2QA4N

A more complete structure of the the l7/l12 stalk of the haloarcula marismortui 50s large ribosomal subunit
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
publication title Structure of the base of the L7/L12 stalk of the Haloarcula marismortui large ribosomal subunit: Analysis of L11 movements
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 42
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2qa4N00
1Q81O 4IO9L 3CMAN 1VQ9N 3I55N 2ZJQL 3CCEN 4IOCL 3CCJN 3CMEN 1VQ4N 3I56N 5JVGL 3PIPL 4WFBL 1VQMN 3CCLN 1Q7YO 1VQPN 1KD1O 3CXCM 3CCVN 5GADP 3CPWM 5DM7L 3G6EN 3CC4N 1YI2N 2QEXN 1M90O 3CCUN 1N8RO 3OW2M 4WFNL 4UY8O 5GAGP 1KQSM 2OTJN 1K8AO 1VQNN 1VQ8N 1K9MO 1VQ6N 1QVGM 5JVHL 1YHQN 3CCQN 1OVYA 1KC8O 5MLCQ 1VQ7N 3CCRN 1Q82O 1Q86O 3CC2N 1YITN 2OTLN 3CD6N 3G71N 5GAHP 1S72N 4WF9L 1JJ2M 1VQON 5GAEP 5DM6L 1VQ5N 2ZJPL 3CCMN 3J7ZO 4U67L 3CF5L 3G4SN 3DLLL 1YJWN 1ILYA 2QA4N 1YJ9N 1VQKN 1VQLN 4WFAL 3PIOL 1YJNN 1NJIO 3CC7N 4WCEL 1W2BM 1YIJN 1K73O 2ZJRL 5H1SQ 4IOAL 3CCSN 1M1KO 1QVFM 5HL7L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SL0A 2X6NA 5HBMA 4FM0A 2QW9A 2O4IA 1NU0A 3BZKA 3OYHA 3ATVA 3LP2A 3C6UA 4LF9K 1RDAA 3NGZA 3CCEN 1U2VA 1X9WA 1QQOA 5BRHA 2HVIA 2WONA 4F3OA 1TYQA 2GUIA 3SUQA 4YY3K 1D5AA 1RDDA 1TK5A 4CHYA 5KPZA 2B5JA 2QKBA 2PFUA 1TUUA 2VGMA 4HUFA 4FK2A 3DXMA 1HNWK 1Q7YO 2HB5A 3CJ1A 2ASMA 5M1QA 1VSFA 1RTIA 1VQPN 3T1YK 3NF8A 1BU6O 3RMAA 2P9IA 3OS2A 2QEXN 1WLJA 4C1NK 2GELA 5M1KA 2Y1JA 2YHYA 1K6YA 3TAFA 5AFUH 1RT2A 1A5WA 4JD2A 4BDYA 3DLEA 4F2RA 2HMIA 3PV8A 4YDUA 1OH8A 4DR4K 4O0IA 1ASWA 3T1AA 3V1QA 2HHTA 4DSLA 2NRTA 4BRPA 1LW0A 3J80O 1JLAA 1XUPO 3VQ8A 2F8TA 3D2FB 4O55A 4HTUA 3VA3A 4LF8K 4OPKA 2Z1IA 3M8RA 1CXQA 1MU2A 1VQ5N 4FJGA 5LJVA 1GLLO 4ISFA 