The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
208
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sequence length |
578
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structure length |
521
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Chain Sequence |
LSDQEFDEKYLELSEELKQSEKHKGTLDQGASQFLNAIEFVLRVYRQTEVIYVYAHLKNDQDTGNTDYQALYARASSLFSKVSEAVSWFEPEILQLSDDQIWQYFKEEPKLEVYRHYIQQIVDNRAHVLSAEQESLLAGAGEIFDASSDTFAVLNNADLVFPTIEGENGEIVQLSHGVYGQLLESTDRRVREAAFKGLYSVYEQFRNTFASTLGTHIKGHNFKAKVRNYSSAREASLSNNHIPESVYDTLVDVVNKHLPLLHRYMELRKRLLEVEKLHMYDLYTPVLGEAPIEAKEKALEALKPMGEEYMAITLDQLFTLVHEMGHSVHSYFTIFLAEIASTTNENILTEYLLETEKDPRVRAYVLNHYLDGFKGTVFRQTQFAEFEHFMHTEDEKGVPLTSEYLSDSYGKLNAKYYGPAVEEDPEIKFEWSRIPHFYYNYYVFQYSTGFSAASALAKKILNQEPEALENYLAYLKAGNSDYPVEVMKKAGVDMTQAAYIEDAMSMFEQRLNELEELIDRE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of oligoendopeptidase-F from Enterococcus faecium.
rcsb |
| molecule keywords |
Peptidase M3B, oligoendopeptidase F
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Enterococcus faecium
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| total genus |
208
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| structure length |
521
|
| sequence length |
578
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-07-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | putative peptidase helix hairpin domain like | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Neurolysin; domain 3 | Neurolysin; domain 3 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CE2 A; 2QR4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NVP A; 1XFW A; 4KUM A; 1Q81 W; 3C3S A; 3FKS G; 3ZHR A; 1YIT V; 4W4K A; 3EON A; 5CA0 A; 3RYF A; 4JYA O; 2Q6A A; 3TGU H; 4XBF A; 4FLT A; 5KHG A; 4YJ3 B; 2YEV A; 4YHH B; 1O9H A; 1PK0 A; 4N21 A; 4QJF B; 4DXW A; 4MVS A; 2GDS A; 2WLM A; 3HKE A; 4L1F A; 1QHT A; 5K3I A; 5LHI A; 2ITC C; 3E8F A; 4FMT A; 1KA2 A; 1QCE A; 1MMM A; 1VF6 C; 4GX2 A; 2W0F C; 3A0R A; 1JQI A; 2UXC O; 4NXN B; 3AK3 A; 3ABM C; 5HFM A; 3ZRW A; 4GZR B; 3K9S A; 1AR5 A; 3HPL C; 3W7S A; 2P4V A; 2IJH A; 1JR9 A; 4LFC B; 3K5M A; 4KS9 A; 3CC4 V; 3JAT A; 