The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
208
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sequence length |
578
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structure length |
521
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Chain Sequence |
b'LSDQEFDEKYLELSEELKQSEKHKGTLDQGASQFLNAIEFVLRVYRQTEVIYVYAHLKNDQDTGNTDYQALYARASSLFSKVSEAVSWFEPEILQLSDDQIWQYFKEEPKLEVYRHYIQQIVDNRAHVLSAEQESLLAGAGEIFDASSDTFAVLNNADLVFPTIEGENGEIVQLSHGVYGQLLESTDRRVREAAFKGLYSVYEQFRNTFASTLGTHIKGHNFKAKVRNYSSAREASLSNNHIPESVYDTLVDVVNKHLPLLHRYMELRKRLLEVEKLHMYDLYTPVLGEAPIEAKEKALEALKPMGEEYMAITLDQLFTLVHEMGHSVHSYFTIFLAEIASTTNENILTEYLLETEKDPRVRAYVLNHYLDGFKGTVFRQTQFAEFEHFMHTEDEKGVPLTSEYLSDSYGKLNAKYYGPAVEEDPEIKFEWSRIPHFYYNYYVFQYSTGFSAASALAKKILNQEPEALENYLAYLKAGNSDYPVEVMKKAGVDMTQAAYIEDAMSMFEQRLNELEELIDRE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of oligoendopeptidase-F from Enterococcus faecium.
rcsb |
| molecule keywords |
Peptidase M3B, oligoendopeptidase F
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| source organism |
Enterococcus faecium
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| molecule tags |
Hydrolase
|
| total genus |
208
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| structure length |
521
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| sequence length |
578
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-07-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | putative peptidase helix hairpin domain like | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Neurolysin; domain 3 | Neurolysin; domain 3 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CE2 A; 2QR4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NH2 B; 2WLK A; 1XL6 A; 4NXM B; 3AG4 B; 3IGA C; 1YTF B; 4G2K A; 1WB7 A; 3X0X A; 2PY5 A; 2OCC C; 3OAA G; 4YJ3 B; 3QO8 A; 3RYI A; 4DO2 A; 4KFM A; 3Q4H B; 3CCS V; 1L0N H; 4U7N A; 5L3B A; 4Z1M G; 3UM7 A; 1XMO B; 5CA3 A; 4FVM A; 2BCC H; 2P22 