4JK8A 4CJLA 3LZIA 1IBKK 3EL2A 4CEBA 3PSIA 1ILYA 2QA4N 2P9UA 3KLHA 3QEXA 4DLEA 3OYEA 1D9DA 3CC7N 3O3HA 3AVNA 4DR2K 4JI7K 3LM9A 2W42A 3KJVA 3C6TA 3IRXA 1XQSC 4ILGB 4BRIA 1ATRA 4KHQA 1BQMA 5FPEA 4ID5A 1IV0A 2NRWA 4AM7A 1RDWX 4JLHA 1N6QA 4JI2K 4IO9L 4CGIA 4WQ4A 4CERA 4J2EA 2O8FB 4DU4A 4YOTA 4LH5A 4W5NA 4B8AB 3LL3A 5KRTA 3HM9A 4KH4A 5ELZA 3L4IA 1GLFO 4E3SA 3PIPL 1DKGD 5FDLA 3SZ2A 1TAUA 2CH6A 4RCHA 4BC2A 3AV9A 1GLBG 3JXUA 1J5OA 3T7ZA 4DSEA 2IAJA 2F9TA 4Q0BA 1GLAG 4DS4A 4KO0A 1IJJA 3VENA 5BPNA 5EXWA 5J2QA 4CJTA 3OS1A 4M3XA 5HRSA 4KREA 3O5BA 4CIGA 1OH6A 2G8VA 3MEGA 3HOTA 4BC3A 1C6VA 4FVMA 3ZETB 3L2RA 1HYVA 4DTOA 3VQEA 3SUPA 1VQNN 2P9KB 1I39A 1BHLA 5AQHA 1K9MO 4LC9B 3RVCA 1YHQN 2X78A 4IFEA 1KC8O 4OVLA 4LF4K 4BRDA 4PKIA 4BVPA 4FZZA 4DFKA 4H0VB 3V81A 4B3OA 4O8UA 4AHCA 5AQSA 1U48A 3VPZA 3T1HK 3MMVA 3J7YP 5ADXA 4G9ZA 4NLCA 4H4MA 4U67L 1NNEA 3VEOA 1NGBA 2AA4A 1VQKN 3H3NO 1Z6RA 3U3GA 3CM6A 2O8EB 1X3MA 2O4GA 3SPYA 1YJNN 2VG6A 5KI6A 1NK8A 4CJFA 4EZ6A 5KRSA 4PKGA 4AQYK 4JKBA 3R6MA 3T69A 4IOAL 1QSYA 4A2BA 1NOZA 1M1KO 1RBTA 3HPOA 1KLMA 1QVFM 4RWTA 4OKKA 2ITMA 1RNHA 3DM2A 4ILJA 1JLCA 3MAQA 1Q81O 4H0TB 2E5LK 4E1JA 2B6AA 1K8KA 4CJQA 5LMNK 3TPQA 3RTVA 4DHYA 2D0CA 3NF6A 2HHHK 1S3XA 1BGXT 2QWQA 4CHNA 2HHQA 4IBNA 4IKFA 1J54A 4FLYA 4W5TA 3LWMA 2QTDA 2QWOA 2O8BA 2FLOA 4MLHA 4DV5K 3QB0A 1IO2A 2ATQA 4AF1A 2NZTA 4NCBA 1RILA 1QTMA 3E66A 4J2AA 3OBYA 3F73A 1IBLK 4RW8A 2GEMA 3TTCA 4JI4K 3FZHA 2WFBA 3RMDA 1SS6A 3FZFA 1NKEA 2D5RA 3L2WA 3B8AX 3V1OA 1C0TA 4EAHD 4DR1K 3R3LA 3O1BA 3TU5A 4CBWA 1KAZA 3M8QA 1WSEA 1VRTA 4JKFA 1RT6A 2YV0X 3GBTA 3TTFA 4ELTA 1HYSA 1ATSA 1HJRA 3SQ2A 1IG9A 3RRGA 1QHTA 4O4GA 2HNZA 1HQEA 3QNNA 2Q3SA 4M7XA 3TSUA 3JAMO 4FL9A 2XY5A 4GKKK 5AQMA 4CJ4A 2HBKA 1QZ6A 4C8KA 3ZT3A 