The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
|
sequence length |
95
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structure length |
95
|
Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
19
|
| structure length |
95
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| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Q | PF01157 | Ribosomal_L21e | Ribosomal protein L21e |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQK Q; 3I56 Q; 1VQ6 Q; 1N8R R; 3I55 Q; 1VQ8 Q; 1M90 R; 1VQ4 Q; 1M1K R; 2QEX Q; 1KQS P; 1KD1 R; 3CCM Q; 1KC8 R; 1YIT Q; 1NJI R; 3CCJ Q; 3CPW P; 1W2B P; 1YJ9 Q; 3CCU Q; 3CD6 Q; 1YHQ Q; 3CCS Q; 1K73 R; 3G6E Q; 1JJ2 P; 3CMA Q; 3CC2 Q; 1S72 Q; 3CXC P; 1K9M R; 1VQ9 Q; 1VQL Q; 1YI2 Q; 1QVF P; 1YJW Q; 1Q82 R; 1QVG P; 1VQ7 Q; 1VQN Q; 2OTL Q; 3OW2 P; 1Q7Y R; 2QA4 Q; 1VQO Q; 1VQP Q; 3CC4 Q; 1Q86 R; 1K8A R; 1VQM Q; 1YIJ Q; 3CCE Q; 3CCL Q; 2OTJ Q; 3CCV Q; 3G71 Q; 1Q81 R; 3CME Q; 3CCQ Q; 1YJN Q; 3G4S Q; 3CC7 Q; 1VQ5 Q; 3CCR Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QXF A; 2KRM A; 1G5V A; 3KBG A; 2FRY A; 3E9F A; 4M77 G; 5KCH A; 5KE3 A; 5GAM g; 1RAF B; 2OAW A; 3C0C A; 2PU9 B; 3WVD B; 4MZT A; 3NMZ C; 1KQ1 A; 4J8O A; 4J9F A; 1BI2 A; 1R77 A; 2LC4 A; 3A8O B; 4AMC A; 3G4S Q; 3I55 A; 2YRD A; 3QZ9 B; 1KHC A; 2CP6 A; 2EBP A; 5ECA A; 2RQV A; 4BE0 A; 1QWE A; 2K5I A; 2AIR B; 1E6H A; 1TOV A; 2VUB A; 4E7Z A; 2DL4 A; 4M4Z A; 2DFU A; 2QK0 A; 2FRW A; 2DX1 A; 2DBM A; 1BKB A; 1VQM A; 3LGF A; 1D3B B; 4C92 A; 1OEB A; 3HHT B; 3HL8 A; 4M78 F; 4ELY C; 2QI2 A; 4CI0 C; 3J80 E; 1N27 A; 1YIJ Q; 3CCE Q; 4J7I A; 1AT1 B; 4OMF B; 4OB2 B; 5LJ5 f; 2EFI A; 2F2V A; 1BIB A; 2EGA A; 2RHZ A; 4HCZ A; 2GCX A; 5LJ5 d; 2JT4 A; 1VQ9 Q; 1JO8 A; 4VUB A; 3JB9 H; 5DLQ E; 2DXC A; 2HZY A; 4AFQ C; 1YHQ T; 1W70 A; 2ZPE B; 2FYK A; 3CCV Q; 1K9A A; 7AT1 B; 2FL7 A; 1ZUY A; 5CQX A; 1K73 C; 3NHN A; 3CC4 T; 3L2R A; 3RMQ A; 4JLI A; 5FWC A; 2XDB A; 1ZUK A; 2PVO B; 4PFZ A; 4HXJ A; 3CCM Q; 