2QHYA

Crystal structure of protease inhibitor, mit-1-ac86 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qhyA00
3VFAA 5P4KA 4Y3RA 5ISKA 3NU5A 9HVPA 4GJBA 4NJTA 3PI5A 4K9HA 3EBZA 3C9XA 2EWYA 1IZHA 3BGCA 5OZGA 1LYAB 3ER5E 5P04A 4EP3A 1YX9A 1MSNA 5P3TA 4E43A 3PMYA 3UF3A 2QHZA 5P86A 2OHLA 5P8KA 3FX5A 4Y3WA 4ER4E 3DUYA 2QD8A 2UXZA 5P8QA 4U8WA 4Y50A 1G35A 5F01A 3LZSA 5KR8A 3KDDA 4OBZB 3DOXA 5P2JA 5P6KA 5P3MA 3ST5A 2Q54A 1BVEA 3O9BA 5P07A 3HLOA 3UHLA 4J55A 4MC6A 5P29A 1GVTA 2FXEA 2QU3A 4Y6MA 2PC0A 3OXVA 1K6PA 5UPJA 5ISJA 3VFBA 5P6VA 5P35A 5P1YA 1FEJC 1T6EX 4Q5MA 2XFJA 2VJ9A 1AAQA 3O9GA 5P2RA 5P7SA 4KE0A 3IXJA 2F3KA 2QZXA 2VIZA 3SM1A 5OZ3A 3FNTA 5P2DA 4OBJA 3WZ7A 2I4DA 5P15A 5P5PA 4YD6A 5P4VA 4DQFA 1ZPAA 4DQBA 3UQXA 3TOFA 4RGHA 1EAGA 1A8GA 1AZ5A 4ZPEA 5P4QA 1GVWA 5P38A 1HVLA 3SA5A 1OEXA 5P2MA 1HVCA 2G1RA 1GKTA 2PSGA 5P2NA 3TPLA 5KQYA 4L1AB 4OBDA 2I0DA 5DPZA 2WEAA 2FNSA 1FMBA 2VS2A 4JOOA 3QRSA 5P76A 1A94A 2BKSA 4GB2A 1BV9A 3QVCA 2WF3A 3TKGA 1EPQE 4Y53A 1NH0A 7HVPA 1SDVA 4Y56A 3APRE 1SMEA 3T3CA 4FM7A 5I3WA 3B80A 5JFUA 5JFPA 5OZ8A 4FRJA 4M8YA 5DQCA 1QBTA 2FLEA 5P7MA 1HSGA 2O4NA 1D4HA 1EC3A 5P0RA 1E81E 5P0VA 4QJ6A 2WF4A 4Q1XA 1DMPA 5AH8A 3BXSA 2J9JB 4MC1A 5P2EA 5P2IA 5P4FA 3NDXA 1LZQA 3IXKA 5HTZA 3UDYA 4JECA 5P1WA 5P7FA 1QBUA 5P7XA 1IZEA 1HHPA 4CKUA 2QMGA 4YOBA 3KFSA 1UH7A 3IXOA 4OBKA 3UTLA 4BFBA 2FDPA 5OZ7A 4FRSA 5P1UA 3D91A 5HDZA 2B8LA 1DIFA 2NTRA 5P5SA 5OZAA 3QRMA 2HM1A 3BGBA 5P17A 5P0LA 5P5JA 3EKPA 3K1WA 2NR6A 2Q63A 8HVPA 5P3XA 4R91A 1FFIC 2I0AA 5P56A 3EKTA 5B18A 3U6AA 5P44A 3OTSA 1G6LA 4A6CA 4DH6A 5P1KA 5P1IA 4EP2A 2BPWA 3DV5A 2R9BA 1G2KA 5P8LA 3EKVA 1D4LA 5P02A 2IS0A 1TW7A 5HD0A 3PLDA 1SH9A 3UDPA 1D4SA 4F74A 5P5AA 2F3EA 