2QK9A

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 18-mer rna/dna hybrid
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
SHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQSED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-
molecule tags Hydrolase/dna/rna
source organism Homo sapiens
total genus 48
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qk9A00
4GW6A 3HPOA 1KSPA 4FZYA 5FRNA 3V1RA 4Q5VA 4ELVA 3WNGA 1T05A 1KLNA 1QQCA 4FJIA 4J2EA 2D0AA 3SV3A 4FK4A 1VRTA 2P1JA 1SL2A 4CEFA 1RTJA 4DFJA 4O4GA 4KAZA 4CJUA 3LP3A 4Y1CA 1WSGA 3HP6A 3TAGA 4B9MA 4KTQA 4FZXC 1S6QA 4AHTA 4E7IA 4AH9A 3PY8A 1QTMA 1HYSA 1JLGA 4M3UA 1DTTA 3QESA 4FK2A 3I8DA 4OGCA 3QERA 2IOCA 4CJ5A 3SYZA 4KRFA 1VK0A 3AO3A 2OPSA 4FLXA 4AHSA 3TI0A 1L3UA 2ETJA 2BGGA 3OYFA 1WSFA 1SL1A 4O55A 3LZIA 2A1SA 4RW7A 1CZ9A 2ITGA 1IH7A 4W5QA 2DFHA 3C6UA 3L3VA 1RTDA 4FJGA 1HQUA 4KO0A 3RMAA 1RDCA 1B92A 4CEAA 5JS1A 3A2FA 1LWEA 4BWJA 2D0CA 2VWJA 3DI6A 4I9QA 1WAFA 4EP5A 4CJ4A 3DLGA 1Q8IA 2VG5A 3O4QA 1L5UA 1IKXA 4CF9A 3DYAA 3TAFA 2XY7A 4ID1A 3VQ4A 3SUQA 3MEDA 4KTZA 2HNDA 2ZE2A 4FYDA 1VSLA 3QEXA 3K58A 4FJJA 4DSIA 1JL1A 4Z4IA 1NOZA 4DQQA 3DLEA 1KTQA 3MECA 3NF9A 4O0JA 5HLFA 1XI1A 4RW6A 1C0TA 4R5PA 3OYMA 1Z26A 1BI4B 1KRPA 1VSEA 3KK2A 4W5NA 3MEGA 4LY7A 5CYQA 3V81A 3OYBA 2YKMA 3SZ2A 3VQ8A 3AVJA 4BDYA 4B08A 3AVHA 3NH1A 1TK5A 1IKYA 4M42A 2OZSA 4QCLA 1GOBA 2RN2A 4M3YA 3D45A 4CK3A 4IFYA 1RCHA 3DOKA 4C8LA 1XHXA 3S3OA 4CGJA 1S1WA 1HYZA 1I3AA 2EX3A 1WSHA 3SV4A 4PY5A 4KB0A 2YNIA 3VQ6A 1HQEA 4QAGA 4DQIA 4J2AA 3QIPA 2LSNA 1TL1A 3WNHA 1LV5A 3OYDA 4FK0A 2X6NA 1RBUA 2Z1IA 5CZ1A 5CY4A 3I0RA 3AO2A 3OY9A 1ITGA 3OYJA 3CFRA 3V9XA 4ICLA 3NH0A 1ZBLA 3ZSZA 3SQ1A 3DOLA 2XHBA 3WNFA 1S1UA 1T03A 2AJQA 4BWMA 2HHWA 1XWLA 3AVAA 