2QI1A

Crystal structure of protease inhibitor, mit-1-kk81 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qi1A00
4XXSA 2QNNA 2ER7E 5P0BA 4IVSA 3TOFA 2V13A 2XFKA 4Y36A 3UDKA 2CEMA 4DQBA 4ZPFA 5P0GA 5P8LA 4K4PA 4RRNA 1W5WA 2WF1A 5DGUA 4E43A 4MC9A 1MEUA 3EKQA 1B5FB 1PPLE 4Y44A 3QN8A 3NDTA 3TPJA 3GI6A 1MIQA 3ZKNA 3QP0A 3OQ7A 3EKYA 2QZLA 4D83A 5KOSA 4YD5A 4LHHA 3HDKA 5FIVA 3ER3E 3N3IA 5P6PA 2AZ9A 5P2GA 1E81E 4Y3XA 1UH7A 2Q55A 5KR2A 3L59A 5P02A 5P75A 4Y54A 3APRE 3L5EA 3LZYA 4KUPA 4Y5KA 3JVYA 2ZJMA 3ZPUA 3S56A 1LF3A 4ZSRA 1PSNA 1APVE 5P3PA 3PLLA 3OHHA 2QI4A 3PLDA 1MRWA 3L5FA 1CMSA 5P5PA 1E82E 2JJJA 4FSEA 3NUJA 3ZLQA 1ZBGA 3R0WA 3UF3A 4A6CA 1JLDA 5OYRA 3SA4A 1RNEA 2PSGA 3MXDA 5P2JA 2VNNA 4LXMA 3K1WA 5HDVA 4R93A 4RCEA 2VS2A 4FL8A 5P8DA 5P7SA 2ER9E 4I0ZA 5P8UA 4LL3A 2HS2A 1EPQE 5I70A 2ZJNA 4K9HA 3PWWA 5AH8A 3WB5A 3OHFA 1HEGE 3DUYA 2QMGA 1LV1A 5P31A 3RU1A 3KFRA 4KE0A 5P4QA 1MERA 1GNMA 5DPZA 1BBSA 5P09A 1EPNE 5P5DA 2WL0A 3CIBA 5HU0A 2I4DA 1YTGA 1FQ6A 5P1WA 1ZSFA 3SA7A 5PEPA 3OADB 2G1NA 2QI5A 1EC0A 4CKUA 1GVTA 4HDBA 2QCIA 3OQFA 2BKTA 2OHUA 4I11A 5OYVA 1UH9A 3FSMA 5OZWA 2FMBA 1IZDA 3VF3A 3SA3A 2QZWA 5P0MA 2IKOA 1HTRB 5DR1A 1HSIA 5P60A 2J9JB 1APWE 2R5QA 3KFPA 2QMFA 5P7BA 5P1AA 2VJ9A 3O9CA 3TKGA 3VV8A 1HVIA 4Y5AA 4RCDA 2WEZA 4PHVA 3KFSA 3VG1A 5P8VA 4B72A 3K5FA 4A6BA 1NH0A 5P0VA 1BVGA 5P5UA 1RV7A 3QROA 1F34A 1XL5A 5P72A 3UQXA 3PHVA 1IZIA 1G6LA 2VIYA 5P08A 4K4RA 2VA6A 4I12A 3WZ8A 5P0HA 5P3LA 4CMSA 5P49A 4Y37A 4YD6A 5P3HA 3S85A 2G27A 1FG8C 2CENA 1LYWB 1OEWA 3GW5A 2PWRA 3G6ZA 3O9DA 4B78A 5P18A 1QBUA 5P2AA 5SZ9A 3VUCA 3Q3TA 4XKXA 1D4HA 1YG9A 5JFPA 5P2DA 5P22A 5OYUA 3KT5A 5OZPA 1WBMA 5P3CA 4R92A 4DFGA 2FS4A 3SKGA 5P1QA 3ZPSA 5P3NA 1META 