The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
120
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structure length |
120
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Chain Sequence |
PPEDLMQYEAMAQDALRGVVKAALKKAAAPGGLPEPHHLYITFKTKAAGVSGPQDLLSKYPDEMTIVLQHQYWDLAPGETFFSVTLKFGGQPKRLSVPYAALTRFYDPSVQFALQFSAPE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Caulobacter crescentus SspB ortholog
rcsb |
| molecule keywords |
Hypothetical protein
|
| molecule tags |
Hydrolase activator
|
| source organism |
Caulobacter vibrioides
|
| total genus |
27
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| structure length |
120
|
| sequence length |
120
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZSZ B; 1OX9 A; 1TWB A; 1ZSZ C; 2QAS A; 1OUL A; 1OU8 A; 1OX8 A; 2QAZ A; 2NYS A; 1YFN A; 1OU9 A; 1ZSZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VYV A; 2V8J A; 1YP5 A; 2QQ9 A; 4Z8A A; 3CCJ T; 4RG2 A; 1K9M R; 3CME A; 3CPW P; 1G5V A; 3R6O A; 4R56 A; 3MEW A; 4J9D A; 4OGE A; 3UF4 A; 1MGQ A; 1VYU A; 2MWO A; 1M90 C; 1NYF A; 4QQ6 A; 1ZSZ A; 4E7H A; 2RHX A; 1JQQ A; 2X3X D; 1TUG B; 4GLK A; 4RMO A; 3PE0 A; 3CCS Q; 1YI2 Q; 4CC7 A; 3T9N A; 1WLP B; 2DEQ A; 5HY6 A; 3CD6 T; 1UE9 A; 1H3H A; 3R6N A; 1M2O A; 1HSQ A; 1KSW A; 3LGF A; 2CUB A; 1Z9Q A; 3WXM B; 2KRS A; 3G7Z A; 1JJ2 A; 1BCO A; 4KGV B; 2AIR B; 1XOV A; 2O9V A; 4B9X A; 1KQS P; 2V1Q A; 1NEG A; 1VQ5 Q; 1VQL A; 3RES A; 2QEX A; 3V8K A; 1M3A A; 5IN1 A; 2QQS A; 4OGC A; 4IUR A; 2GNC A; 2F5T X; 2RQT A; 2LX7 A; 2LT1 A; 3EG0 A; 4C92 B; 4J9H A; 2IG0 A; 2EYX A; 3CXC P; 5CCA A; 1RAC B; 2HCK A; 1I1J A; 4X9D A; 1P92 A; 5FU7 C; 2K5L A; 1Q86 U; 2M51 A; 4GBQ A; 5A2Q E; 1VQP Q; 1JU5 C; 1W1F A; 2KT8 A; 3EFO B; 4JUV A; 8AT1 B; 3GP8 A; 1QP3 A; 1MNE A; 2KXC A; 3I56 Q; 4LDW A; 4ESR A; 3THK A; 2LX9 A; 4X9C A; 2LVM A; 1KC8 C; 1KD1 C; 2C0T A; 4FL6 A; 3CCR A; 5GAN e; 2RI5 A; 4QVD A; 2MIO A; 5C0M A; 1KQS A; 4IKF A; 4FYX B; 1QKW A; 2E12 A; 5CR2 A; 3M5A A; 1VQ6 A; 2B86 A; 3FIF A; 2CZ1 B; 2EBP