C; 1JR9 A; 2QGN A; 4I50 B; 2YIB A; 4LF6 O; 1XFX A; 4O4H A; 2BTQ A; 3U10 A; 4KSF A; 1Y74 B; 2QKC A; 1YCI A; 1GM8 A; 4IT5 A; 4TWK A; 2D2C B; 4F0X A; 4PA6 A; 2HLD G; 2H1N A; 3N2K A; 2QWO B; 1XEQ A; 2YYM A; 1SA0 A; 3CP1 A; 1P4R A; 1EZJ A; 3D3Q A; 1P49 A; 4DV3 O; 2UXB O; 1BQZ A; 4HNA B; 3BAB A; 1ZX3 A; 1DF4 A; 1S0V A; 2CTW A; 2HJD A; 1IUR A; 3MPJ A; 2HVK C; 3ZBH A; 1FXK A; 2Q7G A; 3SXQ A; 1HNX O; 5B1B B; 5L3E A; 1K8A W; 2JIZ G; 3CRQ A; 3RWR D; 4M9A A; 4KA7 A; 4IHJ B; 5LBQ A; 2JJ1 G; 1N36 O; 4ZKI A; 3HOA A; 2OEV A; 4LF4 O; 2E0A A; 2YI8 A; 2DMX A; 5LYJ B; 4JAS A; 2Q69 A; 2QWN B; 1LR1 A; 3SPG A; 1TA8 A; 3TJT A; 2JEU A; 2BTZ A; 1I08 A; 1ROP A; 3E2E A; 2VQE B; 4DW0 A; 1KUQ A; 1F51 A; 1XNQ O; 4DW1 A; 2ZKJ A; 1P7G A; 5L43 A; 4JV5 B; 3K0G A; 1FFX B; 1OZ0 A; 1AP6 A; 1T5E A; 1JFF B; 3JAT A; 2EIM C; 1H2S B; 2UUA O; 1IVH A; 1VQ7 V; 3ZCC A; 2E80 A; 3FAV B; 2JBS A; 2IH1 C; 4DK1 A; 4B3S B; 1XFY A; 2KQX A; 2YYL A; 4DV0 O; 5C8Y A; 4LQQ B; 3BAA A; 2Q8H A; 3IFX A; 1T9G A; 1Z5W A; 4J10 A; 3C2P A; 4IL6 Z; 5EC1 C; 3T4D A; 1OCO B; 2REH A; 1N33 O; 1RFY A; 1SQV H; 3OD4 A; 3E35 A; 3ETD A; 1S4B P; 3K06 A; 2WA3 A; 4DK0 A; 5KAI Z; 1UKW A; 2R70 A; 1H8H G; 3SPH A; 1SER A; 1XRE A; 1N32 O; 4AKI A; 3ZIA G; 4X65 O; 2UUB B; 4NB5 A; 5J2U B; 2UXD O; 1YJW V; 2R02 A; 3HKE B; 4DV2 B; 3LSU A; 1DK1 A; 3SR2 C; 1WLE A; 3L75 H; 1H2K A; 4IGG A; 2XUM A; 2PYL A; 2A79 B; 4X66 O; 2R9R B; 5KX5 B; 1PNK A; 5H2F Z; 3Q22 A; 3DXR B; 5DM6 V; 3MHH C; 2YGW A; 1JQ0 A; 1OV9 A; 2Q8I A; 4FM1 A; 1Q90 D; 1X8Z A; 3A2F A; 3D6B A; 3O65 A; 1WP8 A; 3CCE V; 3MDS A; 5FLX N; 2JGD A; 2YIA A; 2QM4 A; 4JI1 O; 4G5E A; 2F4V B; 2XQR B; 2UUC O; 2IM9 A; 1GN4 A; 1PNL A; 1Y67 A; 5K3G A; 1IZ3 A; 1M57 B; 2XAQ A; 4E2L A; 1Q6U A; 5JVD B; 2AGA A; 2NNU A; 5LGU A; 3DC6 A; 4ICG A; 2AO2 A; 3SCE A; 4ABM A; 3FCJ A; 3EHB B; 2V1D A; 3RYC A; 4O4L A; 2XAS A; 2HHH B; 2X7R B; 1PK0 A; 5JQG A; 2ADQ B; 4K0K O; 3PFD A; 4EEQ A; 1AJQ A; 3A0H Z; 4KHP O; 2ZE7 A; 4HAM A; 3OGI B; 2WWW A; 3JD1 A; 3T1Y B; 4LF5 B; 4DZY