2QKKA

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 14-mer rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
154
Chain Sequence
GSHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQSED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3'
molecule tags Hydrolase/dna/rna
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 154
sequence length 154
chains with identical sequence B, E, F, I, J, M, N, R, S, W
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qkkA00
3HSTB 1D9FA 4CK1A 5KGWA 5C42A 1RBUA 2NUBA 2XY7A 4FJ8A 3EY1A 2XHBA 3DMJA 1EKEA 3NH1A 5K14A 3D0PA 1R0AA 5HBMA 1XHXA 2KZMA 3PO5A 3OVNA 1KLNA 4Z4EA 3VA3A 4CJLA 2KFZA 4Z4GA 4FK2A 4N41A 3C94A 4DTSA 1RT7A 3QIPA 4FM2A 4M3YA 3VQ4A 3CQ8A 1BHLA 1QE1A 2YNHA 1LV5A 3AVNA 4RG8A 4RW4A 4Y1DA 3VQ9A 2KW4A 1JKHA 3QERA 3PV8A 4JS5A 4F3TA 3L2WA 1RTJA 3KKSA 3LWLA 1WSEA 3AO5A 5C25A 1QTMA 3K5OA 1NJXA 3TAFA 4FJ7A 2BE2A 1NK4A 4DF8A 3CYMA 3IRXA 3NGYA 3V9WA 2JGUA 4CERA 1MU2A 4DTOA 4M3TA 4I2PA 2O4IA 4CHPA 3C6UA 1EETA 3OJUA 1NK5A 3CM6A 2YNIA 2HHUA 3ISNC 1F21A 1S5JA 1TVRA 1LWCA 1C6VA 1VSLA 1JL1A 2YKNA 3DRSA 5HRRA 4CHOA 5KRSA 3V1OA 1S1XA 2HNZA 3SV4A 4DU4A 1J5OA 2IS3A 3SQ4A 4DQIA 4C8KA 3RR7A 1QQCA 1J9AA 4H8KA 3KLIA 3VQAA 3ALYA 4BE2A 1UA0A 3RMCA 4HCBA 2ETJA 2XY8A 1ZBHA 4KTZA 3VA0A 4KHWA 4OLAA 4PWDA 2QKKA 4FYDA 1VRTA 3AA4A 1C1BA 4I9LA 4W5OA 4DFPA 4PA1A 1L5UA 4HVJA 3C95A 5HRPA 1KFSA 3WNEA 4E7HA 3L2QA 3FFIA 1LWEA 2XY5A 4AHSA 3MEDA 4BWMA 1T8EA 3PX4A 3KTQA 3TAQA 4M3XA 2YV0X 1UA1A 3MXIA 3MXMA 4CIFA 4FZXC 5HRNA 1BI4B 1RCHA 1QHTA 4DTMA 4OKKA 3QNOA 2OZSA 1JLGA 4CECA 1HJRA 4C8LA 1HNVA 1WSHA 1D9DA 4NCBA 3KD5E 4KHUA 5CYMA 3DLKA 2KTQA 3V6DA 1FKOA 3O3HA 4M3UA 1IKWA 1SL1A 3S3MA 1G15A 1VRUA 3S9HA 