A; 1WPY A; 3M4G A; 1PWT A; 3SHW A; 3CCM T; 1U1T A; 2DXU A; 3JB9 J; 1RUW A; 3HRU A; 1ZSZ C; 3DLL A; 1EX4 A; 1SRM A; 3OYM A; 3OYB A; 4N4H A; 3RIR A; 4LXC A; 3OYF A; 2KMT A; 3CXC A; 2RF0 A; 3C4S A; 4BE2 A; 4GLM A; 2QK0 A; 1UFF A; 5GAN f; 3M0S A; 1JB0 E; 2RI2 A; 1VQ6 T; 1FXX A; 1QMC A; 3JCM e; 2E5Q A; 3NTH A; 1X75 C; 1M2V B; 4JJN K; 2LTO A; 1TG0 A; 4PJN A; 1KHI A; 4IUU A; 4M7A D; 1B3Q A; 3EG2 A; 1W4S A; 1WX6 A; 2AZV A; 2EQK A; 4L59 A; 2WSC E; 3QZ9 B; 2DL3 A; 1RL2 A; 1RAD B; 2DIL A; 3BY7 A; 1YJW Q; 2KNB B; 5FU6 C; 3EFR A; 2DYB A; 1IRX A; 1WI7 A; 4M7D G; 2VVK A; 2RQV A; 2PUO B; 4FM4 B; 1VIF A; 4MMK A; 4NL3 A; 3NHN A; 1QVF P; 4RTX A; 2DTO A; 2HBW A; 3I9Q A; 2EYQ A; 5KYY B; 3MO8 A; 1LVK A; 4HCC A; 1T3S A; 3VS4 A; 2PUK B; 4KBM B; 5CO7 A; 5GAM e; 5J3B A; 1Q7Y U; 1VIE A; 3UWN A; 2E3I A; 3VKI A; 3JAM E; 3RNJ A; 1QQJ A; 2ZAE A; 1VQO A; 4MDX A; 2E10 A; 2LQ8 A; 1RAB B; 4IUT A; 4BI3 A; 3HFN A; 3LYI A; 2CDT A; 4Z02 A; 4M75 F; 2EIF A; 4FT2 A; 2JVV A; 3CCL T; 2JOY A; 4OVA A; 5HCK A; 1B34 A; 2F69 A; 4IUQ A; 4C8Q D; 1OQK A; 2XG8 D; 3ER0 A; 2RMO A; 4F7U F; 5GAM f; 1WFW A; 2G3R A; 3EGX A; 1D1C A; 2M0O A; 3PNW C; 1VQO T; 1D0X A; 2KBT A; 2DE0 X; 3G71 T; 4OMN A; 1WHG A; 4Z89 A; 1RAE B; 4JS5 A; 2R5M A; 1WZO A; 2LNV A; 4M77 E; 3HL8 A; 3NMZ C; 1Z9Z A; 3A8M B; 2HSP A; 2DD4 A; 2F2V A; 2KYM A; 3J80 E; 2DTH A; 1OX9 A; 1MMG A; 2DMO A; 2HL5 C; 4F17 A; 2XHC A; 4E2F B; 1OPK A; 2L5Q A; 1YBY A; 4CC4 B; 4LE9 A; 4M75 A; 1TU0 B; 2QAS A; 1Q82 C; 1NJI C; 2X4X A; 1SF9 A; 4PJO G; 3CCQ T; 2DKG A; 1VUB A; 1A0N B; 3V8J A; 3FB9 A; 4F7U A; 4WTO B; 2P0K A; 1AEY A; 4ORZ A; 2MWP A; 4FSS A; 2CP2 A; 1AWJ A; 2MPX C; 1M9S A; 4C92 E; 4C5I A; 3ASK A; 2SEM A; 3V7R A; 4LNP A; 1YIT A; 3X24 B; 1AWO A; 1IGU A; 2QTX A; 1TUD A; 2FEI A; 4DA4 A; 3HPW A; 2DNU A; 4ANJ A; 4HVU A; 2OAW A; 5GAN 8; 3VS0 A; 4A4K A; 4BE0 A; 1VQ5 A; 2NUT B; 2VXF A; 3CC2 T; 2KI7 A; 3PVQ A; 3PT9 A; 1PG5 B; 4MZT A; 1YIT T; 2ZPF B; 3JB9 H; 2QQR A; 1PRM C; 2CZ0 B; 1X6G A; 4C0Z A; 1GL5 A; 3RKY A; 1K0S A; 3HSB A; 2PTK A; 