A; 2P67 A; 3ZS8 C; 4I0X A; 3JSN A; 5GTI Z; 4GYC B; 4V26 A; 4JYA O; 5B1N A; 3N2G B; 1OAH A; 2WLJ A; 2ZR2 A; 3JAK B; 4F6E A; 4GX5 A; 3C90 A; 5DN6 G; 4DR6 O; 2HEP A; 5B3S C; 4Z2W A; 4Q5B A; 1M56 C; 1X4T A; 2FKX A; 5E79 Z; 2EC5 A; 3CC2 V; 1VQL V; 3TET A; 4MPN A; 4X1Y A; 4KA8 A; 2B5U A; 4PDR A; 3ZRV A; 1BMF G; 5J71 A; 3RYI B; 1SES A; 2VWK A; 2M7W A; 4MVZ A; 2EBF X; 3SYP A; 4MVR A; 3UCS C; 4DR7 B; 3VQW A; 4MPE A; 1FAF A; 3C46 A; 4MP2 A; 4O4H B; 2BTQ B; 3AK2 A; 1M1K W; 1VMG A; 1NH2 D; 3WFV A; 3ASO B; 4PI0 A; 4X8A A; 3ZHS A; 5LP6 A; 1YTF D; 4X62 B; 2OYQ A; 3AHM A; 4ZIB A; 3GNC A; 3N2K B; 4BW5 A; 1HDJ A; 2Y48 A; 1N4C A; 1SA0 B; 1AJP A; 5KUK A; 3OEH G; 1RM1 B; 3RW0 A; 2NR5 A; 5IWA O; 4DYL A; 2OTL V; 3ABT A; 4P9O A; 2LP7 A; 1AVM A; 5LL6 Y; 5CBG A; 2YYK A; 1FXK B; 1HNW O; 2J7A A; 3ABM B; 4DUY B; 2DQ3 A; 3S3W A; 5CA0 B; 3UO3 A; 1TVK A; 1GRJ A; 2XAG A; 2LQT A; 1IDS A; 2ITD C; 1YJN V; 4H81 A; 2R9I A; 5LHI A; 4YHH B; 5IE9 A; 3SPI A; 2Q8F A; 4L3Z A; 3CE2 A; 5A2Q N; 4DV5 B; 2P5O A; 2CJ4 A; 3X0Y A; 1Y74 A; 4JYC A; 2GTS A; 4Z1V A; 1BE3 H; 1Y66 A; 1OCR C; 1RPR A; 1NVP D; 2IW5 A; 3B77 A; 5LMN O; 1SZX A; 3KML A; 1XUQ A; 4JAV A; 4DR5 O; 1H2N A; 4ZBM A; 5GJV E; 4HNA A; 3FB7 C; 1XG2 B; 2LFS A; 3D9E A; 5K1X A; 5K3I A; 1KU9 A; 1QR8 A; 2Y4T A; 1SZT A; 3G6E V; 2GBB A; 4XDK A; 4MP7 A; 3DTU B; 2ZR3 A; 2B1G A; 2Z1Q A; 1GO3 F; 5C8Y B; 2F23 A; 4QE9 A; 1RP3 A; 3SYC A; 3ZRW B; 2GBO A; 4WFH A; 5J6A A; 1SQQ H; 2FYU H; 4PA3 A; 4X20 B; 2XT9 A; 1XIL A; 1I5X A; 4MVU A; 1AI6 A; 1GKX A; 3TCU A; 3APQ A; 3JAM N; 2QWP B; 3BY6 A; 3AG2 C; 3LDD A; 3AEI A; 4JAA A; 2ATK C; 3ZX6 A; 1X59 A; 4J7K A; 1I94 B; 1K4C C; 1GKZ A; 2FP2 A; 3EXA A; 4JI5 B; 4XBF A; 2LJ2 A; 2JBT A; 4QGP A; 5KHG A; 5DED A; 1XI1 A; 3VKG A; 4UXN A; 3FO3 A; 5CBH A; 1HP8 A; 1VQ6 V; 1JFF A; 4EB6 A; 2BU5 A; 1MNG A; 1RJ1 A; 1N8R W; 1JJ2 U; 1UJW B; 2ZDY A; 3RYH A; 1VQP V; 3LNM B; 2Q0A A; 2ZKO A; 4J9Z B; 5IYB O; 5B1O A; 3SYO A; 1BQ0 A; 3K08 A; 2Y69 B; 3LDE A; 4KP4 A; 4DR3 B; 2ZO5 A; 2QWR B; 2YUA