2QI5A

Crystal structure of protease inhibitor, mit-2-kc08 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qi5A00
1ZPAA 2QHCA 5OZ4A 1EPPE 4FRJA 3QAAA 5P2XA 1FFIC 5I3VA 2IGYA 3IVHA 5P2AA 5P8HA 2QZKA 3S43A 5P2TA 1FLHA 2QNQA 3T3CA 5P7WA 3ZOVA 2RKFA 3PMUA 4B1EA 3UDHA 3OOTA 4FS4A 3TH9A 5OZ0A 2B8LA 5P46A 2RENA 1BIMA 5HDXA 1FQ5A 4Y3EA 1QS8A 5P0EA 2VIEA 5P32A 2R43A 1HVSA 3ZPUA 3KM4A 5P82A 4ER4E 3TLHA 2B42A 5P27A 2FXEA 5P38A 4X7IA 4NJTA 5P09A 1BBSA 4Z22A 2ER0E 2ZHTA 4Y3ZA 5TOLA 1K6PA 2OAHA 1MT9A 5P2BA 5P3ZA 1GVXA 3SPKA 5P29A 4AA8A 4FRKA 4J1EA 4ZLSA 5JFUA 2RSPA 3EKXA 3F9QA 3KDDA 3D1ZA 1ODYA 3EMYA 1HVCA 3OU4A 1TW7A 3EM3A 1HPVA 2HPFA 4EQ0A 5P74A 1PPME 4Y3AA 3BC4A 5P6XA 5HE5A 4YD7A 3SA3A 5P0YA 5P78A 2V16C 5P4QA 5P8BA 3ZKGA 3L5FA 5P63A 1RL8A 4YDGA 5P1BA 5P7NA 2OHMA 4PEPA 4ACXA 5P3LA 4BFDA 4DQCA 5HVPA 3UCBA 3NDXA 4J1KA 5P1CA 1ZTZA 5BRYA 2V12C 3APPA 3MSLA 5P4EA 7HVPA 4WY1A 2O4KA 5P3OA 2WEZA 3GW5A 5HCOA 2G26A 3PWMA 5SZ9A 3JVWA 1C70A 5P68A 3L5DA 4LAPA 4YOAA 2R38A 5OZAA 5DR4A 5P6SA 5OZCA 2R8NA 3UDYA 2I4VA 1LF4A 5P7HA 5P2JA 5P1UA 1D4YA 4Y3FA 2ER9E 4Y9WA 1SDUA 4Y3LA 3FNSA 1CMSA 4CPWA 4ZSRA 2AOJA 5P0PA 4MC2A 4K4PA 5P2HA 5P5SA 3NR6A 5P1VA 1LV1A 5P5XA 5COOA 1BV7A 1MSNA 4XKXA 4FAEA 4JPEA 5P5BA 2WKZA 1PSAA 1RPIA 5P1QA 4J1IA 1B5FB 5P47A 3QRVA 2AZ8A 1BVGA 4K4RA 4LBTA 3UDMA 1HTFA 2QZLA 2OHSA 5P7GA 2G1YA 4E43A 4N00A 4B77A 3S56A 2V0ZC 5P5VA 5P2ZA 1E82E 4IVTA 5HDZA 5P0HA 2WL0A 4NPUA 4ZPGA 5P4KA 1AVFA 5P71A 3ECGA 5P26A 4I10A 4K9HA 5P4NA 4Y4EA 2G22A 1K2BA 4EQJA 5P5NA 5DGWA 1G0VA 5PEPA 5OZMA 1HSHA 4QJ6A 1GNNA 1WBKA 5P3QA 5P4PA 4KUPA 1SIPA 2P4JA 5P2MA 5P1PA 5P5OA 5OYVA 3KA2A 5P8EA 1J71A 3OUAA 4ZIPA 5OZWA 3KF0A 3GGXA 2IDWA 3GI5A 1YM4A 4R8YA 4B00A 5P8SA 1GVWA 3OADA 3NDUA 4OBZA 1BVEA 2F80A 4Q1YA 1XDHA 5HU0A 5P4SA 1AZ5A 4GJ5A 5P34A 4XX4A 5P1XA 4ZSQA 3SLZA 2F3EA 1MT7A 3FV3A 2APRA 5OZJA 5P15A 5P7CA 2IRZA 4R95A 5OZIA 2FDPA 1KZKA 4Y4BA 5OZ1A 1MIQA 5P0FA 5P6JA 5P1NA 5FIVA 