2R43A 3OXWA 3OUAA 5HCTA 2QI1A 4B1CA 2I4QA 3CYXA 4Y39A 3TNEA 1OEXA 5P70A 4J1IA 1MSMA 3UTLA 3SM1A 1GNNA 2B7ZA 3UDYA 2FGUA 3GI5A 1XN2A 2IEOA 5P1OA 3VSXA 4YDFA 1D4SA 5P2QA 3URLA 4ZSQA 4HE9A 5P88A 1J71A 3K4VA 2OF0A 4Y3HA 5P34A 3FNUA 4Y3PA 5OZ8A 4LXKA 3OU1A 1M0BA 3OUDB 1E5OE 3T7XA 1AAQA 1HVCA 4QJ8A 2WF2A 4JPCA 4FRJA 3GGAA 5I3XA 5P64A 3GI4A 3ZKMA 1HPOA 2QI3A 5P51A 2JYSA 3BGBA 1FMBA 4R91A 3UDJA 1RPIA 1K6PA 2QU2A 3OGPA 2P3CA 5KQXA 3L5BA 5P7FA 1F7AA 4HA5A 1GVVA 2HPFA 1EC1A 5P2ZA 1DAZC 5P53A 2PWCA 1QBTA 3BGCA 4RVJA 2HAHA 3CYWA 5P56A 3C9XA 2B60A 1HSGA 4WY1A 5P3TA 2I4XA 5P1VA 3SA5A 4DJRA 5P1JA 3T11A 3T3CA 5OZGA 2V10C 1ODYA 3RVIA 5P4CA 2ZHTA 3UFLA 1A30A 3OWNA 2HC0A 3EC0A 3VF5A 4Y4JA 2XYEA 3DM6A 1KJFA 3PGIA 4Q1NA 5COOA 4DJQA 1Z1HA 5ER2E 5P4GA 5P8RA 5P2EA 5HDUA 3SABA 5P4TA 4FSLA 5P2LA 4J1CA 1FEJC 3TPPA 1XL2A 4YD3A 4PZXA 5OZUA 2AOFA 4HZTA 4QJ6A 4FRKA 2I4WA 5P6MA 5P24A 3QBHA 5P3DA 3NLSA 5HU1A 3MSLA 2IKUA 5P7ZA 3LITA 3OU1B 3PSUA 4Y4UA 4DJVA 3TL9A 1M4HA 3HBOA 3PRSA 3PI5A 5P0UA 2BBBA 5OYSA 2R9BA 4TRYA 3PI0A 2H6SA 5OZDA 3PWMA 5OYQA 2Q5KA 1DW6C 3IAWA 5P6FA 1ZTZA 4F76A 1HVSA 3TPLA 1G2KA 4QLHA 3HD8A 9HVPA 5P7IA 4FRIA 1W5XA 3URIA 5P5BA 1AIDA 5C9FA 3TKWA 2WECA 1SMRA 3H0BA 5HDZA 5P6VA 5P5NA 2VNMA 5P1PA 2WKZA 5OZEA 4J0TA 1IIQA 1FG6C 5AHBA 5ISJA 5P7YA 2QMPA 1K6CA 3OOTA 3BUGA 4PEPA 3LPJA 2PH6A 1HWRA 4RVIA 2B7FA 5OZBA 2QZKA 4Y45A 5OZ0A 3QVCA 2WF0A 4Y3EA 1EAGA 5OYTA 1DPJA 1EPME 3HVPA 1SH9A 3HZCA 5I3VA 3PBDA 1BWBA 2XFIA 2IDWA 4FGXA 3VLBA 5P3GA 5P5TA 4DJWA 4HDFA 5P65A 5P1ZA 5P00A 4I8WA 3KM4A 2AOEA 3O9GA 3S45A 4NJTA 1MTRA 2Q3KA 5P89A 7HVPA 3QI1A 3NU4A 2CEJA 4OD9B 2HM1A 5P0SA 5P2HA 5P6DA 5P73A 5P4BA 4Y3QA 3UFNA 4YBFA 3EM3A 4Z22A 1HSHA 2QD8A 5P6YA 2FXDA 5P29A 