1S1N A; 2Y4Y A; 5LJ5 e; 2ZPG B; 1NLP C; 4RTU A; 1VQP A; 1VQ4 Q; 3VYG A; 4L6V 5; 2GBQ A; 2J7I A; 3G1J A; 4L5G A; 4XK8 E; 4DBH A; 3I56 A; 2VC8 A; 4K11 A; 4C8Q F; 3G6E Q; 2ROT A; 1ZQ1 A; 1NPP A; 1WXU A; 2XK0 A; 4PKC C; 1N27 A; 1W2B P; 2AKK A; 2M1H A; 5AT1 B; 4LDU A; 2XKO C; 2DBK A; 4M75 C; 4KGZ B; 1YFN A; 3JRZ A; 2O88 A; 5CAI A; 2JMA A; 1X6O A; 1K9A A; 2FRW A; 4E7L A; 5LJ5 f; 3WVE B; 2LJ1 A; 3V7C A; 2D9T A; 3EGU A; 1V29 B; 1YWO A; 1D0Y A; 3A8H B; 1ZBJ A; 2CSI A; 3RKX A; 3S3M A; 3I55 Q; 1UEB A; 1QVG S; 2LQK A; 3M53 A; 1FMW A; 1M90 R; 2HSE B; 4N0A A; 1YJN A; 4J5Y A; 2CKK A; 2HQE A; 3PVL A; 2YRC A; 2RQW A; 3EAE A; 5FLX E; 3OYJ A; 4N4I A; 5IXF A; 4HT9 A; 5GAN d; 3OYK A; 4UC4 A; 5M9O A; 4C92 A; 5GAN g; 1C1A A; 1BU1 A; 3G4S T; 2SRC A; 1Y57 A; 3CCU Q; 3EH1 A; 2A7Y A; 4NL2 A; 4AT1 B; 2WSE E; 4D8D A; 2VWF A; 2H8H A; 2JNG A; 3Q1J A; 5GMK l; 3EFO A; 2DD5 A; 1Y7X A; 5CQX A; 3JCM V; 3I35 A; 4D6W A; 4QT7 A; 1PKS A; 2KR3 A; 3L2Z A; 4FW1 A; 4WCI A; 3E19 A; 4PLL A; 5LJ3 j; 2O2O A; 2FPF A; 4OP0 A; 1VQ9 Q; 4HKE A; 2YLB A; 3UA6 A; 2E3H A; 4BE1 A; 1UDL A; 3VS5 A; 2K5I A; 5IHI A; 3JCM d; 5DLQ E; 1BKB A; 1IGQ A; 3REA B; 3JCM g; 2P4R A; 4C0D B; 1UJY A; 2P84 A; 2RHY A; 3UA7 A; 3V7S A; 3BE3 A; 4ZN3 A; 1XNI A; 2JZ2 A; 2OTJ A; 1AZE A; 2MI6 A; 2BE7 D; 4PK4 A; 4XTV A; 3O8V A; 3CC7 Q; 1X69 A; 3CMA A; 1KHC A; 4KT0 E; 4HCZ A; 1SRL A; 1KC8 R; 1KD1 R; 4DBR A; 4O5V A; 2DL8 A; 4XTY A; 4YTL A; 2DFU A; 3QUI A; 4J7F A; 1M2V A; 1W70 A; 4E7I A; 3OW2 S; 2EPD A; 4J9F A; 2VYT A; 4CI0 C; 2J6F A; 3WVD B; 3GIB A; 2OTJ T; 1VQM Q; 3PMI A; 1LOJ A; 1VQN T; 2DXB A; 1YHQ T; 1Q81 C; 1F1B B; 3FLG A; 4PL6 A; 2L3S A; 5GAM g; 4R0K A; 3CMA T; 2G6F X; 2DRK A; 4HCK A; 4JJC A; 4XTZ A; 1R77 A; 4FYW B; 4WF2 A; 1TUC A; 2RHI A; 1AOJ A; 2KYB A; 4LUE A; 3CCV Q; 3OYC A; 3ZL7 C; 1M1K U; 2EQU A; 1NPR A; 4C92 C; 5KYY A; 1QVP A; 3A98 A; 4XU1 A; 3HRT A; 4LUD A; 3PIO A; 1PC0 A; 1M3C A; 3M54 A; 1Q7Y R; 2YUQ A; 1UGV A; 2PVO B; 5LJ3 h; 4M7A G; 1EIF A; 4HXJ A; 5FWB A; 1IHV A; 1ZUK A; 2OI3 A; 4KH1 B; 