2Q9EA

Structure of spin-labeled t4 lysozyme mutant s44r1
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKCELDKAIGRNTAGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Structural determinants of nitroxide motion in spin-labeled proteins: Solvent-exposed sites in helix B of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2q9eA00
1QUHA 1L98A 1OVJA 1L67A 180LA 1L0JA 1CV6A 2QARC 3V2YA 3HT8A 4EKPA 173LA 3OE6A 1CV5A 2NTGA 4GRVA 127LA 1CUPA 1P36A 212LA 2OTZX 142LA 1G0JA 4I7JA 3CDVA 1L25A 4ARQB 192LA 1KW7A 255LA 3ODUA 111LA 225LA 1L22A 3GUOA 3C7WA 3F8VA 1SSYA 188LA 190LA 1L42A 1L59A 1P2LA 3SBBC 185LA 1XJTA 3L2XA 1DYEA 214LA 3DN0A 4ARMB 1L87A 3K2RA 176LA 1TLAA 3NYAA 187LA 1L07A 1L09A 2RBSA 1G0LA 1PQIA 216LA 1C6FA 1KY1A 1C6EA 1P2RA 3SBAA 1QTBA 4I7KA 239LA 230LA 251LA 3C7ZA 3GUNA 205LA 241LA 3HH3A 4OO9A 1JTMA 227LA 4EPFA 1XEPA 1L13A 1C6JA 1P3NA 163LA 1L23A 1L20A 1D3FA 5I14A 1L95A 1L37A 175LA 3SB8A 1C63A 1JQUA 3DKEX 2ANVA 1L19A 1L03A 1L40A 4ARMA 170LA 3GUJA 177LA 1C6BA 2B6XA 1XJUA 232LA 1QT6A 4W57A 1CV3A 1L00A 1L33A 1L06A 149LA 4S0WA 2NTHA 1L30A 3DMZA 3G3WA 2B73A 1CUQA 3HTFA 166LA 1G07A 4W55A 5LZMA 1LI2A 1QT5A 1C6HA 1C68A 1L10A 4I7OA 4LDOA 6LZMA 1L45A 1ZWNA 3HU8A 4PJZA 4W52A 4I7PA 1KS3A 4EJ4A 130LA 129LA 1L17A 2RAZX 3LZMA 1L55A 228LA 1L83A 1QUDA 112LA 1L18A 1L38A 1L58A 254LA 174LA 197LA 1C65A 236LA 1L79A 1CU3A 1L05A 1PQDA 222LA 3D4SA 3DN4A 1LYEA 261LA 4EKQA 1LI3A 3C83A 144LA 1L01A 1L04A 1DYCA 3F9LA 1LLHA 146LA 4ARLA 4EKSA 109LA 137LA 3EMLA 3DN1A 1LYJA 152LA 3HH6A 1DYFA 1LYFA 1QTCA 2RAYX 4ARJA 4I7TA 183LA 206LA 1C67A 248LA 2RH1A 1L97A 4EKRA 167LA 3CDRA 4ARPA 2OE7X 1C6KA 189LA 3DN3A 3HUQA 1DYDA 2B74A 1CV4A 2RBOA 1G0GA 3DN2A 1KNIA 1L65A 220LA 1L34A 3GUPA 1LYGA 159LA 1L29A 161LA 1DYBA 1L66A 141LA 3SB6A 235LA 221LA 2OU0X 3SB9A 1L71A 3HT7A 1LGXA 128LA 3CDTA 1L51A 1T8AA 260LA 4DKLA 4W59A 3HH5A 4PK0A 1L39A 3DMXA 115LA 256LA 1G1WA 1L54A 1L90A 1SWYA 211LA 1T97A 4EPIA 1D2WA 250LA 1L68A 3FADA 1L70A 1PQMA 4YXAC 4YX7C 4K5YA 242LA 1LGUA 237LA 2RBQA 249LA 4ARQA 181LA 4I7SA 4DAJA 1L76A 2B75A 1QT4A 1L63A 1L92A 1CU6A 1LWGA 1L08A 4I7MA 1DYGA 1C6DA 247LA 