3ZX6 A; 2K1E A; 2JJ2 G; 2EBF X; 2GSM B; 1ARO P; 1SIQ A; 1YJ9 V; 3K08 A; 1H2L A; 5IT9 N; 3N2K A; 1JX9 A; 1N34 O; 2FL4 A; 4MVM A; 4DW0 A; 2BTZ A; 2OR0 A; 3B8N A; 4F0X A; 1VF7 A; 2YDE A; 1M4U A; 2Q7E A; 4LF7 O; 4JI6 B; 3CCJ V; 1RSO A; 3FAV B; 2Y69 B; 4PA6 A; 3UCS C; 1KKC A; 3LSS A; 1I1I P; 1WLE A; 2CH7 A; 4JI5 B; 1B04 A; 4FLU A; 2UU9 O; 4H7Q A; 1D5N A; 4FZ1 A; 4P79 A; 3SGI A; 3FB8 C; 2NNU A; 3EHB B; 1XFV A; 1M56 B; 2YYG A; 4QE9 A; 3ZMS A; 5B5W A; 1OCR B; 5DN6 G; 1R73 A; 2F6L A; 3KG2 A; 4G27 B; 1AR1 B; 1L0L H; 3RYC B; 1NI8 A; 5KMG A; 1K90 A; 4ZHQ A; 5FLX N; 5C8Y B; 2ILM A; 1FXV A; 3M99 B; 1WNS A; 1L0N H; 1FKA O; 1SA0 A; 1EZV H; 4CH4 A; 4X1Y B; 4I0X A; 5ITZ B; 2Q5Z A; 1NTK H; 1VEW A; 4QPJ A; 1GMG A; 1FAF A; 1SQB H; 2E5L O; 2VS0 A; 1SQQ H; 2XUM A; 1SRY A; 1FYJ A; 1Q82 W; 1N36 B; 3CHX A; 4PDR A; 5LMU B; 1UDY A; 5J2T A; 5JQG A; 3JAS A; 1R6K A; 4PDV A; 1OJH A; 2PF4 E; 3HKC B; 3AK1 A; 4U7O A; 1TA8 A; 3AG4 C; 5IYD O; 4HZ3 A; 2DQ0 A; 1TUB B; 3N0R A; 4X1K B; 4AQY B; 1I94 O; 2YSU B; 1VQ5 V; 4ZKI A; 4X20 A; 1BMF G; 5KUK A; 2L35 A; 5LYJ A; 1RP3 B; 2RF7 A; 1YCI A; 2O3E A; 1H8H G; 3ETD A; 1FFX A; 3K0D A; 4LP8 A; 2QDO A; 4O4I B; 3CJH B; 3HR0 A; 3HQ2 A; 1WPX A; 1W59 A; 1TVK B; 4B7E A; 5AG2 A; 5CBH A; 3GB7 C; 4E4E A; 3WG7 B; 5EYP B; 2YID A; 2CGN A; 4J7Z A; 4NXM O; 3RVY A; 5L3G A; 1U8V A; 5D5P A; 1JFF A; 3LG1 A; 4LF9 B; 2EIK B; 3LNM B; 4B3T B; 2QWQ B; 3ASN B; 1Q7Y W; 3JAR B; 1H2N A; 1K7D A; 3CS5 A; 3S3X A; 1NKD A; 4W9U A; 3LSQ A; 4JI3 O; 4IT5 A; 3DWC A; 3ABL C; 3TJT A; 5CBG A; 4DR1 O; 2HP8 A; 1Y67 A; 3E2E A; 1XFU A; 1XEQ A; 4J9Z B; 1IVH A; 3SYA A; 1Q6I A; 1UPG A; 3NF4 A; 2UUA O; 2AO2 A; 4LF4 B; 2YXY A; 2WLN A; 2WLH A; 1K4C C; 4NXL A; 4TV8 B; 1IBK O; 3OFN G; 2XS1 A; 1RJ4 A; 4YJ3 A; 4QGP A; 5LHH A; 2FTK A; 1VQ4 V; 4B7K A; 4LR3 A; 1D5A A; 1IS2 A; 3ETG A; 2A06 H; 1BE3 H; 1BHB A; 1B3Q A; 3F7V C; 3SJB C; 4Z1M G; 4JAA A; 2DWD C; 2QKS A; 4FZ4 A; 2B1I A; 3FYI B; 1Z2G A; 2ZDX A; 1CPY A; 4M9A A; 1XRE A; 1CP9 A; 3CE2 A; 4MVZ A; 2CUG A; 3G4S V; 2X6A A; 2IJI A; 1OV9 A; 2JJ1 G; 2ZT9 B; 2PYJ A; 1GKZ A; 4FJC C; 1GN6 A; 4DUY O; 5C93 A; 1N33 B; 1NH2 B; 4OPH A; 3K57 A; 3OEE G; 2F4V B; 1X59 A; 2VRZ A; 3JAK B; 