5KR8A 5P5RA 1SP5A 1B6LA 5P0WA 5P58A 3TPRA 5BRYA 1HTFA 1WBKA 5OZRA 5P7QA 1C6YA 4R8YA 1BILA 4F73A 3UPJA 5HE4A 5P4MA 3NU5A 1UH8A 5P8TA 2NNPA 1Z8CA 5P45A 2HB3A 3PWRA 4CPTA 3UQPA 1BXOA 2VIZA 5P8MA 5P1CA 4Z2ZA 1IDAA 5P81A 1B6KA 3KDDA 2PC0A 3K5GA 1SGZA 2XYFA 5P6GA 3T7QA 3O9HA 5P71A 2BQVA 3LIQA 5AHAA 3Q4BA 1Z1RA 2O40A 2AVSA 1BIMA 4YCTA 5P8KA 3S7MA 2AOCA 2OAHA 1AJXA 2WEDA 5P1XA 2AVVA 3KF0A 5C9DA 3VFBA 1HPSA 5P74A 2PK5A 3IXKA 3LHGA 4Q1WA 5P33A 5P1YA 2PK6A 2QK5A 5P79A 1EBZA 4EQ0A 3EXOA 4KB9A 2HS1A 5P7LA 1K6VA 1TCXA 3IVIA 5P3VA 5P6KA 5OZKA 2APRA 2AQUA 3ECGA 1XN3A 4MC6A 3SA9A 5P39A 1HVKA 5KOQA 4J1FA 4Y3TA 4GJDA 3AIDA 3TH9A 5C9BA 3UQRA 3K4VC 1ER8E 2XFJA 4YD4A 2V11C 4H3GA 4L1AA 3QRMA 4OC6B 2AVQA 5APRE 4RZ1A 5DR8A 5P3JA 4R5NA 3INFA 3SM2A 5P6SA 5P6XA 1HVRA 4X7IA 2OHMA 3G70A 2AZCA 4Y4WA 2AVOA 3NUOA 3PEPA 3R0YA 2A1EA 3O9BA 3ST5A 2F81A 5KR0A 2Q11A 3OXCA 3PCZA 5DR4A 2QP8A 5OZLA 5HTZA 3NU3A 5P7KA 4F75A 5P01A 1K2BA 5P5LA 4ER2E 1Q9PA 1D4LA 2B8LA 4GMIA 3GGVA 5P7EA 5P17A 5P12A 4Y4BA 4IVTA 1ZPAA 5OZJA 1B11A 4DJPA 1HIVA 4ZSPA 4JECA 3VF7A 3IN3A 4H3IA 5OZ9A 2WJOA 4Y3DA 3I25A 2P3BA 3H5BA 4BEKA 3CMSA 1HHPA 5P3MA 1CPIA 3OU4A 5P6TA 3VCMA 4GJ9A 3ZMGA 5P8FA 2PSUA 5HE5A 3BHEA 2F8GA 3PSGA 4Y3FA 2P83A 4L1AB 5P13A 5DQ1A 4XX4A 2R5PA 3EM4A 2OHKA 3KA2A 3KN0A 4COEA 4DUSA 3OOZA 1FQXA 5P7OA 4LBTA 5P7HA 4J17A 1AZ5A 1A94A 4GYEA 5OZVA 5P3KA 4OBZA 2IENA 5P7CA 5P3AA 4OBHA 2HB4A 2A4FA 2PMAA 5P5GA 4I0DA 1YTIA 1MUIA 1XS7D 4EWOA 3OU3A 1NPVA 1D4YA 1HTGA 1PPME 4AA9A 3BUFA 2ER6E 1C6XA 1TQFA 5P2BA 3EL5A 3VLAA 2AOHA 3B80A 1LYBA 4CP7A 1HVJA 1NPAA 4I0FA 5P19A 4EQJA 5OZNA 5P3YA 1ENTE 4NPUA 5P3ZA 5P30A 3VEUA 2OHLA 5P4JA 4D8CA 4J0VA 6FIVA 2VKMA 1YT9A 3UDNA 4HVPA 3U7SA 5P5ZA 5P1GA 2VIJA 