210LA 3HU9A 1L52A 233LA 244LA 1K28A 2Q9EA 165LA 3SB7A 151LA 2B72A 3DMVA 3UONA 1C6IA 1L28A 223LA 2QB0B 1D3NA 4I7NA 1L41A 178LA 145LA 246LA 1C66A 102LA 2OE4X 2RBRA 3V2WA 1C6TA 3HDFA 1P37A 1EPYA 1C6LA 2F32A 147LA 1B6IA 1L50A 2LC9A 1L24A 2B70A 1QUOA 1D2YA 1L21A 108LA 219LA 191LA 3C8SA 3OE8A 3GUIA 2O4WA 224LA 168LA 3CDQA 3G3XA 1L31A 3C81A 1L93A 3JR6A 1L43A 1QTHA 4W54A 125LA 1L48A 169LA 1OYUA 1L32A 148LE 131LA 2B6YA 160LA 1P56A 2IGCA 140LA 1C6GA 3PDSA 1L91A 1L74A 157LA 104LA 1D3MA 1L77A 110LA 2RB2X 4YXCA 4ZPUA 3RZEA 1L60A 1CVKA 3HUKA 3NY9A 1L81A 1C6MA 2RB1X 252LA 1G0KA 3RUNA 1L75A 1LGWA 2HUKA 4EXMA 231LA 3CDOA 1QUGA 1P5CA 1OVKA 1ZYTA 2RBNA 209LA 3DNAA 1LW9A 3HH4A 1QT8A 3HUAA 171LA 118LA 1L94A 4I7RA 1QTVA 1T8FA 1L61A 1P6YA 1SX7A 1L73A 262LA 2L78A 2LCBA 4W53A 3C7YA 1L99A 1QTZA 3SB5A 3PBLA 3QAKA 120LA 2O79A 2LZMA 1L02A 1L62A 1L84A 215LA 4LDLA 1QT3A 126LA 143LA 1QSBA 1L14A 1LYHA 3VW7A 1L69A 3HTDA 1L44A 1T6HA 1L36A 1L27A 1L12A 1OV7A 3L64A 3NY8A 238LA 4I7LA 1ZURA 3HTGA 182LA 1C60A 1G1VA 119LA 1QS5A 2F2QA 4W58A 1OWZA 3HTBA 1L64A 1P46A 1KW5A 1LPYA 4I7QA 2F47A 1L0KA 1PQOA 243LA 1NHBA 2OEAX 4W56A 3OE9A 1PQJA 122LA 1L96A 1T8GA 2OTYX 2RBPA 1C6CA 162LA 1C6QA 3HT9A 1C6NA 1L72A 1P64A 4LDEA 1L53A 2B6TA 2O7AA 1C61A 113LA 1KY0A 2HUMA 1PQKA 200LA 186LA 3SN6R 2Q9DA 257LA 1L35A 1C6PA 156LA 2RB0X 3HT6A 7LZMA 1L47A 201LA 3C80A 1QS9A 139LA 155LA 1SSWA 2HULA 1OV5A 1WTHA 3OE0A 1G06A 1SWZA 1QSQA 172LA 1L89A 199LA 3C8QA 1C6AA 1CTWA 123LA 1CU0A 138LA 1L26A 245LA 1L85A 2B6ZA 3G3VA 1C64A 1LYIA 3DN8A 4AQNA 195LA 2OU9A 1CU2A 107LA 1L57A 1I6SA 3FA0A 4LZMA 240LA 103LA 1CX7A 213LA 1LWKA 259LA 1D9WA 1P7SA 258LA 218LA 184LA 1C69A 114LA 1CU5A 1L80A 1CX6A 3C8RA 2Z6BA 4E97A 226LA 3GUMA 150LA 4IAPA 4DJHA 3GULA 1L82A 234LA 1L11A 1L88A 1LYDA 1SX2A 3C82A 3DN6A 1G0QA 1OWYA 1JTNA 1L86A 1L15A 158LA 1G0PA 1C62A 1LI6A 2B6WA 2ANXA 1CV0A 2A4TA 3FI5A 2OU8A 3HDEA 1L56A 4W51A 2CUUA 217LA 3HWLA 3GUKA 1L49A 1DYAA 1G0MA 1OVHA 196LA 1QTDA 2B7XA 1L16A 198LA 1D3JA 2OE9X 164LA 4GBRB 1CV1A 1L46A 1QT7A 253LA 229LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HECA 2QARC 1YROA 4XADA 1VFBC 4GRVA 3AW7A 