2QK5A

Structure of bace1 bound to sch626485
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
AAGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Potent pyrrolidine- and piperidine-based BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qk5A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qk5A02
5IVSA 4NJSA 3VV8A 5P8SA 3GI0A 5P7VA 4K4PA 5P51A 1EBZA 3ER3E 1EBWA 5P47A 1BWBA 4DFGA 3LZVA 3FNUA 1GVUA 4ER2E 1CMSA 2ER7E 4NKKA 1KJFA 5P7YA 3GI4A 1K2BA 3OOTA 5P2UA 5P1NA 5P09A 2AOHA 2B7FA 3NDXA 5IS4A 3PMUA 2Q11A 4OC6A 5P6JA 1YTIA 1HRNA 2OHQA 3IXKA 3QAAA 3S53A 1GNOA 4YD5A 5AHAA 2XFIA 3O9FA 5OZNA 1QRPE 4IVSA 5P7SA 2QNPA 5P3BA 5ISKA 2QMGA 1FG6C 1C6XA 5P8GA 2CEMA 1ZAPA 3KFNA 1BILA 1B5FB 1KJ4A 2VA6A 3RSVA 5C9FA 4YDGA 3EKWA 3BVBA 1D4JA 5P1EA 3MXEA 2P3CA 3SA8A 4RLDA 3UPJA 4R93A 4L7HA 5P6QA 4CPWA 2FIVA 1W50A 3OQKA 4FRIA 5P29A 5P3KA 1PSOE 3WZ6A 3SA7A 1APVE 1LEEA 3OU1B 5P7UA 3S85A 1SDVA 5KQYA 4B1EA 5P1XA 4B05A 4OBZB 4J5JA 5P2EA 4Y50A 3JVYA 4R95A 3UDHA 3PEPA 3GGUA 2VA7A 3UDKA 2ER6E 4YHQA 1HPOA 5OZRA 4CPXA 1B6KA 5OZQA 5AH9A 1XE5A 1BV7A 5OZ8A 2AVVA 4EP2A 2JJIA 2P3DA 4QJ8A 4RVXA 5P5DA 3M9FA 4LAPA 1SIPA 5IE1A 4JPEA 4LXAA 4OBKA 5P5CA 3ZOVA 4U7VA 3HDKA 5OZXA 2QZKA 2HB4A 3EKPA 5P3XA 4OC6B 2HB2A 3NYGA 4Y3PA 5DR0A 3QP0A 5P0PA 5JG1A 2WEZA 5P3YA 5P1JA 4ZEAA 5OYRA 2FDPA 1ER8E 3OXCA 5TOLA 2FS4A 2H6TA 1D4KA 5P49A 1G0VA 5P62A 1YTHA 3UHLA 2QD6A 3LPJA 2QMFA 5P58A 4J1IA 3VSWA 5HE4A 2Q5KA 5P3GA 2HS2A 5P6IA 5P7IA 3LZYA 3NDTA 5P0YA 4DQEA 4B1DA 3GI5A 4TRWA 5EZXA 1YG9A 4CMSA 4Y57A 1KJGA 3JVWA 4ER4E 4XXSA 3CICA 5IVQA 1VIKA 5P1UA 2ZHSA 1MT7A 4Y3MA 3R4BA 5HDZA 1EC3A 4RYCA 3OAGA 5P4QA 3UQRA 4HDFA 5P6ZA 5P01A 3ZKSA 4M8YA 5P6RA 4Y4XA 1APUE 5P5HA 3CKRA 1ZTZA 2NNPA 5OZSA 5OZPA 2PH6A 3UTLA 2I4DA 