2QNNA

Hiv-1 protease in complex with a multiple decorated pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
publication title Structure-Guided Design of C2-Symmetric HIV-1 Protease Inhibitors Based on a Pyrrolidine Scaffold.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qnnA00
3PCZA 5COPA 5EZZA 5P7WA 2O40A 2WF2A 2QD6A 2Z54A 2FIVA 1OEXA 5P6VA 4OBZB 3PLDA 5DR3A 5P85A 3VFBA 5P5UA 1A8GA 1HPXA 3OXCA 5KR8A 4TRZA 3HVPA 4B00A 5AGZA 4OBDA 4D88A 5CLMA 5OYWA 5P62A 2CEJA 4L1AB 1RL8A 5P5MA 3BUHA 5OYUA 3C9XA 3PHVA 1FB7A 5HD0A 5P8GA 4WY6A 3BVBA 5P1GA 5P5RA 1F34A 4EXGA 4Y3YA 4Y4AA 6UPJA 5P4CA 5P0QA 2AIDA 2QNPA 1ZAPA 4OC6A 3UQXA 3CICA 3VUCA 3IVHA 2B8LA 5P4NA 3SA7A 5P4JA 1PPKE 4J54A 4OBJA 5P1EA 2APRA 1LS5A 2ZJMA 2OHRA 5TOLA 5P09A 2ZHSA 3APRE 3MSJA 3SQFA 4JECA 4COEA 1SMEA 5P2HA 3RTHA 5DQ4A 3CKPA 4Q5MA 1C6XA 2Z4OA 5P27A 3AUPA 1D4KA 5P22A 4GMIA 1EC0A 1M0BA 1FFIC 2XYFA 4Y3ZA 3I8WA 3GGVA 3UDJA 1RPIA 2IGXA 3EL5A 3KDCA 3IN3A 4QJ9A 5P4ZA 2IEOA 5P45A 5KAOA 3RTMA 1XS7D 3OQFA 4GJ8A 1KJGA 2ZJIA 2IKUA 2RMPA 3QVIA 1EPNE 1GNMA 5P3JA 2BJUA 5P31A 5OYTA 3N4LA 3EXOA 3O9IA 5BS4A 1BWAA 1APWE 5P1FA 5P7CA 4Y3MA 3LNKA 4DJQA 1IZIA 4GJ9A 2G1YA 5P64A 2V13A 4RVIA 3GI6A 3OQ7A 4D8CA 3ZKIA 4WY1A 4DVFA 5P8UA 1HTEA 2ZHVA 2I0DA 2AZ8A 5DGWA 5P5KA 3PVKA 2ASIA 3ZPTA 4OC6B 2VA7A 3WSJA 5P6HA 1KJ4A 2I4QA 4YCTA 5HDVA 5OZYA 4J0ZA 3TNEA 5P16A 4Y43A 3KN0A 3L5EA 2UXZA 3PEPA 4I0ZA 5P14A 5P8TA 2QMDA 5P1SA 2BQVA 2PK5A 2V10C 3HZCA 1NPAA 5P6ZA 4AMTA 3TL9A 4Y3NA 3RVIA 3NU3A 4J1EA 3FIVA 3OXXA 2WF3A 3UDYA 3NDXA 3CIDA 1TW7A 5P2IA 1FG8C 5OZ1A 3PI5A 1NPWA 4YOBA 3KFPA 1B6PA 4B1DA 5P37A 5P73A 2NMYA 3WZ8A 2NXLA 5DQ5A 1WBKA 4KE1A 3VF3A 1FGCC 5P0AA 5P3AA 3UCBA 5OYVA 2G69A 3S45A 3A2OA 3U6AA 2QMFA 5P3MA 5P57A 5DQ1A 4K4RA 4K9HA 1MTBA 4LBTA 5P81A 3WZ7A 1MUIA 3R1GB 4YBIA 3H0BA 5P0XA 5OYQA 3UFNA 3GW5A 5ENMA 1VIKA 5P3TA 4CPTA 5P3ZA 2Q11A 3OTYA 2ZE1A 2FDEA 1Z1HA 1GNNA 3VSXA 1JLDA 3UDRA 1ODYA 4APRE 4LXMA 5P32A 2AOHA 3UPJA 1PPME 