2QKKA

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 14-mer rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
154
Chain Sequence
GSHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQSED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna/rna
molecule keywords 5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3'
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 154
sequence length 154
chains with identical sequence B, E, F, I, J, M, N, R, S, W
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qkkA00
2KZMA 1KVCA 1YVUA 1FKOA 1VSIA 1HQUA 4CJTA 1T03A 1N6QA 4CF9A 3LDSA 3RMBA 4LH5A 3O3FA 4RW7A 4KO0A 3NGIA 1NKCA 1BHLA 3EZ5A 1KVAA 4FCYA 5JS2A 3RMDA 1B92A 4CJSA 1SL0A 2P5OA 4PWDA 3FFIA 1VSDA 3U6FA 4BWJA 4ZTJA 1S1WA 2KQ2A 4LSNA 2G8UA 1BGXT 2HVIA 1TKDA 4B08A 4CHZA 2QXFA 3SUOA 2X74A 4OGCA 3OYDA 1R0AA 1A5WA 2Z1HA 1NK7A 4DLGA 3QEXA 3EY1A 3M8RA 2PY5A 1ASVA 2XY8A 1EETA 4OKJA 4HUGA 3QEPA 4FJJA 3SQ1A 4J2DA 2DFHA 5CZ1A 3VQAA 1NJXA 4DTOA 1Q9XA 3DYAA 3ZT1A 1LWCA 4CFCA 2IDOA 4CESA 4W5OA 4QAGA 4NYFA 3B6OA 4IBNA 3SCXA 4CF1A 3VA0A 2FC0A 4FLTA 2EHGA 4O0IA 3L3UA 4CJFA 1TKZA 3AVCA 4Z4HA 4H4OA 4JS5A 1TK5A 1IKYA 3V1RA 1RBRA 3QETA 3AA2A 4LY7A 2W42A 4OLAA 2YNGA 3OJUA 3U3YA 3IG1A 3V9WA 1D9DA 4KI4A 1HMVA 3AO4A 3NFAA 4CFDA 4DSJA 2HHVA 1WSHA 4RW6A 3E01A 4F2RA 1VSEA 1QSYA 4E7JA 1JLFA 2KFZA 1NK0A 3VQ6A 4FYDA 2KFNA 2G8VA 3THVA 4CECA 4Y1CA 1RT7A 2P51A 4DFKA 1S5JA 1ZBLA 5HBMA 2HHTA 1EKEA 3ZSWA 4KAZA 2YKNA 3K5NA 1Q8IA 3ITHA 1GOBA 3TWHA 4KTZA 3HT3A 3VA3A 4DTRA 5C25A 1U48A 5HRNA 1LAWA 2HHSA 1XWLA 4FZYA 1JLCA 2YHAA 1UOCA 2VG5A 4O44A 1NJYA 5D3GA 3V9UA 3VQ5A 1D8YA 2PYLA 2RKIA 1T7PA 4E89A 3QEWA 4E19A 1BCMA 1RNHA 3KK2A 3OYEA 1YTAA 4Q5VA 1QSSA 4CEFA 3WNGA 2DFFA 1S1TA 3CYMA 1WN7A 3T1AA 1RT2A 3L2VA 3K58A 5HRPA 4CJPA 4CJRA 5FROA 4UQGA 4TSXA 3K5MA 4FJ9A 2RF2A 2D0AA 1QS4A 1TVRA 1HRHA 3QLHA 4PA1A 1JXEA 4Z4EA 1JLBA 5C24A 3AA3A 2ATQA 4FLWA 3HK2A 4QCLA 4CHNA 3B6PA 3OYIA 