4ISEA 2KFNA 1QZ5A 3SQ1A 2HHSA 5ADXH 3ZCMA 5JS1A 3FZMA 4MLEA 4XH4A 4BRFA 4BR4A 3CI5A 4K42A 3UIQA 1HKGA 1BISA 1NJIO 4WCEL 3H1VX 2QI2A 3VQ7A 1W9HA 3LDSA 1OH5A 3DRRA 1L3SA 3HSTB 2VG7A 3D2FA 4M7YA 4DR7K 2GBZA 3VGKA 3LAKA 2FSKA 3P39A 4CHOA 1KLNA 3SV3A 4HUEA 3L4QA 2FSNA 4NB4A 2IVPA 4LFBK 1U2VB 4FWLA 3G25A 4CECA 3M6GA 1TK8A 2ZJQL 1TYQB 4JKHA 3B6PA 2ASPA 3NVMA 3RMCA 5AQXA 4CGJA 4DUZK 1WN7A 4F3TA 2ZGZA 3HL8A 4IZ9A 4NXNK 3HP9A 4BRHA 4CGFA 3HYFA 3VQ6A 4PKHA 3BF3A 2WUSA 2PAVA 3VQAA 1TL1A 1NK9A 4BREA 3O80A 3K9JA 3CXCM 3AGKA 4EZ9A 4CIFA 2IVNA 5CHIA 4WYBA 3WNEA 3OYBA 2FF6A 3QEWA 2O8FA 2XO7A 2KW4A 1S1TA 1CLQA 5JICA 2CGKA 3WXIA 3E9OA 3H08A 4BWJA 4BDZA 2V7YA 4DFJA 1LW2A 4E7HA 1K8AO 2RKIA 2YHBA 4C1NI 4DSJA 4DV4K 3SQ0A 3THXB 3CCRN 4CF8A 3S3OA 2YNFA 4B3SK 1BIUA 3TWHA 4JI3K 2KQ2A 3O4QA 1W0HA 3PLAA 3ZLJA 3C65A 5LL6Z 1ZC6A 4AM6A 1QQMA 4Z4CA 4BROA 3CJ9A 1RTHA 3MXJA 3KVGA 2RPIA 4BRAA 2OPSA 4E1MA 3ZETA 3LDLA 2W40A 2P9KA 3SI6A 3DLLL 1C0MA 4GNIA 1ZBHA 4NYFA 1XNQK 4NLBA 3D2EB 4JHDB 4CEFA 1YT3A 2EWSA 2G8WA 2A6AA 4LSLA 1SKWA 3HVRA 1SL1A 5AQNA 3VQDA 3NMUA 3K9KA 4FWKA 1W7AA 3DRSA 3EEQA 4CJEA 4CZLA 3FZKA 2RHKA 2DFHA 2I7NA 1S1XA 4B1UB 2ZJRL 4DV7K 3SYZA 4M3UA 4A5AA 3VETA 3Q7BA 2IVOA 1U4BA 4RTFD 3WXJA 1NMDA 3VQ9A 4KH6A 2CGLA 1DTTA 1X9SA 3CMAN 1ZBSA 3QETA 4CD3A 4M3TA 1RT1A 5CR4A 3I8BA 1BUPA 3SCXA 1S1VA 2O8EA 4JI1K 3P1GA 3DOKA 4I2PA 2QWPA 2Z1HA 1CXUA 3H45C 4FPAA 4IDHA 3VF6A 5AQJA 3SNNA 1JLBA 4E7LA 1R59O 1YXQA 4FWMA 1ASUA 3DLKA 4BRCA 4IJAA 5C15A 2P5OA 1KFSA 3DOLA 3P83D 2O8DB 3VQBA 4J2DA 3CPEA 3ITHA 3CC4N 1MWKA 1YI2N 1L3VA 3NHGA 5T7BA 4YDUC 3CCUN 1W97L 4H5NA 3T3FA 1NGGA 1RDBA 2FBYA 1A5VA 3RSEB 4FJHA 2DTUA 3O6WA 5TKWA 3M8SA 4B9UA 4PL8A 3AA3A 4KB1A 1QVGM 4HHTA 1QQCA 1OVYA 1VQ7N 4F2SA 4EHTA 3QEIA 