2QKKA

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 14-mer rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
154
Chain Sequence
b'GSHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQSED'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3'
source organism Homo sapiens
molecule tags Hydrolase/dna/rna
total genus 45
structure length 154
sequence length 154
chains with identical sequence B, E, F, I, J, M, N, R, S, W
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qkkA00
3DRRA 4AHTA 1XWLA 3OYFA 2DFHA 4PA1A 1JLFA 1BISA 2E6LA 4CFAA 3QIOA 4O0IA 3OS0A 2IC3A 1NK8A 3KK3A 1NK5A 4OLBA 1CZBA 4CEAA 4DU1A 3K59A 2X6NA 4ELUA 4Q5VA 4CJQA 1SKSA 2G8HA 3OVNA 4KHWA 3TWHA 3HJFA 4CHYA 1KVAA 3QINA 3LP3A 3LZIA 3AO4A 5J2QA 1J5OA 4ICLA 3TABA 1X9WA 3OYJA 5D3GA 3AVBA 4DS5A 1IH7A 1N5YA 1RT7A 3HYFA 4Y1CA 3RWUA 4PQUA 3K5NA 3DM2A 1JLCA 3NFAA 5SZTA 4J2BA 4DTNA 1S6QA 2RKIA 3OYLA 2P5OA 4B3OA 3OYAA 3S3NA 4KTWA 4ZHRA 3NGIA 1TAQA 3VQDA 1CXQA 4BDYA 4FW1A 4F3OA 1SKRA 1FXXA 4E7IA 3C6TA 4UQGA 4PWDA 4LH4A 3L2WA 3PX4A 1B9DA 1ZBIA 4M42A 2YKNA 4CJWA 4E1MA 3MXIA 1EX4A 4CEOA 1TKZA 3AVNA 3QEIA 3DMJA 4FLXA 1JXBA 4MQ3A 4DFPA 3HPHA 4KHUA 1CLQA 3VQQA 3TAQA 5HRPA 1BHLA 4DFJA 3ISNC 4AHCA 3RRHA 2PY5A 4B08A 1EXQA 3HP9A 4QAGA 4FLTA 1SV5A 3RR7A 5DK5A 4DQQA 1TVRA 2OPPA 1U45A 3VQEA 1JLAA 2FBXA 4DTPA 4OKJA 3VQ8A 1U49A 4B9NA 4B9VA 4FJ8A 5HBMA 1WSEA 1TK5A 4KKOA 3OYCA 4LSLA 5CY4A 1RBSA 3SCXA 2RN2A 3VQ5A 1BL3A 1RT1A 1C0TA 1UOCA 4I9QA 3OS2A 3LDSA 1ZBUA 2YHAA 2YNGA 5E41A 3K5MA 3ZT3A 4Z4EA 2O4GA 3HP6A 4DSKA 3T1AA 3MXMA 3QEVA 2DFEA 3NH0A 1LV5A 4FLVA 4ZTFA 1WSIA 2EX3A 2IAJA 1FKOA 1KLMA 2HHWA 1GOBA 1S5JA 5DMRA 2FBYA 3PX0A 1TV6A 3PUFA 1KTQA 3AVLA 1QQCA 2QKKA 3O3GA 3T19A 1J54A 