2QMPA

Crystal structure of hiv-1 protease complexed with pl-100
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Pol polyprotein
publication title Crystal Structure of HIV-1 protease complexed with PL-100
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2007-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qmpA00
2FS4A 1PROA 4L1AA 5P76A 4EPJA 2R43A 1FG8C 3GW5A 5P1AA 4I0ZA 2I4QA 1IZDA 1HSIA 2FIVA 4FRKA 5P12A 1W5XA 4R5NA 3UDHA 4Y5MA 2R9BA 3SPKA 4RRNA 3H0BA 5P7GA 2I4XA 5P60A 3L58A 5OZQA 5P45A 1PPKE 2QI0A 1GVTA 4COEA 3FIVA 4EJLA 1QBTA 4K4QA 2FDEA 3AUPA 3L5BA 2QD8A 5P1OA 1HXWA 4HDBA 5P3SA 5P61A 2G21A 5I3XA 1NPWA 3PSUA 2P3AA 1QRPE 2PSUA 3PGIA 4Y9WA 5P1VA 5P7PA 3UQPA 4NPTA 2PH6A 4MC9A 5P74A 4ZSPA 3NU3A 4Y56A 3TLHA 2R38A 3JVYA 3DV1A 2XYEA 1EPME 1A30A 4Y3DA 5DQCA 1GVWA 2G94A 2P3BB 5P44A 5P37A 1QBRA 3I25A 3NYGA 4LBTA 2QNNA 1HVIA 1ODWA 2AVMA 3TOHA 5OYUA 1TQFA 2IGYA 2VNMA 5P3XA 2A1EA 5KQYA 2QMPA 3BRAA 1B5FB 2ZJKA 3CIDA 3PMUA 1W6HA 1EPQE 4PZXA 2V12C 3SA7A 5P3BA 4AA9A 3MSKA 4FAFA 4RRSA 5AH9A 5P28A 4B00A 2WECA 3WSJA 5OYZA 4ZSRA 4YD3A 5P10A 3I2LA 2AVVA 5P19A 4TRZA 5P0BA 2VJ7A 1D4LA 2OHSA 3QI1A 3KFRA 5P7TA 3KN0A 5P7YA 4L7GA 3F9QA 3PB5A 4Y4BA 1BXOA 3UDJA 6APRE 1HVKA 5P75A 3KFPA 2O4LA 4DQBA 3IXKA 5P2MA 5HE7A 4APRE 3ZKIA 5IE1A 1B11A 1Z8CA 3OUDB 1OD1A 3GGVA 3EM3A 3PI5A 1GVXA 2QD6A 5P1HA 5EZZA 3EM4A 1ZSRA 3EL1A 3VF5A 3TPRA 3QBHA 4OD9B 3PM4A 3BC4A 3O9HA 3VF3A 5HDZA 5P39A 2SAMA 3OU4B 1HIHA 3LIQA 2ZJNA 3EKVA 5P8OA 5P4EA 1D4YA 4GJBA 5JFUA 3UPJA 3HD8A 2BBBA 2RKFA 5P53A 3GGAA 4TVHA 2Q15A 1G0VA 1E81E 5IS4A 2QZWA 4I0DA 3D20A 5P73A 3KDBA 4RLDA 3VLAA 5P6UA 1RNEA 4CPUA 5P7AA 2I1AA 1BWAA 2G1OA 1DIFA 4Q5MA 5P7JA 3VV8A 5P8UA 5DQ2A 1HVRA 1XN2A 3G70A 5IVRA 1BXQA 4QJ7A 4B70A 2OHQA 4I12A 