6TA 1VDSA 2FYDA 5KKJA 1L16A 4EXMA 2BLXA 1T6HA 2B6ZA 5APDA 1LSPA 236LA 4LDEA 4G9SA 4PPOA 4G4BA 1C6LA 1GF8A 217LA 4WLXA 4YEOA 256LA 3RNXA 2LC9A 3WYHA 2BQMA 109LA 1LWGA 3GUMA 1KS3A 1GFAA 1WQRA 1QTKA 218LA 4QEQA 3A90A 1C43A 4DDCA 3SB9A 1GF4A 1VEDA 1D0LA 2BQAA 3RT5X 1L11A 1LJIA 4LGKA 1ZVHL 1XJTA 4IATA 1IP3A 1B0DA 1L51A 173LA 1YILA 4WG7A 1P7SA 4I7NA 2DQIY 3P4ZA 3VWOA 4B49A 1ZV5L 3C7ZA 1JSFA 4UWVA 1B7SA 5I4WA 5KXSA 1LZ5A 4LYTA 4GCCA 1L52A 2FBBA 190LA 178LA 2H9JA 1AT6A 3BKHA 4B4IA 1LZYA 1SSWA 3HBEX 225LA 1LYGA 156LA 2ANXA 3ULRA 4Z46A 3FE0A 1L12A 1LZ6A 229LA 1C6IA 1GPQC 4NGVA 3RU5A 1D0KA 4HJZA 4BADA 1QTZA 1GFVA 1GF5A 2Z6BA 3HT9A 3TMUA 4B1AA 4LT1A 3JR6A 4KPMA 4W54A 160LA 5LIOA 1AKIA 2B6YA 4HV1A 244LA 1MELL 1JEFA 187LA 188LA 2BQBA 1GB5A 1HFYA 201LA 1L00A 5IELA 2MEIA 2LYZA 1L56A 1L62A 1DKJA 3J4GA 3SB6A 1RFPA 1B9OA 4B4JA 1L24A 3N9CA 1L31A 4N1CC 5LA8A 1G7LC 3TXDA 1UIFA 1IWUA 1L99A 165LA 1G06A 232LA 1L17A 2RAYX 1CUPA 157LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 182L A;  142L A;  1W08 A;  6LZM A;  1IP4 A;  1C61 A;  3W6F A;  1JJ1 A;  4RW1 A;  5D5F A;  1B7P A;  3A3R X;  3WL2 A;  4ET9 A;  3HTD A;  1YAO A;  1L27 A;  1C60 A;  3UON A;  1LJ4 A;  4QGZ A;  1UIA A;  3AW6 A;  5A3Z A;  3ZVQ B;  4WG1 A;  1L50 A;  3EXD A;  1G0L A;  208L A;  1BVK C;  3TMV A;  1IP1 A;  1QIO A;  4KXI A;  3W6B A;  241L A;  1YL1 X;  4MST A;  126L A;  1LMN A;  1BWJ A;  5I14 A;  1YQV Y;  125L A;  1BGI A;  2NTH A;  1HSX A;  5L9J A;  1L47 A;  5B05 A;  4W52 A;  2WAR A;  1G7M C;  1OVK A;  1GBX A;  227L A;  3W6E A;  3LYO A;  1JHL A;  253L A;  4NGL A;  3TXJ A;  3T6U A;  1IWY A;  4GCD A;  4I7M A;  1DKK A;  1D6Q A;  1L73 A;  2G4P A;  1HHL A;  2RBN A;  1YRO A;  5LVJ A;  4WL7 A;  1QT4 A;  4OWA A;  1IP6 A;  3A34 A;  3HTB A;  1IR7 A;  4ZIX A;  4HPE A;  3W3E A;  255L A;  5KXX A;  4EKQ A;  4ETD A;  4GN5 C;  1L55 A;  8LYZ A;  1C6C A;  4PK0 A;  2F4A A;  4H8Y A;  1LWK A;  1KW7 A;  4B4E A;  163L A;  176L A;  1HEP A;  2X0A A;  1CTW A;  1UCO A;  1GDX A;  4EKR A;  5LZM A;  1UBZ A;  5FEL A;  4WM6 A;  1BVX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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