3CDVA 1L25A 4J0LA 4LT2A 4ARQB 1IOTA 1KW7A 3ODUA 225LA 5APCA 4BADA 1LSPA 3CSQA 1SSYA 4PHIA 188LA 1NHEA 1LMQA 4OWHA 1L42A 4ETEA 3FE0A 1G7LC 1XJTA 1WQOA 3WPLA 5KXXA 3B0KA 1YKYX 2HEAA 1GEVA 4GCCA 1L07A 4DDBA 4NGKA 1GE4A 1FBIX 2RBSA 1KY1A 4AXTA 3SBAA 3B0OA 5IELA 1LJFA 205LA 3GUNA 3HH3A 1LJ4A 1XEPA 4H8YA 4ETCA 5B05A 1B5YA 3ATOA 4Z98A 1JKCA 4XN6A 1WVVA 1LZSA 3P4ZA 4QEQA 3TXBA 1GFKA 2DQEY 2B6XA 232LA 3HBHA 1CV3A 6LYZA 4GCFA 1P2CC 1L33A 1LYSA 4S0WA 3TXFA 1CUQA 1LZDA 4H9EA 3W6BA 2BQKA 3HU8A 4PJZA 2BLXA 2BPUA 2BQHA 4EJ4A 1TDYA 4LYOA 3J4GA 1L55A 4M4OA 4U3XB 1J1PY 1IR7A 1OUEA 236LA 222LA 3D4SA 1ZVYB 4EKQA 3LHMA 1GBXA 1GFHA 4WG1A 1RE2A 5M1YA 146LA 2YSSC 5KKIA 3TXJA 109LA 137LA 3DN1A 1LYJA 2BQFA 4DD3A 5F16A 4CJ2A 3HH6A 2RAYX 4I7TA 183LA 1C67A 4NSJA 248LA 1UIEA 4B49A 4EKRA 2OE7X 2DQDY 5C6JA 2B74A 2HU3A 2RBOA 1G0GA 4TUNA 1B7LA 1QUSA 2LYZA 220LA 1LYGA 4HTQA 3IWRA 1LKSA 1L66A 3SB6A 1QDTA 4ZIXA 1D6QA 1WTMA 128LA 1HMKA 3HH5A 1L39A 1HFZA 1LMCA 1G1WA 5LIOA 1SWYA 4EPIA 1D2WA 5APDA 2YBLA 4IJ4A 1L70A 5LA8A 1LHLA 4K5YA 1LGUA 3A34A 4B4EA 1B5UA 181LA 4I7SA 1QT4A 2N5ZA 5HNCA 3WW5A 1DYGA 1G7JC 247LA 3HU9A 193LA 1IWXA 151LA 223LA 2YBIA 2QB0B 3A67Y 4DDAA 2FBDA 102LA 3V2WA 1P37A 1EQEA 4WM6A 147LA 4I8SA 4NHIA 2LC9A 3ZVQA 5B1GA 1Z55A 1D2YA 4ANRA 4O34A 1BHZA 219LA 4WG7A 3C8SA 1VDSA 224LA 4N5RA 1LMAA 5B07A 1JEFA 1QTHA 4R6CA 1OYUA 4LT3A 1W08A 1C6GA 3W6CA 5B59A 104LA 5DN4A 1D6PA 1D3MA 1LSBA 2CJLA 2RB2X 1TCYA 2HU1A 4ZPUA 133LA 3RZEA 4FDYA 2RB1X 1JKDA 2XTHA 1IOQA 1G0KA 3CB7A 3RUNA 4WLDA 1IR9A 1VDPA 4OOOA 154LA 2RBNA 209LA 3DNAA 1LW9A 3HH4A 1QT8A 4WM2A 1L94A 118LA 2LYOA 1GXV2 2D4IA 1F0WA 1YILA 262LA 1UIFA 2Z37A 3CT5A 4GLVA 4HJYA 4W94A 120LA 1UCOA 5DL9A 4LDLA 1LZBA 143LA 1GBOA 3B72A 1L14A 1LYHA 3WYHA 1IP7A 5KXWA 1D9UA 1HEMA 1L12A 1OV7A 2XBSA 3L64A 1LMPA 1NMMA 3TMUA 1ZURA 1KIPC 1C60A 2B5ZA 1JSFA 4RLMA 4ZEEA 4W58A 4TX7A 1P46A 4N9RA 2F47A 1IWYA 4BAPA 1LYYA 4HTNA 243LA 2Z12A 4Z46A 5LVHA 1HERA 1T8GA 162LA 1C6QA 113LA 1BB4A 1GBWA 1HEOA 4YM8A 2Z2FA 1QIOA 1LJHA 2YBNA 1WVUA 1YL1X 3E3DA 5HNLA 2Q0MX 1UA6Y 3RZ4A 7LZMA 4NHQA 1QS9A 1RCMA 1LSFA 2BQDA 2AUBA 1C08C 4DQJA 1YAMA 5KXYA 3CSRA 1JUGA 