3P83D 1IO2A 3T19A 4CE9A 3TAQA 4B9TA 4GMJB 2KQ2A 4CGDA 1K6YA 4Z4HA 3V1QA 4CCHA 4M3XA 4CECA 5HRSA 4CF2A 1RBRA 3F73A 1IKWA 4CGHA 5C42A 3K59A 4OPJA 4JS5A 4DSFA 3SQ4A 3VA3A 4WE1A 1L3SA 2OYQA 2KZZA 4FJ9A 2PY5A 1U04A 3AVGA 3KJVA 4OKEA 3PX0A 1S9GA 1U49A 3ALYA 3AA2A 4CESA 2XY8A 1JLAA 4DG1A 4AHUA 2D5RA 2WOMA 4I9LA 1RTHA 1RTIA 1SV5A 2FBVA 3ZSVA 4FJ7A 3TABA 4H4MA 3SCXA 1FK9A 4RW8A 3T1AA 3G0ZA 4F8RA 3KLIA 3AA3A 5J2PA 4F2RA 2HHUA 5KI6A 4KHUA 3ZSYA 4CGFA 3DLBA 1RNHA 4E7LA 2HNZA 2HNYA 3M8PA 4BE1A 3QEPA 2KTQA 4CEQA 2HHQA 4F3OA 3RWUA 4CIEA 4CF8A 4CEEA 4CK2A 1BL3A 1J53A 4FW2A 4G1QA 3MXMA 3OYIA 1JXEA 3HSTB 4FJ5A 1MU2A 5KGWA 2G8IA 4B9VA 4ELTA 2E6LA 3K5NA 4L8RB 3OJSA 4FVMA 4M3RA 3SI6A 4IG0A 4CHPA 3KK1A 2OPRA 3VA0A 3OYLA 4E7JA 1ASVA 2BE2A 3NGYA 4CGIA 3NGZA 1T7PA 2O4GA 1L3VA 3PO5A 1KVCA 2GBZA 3AV9A 1TKDA 1NK9A 2P5OA 3C6TA 3VQDA 3LALA 3AVNA 3L2VA 2ZQBA 3AVMA 1QS4A 4MQ3A 4CHZA 2R7YA 3F9KA 2QXFA 3ZCMA 2Y1JA 1S9EA 4M3ZA 3SUPA 3O3FA 1NKBA 1A5WA 4KKOA 1BI4A 2DFEA 4CK1A 1NJYA 4MFBA 4DSJA 4CF1A 1TGOA 2X6SA 4CJRA 2Y1IA 1J54A 3ZSWA 4DTJA 1RDBA 4FXDA 1VSMA 2WONA 3K5MA 4FLZA 4AHCA 4FJ8A 1HRHA 3HO1A 5T7BA 3U6FA 3SNNA 3S3MA 1JLQA 4FM0A 4N41A 4C8OA 1KVBA 4CFBA 4CJWA 4M41A 4CJTA 1S1TA 4N56A 1WAJA 5J1EA 1RT6A 1YT3A 3C95A 3WNEA 4N5SA 2Z1JA 1L3TA 3K5OA 1IKVA 4JLHA 1NK7A 4KI4A 1RT2A 4B9UA 3V9ZA 3NE6A 4DFKA 1I39A 3QNOA 2FBTA 5D3GA 4M45A 3BGRA 4E1NA 3HXMA 3KD5E 1KLMA 4FLWA 1CXQA 2YNFA 3RMCA 3KK3A 1EKEA 4HVJA 4CJVA 1NK0A 4CFAA 4O0IA 1VSFA 2G8WA 2JLEA 1ZYQA 1B9FA 1WLJA 2YV0X 3AVLA 3DRSA 4AHRA 1EP4A 3LWMA 3SJJA 2OA8A 4CERA 4DTNA 1KVAA 1NK6A 4M3WA 3AVCA 1JL2A 3QEVA 4W5TA 4FLTA 3FFIA 3RRGA 2IS3A 5HRPA 1SKSA 1FKOA 3S3NA 2G8VA 4YNQA 3OYAA 3ZT2A 2D0BA 1ZBIA 2G8FA 3M8RA 1JLEA 1Y97A 3NBPA 4DQRA 4DFMA 1RILA 3V9WA 