The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
b'SKQPDKQRKSQRRAPLHERHKQVRATLSADLREEYGQRNVRVNAGDTVEVLRGDFAGEEGEVINVDLDKAVIHVEDVTLEKTDGEEVPRPLDTSNVRVTDLDLEDEKREARLESEDDSA'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
27
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| T | PF00467 | KOW | KOW motif |
| T | PF16906 | Ribosomal_L26 | Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1M1G A; 3CCR A; 5IAY A; 1W2B A; 2CKK A; 1KD1 U; 1K9M U; 3CME T; 3OW2 A; 3CD6 T; 3CCM T; 1VQ9 T; 5HY6 A; 1VQ5 T; 4CRI A; 1QVF A; 1K8A C; 5IT9 E; 1KD1 C; 3CC4 T; 1VQM T; 1K9M C; 3I55 T; 3CPW S; 1KHI A; 3CMA T; 1YBY A; 1KQS S; 3CD6 A; 3CCL T; 1YIJ T; 4TVR A; 1YJW A; 1BKB A; 3J80 E; 2MWO A; 5LL6 S; 1XNI A; 1YIT A; 3OW2 S; 1Q82 C; 2XHC A; 3P8B B; 1QVF S; 2OTJ T; 2JOY A; 1UEB A; 3G4S A; 3CCL A; 1X6O A; 4QQD A; 1VQ4 A; 2L3R A; 1VQ8 T; 1RL2 A; 1K8A U; 1M90 C; 2OTJ A; 1YJW T; 2JUF A; 4ZN1 A; 3G6E A; 3CCU T; 1QVG A; 2OTL A; 1KC8 C; 1N8R C; 1VQN A; 2MI6 A; 1VQ8 A; 3DB4 A; 2QA4 T; 1YIT T; 1VQ7 T; 5FLX E; 1VQO A; 5J26 A; 2JVV A; 2EIF A; 3TRE A; 1NJI U; 1VQP A; 3G4S T; 3CCS A; 3JAM E; 1Q82 U; 1IZ6 A; 1VQ6 A; 3CCU A; 3KBG A; 1VQ4 T; 1W2B S; 2MWP A; 1NJI C; 2QA4 A; 1VQ7 A; 3I56 A; 3DLL A; 1JJ2 A; 2QEX A; 2G3R A; 2LCL A; 1QVG S; 3J7A F; 4X34 A; 1Q7Y C; 3G6E T; 1M90 U; 1VQK A; 1XTD A; 5DM7 R; 2OTL T; 1VQN T; 1M1K C; 1VQO T; 1Q81 C; 1N8R U; 1KC8 U; 1VQL A; 4YTL A; 1VQP T; 3CCE A; 3CCJ T; 3CCS T; 1YI2 A; 1Q86 C; 1VQ6 T; 3PIO A; 2E6Z A; 1JJ2 S; 2LQ8 A; 3I56 T; 3CCQ A; 2QEX T; 3G71 T; 3CCJ A; 2KVQ G; 3OYY A; 1SSF A; 4ZN3 A; 3ER0 A; 4RG2 A; 1VQK T; 3CPF A; 1YHQ A; 2DO3 A; 1Q7Y U; 1K73 C; 3CC7 T; 2E70 A; 2IG0 A; 5J3B A; 1YJ9 A; 1VQL T; 1M1K U; 3CCE T; 1YI2 T; 3G71 A; 1NPP A; 1Q81 U; 1NPR A; 2KDS A; 3CCV A; 1YJN A; 3HKS A; 1Q86 U; 3LGL A; 3A5Z B; 3PIP A; 3LH0 A; 3CC7 A; 3J81 E; 3CCQ T; 1S72 A; 1EIF A; 3CC2 A; 3CXC A; 3CME A; 1YHQ T; 3CCM A; 1VQ9 A; 1VQ5 A; 3DB3 A; 2JNG A; 1YJ9 