5P17A 2PSGA 5ENKA 1HRNA 1VIKA 2AODA 1MSMA 3RTNA 5P6LA 4YBIA 2CEJA 2ZE1A 3UFNA 2R5PA 3OU3A 3NWXA 5P6XA 4FE6A 5P0IA 3OGPA 4IVSA 3SM1A 3OXVA 5P7SA 6FIVA 1FF0C 1RV7A 4K4PA 3ECGA 5P14A 4PEPA 3EKTA 5OZZA 4Y4XA 5P5UA 4ACUA 5P4SA 5P3CA 5SY3A 5KR0A 4Y43A 3HDKA 2NXMA 4HDFA 3UTLA 2VJ9A 4ER4E 5KR1A 4H3JA 3L38A 4FRJA 1T6GA 5P2LA 4XKXA 1AZ5A 5P1JA 3VLBA 1IIQA 5P7KA 1M43A 1BDLA 3MSLA 2AOHA 3CIBA 5P7QA 5P8VA 5P54A 5P58A 5P8FA 3WB4A 5P6GA 2OHTA 3NU9A 5P4PA 3I6OA 5P4KA 4A4QA 2R3TA 4JPCA 1C6XA 3R0WA 5P20A 1FQ7A 4DQHA 3HVPA 5P5YA 2G22A 5P3TA 2ZHSA 4NJSA 1LZQA 4LHHA 3EMYA 3LZSA 1FQ8A 4AA8A 2QU3A 3S8IA 5P7UA 5P3UA 5HU1A 4HE9A 2IKUA 2B7FA 2HIZA 5P52A 1QBUA 5DR8A 2BPWA 5P3LA 1Z1HA 2PC0A 1B6KA 2Z54A 3ZKNA 3SA4A 3O9BA 4Y5GA 3OUAA 2P3BA 3MXDA 1GNMA 2AZCA 1ZTZA 2ZYEA 1EBKC 5P8KA 3URJA 5SZ9A 5P05A 5P42A 1D4SA 1SIVA 2WF4A 2G1SA 3OQAA 5P09A 3O9EA 1B5FA 1HIVA 4DJRA 1K6PA 1LS5A 4WY1A 2NXDA 1XDHA 1MT9A 4FCOA 4Y3MA 2BQVA 1FG6C 3MSJA 1XE5A 4DI2A 3HAWA 3PSYA 4R95A 2ZHTA 5P0QA 1OEXA 1SDTA 3KFSA 2G27A 5C9BA 5KAOA 1E80E 2ZJHA 2VS2A 4J0ZA 4YD6A 5P63A 2PYMA 2OHPA 4B72A 3SA6A 2BB9A 4ZEAA 3PI0A 5P5CA 5P2AA 5AH8A 4YDFA 2WJOA 4NKKA 1GNNA 2FDDA 4Y4JA 4Y4UA 2WHHA 2P4JA 3OUDA 5HCOA 2O4NA 4OBHA 4LL3A 1EC0A 4Q1XA 3DM6A 4J0PA 3RTMA 1HSHA 3VYDA 3ZPTA 2IDWA 5P3EA 4R8YA 5P5IA 5P4JA 4OD9A 4F75A 3KA2A 3D91A 4Y3TA 3OK9A 5P43A 3OU4A 5P6BA 1XN3A 5P6JA 2WEAA 4GJDA 2F3KA 5P8PA 4EJ8A 3LIVA 5P03A 1LYBB 1ZJ7A 3EKWA 3HBOA 1HBVA 3DCRA 1LF4A 1NPVA 3HZCA 5OZAA 1GVUA 2AOFA 2HPEA 2IENA 5HE5A 3UQRA 4RROA 5OZ0A 4K9HA 5P0SA 1NPAA 3HVGA 5P5ZA 4DJQA 5COKA 4J17A 4Y3JA 4Y4TA 5P64A 1SDUA 3EXOA 1XS7D 5OZWA 4Y6MA 5OZJA 3PLDA 3IA9A 1M0BA 2FDPA 3B7VA 4Y3GA 4J1CA 2V16C 4Y4AA 3S7MA 5P1EA 5HE4A 2OHLA 4RYCA 3ST5A 4YOBA 3FX5A 4QJ6A 1MT7A 3CYWA 4HVPA 