2XY5A 3VQQA 4ID5A 3OYGA 2ATQA 4CJPA 3ULDA 3TWHA 3H08A 3KLEA 2F96A 2KW4A 1Q9XA 4CHOA 5DMRA 1REVA 1YTAA 1QSLA 1GOCA 1Q9YA 3MXJA 1U48A 1NJXA 1J5OA 4KI6A 4YFUA 4J2BA 3ZT1A 3LPTA 4NYNA 1NK8A 3VQ7A 4DF8A 1UOCA 4CJFA 4OLAA 4KB1A 2X74A 3HVTA 2FBXA 4O5BA 3NAEA 4DU3A 1RDDA 4ELUA 2HHXA 4E0DA 1TKXA 4DTUA 4DQPA 3L2RA 4J2DA 1SKWA 3VQ5A 1TK0A 3OYHA 4CJKA 4FM2A 4CEZA 4E7KA 3LDSA 1UA0A 4DTXA 2ZD1A 3E01A 3LWLA 1BGXT 1TKZA 1BQNA 4ZTFA 3NF7A 3O3HA 1B9DA 1W9HA 4CJQA 4CFCA 2X78A 2YNGA 4OJRA 3B6OA 2OZMA 3HJFA 4K8ZA 2JGUA 4H4OA 5CYMA 4FJLA 2G8HA 4AILC 1RBVA 3RR8A 3AVIA 4FJMA 2HMIA 1NKEA 4N47A 4OLBA 2HB5A 2DTUA 3EZ5A 1X9MA 4DSKA 4BDPA 1NKCA 4CJSA 1C1BA 2XRIA 4EZ6A 3HVRA 3O3GA 3V6DA 3MXIA 1C0MA 1CXUA 4DTPA 3EYZA 1NK5A 3LPUA 2P5GA 2HHSA 1W0HA 1D5AA 4I2PA 3ITHA 2RKIA 3UIQA 2RF2A 4DTMA 3QEWA 1C1AA 3PUFA 5HBMA 4DS4A 4E3SA 2PZSA 1JLBA 3VQPA 2BANA 1KCFA 4OKJA 3DM2A 4LSLA 3LZJA 4CF0A 4C8KA 4FJHA 1N6QA 4PWDA 3SUNA 3THVA 1LAVA 1U47A 1KFDA 2B4JA 2YKNA 3RR7A 4B3OA 1SL0A 4KHNA 2GUIA 1JLFA 4OKKA 1BIUA 4DU4A 1TKTA 3K2PA 4NYFA 3HL8A 4RW9A 3DLHA 1Z25A 2XO7A 2OPQA 4DLEA 4JS4A 4DS5A 4BACA 4Z0UA 4EP4A 3DLRA 4OPKA 4JRQA 2HVHA 4FJNA 1VSKA 3SQ0A 1C1CA 4C8NA 4CEOA 4M3TA 3D0PA 4TSXA 2B5JA 4HUFA 1NOYA 2IC3A 5HRNA 3QO9A 3CM5A 2YHAA 4B9LA 5JS2A 2VG6A 1FKPA 3HPGA 4KFBA 2FBYA 3HK2A 3EY1A 1HMVA 4F4KA 1HYVA 4OVLA 5FROA 3IS9A 1RDAA 3CG7A 4RG8A 3QIOA 4HUGA 1J9AA 4LH4A 3L2QA 1DTQA 3P5JA 4E7HA 1WSEA 4DWIA 1C0UA 2HHTA 5K14A 2EHGA 3U3YA 3NHGA 4W5OA 1O1WA 1S6PA 3AO5A 2E4LA 5FDLA 1D8YA 1NJZA 1DLOA 1WNSA 3NFAA 3ZSXA 1CLQA 1D9DA 5DK5A 3LP2A 3C94A 3ZT0A 3OJUA 4PUOA 4Y1DA 2B6AA 4KV8A 2IAJA 5KTQA 1EX4A 3KIOA 4CJLA 4BE0A 4FW1A 1HJRA 3LANA 1A5XA 4JRPA 3SUOA 1S1XA 1JLCA 3RTVA 4AHVA 2Z1GA 1HPZA 1RBSA 3AVKA 4CEBA 3JYTA 3QETA 3KKRA 1ASUA 