2RQ6 A; 1JOY A; 1KU9 A; 2M6Y A; 4DV6 B; 2YYM A; 2REH A; 4GX0 A; 1R2J A; 4YXW G; 3CPW U; 3BVO A; 1FFT B; 2ZM6 B; 2PI5 A; 4MTF A; 1Y79 1; 2RNB A; 5KHH A; 2HEP A; 1I0H A; 2Y48 A; 3G71 V; 3D9D A; 2LFW A; 4Z2W A; 4IV6 A; 2R70 A; 2P6J A; 5GTI Z; 3FAV A; 3N27 A; 1EM1 A; 2R0N A; 1P7G A; 1YHQ V; 4DOY A; 2YIA A; 5BMV B; 3OAA G; 4DV1 B; 4PUT A; 1YSC A; 2IJJ A; 5BRM A; 3Q23 A; 1A32 A; 4DV7 B; 2X6B A; 3TK1 A; 3QG5 A; 4OGQ B; 3NR7 A; 2A79 B; 3AFF A; 2E81 A; 4CZZ A; 3ZMT A; 1N8R W; 2QWN B; 2OT5 A; 1Y6X A; 1HNZ B; 2DYR B; 4I9Q A; 3JAL B; 1Y66 A; 1M93 A; 2QJ1 A; 3RYC A; 1FXH A; 5C8Y A; 4X64 B; 1U96 A; 5B3S C; 1B6Q A; 1S5J A; 2PGG A; 4KFM A; 5KLV H; 1FJG B; 2F43 G; 3DXR B; 3IC9 A; 4JYB A; 2QM8 A; 2O36 A; 4X1Y A; 4Q5C A; 1FPO A; 3K5O A; 5ITZ A; 4TQF A; 3D36 C; 4RM7 A; 4UCU A; 4LH6 A; 2ZDI C; 2ZAF A; 1COW G; 1SK6 A; 4UFZ A; 4HBN A; 2EUL A; 1QR9 A; 1KB9 F; 2GHY A; 2JIZ G; 4KHP B; 4IHJ B; 2YGW A; 1IBM B; 2RN9 A; 5M4N A; 3RFR A; 3WFV A; 4P9P A; 5LXT B; 4PJ0 Z; 4JI0 B; 4I50 B; 1X91 A; 3HKC A; 5JJE B; 4J11 A; 4O2A B; 5L3B A; 3IJ4 A; 1G6U A; 4IYH A; 3E83 A; 1GKX A; 2WA3 A; 2Y0P A; 3D8C A; 2FP1 A; 1R3I C; 1TUB A; 2R03 A; 4X1K A; 3CRK A; 1EGD A; 4B08 A; 5TIS Z; 1XOU A; 1E1R G; 2FP2 A; 5B5E Z; 1RP3 A; 1G8M A; 1IBM O; 4TUY B; 2E0A A; 1P49 A; 3B96 A; 1SQG A; 2QKA A; 1AJQ A; 2FKX A; 2ZIM A; 3K5N A; 3GQT A; 2EIL C; 2O57 A; 4H33 A; 4X1I B; 4J10 A; 3OMA B; 4O4I A; 2XTA A; 3AG1 C; 3CJH A; 2JEU A; 4B3R O; 2BTQ B; 2RFQ A; 1GN4 A; 1TVK A; 1ROP A; 2X7R B; 1IBL O; 4I5S A; 1GN2 A; 2Q73 A; 4DK0 A; 5EYP A; 4UUJ C; 3SYQ A; 2WWW A; 2OCC B; 4JI4 B; 3VQW A; 1VQL V; 3MPI A; 4AI6 A; 4J80 A; 1PL4 A; 4MS2 A; 3LDC A; 4UV9 A; 3APO A; 4X89 A; 1NTZ H; 3BCC H; 2PZS A; 2JBR A; 3JAR A; 1NQT A; 1GJV A; 5J9P C; 1RPR A; 3CRQ A; 4YY3 B; 4OX9 B; 3E22 B; 1XNQ O; 2OIG A; 2CAZ C; 3HB3 B; 5CN0 A; 4CBC A; 1ZL8 B; 1JJ2 U; 3ICX A; 5FPR A; 2WLJ A; 3AK2 A; 3P4T A; 3STZ C; 4TV8 A; 5IYB O; 4B3S O; 3MDD A; 3E35 A; 4QE7 A; 2XAS A; 1SES A; 3B09 A; 2GBO A; 5LMN B; 2UXB O; 2E74 B; 2YXH A; 3Q0A A; 3VOU A; 3TTB A; 2P7T C; 2KSD A; 2WAM A; 1VAR A; 4PA7 A; 1MAB G; 1MSD A; 5B1O A; 4DV2 O; 1X90 A; 5LOV B; 2LW1 A; 1I5Y A; 3GWK C; 3SPJ A; 1H8E G; 4LNU B; 