5P71A 4DQGA 3DJKA 4NPUA 2Q55A 4IVTA 5P1FA 3KFPA 1LZQA 2R3TA 3QBHA 5P7TA 4ZPFA 5P28A 1ODWA 3KMYA 4Z50A 5P4WA 1SDTA 2IRZA 1PPME 4JECA 2PK5A 5P4TA 5P54A 2I1AA 5DR4A 1MSMA 1YTGA 2BJUA 5P7QA 3HVPA 2WF4A 4RRSA 3GGXA 5P32A 3TNEA 1NSOA 4FM6A 5E5KA 2Q15A 3T7PA 4F75A 2FMBA 4PEPA 1C70A 1HIVA 4ZPEA 5P81A 4JPCA 3IVHA 5P8AA 5OZGA 3EKYA 1M4HA 1DP5A 5P06A 5P2QA 5P89A 1LYAA 3BHEA 5P8RA 1A94A 3EMYA 3PLLA 3ZL7A 3B7VA 5P83A 5P3FA 4GZFA 5P74A 2IQGA 4GYEA 1QS8A 4Y3JA 2V16C 3OU3A 2R9BA 1A30A 2Q54A 2I4WA 2XFKA 1BXOA 5J25A 2ZYEA 3LPKA 3CYWA 5P0EA 2QMPA 5P8EA 1HPXA 5P0QA 2OAHA 5P6SA 5P7MA 3URLA 5P36A 3U71A 5P04A 5P4LA 4YE3A 4LHHA 4R8YA 1HEGE 3NDUA 5OZ9A 3WZ7A 1E82E 3RSXA 1ZJ7A 1YT9A 5P3WA 5DR7A 2AVQA 5OZWA 5P2NA 5P59A 4APRE 3DUYA 3ECGA 5P2ZA 1RNEA 5P20A 5SY2A 3D20A 3HVGA 3EM3A 1XN3A 5KQXA 1M0BA 4YCYA 3VCMA 4B0QA 1MEUA 2F3KA 3UDRA 4Z22A 4U7QA 2PSVA 5F01A 5P5VA 3IN4A 2ZHTA 4PPHA 1GKTA 4J1HA 5P38A 5OZTA 2ZJMA 4XX3A 4I0FA 3DCRA 3EM4A 4RROA 1D4SA 3CKPA 2WF0A 3NUJA 4OBGA 4J0VA 5P6OA 1SMEA 3BXSA 3NDWA 5P63A 4XX4A 3T6IA 1RQ9A 5P8CA 2AQUA 5UPJA 4ZE6A 4YBFA 4FAFA 1XL2A 5OZ2A 4QJ6A 2B8LA 1DPJA 5P88A 3SACA 5P16A 4EWOA 3UF3A 2VIEA 1W5WA 4EJKA 5JFPA 5OZIA 1SP5A 3SFCA 1LYAB 3OQFA 1J71A 2RKGA 4Y39A 4ZIPA 1XDHA 1WBKA 1XN2A 5P6MA 4Y6MA 3TOHA 4HLAA 4FRKA 4GJAA 4B77A 3QS1A 5OZ0A 3CIBA 2BKSA 2ZJNA 4DJQA 1MESA 2WKZA 1ZSFA 3KDBA 3UDJA 1XS7D 2QD7A 1HVJA 3PM4A 4I0JA 2V00A 1HVRA 3SM2A 4Y45A 4Q1XA 5AH6A 5P77A 4Y5AA 2QAKA 3PI0A 5P7NA 4DJXA 2AODA 1FGCC 4Y44A 1Q9PA 5BRYA 2Q64A 3PBDA 4EHCA 2OF0A 1HSHA 1K1TA 5P7FA 3Q5HA 5OZJA 3RVIA 2ER9E 3IGBA 5P3DA 5OZMA 4Y41A 2VIYA 1FFFC 1QBTA 4R91A 1HVKA 5E5JA 4EP3A 1IVPA 1HTEA 1G6LA 3OXVA 5P1LA 5P4PA 4DQBA 5P84A 5HTZA 2IKOA 4UPJA 3PWWA 5P0XA 1LF4A 2PWRA 1IZEA 5P8TA 2G1SA 5I3XA 5P4OA 