5P11A 1MTRA 5P60A 1BDQA 1YM2A 5HDVA 2PH8A 1SIVA 1C6XA 4B1CA 5OZNA 5OZKA 3PBZA 1SDVA 5P0NA 5P7RA 5P2LA 5OZ7A 3LNKA 5OYWA 2BKTA 1TCWA 3OQFA 4J0PA 3BUGA 5P2KA 3A2OA 5P7ZA 2QMGA 5OYTA 4CKUA 5P17A 5P5CA 5P42A 2AODA 3PM4A 3HAUA 5P5DA 3CKPA 3PLDA 1YT9A 5COKA 1HXBA 3T7XA 1QBSA 5P8UA 3MWSA 5P2NA 2SAMA 4EYRA 2OHRA 3QVIA 1YX9A 2XFIA 1DP5A 5T4SA 5P0UA 3ST5A 5OZLA 3SABA 2ZHVA 4QGIA 4LXMA 1B6JA 5SXNA 5P20A 5UPJA 1HIIA 2I0AA 3G72A 4YBIA 5P7LA 5P76A 2R3WA 3UF3A 5P01A 2JXRA 1LYWA 3JVYA 4HA5A 1T7JA 2P8HA 1HVRA 1WBMA 3Q5HA 4X2LA 1K2CA 1SP5A 3KFRA 2R3TA 5SY3A 2JJJA 4J0YA 4YA8A 5P8LA 2QZXA 5P1LA 4Y4XA 1HHPA 1UPJA 4H3IA 4ZPFA 5OZSA 5P3TA 3VV8A 5P4AA 4I11A 1T6EX 2HB2A 4Y3RA 4FLGA 1FFFC 5P4OA 5DR1A 2AZBA 2G94A 5P6WA 5P16A 4I0GA 5P5FA 5P4BA 2F3FA 1QRPE 3OGPA 5P8PA 1XL2A 1BXQA 3SM2A 4PZWA 1HVJA 4J1FA 5HTZA 2QI0A 5P4VA 1C6ZA 3HLOA 5P7BA 2QD7A 1K1TA 2NXDA 4GMIA 1HTGA 1B6LA 3QRMA 3T11A 3IGBA 1MESA 2HS1A 5P1HA 3QN8A 5P7DA 4A6CA 4KE1A 5P3RA 2VJ7A 3VYDA 4YOBA 1K6TA 1EBYA 1NPWA 2H6TA 1CPIA 1OEWA 5OYSA 5P0WA 5P3MA 5P2SA 5CONA 5P89A 3O9LA 4M8XA 4U8WA 5P3DA 4Y3PA 4Y4UA 3HVGA 5KQXA 2RMPA 3PSGA 5P3JA 3BGBA 4DJPA 4Y5PA 2O40A 3KMYA 1META 3OUDB 4I8WA 2PYMA 3IAWA 3ZLQA 3K4VC 1HRNA 5P7FA 4I0JA 2HPEA 4HLAA 5OYRA 1FF0C 5KQFA 1UH8A 4YBFA 1W5YA 2QD6A 2UPJA 3S43B 4JPCA 1D4IA 1HIVA 2NTRA 2G1NA 2OF0A 1T3RA 3EL4A 3L58A 2I0DA 5COPA 1ZBGA 2QI5A 4H3JA 5P7KA 1YTIA 4LXAA 5P4YA 1BAIA 2F81A 5P18A 4Y47A 3IXKA 5P87A 2G69A 5P6CA 5P5RA 3UDRA 4Y53A 1GNMA 4J17A 2AVQA 3NWQA 5IVSA 3OWNA 5P0DA 2Q54A 5P02A 1NSOA 2AZ9A 5BS4A 5P5EA 2IKUA 4FE6A 3G70A 4L1AA 2QZWA 5P3WA 4LHHA 4R5NA 2JYSA 5EZZA 3S45A 4Y5EA 5P0ZA 7UPJA 1HEFE 5P2YA 5P50A 2FLEA 3SA5A 5DR8A 5P0KA 3ZKIA 2QI3A 5P7QA 5P2OA 5P45A 2NXMA 4DJXA 1TQFA 3PWWA 5OZ8A 2IS0A 1D4SA 3UDQA 1IZHA 4LP9A 4ACUA 1LF3A 1FQ4A 3OU4B 2IL2A 5P53A 4EJDA 4GB2A 4I0HA 2I4UA 1HIHA 1W5WA 3VSXA 4HE9A 4Y5NA 2O4PA 5P59A 2P3AA 1A9MA 5P0OA 2PSUA 1JLDA 2QNPA 3QBHA 5P0GA 3EL9A 