3LP3A 1JL1A 4PY5A 1QS4A 4CJ5A 3OJUA 4BE1A 4CJRA 4K25A 4DTRA 4MQ3A 3TAMA 2E4LA 1RDUA 1RBRA 3ZSZA 3KWIA 3KKRA 1WSHA 4FLUA 5C2FA 4CE9A 3DXKB 3I33A 1XWLA 3HZ6A 2OPQA 3O08A 3GG4A 3WUHA 4DV2K 4DFPA 1RT3A 2E6LA 2HMPA 4H0OA 1NJZA 2VQFK 5BREA 1Z25A 4M3YA 2QWMA 3NF7A 4CFAA 3BDPA 3QFPA 2V7ZA 4RW7A 1YIJN 4WQ4C 4CF9A 4ELUA 2YCHA 3KKSA 3CJCA 4JKAA 3VQQA 4R5PA 1K8KB 4B1YB 2VGNA 4Z4FA 3QICA 5J2MA 4FJ7A 1G15A 3F9MA 2HHXA 4ZTFA 3ZSVA 3CCJN 1U47A 3ULEB 3SUNA 3SPZA 5D3GA 5BPLA 5LMUK 4B1XB 2PBDA 2UUBK 2QWRA 4B1WB 4DV1K 3BGRA 4JN4A 4EP4A 4C8LA 2FBVA 4B1VA 1M90O 3BY5A 1N8RO 3ZYYX 3OW2M 4BG9A 3THYB 2P9SB 4OKEA 3OBWA 5B8HA 1TKXA 4FOEA 4PWDA 1C0FA 3AO5A 4BGBA 3OYAA 3VF2A 4KI6A 2GTDA 1VQ6N 2DFEA 2F8SA 4IG0A 2ASOA 3J81O 2V52B 3MCPA 4JKDA 4DCHA 1S9EA 1Q82O 3VEYA 1Q86O 2QKKA 4CD1A 2GUPA 1WSIA 4DU3A 1ESVA 5I3UA 2UXBK 3CFOA 4OGCA 1NK7A 1KCFA 2ZE2A 5F0XA 4FLTA 3SV4A 1QQNA 1GLEG 3BP8A 3ISNC 3OYKA 3RR8A 1VSMA 1BO5O 2ZWHA 2AJQA 1RBUA 3ENOA 4Y0WA 3EYZA 3QMLA 1YJWN 2BE2A 3MDQA 4JK9A 3THXA 5A2QO 1JKHA 4DR5K 4WQ5A 3W3DA 4Z4IA 4FXDA 3ZT4A 1UA0A 1REVA 2HBMA 4BWMA 3VGMA 4J8FA 3KK1A 2NNWA 2OZSA 2RF2A 3LP1A 4DU1A 2PZSA 1V4SA 2GX9A 5C24A 3CJBA 1TL3A 4BRQA 2ZQBA 3AGRA 2O8CB 4NCAA 1IKVA 5JMVA 4M3ZA 3SAHA 3BUZB 3K58A 3D2EA 4JHDA 1UWBA 1I94K 5BRFA 1HNZK 1TV6A 1VQ4N 1JL2A 3CERA 5CZ1A 1T6DA 2OPPA 3NAEA 3M5RA 1T3VA 2QWLA 1JLFA 4N76A 2PYLA 3U6FA 3U9DA 4CJ7A 3MXMA 5JLFA 4CVNE 1HMVA 5GADP 4I9LA 3TSQA 4X62K 5DM7L 5FROA 4ZTJA 1C0UA 1NLVA 3EKUA 5AZIB 4LF5K 1Q9YA 5EU7A 3FZLA 1OH7A 2KZZA 4RG8A 3LPUA 5GIPA 1HNXK 1KAXA 1DGKN 4I7FA 5FRMA 1HPZA 1NGDA 4OPJA 3WQTA 1J5EK 1N5YA 2RE2A 3A5MC 1OKJA 1S6QA 2BUPA 5C2DA 4DTMA 5MLCQ 4DV0K 3LDQA 3O4WA 3OYLA 2HVHA 3WXMB 4FK0A 5M1PA 2O8DA 3CQYA 4QOZB 4OPAA 4O5BA 1VSEA 5F2RA 3DLGA 1S72N 