2QI0A

Crystal structure of protease inhibitor, mit-1-kk80 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qi0A00
5P7MA 1AJVA 2P3AA 3TPJA 3QRSA 4Y5GA 4E43A 1FQ7A 3MSJA 5APRE 1PSAA 3SA3A 2HB4A 5P83A 3HZCA 5P4EA 2RKGA 1GVTA 5P7VA 4J1KA 2ER0E 3UQRA 1YM2A 3HVGA 1NPWA 3OOZA 5P6SA 5P6XA 3IXJA 3CICA 5P40A 4J0YA 5OYZA 4F74A 1AM5A 4B77A 3NXNA 3TKWA 3VV8A 5KR8A 1LYWA 4A4QA 1UH9A 4Q1NA 5P87A 5P7HA 5P4BA 1UH8A 3SPKA 2WF0A 3PRSA 2BJUA 2G21A 2Q54A 1ZPKA 3KFRA 5OYTA 5P77A 5OZ9A 5ENMA 5P6VA 1LYAA 3NDTA 2WJOA 4GJAA 5P2KA 1EPLE 2ER7E 3D91A 1E81E 2B42A 1VIJA 2IL2A 5P0SA 4JECA 1HVJA 3PLDA 2B7ZA 5BRYA 4YOAA 1SGZA 3NU4A 1ENTE 4KB9A 4RRSA 3LPKA 3PEPA 5P0RA 4A6CA 2Q3KA 2FNSA 1LYAB 2O4SA 1PROA 4I12A 5C9BA 2I0AA 4HE9A 5C9FA 3Q4BA 1FKNA 3OWNA 5P24A 3ZMGA 4R5NA 4H3JA 4EWOA 1B5FA 5OZMA 3L5FA 5P35A 4Y57A 5P67A 4Y5EA 2ASIA 1QS8A 1FMBA 1MSNA 3O9IA 4Y3PA 2O4PA 5P1HA 2ZJKA 1ER8E 4ZPGA 5P1PA 1B5FB 4Y3FA 4GJ6A 3NWXA 3HVPA 5P0LA 2ZHRA 2HB3A 5P5WA 1G6LA 1IVPA 5P0ZA 1MIQA 1QBUA 4Y3GA 5DGUA 5KR0A 4Y5MA 1TW7A 3KT5A 4KE1A 4K4PA 3R0YA 5P7DA 2P3BA 2XYEA 5OZCA 5P53A 4ZLSA 5J25A 5OZLA 5P6BA 2PSVA 5P4FA 4FCOA 5P6CA 5P7IA 2JJJA 5P2MA 4CP7A 5P39A 2AIDA 4YOBA 5OYUA 3VUCA 3VYDA 5OZFA 5P8SA 5P2JA 1SDVA 5P30A 5P3WA 4X7IA 5OZ0A 2P3BB 5P8RA 5I3VA 1YTIA 3GI0A 2WF4A 4ACXA 5DQ1A 1SDUA 3NDUA 5P7KA 5KAOA 3KDDA 3R1GB 5KQYA 5P23A 3ZKSA 3OQAA 5HU1A 5P0FA 5P6IA 2Q63A 3S85A 3RU1A 3MXEA 5P81A 2Q64A 2QNQA 4TRWA 5P34A 5P71A 2MIPA 3PWRA 4HEGA 2PH8A 2OHPA 3LNKA 5P2BA 1RL8A 5P2DA 4EXGA 5P4ZA 4OC6A 4ZSPA 3O9BA 2AOHA 5HDVA 3NU3A 3OXXA 5P4JA 3RTMA 1G35A 2QZXA 1MT7A 2VIZA 1FG6C 2APRA 5E5JA 1TCXA 2P83A 3S45A 3EMYA 4AMTA 5P26A 5P1CA 1BV7A 1W5XA 2WECA 1OEWA 4NJVA 3ZPUA 4OC6B 3NWQA 5P7QA 3ZKMA 3KM4A 5AHAA 5P66A 5P4QA 3NDXA 4XXSA 3SLZA 1T3RA 4LL3A 3EM3A 5BWYA 2QNNA 