4JAS A; 2UUC B; 1XIL A; 2W6J G; 4WFF A; 4O2B B; 1V54 B; 2E76 B; 3CC7 V; 1K5S A; 2Q67 A; 3E89 A; 4MTO A; 4TWK A; 1WA8 B; 3OGC C; 4FXY P; 2ODM A; 2VQE O; 4J7J A; 3X0X A; 2ADQ B; 3JAK A; 3OW2 U; 4U7N A; 2EJ7 A; 3MAQ A; 1EGC A; 1VQN V; 5JCO A; 3VKG A; 4ZIB A; 2ZR3 A; 1QQC A; 1AIL A; 3TCU A; 3BNJ A; 4FLV A; 3X2Q B; 1K8A W; 4KP4 A; 3VQV A; 2OYQ A; 2FON A; 4JAU A; 1LUV A; 2F95 B; 2IW5 A; 2V1D A; 1GM9 A; 4GKJ B; 2P5O A; 2UXD B; 1YI2 V; 3AG7 A; 5BR8 O; 4KA7 A; 2Z3Y A; 3LGQ A; 2Q69 A; 4JI2 B; 5JH7 B; 2RMK B; 5EBW C; 5BMV A; 4JV5 O; 4YJ2 B; 5IDJ A; 5CA1 B; 1HNW O; 4WBN B; 3TZ2 A; 4XDK A; 2XS8 A; 2GTS A; 5H6Q A; 1YVW A; 4F6E A; 2OT4 A; 1GN3 A; 3TET A; 1BSM A; 5H2F Z; 2IX5 A; 3H9V A; 1SQP H; 3P30 A; 3JAL A; 2H3O A; 2EJR A; 4BW9 A; 1EFR G; 1O9G A; 1WS9 A; 1AJN A; 1SIR A; 2BU6 A; 2CTR A; 4B3M O; 5K3J A; 3J81 N; 3DXR A; 2GTA A; 4X28 A; 4JF3 A; 5DM6 V; 3HKD B; 2R0M A; 3UO3 A; 4EFB A; 5LP6 C; 3D9E A; 3G80 A; 4HYO A; 3TZ4 A; 3OGI B; 1WB8 A; 3O65 A; 1J5E O; 4DR5 O; 2UXW A; 4NTX A; 1Y74 B; 2FB5 A; 2KQX A; 1EN5 A; 2HHH O; 4DR4 O; 1AB3 A; 1YTF B; 1NR1 A; 2ARH A; 1VQM V; 1R6T A; 2DYS C; 3LNN A; 3UO2 A; 4IHJ A; 1JA8 A; 1KEC A; 4RQE A; 4DR3 B; 4BR6 A; 1N0J A; 5LXT A; 4I50 A; 3ZRS A; 1K73 W; 1GTO A; 1IZ3 A; 4O5M A; 1F51 A; 4O2A A; 3OWA A; 3KCY A; 1HNX O; 3BY6 A; 3SYP A; 1QVF U; 2PG0 A; 3RGB A; 3QF7 A; 4LWS B; 2CJ8 A; 4DV3 B; 2UUB B; 4JI8 O; 3BAB A; 1SC5 B; 4H44 B; 2ETN A; 1YDX A; 4TUY A; 4L3Y A; 4MVO A; 3ABT A; 3SYC A; 1YZB A; 2LP7 A; 4X66 B; 4YHH O; 1OAH A; 2QM7 A; 2BTQ A; 3ABM B; 4KXR A; 4TT3 G; 3BRC A; 3JAM N; 1BT8 A; 5IY5 C; 1L8D A; 3NXS A; 4GT1 A; 2KKW A; 1OCZ C; 3ABK C; 1H2S B; 3C3L A; 4ZBM A; 5GTH Z; 3P3N A; 3ZJZ A; 3OIB A; 5IY5 B; 5B6B A; 3JD2 A; 1OCZ B; 1AI5 A; 4L3X A; 4P13 A; 4NXN O; 2A1T A; 2YIC A; 1OCC C; 2LGQ A; 2E75 B; 3MD0 A; 1GKF A; 3E22 A; 4QNH B; 4LFC O; 2ZDY A; 4JIO A; 2H1J A; 1BZK A; 3BA8 A; 3K58 A; 5IWA B; 3MDS A; 1ZL8 A; 2A7W A; 4LFA B; 4FM2 A; 1LR1 A; 3HWC A; 3P3P A; 2EIM C; 1I08 A; 4I4T B; 1RX0 A; 3A8T A; 4K0K B; 3D3Q A; 5LBQ A; 3T1C A; 1LUW A; 5H5N A; 2CTQ A; 4I9W A; 1W07 A; 4LFB B; 3VQX A; 4BIZ A; 1K97 A; 3FB6 C; 2BU5 A; 4JI6 O; 3B77 A; 4MTX A; 5LGU A; 2ZNI A; 2B5U A; 5EBM