4CJPA 5DM6L 4M42A 3V4IA 3RSEA 3V9SA 1LWFA 4CBUA 2KFZA 3Q7CA 4CEZA 1WUAA 3VESA 1S1UA 4FK4A 2I5JA 2VWKA 1A5XA 5BN9A 4B9NA 1P90A 3R1XA 4F9OA 2NRHA 1Y64A 4GMJB 2A1RA 4B9TA 4LFAK 1EWRA 3KD5E 1SAZA 3NDKA 4KPYA 1TK0A 3D6RA 3VOVA 3THWB 5AQLA 1XHXA 4H0PA 4FPBA 4GVEA 2IS3A 3DXKA 3KWGA 4FJ8A 3AVBA 5AQGA 4PL7A 3J7AP 3W0LA 4KKOA 1BQNA 1TKDA 1I3AA 4CHZA 1L5UA 1BL3A 1KVAA 3ENBA 3H1QA 1Z05A 2OANA 1N33K 3KK7A 3MCAB 4OLAA 1ATNA 4DS5A 4U7BA 4RW4A 4HCCA 4OX9K 4PUOA 3SLCA 1UAXA 2PYJA 4ZHRA 3OYCA 5JLHA 2FF3B 3VMFB 4FJ5A 3ZSYA 4EIAA 3EZ5A 3LDNA 4CF0A 1WSJA 5SWMA 4DTSA 1XI1A 2F96A 4BRMA 1HPMA 4W5RA 4YHHK 1VSKA 5AQPA 1YF5L 4OPHA 3T19A 5C42A 1EQYA 3ATUA 1ASVA 3NGYA 4WFNL 2NLXA 5DMRA 4CZIA 5TKYA 4N5SA 3TARA 2G8UA 3TAGA 1XC3A 3L2VA 3ULEA 4CGGA 3OYMA 2E2PA 1UOCA 1NMNA 1ZBLA 4AH9A 3SMPA 2XRIA 1QSSA 1S22A 4Z94A 4C23A 3NF9A 4B8CA 3V9XA 4XH1A 1XMOK 4CIEA 4KTQA 3L3UA 1SZ2A 2G8FA 5LJWA 3MWPA 4B9SA 1VSHA 3BF1A 4Y1CA 2EX3A 4Z0UA 3U3YA 3VEVA 3ZX2A 4HTLA 3SAGA 3THYA 2P9SA 1SL2A 4NXMK 1RGIA 3AY9A 2BH1A 1WNSA 5BR9A 3RWUA 2A3ZA 4BVOA 2FBTA 3EY1A 1V4TA 4M41A 1TGOA 1Y97A 3WQUA 1NJYA 3K5OA 3IFRA 3A5OC 4FLVA 2HBLA 2E6MA 3K5LA 3MN7A 1VSDA 1JLQA 1GOBA 3DAWA 3IUCA 1JCFA 2HBJA 3CCSN 4DTJA 1BDGA 4EFHA 4JI0K 2WBNA 2P9LB 5HROA 1RDCA 2HOEA 4IO8A 4KRFA 3FE1A 3JYTA 3FFIA 3JSMA 3RMBA 3KLFA 2QM1A 4FVUA 5KQ8A 4IXCA 5AQUA 2ZM6K 2ZGYA 3NE6A 3SBGA 3SUOA 4IOCL 1IKXA 2OCEA 3LZJA 4H8KA 3LP0A 1FXXA 4N56A 4FJKA 3CCLN 5AQIA 3TABA 3MEEA 4W5QA 4DWIA 3H6EA 4GW6A 4CESA 3CPWM 2PY5A 1UA1A 1U6ZA 1RFQA 3DJCA 3OA9A 3V6DA 2O8CA 4JKGB 3OYFA 1YVUA 5F1XA 5M1FA 3C6HA 3V9UA 2H3GX 1ZBFA 4DQPA 4DG1A 4DQIA 1EKEA 2J4RA 1JLGA 1KFDA 3U8XA 3DYAA 2D0OA 3FGUA 4CHPA 5GAGP 4FLWA 2OTJN 3UKUB 1S6PA 1VQ8N 4FWOA 3HXMA 3HBTA 1IH7A 1G99A 2DY4A 2ETJA 