3FKTA 2UXZA 2BPXA 3NSHA 2P4JA 5P35A 5OZ6A 1BXQA 2EWYA 3VLBA 4RVIA 4J1KA 1GVVA 3KDDA 3VG1A 1YM2A 4FE6A 3PWMA 2IEOA 4DI2A 3APPA 3K5DA 4K4RA 4Y51A 3PCWA 3UDQA 5P8KA 3TPJA 3OUDA 5DR1A 3NWQA 3RTMA 5P8QA 4YOAA 4D8CA 1HSGA 5KOQA 4YD3A 5P8MA 5P14A 1AXAA 1FF0C 4NJVA 4CPSA 1HTGA 1HTFA 2OHRA 5FIVA 1AZ5A 5OYYA 2FDEA 5P25A 5BWYA 5P44A 3AUPA 4FL8A 1FQ8A 5P3RA 1ENTE 1W5XA 5P0LA 5P0RA 5P69A 4H1EA 5P22A 3OHFA 5P1DA 3I7EA 5P1IA 4DJUA 5P7RA 2R5PA 2P3AA 3SPKA 4FM8A 5P5PA 5DR3A 3BUHA 1FMXA 4FRSA 3CKTA 5P61A 7UPJA 4Y4UA 5COOA 5HDUA 3HZCA 2VS2A 3LPIA 3K1WA 4DPFA 5P86A 1MT8A 2AZCA 4BEKA 1SIVA 1EBYA 5P4FA 4B72A 5P02A 4B78A 5P43A 4J0PA 1VIJA 3I6OA 5P37A 3SM1A 5P6BA 5P2JA 3OU4A 5KOSA 2G94A 5DQ4A 3DV5A 4Y36A 1FIVA 6UPJA 5P7BA 5P7KA 5P1WA 5DR8A 5HE5A 5P3AA 3S54A 2PQZA 4NPTA 2NTRA 2VNNA 5P72A 1MT9A 3LZSA 1NPAA 5IVRA 5P8FA 3OUDB 5OZAA 1SGZA 2PK6A 4YBIA 3IAWA 5KQFA 5AH7A 5P8IA 5P5QA 2XYFA 4LC7A 3LIXA 2O4NA 1IDBA 1LV1A 1CPIA 4DUSA 3TPLA 3EKQA 3TKGA 2VA5A 2QI7A 1SBGA 3TTPA 5F00A 1GVTA 4LBTA 1LS5A 5P56A 4FS4A 4Y4BA 4TRZA 1PSNA 3NWXA 1BDLA 4N00A 3OWNA 4Y3AA 2AOIA 2AOFA 3KYRA 1ZPKA 5P8NA 1IBQA 2PMAA 3PHVA 3DK1A 4BELA 2I4QA 1FMBA 5C9BA 3HBOA 3D91A 5P27A 1EPQE 4EJ8A 5P3IA 3G6ZA 3UDMA 3T7XA 2QNQA 1MPPA 3EBZA 5P6AA 3OTYA 1JLDA 5P3JA 5P15A 5OZCA 3MSJA 1SH9A 5P5NA 4A6CA 1QBRA 2F80A 4I8WA 1APWE 4K9HA 5P6DA 4PZXA 2B42A 4I1CA 4OD9A 1EPRE 3RTHA 2IKUA 4ZSPA 3NU4A 4Y48A 2A4FA 5SY3A 5PEPA 3LNKA 5DPZA 4Y4AA 2O4SA 4J17A 1AAQA 4DH6A 3SA4A 1QBSA 3OADA 5P4RA 5KR1A 2G1NA 3KDCA 3OU4B 5OYTA 4GB2A 5P4YA 1FMUA 3BUGA 2IS0A 3DM6A 3ZPTA 2WF3A 3LINA 1UH7A 2V10C 2OHMA 5P2LA 4Y53A 5P5WA 1ME6A 3TL9A 4HZTA 2IGYA 1OHRA 4J0ZA 1W5YA 5P4BA 2WF2A 4S1GA 5HDXA 4TVGA 3S45A 2V0ZC 1OEXA 4Y4JA 5P2DA 1FLHA 4Y5KA 4YD6A 1D4YA 3O9HA 4QJ2A 