T; 3CC4 A; 3CCR T; 1VQM A; 2LVM A; 3I55 A; 5A2Q E; 1K73 U; 3CMA A; 3CPW A; 3CCV T; 1YJN T; 1NZ9 A; 1YIJ A; 3LGF A; 1KQS A; 5DLQ E; 1S72 T; 3CXC S; 3CC2 T; #chains in the Genus database with same CATH topology 1C0M A; 4C92 A; 2FO0 A; 2DMO A; 3JCM V; 1K9M U; 1N9R A; 4JDS A; 1WGS A; 1TOV A; 1YN8 A; 1WXB A; 3OSS C; 2Z0W A; 2O4X B; 2SEM A; 2ABL A; 1J3T A; 3PTA A; 1X6B A; 4BDZ A; 9ATC B; 3RMQ A; 1O9S A; 4AG1 C; 3JB9 G; 2RA2 A; 5LJ3 f; 4MZP A; 1IHW A; 4BE0 A; 3H6Z A; 2QQB A; 3RKY A; 3G4S A; 4M7D C; 3GP8 A; 4M7A C; 1N6A A; 1OPK A; 1M90 C; 2DL5 A; 4E7H A; 4X9D A; 1BI2 A; 1B34 A; 2GF7 A; 5I22 A; 1HYO A; 1VYT A; 1VQN A; 3FC3 A; 4F7U A; 2HBW A; 4MZM A; 1VQ6 A; 1IRX A; 2LRQ A; 1X01 A; 1C6V X; 4OP0 A; 2G3R A; 1M90 U; 4BY6 B; 1QVF P; 2DIL A; 4FCY A; 2HCK A; 3ASK A; 2DJQ A; 1JEG A; 1WHH A; 1PM3 A; 3VV0 A; 4PJO B; 3I56 T; 3I56 Q; 3OS5 A; 1I4K 1; 1WJS A; 3EG9 B; 1QWF A; 1BB9 A; 3CCV Q; 2YUN A; 1RAI B; 4M4Z A; 3CC7 T; 3CC7 Q; 1QP3 A; 2E65 A; 1WNL A; 3HFO A; 5GAM g; 1K1Z A; 2F2W A; 3V8L A; 1R0B G; 3JCM X; 3TEE A; 1OUL A; 5CK9 A; 1W1F A; 3CCM A; 1IB8 A; 1VQ5 A; 1VQ9 A; 1QKX A; 3NTI A; 2KT8 A; 1T3S A; 2K3B A; 1R0C B; 3EG2 A; 1G5V A; 2NWM A; 3EGX B; 4KGV B; 1WZO A; 2GTO A; 2CKK A; 3QDR B; 1Y96 B; 2H3J A; 2P4R A; 1KD1 C; 2GGR A; 3KUF A; 1VQM T; 1VQM Q; 1CKB A; 4R56 A; 2D0N A; 4PNO A; 4RMO A; 2F69 A; 3U23 A; 1CSK A; 3I5S A; 4QVZ A; 2L3R A; 4JRI A; 5HCK A; 4C5I A; 2JS2 A; 3NGP A; 4C92 G; 1TG0 A; 1GFC A; 1ZSZ C; 2OAW A; 3EGD A; 3SEM A; 1YWO A; 2C0I A; 1X2Q A; 1AD5 A; 2AIR B; 2DZ9 A; 3EHR A; 2DNU A; 4KUL A; 1UE9 A; 1K0X A; 4HCZ A; 3OYG A; 1NJI C; 4BI8 B; 4M77 E; 5GAN 3; 2EQI A; 2LCL A; 4M7D F; 2A3L A; 2BE9 B; 1PKT A; 4BUG A; 2K2V A; 3JCM P; 4M7A F; 4HVW A; 4M78 C; 1BI1 A; 2X51 A; 2EQJ A; 4QQ6 A; 1VQO T; 1VQO Q; 5GAN 8; 3OYD A; 2MMP A; 2RM4 A; 3OYF A; 3MCA B; 3PIO A; 2K2M A; 2KRM A; 2A28 A; 4C8Q A; 4F7U G; 1LVK A; 3ER0 A; 3CPF A; 2EQU A; 2DRM A; 4RG8 A; 1HD3 A; 2ZPE B; 3JV3 A; 