2QK9A

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 18-mer rna/dna hybrid
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
SHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQSED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna/rna
source organism Homo sapiens
molecule keywords 5'-R(*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-
total genus 48
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qk9A00
4CE9A 1RBSA 1MU2A 2HNYA 4CF2A 1IKYA 2DTUA 3IS9A 1B92A 1S1XA 4M3WA 3QEPA 1RNHA 3VQEA 2VG5A 4AH9A 2ATQA 2D0AA 4LY7A 1QS4A 4F2SA 4FK0A 4KHSA 4CJQA 3SV3A 1LWCA 4J2DA 4W5OA 1VSKA 1HNVA 1SL1A 4CEZA 2KFNA 2B5JA 2IC3A 1BISA 4W5NA 3SYZA 4BE2A 3K57A 4DQRA 2Z1GA 4IG0A 4CIGA 3VA3A 2YKNA 3P1GA 1S6QA 4DTPA 3VQQA 3NGIA 4ELUA 1KVAA 1S9GA 1HNIA 3T19A 2O4IA 1TKTA 4CJ3A 2X6SA 1VRUA 3OYHA 1WSFA 3RWUA 4CGJA 4AHCA 3ULDA 3AA5X 4FJHA 3M8SA 3PUFA 2F96A 5HBMA 4FM0A 1JLBA 3MEEA 5J2PA 3QEXA 2G8IA 2HHVA 1FK9A 1GOCA 4JRPA 1TL3A 3VQ7A 1X9SA 4FJMA 4Z4FA 1HYVA 3LANA 3PX0A 1D9FA 2BGGA 1VSHA 1IKVA 1BQMA 3I8DA 3PV8A 1BHLA 1HRHA 4M3UA 2HHUA 1LAWA 2RPIA 3B6OA 2OZMA 3AVNA 3VQ4A 4CF0A 1HQUA 3OVNA 2Z1IA 2QKKA 3AVIA 3U6FA 3LZIA 2P51A 3K5OA 3L3UA 3ZCMA 1UWBA 4KHNA 1S9EA 4FJXA 3ZSXA 3ZSZA 1EKEA 2I5JA 3SJJA 1VSJA 4OKJA 3WNGA 4PWDA 2FBTA 5C25A 3NH0A 3F73A 2G8VA 2Z1JA 1KFSA 4O0JA 2HHXA 2YNGA 3CFPA 4F3OA 4CESA 4J2AA 3HSTB 5FDLA 4DU3A 3TAEA 2X74A 2OPQA 1FXXA 3QINA 4FLWA 1XC9A 1L3TA 3SUOA 3U3YA 1NK9A 4CHQA 4M3TA 2R7YA 5I3UA 2E6MA 4NCGA 4CEBA 4O0IA 3FFIA 4TSXA 4DWIA 2HNZA 3V9UA 1GOBA 1XHXA 3E01A 3LDSA 3SQ4A 2OYQA 4OVLA 4OLAA 4DSLA 4OKKA 1T8EA 1RDAA 3TAFA 3DM2A 3V6DA 4KRFA 3V1RA 4CF8A 2ITGA 2E4LA 2XRIA 1WLJA 1SL0A 4FLTA 4RW4A 3IAYA 2XY8A 