3GGVA 3O9HA 5DR1A 3S43A 4YA8A 1DPJA 3OOTA 4GJ5A 2QI7A 2XFJA 3KMYA 5JG1A 1J71A 2QI0A 5P0CA 3MXDA 5P18A 5P1QA 1B6MA 4ZPEA 2ZYEA 5P8VA 1HVIA 5P8AA 5P7YA 5P7XA 4Y5BA 2Q55A 1EBYA 2QZWA 3S43B 5OZIA 3IA9A 5P6UA 4QJ9A 4EXHA 5P0JA 3EKVA 5P4KA 2JXRA 3PJ6A 1QBTA 5P3BA 4Y3WA 4OBJA 4QJ6A 5P3JA 4HA5A 1EPNE 5P3VA 1T6GA 1BAIA 3DV5A 5P1ZA 5P29A 2PQZA 4DJPA 3INFA 3ZOVA 3ER5E 4DPIA 2I4DA 1EEDP 1PPKE 1T6EX 3I7EA 1GNMA 2F81A 2VIEA 3TOGA 3B80A 5EZXA 4DJOA 2QMFA 4HVPA 1PFZA 5P62A 3JVWA 5P5JA 2QP8A 3R2FA 3IAWA 4YD7A 4ZSMA 3SA8A 3HDKA 3PWWA 3OUDA 3CKPA 3I8WA 4Y3HA 5P44A 2J9JA 2R3TA 1KJ4A 3OXWA 2FDDA 1C70A 5P86A 5P64A 5KR2A 3VYFA 5KQZA 3UPJA 2OHUA 5P70A 1HTGA 4YD6A 4AUCA 5DQ4A 5P09A 1EAGA 3OUDB 4EYRA 2PC0A 4GJBA 5TOLA 1SDTA 5P3UA 3OADA 1B11A 1E80E 2QZLA 2V16C 2J9JB 4H1EA 5P45A 2H6SA 2RKFA 5P88A 1DW6C 4RCEA 1FGCC 2G26A 3IXKA 3WZ7A 3ZKIA 4NKKA 5P0BA 5P08A 5P37A 4ZIPA 2HPEA 3EC0A 5OZ4A 5P8GA 5OZKA 1BXOA 7HVPA 5AH6A 1MUIA 3OADB 3DCRA 2R3WA 4Y35A 3PBZA 1C6YA 3S8IA 4LHHA 2IKOA 5P31A 5P5YA 2P3CA 4WTUA 5P06A 4BEKA 1TSQA 1M43A 2UPJA 5OZSA 5OYRA 2F3EA 4MC2A 5P48A 2WKZA 5DPZA 3OQKA 3KYRA 2WEDA 4B1CA 4I11A 4RYGA 5P0MA 2V00A 1LF2A 2FIVA 5OZQA 1UH7A 1OEXA 2I1AA 3LIVA 3UQWA 4DJQA 3UDMA 2WEZA 5COKA 1SIPA 2G27A 3NYGA 2FDPA 5UPJA 4OBFA 4CPWA 1ZLFA 4J54A 3VV6A 2HS2A 3A2OA 4YBFA 2QD6A 2XFKA 1FQ4A 2PYNA 3SAAA 4Y43A 4GJ7A 2OHNA 5P1VA 3IGBA 2CENA 5P4TA 4B1DA 4Y5LA 1GVWA 3OXCA 5P01A 3PVKA 2QI1A 2R5PA 5P2CA 1G0VA 5P8JA 3R0WA 3UDHA 2P4JA 5P7FA 3F9QA 3JVYA 1QDMA 2QU2A 3K5CA 2ZHTA 5P2IA 3EKYA 4EP2A 5P6NA 5P14A 1HPSA 4Y58A 3OUCA 1MERA 4YD3A 2RENA 5P8PA 3SA7A 3ZKGA 3LIZA 2G94A 2VJ6A 4Z2ZA 1NSOA 5P2XA 5E5KA 5P75A 2QZKA 5P12A 3O9GA 3GGUA 1HVKA 5P36A 2AZ9A 1ZBGA 2ZJMA 3BVAA 5OYWA 4R91A 4AA8A 1YG9A 2IENA 3D20A 2QI3A 1KZKA 3VG1A 4EPJA 4R8YA 2AVVA 