1VQL T; 1VQL Q; 3OBY A; 2O4X A; 2PU9 B; 1LNX A; 2QAZ A; 2DZC A; 1JQQ A; 2DL8 A; 4CC3 A; 2L3S A; 3SFM A; 2JNG A; 3OB9 A; 3VUZ A; 1G83 A; 3ZBD A; 2P0Q A; 1M5Q 1; 3MET A; 2COW A; 2DL4 A; 3H41 A; 3VS2 A; 5C0M A; 3JRZ A; 1T0J A; 4EMK B; 2CSQ A; 5D6W A; 2M0Y A; 4JRP A; 2CSI A; 2R5A A; 4E7J A; 1YBY A; 2HL5 C; 2FRY A; 1VYU A; 2JS0 A; 4M75 B; 3UA6 A; 3J80 E; 2DE0 X; 2IVW A; 3P8H A; 1OI1 A; 1UEB A; 2L3Q A; 4A4E A; 2J06 A; 3L2W A; 3VS3 A; 1BI3 A; 1YJW T; 4ANJ A; 1YJW Q; 4ZN1 A; 2HKN A; 1QVG A; 3WXM B; 4PJO A; 1RUW A; 6AT1 B; 1VQ7 T; 1VQ7 Q; 2RF0 A; 3PFS A; 4XK8 E; 1WX6 A; 3ZL7 C; 3CCU A; 4Y92 A; 4JUV A; 2DK3 A; 1VA7 A; 2CGH A; 1FWZ A; 2X9H A; 5A0G A; 3G6E T; 2RI3 A; 2AKK A; 2MOX A; 2YUQ A; 2PNI A; 1ACM B; 4KRT A; 2HQE A; 2JJ9 A; 1MHN A; 2J6F A; 1VQP T; 3NMZ C; 1VQP Q; 2KY9 A; 5A0L A; 3V7R A; 1UGQ B; 4WF2 A; 4Z88 A; 3OYJ A; 5GAN 4; 4ZN3 A; 3H8Z A; 1WA7 A; 4E6R A; 2K4Y A; 2CP2 A; 4M77 B; 4A4F A; 1Y96 A; 2KXD A; 4M78 F; 1GCQ A; 2DVJ A; 1Z9Q A; 1W4S A; 2C0T A; 3A5Z B; 3PIP A; 1EIF A; 4WCI A; 4C8Q G; 1W6X A; 4N4I A; 5A2Q E; 1XJW B; 1G8X A; 3OS1 A; 2MPX C; 1KQ1 A; 4RTY A; 2CH4 W; 2ZCF B; 2RN8 A; 3EG1 A; 2KRO A; 1AOJ A; 3EG0 A; 2V8J A; 3HPW A; 5GAM d; 5HY6 A; 1EZZ B; 2CP0 A; 2F5K A; 2GBQ A; 1KHC A; 2YUO A; 5D6X A; 5I2S A; 3TSZ A; 3M57 A; 2QDL A; 1WIE A; 4OMO A; 3OW2 P; 2CH4 A; 1UUE A; 1ZSG A; 4OVA A; 5KE2 A; 1PWT A; 3HL8 A; 4OMM A; 2EGC A; 3JCM J; 1RAE B; 4FIB A; 1NE8 A; 1D1A A; 4AFS C; 4L59 A; 4C5H A; 2JZ2 A; 2CP5 A; 2X35 A; 2JVV A; 1KFZ A; 4HCB A; 2OJ2 A; 2EYZ A; 2QA4 A; 1V76 A; 3I56 A; 1GBR A; 1UDL A; 3J7A F; 3EFO B; 2D8J A; 3EGU A; 1AT1 B; 3M53 A; 2OTL T; 4HCC A; 3M0T A; 1M3C A; 5AT1 B; 1E7O A; 1GFD A; 4IUP A; 1NLP C; 1GXI E; 4A4H A; 3E19 A; 4PJO G; 4HA8 A; 3QDF A; 1N5Z A; 3UWN A; 1WXU A; 2CT3 A; 2M02 A; 2PUK B; 4EMK A; 2FPE A; 2E70 A; 1P92 A; 3G71 A; 2LJ0 A; 4II1 A; 2EJF A; 2VYT A; 3DLM A; 3CCQ T; 2AT1 B; 3CCQ Q; 3CXC A; 3JCM d; 1X75 C; 2EKO A; 4M75 A; 1M2V B; 