4HTUA 4HUGA 1NJYA 3ZSVA 3UIQA 2KZMA 3NDKA 2VWKA 1FKOA 3TABA 3HO1A 3NCIA 1HPZA 1Z26A 1HJRA 2DFEA 3ITHA 5HP1A 3DI6A 1SKSA 2BDPA 4W5QA 3O3FA 3CFOA 2F8TA 1WAFA 1IG9A 3KK2A 3LAKA 5JS2A 5C24A 3QNOA 4RW9A 4ELTA 2VWJA 3DLHA 1RT3A 3AA2A 3HPHA 3K59A 4J2BA 3AA3A 4DFMA 4M3YA 3AO5A 3S3MA 1NK4A 3QEVA 1U47A 3EY1A 4KHWA 4F3TA 4GW6A 4E7LA 2HVIA 3TWHA 4EZ9A 4FLZA 2IAJA 3OJSA 1NJZA 2BANA 1RBVA 3V1OA 4EP4A 1JLCA 3QLHA 4YFUA 1HQEA 3OYEA 4CFBA 4KB1A 2ZD1A 4KI6A 4HUEA 5J2QA 2XHBA 2DFFA 2KTQA 4CK3A 4B9SA 2PYLA 1NJWA 4C8OA 4FK2A 1BIZA 4WE1A 4W5RA 4KTWA 4N56A 3JYTA 4DS5A 2GBZA 4CERA 1RBTA 3TAPA 4CIEA 3L2WA 4DF4A 4RW7A 4I7FA 3RRHA 1XHZA 4IDKA 2OPRA 4KREA 1JLEA 1CZ9A 4DF8A 3ALYA 4FLUA 3L2VA 2G8HA 4L8RB 4FJNA 2B4JA 1I39A 4CEOA 3CQ8A 4DTSA 4M42A 3MEGA 3M8PA 4CGDA 4JRQA 1NKCA 3ZSRA 1G15A 3K5MA 1WSJA 1TVRA 4CFAA 4FLYA 3ZT1A 2VG7A 4IKFA 4NCBA 4KFBA 4E7KA 2GUIA 1S5JA 4M3RA 1RTIA 3CYMA 1KLNA 1RT5A 3AVFA 3NF7A 4E1NA 3O3HA 4DTJA 3VQCA 4CHPA 5KGWA 1NJXA 1TKZA 1YTAA 4ELVA 1JLAA 3P83D 4Y1CA 3AVBA 1KVCA 3V81A 1NKBA 3OYIA 3M8RA 3ZT0A 3QERA 4B9NA 3SPZA 4R5PA 1QE1A 4E19A 2G8UA 1S1UA 3IRXA 4KB0A 5DK5A 3ZSQA 4AILC 4CFDA 5SZTA 4EZ6A 2X78A 3LZJA 1KLMA 2QXFA 3HL8A 4DTOA 1T7PA 4MQ3A 1NK6A 1Q9XA 2QK9A 4CJPA 1DLOA 3OYGA 1FKPA 4G1QA 3V9XA 2G8KA 3K58A 1DTTA 1QHTA 3G10A 4BACA 4IFVA 5CY4A 5CYMA 5J2NA 3MXMA 3PY8A 1T03A 1J5OA 1XI1A 1NKEA 1RT1A 4QCLA 3SUQA 1TAQA 4CJ4A 2XY6A 3HJFA 4CEDA 3HP6A 4PY5A 3P5JA 3TAQA 1TKXA 3S3OA 3QETA 1L3VA 3V1QA 1O1WA 4O55A 4CHZA 4YNQA 4NYFA 3MAQA 5HRSA 4FLVA 1U4BA 4DSKA 1SUQA 4CCHA 3QNNA 2QKBA 2RKIA 5T7BA 2HHTA 4CHOA 1X9MA 2X6NA 1NK8A 1F21A 3VQBA 4CJRA 4FCYA 1B9DA 2IDOA 3NGZA 4ZTFA 4KHUA 3L8BA 1J54A 3O4NA 3OS1A 4CK2A 3SQ1A 4CJLA 4FJ5A 1JKHA 