4LC7A 8HVPA 2JE4A 2I4WA 3K4VA 4KUPA 2IGYA 5P58A 2O4NA 3O9EA 2IKUA 1EPPE 3SKFA 5KR1A 2NMZA 5P7CA 5P20A 3TPLA 4Y4EA 4JP9A 3DOXA 3OAGB 5OZZA 2FLEA 3URIA 5P5MA 5P5CA 3PHVA 2NNKA 5P1FA 5P5GA 2AZCA 5P4YA 2R5QA 5P1JA 3LPIA 4Y3LA 3KT2A 3Q6YA 5P8BA 3BHEA 2WF2A 3K4VC 4OBGA 1E82E 3EKTA 4ER2E 5P1TA 5ISKA 1RQ9A 5P5IA 1HEFE 3LZUA 4RLDA 3OHHA 4HDFA 5P5NA 5P6KA 1D4JA 5P27A 5P3QA 3INHA 3CIBA 5P43A 3NSHA 1EC2A 5P54A 4QJ7A 4LXMA 1FLHA 3OHFA 5T4SA 5P2WA 4YCTA 3LIXA 3DK1A 3H0BA 2HB2A 4Y3MA 4R95A 5P2OA 5P6DA 4I0ZA 3G72A 2CEJA 2QI6A 2PSGA 4PYVA 5P50A 4DJRA 1PPLE 1EBWA 3LIQA 3IVIA 4L7GA 2VIYA 2CEMA 3N3IA 5P5XA 4DV9A 3ZKNA 5OZ7A 3FSMA 4D88A 3VV7A 2ZJHA 5P8UA 1TQFA 4I8ZA 1LF3A 1DP5A 3PB5A 3UFNA 3SM2A 2B7FA 1VIKA 5P6ZA 5P8HA 1W51A 4J0ZA 3SKGA 2OHTA 4Y3ZA 3UDRA 1HRNA 2BB9A 5OZ1A 1ZSRA 5P2UA 4J55A 3AIDA 3URJA 4DUSA 1GKTA 1GVXA 4J0PA 3VF3A 2QD7A 2EWYA 3TKGA 1GNOA 3GGXA 4QGIA 1RV7A 2JYSA 1OHRA 4B78A 3DV1A 3S7MA 1AJXA 5P22A 4J1EA 4GJCA 3RVIA 5OZ6A 2QI5A 5HVPA 1MT9A 5B18A 4J0VA 3C9XA 4UPJA 5P3RA 4I0FA 1Z1HA 2V0ZC 1FEJC 4YD4A 5P6OA 3KN0A 3OTYA 4MC6A 1DIFA 1DAZC 3CYWA 5JFUA 5P5HA 2F8GA 5P0XA 5P5SA 3K1WA 5P79A 3ECGA 3NU6A 5P6FA 4CPRA 2F3FA 3KDCA 5P05A 4NJUA 5P52A 5I3XA 3U7SA 3O9CA 5P5QA 4K9HA 1FQ6A 2G69A 2WF3A 2QU3A 1MEUA 3PM4A 1BILA 4Y3NA 5P5LA 4DQHA 5DQ5A 5P7ZA 5P19A 2VNMA 1F7AA 2ZJIA 1HTRB 3B7VA 3HW1A 4D8CA 5P03A 5P0KA 4XKXA 2BPWA 2I0DA 1QBSA 3K5DA 5P3HA 5IVSA 1HWRA 3UFLA 5P7GA 1FQ5A 2VA6A 3FNSA 1GVVA 5P4SA 2NMYA 1META 2OHKA 4CPQA 4Z4XA 6FIVA 5P2VA 2NXMA 2JJIA 1ZTZA 1LF4A 1PSNA 3TLHA 5OYXA 5P10A 2OHLA 3S53A 2AQUA 4Y4JA 1WBMA 2QD8A 1ODWA 2WEBA 4LBTA 2J9KA 2F80A 4I0IA 4RVIA 2UXZA 2QMDA 4NJSA 5JODA 3SA5A 5P1UA 1FQ8A 2QHYA 5P6MA 1XDHA 5OZVA 4GYEA 1HPXA 3AUPA 3L58A 5P2FA 2G22A 5P5DA 3Q70A 4HDPA 4JPEA 2ZHSA 5P4MA 1MRXA 5P0TA 4RCFA 