4Q1WA 4Y5NA 3IAWA 4Y47A 1YTIA 1LF2A 2NNPA 5P0DA 4AZYA 5IVRA 5P49A 4TRYA 5P5QA 1XL2A 3VLAA 2Q5KA 4HDFA 5P32A 5OYSA 4GMIA 3HVPA 3OOZA 3MWSA 5P00A 5P5KA 5P7QA 4Y41A 3RU1A 3S53A 5P03A 4TRWA 1W50A 1BDQA 2OHRA 3OU4B 5C9FA 5P2ZA 5P1NA 1BWBA 4Y51A 3QRVA 3KMYA 3HAWA 4QJ8A 1HTRB 3FSMA 4LXAA 3ZKSA 3T11A 1SIVA 1AJXA 3DK1A 2ZDZA 2ZGAA 5T4SA 3JW2A 5P7IA 2WKZA 5P72A 3D3TA 5P8MA 1HVKA 1B6LA 3NWXA 1KJ7A 5P4OA 4FGXA 5P5RA 4J0TA 1YTHA 4YD3A 2PWRA 4RCDA 2V11C 1FFFC 4DJVA 4Z50A 4CPUA 1B5FA 5P0FA 1T3RA 1MT8A 3KN0A 2QP8A 5COOA 5P60A 3WSJA 5HVPA 1MRXA 4MC9A 3K5DA 3NDWA 5P12A 2G1SA 5HDXA 3NSHA 5CLMA 3K5GA 5HCOA 1IZDA 4FIVA 3SPKA 3O9CA 4N00A 1N49A 1NPWA 5P3PA 3U7SA 4GJ7A 1D4YA 4K4PA 3BUFA 3Q4BA 5P4CA 4B70A 2WL0A 4L6BA 1TSUA 3UFNA 3WZ8A 4DV9A 2PQZA 5OYYA 4J1HA 5P8VA 3NU4A 4AUCA 3IN4A 4R92A 4L7JA 3CIBA 3AUPA 4CPXA 4Y4GA 5SY2A 3OUDB 5P42A 4J0YA 3EKQA 5P0PA 4DJOA 5OZMA 3VYEA 1C70A 1PSAA 4YD7A 2OHUA 1U8GA 5AH6A 4FAEA 5P6CA 3OHFA 1YTGA 4ZEAA 1LYAA 2Q15A 3LINA 3O99A 3IVHA 3KFRA 4B1EA 2V12C 3CKRA 5P7WA 5P1TA 3CICA 5HCTA 2IENA 4OBZA 5OZJA 2QMFA 4CP7A 1DP5A 1FQ4A 2HPFA 5HE7A 4DJRA 2R5PA 1EPLE 3CKTA 2J9KA 5P7NA 2P8HA 4RCFA 3ER3E 5P6MA 5P2WA 5P4RA 3UQUA 4DVFA 2OF0A 1ZJ7A 5P78A 3K5FA 1FKNA 4CPWA 3ZMGA 5AH7A 3DCRA 1MT7A 1XN3A 1D4IA 1ZAPA 1ODWA 4Y3HA 1MT9A 4KB9A 5KAOA 2G20A 5P6AA 2RKGA 1HSHA 1QBRA 5OZ5A 2QZKA 2HIZA 3QROA 4NPUA 1A9MA 1BWAA 1KJHA 3VCMA 3LIZA 5P8TA 5P6GA 3R2FA 2VIYA 4Y35A 2IKUA 1LYWB 2B7ZA 2IKOA 5P2KA 1FB7A 5OZ6A 2AVSA 3GGAA 1HXWA 1ENTE 2AVVA 4BELA 5I3VA 2Z54A 5P0NA 1BV7A 3WZ6A 4BFDA 1W5XA 4L1AA 2G94A 1MESA 2O4LA 3KDBA 4B05A 3UDHA 6APRE 3QBFA 2QAKA 3NYGA 3LZUA 3S43B 5P2TA 5P1EA 1GVVA 1KJGA 3RTHA 1NPVA 2BB9A 2QI1A 1IDAA 1BBSA 3INHA 4R95A 5OZZA 3TOGA 