4KPYA 2XY6A 4F2SA 2QKKA 3G10A 3ZSRA 3NDKA 1WN7A 3QINA 4HCCA 3S9HA 4HTUA 4EZ9A 1JXBA 4NCAA 3IAYA 3BDPA 3DLKA 3HPHA 4DTOA 3SPZA 4DSLA 3AA5X 4CIFA 1BCMA 3TARA 2A1RA 2IDOA 1BIZA 1RT7A 5KRTA 3L2UA 1T8EA 3I0SA 3ASMA 4CEDA 3K57A 4RW4A 3PX6A 1R0AA 5C25A 4Z4CA 3P1GA 1XHZA 3L2WA 1LW0A 4PA1A 4DFPA 3LP1A 4IKFA 2Q3SA 4CHNA 3KLFA 2O4IA 4IFVA 3T3FA 4UQGA 3OVNA 3U3GA 3VN5A 4E1MA 3MEEA 4HUEA 1C6VA 3L3UA 4CHYA 4FM1A 3ZSOA 3JSMA 3NCIA 3TAPA 3V9UA 1U45A 4FCYA 4K8XA 1SKRA 4FLUA 1LWFA 5J2MA 1X9WA 4PQUA 5J2QA 4H8KA 1GOAA 1X1PA 1F21A 2F8SA 4Z4GA 1BISA 1EXQA 3VQBA 4CJEA 5HP1A 2KFZA 1VSDA 4IDKA 3O4NA 4FJXA 3V1OA 4FLYA 4DF4A 4OGEA 4HHTA 4C8MA 1ZBHA 1QSYA 1WSJA 3NGIA 3LAKA 1RT1A 4KTWA 2PYJA 1A5VA 3RMBA 2W42A 2YNHA 3OS1A 1D9FA 4E19A 3M8SA 3M8QA 3KLGA 1WSIA 1S5JA 3QEIA 5EU7A 2YHBA 2KFNA 3RMDA 1TVRA 2VWKA 4B8AB 3OYNA 5I3UA 3NF6A 3SQ2A 1S1VA 4I7FA 1VSIA 4B8CA 1RBTA 2G8KA 1YVUA 3ZT4A 1NK4A 3HM9A 1UA1A 3KD1E 1BHLA 1TV6A 1LAWA 3DMJA 3HYFA 5HRRA 3VQAA 3VQEA 4ZHRA 4DTSA 1XC9A 4HCBA 3ZT3A 3OS2A 3K5LA 3AO4A 1RT5A 2OPPA 3CM6A 2I5JA 4FJKA 4Z4FA 1BCOA 3NH2A 1IG9A 2DY4A 2VG7A 3TAEA 1NJWA 4B9SA 4I2QA 2E6MA 4LH5A 4E89A 2GV9A 5CZ2A 4FZZA 4CFDA 3QLHA 2HW3A 4NCGA 4O44A 1QHTA 3TANA 1TL3A 3V9SA 3NF8A 3CYMA 3KLHA 3HP9A 4KREA 4DMNA 1TK8A 3LAMA 3VQCA 3CFOA 2PYLA 5FRMA 1CZBA 1QSSA 4LSNA 1KFSA 1QE1A 3IRXA 2QKBA 4Q0BA 1EETA 5KRSA 2G8UA 3TR8A 3MAQA 2F8TA 4B9NA 3IG1A 4KHWA 5HROA 4Z4EA 4NCBA 4KHSA 4DTRA 5KGXA 3QNNA 1VSHA 3OYCA 1X9SA 2HHVA 3TAMA 1BQMA 1LWCA 4GVMA 1UWBA 5C24A 1HNVA 1ZBFA 3HT3A 4N76A 2BDPA 3PX4A 1ZBUA 1UAXA 3DRRA 4CGGA 1SUQA 2Z1HA 1FXXA 1ASWA 1VSJA 3KTQA 4CIGA 1VRUA 1G15A 2QK9A 3L8BA 4ZTJA 3OYKA 4KHYA 3AVFA 4CJ3A 3PO4A 4BDZA 2DFFA 5J2NA 2IGIA 2FC0A 4BE2A 3KKSA 3PV8A 1RT3A 3V4IA 2P51A 1HNIA 3RRHA 5I42A 