1W0HA 1Q9XA 3NE6A 2RF2A 1C1AA 1WAFA 3OS2A 3RMBA 3RRGA 4OGEA 3HP6A 2P1JA 1ZBUA 3D45A 1FKPA 3A2FA 3NFAA 3DYAA 1QS4A 3SI6A 2HMIA 4KHSA 4ELTA 1NKEA 3L8BA 5I3UA 3C6TA 3SJJA 3K5NA 4B9UA 4CEZA 3TAPA 3S3OA 1JLCA 3VQQA 4CEQA 2P5OA 1BL3A 4IFVA 4DSJA 3PX6A 3K57A 3OYIA 4BWJA 3RRHA 3VQBA 3ZSWA 1S1VA 4C8OA 4K8ZA 1N6QA 1REVA 3LPUA 1NK8A 3NF8A 3TAMA 1X9MA 4FJKA 4XIUA 3VQEA 4B9LA 1XC9A 3QEIA 4WE1A 1KSPA 3V9ZA 2G8UA 4NYNA 3OJSA 3PUFA 3VQPA 3SQ1A 1RDDA 3OY9A 1JLFA 2D0AA 5KGXA 4JRPA 3V9SA 1T03A 4FJNA 1YVUA 4B8CA 2E6LA 4CE9A 4CJSA 3RMAA 4PUOA 2F96A 1L3SA 2LSNA 3U6FA 3LP2A 4B9SA 4LD0A 4CJ5A 1A5XA 1TKDA 2VWJA 1SUQA 4DS5A 3I0RA 4CHQA 4DTUA 4F4KA 1RTIA 2W42A 1WSGA 5E41A 3BDPA 4ZHRA 2G8WA 3TABA 2Z1JA 1CXQA 3NF6A 3ZT3A 1RNHA 2ZQBA 4CFBA 5C24A 3LWMA 3ZSXA 1RBSA 1FK9A 5J2QA 1EP4A 4DQSA 4GMJB 4DTPA 3THVA 1KTQA 2XRIA 1LW2A 3DRPA 3ZT4A 3L2UA 3V81A 1WSFA 4E0DA 3VQCA 2IGIA 3ZSVA 4W5RA 3HM9A 3DI6A 4CFDA 3CFPA 1Z25A 4GVMA 1U04A 3HPGA 3OYLA 2OPPA 2I5JA 4DQQA 2HB5A 3QO9A 3HPOA 4FLXA 3OYEA 1HPZA 3DLHA 2D0BA 2E4LA 2PY5A 4J2AA 2RPIA 2Y1JA 1RDCA 3G0ZA 2HHTA 2HHVA 4BACA 3V4IA 3IAYA 4CJEA 4R5PA 4ELVA 2BDPA 2DY4A 4FM1A 1L3TA 5KI6A 4N5SA 4B3OA 4DLGA 4CHYA 2EX3A 5FDLA 2FC0A 4CJQA 4OJRA 2WONA 4KB1A 2HVIA 3MEEA 4FZYA 2G8HA 1I3AA 3SZ2A 4KRFA 4IG0A 2FBXA 3DLBA 4O44A 5CYQA 5J2PA 5HLFA 3AO2A 1S6PA 2GBZA 4KI4A 1VSHA 3V1QA 4CEFA 4CGDA 4CJ3A 3OYDA 3DM2A 3OYFA 1TKZA 3QEXA 2X78A 1Z26A 3AVFA 5CY4A 3WNHA 1RDBA 4AHUA 3M8SA 4DFJA 3AVMA 3H08A 4W5TA 4DTRA 3NDKA 3TWHA 1RBRA 3ZSRA 4M3WA 1HYZA 3LZIA 2IAJA 1U47A 4RW8A 3NGIA 3ZSYA 4FJMA 1VSDA 4DSEA 5FROA 3U3GA 4M41A 4CF2A 4B9TA 1J54A 1NJWA 1JLQA 4KHQA 4CK2A 1L3UA 3HK2A 4O4GA 5CZ1A 4ZTFA 5I42A 3MXJA 4AHVA 1JLEA 3M8PA 2PYLA 4DTXA 3K59A 1VSFA 