4RW9A 2IOCA 4N56A 1NKEA 1YT3A 3OYJA 4KPYA 1UWBA 1CZ9A 4DS5A 4FJLA 3LP1A 2E6MA 2NUBA 3LWLA 1VSMA 4B9UA 4FJKA 3U3GA 1EXQA 1CXUA 1RDCA 2QK9A 4F2SA 4B9SA 2YKMA 4C8LA 3IS9A 4I2PA 4JLHA 4CGHA 2OPPA 4CK2A 3MXIA 2OYQA 3L2QA 3LP2A 3AA5X 3NCIA 4DTUA 3DRPA 1TGOA 4KHQA 4CFAA 1J54A 3I0RA 5KRTA 3OYHA 4DF4A 4FJ5A 1BCOA 3DOLA 4JRQA 4DWIA 3K57A 3S3OA 1ZBUA 4CJ3A 1XHXA 3KLHA 2YHBA 3AO5A 2XY5A 1N5YA 2G8WA 1TK8A 3NHGA 4BACA 2DTUA 1C0TA 4O0JA 1JLGA 1KCFA 4CERA 4R5PA 3NH1A 1RT4A 3KLEA 2OA8A 4B9TA 2OZMA 2GV9A 1UAXA 4CEAA 4CGJA 4FZXC 4BWMA 1T8EA 4M3TA 2RPIA 4E7IA 3AVAA 1W0HA 3MECA 3RRGA 1RBVA 2F8TA 3CFRA 3AVMA 1TKXA 4DQSA 3DLHA 5FDLA 4N5SA 4FK2A 4FLYA 3KIOA 4KFBA 4FJ7A 3P5JA 4DTJA 4B3OA 4CGDA 3I8DA 4KHSA 4EZ6A 1T05A 3WNHA 1JL2A 4M3RA 3KJVA 3MEDA 3HVRA 3QINA 1RTIA 3M8PA 1KLNA 1FKPA 1TL3A 4DQPA 1HJRA 1BIZA 3K2PA 3OY9A 4FLZA 1FK9A 3DLBA 3T3FA 4H8KA 3F9KA 2ZE2A 2YNIA 1WSFA 1MU2A 3NF8A 5KGWA 5J2PA 1WAJA 4CJQA 3HPOA 2G8FA 3NF9A 3ZSRA 1VSJA 1DTTA 2LSNA 3V1QA 5KGXA 3HO1A 2E4LA 2X6SA 2P1JA 1B9DA 4CEDA 4I7FA 3NAEA 4E1MA 3AVKA 3DRSA 1KTQA 2RN2A 4I9LA 5CYMA 4AH9A 4OVLA 3SZ2A 3OYLA 1ZBHA 3HJFA 1HYZA 3DM2A 4FK0A 2B6AA 4CEOA 3AVHA 4FVMA 4PUOA 3K5OA 3QNNA 3HXMA 3MXJA 4AHCA 1K6YA 4AHUA 4CHYA 2OZSA 3ZSVA 3RMAA 1C6VA 1BISA 4C8NA 3JYTA 1TAQA 3DLEA 3AO1A 4KREA 3LWMA 5FRMA 3HPHA 3K59A 4CJ4A 1X1PA 1DTQA 4LH4A 4J2EA 2HNYA 3CFOA 4B9MA 1U49A 4EZ9A 3TAMA 3K5LA 3AVJA 3S3MA 4DSKA 5J2QA 1C1BA 2FBVA 5K14A 1KFDA 4XIUA 1IKXA 5I3UA 4IFVA 3SNNA 3OYBA 4N41A 4Z4FA 4MQ3A 3AVFA 1VK0A 2ZQBA 1U04A 4QOZB 4KI6A 1I39A 2OPSA 4K8XA 2XY6A 4Z0UA 3T19A 2OPRA 1HQEA 2HNDA 1VSLA 4KB1A 2JGUA 4CIGA 1QE1A 4DMNA 3AO3A 3SPZA 3JSMA 1X9WA 2IGIA 2KTQA 1KFSA 1RT1A 2KZZA 2GBZA 4N76A 4DTXA 3BGRA 4DSEA 4RW8A 4W5QA 3MAQA 1ZBIA 1NK5A 3OS1A 3RTVA 2A1SA 3AA4A 3TAEA 4F4KA 4LSLA 3NGZA 4CGGA 3G0ZA 3LZIA 1ITGA 3HP6A 3SUNA 1D5AA 3AVLA 4KHUA 4NCBA 1C0UA 4BDYA 4KHWA 3VQQA 4FJ8A 3OYCA 3VQEA 5HRSA 3V81A 4Q0BA 1BI4B 4HTUA 1HYVA 3TARA 4AHTA 