2QI6A

Crystal structure of protease inhibitor, mit-2-kb98 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qi6A00
5OZMA 1ZLFA 3CKTA 2VJ6A 4ZSPA 2BQVA 1FFIC 4J1KA 5P5OA 5P33A 1B6KA 5P2QA 5P0JA 4Y3RA 5OYSA 3Q3TA 1VIJA 5P1KA 3K5CA 5P6BA 3OUDB 4TVHA 3QRMA 4DQCA 5P31A 1KJHA 1EPQE 2PSGA 3ZLQA 3EL0A 5HDZA 4YE3A 1BBSA 1K6CA 2FXDA 5ER2E 5P2VA 5OYUA 2WHHA 3ST5A 1LYBB 2P4JA 1MIQA 1SP5A 4Y3QA 3OXWA 5P18A 1XDHA 4M8YA 5P2FA 5HD0A 1FKNA 5P4YA 4EYRA 4F75A 5P57A 2AZCA 1HEGE 3TPRA 3EM4A 3HBOA 5P0MA 3VSXA 4OD9A 5P1XA 3EL5A 5P3JA 1M0BA 2Q55A 4FRJA 5HCOA 2ZJMA 3SACA 5P58A 1BWBA 1IIQA 1MEUA 5P5KA 5P1MA 4Y35A 3VCMA 5AHAA 3U7SA 2VJ9A 2WKZA 3S54A 2HPEA 1N49A 2VKMA 2JYSA 3K4VC 2AVVA 3DCKA 4DH6A 3FSMA 2B7FA 1ME6A 1XS7D 2QNPA 3UQUA 5P3BA 2H6TA 1C6ZA 5P1AA 3U71A 5P0HA 4K4RA 5P3EA 1FQXA 4YA8A 3GGVA 1T7KA 1LYAA 3CICA 2QU2A 4YD6A 3LINA 3BGCA 3TPLA 3MXEA 5I3VA 2CEMA 5P6AA 5P36A 1G2KA 2ZJLA 4Q1NA 5P83A 5P0ZA 3GGAA 3UTLA 2G20A 2Z54A 5P3DA 2H6SA 4EP2A 5HDUA 1EPLE 3UHLA 3SM2A 4YBIA 4F73A 1WBKA 5P1EA 3S56A 2VS2A 5P4QA 5P8HA 1GKTA 5AH8A 5OYWA 4Y5KA 1PPKE 4QJ8A 5T4SA 3INHA 2ZYEA 1HSIA 3OK9A 5P14A 3HAWA 3BRAA 2QD7A 3LIXA 5P7WA 4FL8A 1W5VA 2AVMA 3EKTA 5OZ4A 2I4XA 4DPIA 3LZUA 3Q6YA 4FGXA 2R9BA 1QRPE 4Y9WA 2PK6A 3O9DA 3HLOA 3NU4A 1SIPA 2G69A 1NPAA 5P7UA 1K1TA 3I2LA 3O9IA 4NJSA 1APVE 5IVSA 5P1WA 4PYVA 4Q1XA 4EHCA 3I25A 2VNMA 4CP7A 1HVLA 4U7QA 4L7JA 3VYFA 1AIDA 1K2BA 2FGVA 3LZSA 1U8GA 3PWRA 2FMBA 3EL1A 1ODYA 1MT9A 3WSJA 1NSOA 5P4GA 3NWQA 4FM6A 4GJDA 3F9QA 2WF0A 1GVWA 5OZ3A 4DV9A 1KJGA 5P2IA 2QHZA 4GMIA 3EKWA 2HM1A 3BHEA 3OTSA 5P5DA 4MC2A 3HZCA 4NPTA 4DI2A 3BVBA 4FCOA 5P0NA 5P10A 1JLDA 5KQZA 3BC4A 3T7PA 2Q3KA 2OHNA 1BIMA 1IZHA 4D8CA 4GZFA 5OYYA 4DJPA 2G26A 2IKOA 5P6UA 4Y51A 3UDQA 3GW5A 1K6PA 1RNEA 2IL2A 1EPPE 2PH6A 5P7IA 1EC3A 5P30A 5DR1A 3ZPUA 2WECA 2F80A 5OZHA 5P3MA 2G1SA 3O9LA 5P11A 5P6GA 5OZ6A 1HPXA 3OU3A 5P3TA 1AVFA 5P0GA 2WF2A 5P1CA 5P8PA 4J1EA 3FV3A 4YD4A 1M43A 