3U3GA 2KZZA 1IKXA 3WNHA 3NF8A 1A5XA 3C94A 1VRTA 4Z4IA 1WSHA 2YNFA 3LWLA 5KRTA 4HHTA 2Y1JA 3VA0A 1NOZA 2E6LA 2FBVA 3VQDA 3KK3A 5HRNA 1BQNA 2RN2A 3L3VA 2HNDA 1EXQA 1LW2A 1YT3A 5J2MA 1S6PA 1UOCA 3OJUA 1BCOA 1W9HA 4CJ5A 2B6AA 4O5BA 5KRSA 3OYDA 4FM2A 1LV5A 2HW3A 2IS3A 1BCMA 4UQGA 3V4IA 3HP9A 1ITGA 4Z4HA 1ZBHA 4FVMA 4FZXC 4BWMA 2YKMA 3AO4A 1SV5A 3DMJA 4N41A 2KQ2A 4DTMA 3LP1A 3VQ5A 4C8KA 1RBRA 3AVLA 3C6UA 1VSLA 3LAMA 1SKRA 2FC0A 2YHBA 1LAVA 2KFZA 4EP5A 3SV4A 1K6YA 3C95A 3LWMA 2Z1HA 1I3AA 3MEDA 2BE2A 3EZ5A 1HYZA 1JLQA 2FBXA 4NYNA 3SUPA 1JXEA 4E7IA 3SZ2A 4QOZB 3HT3A 3OYMA 3MXIA 2HHSA 3S3NA 3QEWA 4KV8A 1RT2A 3AVJA 3NF6A 5FROA 4E3SA 3QO9A 4CF1A 4MFBA 1ZBLA 3TAMA 4CJSA 3HXMA 3V9WA 4DTRA 1TK0A 1EETA 4K8ZA 1KFDA 3HVRA 4B9LA 4CJVA 3DOLA 2PYJA 3DRSA 3L2RA 1C1CA 4KTQA 1CLQA 3VQ8A 3D45A 3TAGA 2YV0X 4DFKA 3RRGA 1QSYA 1CXQA 4FJKA 3ZT4A 3QESA 3KJVA 1RDCA 3BDPA 4HUFA 3JSMA 1U49A 4AHSA 4HVJA 3THVA 3C6TA 4AHVA 3T3FA 4LH4A 4CGHA 4FW2A 3KLFA 1WNSA 1Z25A 3DLEA 3KTQA 3AO2A 1TK5A 4HCBA 3KLIA 3I0RA 3QEIA 1ZYQA 2HVHA 1X1PA 4I2QA 1L3UA 3OYKA 3AVGA 1KVBA 4I2PA 4BWJA 5E41A 3AVMA 4FM1A 4M3XA 4DQSA 1RBUA 1ASUA 3AVAA 3HPGA 4IBNA 1JLFA 4H8KA 5KGXA 1L5UA 1GOAA 4FJ7A 4DQIA 4CGIA 4C8MA 3WNEA 1WAJA 4E7JA 5EU7A 4DLGA 1EX4A 3RR7A 1J53A 4FJ9A 5SWMA 1UAXA 3K5LA 4FXDA 3TARA 3CG7A 2NUBA 4IFYA 1SKWA 2WOMA 1C1AA 4CHYA 3LALA 4CHNA 4Z0UA 1C1BA 3CM5A 5FRMA 4ICLA 4OJRA 2KW4A 4LH5A 1A5WA 3SI6A 3TI0A 1UA0A 2JGUA 1KCFA 3CM6A 1REVA 3NFAA 2HHWA 3AVCA 4KI4A 3KD1E 3O4QA 3LP0A 1IH7A 2ETJA 1A5VA 1LWFA 3SNNA 3OS2A 2RF2A 3I0SA 3T1AA 4DU1A 1VSDA 2XO7A 3NH2A 2OA8A 1NK7A 4F8RA 3AA4A 3RTVA 1R0AA 4B3OA 5CZ2A 3PO4A 3SQ2A 2YHAA 4DQPA 1Q9YA 4CJFA 4ID1A 4E89A 3NE6A 2LSNA 3LP3A 2OZSA 4O44A 