4RCDA 2AZ9A 3INEA 4RCFA 5P0EA 4XX3A 5P8OA 4LP9A 5OZ7A 1HTRB 2BPYA 2Q55A 3EC0A 3VYDA 2FNTA 1SDTA 3CIBA 5OZCA 2G1OA 3SA4A 4FLGA 3UF3A 2VNNA 5P5GA 2UY0A 4Y6MA 5P2UA 4YOAA 2VKMA 3LINA 3KDDA 1FFFC 5P63A 3G72A 2VIJA 2G26A 2FXEA 5P03A 3IXJA 5P6XA 1AJVA 3KYRA 1FIVA 2VJ7A 5AH7A 5SXNA 1GVXA 4FRJA 3OXVA 2P83A 4J0VA 2QZWA 1TQFA 1HTGA 4FSEA 1HBVA 5P42A 2I4WA 4XXSA 1BDRA 1T6EX 2FGUA 4OD9A 5P40A 5P69A 4HE9A 4Y3DA 5JODA 2ZJKA 3U7SA 1MIQA 4WTUA 4Y53A 5HU0A 4Q1YA 4Y58A 1EEDP 4ACUA 4Y3PA 2RKFA 1KJHA 2JJIA 1AXAA 4FS4A 5P0HA 2QI1A 1EC2A 1QDMA 4EJDA 5BRYA 5OZFA 2SAMA 2QZLA 4YDFA 5P58A 1YX9A 1SGZA 5OZPA 5P2CA 3DM6A 5P6FA 1SP5A 3L5DA 4LC7A 4FAEA 1BAIA 5KQFA 4CKUA 3IVIA 3UDHA 3OU1A 3KMYA 3PMUA 4DJUA 1FQ7A 4DQFA 1T7KA 3LIYA 2FLEA 5P3OA 5P6EA 1W5XA 5P34A 5P4QA 1AJXA 5C9FA 4EPJA 5P10A 3JVWA 4Y4WA 1APTE 1GKTA 4QGIA 4RCEA 5OZNA 1B5FB 5ENKA 4Y3TA 4Y35A 4YD7A 1UPJA 5P1YA 5P5EA 2FXDA 4Q1XA 5DR7A 5SY2A 3S8IA 4J1FA 1W6HA 3UDQA 5P8CA 3QRSA 4RVJA 3VV8A 1LYBA 3QRVA 1BV9A 2ER9E 4L7HA 2G21A 4OD9B 1TCWA 3IAWA 3O9EA 5P6NA 4GYEA 2AOEA 2ER0E 5EZXA 5KOQA 4ZLSA 5OZGA 4NJUA 3IN4A 4Q1WA 5OZSA 5J25A 2QNNA 3OAGB 4Y57A 5P0TA 4H3JA 3INHA 5P1AA 5IVSA 5OZ9A 3LZYA 5SY3A 4A6BA 2NPHA 3DCKA 5P29A 4RYGA 3NU9A 3PWRA 4FCOA 4H3GA 5P2FA 5P0KA 1FQ8A 4FGXA 5P07A 1FQ4A 1LEEA 5JFUA 3D91A 5P2NA 2B42A 4ZSQA 4I0FA 2VS2A 3O9CA 1HXWA 4X7IA 5P2RA 3OU1B 1YM4A 3BHEA 5PEPA 2G94A 1A30A 1EPME 5P4SA 5OZVA 5KQZA 2IRZA 5P3UA 1TCXA 5OYYA 1ME6A 4DJWA 1HWRA 4FAFA 2BPZA 4J1CA 7UPJA 3OOZA 5P2OA 5P23A 3BGCA 5P0ZA 4E43A 5P2LA 1EPRE 5P1VA 5P8EA 4NPUA 5P3WA 4NKKA 3TPPA 3L58A 1ZBGA 1LYBB 3HDKA 4EJ8A 4U8WA 1FMXA 3L5FA 3OQDA 4HDBA 4B05A 5IVQA 1IZEA 1C70A 4FL8A 2HB4A 4FE6A 5P19A 1LF4A 2VIEA 5P80A 5P1BA 5P5NA 2F80A 5P4UA 2Q5KA 2AVMA 5P76A 5HDUA 1U8GA 4F73A 1QS8A 3MWSA 3EMYA 3NXNA 1SDVA 2QI7A 5P74A 2BKTA 1META 1D4SA 1FQ5A 2P4JA 3FX5A 4NPTA 3OGPA 5P0SA 5P3IA 4B1CA 3JVYA 4Y4BA 3EL9A 1WKRA 5P1JA 4QLHA 4YDGA 1BDLA 4Y4ZA 4EJKA 5KOSA 3HBOA 4I0HA 5KR1A 