4FW2 A; 1WDX A; 1QP2 A; 1UB4 A; 2LQK A; 1D1B A; 1VQM A; 3VS1 A; 3HRS A; 1MGQ A; 2COZ A; 2E10 A; 2B86 A; 4DEX A; 1S72 T; 4DBR A; 3FDR A; 1S72 Q; 3CC2 T; 3CC2 Q; 2QDY B; 5CKB A; 3HHT B; 1AWJ A; 4HCK A; 2FZC B; 2DTI A; 5CAI A; 3H0F A; 5KYX B; 5CIU A; 1O75 A; 4O6J A; 3CCL T; 1BIA A; 3CCL Q; 1SEM A; 5EC7 A; 2RPN A; 5IXB A; 5GAN 2; 2ED1 A; 3LW5 E; 2ZPI B; 4MMK A; 3MEW A; 1G3Y A; 1K0S A; 2JXB A; 2AHJ B; 3E9F A; 2HDA A; 4PLI A; 3QWY A; 5M9O A; 2V1R A; 1MND A; 1VQO A; 2BTT A; 1OZ3 A; 2DX1 A; 1WHK A; 4LDU A; 4XTV A; 1KQ2 A; 2K5I A; 3CBM A; 3PNW C; 1JJ2 A; 2ZZD A; 2LP5 A; 4GLM A; 4KH1 B; 3IQL A; 2LDM A; 3OS2 A; 2VC8 A; 2XKO C; 1VQL A; 2VUB A; 3L2V A; 3CCJ T; 4QT7 A; 3CCJ Q; 3CCS Q; 3CCS T; 3X25 B; 2VKN A; 3UA7 A; 3RES A; 1QVP A; 3VYG A; 2GFA A; 1H3Z A; 2PVD B; 2FEI A; 4KGZ B; 3OYY A; 5CR2 A; 3C12 A; 4C92 D; 2R5M A; 1D0Y A; 3OYC A; 3M4Y A; 4M7D B; 1AZE A; 4M7A B; 3A98 A; 2K5F A; 1YCS B; 2IPO B; 1LCK A; 4VUB A; 2CZ1 B; 2PVG B; 5EG2 A; 1OQK A; 1E6G A; 2KQW A; 3SWN C; 3OS0 A; 4RTV A; 5GMK h; 4LUE A; 2AZV A; 1Y57 A; 2CUD A; 1NZ9 A; 2NUT A; 5DLQ E; 2RQW A; 2O9S A; 4FSS A; 1JXM A; 2D8H A; 2LNV A; 5ECA A; 3CME T; 1SKU B; 3CME Q; 2EKH A; 2XIC A; 4J9I A; 1K9M C; 4PJN A; 2P0K A; 4M75 G; 2KYM A; 5LJ5 d; 1U1T A; 1R77 A; 1NBE B; 3ZFJ A; 1YJW A; 1Q82 R; 1BKB A; 2L5Q A; 1PD1 A; 2B8A A; 3MEV A; 1YNZ A; 1NYF A; 1Q82 C; 3PVQ A; 3JCM Q; 3RER A; 2ZGW A; 2QGG A; 2X4Y A; 3TQ7 P; 2CDT A; 2BIV A; 4DQ2 A; 2I2L A; 2M1H A; 3G6E A; 2VGN A; 4XQ3 A; 3THK A; 1YIT T; 1YIT Q; 2PZ1 A; 4CC4 B; 3TRE A; 2J7I A; 1I1J A; 2PUO B; 1VQP A; 1QLY A; 1Q82 U; 2DPP B; 2DAQ A; 4ZNX A; 4Y28 E; 2DXT A; 3QWX X; 4X34 A; 1Q81 R; 1JB0 E; 4PJL A; 3QG1 A; 1Q81 C; 3VU3 C; 2E1H A; 4O5V A; 3RR6 A; 1WJR A; 3MKD A; 2YT6 A; 3R6N A; 2GNC A; 4LUD A; 2XDB A; 1QWE A; 5CQY A; 4RG2 A; 4M77 G; 3OYH A; 2NUZ A; 1UGV A; 3JCM b; 1C1A A; 5KYW B; 2HL3 A; 3CCE T; 3CCE Q; 1Q81 U; 1IHV A; 1ZSZ B; 3BY7 A; 5KYX A; 4ORZ A; 4RTW A; 5GAN 6; 5FWC