5KOSA 4FM6A 2P3BB 2QHYA 5EZZA 3NUOA 4DUSA 2G1NA 4YCYA 5P2XA 3ZKIA 5P8HA 3KDCA 1UH8A 3S45A 1D4KA 5OZOA 3PWRA 3NXEA 5OZ0A 3SM2A 3TNEA 3MXEA 5P53A 5P5LA 5P0HA 3UCBA 4I0IA 3EM3A 3BXRA 1MSMA 2OHPA 5P7EA 2R38A 1LS5A 3NU9A 3GW5A 5P0IA 1HIVA 5P1DA 3LHGA 1SMRA 1SDTA 5P80A 2QMDA 2R5QA 3ZKQA 4F73A 2PK6A 2P3AA 4PZWA 4Y57A 5KQFA 1T7IA 4J1FA 4COEA 5P3BA 4D89A 3I7EA 4TVGA 1F34A 4Y3EA 4RRNA 4HE9A 2BPYA 3OAGB 1RPIA 1TCWA 4NKKA 5KR2A 5P4WA 5COKA 3UPJA 3PEPA 4EJDA 5P70A 1W6IA 5P63A 4Y5EA 5DR8A 3I25A 2CEJA 1MIQA 4Y54A 5P7GA 2A4FA 5OZYA 4ER1E 2BKTA 4HEGA 1W6HA 4FS4A 5P41A 5ENMA 1TSQA 2AOGA 4APRE 4GJDA 4RYCA 4RVIA 2PWCA 2QI5A 5OZNA 2P3DA 2VNMA 5P08A 5P74A 5P10A 3OGQA 3OUAA 4GYEA 4I10A 3OXWA 4DQGA 3FNSA 5P50A 4J1IA 1Z8CA 3D1ZA 2WF0A 3SA7A 3F9QA 5P3DA 2R8NA 2G27A 4I0DA 5P3JA 5P89A 2O4KA 5P3GA 1T6GA 2I4VA 3BC4A 3GGUA 3TLHA 1RL8A 4H1EA 3HBOA 3Q5HA 5P47A 5P2YA 1KZKA 2MIPA 3EKXA 1FF0C 3OU4A 3APPA 4YHQA 4ZE6A 5DQ2A 5P0WA 4J1KA 2Z4OA 3PSGA 5P5CA 3KYRA 1FG6C 2P3CA 3OU3A 1LYBB 5P09A 4I0FA 3ZKNA 4Q1NA 5P7BA 1K1UA 5P73A 3PJ6A 4Y45A 4Y48A 2Q55A 4K4RA 2ASIA 4Y3YA 4ZPFA 4B77A 2VIJA 4D83A 3VLBA 1HIHA 3OQ7A 5P5HA 1LF4A 4EQJA 1TZSA 3SA8A 4DPIA 5P52A 2ANLA 5P65A 5P11A 4GJCA 5KR0A 3D1YA 3ZLQA 4HZTA 4EJKA 4F75A 2P4JA 2NPHA 3M9FA 3D1XA 5P4UA 1TCXA 5OZRA 1G0VA 1LEEA 6UPJA 1APUE 5P2HA 1XN2A 4U7VA 4B0QA 2V0ZC 1CZIE 4EYRA 4ZPGA 5P1FA 1SDUA 2A1EA 3N3IA 4LL3A 4A6BA 3SKFA 4Y5GA 3T7XA 1IDBA 5P0OA 4Y39A 5P77A 3PWMA 5P20A 5IE1A 2VA7A 3T7PA 2R3TA 4Y3LA 2QI6A 4Y3DA 1T7JA 5AHCA 3UDKA 1K2BA 4X7IA 5OYVA 2WHHA 5P7OA 5OZIA 3OUDA 4Y3TA 3VUCA 3SAAA 3EL9A 5P4DA 3O9DA 5P7PA 5P8IA 5P4GA 1M4HA 3PCZA 2ER0E 5P1RA 5P5DA 5P3KA 3LNKA 4OC6B 3G6ZA 5CONA 4Y44A 2XFIA 5P22A 4DJUA 3O9LB 2NMYA 5P46A 