1G06A 4TTDA 2LHMA 1TBYA 1L89A 5I54A 3C8QA 1C6AA 3CQLA 123LA 2BQOA 1LOZA 3G3VA 1C64A 1VDQA 4G4BA 4AQNA 5C6LA 1JJ1A 5I4WA 1REMA 3IJVA 2MEFA 240LA 103LA 2ZWBA 4WM4A 1MELL 114LA 1NF5A 1CX6A 1HEPA 3C8RA 4E97A 1DI4A 4XJDA 2G4PA 1B7MA 5LXWA 1LMNA 234LA 3IJUA 1G0QA 4WM1A 5J7CA 5APEA 1OWYA 1JTNA 4H93A 4UWVA 158LA 1G0PA 2EPEA 3A8ZA 4H9HA 1L49A 2DQFC 1G0MA 5KJ9A 5D5CA 5LYTA 1D3JA 2EKSC 164LA 5DN5A 253LA 229LA 1L98A 1OVJA 1YL0X 1L67A 4XJGA 1CV6A 3AYQA 3CT1A 3WPKA 127LA 1CUPA 212LA 2OTZX 3M18B 142LA 1IP5A 255LA 1H6MA 1DXJA 4NGLA 1LSAA 5F9XA 1PZYA 1JITA 3C7WA 3RW8A 190LA 1L59A 1HF4A 2D6BA 3DN0A 1YKZX 1KIRC 3NYAA 4NGOA 1L09A 2F30A 4NG8A 1C6EA 3ZVQB 230LA 3C7ZA 4OO9A 1JTMA 1LJJA 1LZ9A 1OUDA 4TWSA 1FLWA 1LZTA 2PC2A 1NKHA 1WQMA 2BQEA 4NGVA 2FYCA 1XGPC 2DQAA 1EQ4A 3A96A 1UIAA 1IC5Y 3SB8A 1B5ZA 1JQUA 3N9EA 4PGJB 1AT5A 2H9JA 4ARMA 177LA 2ZIJA 1LHIA 1LSMA 5FDJA 1IP3A 1L06A 149LA 4G4HA 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9LYZA 5KKJA 1QTZA 1B0DA 4NSGA 3QAKA 2X0AA 1LZYA 1BVKC 4RLNA 1QT3A 3ULRA 1DQJC 2MEIA 3W6AA 4II8A 4MSTA 3HTDA 3AGIA 1L36A 2ZYCA 1UICA 5KXSA 182LA 3WUNA 2F2QA 4HTKA 3HTBA 1L64A 4R0FA 4H90A 1LPYA 4I7QA 1CKDA 2W1LA 4NWHA 2LYMA 1QUTA 1NHBA 2OEAX 4W56A 1GDXA 3TMXA 2OTYX 3HT9A 1P64A 1L53A 2B6TA 2O7AA 3EXDA 4WLTA 1C61A 1KY0A 4J1BA 4YEMA 200LA 3SN6R 4YF2A 2Q9DA 257LA 3QY4A 156LA 1HNLA 4J7VA 2HULA 1WTHA 5JENB 1JHLA 2CDSA 2C8PA 132LA 172LA 2DBTA 3GXKA 1CTWA 3N9AA 1L85A 2D91A 3WVXA 5HLLA 4H8ZA 1L57A 194LA 1XGRC 1LCNA 1XEJA 1OQMA 5IHGA 258LA 184LA 1FKQA 5C6IA 4GCDA 1GB3A 1REXA 1GPQC 4LYMA 4NHTA 3GULA 4M6DA 1L11A 3WUAA 2CGIA 1AT6A 3DN6A 3SP3A 1TAYA 4GN4A 7LYZA 3RU5A 1L86A 1L15A 1C62A 1LJEA 1DPXA 2A4TA 3AZ4A 3HDEA 2BQGA 1HSWA 1DYAA 4WL7A 1AZFA 1CJ8A 5D5FA 2B7XA 198LA 4LT1A 2OE9X 1LJGA 4GBRB 5KY1A 1C45A 1QUHA 180LA 1L0JA 173LA 1CV5A 2NTGA 1IWZA 1FN5A 4I7JA 192LA 111LA 3GUOA 1L22A 1LMTA 4LYZA 1LSEA 2NWDX 1JTTL 3F8VA 5APFA 5KXLA 3L2XA 1DYEA 1UACY 214LA 2YBMA 3OJPA 1L87A 1UIHA 2VB1A 176LA 4HSFA 1JIYA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1ZUR A;  3HTG A;  182L A;  1C60 A;  1G1V A;  119L A;  1QS5 A;  2F2Q A;  4W58 A;  1OWZ A;  3HTB