3K5FA 3OU1A 5P65A 4GJ9A 2QI4A 2P8HA 2WF1A 1YTGA 1K6CA 2VKMA 1FFIC 5P2TA 1T7IA 3MWSA 1K2CA 5P2HA 4CKUA 4RZ1A 4Y3SA 1BWAA 2WL0A 3VEUA 5P1RA 5AHCA 1YT9A 3OU1B 2NXDA 4PZXA 5P11A 4ZEAA 3BC4A 1AAQA 5KOSA 1XL2A 5P0OA 5HDUA 2NXLA 5P68A 4TRZA 3RSXA 3SM1A 3UCBA 5OZGA 4Y6MA 3GW5A 4YHQA 2G24A 5P16A 3LZYA 5DR7A 3WZ8A 5P6EA 4Y4XA 4M8XA 2B60A 3VF7A 4FM8A 3L5CA 2R43A 5P61A 5DGWA 5P7RA 5ER1E 3SO9A 5P55A 2ZHVA 3QPJA 2PH6A 2AVQA 3S7LA 4J1IA 3VFBA 4J0TA 5I3YA 2PSUA 4DVFA 2PWRA 5P1BA 3UDKA 1SGUA 4DJUA 4LAPA 5P2ZA 4YCKA 5P13A 5IE1A 1HIVA 2I4UA 1A30A 5F00A 1PPME 3HLOA 2R38A 1XN2A 1K6VA 5P82A 1HSGA 2OF0A 1YM4A 4H3FA 5P76A 2FDEA 3UDQA 3OGQA 5AH7A 5P8KA 4NJTA 2HPFA 2I4XA 4Y4WA 5P1DA 3QVCA 5P4XA 4Y3AA 5P00A 4RRNA 4RROA 4FAFA 5P3SA 4Y5CA 4ZSQA 7UPJA 5P85A 1EPRE 2SAMA 4EP3A 4CPSA 3URLA 3KA2A 2V11C 3PWMA 3SFCA 3GI5A 2WEAA 1AVFA 2AOEA 1BV9A 2ANLA 5P7BA 2FXDA 3LIYA 4Y5AA 3BUHA 1CMSA 3NXEA 3KFNA 5P6PA 2PK6A 3INEA 1AIDA 3ZLQA 4DPFA 4CPTA 2NR6A 2B8VA 2ZGAA 2FGVA 1MRWA 2QHCA 3INDA 4DQGA 4J17A 4DJXA 2FMBA 4FE6A 1FG8C 2PK5A 3O9LB 1Z8CA 2PYMA 4DFGA 5COPA 3VSXA 2VA7A 4B70A 3BUGA 5ER2E 5P4PA 4Y45A 3LZSA 4OD9A 5P6RA 1B6PA 1QRPE 4EHCA 5P51A 5P8TA 1RPIA 2ZHUA 3DM6A 5P3KA 5P0UA 4Y54A 1XN3A 5SY2A 4S1GA 5P4WA 3TNEA 3UDYA 5DQ2A 4Q1XA 1T7KA 2V13A 1W5WA 5P3IA 2NPHA 3WZ6A 4OD9B 3QRVA 4L6BA 4RCDA 4D89A 4TRYA 5P0GA 4DJVA 5OYSA 4QJ8A 6UPJA 5P07A 3VLBA 1KJFA 4YDFA 5P1KA 3VSWA 3T3CA 3UF3A 5P1AA 1EPQE 3OTSA 4HZTA 5DQCA 5HDXA 3T11A 1SP5A 3K5GA 4KE0A 3U71A 3NUJA 5P8FA 5OYQA 2OHSA 4MC9A 3CKTA 4DI2A 5P4UA 5P17A 5P3YA 5P2NA 5P7JA 4DJYA 1MTBA 4LXAA 3NU5A 3OXVA 1D4IA 3KDBA 3D1YA 5DR4A 1KJHA 3LITA 5P42A 2QNPA 1UPJA 4BFBA 3TPRA 5KQFA 4WY1A 1D4YA 1BVEA 1HVLA 1MT8A 3PSGA 5IVTA 1NH0A 3CIDA 3L59A 5P6AA 4Y3JA 1Q9PA 2O4LA 2IDWA 2VIJA 3Q3TA 2Z4OA 5P7WA 4QLHA 3OAGA 