2QA4N

A more complete structure of the the l7/l12 stalk of the haloarcula marismortui 50s large ribosomal subunit
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
publication title Structure of the base of the L7/L12 stalk of the Haloarcula marismortui large ribosomal subunit: Analysis of L11 movements
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 42
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2qa4N00
2OTLN 1VQ7N 1VQ6N 1Q82O 5GAEP 3OW2M 2QEXN 1YJNN 4WFNL 4WFBL 1YJWN 3CPWM 1OVYA 3DLLL 3CC4N 1VQNN 3CCVN 3CCEN 4WCEL 3PIPL 1M90O 1KD1O 1JJ2M 3I56N 3PIOL 3G4SN 2QA4N 5HL7L 3CCUN 5GADP 1YIJN 2ZJQL 5DM7L 1K73O 1NJIO 1VQON 3CCRN 5JVGL 1VQ9N 1YHQN 3CF5L 1K9MO 1Q86O 5GAHP 1QVGM 1VQ4N 3CCSN 3CMEN 4UY8O 5H1SQ 1VQKN 1ILYA 3CCQN 5DM6L 1YJ9N 3CC7N 3CC2N 2ZJPL 4WF9L 1N8RO 1VQMN 3G6EN 1YITN 1Q7YO 3CCJN 4WFAL 4IOCL 1KC8O 1YI2N 1K8AO 3CCMN 5MLCQ 1VQLN 4IOAL 3CCLN 1VQPN 3J7ZO 1M1KO 1QVFM 5GAGP 4U67L 2ZJRL 4IO9L 1W2BM 3I55N 3G71N 5JVHL 1Q81O 1VQ8N 1VQ5N 1S72N 3CD6N 3CMAN 1KQSM 2OTJN 3CXCM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HKGA 5BRDA 2VG7A 3TAQA 3G10A 1U45A 1KTQA 3KIOA 1CZ9A 4DSEA 1OH6A 4YY3K 3KLEA 3DLLL 4JAXA 3K5LA 2E2OA 3IRXA 4GV3A 4C8MA 4FM1A 2VG5A 3UKRA 3SNNA 2HVIA 1QS4A 3GG4A 3UB5A 4DTJA 3J7YP 1SKSA 2E88A 4YOUA 1CXQA 3ASMA 5C15A 3WNGA 3M6GA 4C23A 1CZBA 3MK6A 4B1VA 3I56N 2B6AA 4W5NA 4WYBA 2OPSA 4DR2K 2OCEA 5JS1A 4AH9A 4F2SA 1LAVA 4FWSA 3CCUN 1XQSC 5BPLA 2E6LA 4W5TA 4TSXA 1WBDA 1NGGA 1J6ZA 3VA3A 4KH4A 1D8YA 2P9SA 3R1XA 2QWRA 1KVCA 4GVEA 5GAHP 3HVTA 3UKRB 2JWKA 3RTVA 1NJYA 5H1SQ 1VQKN 1GOAA 4K43A 1WSEA 5EVZA 1HYVA 1NNEA 2EX3A 4BRQA 1L3SA 4K42A 4CFAA 4CE9A 1U4BA 1C1BA 4CJUA 3PO4A 1B92A 2UUAK 1UOCA 3MAQA 3EYZA 5EXWA 2Z1HA 3BY5A 1GOBA 1HX1A 1KXPA 1IKVA 2P9SB 4KHWA 4YORA 2A1RA 3VA0A 2VGNA 4KKOA 3CM6A 1DGKN 1W0HA 3P31A 1NGDA 4IOAL 3D2EA 1OVQA 4LFAK 3KLFA 4DTUA 4LFBK 1X3NA 5CYMA 4PL7A 5FPNA 4CHYA 2QKKA 1RT7A 4FO0A 4DR6K 4CERA 3AO5A 5AQXA 1V4SA 4RWTA 3QEWA 4DLGA 3SQ1A 4FZYA 3CD6N 4DUYK 2OTJN 3VQ7A 1N32K 3ALYA 3CI5A 2OTLN 3ATUA 2FF3B 1HMVA 4CJRA 4WQ4A 3D2EB 5C10A 4IJNA 4E89A 