A; 4J7F A; 1YHQ T; 1YHQ Q; 4PJJ A; 5LJ3 g; 2KSS A; 3FB9 A; 1YJ9 T; 1YJ9 Q; 7AT1 B; 4RTZ A; 2RQR A; 1QCN A; 2DTH A; 3CCV T; 1SRM A; 4RTU A; 1KQS A; 1M1F A; 4M78 B; 1OOT A; 4C5E A; 5GAO r; 1QQJ A; 1UGS B; 4LN2 A; 3KFV A; 2K79 A; 2LCS A; 2EBP A; 5IT9 E; 2CZ6 B; 2MF2 A; 3EAE A; 1N27 A; 2A08 A; 3QSU A; 3HFN A; 3SDZ A; 4JS5 A; 4LDV A; 4IUQ A; 2FHD A; 3LX7 A; 3OW2 S; 5D6Y A; 4J9E A; 2ZAE A; 1ZUK A; 1TSF A; 1UHF A; 2XI9 A; 1VQ8 T; 1VQ8 Q; 1PD0 A; 8ATC B; 2OTJ A; 5IHI A; 4C8Q D; 2OTL A; 2MI6 A; 1YCY A; 4CC7 A; 5J26 A; 2DVE A; 1V1C A; 3A8M B; 1IGQ A; 3Q1J A; 1Y71 A; 4X9C A; 3RUX A; 1D1C A; 4LE9 A; 2BE7 D; 2ENM A; 3OQ5 A; 2QGF B; 3ULR B; 1W2B P; 4KUI A; 3T9N A; 1QVG P; 1Q86 R; 1UGP B; 2RQV A; 3C0C A; 4ATO A; 4B9W A; 2QI2 A; 4A4G A; 1Q86 C; 1OEB A; 4F04 B; 4IUT A; 1TUC A; 2E6Z A; 2EYQ A; 3MP6 A; 3JB9 I; 3EH2 A; 4LD9 K; 4J9B A; 1UG1 A; 2PTK A; 3FJP A; 2QEX Q; 2QEX T; 3CCQ A; 2EGE A; 4K11 A; 1GBQ A; 5KYN A; 1VQK T; 1VQK Q; 5CQX A; 1FX7 A; 5HK3 A; 2ATC B; 2MAM A; 3S3N A; 2DXB A; 3WVD B; 1RAC B; 2KRN A; 1Q86 U; 5GAM e; 2JT4 A; 3VS0 A; 1S72 A; 3CC2 A; 2RMO A; 4KT0 E; 3OBW A; 2D0Q B; 5D7U A; 3M0U A; 2E6N A; 5GAM j; 2BKD N; 2VAS A; 3INZ A; 3TCJ A; 2M16 A; 3DB3 A; 1UEC A; 3VYH B; 3M0S A; 3LGF A; 4PJO D; 5AYF A; 3CCR A; 4LD6 A; 2KAF A; 3S3O A; 3CD6 T; 3CD6 Q; 1QVF A; 3X28 B; 1RI0 A; 3CC4 T; 3CC4 Q; 3CPW S; 2ZPF B; 2HNI A; 1KHI A; 4Q5W A; 1WLP B; 3GPL A; 2K3X A; 1FMK A; 5CKF A; 2CZ7 B; 5LL6 S; 1QW1 A; 4CI0 C; 4MML A; 1DJ7 B; 2K3Y A; 2VXE A; 4FYX B; 3I35 A; 2HD0 A; 3GLX A; 1I5L A; 4WTO B; 2YRD A; 2RH2 A; 4OB3 B; 2HSE B; 4L6V 5; 5I2M A; 1WPY A; 3DB4 A; 2LX7 A; 2YRC A; 3CCS A; 1JU5 C; 1IZ6 A; 2DJZ A; 3KBG A; 1T3L A; 5KYW A; 1HK9 A; 3HRT A; 1VYV A; 2KYB A; 2FRW A; 1K9A A; 4D8D A; 1M1K R; 3UPU A; 2GFU A; 1M1K C; 1TTH B; 2O31 A; 2LJ1 A; 1Q95 G; 4OB2 B; 2E41 A; 1M8M A; 3JCM e; 1LOJ A; 3EG9 A; 5GAN f; 4M7D G; 4M7A G; 3E1S A; 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