4M8YA 5IS4A 3SACA 1W6IA 4RVJA 3IN4A 3N4LA 4DQBA 1APWE 3OQDA 2A1EA 2BBBA 1FQXA 5P5AA 5P5OA 4B05A 3O9AA 5P1IA 5P5UA 4GJ8A 2G1SA 5P59A 2IRZA 4ER4E 1HSHA 1W50A 2BKTA 3OU3A 3VCMA 1K1UA 5ENKA 3PMUA 3OU4A 1IZDA 1NPVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7M A;  1AJV A;  2P3A A;  3TPJ A;  3QRS A;  4Y5G A;  4E43 A;  1FQ7 A;  3MSJ A;  5APR E;  1PSA A;  3SA3 A;  2HB4 A;  5P83 A;  3HZC A;  5P4E A;  2RKG A;  1GVT A;  5P7V A;  4J1K A;  2ER0 E;  3UQR A;  1YM2 A;  3HVG A;  1NPW A;  3OOZ A;  5P6S A;  5P6X A;  3IXJ A;  3CIC A;  5P40 A;  4J0Y A;  5OYZ A;  4F74 A;  1AM5 A;  4B77 A;  3NXN A;  3TKW A;  3VV8 A;  5KR8 A;  1LYW A;  4A4Q A;  1UH9 A;  4Q1N A;  5P87 A;  5P7H A;  5P4B A;  1UH8 A;  3SPK A;  2WF0 A;  3PRS A;  2BJU A;  2G21 A;  2Q54 A;  1ZPK A;  3KFR A;  5OYT A;  5P77 A;  5OZ9 A;  5ENM A;  5P6V A;  1LYA A;  3NDT A;  2WJO A;  4GJA A;  5P2K A;  1EPL E;  2ER7 E;  3D91 A;  1E81 E;  2B42 A;  1VIJ A;  2IL2 A;  5P0S A;  4JEC A;  1HVJ A;  3PLD A;  2B7Z A;  5BRY A;  4YOA A;  1SGZ A;  3NU4 A;  1ENT E;  4KB9 A;  4RRS A;  3LPK A;  3PEP A;  5P0R A;  4A6C A;  2Q3K A;  2FNS A;  1LYA B;  2O4S A;  1PRO A;  4I12 A;  5C9B A;  2I0A A;  4HE9 A;  5C9F A;  3Q4B A;  1FKN A;  3OWN A;  5P24 A;  3ZMG A;  4R5N A;  4H3J A;  4EWO A;  1B5F A;  5OZM A;  3L5F A;  5P35 A;  4Y57 A;  5P67 A;  4Y5E A;  2ASI A;  1QS8 A;  1FMB A;  1MSN A;  3O9I A;  4Y3P A;  2O4P A;  5P1H A;  2ZJK A;  1ER8 E;  4ZPG A;  5P1P A;  1B5F B;  4Y3F A;  4GJ6 A;  3NWX A;  3HVP A;  5P0L A;  2ZHR A;  2HB3 A;  5P5W A;  1G6L A;  1IVP A;  5P0Z A;  1MIQ A;  1QBU A;  4Y3G A;  5DGU A;  5KR0 A;  4Y5M A;  1TW7 A;  3KT5 A;  4KE1 A;  4K4P A;  3R0Y A;  5P7D A;  2P3B A;  2XYE A;  5OZC A;  5P53 A;  4ZLS A;  5J25 A;  5OZL A;  5P6B A;  2PSV A;  5P4F A;  4FCO A;  5P6C A;  