3RDV A; 1WHJ A; 2L0A A; 5CKH A; 1JO8 A; 2OX7 A; 1G3W A; 4JZ3 A; 1M4Z A; 2J05 A; 1S72 T; 3FJ5 A; 3OYL A; 2CRE A; 3OYA A; 4ZTF A; 2RN8 A; 2RM4 A; 1UHC A; 1MND A; 4EMK B; 5FWC A; 3OYN A; 2ZCF B; 3OS0 A; 2X4Y A; 5HKC A; 2CZ7 B; 1WNL A; 1N9R A; 1BIA A; 5CQY A; 1R8O B; 2LCC A; 1TWB A; 3E9G A; 2DET A; 2DLP A; 6AT1 B; 1N8R U; 4M77 B; 3DKM A; 3X25 B; 5GMK i; 2QAZ A; 5ECA A; 4KUL A; 3JCM b; 1GBQ A; 3OBY A; 4BUG A; 1SKU B; 4E6R A; 3CME T; 3CCE Q; 1QP2 A; 3H8Z A; 3NPF A; 4C8Q G; 2D8J A; 1Q86 C; 1R0B G; 3QSU A; 1WHM A; 2CS7 A; 2OJ2 A; 2J6K A; 4A4H A; 1I4K 1; 4XTU A; 2E65 A; 1MUZ A; 4IUV A; 2ROL A; 1O75 A; 4II1 A; 3CPW A; 2X4W A; 3L2Q A; 1NEB A; 1RAG B; 1WDX A; 4FYY B; 3VS7 A; 5CIU A; 4M75 D; 2M16 A; 2CP7 A; 2O4X B; 4J9I A; 1BB9 A; 1UG1 A; 3VS1 A; 4BI8 B; 5HK0 A; 2LC4 A; 4XU0 A; 2VAS A; 2LP5 A; 4DEY A; 1YCS B; 1FYN A; 2KSS A; 2EQJ A; 1UB4 A; 1VQL T; 2QDY B; 1Q82 R; 1E7O A; 2LCS A; 1NJI R; 2QEX T; 2ZPE B; 4E7S A; 1B07 A; 5LJ5 d; 4D8K A; 5DLO A; 2NUT A; 2QA4 Q; 1WQ7 A; 3OYG A; 5LJ5 g; 2GGR A; 2D0N A; 2IPO B; 1YIJ Q; 4KUI A; 3EFS A; 3MPU B; 4OML A; 2A08 A; 3X26 B; 1K1Z A; 4CRI A; 2O31 A; 3L1A A; 3F70 A; 1AHJ B; 2X51 A; 2C0I A; 3CCU A; 3RKW A; 1AWW A; 3EG1 A; 1U8R A; 3KXT A; 2EYZ A; 4CC3 A; 4Y28 E; 3CCR T; 3QII A; 5L8R E; 3TU4 K; 4C5E A; 1ZUY A; 1YJ9 Q; 3PFS A; 3JSC A; 1VQ9 A; 4PFZ A; 3H41 A; 1R0C B; 1ZSG A; 3OSS C; 4XTW A; 2NLU A; 4BY6 C; 4DBQ A; 2V8I A; 1X27 A; 1M8M A; 2LQW A; 1AZG B; 1Q7Y C; 2JUF A; 5CK9 A; 4Y91 A; 1PSF A; 4PJJ A; 3VRY A; 2KGT A; 2P0P A; 1BI0 A; 1VQ7 A; 3M0U A; 4FT4 A; 1ABQ A; 5GAN h; 1M5Q 1; 3OYE A; 5EG2 A; 4EIK A; 2M0Y A; 2HQH A; 3CC7 A; 2YUN A; 3ME9 A; 1XQH A; 3RUX A; 2K79 A; 1SSF A; 2EJG A; 2D0Q B; 4CC2 A; 3JCM c; 3OBW A; 2CT4 A; 3M4Y A; 1JJ2 S; 2L3R A; 3GBQ A; 1VQ7 T; 3SEM A; 2A36 A; 2E6Z A; 3QDF A; 4OB1 B; 2HBP A; 4PFP A; 4M78 E; 2L89 A; 2XDP A; 1VQM A; 2HD0 A; 2F2X A; 4FW2 A; 1VQ8 A; 2ED0 A; 2KRN A; 2QQA A; 2GQV A; 1I0C A; 2ENM A; 3JCM h; 1K73 U; 2RK1 A; 1PHT A; 3A1P A; 3CCV A; 1ZA1 B; 2CGH A; 2OTL Q; 1U5S A; 4OF1 