4DQIA 4RG8A 4HCCA 3V9XA 3LPUA 3L2UA 4OPJA 2Y1IA 3S3NA 1CZBA 1Y97A 2IC3A 1B9FA 4CGFA 4CFBA 3AVNA 3SQ2A 4CEZA 2X78A 1IKWA 3HM9A 1XC9A 4ELTA 4OLBA 4DQRA 3WNFA 4AHRA 1J53A 4M42A 4OKKA 3CQ8A 3C95A 3OYNA 1J5OA 1KLMA 2D0BA 3VQ4A 5SWMA 4FJHA 5EU7A 3HYFA 4PQUA 4C8KA 1L3VA 2VG6A 4O55A 1LWEA 4MFBA 3TANA 2YV0X 4FM0A 3MEEA 4OKEA 4CJKA 3PX6A 2PYJA 4J2BA 1VSHA 3IAYA 1L3UA 4FJGA 3TAQA 2IS3A 3O4QA 1A5XA 5C42A 4OGEA 2XRIA 3ZSYA 1RTHA 3RRHA 1RT5A 1WNSA 2WONA 1CXQA 3ZSOA 3SYZA 5CZ2A 4IFYA 3AO2A 2FBYA 3RMCA 2Z1JA 2GUIA 2ITGA 4W5RA 3QNOA 3KK3A 1D9FA 3V9SA 5KTQA 4OPKA 5HLFA 1X9MA 2HHXA 4B8AB 4ELUA 3KLGA 1BQMA 3ZT2A 3ZCMA 1U4BA 1WSEA 3SV3A 1NK6A 1RTJA 2G8IA 5J1EA 3DOKA 4CF0A 3ZSXA 3SUQA 3O4NA 4Y1DA 1IO2A 3VQBA 3AVBA 3NF7A 3KD5E 4W5TA 1Q9YA 3LP3A 3LALA 4IDKA 3LZJA 3WNEA 3L2WA 1S1UA 2F8SA 1U45A 4KHYA 4O5BA 1GOAA 3VQDA 3CFPA 3SV4A 3PV8A 4NCAA 3OVNA 3OJSA 3SI6A 4M3UA 4DFJA 4PY5A 2KW4A 1SKSA 2HMIA 3CM5A 3DLGA 3QIPA 4CIEA 1NOZA 4DF8A 2YNHA 3NH2A 2Q3SA 1C1AA 3DLRA 1EX4A 3DRRA 5T7BA 4DLEA 3PO4A 4B9VA 3QIOA 4Z4GA 2BANA 4J2AA 3PX0A 2Y1JA 2EX3A 1SV5A 4HCBA 3L3VA 4Z4CA 1ASUA 1S9GA 1WSIA 4KKOA 3OS2A 3D0PA 5J2NA 3VQ7A 4CGIA 1BQNA 1VSFA 4BE1A 3VQ9A 1XI1A 1QSLA 2ETJA 3C6TA 1U47A 3MXMA 2HB5A 4B9LA 2E6LA 4F3OA 3HP9A 3ZT4A 2BDPA 3QESA 1QQCA 4RW4A 3VQ8A 3ZSQA 4IKFA 4W5NA 1YTUA 2WOMA 4GW6A 1BI4A 3KKSA 3NGYA 4JS4A 2HHWA 3SPYA 2HNZA 2VWJA 1ZBFA 3QEIA 3RWUA 2QKBA 1WSGA 3ZSZA 3H08A 1DLOA 1G15A 2YNFA 3P1GA 4YFUA 4JRPA 4C8MA 1LAVA 4CJUA 2R7YA 2QKKA 1L3TA 4BE0A 3PY8A 1ASWA 3AVGA 4BDPA 4YNQA 4E3SA 4DSLA 3P83D 1TL1A 1BL3A 4BDZA 3KTQA 3VN5A 3LAMA 4FM2A 3RR7A 1RTDA 4L8RB 4Z4IA 4CJWA 3NH0A 4FLVA 1L5UA 1KSPA 4CJ5A 2A1RA 4CF8A 5E41A 3ASMA 4DU3A 4I9QA 4DG1A 1IKVA 3KKRA 3S9HA 1QHTA 5HP1A 4ICLA 2FBXA 4ELVA 1TV6A 3DMJA 3HSTB 1JXBA 4KTQA 4C8OA 1JL1A 4NCGA 4FJMA 1C0MA 4M3XA 1LV5A 4H4MA 4O4GA 3O3HA 2HVHA 4DU4A 2Z1IA 1RDAA 5SZTA 1HNVA 3OYMA 1JLQA 1Z25A 1RILA 3SQ4A 3TABA 2AJQA 4N47A 3MEGA 1CLQA 4CK1A 4CJLA 