1YXQA 2P9KA 1VRTA 3MN9A 3QBWA 3QDKA 4JKDA 1RDAA 5FDLA 4B1ZA 4AHRA 4CZJA 4K41A 3K5OA 4JI5K 4K8ZA 3AVIA 5I42A 3QEVA 4JI4K 5D3GA 1OH8A 3WXLA 4JRPA 4WQ4C 3M3ZA 5C2FA 4DS4A 1QE1A 4FWKA 4DSIA 5HP1A 4E1JA 2OZSA 3SUPA 1NKCA 2G8IA 2YKNA 3TABA 3KWGA 4M41A 4EZ9A 3OS1A 2UXBK 4H03B 1U47A 2HNZA 3AO1A 1Q8IA 2W41A 1RGIA 2XY8A 1MWMA 3A5NC 1QHTA 1RDBA 2UU9K 3O3GA 2XY5A 1BA1A 3WEEA 3OYMA 2WBNA 4DQ8A 2YHBA 1I39A 4K0KK 2HF3A 2VWJA 4FWPA 4IWVA 3SUNA 1ZBFA 4BC3A 5F0XA 3CHWA 4ELVA 3AAPA 3V6DA 2VWBA 3KLIA 1GLJO 5AQTA 4Z4FA 4KH6A 4MFBA 5JLHA 1XWLA 2W6KA 3QBXA 3BZKA 5IT9O 3WEEB 4HUGA 1YVUA 3TTCA 4X62K 3QINA 3L0QA 3HPOA 1TK5A 1BCOA 4FLUA 4IFVA 1SKWA 3ZCMA 2FLOA 2RPIA 5J2QA 1VK0A 3NFAA 1W97L 3NE6A 1KCFA 2QEXN 1LWCA 1SL2A 5BR8K 3ID8A 2A1SA 4ICLA 3QEXA 4H0OA 3U9DA 4FLZA 2YJFA 2D0PA 1IBLK 1S22A 4KHSA 1U6ZA 4E7JA 5GINA 3AA2A 1RT1A 4DFPA 4JI7K 3V4IA 4OKKA 1X9WA 3WQUA 3DXKA 2QKBA 4RW7A 4GV6A 2CGLA 3M8PA 4CJTA 3NMUA 3I8BA 3TAPA 3HI0A 1QZ6A 3CPEA 4NXNK 4JLHA 3K9KA 4FWNA 1JXEA 1YHQN 4DMNA 4C8LA 5C25A 4DTRA 3RR7A 4BVPA 1JXBA 4UY8O 4BRPA 1S1WA 3VQCA 1C0UA 3V9UA 4LF6K 3VQ9A 2F9WA 4V19S 1EQYA 1P90A 3FFIA 4FOIA 2ZE2A 1N6QA 4Q0BA 2XY6A 2GTDA 3DXKB 1BUPA 1N8RO 3NBPA 4O5BA 1TGOA 4BDYA 1IH7A 4DTSA 2CGJA 2XHBA 4PWDA 2W40A 5AZIA 4OLBA 1GLEG 3ZT4A 3K2PA 2HHSA 5AFUA 2Z1JA 5BN9A 1HQUA 2RF2A 4BDZA 4CZEA 4E1MA 5FRMA 1MU2A 4F2RA 2O8CA 4KB1A 3M8RA 1WSIA 5AZJB 3VQPA 3CQYA 3H3OB 2BGGA 4DTXA 3UKUA 4H8KA 4CIEA 4BRLA 3F9MA 3MN6A 1QVFM 2V51B 1D5AA 1GLBG 1NGHA 5DK5A 5AZIB 3G71N 2EHGA 3G25A 5HRPA 1J5OA 3KTQA 2G8VA 4FWLA 3IG1A 3LAMA 2Q2RA 2RKIA 3DLKA 5KPTA 3K9JA 2JGUA 3E01A 2O8CB 1VQ6N 3O1WA 1JCGA 4YOVA 4FLVA 4QS7A 4FM0A 1I3AA 5SZTA 4LF9K 2NRXA 2P9IB 4E7LA 3UKUB 4WFNL 3AVNA 4AQYK 2ITMA 1WAFA 5AQLA 2KTQA 4CGHA 4MLEA 2HHTA 2Q97A 4IDKA 3R9PA 3NVMA 3ZSYA 3O08A 3AVLA 3NH1A 2ASOA 3EZWA 4CEFA 1NWKA 1M90O 1G15A 4BR4A 4I9QA 2I7NA 3C6UA 4XH1A 3B8AX 2AA4A 1IKWA 3MWTA 5AQRA 4KI6A 3OYIA 5A2QO 2VQFK 3DOKA 2ZGZA 5C24A 1EWQA 3ZT3A 1EWRA 3DXMA 3MXJA 3IUCA 5CZ1A 3CCRN 1C0MA 1TK8A 1DLOA 3OY9A 1MDUB 1GOCA 1JLGA 4JS5A 4CJVA 3MCAB 1YJ9N 3CJAA 3CC7N 3RMBA 2KFNA 1NGEA 1EX4A 