1YTUA 5SZTA 3SPYA 4LD0A 3OS0A 3ZSQA 4XIUA 1RT4A 3AA4A 3ISNC 5E41A 3VQ9A 4DQSA 3AO1A 3DRPA 4DSEA 1U4BA 1TAQA 1TAUA 3CQ8A 1JKHA 4IBNA 1LW2A 2NUBA 3AVBA 3OYEA 4DLGA 3B6PA 4DU1A 4F3TA 3CFPA 2RPIA 4CHQA 4IG3A 1N5YA 4QOZB 4KHQA 5SWMA 4FLVA 2HVIA 4W5RA 3LP0A 2KZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KSPA 5KQ8A 5FRNA 1RFQA 1T05A 3VEVA 2D0AA 1C0FA 1HJOA 3HZ6A 3VGLA 1SL2A 2GTDA 2O8EB 3LP3A 1WSGA 5H1SQ 3HP6A 4NO7A 3CETA 4E7IA 4AHTA 3PY8A 4FK2A 3QESA 2GELA 2NRZA 4KRFA 3CC2N 3WXIA 3D6RA 3CCJN 3FZFA 3LZIA 4BRIA 4FJGA 3RMAA 1RDCA 4LFAK 3A2FA 3DI6A 4LF4K 4YHHK 3ZX3A 4FOIA 2NRXA 1T6DA 4CJ4A 1BO5O 3O4QA 1IKXA 1OH7A 3TAFA 3BZKA 3DYAA 3VQ4A 4JNEA 4FYDA 4DSIA 1DKGD 4I6MA 3NF9A 1MWMA 1KRPA 1BI4B 1VSEA 4W5NA 5FPEA 3V81A 4FPBA 4B08A 1VQ6N 2RN2A 4AF1A 4IFYA 1RCHA 3DOKA 1VQON 1WBBA 4DR7K 3S3OA 1NGCA 3THWB 1I3AA 4BGAA 5AJ3K 3M6GA 3MN5A 4KB0A 1HNWK 2YNIA 1SZ2A 1TL1A 2FLOA 2X6NA 3DXMA 3OYJA 3NH0A 2E2QA 3DOLA 2XHBA 4PKHA 3N4PA 3DAWA 4BWMA 1N8RO 3P83D 3AVAA 2HHWA 3T19A 1RDWX 4GMJB 1YJWN 4CGDA 1K6YA 4Z4HA 3V1QA 4K43A 5AQLA 5HRSA 3F73A 4MDBA 4CGHA 4DSFA 1X9JA 2OYQA 3SK3A 5AZJA 4FJ9A 4OKEA 3PX0A 4B3MK 1JLAA 4DG1A 4CVNE 5AQJA 1RTHA 4IFEA 3ZSVA 3SCXA 3FR0A 3G0ZA 4F2RA 4MO4A 5J2PA 3HRGA 3E9LA 4BVOA 1RNHA 2HNZA 3K9KA 4CEQA 2HHQA 3RWUA 4CF8A 4CEEA 1J53A 3MXMA 3OYIA 1HKCA 3HSTB 3H6EA 2P9SA 2E6LA 3NVKA 4XH1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5AR0 A;  1VSF A;  4EFH A;  2JLE A;  1VAZ A;  1WLJ A;  3CQY A;  3L0Q A;  3ENH A;  4LF7 K;  4DTN A;  4DV7 K;  3ZET B;  1KVA A;  1NK6 A;  1JL2 A;  4FL9 A;  4W5T A;  3RRG A;  2IS3 A;  4AM6 A;  1FKO A;  2QWQ A;  2G8F A;  4JD2 A;  3ENB A;  1Y97 A;  4GKK K;  4DFM A;  3V9W A;  2XY5 A;  3OYG A;  4YOT A;  3KLE A;  4ILH A;  3MXJ A;  4KI6 A;  2Q0U