4JP9A 4Y3FA 5P6NA 3OHFA 2QNNA 5P4UA 5P5AA 2ZHUA 5P8JA 4B78A 2P3BB 1FLHA 3OTYA 5P6KA 3H5BA 1KJ4A 2QMPA 3TTPA 5P78A 4EQ0A 3D1ZA 4B1CA 1RQ9A 2QI3A 2WL0A 4XX3A 3EC0A 4I0IA 3WZ6A 3SABA 2A4FA 2I0AA 1ER8E 2P8HA 3I8WA 5BRYA 2HPFA 7HVPA 1PROA 5P6EA 2NXLA 3KM4A 1K1UA 2P3DA 4YD3A 1D4HA 3PB5A 1FQ8A 5AH7A 2O40A 5P1SA 4ZPGA 4GJBA 4H3FA 4I10A 1EC0A 5OYQA 4J17A 4RLDA 4TVGA 3VSWA 2QHCA 1K6TA 5P6MA 3OAGA 2RMPA 1LYWA 1GVUA 1PSNA 2QZKA 1J71A 5P43A 5P2NA 3PSYA 5P6RA 3EBZA 1FEJC 3VF7A 1EBWA 3NYGA 1XE5A 5P37A 5P2CA 5P8EA 5P6YA 2JJJA 3OOTA 3OUBA 2IEOA 3RU1A 1MRXA 4Y47A 5OZ1A 5EZXA 1EC1A 4PZWA 5OZLA 3UQRA 3K5DA 1B6MA 1CMSA 5P0QA 5P28A 5P3UA 4PZXA 3S85A 3VEUA 1BDQA 5OYXA 5P1NA 2UY0A 4A6BA 2ZJJA 5P61A 2B7ZA 1T7IA 1PPLE 3D1YA 5KAOA 2AOHA 5KR2A 5P6XA 3SA5A 3GI0A 3OQAA 5P1VA 3VG1A 2HS1A 3NDTA 5P0IA 3OUAA 3SA3A 3M9FA 5DR4A 5P0FA 1GNMA 1GVXA 5IE1A 4WTUA 1T6EX 3NU5A 5OZ2A 4XKXA 1HVCA 5SXNA 2B8VA 4Y5EA 5P7LA 3TKWA 2FLEA 1NPWA 1NH0A 3UQPA 2BPZA 1XE6A 3QPJA 5P09A 5OZDA 2BKTA 4FRSA 1XL2A 1FQ7A 1HIHA 1HSHA 1W51A 4D88A 4F74A 2PWCA 1C6XA 2Q15A 1PPME 2APRA 3S53A 5P41A 3L59A 5P38A 3ZKQA 2NXMA 4RYGA 1RL8A 1BVEA 2QZWA 5P2LA 4BFBA 3IN4A 5P5GA 5P7JA 5P77A 4CPQA 4I0ZA 1HXBA 4H3IA 2G22A 3LIYA 3SA6A 5P4XA 2WF1A 5I3XA 5P5IA 1M4HA 5OZBA 1AJVA 1T3RA 3IAWA 4FE6A 5P2TA 1BXOA 2RSPA 1A94A 5AH6A 3OUDA 5P8OA 3SA8A 1FQ4A 2PWRA 5P73A 5P79A 3EM6A 3L5FA 3KDDA 5P0LA 5CLMA 1C70A 3AIDA 2OHRA 5P4SA 4I0EA 3SA4A 1DW6C 1HSGA 5P5BA 4J55A 1IZEA 2AOFA 4FLGA 5P0TA 3T6IA 1LZQA 2VA7A 3OU4A 2UXZA 5DPZA 5P0YA 3UDNA 5DGUA 4J5JA 1G6LA 5P6CA 5P4MA 3TPJA 2FDDA 1MTRA 2ZDZA 5APRE 5P2HA 1BV7A 3QBHA 5P75A 4NKKA 3HD8A 3PCWA 3EKQA 3R0WA 3BUGA 3URIA 1B5FA 3VV8A 5OZRA 2HAHA 4Y3GA 2CENA 3INEA 4Y3YA 1SBGA 5P6OA 5P24A 1QS8A 2ER6E 6FIVA 1BXQA 2AVOA 5P64A 4TRWA 1E81E 1OEXA 2G1NA 4Y58A 3NUOA 4Y3SA 3G6ZA 5P1JA 1A8GA 1D4YA 1YTGA 5P13A 5JFPA 4YD7A 2R3WA 4QJ9A 5JODA 1FB7A 3T3CA 4HDBA 2AVQA 3EXOA 3QVIA 4CPXA 5P4HA 4L6BA 4Y6MA 5P67A 