4BACA 3MXJA 3NF9A 2IS3A 3MEEA 4Z4GA 3AVKA 3VQAA 1RBRA 3OJUA 4CF8A 3RMCA 2HHQA 3VA3A 5KGWA 4I2QA 1BIZA 4HUFA 1WSJA 4CJ4A 3QNOA 3AO2A 1NK6A 1S1VA 3IAYA 4JRPA 1NKCA 1O1WA 4DQPA 1D9DA 3WNFA 4KHYA 4Z4HA 2F8TA 1RT4A 1S1UA 1Y97A 4DTRA 2HW3A 3TAEA 3RRGA 3V1OA 1JL2A 3CM5A 2ZD1A 3O3FA 1VSMA 4KI6A 2VWKA 2YV0X 3SQ0A 3EYZA 1LW0A 2ITGA 4BDZA 4KAZA 1QTMA 3ZSXA 3ZSVA 2HHXA 4E1NA 5CYMA 3NAEA 3SUNA 4AHUA 3TAPA 1L3TA 2LSNA 4N56A 4CCHA 3OYBA 1JLQA 1LWFA 4ID5A 3OYHA 3L2VA 4LSNA 3V9SA 4E7HA 3T3FA 1A5XA 1TL3A 2KFZA 4CHNA 3HVTA 4N41A 4KPYA 1NK9A 2FBVA 2E6MA 4FM1A 4CIFA 4CFDA 1S1TA 4DWIA 3C94A 3HL8A 4B8AB 4OGCA 4WE1A 1B9FA 5FDLA 1IKVA 3THVA 4YNQA 3NH1A 2QK9A 4DSIA 1ITGA 1HJRA 4M45A 3AO3A 1TK0A 1T03A 4M3WA 1GOAA 4DQSA 3AVIA 4IFYA 4DLEA 4DQIA 1T7PA 4IKFA 3LAKA 4HCBA 4CE9A 1U48A 1SKWA 1NK4A 4KRFA 3KD5E 1HQUA 2WONA 3M8RA 2BE2A 4RW4A 3RR8A 1WSGA 3PO4A 3E01A 3KTQA 4HHTA 1WNSA 4FM2A 4FK0A 5HRNA 1RT5A 3DOLA 4CK2A 1T05A 4FJNA 1DTQA 4CGFA 5T7BA 4B9UA 1SUQA 3OYGA 2HVHA 4B9MA 1NOZA 4FLWA 4KHQA 1YTUA 4CJ5A 2BGGA 2Y1IA 3PO5A 1RTJA 3VQCA 1D8YA 1NK7A 4C8OA 4FJIA 3LP2A 2HVIA 3AVGA 4OJRA 4E19A 3L3VA 4CHQA 4O0JA 3V81A 1MU2A 1VSFA 1HRHA 4O5BA 3S9HA 4CJEA 4M3ZA 3HK2A 3LP1A 1D5AA 2VG7A 5I42A 4FZYA 1NJXA 1KFDA 4OLAA 2OPSA 1LAWA 3LAMA 4O55A 3V9UA 3V4IA 1HQEA 5C42A 4CFCA 4JLHA 2IOCA 4O4GA 4DF4A 4DFKA 3ITHA 2ATQA 1K6YA 3H08A 1CXUA 4FW2A 1JLGA 4CECA 3HM9A 4FJ9A 1UAXA 4DTUA 1GOCA 3DRPA 4JS5A 1T8EA 5SWMA 1NJWA 2XHBA 3DLKA 3IRXA 4NYNA 4RW6A 4LD0A 3S3MA 1SL0A 1RT2A 1RCHA 3SYZA 4NCBA 3VQPA 4DSLA 2DTUA 1XHXA 1EETA 3TR8A 3IS9A 4M41A 4E7LA 2PYLA 2KZZA 3LWLA 1JLEA 1Z25A 4E7JA 4LH5A 1VSLA 2Y1JA 1D9FA 4L8RB 2I5JA 2X6SA 4BWJA 3NDKA 4CEBA 1WLJA 2G8FA 1KLNA 2KQ2A 5HRSA 4CF1A 4FLZA 3PY8A 