1S1WA 3F9KA 3QEWA 2HHQA 3K5LA 3T19A 1JXBA 1T7PA 3AV9A 4TSXA 3SYZA 2KZZA 2HVHA 4BE1A 3CM5A 4CF0A 1ZYQA 4CHNA 1U48A 4CJUA 2ITGA 4BDYA 3F73A 3CFRA 3I0SA 3RTVA 4FJ9A 1DTTA 4CJPA 3LAMA 4PQUA 2D5RA 1IKYA 4DS4A 3SPZA 1GOCA 4E7IA 4FJGA 2R7YA 4W5NA 4EZ9A 4FCYA 3ZSQA 3KD1E 2RN2A 2GUIA 3ZSOA 3K5MA 3O3GA 3TI0A 1X9WA 1QSSA 1D8YA 4FJLA 1YTAA 3B6OA 4J2EA 3ASMA 2B6AA 1B9DA 2IOCA 3LALA 1U4BA 4M42A 4AHRA 4FJIA 4E1MA 1DLOA 1HMVA 4E7LA 4HUEA 2Y1IA 1CZBA 4QCLA 1VSKA 3V1RA 3SUNA 1BCOA 1KFDA 2QK9A 3AO3A 3DOLA 3P1GA 1RBVA 2X6SA 3HP9A 3PY8A 4EP4A 5D3GA 3P83D 3SQ0A 4HUGA 3KK3A 1JXEA 1NK9A 4CGFA 3M8QA 1ASWA 3ZT0A 4F2RA 2F8TA 1HQEA 1IKVA 1D5AA 1C0MA 1DTQA 3KLGA 1TKXA 5J2MA 4DQPA 4F8RA 4HTUA 4C8NA 1NJYA 5HP1A 1S1UA 2Q3SA 1ASUA 1S9EA 4LH4A 2OA8A 4FK0A 1WSIA 4DU3A 2HHWA 4CEBA 4FK4A 3OYBA 2FBVA 1HRHA 4DSKA 4DWIA 3SCXA 2KFNA 1VK0A 4IKFA 1LAWA 1KRPA 4E89A 1VSMA 2YKMA 1VSIA 4DLEA 1LAVA 4HHTA 1C1CA 1LW0A 3HVRA 1NKCA 4ID5A 3TANA 4Z4IA 1TAUA 1HQUA 1XWLA 2BANA 4FW1A 1WAJA 2X74A 4H4MA 4Y1CA 1SL2A 4K8XA 4E1NA 1S6QA 1UAXA 4L8RB 3CFOA 3OS1A 4Q0BA 1VSEA 3NH2A 1W9HA 2YHAA 3OYMA 3AA5X 4FLZA 4B8AB 4FJJA 4EZ6A 4N76A 4CJRA 4KPYA 2OPSA 5CZ2A 1K6YA 5KTQA 3SPYA 1IH7A 4O0IA 3HO1A 4GW6A 4KTWA 3T1AA 1TAQA 2YNFA 1RT3A 2P51A 1B9FA 4M45A 2OPQA 4EP5A 3NHGA 3MAQA 3I8DA 1RT4A 1NK0A 4QAGA 3WNGA 2HHXA 1RT6A 3LP3A 4OGCA 3LP0A 5JS2A 3QNNA 2AJQA 4Q5VA 4FJ5A 4KTQA 4FVMA 3VQ5A 4LSNA 1ZBFA 3LANA 4DFKA 5SZTA 3AVGA 4AHCA 2HNYA 3JSMA 2YNGA 1YT3A 3U3YA 4CJTA 4OKJA 5T7BA 3DLGA 4PY5A 1TV6A 4O55A 4KHNA 3VQ7A 4FM0A 1S1TA 4O5BA 1O1WA 4Z0UA 3WNFA 3ZSZA 1SKRA 3TR8A 4HUFA 1S9GA 1UWBA 1WLJA 3BGRA 4MFBA 4AH9A 4FLYA 1QSYA 4Z4HA 3QEPA 1L3VA 2GV9A 4DTJA 4ELUA 1JLBA 4O0JA 1TL3A 3MEGA 2D0CA 2DFHA 3HVTA 1TL1A 4KV8A 