A;  1L64 A;  1P46 A;  1KW5 A;  1LPY A;  4I7Q A;  2F47 A;  1L0K A;  1PQO A;  243L A;  1NHB A;  2OEA X;  4W56 A;  3OE9 A;  1PQJ A;  122L A;  1L96 A;  1T8G A;  2OTY X;  2RBP A;  1C6C A;  162L A;  1C6Q A;  3HT9 A;  1C6N A;  1L72 A;  1P64 A;  4LDE A;  1L53 A;  2B6T A;  2O7A A;  1C61 A;  113L A;  1KY0 A;  2HUM A;  1PQK A;  200L A;  186L A;  3SN6 R;  2Q9D A;  257L A;  1L35 A;  1C6P A;  156L A;  2RB0 X;  3HT6 A;  7LZM A;  1L47 A;  201L A;  3C80 A;  1QS9 A;  139L A;  155L A;  1SSW A;  2HUL A;  1OV5 A;  1WTH A;  3OE0 A;  1G06 A;  1SWZ A;  1QSQ A;  172L A;  1L89 A;  199L A;  3C8Q A;  1C6A A;  1CTW A;  123L A;  1CU0 A;  138L A;  1L26 A;  245L A;  1L85 A;  2B6Z A;  3G3V A;  1C64 A;  1LYI A;  3DN8 A;  4AQN A;  195L A;  2OU9 A;  1CU2 A;  107L A;  1L57 A;  1I6S A;  3FA0 A;  4LZM A;  240L A;  103L A;  1CX7 A;  213L A;  1LWK A;  259L A;  1D9W A;  1P7S A;  258L A;  218L A;  184L A;  1C69 A;  114L A;  1CU5 A;  1L80 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HEC A;  2QAR C;  1YRO A;  4XAD A;  1VFB C;  4GRV A;  3AW7 A;  3CDV A;  1L25 A;  4J0L A;  4LT2 A;  4ARQ B;  1IOT A;  1KW7 A;  3ODU A;  225L A;  5APC A;  4BAD A;  1LSP A;  3CSQ A;  1SSY A;  4PHI A;  188L A;  1NHE A;  1LMQ A;  4OWH A;  1L42 A;  4ETE A;  3FE0 A;  1G7L C;  1XJT A;  1WQO A;  3WPL A;  5KXX A;  3B0K A;  1YKY X;  2HEA A;  1GEV A;  4GCC A;  1L07 A;  4DDB A;  4NGK A;  1GE4 A;  1FBI X;  2RBS A;  1KY1 A;  4AXT A;  3SBA A;  3B0O A;  5IEL A;  1LJF A;  205L A;  3GUN A;  3HH3 A;  1LJ4 A;  1XEP A;  4H8Y A;  4ETC A;  5B05 A;  1B5Y A;  3ATO A;  4Z98 A;  1JKC A;  4XN6 A;  1WVV A;  1LZS A;  3P4Z A;  4QEQ A;  3TXB A;  1GFK A;  2DQE Y;  2B6X A;  232L A;  3HBH A;  1CV3 A;  6LYZ A;  4GCF A;  1P2C C;  1L33 A;  1LYS A;  4S0W A;  3TXF A;  1CUQ A;  1LZD A;  4H9E A;  3W6B A;  2BQK A;  3HU8 A;  4PJZ A;  2BLX A;  2BPU A;  2BQH A;  4EJ4 A;  1TDY A;  4LYO A;  3J4G A;  1L55 A;  4M4O A;  4U3X B;  1J1P Y;  1IR7 A;  1OUE A;  236L A;  222L A;  3D4S A;  1ZVY B;  4EKQ A;  3LHM A;  1GBX A;  1GFH A;  4WG1 A;  1RE2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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