1RDBA 4GMJB 4CJKA 3NF7A 3NGYA 4RW8A 4CIEA 3SJJA 3AA3A 1RDDA 1G15A 3QEPA 4HVJA 3TAMA 3WNEA 3DI6A 5HP1A 1FK9A 3AVHA 1QSSA 4KI4A 5J2NA 3SV3A 3KLEA 3HO1A 1C0UA 1NKBA 5CZ2A 4E7KA 4PUOA 3DLBA 4F2RA 2IGIA 4I2PA 3A2FA 1NOYA 4M3YA 1HNVA 4OKEA 1LW2A 2RPIA 4BWMA 5KRTA 3KLGA 3L3UA 4BE2A 1JLBA 1BI4B 4J2AA 3AVCA 3SUPA 1C6VA 3K2PA 4F2SA 5FRNA 3JYTA 1VSEA 1VK0A 4CERA 2B4JA 3SNNA 3HVRA 1HMVA 3L8BA 2GBZA 4JS4A 1DLOA 1TKDA 3ZSZA 3O4NA 4CK3A 3SQ1A 3QLHA 1WAJA 2YHBA 5KTQA 4H4MA 3AVJA 4FCYA 4NCAA 1DTTA 4O44A 3SZ2A 3CM6A 4EP5A 1ZBHA 4NCGA 1SL2A 1U47A 1S9EA 2HMIA 3V9XA 3AVMA 5KI6A 3KK1A 3PV8A 3JSMA 2G8UA 4W5QA 4W5OA 2KTQA 2HHVA 1RBVA 4E89A 5CYQA 1TGOA 4Z4CA 3OYMA 2W42A 4FJMA 1RILA 4CGGA 4F3TA 4J2EA 3L2UA 3D0PA 3DRSA 1ZBLA 4CJPA 4KB0A 1BCOA 2ZE2A 4IFVA 1S1WA 3WNGA 1I3AA 3AO1A 5K14A 4FZXC 3CYMA 4HTUA 3EZ5A 3CQ8A 4EZ6A 1Q9XA 3ZT1A 3B6OA 3UIQA 1NK0A 2G8KA 3OYIA 5JS2A 3KLIA 4CF2A 3K57A 3HXMA 1IG9A 4W5TA 1N6QA 4DSJA 4CJSA 1Q8IA 1NJYA 4HUEA 4CGHA 1UWBA 3MEDA 4GW6A 2YNIA 3TANA 2OA8A 4FVMA 3OYNA 4M3RA 4F8RA 2KZMA 4CJLA 5FRMA 2XY8A 2FBTA 3CFRA 1XC9A 3U3GA 4BDPA 4FJLA 1TKXA 1FKPA 1Z26A 2D0BA 4E3SA 4KHSA 4IDKA 4CEFA 4CEZA 3NGZA 1BCMA 3ZCMA 3KLFA 3ASMA 4BE0A 5HLFA 4CGDA 3BGRA 1WN7A 1X1PA 4AH9A 3OJSA 3F73A 4F4KA 1VRUA 4I7FA 5CZ1A 3AVAA 4EZ9A 4C8LA 2YNFA 3KK2A 2XRIA 2EHGA 2OZMA 1J53A 2DFFA 1BQNA 4I9LA 5J1EA 3I8DA 1S9GA 1L3SA 3QO9A 4KTQA 4KO0A 4M3TA 4CEEA 4FJKA 2VG5A 4FZZA 4C8MA 3VQ6A 3OYDA 1BGXT 1QSLA 5HROA 4KHNA 3LANA 3CFPA 2X78A 4GVMA 3MEGA 1VSHA 3SV4A 3G0ZA 1JL1A 4IBNA 4G1QA 4B9LA 1JXEA 2D0CA 3M8QA 4AHSA 1UA1A 1QS4A 4HCCA 3VQ9A 3DLGA 3QEWA 2Z1HA 3KIOA 4AILC 1REVA 3SQ2A 4DTJA 1BIUA 1YVUA 3D45A 3K5OA 3M8PA 5J2MA 4DLGA 4W5NA 1LAVA 4B8CA 3V9ZA 2OPRA 3F9KA 4DTOA 3QESA 