1ASVA 3AVAA 4OVLA 4AHTA 3TAEA 3QETA 5FRMA 1KVBA 4FLWA 3SV3A 4B9VA 2G8KA 1FXXA 2G8VA 2EHGA 1RDAA 2G8IA 2A1RA 4QOZB 4FLVA 4IG3A 1LWFA 3AA3A 3RWUA 2ZD1A 3LP1A 2DFEA 2BGGA 3L2RA 4ICLA 2KQ2A 4KKOA 4IDKA 4CFCA 4CHZA 3HPHA 1QSLA 4FXDA 3KK2A 1WSJA 4DSFA 3M8RA 3O4NA 1WN7A 3KJVA 1RT2A 4B08A 2E6MA 1KVCA 3AVCA 4ID1A 5EU7A 1IKXA 1BGXT 1RILA 1BQNA 3AVLA 5DMRA 4CJ4A 3V9UA 4CFAA 3ZT1A 1GOBA 1WNSA 3AVJA 2RKIA 4E19A 4CK3A 3OYCA 1KLMA 3KK1A 2VWKA 1SKSA 1NKBA 1N5YA 4KREA 1BI4A 3AVHA 4KFBA 2Z1GA 4J2DA 2Z1IA 2B4JA 3OYKA 3CG7A 3NF7A 4HCCA 4FW2A 3PO4A 1BCMA 1TGOA 3DLEA 3ZT2A 3B6PA 3RR8A 4CGHA 2XO7A 5JS1A 3AA2A 4CGJA 1Y97A 2PZSA 4CF9A 1TKTA 3IG1A 3LDSA 4CIEA 3VQ8A 4CJKA 4J2BA 1A5WA 2ATQA 3EYZA 2A1SA 1Q8IA 1BIUA 1U49A 1NK6A 2G8FA 1TK8A 4DFMA 4RW9A 4E7KA 4B9NA 1KVAA 1NK7A 3DLRA 2FBYA 4LY7A 2O4GA 4N47A 1ITGA 3QIOA 4OPKA 1C0UA 3OYNA 3O3FA 3HT3A 4JS4A 4ZTJA 3LPTA 5DK5A 4CGIA 3AO1A 2YHBA 4FJHA 3PX0A 2P5GA 1CLQA 2JLEA 1RTDA 4FZZA 4CJVA 4DSIA 3OYGA 1I39A 3ZCMA 1B92A 4KHYA 2IC3A 1SKWA 1J53A 3VQDA 4DF4A 4YFUA 4KB0A 4F2SA 2X6NA 1U45A 1RT1A 2QXFA 3KLEA 3L2VA 4DTNA 3SQ2A 3TAGA 4G1QA 3TARA 3DRRA 1EXQA 5KRTA 4DQRA 1JL2A 3NGZA 3NAEA 1IO2A 4IBNA 1NJZA 4Z4CA 2OYQA 2DTUA 4LH5A 2HHSA 4CESA 3G10A 4N56A 4KI6A 3IS9A 4CEEA 4I9QA 1BISA 1XHZA 1GOAA 4RW7A 2Z1HA 4FLTA 1BQMA 3L3UA 3LZJA 1XI1A 2WOMA 3JYTA 2FBTA 3AO4A 3T3FA 2OZMA 2OPRA 4BE0A 1X1PA 4UQGA 3QINA 4NYFA 4CGGA 4YNQA 1RTHA 4RW6A 1KCFA 4F3OA 1NOZA 3ULDA 1IG9A 4FLUA 1C0TA 3NH0A 1SL0A 1RBTA 3S3NA 3QESA 2VG5A 3SUPA 2DFFA 3LAKA 4M3ZA 3EZ5A 3HJFA 1HNIA 1CZ9A 3O4QA 3HXMA 4Z4FA 5FRNA 3AVBA 2HNDA 1HYVA 3QLHA 4DU1A 3SUQA 1BIZA 1VSJA 2VG7A 2HW3A 1TK5A 3VQ6A 4I7FA 5J2NA 1Q9YA 4CF1A 4OPJA 4BDPA 3ITHA 4CCHA 4H4OA 4CEDA 4DMNA 1ZBLA 