2K2V A; 3PIP A; 5FLX E; 5GAM j; 3QUI A; 2J6F A; 2EQM A; 4ORZ A; 5FRO A; 1T3L A; 2DVJ A; 3CME Q; 3RKY A; 1KG1 A; 4AFS C; 1NLO C; 2GNC A; 2I2L A; 3LH5 A; 3LW5 E; 1UTI A; 4B6M A; 3CEY A; 2DL5 A; 3RR6 A; 1WHL A; 3J7A F; 3BE3 A; 4M78 B; 4IIM A; 1GL5 A; 2RA2 A; 3WXM B; 3VS6 A; 1GCQ C; 1IRE B; 2QAZ A; 1RI9 A; 2CP2 A; 1YBY A; 2AZS A; 1QVG P; 4M7D A; 3LLR A; 2G6F X; 3QDF A; 4R0K A; 3MEA A; 4EMG A; 2JMA A; 4X34 A; 2JN0 A; 2BE9 B; 2E3H A; 2YSQ A; 4DOV A; 2L8D A; 3X28 B; 5GAN 3; 2LCL A; 1R0B G; 8ATC B; 4IUQ A; 4FYW B; 5KE2 A; 2EJG A; 5LL6 S; 1VQO A; 2KDS A; 3MEV A; 2XMF A; 2G3R A; 1AEY A; 2E6N A; 4JJD A; 4C92 F; 4M75 D; 4OMO A; 1SHG A; 3U23 A; 3QG1 A; 2EYX A; 3IQL A; 1OU8 A; 4IUR A; 1VQ6 Q; 1S1N A; 2KQW A; 5LJ3 h; 4R56 A; 1TXQ A; 3OYY A; 2JTF A; 4JJC A; 2LQN A; 4OMQ A; 1VQ8 T; 1OQK A; 3C95 A; 3MO8 A; 3KFV A; 3GNF B; 4M75 C; 3OW2 A; 4M78 E; 2BE7 D; 1TTH B; 2JVV A; 1YWO A; 1JEG A; 1VQ5 Q; 3RES A; 1K9M C; 1Q7Y C; 1CKA A; 3JCM P; 2KBT A; 2DRK A; 2DLP A; 4RCC A; 1BB9 A; 4XTW A; 2M0Y A; 2NYS A; 1Y71 A; 2QQ9 A; 4EMK A; 2D0Q B; 3QZ5 B; 1VQL T; 3CPF A; 2B8A A; 1Z9Q A; 2MWO A; 3CCR Q; 1AVZ C; 1PHT A; 4AFZ C; 4XAX B; 3JCM g; 3QSU A; 5GJV B; 3I5S A; 1W2B P; 4C92 B; 2HDA A; 1IXD A; 4WTO B; 3JB9 I; 2YWW A; 2BZY A; 4C8Q D; 2MAM A; 3FC3 A; 4ZTF A; 1N6A A; 2OX7 A; 3TQ7 P; 4J9I A; 4FYY B; 1VQ8 A; 2NUZ A; 3TCJ A; 4M7A D; 4CRI A; 1D0X A; 2DNU A; 3D7S B; 1RAC B; 1K73 R; 3JCM Q; 4LDY A; 5FWB A; 2ECZ A; 4C8Q C; 3I9Q A; 5FW9 A; 4AT1 B; 4J6X A; 1D0Z A; 2DEU A; 2EGC A; 2JS2 A; 4RTT A; 4ESR A; 1M5Q 1; 1N9R A; 5FU7 B; 1VYV A; 2EYY A; 5GAO r; 3PVQ A; 2CRE A; 4XQ3 A; 4M7A C; 5CK9 A; 2P4R A; 2C0O A; 2C0T A; 2COZ A; 3FDR A; 3LYI A; 5GAN 4; 2XID A; 1X43 A; 1VQL A; 2JW4 A; 5GAM e; 1YP5 A; 2KSS A; 4RTY A; 1KIK A; 3HRT A; 4RKU E; 1LVK A; 2Z0W A; 1VIE A; 4NOY A; 2J05 A; 5AT1 B; 2LJ3 A; 4E7I A; 1WX6 A; 4C92 E; 1IHV A; 3UT1 A; 3I5R A; 4DEX A; 1HXD A; 3QJ6 A; 2EVR A; 2E64 A; 1K73 U; 2VV5 A; 4N4G A; 1HYO A; 1D1A A; 2EQU