1ZBFA 1QSSA 1RILA 3OYBA 4BDZA 2EHGA 4F2RA 1JL2A 4CJUA 1DTQA 2XY7A 5D3GA 3PX4A 1WSGA 1Q8IA 1D5AA 4H4OA 1BIUA 2G8WA 4F4KA 4XIUA 3PX6A 1X9WA 2P1JA 4H4MA 3KLEA 1QSLA 4LSNA 1QTMA 3DRRA 4B9UA 4N76A 1Y97A 4B9VA 4CF9A 4DU4A 1IKWA 1VSIA 3NGYA 4CJEA 2WONA 5KI6A 1RCHA 4Z4CA 1IO2A 2D5RA 1U04A 1C0MA 1D9DA 4FJ8A 4OPKA 3VQ6A 4B9TA 3G0ZA 3AV9A 2DY4A 4DMNA 3SCXA 3O3GA 4CEAA 4O4GA 4C8NA 4KPYA 1RT7A 4OGEA 3VQ9A 3OYFA 4ZHRA 1D8YA 4RW6A 4DS4A 3ASMA 3DLBA 4BE0A 1S1VA 1W0HA 1VSFA 3DLKA 3ISNC 4RW8A 4Q5VA 4DTUA 1HYSA 3RMDA 1S1WA 1ASVA 3HVTA 1RTDA 4AHRA 3HM9A 4BE1A 3ZT3A 4HCCA 3KLHA 4KKOA 4GVMA 3DLGA 4CEFA 3DYAA 5HLFA 4OLBA 1TV6A 2VG6A 3KK1A 3B6PA 1WN7A 4LD0A 4JS4A 1NOYA 4PQUA 1TAUA 2OPSA 1N6QA 3OYAA 4CK1A 1TK8A 3MXJA 1KSPA 4QAGA 4CJTA 3NAEA 4CJKA 4M41A 3QIPA 4K8XA 3L2UA 4FJGA 4NCAA 1ZBIA 1RT6A 3AVHA 4Y1DA 3AO3A 4JLHA 1RTHA 1LWEA 1BGXT 4B8AB 2Y1IA 5DMRA 4DSFA 2IOCA 4N47A 4FZZA 5CYQA 3NF9A 3KD5E 2HB5A 4B08A 4KTZA 5HRRA 3V9ZA 2W42A 4DLEA 1VSMA 1XWLA 2XY5A 2HMIA 2GV9A 1RTJA 4AHTA 3ZSYA 4Z4EA 3QIOA 4DFJA 4DSIA 4IG3A 4ZTJA 3KKRA 4E0DA 5FRNA 4CFCA 4W5TA 5J1EA 4DTXA 4DFPA 4CIFA 2YNIA 4KO0A 5JS1A 3SUNA 3RR8A 1TKDA 4FW1A 4BDYA 4DSEA 1YTUA 2HHQA 1JL1A 1RDBA 5C42A 4DG1A 2FBYA 3VQAA 1JXBA 4E7HA 3TANA 4KHQA 4CGFA 3RMBA 2Q3SA 1LW0A 4JS5A 3NHGA 4J2EA 2O4GA 1ZBUA 4M3ZA 3OY9A 3OYCA 1EP4A 4OPJA 4DQQA 1NK5A 1TGOA 4ID5A 3VN5A 4GMJB 1U48A 1YVUA 3KIOA 1CXUA 1C0TA 5KTQA 1N5YA 2YNHA 1B9FA 3IG1A 1U45A 4FZYA 1KTQA 2AJQA 3EYZA 3AO1A 3LPTA 4DTNA 3VQPA 4KHYA 3CFRA 3LPUA 4Q0BA 4FJIA 4N5SA 3PO5A 4DSJA 1NK0A 1J9AA 3K5NA 1BL3A 2DFHA 1WSEA 2ZQBA 3OYNA 5HRPA 3V9SA 3A2FA 2G8FA 2D0BA 3ZSOA 2PY5A 4CEQA 3NBPA 1JLGA 3SQ0A 4OKEA 3HYFA 3AVKA 4B8CA 3LP2A 1ASWA 3DRPA 3ZSWA 3OYLA 2PZSA 