4B9NA 4BE2A 1JLAA 1XHZA 1TAUA 4CJVA 1TK0A 1REVA 5KI6A 3I0SA 4FJIA 4M3YA 3ZT0A 4EP4A 4CIFA 4HUFA 4DTMA 1NOYA 4K8ZA 4GVMA 1IH7A 3LANA 4KV8A 4CHOA 1RT3A 3OS0A 3VQCA 1RCHA 1WSJA 2Z1GA 1VSKA 2XY7A 3PX4A 3OYFA 4M3ZA 1KVBA 2O4GA 4EP5A 1FXXA 1RBSA 1LWFA 1UA0A 5FRNA 4CK3A 4DSIA 4NYNA 1HYSA 2B4JA 4CCHA 4HUEA 2DFEA 4G1QA 3SJJA 1RBTA 1SUQA 2OPQA 3OYAA 3ULDA 3M8QA 5HROA 2I5JA 4FJXA 3O3GA 4FK4A 3HPGA 1RBUA 3KLFA 3L8BA 3PO5A 4M45A 3AVIA 3EYZA 4M3WA 3HL8A 3G10A 3CG7A 3QEVA 4E7LA 4IG3A 3NF6A 1F21A 4ID1A 4FLUA 5DK5A 4WE1A 4CF2A 1S1VA 3V1OA 2VG7A 1RDBA 3PUFA 1JKHA 4KHNA 4E7KA 3DLKA 3TR8A 1TKTA 3SQ0A 1HPZA 3OYGA 3QO9A 2BGGA 1RT6A 3HVTA 3UIQA 4DSFA 5CY4A 1EP4A 2ZD1A 2DY4A 1NK8A 2F96A 3BDPA 3QERA 3L2RA 3TAPA 1ZYQA 2G8HA 4CEEA 1NK9A 4M41A 1L3SA 3KK1A 1VRTA 2B5JA 3ALYA 3TAGA 1C1CA 1IG9A 1SKWA 5HRRA 3OYKA 3A2FA 4KTWA 1WLJA 3ISNC 4IG0A 4CEQA 4CHQA 3LAKA 4CE9A 3D45A 3F73A 4DFPA 4HVJA 1X9SA 1J9AA 4DFMA 1VRUA 2G8KA 2PZSA 1SKRA 4E0DA 2D5RA 4FJNA 4F3TA 1LW0A 3C6UA 2O4IA 1W9HA 3TAFA 4DQQA 1GOCA 1JLEA 3AV9A 3RR8A 4F8RA 1NJWA 1HNIA 4FW2A 4AHSA 1LW2A 4FLXA 1WAFA 4AHVA 4DS4A 4OJRA 5CYQA 2X6NA 4CJEA 5KRSA 2BE2A 3KD1E 3KLIA 3NDKA 2D0CA 3VQPA 1S6QA 3CM6A 2XO7A 3V9ZA 3SUPA 4LD0A 1O1WA 3NE6A 4CEBA 2JLEA 5DMRA 4CHPA 3LPTA 1S9EA 1A5VA 2HHUA 3V6DA 1NJZA 2IAJA 4KB0A 4I2QA 4DTSA 1RDDA 3DI6A 5I42A 1NKBA 3LP0A 1SL2A 4E1NA 1QTMA 4KRFA 5JS1A 4GMJB 3M8SA 3V4IA 2XHBA 4FW1A 1I3AA 1SL1A 4FXDA 4DTPA 2HHQA 4HHTA 4E7HA 3TI0A 1KRPA 2P5GA 3ZT3A 4FZZA 2HW3A 1UA1A 2VWKA 4ID5A 1S1XA 4FM1A 4DTNA 3NBPA 4ZTFA 5J2MA 1S6PA 3IRXA 4DU1A 1BIUA 3C94A 1NK4A 4B8CA 2FBTA 4AILC 1Z26A 4ZHRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSIA 3H1QA 3O1BA 4KO0A 2E2OA 5JLFA 4DQ8A 2P5OA 5JS2A 1EQYA 3WT0A 2NRRA 2WUSA 1DGKN 3ULEB 2G8UA 3QFPA 2X74A 5FPEA 1VQ6N 1NK7A 4DLGA 2PY5A 2E2NA 4B1XB 3QEPA 4J2DA 1N8RO 2IVPA 5F2RA 1Q9XA 2KLAA 3DYAA 2E88A 1LWCA 4BG9A 2Q31A 1LOTB 1W7AA 3GG4A 1K73O 1GLFO 2EHGA 4CJFA 1TK5A 3AVCA 4H4OA 