5P88A 1HXBA 1GVWA 5P5BA 1AZ5A 5P3QA 1C6YA 5P7PA 4J0PA 4Y36A 3D1YA 3R2FA 2ER6E 5P6YA 4XX4A 1YM2A 2V0ZC 1DPJA 5P20A 2R3WA 3PJ6A 3GI4A 2JYSA 5P05A 5COOA 3O99A 2Q64A 2G1SA 3FNSA 5P0YA 5P1DA 4FSLA 1CZIE 2HIZA 3EKTA 4TVHA 1K2BA 1XE5A 5P3GA 2WF4A 5P4BA 3R0YA 4GZFA 2VA5A 2P3BA 1M43A 5P36A 5P4HA 5P0IA 5P2JA 1UH8A 3TOHA 4CPXA 5HU1A 4Y3SA 2QZKA 5P24A 3KT5A 5P0CA 5P2SA 3K1WA 5P4PA 3NDTA 2AODA 3PI0A 1E81E 1G35A 5P3HA 2R5PA 1BVEA 1XN3A 5P61A 5P1MA 3S53A 5CONA 5P6IA 4RLDA 3QVCA 3ZKGA 5HE5A 4Y3JA 4Y45A 5P1IA 5P6RA 1YG9A 5DGUA 1MRWA 4GJCA 3S54A 3T3CA 3CMSA 3PSYA 3PSUA 4HDPA 2VJ9A 2I4UA 2QHCA 4EWOA 2G1NA 3O9FA 4I8WA 5P5SA 4DQEA 1SIPA 3VF7A 1W5VA 3SA8A 4U7QA 4ZSRA 4I1CA 5P5OA 3O9DA 1ZPKA 5P5DA 5P4DA 1K6CA 2WEAA 2F3FA 5P1XA 5P55A 1AM5A 2G20A 2F81A 5P89A 2NR6A 2I0AA 4J0YA 1B6KA 3QI1A 2B60A 5P2KA 3VCMA 4Y4EA 3Q3TA 3L59A 5OZXA 3QROA 4R5NA 5P1LA 5ISJA 5OZBA 3ZKSA 3PM4A 3UDNA 1G6LA 1BBSA 6APRE 1LF2A 2J9JB 4YE3A 2P3BB 3LIQA 4L6BA 4NJVA 2Q15A 3OU4B 5P1CA 5OZOA 2FGVA 5AHAA 5OZMA 4I0DA 5P5VA 1YTHA 1HHPA 4F75A 1IIQA 4OBFA 4EQJA 3ZMGA 3OQAA 2ZGAA 1HSIA 3D1ZA 3TLHA 4I8ZA 4EP3A 4GB2A 4D85A 3KFNA 5P54A 4EHCA 2AOGA 5OYZA 2JJJA 3S7MA 2RENA 5P01A 1RQ9A 3SLZA 3NU6A 5OZ5A 3GGXA 5P4EA 5P0PA 2B7ZA 3OADA 4MC9A 2WECA 3CYWA 2HB2A 3RSVA 4KUPA 4I0GA 4DQBA 1EPQE 3QRMA 3T7XA 3OHFA 5P1WA 1E80E 5P8KA 3S2OA 3ZKQA 5E5JA 1FQ6A 3RTNA 3SA5A 1FG6C 5B18A 3LIZA 3EM4A 1HVJA 4IVTA 3UDMA 5P02A 1B6LA 1SMRA 4J1KA 4Y3XA 5P6KA 3OUDA 1YT9A 3ER5E 2QU3A 2AZBA 5P7EA 3DV5A 1G2KA 2VIZA 2OHUA 5IE1A 2PH8A 2AOCA 1HOSA 2EWYA 1UH7A 2PWCA 5P56A 3DOXA 1Z1RA 3L3AA 4LAPA 2OHQA 3I2LA 1IDAA 4QJ6A 5KR0A 2WEBA 1W6IA 3QIHA 1YTGA 1HSHA 1B11A 4GJ5A 5AH6A 3M9FA 2AVVA 1PPLE 4PZXA 3ZKMA 1T7IA 5P7LA 5P4RA 4QJ7A 1MVPA 3UQUA 5P5XA 3KMXA 5OZLA 5HDXA 5HCTA 3OQKA 3KFSA 3NDWA 5ER2E 3O9HA 4OBHA 1HVCA 5OZQA 1GNOA 5P6JA 3QS1A 5OZJA 1HSGA 3OADB 3RSXA 4Z2ZA 2OHPA 1BDQA 1FLHA 1QBUA 1DIFA 5OZ3A 3UQPA 2R5QA 3WB5A 2AOJA 5P5WA 3TKGA 5JG1A 2AVQA 4Y5LA 5I3XA 2V12C 