The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
120
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structure length |
120
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Chain Sequence |
PPEDLMQYEAMAQDALRGVVKAALKKAAAPGGLPEPHHLYITFKTKAAGVSGPQDLLSKYPDEMTIVLQHQYWDLAPGETFFSVTLKFGGQPKRLSVPYAALTRFYDPSVQFALQFSAPE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Caulobacter crescentus SspB ortholog
rcsb |
| source organism |
Caulobacter vibrioides
|
| molecule tags |
Hydrolase activator
|
| molecule keywords |
Hypothetical protein
|
| total genus |
27
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| structure length |
120
|
| sequence length |
120
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZSZ C; 2QAZ A; 1OU9 A; 1TWB A; 1ZSZ A; 1OX9 A; 1ZSZ B; 1OX8 A; 1OUL A; 2NYS A; 2QAS A; 1OU8 A; 1YFN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GBR A; 2FZG B; 1BB9 A; 4IIO A; 5KYY B; 2F2V A; 2VXF A; 4J9G A; 4LXC A; 2H8H A; 4QQ6 A; 1AZG B; 1HK9 A; 4PJO F; 4ZTJ A; 3SB2 A; 4J7I A; 3LWH A; 1VQP T; 4M7A D; 2AZS A; 2KNB B; 3PTA A; 2DX1 A; 2MK5 A; 3BW1 A; 5FU6 B; 3JB9 D; 1PKS A; 2DO3 A; 1ZSZ A; 1WQW A; 2QA4 T; 5CQY A; 4M75 G; 2JN0 A; 1QVP A; 3KBG A; 2ZPB B; 1U06 A; 1M1K U; 4MZT A; 3OYI A; 1K73 U; 4IUR A; 5FRO A; 5CVI A; 2O4X A; 2ZZD A; 2FVU A; 4M4Z A; 4PNO A; 1NJI R; 1YCY A; 2OTL T; 2C0T A; 3OYM A; 2JS2 A; 4ATO A; 3VS7 A; 3NHN A; 2K5I A; 4E2F B; 4PLI A; 1Q82 R; 5IT9 E; 5FLX E; 3CEY A; 4HA8 A; 3JB9 F; 4KH0 B; 1KQ1 A; 1UHC A; 4A4H A; 3PVL A; 2XD0 A; 3QSU A; 1ACM B; 4HVV A; 2KE9 A; 4FSS A; 3VU3 C; 2RHY A; 1M27 C; 5FWB A; 2P0Q A; 3LLR A; 4V2S A; 1UB4 A; 1QCO A; 3LH5 A; 1QVG P; 2R58 A; 4N4G A; 1VQ4 A; 9ATC B; 2D1X A; 1E7O A; 4EDU A; 1YWP A; 2A37 A; 3CBM A; 2LMJ A; 2PTK A; 2QAZ A; 2Y90 A; 3L1A A; 4BB7 A; 2QEX T; 3CD6 Q; 3KUF A; 2W10 A; 1BCM A; 2HAX A; 1IRE B; 3GNG A; 4ZNX A; 1GL5 A; 2XI9 A; 1R77 A; 4ELY C; 4RMO A; 2LCC A; 1VQ9 Q; 3CMA T; 2M51 A; 4KT0 E; 4NOY A; 1IZ6 A; 1NBE B; 3OS2 A; 5EG2 A; 2LZ6 B; 1LVK A; 3VS3 