2HB5A 2RF2A 2D5RA 4RW9A 4AHVA 2JGUA 2HNZA 2G8IA 2P5GA 3KD1E 3ZSOA 2F96A 4R5PA 1IO2A 3HPOA 4QOZB 3C6UA 4Y1DA 4CF0A 3EY1A 3AA5X 5KRSA 3O4QA 1C1BA 4FJGA 2GV9A 1W0HA 4RG8A 3SUQA 3RTVA 1C0MA 3O3HA 4W5RA 4FYDA 3LPUA 4IG0A 3OYKA 4HUGA 5JS1A 2IDOA 3OY9A 1I39A 3RMBA 3RMDA 4CEQA 4B9SA 4CHOA 4OGEA 5HRRA 1C1AA 2AJQA 3QETA 3KKSA 2P51A 4DQRA 1WAFA 3CG7A 4TSXA 3AA2A 3ZSQA 4CHZA 4LY7A 4DU3A 3QNNA 3U6FA 1XI1A 4FK2A 3V1QA 1B92A 3ZSYA 2QKBA 1F21A 4DSEA 4DMNA 3ZT2A 1VSKA 1RBUA 3SI6A 4KB1A 3I0SA 3IG1A 2WOMA 4BE1A 1HYSA 1S1XA 4M3XA 4CFBA 3LWMA 4C8NA 3NBPA 4AHRA 2YNHA 3DOKA 3V1RA 4CGIA 4DU4A 3TARA 1YTAA 2KFNA 2OYQA 3AA4A 3U3YA 3OYEA 2FC0A 1IKYA 1RT3A 1RTHA 3ULDA 1IKWA 1RTIA 2HNDA 4OVLA 4CGJA 1ZBFA 4ID1A 3NCIA 4CJVA 3M8SA 3AO5A 1JKHA 1ASUA 1U4BA 1RTDA 3QEXA 5KGXA 2BDPA 2QXFA 1TL1A 3C95A 3DLEA 4K8ZA 3V9WA 4KREA 1KVBA 1RDAA 1EKEA 1A5WA 4FM0A 2DY4A 4CHPA 2HHSA 2Z1JA 2HHTA 4RW7A 2ZQBA 3P83D 5EU7A 3WNHA 1Q9YA 1BI4A 5I3UA 4FK4A 4DTXA 3VQ4A 1KFSA 4Z4FA 4DTMA 4DSFA 4ZTJA 1S6PA 2E4LA 2NUBA 3VN5A 4CJRA 1NJZA 1SL1A 3SQ4A 3I0RA 3TAGA 4K8XA 3AV9A 2Z1GA 4N5SA 3FFIA 2GUIA 4QCLA 1VSJA 3VQ7A 3TAFA 1TK8A 2Z1IA 3NF6A 1J9AA 3ZT0A 3DYAA 5C24A 2A1SA 3K5LA 2A1RA 1LWEA 4B9TA 3KJVA 3G10A 4KFBA 2B5JA 4CIGA 3LZJA 1QHTA 1HNIA 1U04A 1EP4A 2X74A 4H8KA 3NHGA 2P1JA 2XY5A 1L3VA 4FJHA 4Z4IA 3NF8A 3NH2A 4OPKA 3HT3A 3ZT4A 1RNHA 1UA0A 2ETJA 1RDCA 2KW4A 4FJXA 5FROA 4CK1A 2VWJA 3CFOA 4FLYA 3LALA 4DFMA 2G8WA 1KSPA 2Q3SA 1XHZA 1L5UA 4CEDA 4J2DA 2OZSA 1KRPA 1CZ9A 3OS1A 3L2RA 5J2PA 3TI0A 2YKMA 1WSFA 5C25A 1ZYQA 2PZSA 3LP0A 4CESA 4Q0BA 4FJ5A 1C1CA 2R7YA 1BQMA 3K58A 4C8KA 4ELTA 3KLHA 1VRTA 3SPYA 4DS4A 4CJFA 4N76A 3L2QA 4N47A 4CJUA 3BDPA 1KCFA 1TKTA 1VSDA 2BANA 1HYVA 4CJTA 4M3UA 3MECA 3VQBA 4PY5A 