3NXEA 5P7UA 3O9BA 4BFDA 1ZLFA 2PMAA 1B6MA 4L7JA 1EBYA 1GVVA 3OUDB 5P3FA 3LZSA 3VV7A 3ZL7A 5P4XA 2QI5A 9HVPA 4LXKA 1HRNA 1K6PA 5P0NA 3KFRA 2WF1A 5P8VA 5P5IA 1ODWA 3N3IA 5P8BA 5P7GA 4LL3A 1HVRA 5P8NA 5P6AA 5P00A 1F7AA 2NTRA 5AH8A 4Q1NA 3T7PA 3UDKA 2QP8A 2ZJNA 5IVRA 5AH9A 3VYFA 1XE6A 5P3LA 3F9QA 5HTZA 4ZEAA 2V16C 5ISKA 1MT7A 3OOTA 4CP7A 1FMUA 3S85A 3SPKA 3ZKNA 5OZ2A 4Y38A 2AQUA 4H3FA 5P3NA 4Y44A 3ZOVA 1AVFA 4BELA 3B7VA 1EPLE 1EC1A 4YD5A 3NUOA 5OZ0A 2QCIA 5P7TA 5P1UA 5KQXA 2AZCA 3INFA 5FIVA 5P1HA 3FV3A 5P49A 3FKTA 3VEUA 5HE4A 4CPUA 1Q9PA 5P3RA 4FIVA 4ZSPA 5P0WA 3K5CA 4TVGA 2QNQA 5P6PA 5P2MA 1SDUA 5P53A 3T11A 5P3CA 2G22A 4QJ8A 5P2DA 3EBZA 3H5BA 5P4WA 3QP0A 1QBSA 1W50A 5P5JA 4K8SA 5BWYA 5P1TA 3L5CA 1BV7A 5T4SA 1A8KA 1ER8E 4PYVA 4Y4TA 2ER7E 3NDUA 2IKOA 2QI4A 2P3DA 4J5JA 3KT2A 3EKQA 3MSLA 2RSPA 4DPIA 2BPVA 1MT9A 3BGBA 2P8HA 1LYWA 5I3WA 2I4XA 3B80A 1ENTE 1HEFE 5P6DA 5P4VA 1N49A 3VYEA 1TSQA 3WB4A 2R43A 4AUCA 1SBGA 3OUBA 4Y5EA 1XDHA 5P08A 1IZDA 5P7FA 5P3EA 2OHTA 3RU1A 2NXDA 1LF3A 1G0VA 5OZZA 3K5DA 5P41A 2NMZA 2PYMA 1BIMA 2IL2A 2ZYEA 4IVSA 3TPRA 4Y3AA 4DQGA 4ZIPA 3OUAA 4R8YA 1GVUA 2ZHUA 5P1QA 4I10A 5P3PA 5HVPA 5P8RA 4GIDA 4D89A 1HIIA 3KF0A 5OZ6A 3EKWA 3SA3A 5P33A 3LIVA 1IVQA 1XN2A 5P78A 3NU4A 3NWQA 5P25A 1FMBA 5P87A 4Y48A 4LXAA 4J1IA 2XFKA 3UQRA 5P3XA 4Y5BA 4FRSA 4PEPA 2J9KA 3GI5A 5P2YA 1IDBA 5P1PA 4ZSMA 2OF0A 1GVTA 1HVSA 1MSNA 4HEGA 3S7LA 5P6SA 4J55A 2HPFA 1PFZA 5OZTA 4HVPA 3EL1A 5P39A 3ST5A 5P50A 4Y5NA 1FQXA 3PMYA 2I4DA 3I25A 3FNTA 5P6LA 1LYWB 3HD8A 5UPJA 5AHBA 3OHHA 4RZ1A 5DR4A 4FRKA 1SGUA 3PB5A 2HAHA 4DV9A 4FM6A 4K4PA 5IVTA 5P66A 4Y3EA 1WBMA 2QD8A 4K4QA 5P72A 1EBZA 3JW2A 5P47A 1D4IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PCZ A;  5COP A;  5EZZ A;  5P7W A;  2O40 A;  2WF2 A;  2QD6 A;  2Z54 A;  2FIV A;  1OEX A;  5P6V A;  4OBZ B;  3PLD A;  5DR3 A;  5P85 A;  3VFB A;  5P5U A;  1A8G A;  1HPX A;  3OXC A;  5KR8 A;  4TRZ A;  3HVP A;  4B00 A;  5AGZ A;  4OBD