A; 1A0N B; 1NE8 A; 4JRP A; 2KMT A; 1WHJ A; 1DJ7 B; 2ZZD A; 1WGS A; 2QQB A; 1YHQ Q; 3V7C A; 2O01 E; 4M7D B; 4MDW A; 3OYM A; 1Z9Z A; 4XTU A; 4ATO A; 3CC4 Q; 4C5E A; 1WQW A; 4XU3 A; 5KYN A; 3JCM X; 2KY9 A; 3UA7 A; 3E9G A; 3HRS A; 1V76 A; 5GAO q; 1NYG A; 1YCS B; 1I8F A; 1Q82 C; 2RNA A; 1ABQ A; 5GAN h; 4LUE A; 2L0A A; 2DXT A; 2YUQ A; 5CKB A; 1MUZ A; 1ZA1 B; 5HK3 A; 4Q5W A; 4V2S A; 3G71 A; 1W4S A; 3L42 A; 1QVF A; 5IN1 A; 2D0N A; 3S3N A; 2CUD A; 3P8H A; 4YTL A; 2Y4X A; 1YI2 T; 4D6W A; 2RQU A; 2GQI A; 1LNX A; 3H0H A; 4F7U G; 1Y96 A; 3GPL A; 4ZGE B; 1AD5 A; 3MP6 A; 2HL3 A; 1G3Y A; 1H92 A; 3UA6 A; 1EX4 A; 4PJO G; 3CCS Q; 3NTI A; 2F5T X; 4EPC A; 2SEM A; 4DBQ A; 1BI0 A; 1S72 T; 3CC2 T; 2WSF E; 2AT1 B; 3PIO A; 1VQ7 T; 1RLQ C; 2X4X A; 2BZX A; 3EAE A; 3VS3 A; 1U06 A; 4LUD A; 2HSP A; 2NUT B; 1QVF S; 1JU5 C; 2WAC A; 4O6J A; 3C12 A; 4EMK B; 2JTE A; 2XK0 A; 5KYY A; 1YJ9 T; 9ATC B; 2XI9 A; 4N0A A; 2L5Q A; 2EYW A; 4KT0 E; 4PFO A; 3AHU A; 2KVQ G; 2CSQ A; 3QKJ A; 2O4X A; 1M2O A; 3VS5 A; 1RI0 A; 1YFN A; 1K9M U; 1VQ8 Q; 1Q7Y U; 4M78 D; 1KC8 R; 4XTV A; 2HBP A; 2A37 A; 1YI2 A; 5LJ3 g; 2OTL A; 1QWF A; 4EDU A; 2OAU A; 4BAC A; 3EFS A; 4J9H A; 2QA4 Q; 2ZPF B; 1WQ7 A; 2AKK A; 5GMK m; 1WXT A; 3JCM W; 4FYV B; 4FL6 A; 4HCK A; 2R57 A; 1PSE A; 2BTT A; 4M78 C; 2CZ6 B; 3I56 T; 5CO7 A; 4OP0 A; 3PFS A; 1S72 A; 4QQ6 A; 1VQ7 A; 3CMA Q; 1C1A A; 3Q1J A; 1VQL Q; 1WNL A; 4E6R A; 4FW1 A; 2EKH A; 3RUX A; 2IVW A; 5GMK l; 1TSF A; 4C5G A; 4ZNX A; 3O8V A; 3UDC A; 4AFU C; 4GLK A; 1YJ9 A; 3JRZ A; 4JRI A; 4M77 A; 3ER0 A; 4FU6 A; 2CH4 A; 1PWT A; 3HRU A; 3EFO A; 2JTM A; 2QGF B; 3OBY A; 2JM9 A; 1I0C A; 4BD3 A; 1Q86 R; 4Z02 A; 1LJO A; 2MPX C; 1KSW A; 1N5Z A; 1NG2 A; 3OYI A; 5C6S A; 2E65 A; 5GAO p; 2IIM A; 1OPL A; 4NS5 A; 1VQK T; 3JCM e; 4A53 A; 4OGC A; 4M75 E; 1XQH A; 2QYZ A; 1VUB A; 1QKW A; 1SHF A; 2F1L A; 1M27 C; 2E6Z A; 4KGZ B; 1JRI A; 3P8D A; 1Q82 R; 1OU9 A; 1Y7X A; 2ESW A; 5LJ3 j; 2DZ9 A; 3I56 A; 2QTX A; 4CC2 A; 3OYC A; 