2QI1A 2BB9A 5P2YA 2OHPA 5P0CA 3QS1A 1G0VA 1YG9A 4TRZA 4TRYA 5OZEA 1YTHA 5P5NA 5DR8A 3CIBA 5OZTA 3B80A 5CONA 1DPJA 4Y38A 1YM2A 4Y5PA 3IXKA 1HTGA 5OZAA 2JXRA 4FAFA 5KQFA 3NDXA 1UPJA 2FDPA 4Y4XA 1B6LA 1C6YA 5KR8A 5F00A 3HW1A 2XFJA 1IBQA 3LIZA 4RVIA 4GJ9A 5IVQA 4J1CA 4LL3A 1IDAA 1TSUA 5P02A 3SKGA 1QDMA 4FRKA 3PWWA 4I12A 4ZSMA 5P0OA 5P56A 5P4AA 5P5MA 5P8QA 7UPJA 3K5FA 5F01A 4Z50A 3U6AA 4K9HA 4Y3MA 4DJXA 3K4VA 1B6PA 3DV5A 3INFA 5DR7A 3IVHA 3VF3A 2VIEA 2WEZA 3URJA 1LEEA 1EAGA 4D83A 4EJ8A 3GI5A 1UH9A 5P17A 4DQEA 5P4EA 5P1IA 3ZKGA 2R8NA 5P2KA 1B11A 3BUFA 3QROA 2ER7E 3UDYA 1OEWA 4ER4E 4ER2E 1W5WA 4LXMA 1F7AA 3VFBA 5P3IA 1DP5A 3L58A 4Y43A 3APPA 5P7EA 1CZIE 3HDKA 2NXDA 4J1IA 4APRE 3PHVA 2HB4A 5P2RA 5P0PA 2BPYA 3OQDA 5P47A 5P01A 4EQJA 4OBZB 2IS0A 2NTRA 3H0BA 1HWRA 2QAKA 3DK1A 4CPTA 3OHHA 3DM6A 3CKPA 1TCWA 4COEA 3CYWA 3TH9A 4L1AA 2QNQA 3MSJA 4YDFA 4B1DA 2NNKA 1B6JA 4ZSRA 2AOCA 1HVHA 4X2LA 4U8WA 3TKGA 1TQFA 1W50A 3EL9A 5P4NA 5KOQA 5P5RA 4MC6A 4B1EA 3IVIA 5P7VA 5P2ZA 3GGXA 1DAZC 3VUCA 2BPXA 5P3PA 5C9FA 1TZSA 5DQCA 5KR0A 1GVTA 2BPVA 5BWYA 3OADA 5P86A 5P5ZA 5HVPA 1FIVA 4DQFA 5SY2A 1E80E 4AMTA 3ZKMA 2R3TA 5P7KA 3Q70A 2P3BA 4FSEA 5HE4A 3JVWA 4HLAA 1BV9A 5OYZA 4Y4UA 5P0EA 2B8LA 3OXXA 3S8IA 5P3VA 4Y4DA 3NWXA 4CMSA 5OZNA 2V11C 4OD9B 2NMZA 5DQ4A 4DQGA 5P8LA 4Y3HA 3QAAA 2QZXA 4HA5A 3BGBA 1G35A 5P3HA 5JG1A 1QBSA 5DR3A 5P5VA 4Z2ZA 3PRSA 5P5WA 2Q63A 2BJUA 3ECGA 3O9BA 3ZKIA 2ZJIA 2F3EA 5UPJA 2QU3A 2AODA 2FNTA 5AH9A 4DJOA 4LP9A 2XFIA 1ZPAA 3R1GB 2NPHA 3QI1A 2WEBA 3LZVA 3EL4A 4R93A 1HPSA 2ZHVA 3S43B 1TCXA 5P1TA 2P3AA 2ZHRA 2WF4A 3OXCA 5P6QA 2ER0E 5P2DA 1EC2A 5OZCA 3T7XA 3EKPA 1LYAB 5C9DA 5P2UA 4Y4BA 5P1ZA 3ER5E 4KE0A 1WKRA 3OWNA 4L7GA 5P40A 3KFRA 4RVXA 1ZBGA 1AXAA 1HIIA 1ZJ7A 3T11A 2QD6A 3KYRA 2ER9E 2Q11A 5P3XA 3WZ8A 2O4KA 3UF3A 5P07A 4Y5NA 2HB2A 2HC0A 5P6VA 1LF3A 5P50A 2QI5A 4U7VA 3BXRA 3NUJA 4EPJA 4QJ2A 4JPEA 4Y5LA 5AHCA 4A4QA 1EBYA 1OHRA 5P1RA 4Y5CA 4EJDA 