A;  4D88 A;  5CLM A;  5OYW A;  5P62 A;  2CEJ A;  4L1A B;  1RL8 A;  5P5M A;  3BUH A;  5OYU A;  3C9X A;  3PHV A;  1FB7 A;  5HD0 A;  5P8G A;  4WY6 A;  3BVB A;  5P1G A;  5P5R A;  1F34 A;  4EXG A;  4Y3Y A;  4Y4A A;  6UPJ A;  5P4C A;  5P0Q A;  2AID A;  2QNP A;  1ZAP A;  4OC6 A;  3UQX A;  3CIC A;  3VUC A;  3IVH A;  2B8L A;  5P4N A;  3SA7 A;  5P4J A;  1PPK E;  4J54 A;  4OBJ A;  5P1E A;  2APR A;  1LS5 A;  2ZJM A;  2OHR A;  5TOL A;  5P09 A;  2ZHS A;  3APR E;  3MSJ A;  3SQF A;  4JEC A;  4COE A;  1SME A;  5P2H A;  3RTH A;  5DQ4 A;  3CKP A;  4Q5M A;  1C6X A;  2Z4O A;  5P27 A;  3AUP A;  1D4K A;  5P22 A;  4GMI A;  1EC0 A;  1M0B A;  1FFI C;  2XYF A;  4Y3Z A;  3I8W A;  3GGV A;  3UDJ A;  1RPI A;  2IGX A;  3EL5 A;  3KDC A;  3IN3 A;  4QJ9 A;  5P4Z A;  2IEO A;  5P45 A;  5KAO A;  3RTM A;  1XS7 D;  3OQF A;  4GJ8 A;  1KJG A;  2ZJI A;  2IKU A;  2RMP A;  3QVI A;  1EPN E;  1GNM A;  5P3J A;  2BJU A;  5P31 A;  5OYT A;  3N4L A;  3EXO A;  3O9I A;  5BS4 A;  1BWA A;  1APW E;  5P1F A;  5P7C A;  4Y3M A;  3LNK A;  4DJQ A;  1IZI A;  4GJ9 A;  2G1Y A;  5P64 A;  2V13 A;  4RVI A;  3GI6 A;  3OQ7 A;  4D8C A;  3ZKI A;  4WY1 A;  4DVF A;  5P8U A;  1HTE A;  2ZHV A;  2I0D A;  2AZ8 A;  5DGW A;  5P5K A;  3PVK A;  2ASI A;  3ZPT A;  4OC6 B;  2VA7 A;  3WSJ A;  5P6H A;  1KJ4 A;  2I4Q A;  4YCT A;  5HDV A;  5OZY A;  4J0Z A;  3TNE A;  5P16 A;  4Y43 A;  3KN0 A;  3L5E A;  2UXZ A;  3PEP A;  4I0Z A;  5P14 A;  5P8T A;  2QMD A;  5P1S A;  2BQV A;  2PK5 A;  2V10 C;  3HZC A;  1NPA A;  5P6Z A;  4AMT A;  3TL9 A;  4Y3N A;  3RVI A;  3NU3 A;  4J1E A;  3FIV A;  3OXX A;  2WF3 A;  3UDY A;  3NDX A;  3CID A;  1TW7 A;  5P2I A;  1FG8 C;  5OZ1 A;  3PI5 A;  1NPW A;  4YOB A;  3KFP A;  1B6P A;  4B1D A;  5P37 A;  5P73 A;  2NMY A;  3WZ8 A;  2NXL A;  5DQ5 A;  1WBK A;  4KE1 A;  3VF3 A;  1FGC C;  5P0A A;  5P3A A;  3UCB A;  5OYV A;  2G69 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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