4A4QA 4ZEAA 3FSMA 4LC7A 4GJ8A 1ZSRA 1ZSFA 5P7YA 2VIZA 4Y43A 1MTBA 3BGCA 5P3IA 3Q6YA 5P5IA 5OZXA 1T7IA 1W6HA 3OXCA 3FKTA 5P75A 4DQEA 3ZMGA 2FDEA 4Q1NA 2QK5A 3ZL7A 3CMSA 5OZ2A 3N4LA 4PZXA 4DV9A 5P1TA 3K5FA 5J25A 5OZVA 3OQAA 4GJ7A 2QP8A 3R1GB 5DQ4A 5DQ5A 5P65A 5P06A 1KJFA 3NSHA 5P5ZA 5P5UA 1BDRA 1G6LA 1EEDP 1HVHA 4LXKA 5OZUA 3DCKA 4DQHA 2VA6A 2G27A 3DUYA 5P3SA 3DCRA 4OBDA 5P28A 5P54A 3VSWA 3VEUA 5P80A 1FQ7A 4RRSA 5P6FA 1GVUA 3OUBA 5OZHA 1RQ9A 2PWCA 3K1WA 3ER3E 3OQKA 4I12A 5P51A 3C9XA 4Y4ZA 1MEUA 2B7ZA 3L3AA 4I0IA 5P1RA 1NPAA 3UQUA 1LYAA 3EKYA 4RYCA 5OZRA 1PSOE 2HC0A 1EPME 3CIBA 4Y6MA 4FM8A 1KJ7A 3EKQA 5P0TA 2BPWA 5OYZA 2A4FA 4H1EA 5P0MA 2OHTA 5P6QA 3BUFA 3KMXA 4Q1XA 1IVPA 3TPLA 2AOCA 3LPJA 4AUCA 2ZHUA 1MUIA 3DV5A 1FGCC 5P1YA 2PMAA 3RTNA 1FQ6A 1FMXA 2QMDA 3URJA 1Z1RA 4L7JA 5P03A 5AGZA 5P7TA 5P41A 5OZTA 4D8CA 5P73A 3INHA 1IZIA 3HDKA 4DQBA 5I70A 5P0CA 3OTSA 5P62A 1HEGE 1GVTA 2WF3A 3GGAA 3LZSA 2JE4A 5APRE 5OZ3A 3VG1A 5P7EA 2QU3A 4FIVA 4OBKA 5P19A 5P6UA 4RLDA 4OBZB 3INDA 5KAOA 5P1FA 5P31A 1SBGA 5C9FA 2PC0A 4YHQA 5P6VA 2H6SA 3DOXA 1HBVA 4DFGA 3RSXA 2VJ9A 4RVJA 4K8SA 5P14A 5KR8A 3I6OA 5P22A 3SO9A 4QJAA 3AIDA 4Y4GA 5P0BA 3LINA 3OU1B 3UDNA 1IDAA 3QROA 4QJ9A 3QS1A 1DAZC 2FXDA 5P48A 4YCYA 4DJYA 5P0VA 1AJXA 1EC2A 5P1KA 3CICA 1G35A 3Q70A 1RNEA 4FL8A 4Y4JA 5P4MA 4B78A 2PYNA 5IVTA 1APVE 4FSLA 5IE1A 2QNNA 5P7PA 5ISJA 3S2OA 4NPTA 4I1CA 5P1ZA 3QP0A 4HEGA 2R9BA 5P77A 3HBOA 1YTJA 1VIKA 5P2RA 2A1EA 1ER8E 2WF1A 3URLA 2PSVA 5EZXA 2FIVA 4CPUA 2AVOA 3K5DA 3RTHA 3FNUA 5P7SA 5BWYA 4EP2A 3HAWA 1LYWB 2FNSA 4F75A 2WF0A 4L7HA 1TZSA 3AUPA 4J0ZA 5OZOA 3K4VA 3NYGA 5AHBA 1HSGA 5P2VA 1WKRA 1K6VA 2HS2A 1B6MA 5OYQA 4J0VA 5OYXA 5P05A 1PPLE 5P1EA 1W6IA 4LL3A 1SGZA 3GI6A 2OHNA 1LYBB 3INFA 2IEOA 1FB7A 1OHRA 2B7FA 3FNTA 5P0RA 2ASIA 1EBZA 3SKGA 3EXOA 2G24A 5P4IA 3I25A 5P8TA 1IZDA 4Y4WA 2WF2A 3D20A 4TRWA 2UY0A 4EJKA 5P35A 4OBJA 3OUCA 1XL5A 2HIZA 3QRSA 4GIDA 2PK5A 4J54A 4U7QA 