1META 5P27A 4QGIA 3FNUA 4Y36A 2AOIA 5P85A 3KFSA 5OZ7A 3NU6A 3PMUA 5P60A 4LXAA 2O4PA 3KT5A 2HIZA 5P8KA 3D3TA 2HB3A 3OUCA 5P4ZA 1W5YA 5ENKA 5P1HA 4CKUA 5HE7A 3MWSA 5DR0A 5P2SA 1HOSA 4AZYA 2NNPA 4E43A 2PYNA 2IRZA 2I1AA 3KMYA 2ASIA 4RCEA 2R5QA 5OZIA 5P4BA 4ZIPA 4Y57A 3LHGA 5P88A 1DIFA 4J54A 5P71A 2PC0A 1Z1RA 3MSLA 3L38A 3QVCA 4Y56A 4B0QA 5COOA 2QI0A 2QI7A 3PEPA 2QMGA 4D85A 4PHVA 1W6HA 2ZJHA 3PSGA 3D91A 3Q4BA 5P1BA 6APRE 4X7IA 2B60A 5P6TA 3EKYA 2QK5A 3LIVA 2CEJA 2WJOA 5P2OA 5OZ0A 5P7BA 3IA9A 5P6FA 3UDMA 4K8SA 4FAEA 3SAAA 4WY1A 3G70A 4OC6B 5P1DA 5P70A 2G1OA 4BELA 2R43A 2F8GA 1LF4A 4OBJA 5OYVA 3UDPA 3O99A 4R91A 1APWE 1FG8C 2O4LA 4PEPA 4ZPEA 4JPCA 4Y5BA 1AAQA 1FQ5A 4J0VA 1GNNA 5P0SA 4OBGA 5P45A 3DV1A 2ZHTA 1K2CA 2QMDA 5P6PA 4KB9A 4RRSA 2J9KA 2FIVA 1BDLA 4Y4AA 5P48A 1APTE 3A2OA 4OBDA 5P5TA 3FNTA 2P3CA 4CPUA 1E82E 1EBZA 3NU9A 4HDFA 1MRWA 2RKFA 1ZAPA 1LS5A 5P7HA 5E5KA 2AOGA 1BVGA 5P52A 4I0GA 3ZL7A 2OHMA 3GGUA 2I0DA 5P7YA 4J1FA 1W5XA 4YBFA 1MPPA 2QMFA 5SY3A 2OHTA 2QI4A 3IGBA 4HZTA 5P3FA 4RYCA 4HVPA 5HDVA 1EPRE 5P6IA 4Y37A 2J9JB 1HRNA 4Z4XA 5P7CA 2IGXA 4HEGA 4MC9A 1GVVA 1YTIA 3T7QA 5OZFA 3UDJA 5B18A 4EWOA 3FKTA 3ZPTA 5P8BA 4J0PA 4Y3EA 5P87A 3EKXA 1CPIA 4L7HA 4H1EA 2RENA 4Y4WA 1T7JA 5DQ1A 5P20A 3PSUA 4Y3PA 5P2EA 3OAGB 2XFKA 5P7XA 4Y5AA 2IKUA 2AZBA 3NXNA 2Z4OA 3LPKA 1BILA 3LIQA 2FS4A 4FRIA 5P7OA 1DMPA 4J0TA 5P2AA 3S7MA 3L3AA 4M8XA 2AIDA 3L5DA 1XL5A 4Y3LA 4YD5A 5OZ8A 4Y3WA 1MT8A 4UPJA 3UPJA 1LYBA 5KOSA 2QD8A 5ENMA 4HE9A 5P8GA 3OGQA 1HTEA 1FGCC 5IVRA 5P8RA 3SQFA 3ZKNA 3ZKSA 1HEFE 4DJVA 4N00A 3JW2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZM A;  1ZLF A;  3CKT A;  2VJ6 A;  4ZSP A;  2BQV A;  1FFI C;  4J1K A;  5P5O A;  5P33 A;  1B6K A;  5P2Q A;  5P0J A;  4Y3R A;  5OYS A;  3Q3T A;  1VIJ A;  5P1K A;  3K5C A;  5P6B A;  3OUD B;  4TVH A;  3QRM A;  4DQC A;  5P31 A;  1KJH A;  1EPQ E;  2PSG A;  3ZLQ A;  3EL0 A;  5HDZ A;  4YE3 A;  1BBS A;  1K6C A;  