4PPHA 5P07A 2AOEA 4BFDA 1MIQA 5PEPA 4Y3NA 4Y51A 4CPQA 3QPJA 5P7DA 3UQXA 2NR6A 4LXMA 1SMEA 5P1KA 3TKGA 5P1BA 1IBQA 5P5AA 3UCBA 1EPRE 4I10A 5P1IA 1HHPA 3EL4A 5P0WA 4J1EA 2NXLA 3IVIA 5P86A 5OZ6A 4DQCA 3QAAA 1B6PA 3FNSA 4Z2ZA 7UPJA 5JODA 1HEFE 5SXNA 5DR7A 5IVQA 1D4JA 1SP5A 4B1CA 5P0ZA 1T7IA 3EL5A 2UXZA 3PBZA 5P5RA 5P8DA 4YOAA 2G26A 5P57A 3K5CA 2NNKA 5P0KA 2H6SA 5OZ5A 1PSAA 2WKZA 3GI4A 3PMYA 4JP9A 1FLHA 1GVVA 3QRMA 4GZFA 1T3RA 1PPME 2Q5KA 5P00A 1FKNA 3NDTA 3UDYA 1IVPA 3IXOA 1W5YA 3PCZA 4I8WA 2VNNA 5P1PA 2IL2A 3BXRA 5P0EA 1LYWB 1HPVA 5P4TA 2QNPA 5P8LA 1K2CA 5P5LA 5P4MA 1B6MA 5P0RA 1APWE 2O4KA 3OGQA 3D1XA 3NXEA 5P83A 2PMAA 3PBDA 3GGXA 5P2VA 2WF0A 1DP5A 2QZXA 4KUPA 3KYRA 5P0VA 1META 1KJGA 1HVSA 2OF0A 5P82A 1E5OE 4Y54A 4GMIA 2WL0A 5P2FA 4EXHA 1HIIA 2VA5A 4EP3A 2QMGA 3Q3TA 5P7WA 5OYRA 4CMSA 5P6HA 5P8BA 4NJUA 1W51A 1XL5A 5P6VA 2ZGAA 4GJ7A 1J71A 5OYYA 5P6CA 3LIYA 5P6RA 4YDGA 5P41A 1YT9A 5OZ7A 4Y5PA 4Y5BA 5P35A 5DGUA 5P1FA 2QMDA 3B80A 3M9FA 5P8TA 4J1KA 4DQFA 3LZVA 2O4SA 2O4PA 2I0AA 5P7OA 1TW7A 5P4DA 5P66A 4Y5NA 2JYSA 2PK5A 1FFIC 2R5QA 1ZLFA 2AZBA 3UDRA 3O9FA 5P55A 5P70A 5OZ4A 4H1EA 5P0MA 3LIZA 3EKQA 4GYEA 4Y5CA 4MC2A 2P8HA 4DFGA 1XE6A 3R2FA 3L5DA 4ACXA 1KJ4A 3OHFA 2OHNA 1MTRA 4FIVA 3VCMA 5P7IA 1UPJA 1APUE 4XX3A 3O9LB 1SH9A 5DPZA 3ZOVA 3BVBA 4CPRA 3VSWA 5I3WA 1A9MA 3URIA 1TZSA 1ME6A 4GJCA 1LYBA 3AIDA 1BDQA 5P13A 5HDUA 4RYGA 2FXEA 3R0YA 5P23A 1C70A 3S54A 1RL8A 3NDUA 3UDQA 5OZFA 1W50A 3MXEA 5COPA 4J55A 1KJ7A 5P71A 3NWQA 5KR8A 5F00A 3EC0A 4Y4GA 5P16A 3EKYA 3O9AA 4BELA 3OXXA 1PPLE 1A8GA 3VYFA 5P5TA 2FMBA 2ER9E 3S85A 4F73A 5OZNA 2EWYA 3DCKA 4DJWA 5P5BA 3L5EA 5P5WA 2IS0A 2RSPA 5HU0A 3U6AA 2ER6E 3OXCA 4QJ2A 3PWWA 5P8SA 1ZBGA 5SY2A 1HSGA 3CKTA 5OZUA 2QI3A 4WTUA 4LAPA 4RZ1A 3OU1B 2AOIA 