5P5JA 2ZJJA 4EWOA 1MT8A 1DW6C 3OOZA 1Q9PA 2QHYA 5P8OA 3UDPA 3D1XA 4I0ZA 5F01A 3TL9A 4GJ9A 1EPLE 3UQPA 4I0FA 5DR3A 2ZHRA 3NU9A 2CEMA 4Y5AA 3QBFA 4Q1WA 4J1CA 4CPQA 6APRE 2PQZA 2VS2A 4OD9B 1FQ8A 3UQXA 4Y5LA 5P3HA 4ER1E 5P10A 4Q5MA 4ZE6A 4APEA 5P4DA 1EC3A 3PVKA 1EPOE 3HD8A 4YDFA 5P5WA 1Z8CA 5P88A 4J55A 3UFNA 3OQDA 3OY4A 4R92A 5P5GA 2BPYA 4Y39A 4GZFA 1APUE 3VF3A 2ZJHA 2I4XA 5P7VA 4PYVA 5P3AA 5P1MA 2BJUA 2NNKA 4PHVA 5P5HA 2AQUA 1XN3A 1AXAA 3NUOA 5P23A 1ZAPA 4BEKA 4YE3A 2NR6A 1HPXA 5ER1E 4Z2ZA 3LHGA 3LPKA 1EBKC 2FMBA 3TPJA 4Y4AA 3OXWA 3CYXA 1G2KA 1MERA 5P2EA 3LIYA 4XXSA 2I1AA 4Y4DA 5P3NA 1M0BA 1BV9A 5IS4A 2CENA 2G1SA 5P6AA 3IA9A 5P1JA 5P3VA 4L1AB 3OQ7A 4CMSA 3L59A 4DQFA 1EC1A 5P0JA 1ODWA 4DQGA 3NDTA 2IENA 5P3GA 2RKGA 8HVPA 3RU1A 5P4XA 4FSEA 1APTE 1BILA 4DI2A 5P3UA 2ANLA 3T7QA 3DM6A 5P4HA 2ER7E 4Y50A 4AZYA 2G20A 5P6IA 5AH7A 4KE0A 3EKPA 3UTLA 4EPJA 2QMFA 4B72A 2NXLA 3O9EA 1QBUA 2ZJKA 4Y44A 5P6PA 5P1SA 1W5VA 5P8QA 1ENTE 3TOHA 2VIYA 1Z1HA 4EXHA 1B6KA 6UPJA 1CZIE 5E5KA 2I4DA 3OHFA 3NXEA 5P84A 4Y3YA 5P8RA 4GYEA 4DJQA 4F76A 3VLBA 2QU2A 1D4HA 4YD3A 3ZKNA 4DPFA 2O4LA 2B8VA 3EKTA 1B11A 2Q63A 2VA5A 1TCXA 3PWRA 4GJ6A 4Y3WA 2QAKA 1ZPKA 1SH9A 4EP3A 1HPOA 2NMZA 2FDDA 2Q3KA 1DMPA 3MSKA 4Y5CA 5DPZA 1AAQA 4Y3XA 5KQYA 2G1RA 5P3EA 4TVGA 3NWXA 4FCOA 5P58A 3U6AA 2BKSA 1IVQA 3K5GA 4QJ2A 5OYUA 2J9JA 4DJVA 1KJGA 4NKKA 5P4ZA 3INEA 3ZPSA 1LF2A 1HPSA 5P0SA 1LYAB 1XS7D 3JW2A 3KYRA 3D3TA 1HVKA 4RVIA 5P39A 3O99A 2XYEA 4Y3TA 3TOGA 1VIJA 5P25A 1QBTA 4RYGA 5JFPA 3R4BA 4F73A 2P83A 3VCMA 4NJUA 2P3CA 5OZFA 3I8WA 3KFNA 1HTEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZPA A;  2QHC A;  5OZ4 A;  1EPP E;  4FRJ A;  3QAA A;  5P2X A;  1FFI C;  5I3V A;  2IGY A;  3IVH A;  5P2A A;  5P8H A;  2QZK A;  3S43 A;  5P2T A;  1FLH A;  2QNQ A;  3T3C A;  5P7W A;  3ZOV A;  2RKF A;  3PMU A;  4B1E A;  3UDH A;  3OOT A;  4FS4 A;  3TH9 A;  5OZ0 A;  2B8L A;  5P46 A;  2REN A;  1BIM A;  5HDX A;  