C; 1QVG U; 3D2R A; 4JI5 O; 3H1K H; 1JJO A; 5LOV A; 2QEX V; 1US6 A; 1EN6 A; 4LNU A; 3CCS V; 3ZMZ A; 4DR2 B; 3CMA V; 1Y8O A; 4IRN A; 2CJ4 A; 2DW4 A; 4O2B A; 3WB2 A; 1EGE A; 3L74 H; 3L72 H; 4DV5 B; 1WA8 A; 4JYY A; 1IVS A; 3L70 H; 3L9D A; 2HVK C; 1Q8I A; 3VAD A; 3KKY A; 1ZSP A; 2CDY A; 3T2M A; 4TV9 B; 5L3C A; 4DR7 B; 4BIO A; 1UFI A; 2R9A A; 3IC7 A; 2YYI A; 3T4Z A; 4NTW A; 5KHJ A; 2QWP B; 4CS2 A; 4ZI7 B; 4GKK B; 2BU8 A; 3WU2 Z; 1QLE C; 3CCQ V; 4UB8 Z; 4L3Z A; 3CX5 F; 4E00 A; 3ZMU A; 1OZ0 A; 3AHO A; 3SWO A; 2Q7H A; 4PA3 A; 1YIJ V; 2JS3 A; 5KHK A; 1XUQ A; 3CEI A; 3U0Z A; 4JTA B; 3C3T A; 3AG4 B; 3N2G B; 2XAG A; 5JH7 A; 1N36 O; 2JGU A; 4JAV A; 3A0B Z; 1F4N A; 1Z5V A; 4L87 A; 4YJ2 A; 1K9X A; 3AG2 C; 5LMU O; 2AXT Z; 4PA4 A; 4UCT A; 5CA1 A; 4WBN A; 3CWB H; 3X29 A; 2IBZ H; 2F93 B; 3S3W A; 4EKW A; 4FFK A; 2WSS G; 2LGW A; 1XG2 B; 4AQY O; 4HR3 A; 1GM8 A; 2HVJ C; 2ZKO A; 4R6Z A; 2CTP A; 1Q86 W; 3RN4 A; 2RCV A; 2Q68 A; 3VBB A; 4QIW F; 3VKH A; 5M4K A; 2LW7 A; 2AGA A; 3CC2 V; 3DGE A; 1PP9 H; 3CSX A; 4J41 A; 1SZX A; 2CGO A; 4FLW A; 2B9Z A; 1NR7 A; 2V7Q G; 4MP2 A; 3HKD A; 4V26 A; 4DUZ B; 5JJJ B; 2QKC A; 4PI2 A; 4P9O A; 1IX9 A; 2VQF B; 1KD1 W; 2AZ2 A; 3ZS8 C; 1LVC A; 2Q8H A; 3ABL B; 4CC5 A; 1SET A; 3W7W A; 4GCZ A; 5KA6 A; 3STL C; 1Y74 A; 2LFS A; 3C2P A; 4LF9 O; 1NS1 A; 4B3T O; 2ITD C; 2EBA A; 5K1P A; 3MPJ A; 3OTO B; 1FS9 A; 3QNE A; 3T1H B; 2QTO A; 2OJQ A; 3F7Y C; 5KAF Z; 1K9M W; 2P4K A; 1RFY A; 3FX7 A; 3SXQ A; 2Q4P A; 3U10 A; 3E8G A; 3GWO A; 4BAY A; 4DR6 B; 3TOR A; 2JBT A; 1S0V A; 4N5F A; 1EZJ A; 4DV4 B; 4LWS A; 4XVX A; 3THO A; 1QNM A; 4DZY A; 2MW2 B; 4KA8 A; 3OTO O; 4LF4 O; 1SC5 A; 1NVP D; 4XDL A; 1K34 A; 1JVM A; 3DSQ A; 3CRA A; 3ZHT A; 1VQ6 V; 1S3J A; 2QM4 A; 1VF6 A; 3TXS A; 2R72 A; 2P06 A; 1XNR B; 4CH5 A; 1VQ8 V; 2OIE A; 4GX5 A; 3FYE B; 2YIB D; 1XDC A; 1N0N A; 1FXK C; 1OCO C; 1Q90 D; 1E1Q G; 1XHZ A; 1T5E A; 4LQQ B; 3PJS K; 2YYK A; 1CEZ A; 3RT3 C; 3SPI A; 2DDH A; 2LQT A; 4HNA B; 1RPO A; 4W4L A; 4DRX B; 2UXN A; 3LDD A; 1N33 O; 1XMQ B; 2EIJ C; 4UCR A; 5BXZ A; 3SYO A; 5L44 A; 2NLJ C; 3CXH F; 2F4V O; 3TXQ A; 1K8T A; 4PHZ A; 4ASU G; 4LF6 B; 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