3V1RA 3QETA 4LY7A 4B3MK 2JWKA 2YNGA 1D9DA 4B1UB 4KH5A 4CFDA 1OVYA 3E01A 1VSEA 1JLFA 3VQ6A 2KFNA 4CBWA 4Y1CA 1RT7A 2P51A 4DFKA 2A6AA 2YKNA 3FZFA 3WXIA 1Q8IA 3QBWA 4KTZA 3VA3A 4DTRA 5C25A 2YHAA 3CIPA 4U67L 2VG5A 4O44A 3WXMB 5D3GA 2PYLA 1T7PA 2O8FB 1QZ5A 3QEWA 1YTAA 3K58A 4CJPA 4LFAK 4TSXA 3BZKA 3K5MA 3VF2A 4FJ9A 2RF2A 1QS4A 1TVRA 3IDHA 4PA1A 4LF9K 3C7NB 4FLWA 4CHNA 2QWQA 3B6PA 4RW9A 4BR0A 1NKEA 4FSVA 1YT3A 1WB9A 4KPYA 2QWRA 1CZ9A 3VENA 2E6MA 2NUBA 1EXQA 3E9PA 4F2SA 4I2PA 1ATRA 4CGHA 3MXIA 2OYQA 3L2QA 2D4WA 2ITMA 5CE3A 1TGOA 3IMXA 1NLVA 1J54A 5KRTA 4Z94A 3S3OA 4CJ3A 2YHBA 3AO5A 2G8WA 4LF5K 2ZJRL 4KBOA 2OA8A 5AJ3K 2OZMA 1T8EA 4M3TA 2RPIA 3DAWA 3I8BA 1W0HA 3MECA 3CFRA 5FDLA 4FWQA 4DTJA 3WNHA 4K42A 1HNXK 2D1KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VSI A;  3H1Q A;  3O1B A;  4KO0 A;  2E2O A;  5JLF A;  4DQ8 A;  2P5O A;  5JS2 A;  1EQY A;  3WT0 A;  2NRR A;  2WUS A;  1DGK N;  3ULE B;  2G8U A;  3QFP A;  2X74 A;  5FPE A;  1VQ6 N;  1NK7 A;  4DLG A;  2PY5 A;  2E2N A;  4B1X B;  3QEP A;  4J2D A;  1N8R O;  2IVP A;  5F2R A;  1Q9X A;  2KLA A;  3DYA A;  2E88 A;  1LWC A;  4BG9 A;  2Q31 A;  1LOT B;  1W7A A;  3GG4 A;  1K73 O;  1GLF O;  2EHG A;  4CJF A;  1TK5 A;  3AVC A;  4H4O A;  3V1R A;  3QET A;  4LY7 A;  4B3M K;  2JWK A;  2YNG A;  1D9D A;  4B1U B;  4KH5 A;  4CFD A;  1OVY A;  3E01 A;  1VSE A;  1JLF A;  3VQ6 A;  2KFN A;  4CBW A;  4Y1C A;  1RT7 A;  2P51 A;  4DFK A;  2A6A A;  2YKN A;  3FZF A;  3WXI A;  1Q8I A;  3QBW A;  4KTZ A;  3VA3 A;  4DTR A;  5C25 A;  2YHA A;  3CIP A;  4U67 L;  2VG5 A;  4O44 A;  3WXM B;  5D3G A;  2PYL A;  1T7P A;  2O8F B;  1QZ5 A;  3QEW A;  1YTA A;  3K58 A;  4CJP A;  4LFA K;  4TSX A;  3BZK A;  3K5M A;  3VF2 A;  4FJ9 A;  2RF2 A;  1QS4 A;  1TVR A;  3IDH A;  4PA1 A;  4LF9 K;  3C7N B;  4FLW A;  4CHN A;  2QWQ A;  3B6P A;  4RW9 A;  4BR0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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