5ER2E 5P23A 2BKTA 4QJ9A 5HE7A 1HVHA 2FDDA 3PMYA 3KF0A 3BGBA 5P4ZA 4AZYA 4EYRA 2HIZA 6FIVA 1BVEA 5OZ7A 4CKUA 4Y5PA 5AH8A 3OK9A 1G2KA 3QBFA 4A6BA 3PCZA 5P1RA 1TSUA 2QHCA 2BPWA 4JOOA 5P1TA 3PRSA 2JJJA 4H3IA 5P2AA 1K1UA 4U8WA 3O9EA 1EC1A 5P7LA 2OHLA 1BBSA 1SGUA 5BS4A 3O99A 4J1EA 2AVOA 5T4SA 1EPME 3L5CA 3S7LA 3SLZA 1MVPA 5HU1A 1XE6A 2QI3A 2NPHA 2WEBA 3WB4A 5P12A 3UCBA 1BDRA 4OD9B 2QD8A 3ST5A 3QIHA 2G20A 1YTJA 5KR0A 3SA6A 4JP9A 5P18A 3OY4A 4YDFA 2IENA 1TW7A 4RCEA 5P0AA 5P78A 5P75A 4Q1WA 3SA9A 5P7JA 5P0GA 2ZJHA 3OADB 1DIFA 3HLOA 1SMRA 3BRAA 5P2IA 1OD1A 3NLSA 1GVXA 3L5EA 2VIJA 3TLHA 5P4SA 5P3HA 4FM7A 2PSGA 1META 3OUCA 4CP7A 8HVPA 2B7ZA 2HPEA 2NMYA 2I4UA 4QJ7A 5P0BA 5P3VA 1HVLA 1W6IA 4H3JA 5P1BA 5P48A 1K2CA 5P73A 1G35A 5P55A 4GJDA 2OHKA 5JFUA 2RSPA 5P85A 2AZ8A 3PVKA 4H3FA 5DQ1A 1F7AA 2FXDA 2WL0A 4L1AA 1PROA 3R2FA 1N49A 4PZWA 4I0IA 4D89A 4Y4ZA 4I0GA 4Y3LA 2P3BA 2AOJA 4WY1A 5P42A 2F8GA 4ZSMA 4AUCA 4I11A 5P57A 2ZJIA 5DQ5A 4FIVA 1NH0A 1RPIA 5P3SA 4YD7A 2R38A 3PGIA 1KJHA 4Y3SA 4HEGA 4YOBA 5P17A 3L3AA 2QZLA 2R8NA 1ODYA 2OHTA 5ENKA 3SO9A 2MIPA 2QZWA 3PWRA 1KZKA 4EJDA 1FQ6A 5P0FA 3OAGB 1T6GA 5ISJA 3PBZA 3ZKXA 4KE0A 4FRJA 3KN0A 5AHBA 2BQVA 5P6LA 5OYZA 4I0ZA 3Q4BA 5ER1E 5APRE 3FSMA 1TSQA 3BVAA 5OZUA 1A9MA 1B6JA 5P0VA 5P8HA 3LIZA 5P2YA 3OOZA 1FB7A 5P4HA 5P4EA 2BBBA 3IXOA 4DJWA 2G1OA 3C9XA 3R1GB 4HDPA 1BWAA 1HWRA 5P4MA 2ZE1A 5P7HA 1GNNA 1M43A 3VFAA 4GJ6A 3WB5A 4M8XA 2FNTA 2IDWA 5OZLA 5P33A 4OBJA 2VIZA 5P7OA 4D85A 2PWCA 1YX9A 3ZPSA 5P8OA 3TPPA 3L5FA 3VF3A 4J55A 5OZ3A 3NU3A 4DJYA 1ZSRA 3O9IA 4DJOA 3QI1A 4GJCA 4L1AB 1T3RA 3R0YA 4GIDA 3OQDA 2VJ9A 4E43A 1DMPA 5P4NA 4PHVA 3UDPA 1WBMA 4I0HA 4Y3DA 1EC2A 2P3BB 4OBHA 5P3LA 4R92A 5P6PA 1B6LA 1E81E 2HC0A 3INFA 5P5UA 5P1AA 5P53A 3VV6A 2AIDA 3G70A 