A; 4KRT A; 3CCM Q; 5ECA A; 3LGL A; 3CCM A; 4JJC A; 2KT1 A; 1KG1 A; 3ME9 A; 1G83 A; 1VQ8 A; 4OGE A; 1U8R A; 2EJ9 A; 3PFS A; 1UUE A; 3QYH B; 3C95 A; 2ZGW A; 1UE9 A; 3NFC A; 1VQ5 T; 1WA7 A; 2OAW A; 2CUD A; 4C8Q B; 3C4S A; 3PMT A; 1I5L A; 1HXD A; 3QZ9 B; 1I4K 1; 2K9G A; 1Q7Y R; 5A2Q E; 4KUD K; 2LNH B; 4QQD A; 5DY9 A; 2LX7 A; 3LYI A; 2O9V A; 1K73 C; 4YTL A; 1Q95 G; 4AMC A; 3MEV A; 4KGX B; 4D8D A; 1QP2 A; 1YJ9 A; 3CMA A; 3CMA Q; 4C8Q C; 2MIO A; 2KRM A; 3M58 A; 3ULR B; 4J9H A; 4PJO E; 2NWM A; 3FEO A; 3VS4 A; 3RMQ A; 2YLB A; 4EMK C; 2ZCF B; 2O31 A; 4L59 A; 2YSQ A; 1SPK A; 4M75 F; 1Q7Y U; 3CXC P; 5GMK j; 5GAM d; 3OY9 A; 3G6E Q; 4WTO B; 4A4K A; 1QVF A; 2DZ9 A; 4L5G A; 1WX6 A; 3HRS A; 3OA6 A; 2QQB A; 3A5Z B; 4PJO G; 4M75 C; 1YJN T; 1VA7 A; 2DXT A; 3CC2 T; 2VUB A; 5I2M A; 3TCJ A; 4Z89 A; 1M2V A; 3URG A; 2KEA A; 1C0M A; 3GLX A; 2DXU A; 3I9Q A; 4C92 A; 4CRI A; 1H64 1; 5IHN A; 4EMH A; 3SWN B; 4C0D B; 1PRM C; 3JCM V; 1KC8 C; 1Y96 A; 5A0G A; 2HQE A; 2LQN A; 4LN2 A; 1K9A A; 1KD1 U; 4DBF A; 4A4E A; 2XHC A; 1ZQ1 A; 2E10 A; 2OJ2 A; 1IGU A; 4HKE A; 2ZPF B; 4E7S A; 4XU2 A; 4OB0 B; 2BTT A; 3RR6 A; 1I81 A; 2IIM A; 5DLQ E; 2EAY A; 2KY9 A; 3CCJ A; 5LJ3 f; 3V7S A; 2PNI A; 3UA7 A; 1IGQ A; 3NGP A; 4DQ2 A; 2O88 A; 3GF5 A; 3OYG A; 4F7U F; 2L3R A; 3HP9 A; 1AHJ B; 4C8Q F; 1N9S A; 2CUB A; 2ENM A; 4Z8A A; 2DRM A; 8AT1 B; 1M8M A; 2EIF A; 4PJM A; 3E19 A; 4F16 A; 2IG0 A; 2FPF A; 2JT4 A; 3GIB A; 1W6X A; 2E70 A; 1X2K A; 1TOV A; 1BIA A; 2J6K A; 1RL2 A; 3H0H A; 4AFU C; 2L3S A; 5GAO r; 2VB6 A; 4GLK A; 1EX4 A; 1WNL A; 1KQS S; 1UGQ B; 1VQ7 Q; 1D0Y A; 1D3B B; 1U5S A; 3EH1 A; 2ED1 A; 3M53 A; 3QBY A; 4PFZ A; 1M1K R; 4RTW A; 3S3O A; 2DE0 X; 1OUL A; 2CP5 A; 2GQV A; 2EQK A; 1BCO A; 2DAQ A; 2LJ1 A; 5FRN A; 2LRQ A; 4RKU E; 1WPY A; 3REA B; 1T3S A; 5FU7 B; 4FYY B; 3OYA A; 3G7Z A; 1RLQ C; 4J6Y A; 4M7A F; 1UDL A; 2K5L A; 4QT7 A; 2CZ0 B; 3TRE A; 4B9X A; 2DF6 A; 4Y91 A; 1WHL A; 2RPN A; 1KHC A; 5CKH A; 4N0A A; 1K76 A; 2EWN A; 2DZC A; 2DTH A; 1P92 A; 2QGF B; 1WI7 A; 4FM4 B; 4IUT A; 