1FQ5 A;  4Y3E A;  1QS8 A;  5P0E A;  2VIE A;  5P32 A;  2R43 A;  1HVS A;  3ZPU A;  3KM4 A;  5P82 A;  4ER4 E;  3TLH A;  2B42 A;  5P27 A;  2FXE A;  5P38 A;  4X7I A;  4NJT A;  5P09 A;  1BBS A;  4Z22 A;  2ER0 E;  2ZHT A;  4Y3Z A;  5TOL A;  1K6P A;  2OAH A;  1MT9 A;  5P2B A;  5P3Z A;  1GVX A;  3SPK A;  5P29 A;  4AA8 A;  4FRK A;  4J1E A;  4ZLS A;  5JFU A;  2RSP A;  3EKX A;  3F9Q A;  3KDD A;  3D1Z A;  1ODY A;  3EMY A;  1HVC A;  3OU4 A;  1TW7 A;  3EM3 A;  1HPV A;  2HPF A;  4EQ0 A;  5P74 A;  1PPM E;  4Y3A A;  3BC4 A;  5P6X A;  5HE5 A;  4YD7 A;  3SA3 A;  5P0Y A;  5P78 A;  2V16 C;  5P4Q A;  5P8B A;  3ZKG A;  3L5F A;  5P63 A;  1RL8 A;  4YDG A;  5P1B A;  5P7N A;  2OHM A;  4PEP A;  4ACX A;  5P3L A;  4BFD A; 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 3ZKI A;  2QI3 A;  5P7Q A;  5P2O A;  5P45 A;  2NXM A;  4DJX A;  1TQF A;  3PWW A;  5OZ8 A;  2IS0 A;  1D4S A;  3UDQ A;  1IZH A;  4LP9 A;  4ACU A;  1LF3 A;  1FQ4 A;  3OU4 B;  2IL2 A;  5P53 A;  4EJD A;  4GB2 A;  4I0H A;  2I4U A;  1HIH A;  1W5W A;  3VSX A;  4HE9 A;  4Y5N A;  2O4P A;  5P59 A;  2P3A A;  1A9M A;  5P0O A;  2PSU A;  1JLD A;  2QNP A;  3QBH A;  5P0G A;  3EL9 A;  4A4Q A;  4ZEA A;  3FSM A;  4LC7 A;  4GJ8 A;  1ZSR A;  1ZSF A;  5P7Y A;  2VIZ A;  4Y43 A;  1MTB A;  3BGC A;  5P3I A;  3Q6Y A;  5P5I A;  5OZX A;  1T7I A;  1W6H A;  3OXC A;  3FKT A;  5P75 A;  4DQE A;  3ZMG A;  2FDE A;  4Q1N A;  2QK5 A;  3ZL7 A;  3CMS A;  5OZ2 A;  3N4L A;  4PZX A;  4DV9 A;  5P1T A;  3K5F A;  5J25 A;  5OZV A;  3OQA A;  4GJ7 A;  2QP8 A;  3R1G B;  5DQ4 A;  5DQ5 A;  5P65 A;  5P06 A;  1KJF A;  3NSH A;  5P5Z A;  5P5U A;  1BDR A;  1G6L A;  1EED P;  1HVH A;  4LXK A;  5OZU A;  3DCK A;  4DQH A;  2VA6 A;  2G27 A;  3DUY A;  5P3S A;  3DCR A;  4OBD A;  5P28 A;  5P54 A;  3VSW A;  3VEU A;  5P80 A;  1FQ7 A;  4RRS A;  5P6F A;  1GVU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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