2B5JA 2IDOA 4W5QA 4OKEA 4CEOA 4I2QA 1NOYA 3RMDA 3P5JA 3OYJA 4DG1A 1YTUA 4AILC 3NF9A 4MQ3A 4E7JA 1UOCA 2XY6A 1X9SA 4B9MA 4JLHA 4DSLA 3UIQA 2ZE2A 1HYSA 4CIGA 4JRQA 3KLFA 4KAZA 3K58A 4CJFA 3VN5A 4NCAA 3E01A 3KLHA 1ZBIA 2QKBA 3SNNA 3HL8A 4NCGA 1A5VA 3OS0A 3L3VA 5SWMA 2VG6A 3AVKA 3MECA 3NBPA 5J1EA 3V9XA 3SUOA 5HROA 3OYAA 3HYFA 3NCIA 3OYHA 4BDZA 2PYJA 4M3RA 4CF8A 5HRSA 4FJXA 3QEVA 1T05A 1JLAA 1TK0A 1SV5A 3KKRA 4KO0A 4LSLA 4C8MA 4CEAA 3DOKA 3K2PA 4CJWA 4IFYA 4E3SA 1EX4A 4OLBA 3KIOA 1CXUA 1RT5A 2F8SA 3AVIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D9FA 5C42A 2XY7A 1RBUA 2NUBA 3DJCA 5FPDA 3DMJA 1EKEA 1VQ6N 5HBMA 1XHXA 3U8XA 3THYB 4XH1A 4BRGA 4N41A 4FM2A 2EWSA 3AVNA 4RG8A 3LDOA 3IMXA 3VQ9A 1JKHA 4JS5A 3U9DA 3L2WA 3KKSA 3LWLA 3AO5A 3FZHA 1NJXA 4DB3A 4DF8A 3CYMA 3IRXA 5LL6Z 5JICA 3V9WA 3CJ7A 1EETA 2NRVA 3CM6A 2HHUA 5IWAK 1F21A 4QS9A 1LWCA 4BR4A 3DRSA 5I42A 4LF7K 3V1OA 5DM6L 3SQ4A 3O1WA 3RR7A 3CPEA 3ALYA 1NMDA 3H3NO 4KTZA 2QKKA 3WQUA 4EAHD 3AA4A 2ITMA 4PA1A 4HVJA 1VQPN 4BWMA 1T8EA 4FZXC 1BI4B 2YX6A 3EL2A 4DTMA 2CH6A 2UXDK 4CECA 3IFRA 1WSHA 1D9DA 3HBTA 4NCBA 4WFAL 1TUYA 2KTQA 3O3HA 3S9HA 3NE6A 4O8KA 1WAFA 3CCVN 1HR0K 3RMBA 4OGEA 3HP6A 1ZBUA 1DKGD 3WXKA 3A2FA 3H46O 3NFAA 3DYAA 4JK9A 3SI6A 1VQ9N 4ELTA 4B9UA 1JLCA 4ISGA 3QB0A 3TPQA 1GLCG 4BR5A 4BWJA 3ZSWA 4C8OA 4U7BA 1N6QA 1NK8A 2V7ZA 1X9MA 4XIUA 4DUZK 1N33K 1XC9A 1NGFA 1KSPA 3V9ZA 4H5TA 1R59O 3VQPA 1RDDA 1JLFA 3V9SA 2F96A 4DR5K 2LSNA 1XNRK 3LP2A 4B9SA 4LD0A 4BRMA 1RTIA 4JKEA 4CZKA 5AQYA 3NF6A 3ZT3A 4OPHA 4BRQA 4DR7K 4AQYK 1OKJA 3J80O 1QVGM 2XRIA 1LW2A 3L2UA 1TUUA 4BVPA 4E0DA 1WSFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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