The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
150
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structure length |
145
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Chain Sequence |
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
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| publication title |
Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
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| total genus |
26
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| structure length |
145
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| sequence length |
150
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| L | PF00828 | Ribosomal_L27A | Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 | Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YIT L; 1KQS K; 1VQM L; 1Q86 P; 1K9M P; 3CME O; 3CPW N; 3CCJ O; 1YIT O; 1K73 P; 1VQM O; 1VQ5 L; 1YJ9 L; 1NJI P; 1Q7Y M; 1KC8 P; 1YIJ L; 2OTL L; 1M90 P; 3CC4 O; 1YI2 L; 1Q82 P; 3CCL L; 1YIJ O; 1VQ9 L; 1VQL O; 3CXC K; 1W2B N; 1M1K P; 1JJ2 N; 3CC7 L; 1Q81 P; 3CCQ L; 2OTJ L; 1N8R M; 1K8A M; 1VQ7 L; 3CC7 O; 1VQO L; 3CCQ O; 3CPW K; 3G6E L; 3CCR L; 3OW2 N; 1VQ7 O; 3CCM L; 3I55 L; 1VQN L; 3CCS L; 1YJN L; 1QVG N; 1YHQ L; 1VQ6 L; 3CD6 L; 2QEX L; 1VQ5 O; 3CCR O; 1YJ9 O; 3CCM O; 1YJW L; 3CCE L; 1VQ8 L; 1QVF N; 2OTL O; 1YJN O; 3I56 L; 1YI2 O; 1VQ6 O; 2QA4 L; 3CCL O; 1YJW O; 3CCE O; 1Q86 M; 1K9M M; 1VQ8 O; 1W2B K; 1VQ9 O; 3I56 O; 3CMA L; 1JJ2 K; 1Q7Y P; 3G4S L; 3CCU L; 3CCV L; 2OTJ O; 3G71 L; 1KC8 M; 1VQO O; 3OW2 K; 1KQS N; 3G4S O; 3CCV O; 1Q82 M; 3G6E O; 3CME L; 3I55 O; 1VQN O; 1KD1 M; 1VQ4 L; 1QVG K; 3CCS O; 1M1K M; 1S72 L; 1YHQ O; 3CD6 O; 2QEX O; 1N8R P; 1K8A P; 1Q81 M; 1QVF K; 1VQ4 O; 3CC4 L; 1S72 O; 1VQP L; 3CC2 L; 1K73 M; 2QA4 O; 1VQK L; 1NJI M; 1VQL L; 1VQP O; 3CC2 O; 3CMA O; 3CXC N; 1M90 M; 3CCU O; 1KD1 P; 1VQK O; 3G71 O; 3CCJ L; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YIT L; 1KQS K; 1VQM L; 1Q86 P; 1K9M P; 3CME O; 3CPW N; 3CCJ O; 1YIT O; 1K73 P; 1VQM O; 1VQ5 L; 1YJ9 L; 1NJI P; 1Q7Y M; 1KC8 P; 1YIJ L; 2OTL L; 1M90 P; 3CC4 O; 1YI2 L; 1Q82 P; 5DS6 A; 4N06 A; 3CCL L; 1YIJ O; 1VQ9 L; 1VQL O; 3CXC K; 1W2B N; 1M1K P; 1JJ2 N; 5DQZ A; 3CC7 L; 