1MSNA 1EAGA 3TH9A 5P4LA 1MT8A 5P3ZA 1WBMA 5P81A 4JECA 1DMPA 3RTHA 2QCIA 1CPIA 5F01A 1GKTA 1SBGA 1AM5A 5P3RA 4AUCA 1EPNE 4Y5EA 5P33A 1SGUA 7HVPA 2HB4A 5OZEA 4YE3A 1NSOA 3APPA 3OQ7A 4CPWA 5P6SA 5P18A 2AZ8A 1EBZA 1YTJA 4HLAA 1EC3A 4B0QA 3LNKA 3ZPSA 4I0IA 2QAKA 5P1NA 3BGBA 3PWRA 2WEBA 2QNQA 5BS4A 1B6JA 4I0JA 4GJ6A 5FIVA 3ZLQA 2QI1A 4BEKA 2G20A 2XFJA 1LYWA 1BVEA 2ER7E 5P2YA 4H3GA 4EYRA 5OYTA 2VIJA 4ER2E 5P4BA 5P2KA 4CP7A 3OTYA 1FGCC 1QS8A 2AOGA 4ZIPA 1W5WA 4Y53A 5P1ZA 2ZJJA 3UDMA 4Y41A 5P4RA 3NXNA 5AH6A 4TRWA 5OZDA 4ZE6A 5OZ2A 4ZLSA 5P2UA 4Y37A 2R8NA 2BPYA 5E5KA 4Y5KA 3VV7A 3EM6A 4GJ5A 4QLHA 4A6CA 3GI5A 2BPXA 5P4CA 1Q9PA 2OHUA 5ER2E 4DPFA 4EP2A 5P7ZA 4Y57A 4Y38A 3VG1A 1G6LA 3WZ8A 5P3DA 4NPUA 3VF7A 2ZHUA 5P08A 5P2BA 5P80A 3OXWA 5P7HA 5P4UA 5P0JA 3NSHA 5OZGA 4X7IA 2HB3A 3BUHA 3BUGA 4RVIA 2XFIA 1PSNA 1AVFA 4AZYA 5P3GA 2HB2A 1T7JA 4Y36A 3O9LA 5P6AA 5P2TA 5P47A 4FS4A 1ODXA 5P1MA 4Z50A 4Y3WA 3SA3A 3S56A 5P11A 2VIZA 4RCFA 4J0VA 5P6QA 4Z4XA 1PFZA 5P6IA 1MVPA 2F3FA 3U71A 3UHLA 4H3IA 5OZSA 5P8NA 5HTZA 5P7FA 4Y45A 5AGZA 5P1YA 2JE4A 2ZHRA 5P0DA 4D88A 3PVKA 4YD4A 2HPFA 2WEZA 1N49A 3L5FA 2RKGA 5P5NA 4Y5AA 2IEOA 2ZDZA 3PCWA 4U7VA 5I3VA 1EC2A 5P34A 3OOZA 4OBGA 2CEMA 2CENA 5P88A 3LHGA 4OBJA 5OZKA 4CKUA 3OQKA 2G1RA 1MEUA 4DV9A 4B1EA 1FQ5A 3IN3A 3K4VC 5P24A 2P3CA 5P1GA 2HM1A 1Z1RA 2G1NA 3G72A 4N00A 5P59A 2VIYA 4X2LA 3CMSA 4GJ8A 5P7CA 3ZKQA 3EL0A 2FGUA 3QP0A 4I0EA 5BRYA 2PK6A 1SIPA 4GJ9A 4XXSA 1SMRA 5P6WA 3LZYA 5P7EA 1TSQA 5P3FA 3SO9A 1GNOA 3N3IA 5AHCA 3OU1A 5P5QA 5P2GA 2ZJMA 5P77A 1KJHA 3R1GB 3T11A 3LPKA 4L7JA 4F74A 4DJVA 1BIMA 3SFCA 4Y3HA 5P02A 3QS1A 3UDPA 4M8XA 3D3TA 4OBFA 5P7MA 5P1LA 1YM4A 1EBWA 5P4AA 4U8WA 3BGCA 3HLOA 4YCYA 2O40A 2QZKA 4FLGA 5P30A 2WF1A 3T3CA 3FV3A 3DUYA 5P2SA 3H5BA 