3LP0A 4E19A 3QLHA 3O9UA 1EXQA 2B4JA 3IS9A 2GWKA 3SQ4A 3WUHA 3RRHA 4NO7A 4DSJA 3ZSZA 1T6DA 4KHQA 5ELZA 4JD2A 1HYZA 3VEWA 4OPJA 3DXMB 2FSJA 3HXMA 4U7BA 4L8RB 2XRIA 3MEGA 2CH5A 3I33A 3KK2A 1NJXA 3CCMN 4PL8A 2O8FA 4Z4EA 2LSNA 3F73A 3WNFA 3OS2A 1N36K 1JCFA 5BRHA 3RVCA 5JMVA 4AF1A 4LF8K 4KHPK 5C2DA 3AA4A 5AQOA 3O4WA 5E84A 4BR9A 1M1KO 3BF1A 1TKDA 3KLHA 4J2EA 1XUPO 1U48A 4JD2B 5C0YA 3MECA 1VQ5N 3MCPA 3T1YK 3FGUA 3NVKA 1N34K 3DI6A 1TVRA 2O8FB 1XI1A 3AO2A 3K57A 4Z94A 4BE0A 4BR0A 2NRRA 5AQWA 3VGMA 1BISA 2NRVA 1T03A 4KRFA 4FJNA 2QM1A 2Z1GA 4C8NA 4YFUA 3O9SA 1NMNA 4MO5A 4M3TA 2DY4A 1KFDA 3CCEN 3C6HA 4GNIA 4CI6A 4CJLA 3ULDA 4H5RA 4CJ7A 4O0JA 2Q0UA 3A2FA 1HYSA 5TKWA 4FJJA 1NKEA 1FKPA 4CJWA 3G4SN 1ZBUA 2HMPA 1RCHA 5CY4A 4KHUA 3OBWA 4N56A 1WN7A 3H6EA 3ZSXA 2RHKA 4A2BA 3HP9A 3UE5A 1VQ9N 1K9MO 1Q86O 2E1YA 5ADXA 1VQ4N 3C7NA 2W6LA 2YI1A 4CZIA 3C95A 4M7XA 2AJQA 5DM6L 3QFPA 3KK1A 4DF4A 3OVNA 1GLAG 3TI0A 1JLFA 4CJPA 3FZFA 4FVMA 3DWLA 2QWOA 3VQEA 3E1YA 4MQ3A 3S3NA 2YNHA 4IOCL 1NKBA 4KTZA 1A5VA 4NCBA 4O0IA 5LJWA 3ULEA 3CG7A 2D0CA 1KRPA 5BN8A 3SAHA 4BC5A 3C7NB 4H0VB 4YNQA 1DT9A 4FZXC 3J7ZO 2FSKA 3RMAA 3LZJA 2E1ZA 3U3GA 3NF7A 5JVHL 1EETA 3HJFA 2YNIA 3TU5A 2HVHA 1WAJA 4CJSA 3CMAN 3ULEB 4DUZK 4CGIA 4YDUA 3VGKA 4BR5A 3CJCA 3T19A 1WUAA 3DRPA 2YHYA 3NCIA 2PYLA 4IKFA 4CVNE 5JICA 1ATRA 3B6OA 4RCHA 1J5EK 4H0PA 4IG3A 3O3HA 1BA0A 4JI8K 1YF5L 3T69A 1HUXA 1OVYA 3V9ZA 3AO4A 3F9KA 3TWHA 1VSIA 2P51A 3A5LC 2PFUA 3SMPA 4J8FA 1WSGA 1GLLO 1RBRA 3FE1A 3QFUA 1E4GT 4YDUC 1L3VA 4H5TA 4JI1K 1FW6A 2FSNA 3KKSA 3PIOL 3QESA 3M8QA 3D2FA 5HL7L 2F8SA 3D45A 4DSFA 5GADP 2PAVA 4KAZA 4DTNA 3VQDA 2GWJA 1K73O 3VN5A 4CEBA 2DFHA 2KKZA 3SJJA 2HHHK 4BRNA 4CF1A 1BHLA 3TAGA 3V81A 4YOYA 1REVA 1TKZA 5E41A 3S9HA 3VQ8A 2HHUA 2RN2A 1NJZA 3D2FB 4A57A 4CGGA 3TAMA 3KHYA 1RT3A 2VG6A 1QSLA 2IOCA 5TKYA 3JSMA 3LM2A 1RBSA 4JKHA 2UXCK 4ZTJA 2D0BA 3MXIA 4AILC 4IXCA 4JKGA 3AA3A 3RMCA 1HKBA 1X3MA 4FJMA 3MXMA 4CJKA 4W5RA 1B9FA 3VTIA 4IFEA 1GLDG 4EFHA 3QETA 4FLXA 4GKJK 1W2BM 4FL9A 4BR2A 4B9MA 5B8HA 3OBYA 4JKEA 3JYTA 4DV6K 4W5OA 2P9LA 5AQKA 3CQXA 3L2RA 4JKGB 3WT0A 4JNEA 