A;  5AZI A;  4J2B A;  3ZT1 A;  2VCP A;  4NXN K;  4AM7 A;  3VQ7 A;  3J81 O;  4IWV A;  2X74 A;  3HVT A;  2FBX A;  3NAE A;  4E0D A;  4DTU A;  4DQP A;  3MCP A;  2ASP A;  5C12 A;  4FM2 A;  4CEZ A;  5C10 A;  3ULE B;  5ADX A;  4L3Q A;  1ZC6 A;  1BQN A;  4ZTF A;  1HNZ K;  2NRR A;  1W9H A;  3RSE A;  3I55 N;  3ATV A;  3B6O A;  4K8Z A;  2JGU A;  3EL2 A;  4JI2 K;  3AVI A;  2HMI A;  3U9Z A;  4OLB A;  2HB5 A;  5EVZ A;  3LL3 A;  1NKC A;  4CJS A;  3HVR A;  3O3G A;  1YUW A;  3AAR A;  1C0M A;  1CXU A;  4DTP A;  3EYZ A;  3ATU A;  2ZF5 O;  1NK5 A;  2HBJ A;  3IDH A;  3ITH A;  3VEZ A;  4KH4 A;  3QEW A;  3PUF A;  3FGU A;  3CJ9 A;  1Y64 A;  3J8A A;  1KCF A;  1XQS C;  3RR7 A;  2E20 A; 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 1TVR A;  4JI0 K;  1NK4 A;  3HBT A;  5LMU K;  1UA1 A;  3KD1 E;  1TV6 A;  3HYF A;  5HRR A;  4H0Y B;  3O6W A;  3K5L A;  5AQG A;  1K8A O;  4BQZ A;  4A59 A;  4FJK A;  1BCO A;  4BR7 A;  3R8E A;  4E89 A;  4B1X B;  4BRN A;  5CZ2 A;  1ESV A;  3F5T A;  4O44 A;  2ASM A;  3TAN A;  1TL3 A;  2HHH K;  5JVG L;  5LMN K;  2QW9 A;  5BR9 A;  4KH6 A;  1XMO K;  3KLH A;  1KD1 O;  3HP9 A;  4KRE A;  1NGD A;  3H3O B;  3I56 N;  5AQX A;  3VQC A;  3CFO A;  4CZK A;  3HOT A;  5KRS A;  2F8T A;  4B9N A;  3BF1 A;  1HKG A;  3OBY A;  3TAM A;  1UWB A;  1ZBF A;  4N76 A;  4BR2 A;  1ZBU A;  3E9P A;  1HUX A;  1SUQ A;  1FXX A;  4DV2 K;  3AVF A;  3DJC A;  5GAE P;  2FC0 A;  3PV8 A;  1HNI A;  5I42 A;  5SZT A;  3C6A A;  2D0P A;  3SPY A;  3WQT A;  1RT4 A;  1SAZ A;  3AO1 A;  4DSE A;  4IBN A;  1LW2 A;  4PKI A;  3AVB A;  3OYE A;  3HM8 A;  3CFP A;  4CHQ A;  1FJG K;  1GLD G;  2HVI A;  4W5R A;  3LP0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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