4BDZ A; 5GAN 5; 2ROT A; 2RJF A; 3EG0 A; 3M0S A; 1JXO A; 1SSH A; 4C92 D; 1K1Z A; 3EG9 A; 4J7F A; 5D6X A; 1FWZ A; 3BDL A; 2RI2 A; 2BZ8 A; 1SSF A; 3HPW A; 1UGR B; 1TUC A; 4B9W A; 4RG2 A; 2LT1 A; 1VQP Q; 1QLY A; 2VXF A; 3GOX A; 1OV3 A; 2V8I A; 4OB1 B; 2KT1 A; 2KYM A; 4FIB A; 2QEX A; 1VQM T; 2DXB A; 1MMA A; 1WXU A; 2L3P A; 1BCM A; 4PJL A; 5KYW B; 2R5A A; 1MMD A; 2JJ9 A; 4LDU A; 4C92 C; 4DEY A; 5GMK i; 4Z89 A; 3OYE A; 4N4I A; 1KK7 A; 3QPH A; 2E5K A; 1NZ9 A; 2E5Q A; 4KRT A; 3V7S A; 5HCK A; 3CXC A; 1GRI A; 3JCM c; 5FRN A; 2K7A A; 3JB9 G; 1VQK A; 3CC7 Q; 1NM7 A; 3CBP A; 2I0N A; 2H3J A; 2NLU A; 5I22 A; 5GAN 8; 5CKE A; 4C8Q E; 4KGX B; 1UEC A; 5FRM A; 1IHW A; 5KYY B; 2E1H A; 2P0K A; 4M77 F; 3REA B; 2DTH A; 3FIF A; 5GAN g; 1YI2 Q; 1KD1 C; 4M7A E; 3WVE B; 4NL3 A; 2O4X B; 5FU7 C; 2EYZ A; 1NEG A; 2FVU A; 2R58 A; 3S6W A; 4HKE A; 2JS0 A; 1FMK A; 4J83 A; 4JJB A; 2L89 A; 3CXC S; 2DYB A; 3M58 A; 4M7D D; 3CC2 Q; 1VQ7 Q; 1WPY A; 1NJI C; 1H8K A; 4E7J A; 4JS4 A; 2DMO A; 4II1 A; 4DBR A; 1U1T A; 2P0P A; 4EMH A; 1D1B A; 4HCC A; 5CCA A; 1X01 A; 1YJN T; 3L2Q A; 4LDW A; 1AZE A; 5CKF A; 2HKN A; 2ROL A; 2AHJ B; 1I81 A; 4KGV B; 3OYA A; 3R6N A; 1NBE B; 2J06 A; 5CQY A; 2LNH B; 3TRE A; 2QAS A; 3CCL Q; 3M0R A; 4MMK A; 3VV0 A; 1UJ0 A; 2K3B A; 3PVL A; 1VQO T; 5GJW B; 4A4K A; 1PD0 A; 4M77 B; 4OMM A; 2YDL A; 3EFO B; 2LVM A; 2LDM A; 1QVG S; 3M4Y A; 3CPW P; 2M0O A; 2NWM A; 4NL2 A; 5D6W A; 2HD0 A; 1UB4 A; 3INZ A; 5GAN j; 3G6E T; 3OB9 A; 2YLB A; 1SRM A; 1SPK A; 4KUL A; 4ZN3 A; 2HSE B; 2Y90 A; 1ZQ1 A; 2KI7 A; 4X9C A; 2EJ9 A; 2J6O A; 1WYX A; 2KT8 A; 3THK A; 2HQE A; 1BYM A; 1MHN A; 5CKH A; 4N4H A; 4PKC C; 2OJ2 A; 5GAO m; 2SRC A; 1EZZ B; 3I35 A; 5LJ3 e; 3CQT A; 1QKX A; 1YNZ A; 1YJN A; 1IGU A; 4UC4 A; 1MNE A; 3QBY A; 2K9G A; 5KYX A; 2RI3 A; 4HVU A; 1Y57 A; 1NPR A; 1UFF A; 5KH6 A; 2LTO A; 4BI8 B; 3CCU A; 3EG9 B; 3HP9 A; 3CBM A; 4EMK C; 2MYS A; 2F2W A; 2LCC A; 5GAO l; 3H9N A; 3OS1 A; 4M77 E; 1OZ3 A; 4LDV A; 1BIA A; 4XU2 