4A61A 1IBKK 4B9VA 1LV5A 3HOSA 1JLBA 3NF9A 2UUCK 1BOTO 1QQOA 1RTJA 2HNDA 3LDOA 1YJWN 3ENBA 3M5RA 4FPBA 2WTUA 2D0AA 1WSHA 4CEEA 2O4IA 2NNWA 4MDBA 4BE2A 4CCHA 4PA1A 4FJ8A 4DV2K 5JLFA 4YOTA 2QWLA 4BGBA 3I8DA 2FC0A 4M63C 4GVMA 1UAXA 3THWA 1S1TA 2P9LB 3LP1A 3ZX2A 2G8FA 3GDQA 4NCGA 5HROA 1SV5A 4CBWA 2HHWA 1YIJN 2ZJQL 3OYDA 1K6YA 5AQGA 3VEXA 4FPAA 4E7HA 1SL0A 4AM7A 4X64K 4BC4A 4IEEA 1C1AA 1DTQA 1EO1A 3J81O 4OGEA 4KTQA 4NB4A 3TSQA 4RG8A 3THWB 1KLNA 4Y1DA 4GY2B 4NLBA 2ZJPL 2A3ZA 2YJEA 3CJ7A 5LMUK 2Q1NA 4M3WA 2KZZA 2WC9A 3U4LA 1LW0A 3ENOA 3HL8A 4DSLA 4QAGA 3C6AA 2E4LA 1WSJA 4OKEA 4CGFA 4GV9A 3WXJA 3UIQA 3HYFA 3HM9A 4RW9A 1JLEA 3HM8A 4DKWA 1VQLN 4OO1J 2YV0X 3SI6A 4FYDA 3CCLN 3C0BA 4ILGB 1E4FT 4OX9K 5LY3A 4M3YA 3ZT2A 5JS2A 2P9PA 1VAZA 3QICA 3T7ZA 3VQBA 3KD5E 3P5JA 3MX5A 4WE1A 3E9OA 1VQ8N 1QTMA 5KQ8A 4B3MK 3O80A 5F1XA 2GUPA 1ZBHA 1CLQA 1NBWA 1RBUA 4GKKK 1W7AA 4X66K 1SL1A 4DR5K 2KQ2A 1NJWA 3O8MA 2JLEA 4DSKA 2ZGYA 5GAEP 2QW9A 4O44A 4OLAA 2VCPA 3MN5A 3LWMA 2P9PB 3CCVN 4OJRA 4CK2A 2XY7A 1BDGA 3ZEUA 1BQNA 3PIPL 1S6PA 1EP4A 1IG9A 1SAZA 4NYNA 5J2PA 4BQZA 2AP1A 4OGCA 1UA1A 2FBXA 2ITGA 4CEQA 1Q9YA 3CFOA 4ISGA 4ISEA 4DR3K 4CBXA 3TSUA 3HZ6A 3B6PA 4JEPA 5FPEA 4K8XA 2F7TA 2HW3A 1ITGA 3CFRA 3ZEUB 4DQQA 4DR4K 4N47A 2G8HA 5KGWA 5M1OA 1C0TA 1NK6A 4N41A 4IEIA 1QQCA 3G0ZA 1JL1A 3VF4A 2ZQBA 4X65K 2KLAA 3TAEA 3SJHA 5LJVA 3OHRA 4AHSA 3P1GA 3IMXA 5J1EA 3ID6A 3HP6A 1RFQA 2HOEA 3VQQA 2PY5A 3C94A 3THXA 3HK2A 2HBLA 4EP4A 4LF4K 4H0TB 4CGDA 1XMOK 3F5TA 5AZJA 4CESA 2Q31A 3AVMA 1HPZA 2ASPA 3IDHA 3THVA 1RT5A 5GAGP 3OJSA 2ZJRL 3OYFA 2NRZA 4E3SA 3SBGA 1SQKA 4KTWA 3TSPA 4PKHA 4F3TA 4JI6K 1GLFO 5HBMA 4FWQA 3SMSA 4BE1A 2F96A 2YKMA 3THXB 2I5JA 4HWIA 1ASUA 2D0OA 4JKFA 2KFZA 3FZLA 4CFDA 3KZBA 2P9IA 4CZMA 4IFYA 1YJNN 4ID1A 4AHTA 2F8TA 3CPWM 4DU4A 5CYQA 4CEDA 4M3ZA 3OS0A 3TARA 3O1BA 5KGXA 4M7YA 3AGRA 3V1RA 4CJFA 4B3OA 3P39A 2ZF5O 5CE3A 1RT2A 3DRRA 3HBTA 3MDQA 3OYKA 3W3DA 5AFUH 1J9AA 4Y1CA 3TAFA 2X6NA 2BH1A 4CJ3A 1YTUA 2IVNA 2YNFA 1NGJA 4O55A 3VF6A 1HR0K 1Y64A 3HSTB 2HHVA 4A2AA 3J7AP 2F4VK 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OTL