3MEA A; 2KDS A; 2XK0 A; 2CT3 A; 4M7A A; 3E9F A; 4JS4 A; 2RM4 A; 1OYX A; 4JS5 A; 3M57 A; 4J8O A; 2LJ3 A; 2HDA A; 1YIT A; 2QI2 A; 5LJ3 e; 1VIE A; 2DL7 A; 2L2P A; 4RTV A; 1WZO A; 5GAM g; 2VGN A; 1QP3 A; 1M90 R; 3OMC A; 1ZUY A; 2RHZ A; 1G5V A; 4KUI A; 2FHD A; 2M16 A; 1W2B S; 1IRX A; 1PD0 A; 3V8K A; 4KBM B; 2P4R A; 4LD6 A; 1VQ6 Q; 4M7D C; 3FDR A; 1TG0 A; 3I56 A; 2GCX A; 4C8Q E; 2DJQ A; 1QWF A; 4QVC A; 4RUG A; 3L42 A; 2OTJ A; 1OX8 A; 4RTZ A; 5GAN 3; 4CC3 A; 1TXQ A; 4OVA A; 3RUX A; 2QQR A; 2YHT A; 3RMS A; 5I22 A; 5I2S A; 1I5O B; 4M78 F; 3S6W A; 4C0G A; 1NE8 A; 1TU0 B; 4E7I A; 4A53 A; 2O01 E; 1M90 U; 1WJS A; 2EQU A; 2QGG A; 3QYG B; 2M9U A; 4PK4 A; 1YHQ A; 3QG1 A; 1VYT A; 1RAA B; 2A08 A; 3MET A; 1MMN A; 3L2Z A; 3EGU A; 4B9W A; 4FW1 A; 4Q5W A; 1ZUU A; 2XIC A; 1PG5 B; 4E7L A; 1Q86 C; 5M9O A; 4RTU A; 1Q81 C; 4M7D F; 3CCL T; 3UPU A; 2K2M A; 4M78 C; 4A63 B; 1X2Q A; 4HT9 A; 1TWB A; 2OI3 A; 2VXE A; 3CME T; 1ZHI A; 1PSF A; 4X9C A; 1RLP C; 1RI9 A; 2F5T X; 1MV3 A; 3DLM A; 5HY6 A; 4HCB A; 4M7D B; 1M2V B; 3PIO A; 3VS5 A; 1IXD A; 1H92 A; 1GBQ A; 2R57 A; 3CME A; 1PRL C; 2JM8 A; 4M7A G; 1G8X A; 4PFP A; 2DYI A; 2DA9 A; 4J9C A; 5GAO m; 2ABL A; 1OX9 A; 4RTY A; 1SKU B; 2JVV A; 4QW2 A; 2HBP A; 2VC8 A; 2CZ1 B; 4MDW A; 2D0N A; 4QKU A; 4C5G A; 1AOJ A; 3TEE A; 3P8B B; 2JXB A; 1B7T A; 2JTE A; 4NL3 A; 1ZBJ A; 3VUZ A; 1JRI A; 3RNJ A; 1FMV A; 3CCS A; 5LJ5 f; 3QHS A; 5GAN d; 2QTV A; 5KYX A; 1OPL A; 3TVT A; 1TTH B; 3OYE A; 3DKM A; 2OTJ T; 4MDX A; 3MEW A; 3JCM W; 2JM9 A; 1ZSZ C; 4RTX A; 3X26 B; 4MML A; 2KQW A; 4JZ4 A; 2QK0 A; 1KIK A; 1VUB A; 3X28 B; 3OYC A; 3HRT A; 2LNV A; 3V7C A; 4F17 A; 1OPK A; 5KYN A; 2EGE A; 3RKW A; 1RAC B; 2YUQ A; 3HL8 A; 3CCS T; 3EFS A; 4C92 F; 2KRS A; 3CCV T; 3EGX B; 4JUV A; 5KE3 A; 2O4X B; 2RI2 A; 3HTR A; 3OYN A; 4M7A B; 1K73 R; 3CC7 A; 3EHR A; 2DVE A; 3R6N A; 1B34 A; 3UT1 A; 2E3H A; 1K9M U; 1VOM A; 3TU4 K; 2EKH A; 2XDD A; 4X34 A; 3CCS Q; 1D3B A; 3WVD B; 5IHK A; 1Y07 A; 3QPH A; 1HD3 A; 1BIB A; 2V8K A; 5GAN h; 2DVJ A; 3P8H A; 2MAM A; 