A; 3HHT B; 5IAY A; 2GTO A; 2QDL A; 3KBG A; 4C92 D; 2EVR A; 2JTM A; 3P8H A; 1QVG P; 1Y96 B; 2DIG A; 1HYO A; 2FZK B; 1UGR B; 2O9S A; 2XDB A; 3P8D A; 1QVF A; 2E41 A; 1WJQ A; 2YXY A; 2YRD A; 2MMP A; 2YUP A; 2FPE A; 4FCY A; 4RTV A; 3PMT A; 1LNX A; 3NFC A; 4ZGE B; 5HK3 A; 5GAO p; 2DZC A; 4M7A E; 1K9M U; 3RMS A; 4XU2 A; 4DOW A; 2CUD A; 4BY6 B; 2E64 A; 2EWN A; 3L2U A; 2DYI A; 2PZ1 A; 2CZ6 B; 2VGN A; 1U1S A; 3JCM J; 2BZY A; 1VQK Q; 2DM1 A; 2LMJ A; 1RLP C; 4HVW A; 4KUD K; 3L2R A; 2E6N A; 2DEU A; 1OYX A; 3CCS A; 1YI2 A; 2LNH B; 3TRE A; 1KQ1 A; 3CC4 Q; 2FZG B; 3VRZ A; 2YSQ A; 3CCE A; 2P4T A; 1V1C A; 1GCP A; 2YT6 A; 2F2W A; 2D1X A; 1RAH B; 3LH0 A; 2HKN A; 3CCJ Q; 1ACM B; 4DQ2 A; 3SWN A; 1QWF A; 2QQB A; 1RAI B; 4ZN1 A; 2E5K A; 2GTJ A; 2PVD B; 4M77 F; 4Q5W A; 3CCS T; 1YI2 T; 4E7Z A; 3SDZ A; 2JTE A; 4M78 A; 4JRK A; 1IO6 A; 2XI9 A; 4PJL A; 3M0T A; 3CQT A; 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3ULR B; 1GCQ C; 3CCR Q; 3X28 B; 1K0X A; 2YHT A; 4QQD A; 4FSX A; 5KYX B; 2KRO A; 3QJ6 A; 1VOM A; 4M7D E; 1VQ6 Q; 4J9B A; 2DVE A; 4A4E A; 2V26 A; 4M75 G; 1YJW T; 4EMK C; 1UGQ B; 1PSE A; 1YWP A; 2XU8 A; 3S6W A; 2H3J A; 4KH0 B; 3RER A; 4QQG A; 1NZ9 A; 1H64 1; 2KT1 A; 1WJR A; 4F7U G; 4V2S A; 1MV3 A; 1QCF A; 1FMK A; 2OTL A; 3MP1 A; 4M77 C; 2AKL A; 1U06 A; 1M1K C; 1YCY A; 5GMK e; 5I2S A; 4F16 A; 3FDR A; 3URG A; 2B8A A; 5KYW B; 3ZEH A; 3HTR A; 5IXB A; 5A0L A; 2DER A; 3VU3 C; 5KCH A; 3UAT A; 3UDC A; 1PD1 A; 5IHK A; 1I81 A; 5GAM d; 4ELZ C; 2COW A; 3MHX A; 4JRI A; 5LJ3 e; 4XAX B; 2JN0 A; 5A0G A; 2C0O A; 2FO0 A; 3FJP A; 4QKU A; 1OPL A; 2PU9 B; 3M9Q A; 2XDD A; 1QWE A; 2A0F B; 3BDL A; 3CCL Q; 2EYW A; 1WIE A; 2R57 A; 3M56 A; 2RJD A; 3P8B B; 3GLX A; 3LWH A; 5KYU B; 4ZTJ A; 3SWN B; 4DOV A; 3JCM Q; 1VQO Q; 1VQK A; 4LDX A; 4PNO A; 3C0C A; 3OYI A; 1CKA A; 2RB6 A; 2WSF E; 5LJ3 f; 3G71 Q; 1OU8 A; 4A54 A; 3UPU A; 3S3O A; 3LGL A; 3QHS A; 1NE8 A; 1QW1 A; 2ZPI B; 2KAF A; 1N8R C; 2ESW A; 4M78 B; 4FU6 A; 2AT1 B; 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