5P7I A;  2JJJ A;  5P2M A;  4CP7 A;  5P39 A;  2AID A;  4YOB A;  5OYU A;  3VUC A;  3VYD A;  5OZF A;  5P8S A;  5P2J A;  1SDV A;  5P30 A;  5P3W A;  4X7I A;  5OZ0 A;  2P3B B;  5P8R A;  5I3V A;  1YTI A;  3GI0 A;  2WF4 A;  4ACX A;  5DQ1 A;  1SDU A;  3NDU A;  5P7K A;  5KAO A;  3KDD A;  3R1G B;  5KQY A;  5P23 A;  3ZKS A;  3OQA A;  5HU1 A;  5P0F A;  5P6I A;  2Q63 A;  3S85 A;  3RU1 A;  3MXE A;  5P81 A;  2Q64 A;  2QNQ A;  4TRW A;  5P34 A;  5P71 A;  2MIP A;  3PWR A;  4HEG A;  2PH8 A;  2OHP A;  3LNK A;  5P2B A;  1RL8 A;  5P2D A;  4EXG A;  5P4Z A;  4OC6 A;  4ZSP A; 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 4RYG A;  5P0M A;  2V00 A;  1LF2 A;  2FIV A;  5OZQ A;  1UH7 A;  1OEX A;  2I1A A;  3LIV A;  3UQW A;  4DJQ A;  3UDM A;  2WEZ A;  5COK A;  1SIP A;  2G27 A;  3NYG A;  2FDP A;  5UPJ A;  4OBF A;  4CPW A;  1ZLF A;  4J54 A;  3VV6 A;  2HS2 A;  3A2O A;  4YBF A;  2QD6 A;  2XFK A;  1FQ4 A;  2PYN A;  3SAA A;  4Y43 A;  4GJ7 A;  2OHN A;  5P1V A;  3IGB A;  2CEN A;  5P4T A;  4B1D A;  4Y5L A;  1GVW A;  3OXC A;  5P01 A;  3PVK A;  2QI1 A;  2R5P A;  5P2C A;  1G0V A;  5P8J A;  3R0W A;  3UDH A;  2P4J A;  5P7F A;  3F9Q A;  3JVY A;  1QDM A;  2QU2 A;  3K5C A;  2ZHT A;  5P2I A;  3EKY A;  4EP2 A;  5P6N A;  5P14 A;  1HPS A;  4Y58 A;  3OUC A;  1MER A;  4YD3 A;  2REN A;  5P8P A;  3SA7 A;  3ZKG A;  3LIZ A;  2G94 A;  2VJ6 A;  4Z2Z A;  1NSO A;  5P2X A;  5E5K A;  5P75 A;  2QZK A;  5P12 A;  3O9G A;  3GGU A;  1HVK A;  5P36 A;  2AZ9 A;  1ZBG A;  2ZJM A;  3BVA A;  5OYW A;  4R91 A;  4AA8 A;  1YG9 A;  2IEN A;  3D20 A;  2QI3 A;  1KZK A;  3VG1 A;  4EPJ A;  4R8Y A;  2AVV A;  4LC7 A;  8HVP A;  2JE4 A;  2I4W A;  3K4V A;  4KUP A;  2IGY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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