2RH2 A; 2LCL A; 2DTO A; 4C8Q G; 4CC4 B; 1YWO A; 5GAN 2; 3L2Q A; 3CD6 T; 1KHI A; 2ECZ A; 1BI2 A; 1BKB A; 4DBQ A; 1K8A R; 1QQJ A; 1VYV A; 3OYK A; 3I35 A; 4Z88 A; 3VYG A; 2EJG A; 1UJ0 A; 2J7I A; 4M77 B; 1I0C A; 4PJO D; 4XAX B; 1PHT A; 5LJ5 j; 1N8R R; 1K1Z A; 2RO0 A; 4CC2 A; 2H3J A; 4J83 A; 1ARK A; 3G71 T; 1K8A U; 3SD4 A; 4DEX A; 4F7U B; 1SG5 A; 4RCC A; 3VUB A; 4LE9 A; 2DJZ A; 2BKD N; 2LC4 A; 2A36 A; 3CCE T; 1PNJ A; 1CKA A; 1M30 A; 3EFO A; 4XU3 A; 4ZGD B; 1MGQ A; 2E41 A; 5GAO p; 5IAY A; 1ZBX A; 2EYX A; 2PVG B; 2D9T A; 2X3X D; 4XTW A; 1IB8 A; 3EHQ A; 3QDR B; 2GGR A; 2FRY A; 1YIJ T; 2EKO A; 1VQ9 A; 1KQS P; 3QWY A; 5GAN 4; 1JEG A; 3FJ5 A; 3IQL A; 4HVU A; 2FZC B; 2FEI A; 4FT2 A; 3H9N A; 3BE3 A; 3OYB A; 1WJQ A; 3VKI A; 3Q1J A; 2BIV A; 1PCX A; 2FO0 A; 2X4J A; 2XG8 D; 2XKO C; 4M78 G; 1IO6 A; 5CO7 A; 2FPE A; 2RF0 A; 3VV0 A; 3OSV A; 5LJ5 g; 1U1T A; 2RK1 A; 1LNX A; 1W70 A; 3AHU A; 3FLG A; 4M77 E; 2PVO B; 4AG2 C; 3OYD A; 3HFO A; 1VQN Q; 1VQ5 A; 1WIE A; 4DEY A; 2X3W D; 4FU6 A; 5GAN g; 2E1H A; 1JO8 A; 4E6R A; 2ESW A; 2KVQ G; 4XTV A; 3CC2 A; 2HMA A; 1KD1 R; 3SHW A; 1G2B A; 2QA4 A; 3CD6 A; 4BY6 B; 1QW1 A; 1KD1 C; 2R5A A; 2E12 A; 2YRD A; 1NLO C; 1IHW A; 3ER0 A; 1YI2 T; 2H3E B; 1RAF B; 3I56 Q; 1FXX A; 2YUP A; 4J6W A; 8ATC B; 2A3L A; 2E6N A; 4EMK A; 3ZFJ A; 1BBZ A; 3EAE A; 4M7D D; 1B34 B; 1M3C A; 3M0Q A; 3RBB B; 1X6B A; 3NTI A; 4NL2 A; 4OB2 B; 4C5I A; 3X20 B; 3CCE A; 2F2X A; 5CKD A; 2EFI A; 4FCY A; 5KYW B; 2JMC A; 2DKG A; 2DFU A; 2DMO A; 2KBT A; 4OB1 B; 4F14 A; 3CC7 T; 3OS1 A; 1O75 A; 2A28 A; 1XTD A; 4ORZ A; 1KSW A; 4GLM A; 4BD3 A; 1AD5 A; 5I11 A; 4O6J A; 5GMK i; 1WYX A; 1JJ2 S; 2MI6 A; 1R0C B; 4M78 B; 3CPW P; 4QQG A; 2YWW A; 3L2W A; 4BE1 A; 1WQ7 A; 3THK A; 4JLG A; 3J80 E; 1SHG A; 3EGX A; 2CKK A; 2ZPE B; 2QDL A; 2VV5 A; 1NPP A; 4A54 A; 4JJN K; 2EQJ A; 5KYU B; 5GAO q; 1SEM A; 5L8R E; 4J6X A; 1UG1 A; 3FC3 A; 3QJY A; 1ABO A; 2E65 A; 2KRO A; 3EG1 A; 3MKD A; 2RJD A; 3INZ A; 3CBO A; 1YN8 A; 2HBW A; 1CSK A; 2RHU A; 1Q81 U; 5GMK h; 2M1H A; 4F04 B; 4HCC