3H5BA 1MERA 5P1MA 5P2GA 5P5WA 5OYTA 5P6EA 1MRWA 5P2FA 5OZTA 5P4BA 3UDMA 4Y3JA 2WF1A 1J71A 1APVE 2QI0A 5OZQA 3L3AA 1DW6C 3OOTA 1FQ8A 4NJUA 5P6HA 5P6YA 3ZPUA 5DR0A 5P4YA 4XXSA 2FDDA 3WB5A 5P30A 4ACXA 5P8GA 5P3WA 3CYXA 3INFA 5P2QA 2OHKA 4B78A 1APWE 5P4IA 1EBYA 3SFCA 2AZ8A 3T7QA 3O9AA 4LAPA 4Y3AA 2JJIA 1OHRA 2ER7E 2ZJLA 4FE6A 3D20A 4XX3A 3BVAA 1DPJA 1GNNA 1LYWA 4FCOA 1BDLA 3BRAA 3IVIA 3WB4A 3PMUA 3LZYA 5OZVA 5P19A 4Y4AA 3L5EA 1HSIA 5P7ZA 5P6IA 2F8GA 4YCKA 5P81A 5P7VA 5P5NA 5OZUA 3G72A 4PHVA 5P8SA 4I0JA 3SA6A 5P5YA 4Y5AA 1T7KA 2FDEA 3EXOA 5P75A 5OZ4A 4APEA 5OYWA 3ZOVA 1YM4A 4H3GA 4Y58A 3S43A 4H3JA 5BWYA 3BUGA 1JLDA 5P40A 2BPXA 5HE4A 5P0XA 3QAAA 5P1ZA 2RMPA 1SGUA 2P3BA 3PSUA 1EPOE 1C6ZA 3SA3A 3KFPA 4Y4ZA 3U71A 1XS7D 3OK9A 5P3QA 1B6JA 4FM8A 1SP5A 3EL0A 5P58A 4ZSQA 2ZJIA 5P0JA 1NSOA 5P6PA 4WTUA 5EZXA 5P0UA 3AIDA 5P6UA 3KT2A 5OZHA 1RQ9A 4Y4TA 5P8PA 2IQGA 4D85A 1B6MA 1VIJA 5DR4A 5P5FA 2O40A 5P14A 3MSKA 5OYUA 2QI4A 5P28A 2UY0A 3S54A 5P0ZA 3PM4A 5P37A 4DJYA 2NMZA 4I11A 5P0EA 5P33A 3VEUA 3OAGA 5AH9A 4QGIA 3FV3A 5P62A 2VIEA 2V13A 4Y37A 5P3NA 3ZKXA 5P31A 3S85A 5P3YA 4J1EA 5P6TA 2AOFA 5P0SA 4I0GA 2B42A 4Y5KA 5HDUA 1BXOA 4RLDA 1OEWA 4D88A 2IDWA 4RRSA 2G1YA 2BPVA 4YDFA 1GVUA 3ZL7A 3GI6A 5P7KA 4TVHA 2QZLA 4LBTA 3HVGA 1FMXA 3PBZA 1HPSA 1SBGA 1C6XA 3NU6A 1PROA 3VYDA 1AIDA 1EPME 1HOSA 3VF5A 1META 5P0BA 3R0YA 1KJFA 1YT9A 5P3IA 5P57A 4LXKA 5P7UA 1B11A 1MEUA 1HTGA 4J0ZA 5P82A 4DJPA 2IGYA 5P4MA 4BEKA 4GJ9A 2OHSA 5P34A 3TPRA 1FLHA 5P64A 4I1CA 4HDBA 1PSNA 4AA8A 4H3FA 1SIPA 1FQ7A 1GNOA 5OZDA 2AIDA 5P26A 4Y43A 3VF7A 5P2BA 3OQFA 3NUJA 4Y36A 1W5YA 4KUPA 3QP0A 2ER9E 2HC0A 4RCEA 1HVSA 1LYBA 3UDJA 5P5UA 4Y3PA 4Y3FA 2G26A 3VYFA 3PRSA 3NR6A 4Y3SA 5P3VA 1M0BA 