3BXSA 2PSVA 2AOGA 5DR7A 3EL0A 1W5YA 3D1XA 1A8GA 5P0IA 2WF4A 4NJVA 5P0PA 5DR3A 5AH9A 3OY4A 1AM5A 5P7NA 4YOBA 2P3BB 5P4PA 5P04A 4AUCA 2OHPA 1A9MA 4B1DA 4LXAA 1GVWA 1HVHA 4I0EA 2FIVA 5P1FA 4I0JA 4FCOA 4U7VA 1ZLFA 5CLMA 5J25A 1SDVA 3UQWA 4Y3NA 1PROA 4R95A 3TOGA 3ZL7A 3IA9A 1KZKA 4D88A 4Y5CA 5P42A 1K6TA 4EJKA 3PSYA 1XE5A 3DOXA 3GGUA 3O9AA 5P5EA 2O4PA 2P3DA 4Y3SA 4DQCA 2ANLA 5IS4A 2NXLA 5P2FA 2F80A 3CIDA 3DJKA 5P7GA 2O4KA 3PMYA 4PPHA 3ZKSA 2O4NA 5P8HA 1APUE 4Y4AA 2AIDA 1HIIA 5P14A 2OHQA 4Y5LA 4FIVA 2G26A 1ZAPA 1TW7A 3DV5A 3O9LA 1WKRA 2V12C 4Y43A 4Q5MA 2G21A 2P4JA 1LYBB 5P61A 3HAUA 3D1ZA 4I10A 2PQZA 4HEGA 4I1CA 4B1EA 2Z4OA 1YTJA 5P41A 5P2XA 2P8HA 4EXHA 4Y48A 1T6EX 3PB5A 3IN4A 3DCKA 5P5OA 4Y3RA 3INHA 5P3OA 5P6BA 2I4VA 1PPKE 3DV1A 5P0DA 5P8GA 2O4LA 5I3WA 3ZOVA 1IZHA 2NNKA 3URJA 4WY6A 2VA5A 5P82A 4Q1YA 1FLHA 5P2WA 1EBWA 4AZYA 4DQGA 2JE4A 3O9EA 4QGIA 2BPVA 2OHNA 2F3FA 3HLOA 3NDXA 5P86A 3S53A 4YOAA 2FNTA 2RENA 5P1LA 3OXXA 5OZ1A 1FF0C 4N00A 5P76A 3EKVA 2PYNA 5OZYA 4ZEAA 4Y57A 5P7JA 4Y3JA 4Y6MA 1PFZA 3LPIA 5P6WA 1EPOE 4FAEA 1OD1A 3UCBA 5P6OA 5P0CA 4OBKA 5P2TA 5JFUA 3PCWA 2IS0A 4J0YA 1G0VA 5COKA 5P5AA 3PM4A 2ZHSA 3ER5E 3QS1A 3GGXA 4YCYA 2MIPA 5P06A 2ZJLA 3F9QA 4NPTA 2G94A 3SACA 1TZSA 5F00A 3HW1A 2QI6A 5P1EA 4Y51A 1SIVA 2BJUA 1YM4A 2ZJHA 5OZQA 4EPJA 5P43A 5P2OA 3NSHA 1VIKA 1BV9A 5P4KA 4Y3YA 3L3AA 3KMYA 4J1EA 3NU9A 1HTEA 4I0IA 1SMEA 5P6UA 3B7VA 1QBRA 1FQ8A 1NSOA 4J1KA 1TSUA 2VA7A 4GJ5A 1B6MA 1KJ7A 1SBGA 5AH6A 2Q64A 4H3FA 5IVQA 5P5SA 2SAMA 4FLGA 4DQHA 5OZ5A 1K1TA 5P4SA 1HPXA 2QI7A 5P2CA 5P3UA 4AA8A 5P8AA 5P63A 4Y4TA 2QI0A 1HIHA 2ZJIA 4ER1E 5P0ZA 1DIFA 4J5JA 3EL9A 5P5VA 2AZBA 5P85A 2AOIA 4LP9A 5IE1A 1YTHA 4DV9A 1HOSA 4L6BA 5P0KA 4DPIA 2G20A 