N;  1VQ7 N;  1VQ6 N;  1Q82 O;  5GAE P;  3OW2 M;  2QEX N;  1YJN N;  4WFN L;  4WFB L;  1YJW N;  3CPW M;  1OVY A;  3DLL L;  3CC4 N;  1VQN N;  3CCV N;  3CCE N;  4WCE L;  3PIP L;  1M90 O;  1KD1 O;  1JJ2 M;  3I56 N;  3PIO L;  3G4S N;  2QA4 N;  5HL7 L;  3CCU N;  5GAD P;  1YIJ N;  2ZJQ L;  5DM7 L;  1K73 O;  1NJI O;  1VQO N;  3CCR N;  5JVG L;  1VQ9 N;  1YHQ N;  3CF5 L;  1K9M O;  1Q86 O;  5GAH P;  1QVG M;  1VQ4 N;  3CCS N;  3CME N;  4UY8 O;  5H1S Q;  1VQK N;  1ILY A;  3CCQ N;  5DM6 L;  1YJ9 N;  3CC7 N;  3CC2 N;  2ZJP L;  4WF9 L;  1N8R O;  1VQM N;  3G6E N;  1YIT N;  1Q7Y O;  3CCJ N;  4WFA L;  4IOC L;  1KC8 O;  1YI2 N;  1K8A O;  3CCM N;  5MLC Q;  1VQL N;  4IOA L;  3CCL N;  1VQP N;  3J7Z O;  1M1K O;  1QVF M;  5GAG P;  4U67 L;  2ZJR L;  4IO9 L;  1W2B M;  3I55 N;  3G71 N;  5JVH L;  1Q81 O;  1VQ8 N;  1VQ5 N;  1S72 N;  3CD6 N;  3CMA N;  1KQS M;  2OTJ N;  3CXC M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HKG A;  5BRD A;  2VG7 A;  3TAQ A;  3G10 A;  1U45 A;  1KTQ A;  3KIO A;  1CZ9 A;  4DSE A;  1OH6 A;  4YY3 K;  3KLE A;  3DLL L;  4JAX A;  3K5L A;  2E2O A;  3IRX A;  4GV3 A;  4C8M A;  4FM1 A;  2VG5 A;  3UKR A;  3SNN A;  2HVI A;  1QS4 A;  3GG4 A;  3UB5 A;  4DTJ A;  3J7Y P;  1SKS A;  2E88 A;  4YOU A;  1CXQ A;  3ASM A;  5C15 A;  3WNG A;  3M6G A;  4C23 A;  1CZB A;  3MK6 A;  4B1V A;  3I56 N;  2B6A A;  4W5N A;  4WYB A;  2OPS A;  4DR2 K;  2OCE A;  5JS1 A;  4AH9 A;  4F2S A;  1LAV A;  4FWS A;  3CCU N;  1XQS C;  5BPL A;  2E6L A;  4W5T A;  4TSX A;  1WBD A;  1NGG A;  1J6Z A;  3VA3 A;  4KH4 A;  1D8Y A;  2P9S A;  3R1X A;  2QWR A;  1KVC A;  4GVE A;  5GAH P;  3HVT A;  3UKR B;  2JWK A;  3RTV A;  1NJY A;  5H1S Q;  1VQK N;  1GOA A;  4K43 A;  1WSE A;  5EVZ A;  1HYV A;  1NNE A;  2EX3 A;  4BRQ A;  1L3S A;  4K42 A;  4CFA A;  4CE9 A;  1U4B A;  1C1B A;  4CJU A;  3PO4 A;  1B92 A;  2UUA K;  1UOC A;  3MAQ A;  3EYZ A;  5EXW A;  2Z1H A;  3BY5 A;  1GOB A;  1HX1 A;  1KXP A;  1IKV A;  2P9S B;  4KHW A;  4YOR A;  2A1R A;  3VA0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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