4HWIA 1T6CA 4CEDA 1Q9XA 4O44A 1X9JA 3NH2A 3I8DA 4KHUA 4MO5A 3OYJA 1LCUA 2OTLN 3GL1A 3ZSOA 4DSIA 1DLOA 5C12A 4BR5A 4CF1A 4A2AA 3G10A 1BWFO 1RCHA 3VGLA 1N36K 2P1JA 3MN6A 5AZIA 4KBOA 1KVCA 1VQON 4DV3K 4JS4A 4FLXA 3HO1A 2X74A 4YOVA 3CCMN 4FW2A 1HUXA 3F2KA 1HQUA 4DQRA 3KLGA 5AQZA 3EE8A 3VEXA 3A0IX 3QINA 4H0XB 4CEOA 4M3WA 4FJJA 2CGJA 4X66K 3NH1A 4LF6K 1CZBA 4WFAL 5KPTA 3SQ4A 1MWMA 1TKTA 1N34K 3S9HA 1NGJA 3BEXA 2KHOA 1W2BM 4W5OA 1XC9A 1RTJA 3ZT1A 3LANA 1R0AA 2P5GA 4B08A 1EXQA 2G8IA 3MK6A 2E2OA 3CQ8A 3QESA 1LOTB 1GLDG 3BZCA 4XIUA 1NKBA 4H0YB 4RW9A 2UUCK 1E4FT 1NKCA 4QS7A 4YNQA 5BRDA 3OJSA 2E8AA 4IG3A 4CZMA 4FJLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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 1Q81 O;  4IO9 L;  3CMA N;  1VQ9 N;  3I55 N;  2ZJQ L;  3CCE N;  4IOC L;  3CCJ N;  3CME N;  1VQ4 N;  3I56 N;  5JVG L;  3PIP L;  4WFB L;  1VQM N;  3CCL N;  1Q7Y O;  1VQP N;  1KD1 O;  3CXC M;  3CCV N;  5GAD P;  3CPW M;  5DM7 L;  3G6E N;  3CC4 N;  1YI2 N;  2QEX N;  1M90 O;  3CCU N;  1N8R O;  3OW2 M;  4WFN L;  4UY8 O;  5GAG P;  1KQS M;  2OTJ N;  1K8A O;  1VQN N;  1VQ8 N;  1K9M O;  1VQ6 N;  1QVG M;  5JVH L;  1YHQ N;  3CCQ N;  1OVY A;  1KC8 O;  5MLC Q;  1VQ7 N;  3CCR N;  1Q82 O;  1Q86 O;  3CC2 N;  1YIT N;  2OTL N;  3CD6 N;  3G71 N;  5GAH P;  1S72 N;  4WF9 L;  1JJ2 M;  1VQO N;  5GAE P;  5DM6 L;  1VQ5 N;  2ZJP L;  3CCM N;  3J7Z O;  4U67 L;  3CF5 L;  3G4S N;  3DLL L;  1YJW N;  1ILY A;  2QA4 N;  1YJ9 N;  1VQK N;  1VQL N;  4WFA L;  3PIO L;  1YJN N;  1NJI O;  3CC7 N;  4WCE L;  1W2B M;  1YIJ N;  1K73 O;  2ZJR L;  5H1S Q;  4IOA L;  3CCS N;  1M1K O;  1QVF M;  5HL7 L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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