5P1UA 5COOA 3Q6YA 1SDVA 4L7HA 5P5GA 1HVJA 4UPJA 5P84A 1DPJA 1EBYA 5P2ZA 4Y39A 5P87A 2PSVA 3FKTA 5P1QA 2QI4A 5KOSA 2BJUA 5T4SA 3TL9A 4QJ8A 5APRE 5P3YA 5JFPA 3OY4A 5P0YA 3RSVA 4LXAA 5OZXA 1UH9A 5P01A 3OOTA 1EC1A 5P49A 2FXDA 1MUIA 3DOXA 1BV9A 5DR1A 2FGVA 1K1TA 4Y47A 5P0NA 5J25A 4FSEA 4RCEA 5P3MA 1E82E 4DVFA 3LINA 2V00A 5P3WA 5P0LA 1D4IA 4PZWA 5P56A 3S53A 1TCWA 5P2RA 2NMZA 2FNSA 3OQFA 2IKOA 4I8ZA 5OZMA 1K6CA 4OBZB 5DR4A 4GB2A 3QRSA 5AHAA 3ZKSA 2IGXA 3BVAA 5P85A 5I70A 5DQ4A 4K8SA 4LXKA 5P0OA 3DV5A 5DR3A 4Y3QA 2OAHA 1T7KA 3OTSA 3L5CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FS4 A;  1PRO A;  4L1A A;  5P76 A;  4EPJ A;  2R43 A;  1FG8 C;  3GW5 A;  5P1A A;  4I0Z A;  2I4Q A;  1IZD A;  1HSI A;  2FIV A;  4FRK A;  5P12 A;  1W5X A;  4R5N A;  3UDH A;  4Y5M A;  2R9B A;  3SPK A;  4RRN A;  3H0B A;  5P7G A;  2I4X A;  5P60 A;  3L58 A;  5OZQ A;  5P45 A;  1PPK E;  2QI0 A;  1GVT A;  4COE A;  3FIV A;  4EJL A;  1QBT A;  4K4Q A;  2FDE A;  3AUP A;  3L5B A;  2QD8 A;  5P1O A;  1HXW A;  4HDB A;  5P3S A;  5P61 A;  2G21 A;  5I3X A;  1NPW A;  3PSU A;  2P3A A;  1QRP E;  2PSU A;  3PGI A;  4Y9W A;  5P1V A;  5P7P A;  3UQP A;  4NPT A;  2PH6 A;  4MC9 A;  5P74 A;  4ZSP A;  3NU3 A;  4Y56 A;  3TLH A;  2R38 A;  3JVY A;  3DV1 A;  2XYE A;  1EPM E;  1A30 A;  4Y3D A;  5DQC A;  1GVW A;  2G94 A;  2P3B B;  5P44 A;  5P37 A;  1QBR A;  3I25 A;  3NYG A;  4LBT A;  2QNN A;  1HVI A;  1ODW A;  2AVM A;  3TOH A;  5OYU A;  1TQF A;  2IGY A;  2VNM A;  5P3X A;  2A1E A;  5KQY A;  2QMP A;  3BRA A;  1B5F B;  2ZJK A;  3CID A;  3PMU A;  1W6H A;  1EPQ E;  4PZX A;  2V12 C;  3SA7 A;  5P3B A;  4AA9 A;  3MSK A;  4FAF A;  4RRS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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