2P5GA 2IGIA 1UA1A 3SPYA 4C8LA 4I9LA 5CZ1A 1S1TA 5K14A 3RMAA 1HMVA 4CJWA 1BI4B 1C0UA 3DLRA 3ZT2A 4I9QA 3D0PA 1RDDA 3KKSA 4M45A 2OPPA 3MECA 1RT4A 3TR8A 4CGGA 3NH1A 4CEEA 1VK0A 4AHUA 3RMCA 3HK2A 2D0CA 1SL2A 3DOKA 3L2QA 1QQCA 1KRPA 1BI4A 4FLXA 4RG8A 3WNFA 1CZBA 4FJJA 3F9KA 3K2PA 4PA1A 1T05A 4CECA 2EX3A 4OGCA 2P5OA 4B9MA 2F8SA 4KAZA 4FK4A 4Z4GA 1L3SA 2A1RA 4E1MA 3OYJA 1VSEA 5I42A 3BGRA 3OS0A 4FYDA 4FJLA 4PUOA 3KLGA 2JLEA 5HROA 3HPOA 1WSIA 3H08A 1C6VA 3M8QA 4LSLA 1TL1A 2A1SA 3S9HA 2ZE2A 4BDPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3THWA 4BVPA 2IVPA 1P90A 3IS9A 2WC9A 1RNHA 3VQEA 4BG8A 3BF3A 4AH9A 2D0AA 2YJEA 5AQKA 4CJQA 4PKHA 1LWCA 4BRKA 4CEZA 2B5JA 1BISA 4W5NA 3SYZA 5BPMA 3K57A 2ZGYA 4ELUA 3VQQA 3NGIA 3T19A 2O4IA 4XEIA 4G9ZA 2OANA 4BRNA 3GBTA 2KKZA 3FLCO 3RWUA 3ULDA 5AJ3K 4H5WA 3JXUA 2F96A 4FM0A 4BREA 3PSIA 1FK9A 4Z4FA 1X9SA 4A62A 1D9FA 2BGGA 1C0FA 1VQ9N 1IKVA 2ZJPL 1BHLA 1LAWA 5H1SQ 1DGKN 3ATUA 3AVNA 1KC8O 3TU5A 1HQUA 2Z1IA 1GLCG 2P51A 3BP8A 4FJXA 1EKEA 2I5JA 1Q82O 1ATSA 4H0XB 4ISEA 4PWDA 5KQ8A 4O0JA 2HHXA 4CESA 4NXMK 4J2AA 3EO3A 2OPQA 1XC9A 2V52B 1L3TA 1NK9A 4O0IA 1XHXA 3SQ4A 4OVLA 4OKKA 3TAFA 2ITGA 3VOVA 1SL0A 2XY8A 3CD6N 4DV5K 3K9JA 1VQKN 3VEZA 2VWKA 1FKOA 3NDKA 2KZMA 3SK3A 5F0XA 3NCIA 1VQON 3O3FA 3QFUA 3VF6A 3LAKA 3QNOA 4CD1A 2VWJA 3DLHA 4H0TB 3DLLL 3HPHA 5BRDA 4FWSA 4K43A 3U4LA 4M3YA 3AO5A 5MLCQ 3EY1A 3TWHA 4FLZA 4BR5A 4EP4A 1RBVA 1JLCA 4CFBA 4KH5A 4IEIA 4B9SA 1MA9B 1BIZA 2ZM6K 4W5RA 4KTWA 3SMSA 4X65K 4I7FA 5AQJA 5JVHL 4FLUA 2Q0UA 1I39A 3M8PA 3ZSRA 3K5MA 1WSJA 3EEQA 4NCBA 2GUIA 4LFCK 4ELVA 1NJXA 4B3TK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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