1Q81 P; 3CCQ L; 2OTJ L; 3NKD A; 1N8R M; 1K8A M; 4WJ0 A; 1VQ7 L; 4P6I C; 5DLJ A; 3CC7 O; 1VQO L; 3CCQ O; 3CPW K; 3G6E L; 3CCR L; 3OW2 N; 1VQ7 O; 3CCM L; 3I55 L; 1VQN L; 2YZS A; 3CCS L; 1YJN L; 1QVG N; 4QDL A; 1YHQ L; 1VQ6 L; 3CD6 L; 2QEX L; 1VQ5 O; 3CCR O; 1YJ9 O; 3CCM O; 1YJW L; 3CCE L; 4W8K A; 1VQ8 L; 1QVF N; 2OTL O; 1YJN O; 3I56 L; 1YI2 O; 1VQ6 O; 2QA4 L; 5DS5 A; 3CCL O; 1YJW O; 3CCE O; 1Q86 M; 1K9M M; 1VQ8 O; 1W2B K; 1VQ9 O; 3I56 O; 3CMA L; 1JJ2 K; 3G4S L; 3CCU L; 3CCV L; 1Q7Y P; 2OTJ O; 3G71 L; 1KC8 M; 1VQO O; 3OW2 K; 1KQS N; 3G4S O; 3CCV O; 1Q82 M; 3G6E O; 3CME L; 3I55 O; 1VQN O; 1KD1 M; 1VQ4 L; 3CCS O; 1QVG K; 1M1K M; 1S72 L; 1YHQ O; 3CD6 O; 2QEX O; 1N8R P; 1K8A P; 1Q81 M; 1QVF K; 5DQT A; 1VQ4 O; 5FCL A; 3CC4 L; 1S72 O; 1VQP L; 3CC2 L; 1K73 M; 2QA4 O; 1VQK L; 1NJI M; 1VQL L; 1VQP O; 5DS4 A; 3CC2 O; 3CMA O; 4XTK A; 3CXC N; 1M90 M; 3GOD A; 3CCU O; 1KD1 P; 1VQK O; 3G71 O; 3CCJ L; #chains in the Genus database with same CATH homology 1YIT L; 1KQS K; 1VQM L; 1Q86 P; 1K9M P; 3CME O; 3CPW N; 3CCJ O; 1YIT O; 1K73 P; 1VQM O; 1VQ5 L; 1YJ9 L; 1NJI P; 1Q7Y M; 1KC8 P; 1YIJ L; 2OTL L; 1M90 P; 3CC4 O; 1YI2 L; 1Q82 P; 5DS6 A; 4N06 A; 3CCL L; 1YIJ O; 1VQ9 L; 1VQL O; 3CXC K; 1W2B N; 1M1K P; 1JJ2 N; 5DQZ A; 3CC7 L; 1Q81 P; 3CCQ L; 2OTJ L; 3NKD A; 1N8R M; 1K8A M; 4WJ0 A; 1VQ7 L; 4P6I C; 5DLJ A; 3CC7 O; 1VQO L; 3CCQ O; 3CPW K; 3G6E L; 3CCR L; 3OW2 N; 1VQ7 O; 3CCM L; 3I55 L; 1VQN L; 2YZS A; 3CCS L; 1YJN L; 1QVG N; 4QDL A; 1YHQ L; 1VQ6 L; 3CD6 L; 2QEX L; 1VQ5 O; 3CCR O; 1YJ9 O; 3CCM O; 1YJW L; 3CCE L; 4W8K A; 1VQ8 L; 1QVF N; 2OTL O; 1YJN O; 3I56 L; 1YI2 O; 1VQ6 O; 2QA4 L; 5DS5 A; 3CCL O; 1YJW O; 3CCE O; 1Q86 M; 1K9M M; 1VQ8 O; 1W2B K; 1VQ9 O; 3I56 O; 3CMA L; 1JJ2 K; 3G4S L; 3CCU L; 3CCV L; 1Q7Y P; 2OTJ O; 3G71 L; 1KC8 M; 1VQO O; 3OW2 K; 1KQS N; 3G4S O; 3CCV O; 1Q82 M; 3G6E O; 3CME L; 3I55 O; 1VQN O; 1KD1 M; 1VQ4 L; 3CCS O; 1QVG K; 1M1K M; 1S72 L; 1YHQ O; 3CD6 O; 2QEX O; 1N8R P; 1K8A P; 1Q81 M; 1QVF K; 5DQT A; 1VQ4 O; 5FCL A; 3CC4 L; 1S72 O; 1VQP L; 3CC2 L; 1K73 M; 2QA4 O; 1VQK L; 1NJI M; 1VQL L; 1VQP O; 5DS4 A; 3CC2 O; 3CMA O; 4XTK A; 3CXC N; 1M90 M; 3GOD A; 3CCU O; 1KD1 P; 1VQK O; 3G71 O; 3CCJ L;
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