3UDPA 7UPJA 2B42A 4ZPGA 1IZEA 3VV7A 1PSOE 3JVWA 5P69A 5OZ3A 2QD6A 3OUCA 1FFFC 5OZTA 4ZE6A 4EJDA 4ER4E 1MT9A 1G35A 5P83A 4D85A 2IL2A 3OQAA 3WB4A 2J9KA 5P1MA 1MVPA 3QIHA 4YE3A 4FM8A 4Y35A 5P40A 2G1YA 3LNKA 1QDMA 8HVPA 3MXEA 1HBVA 5OZXA 3I8WA 4ZPEA 3TLHA 4YHQA 1KJ4A 2RSPA 4DJOA 4L7JA 2I1AA 3I7EA 5AHCA 4I0GA 5P25A 5P0TA 3KYRA 4Y38A 5P8CA 2ASIA 3VV6A 4Y50A 4Y3WA 3CKPA 5BS4A 2I0DA 4M8XA 5P4WA 5P0RA 1W6HA 2UPJA 5P4XA 4ACXA 1ODXA 3K5DA 1FGCC 4APEA 5OZHA 4BFDA 3KT2A 5P37A 4Y4EA 3FNTA 1B5FA 4NJSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4XXS A;  2QNN A;  2ER7 E;  5P0B A;  4IVS A;  3TOF A;  2V13 A;  2XFK A;  4Y36 A;  3UDK A;  2CEM A;  4DQB A;  4ZPF A;  5P0G A;  5P8L A;  4K4P A;  4RRN A;  1W5W A;  2WF1 A;  5DGU A;  4E43 A;  4MC9 A;  1MEU A;  3EKQ A;  1B5F B;  1PPL E;  4Y44 A;  3QN8 A;  3NDT A;  3TPJ A;  3GI6 A;  1MIQ A;  3ZKN A;  3QP0 A;  3OQ7 A;  3EKY A;  2QZL A;  4D83 A;  5KOS A;  4YD5 A;  4LHH A;  3HDK A;  5FIV A;  3ER3 E;  3N3I A;  5P6P A;  2AZ9 A;  5P2G A;  1E81 E;  4Y3X A;  1UH7 A;  2Q55 A;  5KR2 A;  3L59 A;  5P02 A;  5P75 A;  4Y54 A;  3APR E;  3L5E A;  3LZY A;  4KUP A;  4Y5K A;  3JVY A;  2ZJM A;  3ZPU A;  3S56 A;  1LF3 A;  4ZSR A;  1PSN A;  1APV E;  5P3P A;  3PLL A;  3OHH A;  2QI4 A;  3PLD A;  1MRW A;  3L5F A;  1CMS A;  5P5P A;  1E82 E;  2JJJ A;  4FSE A;  3NUJ A;  3ZLQ A;  1ZBG A;  3R0W A;  3UF3 A;  4A6C A;  1JLD A;  5OYR A;  3SA4 A;  1RNE A;  2PSG A;  3MXD A;  5P2J A;  2VNN A;  4LXM A;  3K1W A;  5HDV A;  4R93 A;  4RCE A;  2VS2 A;  4FL8 A;  5P8D A;  5P7S A;  2ER9 E;  4I0Z A;  5P8U A;  4LL3 A;  2HS2 A;  1EPQ E;  5I70 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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