A; 1M1G A; 1ZHI A; 1O9S A; 5EC7 A; 5J39 A; 1K76 A; 5CKD A; 2DIL A; 2A3L A; 3FB9 A; 3G1J A; 2K3Y A; 3T9N A; 1N9S A; 3G6E A; 4C0G A; 2CSI A; 1Q81 U; 3FEO A; 1QP3 A; 1X69 A; 3DLM A; 2RJC A; 2JMC A; 1IZ6 A; 1ZUU A; 1PKS A; 4CC7 A; 1G2B A; 2K2M A; 8AT1 B; 1PNJ A; 4PJN A; 1B34 A; 5GAN 6; 1W6X A; 3H8Z A; 5GAM f; 1ZSZ A; 2RPN A; 2QGG A; 1UHF A; 3OYH A; 1M4Z A; 2JZ2 A; 2FZG B; 4KH1 B; 5IHK A; 3LGL A; 3I55 Q; 1K8A C; 4HVV A; 4RTW A; 5L23 A; 4XTY A; 4OB0 B; 3PGG A; 2CUB A; 2DIG A; 1H64 1; 1PCX A; 4KBM B; 3GF5 A; 2NUT A; 3CCJ T; 4HT9 A; 5GAM d; 3A98 A; 3OSS C; 1VQM Q; 1QMC A; 3QWY A; 2EW3 A; 1JXM A; 3PE0 A; 5LJ5 h; 1JB0 E; 4XU0 A; 4RUG A; 3QXE B; 3M0Q A; 2LP5 A; 2RJE A; 4RG8 A; 1WZO A; 2MK5 A; 1FXX A; 4B9X A; 3EH1 A; 2KE9 A; 1XJW B; 1YIT T; 3M56 A; 2DE0 X; 2X4W A; 1QQJ A; 3CCQ A; 2V1Q A; 2NUP A; 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2FG0 A; 1EIF A; 2KGT A; 1ZBX A; 1VQN A; 5KYW A; 4LNP A; 2YHT A; 1K9M R; 1M90 C; 2LX9 A; 4PJO F; 1B34 B; 2DF6 A; 1Q7Y R; 3MP8 A; 2RQW A; 2LQK A; 1ZSZ B; 4ZN1 A; 4DBF A; 4M75 G; 4M77 D; 4M7D E; 4F14 A; 2OTJ T; 2DO3 A; 3EFR A; 3EH2 A; 1X2K A; 4MDX A; 2F69 A; 2XG8 D; 2CT3 A; 4A4F A; 2P4T A; 2YUO A; 3ZEH A; 1X75 C; 1YCY A; 2V26 A; 2VXE A; 2GFU A; 2FHD A; 2O2O A; 2HNI A; 1FX7 A; 2EWN A; 1HD3 A; 1JQQ A; 4A54 A; 3OS2 A; 2DD4 A; 3V7R A; 4M77 C; 1YIJ T; 2EJF A; 2DAQ A; 1WHH A; 5J3B A; 1U8R A; 1K8A U; 3VRZ A; 1X6O A; 4K11 A; 1YJW A; 3JCM d; 2NUP B; 1I5O B; 3HFO A; 1ZSG A; 4OB3 B; 1WIE A; 1TH7 A; 3EGU A; 4WF2 A; 3OMG A; 1ARK A; 2J7I A; 4F7U B; 3C94 A; 4C0F A; 3EGD B; 4BI3 A; 3J81 E; 5DY9 A; 4LN2 A; 3TSZ A; 2V8K A; 3OQ5 A; 1B07 A; 4PJO B; 2GF7 A; 1T0H A; 3EG1 A; 3G7Z A; 3KUF A; 3EG2 A; 4JS5 A; 2ZPI B; 4QW2 A; 4IUV A; 5KYU B; 1QVF P; 1WJS A; 2OTJ A; 2PTK A; 2LRQ A; 4C8Q G; 2AKL A; 1BBZ A; 4MZM A; 1PKT A; 3ZL7 C; 4FCY A; 1G8X A; 2JOY A; 2E70 A; 3TEE A; 4IUP A; 1AOJ A; 4RTZ A; 4M7A G; 4AG2 C; 5LJ5 g; 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