2Q11A 1QS8A 2VJ6A 3PCWA 4Y4JA 4HLAA 5P6SA 3NLSA 4DFGA 2ZHTA 3RSVA 1TQFA 4GJ8A 3KF0A 1B6PA 2AOEA 3PLLA 4L7GA 5P8FA 1GVXA 4JPCA 5P8OA 1HVHA 3LIYA 3O9EA 1UH9A 5DQ4A 3PVKA 2RENA 2PSUA 3MSJA 3SACA 4QJ2A 5SXNA 4EPJA 5P7TA 5C9DA 1ODXA 2JYSA 2QHCA 4H3IA 4AMTA 4I0ZA 1PPME 2OHMA 4FSLA 3DJKA 5P3EA 1CMSA 1AJVA 1GNMA 1EC2A 4J17A 1Q9PA 3OUBA 3LZVA 5P1LA 1YG9A 4U7QA 2WEDA 5P45A 5P06A 3UDNA 7UPJA 5OZSA 3S8IA 5P6WA 5P1GA 5P01A 4B00A 4YDGA 1D4JA 4YA8A 2NXDA 5P1BA 1B6KA 3LPKA 5P7DA 1ER8E 4OD9B 5FIVA 4WY1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VFA A;  5P4K A;  4Y3R A;  5ISK A;  3NU5 A;  9HVP A;  4GJB A;  4NJT A;  3PI5 A;  4K9H A;  3EBZ A;  3C9X A;  2EWY A;  1IZH A;  3BGC A;  5OZG A;  1LYA B;  3ER5 E;  5P04 A;  4EP3 A;  1YX9 A;  1MSN A;  5P3T A;  4E43 A;  3PMY A;  3UF3 A;  2QHZ A;  5P86 A;  2OHL A;  5P8K A;  3FX5 A;  4Y3W A;  4ER4 E;  3DUY A;  2QD8 A;  2UXZ A;  5P8Q A;  4U8W A;  4Y50 A;  1G35 A;  5F01 A;  3LZS A;  5KR8 A;  3KDD A;  4OBZ B;  3DOX A;  5P2J A;  5P6K A;  5P3M A;  3ST5 A;  2Q54 A;  1BVE A;  3O9B A;  5P07 A;  3HLO A;  3UHL A;  4J55 A;  4MC6 A;  5P29 A;  1GVT A;  2FXE A;  2QU3 A;  4Y6M A;  2PC0 A;  3OXV A;  1K6P A;  5UPJ A;  5ISJ A;  3VFB A;  5P6V A;  5P35 A;  5P1Y A;  1FEJ C;  1T6E X;  4Q5M A;  2XFJ A;  2VJ9 A;  1AAQ A;  3O9G A;  5P2R A;  5P7S A;  4KE0 A;  3IXJ A;  2F3K A;  2QZX A;  2VIZ A;  3SM1 A;  5OZ3 A;  3FNT A;  5P2D A;  4OBJ A;  3WZ7 A;  2I4D A;  5P15 A;  5P5P A;  4YD6 A;  5P4V A;  4DQF A;  1ZPA A;  4DQB A;  3UQX A;  3TOF A;  4RGH A;  1EAG A;  1A8G A;  1AZ5 A;  4ZPE A;  5P4Q A;  1GVW A;  5P38 A;  1HVL A;  3SA5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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