2O4LA 1AIDA 5P07A 5P5BA 4Y35A 1D4HA 2QI1A 3IXJA 3EKXA 3SKGA 4B1CA 1UH9A 3PSGA 2A1EA 2G1YA 5P3QA 2I4VA 5HD0A 3N4LA 3QVIA 3D3TA 1HOSA 3OQAA 3S7MA 3NXNA 5P5AA 5P41A 2OHNA 4Y3RA 3UQPA 1LYWA 5P1MA 4DV9A 3OTSA 4B00A 1Z1HA 2SAMA 5I3WA 1EPPE 2FGUA 1PPLE 2ZJKA 3H0BA 4GJ8A 2I4XA 4L7JA 3PB5A 5P40A 5SXNA 3MXDA 1IVQA 3L5BA 3N3IA 1ZBGA 3VF7A 5P7WA 4QLHA 1A8KA 5P80A 3EL0A 3LIYA 2VKMA 5P2WA 1EPLE 5P7ZA 2OHPA 4K8SA 1B6MA 3S8IA 5P2HA 4LXMA 4Q1YA 1EAGA 1B11A 3HAUA 3UQWA 1MIQA 3L5DA 4FCOA 5P7GA 4F74A 1C6ZA 4Y4WA 5P3TA 5P2RA 2XYEA 2RKFA 3TH9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5IVS A;  4NJS A;  3VV8 A;  5P8S A;  3GI0 A;  5P7V A;  4K4P A;  5P51 A;  1EBZ A;  3ER3 E;  1EBW A;  5P47 A;  1BWB A;  4DFG A;  3LZV A;  3FNU A;  1GVU A;  4ER2 E;  1CMS A;  2ER7 E;  4NKK A;  1KJF A;  5P7Y A;  3GI4 A;  1K2B A;  3OOT A;  5P2U A;  5P1N A;  5P09 A;  2AOH A;  2B7F A;  3NDX A;  5IS4 A;  3PMU A;  2Q11 A;  4OC6 A;  5P6J A;  1YTI A;  1HRN A;  2OHQ A;  3IXK A;  3QAA A;  3S53 A;  1GNO A;  4YD5 A;  5AHA A;  2XFI A;  3O9F A;  5OZN A;  1QRP E;  4IVS A;  5P7S A;  2QNP A;  5P3B A;  5ISK A;  2QMG A;  1FG6 C;  1C6X A;  5P8G A;  2CEM A;  1ZAP A;  3KFN A;  1BIL A;  1B5F B;  1KJ4 A;  2VA6 A;  3RSV A;  5C9F A;  4YDG A;  3EKW A;  3BVB A;  1D4J A;  5P1E A;  3MXE A;  2P3C A;  3SA8 A;  4RLD A;  3UPJ A;  4R93 A;  4L7H A;  5P6Q A;  4CPW A;  2FIV A;  1W50 A;  3OQK A;  4FRI A;  5P29 A;  5P3K A;  1PSO E;  3WZ6 A;  3SA7 A;  1APV E;  1LEE A;  3OU1 B;  5P7U A;  3S85 A;  1SDV A;  5KQY A;  4B1E A;  5P1X A;  4B05 A;  4OBZ B;  4J5J A;  5P2E A;  4Y50 A;  3JVY A;  4R95 A;  3UDH A;  3PEP A;  3GGU A;  2VA7 A;  3UDK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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