4DTSA 4JRQA 3NE6A 4YFUA 1ASVA 3P1GA 2D0AA 3ALYA 4OKKA 3AVFA 4OPJA 4Z0UA 4XIUA 3RMAA 2XO7A 3QERA 1X9SA 4FXDA 2HHUA 1RT6A 2XY7A 1W9HA 1LWCA 3HPGA 3QIPA 3ZSRA 1L3UA 2XY6A 1QSYA 1TAUA 3HSTB 2HNYA 3PX6A 4CJ3A 1ASWA 3DLRA 1QE1A 3B6PA 4H4OA 4KTZA 4KV8A 1KVCA 4MFBA 4FLUA 2G8VA 1HYZA 1RBTA 3KKRA 1R0AA 2PYJA 1IKXA 4ELVA 1HPZA 3ZSWA 3VA0A 2F8SA 3V6DA 2B6AA 3S3OA 2O4IA 4CF9A 1X9MA 1A5VA 3SUOA 4EP4A 3P5JA 4IG3A 2VG6A 4DF8A 2OPQA 3DLHA 3LPTA 1YT3A 3MAQA 4DG1A 3SPZA 1NKEA 4FJJA 4E0DA 2JLEA 4NYFA 1VSIA 1WSHA 4FJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KH6A 4AHTA 3OYFA 2DFHA 4WF9L 3AAQA 5AQMA 1BISA 1DKGD 1YJWN 4O0IA 4JKHA 3KK3A 1CZBA 5TKWA 3SBGA 4BRLA 2G8HA 3OVNA 3IKMA 4YOYA 3VMFB 5E26A 1HNWK 3D6RA 2P9PA 3PLAA 3TSUA 5I9EB 4ICLA 3L0QA 3TTDA 1IH7A 3DM2A 4BRKA 3NFAA 4LFCK 3WUHA 2QXLA 2ZGYA 2HHHK 3NGIA 1TAQA 1QHAA 2QWOA 1SKRA 3C6TA 1OH5A 3L2WA 1B9DA 2V7YA 3VENA 4A61A 2YKNA 1EX4A 1TKZA 2FSKA 3ZX0A 4BREA 3CCMN 2D0PA 4DV6K 4KHUA 3QBWA 2HBMA 1BHLA 3GL1A 4B08A 1JJ2M 1RGIA 3RR7A 1NGDA 4JK9A 4YHHK 3E9OA 1TVRA 2Q36A 4B9VA 4UY8O 3VQ8A 5HBMA 5FPDA 1TK5A 4CBWA 1GLBG 2P9IA 2HOEA 2E2QA 2RN2A 3CCRN 3VQ5A 3EKSA 2KKZA 1UOCA 2HMPA 1ZBUA 2YNGA 2O4GA 3NH0A 3MX5A 4ZTFA 1WSIA 1FKOA 4Z94A 1TV6A 3P39A 1KTQA 3AVLA 1QQCA 3VEVA 3VF4A 3O3GA 2V51B 5AQPA 2HHQA 4Z4GA 3VA3A 1WSJA 5EY4A 3AO2A 4KH5A 3IAYA 4JRPA 1O1WA 4KHYA 4Z4HA 2HW3A 3CM5A 1VSMA 2WTUA 4KI6A 4CZLA 2YV0X 3SQ0A 1Z05A 1LW0A 4KAZA 3ZSXA 3TAPA 1HKBA 4AHUA 1L3TA 4IXCA 1LWFA 2WC9A 1A5XA 4CHNA 2E8AA 1OH6A 3GDQA 4BR4A 4FM1A 4CFDA 1NJIO 4OGCA 2PBDA 2A40A 3LM2A 2QK9A 5EOYA 1ITGA 2V52B 3DLLL 3AVIA 4IFYA 4DQIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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