A; 1SF9 A; 2VAS A; 4C5E A; 3JB9 I; 4L6V 5; 3OW2 P; 4BE0 A; 3CCV A; 1UHF A; 3JCM h; 3M55 A; 1B07 A; 1T0J A; 4XK8 E; 5D6Y A; 1HYO A; 4M7D G; 4QVD A; 2WSF E; 3JCM J; 3EGD A; 1M2O A; 5HKC A; 1W2B P; 2BE9 B; 2K7A A; 4M77 A; 5CAI A; 4ELZ C; 2EBP A; 4VUB A; 5A0L A; 2QEX A; 4HCK A; 3CCR Q; 4FL6 A; 3CCR A; 3ZL7 C; 3C94 A; 2BE7 D; 1TUC A; 3M56 A; 3RKY A; 4KUL A; 1Q7Y C; 2P0K A; 1VQM A; 2ZAE A; 1VQL T; 1JBM A; 1QKW A; 3EG3 A; 2L0A A; 2GQI A; 2XDB A; 4BAC A; 3FRN A; 4E7Z A; 7AT1 B; 2BZY A; 5GAM h; 4X9D A; 2VVK A; 5LJ5 d; 2GTJ A; 1VQO T; 1B3Q A; 3UWN A; 2DD4 A; 3WXM B; 4Y28 E; 2RJE A; 3G71 Q; 2CP7 A; 2LVM A; 5LJ5 e; 5C6S A; 3NPF A; 1W2B A; 1S72 T; 4ESR A; 3OSS C; 2L3Q A; 3ZEH A; 4M77 G; 4J5Y A; 3JB9 G; 1K0S A; 1K9M R; 1NYG A; 3MP1 A; 3I55 Q; 3UF4 A; 3J81 E; 1H8K A; 1YIT T; 2I0N A; 4EIK A; 4DOW A; 1PSE A; 3TSZ A; 1NG2 A; 2KXC A; 1BI3 A; 2DXC A; 4EMG A; 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1EIF A; 2EYQ A; 1VQN A; 1VQK A; 2L5Q A; 1JXM A; 4ZGE B; 4WCI A; 4J9B A; 2ZPG B; 4C92 B; 5IH2 A; 2EQM A; 3BDU A; 3G6E T; 4WF2 A; 3SWN A; 1Y96 B; 4JLI A; 3JCM b; 4M78 D; 2CZ6 B; 2RHX A; 2XU8 A; 4II1 A; 2HQX A; 1ZUK A; 4D8K A; 3CCU Q; 2VKN A; 2DBM A; 5GAO l; 4N0A C; 2KK4 A; 1VQP Q; 4AFZ C; 4JZ3 A; 2EW3 A; 2L3P A; 2CSI A; 3HKS A; 4PFO A; 1K8A C; 2DIG A; 1Y0M A; 2M0O A; 2YT6 A; 4KH1 B; 2J05 A; 2KYM A; 2J6O A; 4M77 C; 1D1B A; 1AWW A; 1OQK A; 2A7Y A; 2VGM A; 2E4H A; 5CR2 A; 3V8L A; 1N5Z A; 1N8R C; 3CC7 Q; 1U1S A; 4BI3 A; 4CI0 C; 3CC4 T; 2WAC A; 1VQO A; 3MEU A; 1H3Z A; 3VS1 A; 3CC2 Q; 2CT4 A; 1M90 C; 1OU8 A; 2I2L A; 3CCU T; 4OMF B; 1AT1 B; 5D6W A; 3E1S A; 2QG9 B; 2LT4 A; 2CP0 A; 2JMA A; 4M7D E; 5LJ5 h; 4IUQ A; 1Y71 A; 4OF1 A; 2MPX C; 1U3O A; 3EG9 A; 4XTU A; 2YDL A; 3X24 B; 2KSS A; 2JS0 A; 3PNW C; 5GMK e; 2JUF A; 2DIL A; 3FJP A; 3TSW A; 4AFS C; 2DEQ A; 2QYZ A; 5GAN 8; 2PVD B; 2FL7 A; 3SEM A; 4M7A E; 1JXO A; 2CGH A; 2EJF A; 4C0D C; 1TSF A; 3OS0 A; 3A1P A; 3CPW S; 1VQN T; 1WGS A; 1RAI B; 3JCM Q; 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