2FXD A;  5ER2 E;  5P2V A;  5OYU A;  2WHH A;  3ST5 A;  1LYB B;  2P4J A;  1MIQ A;  1SP5 A;  4Y3Q A;  3OXW A;  5P18 A;  1XDH A;  4M8Y A;  5P2F A;  5HD0 A;  1FKN A;  5P4Y A;  4EYR A;  4F75 A;  5P57 A;  2AZC A;  1HEG E;  3TPR A;  3EM4 A;  3HBO A;  5P0M A;  3VSX A;  4OD9 A;  5P1X A;  3EL5 A;  5P3J A;  1M0B A;  2Q55 A;  4FRJ A;  5HCO A;  2ZJM A;  3SAC A;  5P58 A;  1BWB A;  1IIQ A;  1MEU A;  5P5K A;  5P1M A;  4Y35 A;  3VCM A;  5AHA A;  3U7S A;  2VJ9 A;  2WKZ A;  3S54 A;  2HPE A;  1N49 A;  2VKM A;  2JYS A;  3K4V C;  2AVV A;  3DCK A;  4DH6 A;  3FSM A;  2B7F A;  1ME6 A;  1XS7 D;  2QNP A;  3UQU A;  5P3B A;  2H6T A;  1C6Z A;  5P1A A;  3U71 A;  5P0H A;  4K4R A;  5P3E A;  1FQX A;  4YA8 A;  3GGV A;  1T7K A; 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 2CEN A;  3INE A;  4Y3Y A;  1SBG A;  5P6O A;  5P24 A;  1QS8 A;  2ER6 E;  6FIV A;  1BXQ A;  2AVO A;  5P64 A;  4TRW A;  1E81 E;  1OEX A;  2G1N A;  4Y58 A;  3NUO A;  4Y3S A;  3G6Z A;  5P1J A;  1A8G A;  1D4Y A;  1YTG A;  5P13 A;  5JFP A;  4YD7 A;  2R3W A;  4QJ9 A;  5JOD A;  1FB7 A;  3T3C A;  4HDB A;  2AVQ A;  3EXO A;  3QVI A;  4CPX A;  5P4H A;  4L6B A;  4Y6M A;  5P67 A;  2QI1 A;  2BB9 A;  5P2Y A;  2OHP A;  5P0C A;  3QS1 A;  1G0V A;  1YG9 A;  4TRZ A;  4TRY A;  5OZE A;  1YTH A;  5P5N A;  5DR8 A;  3CIB A;  5OZT A;  3B80 A;  5CON A;  1DPJ A;  4Y38 A;  1YM2 A;  4Y5P A;  3IXK A;  1HTG A;  5OZA A;  2JXR A;  4FAF A;  5KQF A;  3NDX A;  1UPJ A;  2FDP A;  4Y4X A;  1B6L A;  1C6Y A;  5KR8 A;  5F00 A;  3HW1 A;  2XFJ A;  1IBQ A;  3LIZ A;  4RVI A;  4GJ9 A;  5IVQ A;  4J1C A;  4LL3 A;  1IDA A;  1TSU A;  5P02 A;  3SKG A;  1QDM A;  4FRK A;  3PWW A;  4I12 A;  4ZSM A;  5P0O A;  5P56 A;  5P4A A;  5P5M A;  5P8Q A;  7UPJ A;  3K5F A;  5F01 A;  4Z50 A;  3U6A A;  4K9H A;  4Y3M A;  4DJX A;  3K4V A;  1B6P A;  3DV5 A;  3INF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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