A; 1XNR B; 1R3J C; 4TV9 A; 4JI4 O; 1KD1 W; 3VBB A; 1M9N A; 2MW2 B; 1KQS U; 2LFW A; 3D36 A; 2PF4 E; 2YYI A; 4QE7 A; 1QHT A; 4U3F H; 5LA6 A; 1F23 A; 1SS3 A; 2JGD B; 4JZG A; 2ZNI A; 4FIP C; 2CAZ C; 2EIN C; 2VIG A; 1BUC A; 2VRZ A; 4JTD B; 3M99 B; 5EBW C; 3MHS C; 4UB8 Z; 2FB5 A; 1VQ5 V; 2YYJ A; 3CMA V; 1SET A; 2CGO A; 3UKM A; 1S77 D; 3MDE A; 1K5S A; 4AI6 A; 3VOU A; 4PJ0 Z; 3RYC B; 4I4T A; 2F93 B; 4O4L B; 4DR2 B; 2GTA A; 4E02 A; 2EX3 A; 4J7J A; 1CEZ A; 5JQG B; 3KKY A; 2F1M A; 1O9G A; 2C2A A; 3ABK C; 2YIC A; 4B3R O; 1JVM A; 4MSW C; 4J80 A; 1WA8 B; 3X2Q B; 1EGE A; 4CH6 A; 1AR5 A; 1MSD A; 2IBZ H; 3N27 A; 2VWJ A; 2VQE O; 4L38 A; 2YDE A; 2OWO A; 4I0X B; 5CA1 B; 4UB6 Z; 2YC0 A; 4HZ3 A; 1K93 A; 4BIU A; 3SF6 A; 2DYS C; 2UXW A; 3VQY A; 1DTO A; 4JV5 O; 1V54 B; 2KG7 A; 2A7W A; 1YVW A; 2V7Q G; 5KAF Z; 3AG3 B; 4G97 A; 5E1A C; 4TOI A; 4GX1 A; 2CK3 G; 1R6K A; 1PKX A; 1PM9 A; 4L3Y A; 3TZ4 A; 2FTK A; 4JGS A; 4FM0 A; 5KLV H; 1GAX A; 4MS2 A; 1P84 F; 1SKV A; 3ABL C; 4P9P A; 4B3M B; 2AZ2 A; 1BL8 A; 5KA5 A; 3OM3 B; 5EYP A; 2A3Q A; 5FNV A; 3EOM A; 5IY5 B; 2EIL C; 5BXZ A; 4WBN A; 3A8T A; 5GW7 A; 2ZIO A; 3LDC A; 2DDH A; 1J5E O; 2ZXW C; 3GVM A; 3OWA A; 5LP6 B; 4JI2 O; 4PDL A; 4K3A A; 3SJC C; 2AZ0 A; 4EKW A; 5JH7 A; 2QKA A; 4DV1 B; 3EVK A; 2DOS A; 4D6T H; 1G1X B; 3Q24 A; 3CRR A; 3FB6 C; 4AQY O; 1A32 A; 4YY3 B; 2ARH A; 4RAI A; 3JAK A; 3OTO B; 2HP8 A; 3B09 A; 1S5L Z; 2B1I A; 3CJH A; 2OIG A; 5EIB C; 1IBK B; 1Z2G A; 1PV0 A; 1Y76 A; 5JWP A; 1PI1 A; 3ZMT A; 1S26 A; 4DXW A; 5JJE B; 1TVK B; 4LFB B; 2WAM A; 4B7K A; 3ML0 A; 3P4T A; 4RQE A; 2H94 A; 3K57 A; 5AG2 A; 4RQF A; 2IH3 C; 4X1K A; 4NTW A; 1HR0 O; 3BHP A; 2AXT Z; 3K04 A; 3NR7 A; 3EON A; 2DYR C; 3FYI B; 2XAJ A; 4WCE V; 3WG7 C; 1YHQ V; 3P3P A; 2F4V O; 3E22 A; 3TXS A; 1Q6H A; 4J11 A; 4B7E A; 3S3X A; 3CRA A; 3II9 A; 4LFA B; 2QTS A; 4GLX A; 4JEK A; 5C93 A; 1VIB A; 2HVJ C; 5CB4 A; 1E1R G; 1NTK H; 1GKF A; 1WS9 A; 2BSK A; 1M5I A; 2HHH O; 5JCO C; 4JI3 B; 3AHO A; 1XQ8 A; 5CA0 A; 1MAB G; 2F95 B; 4QIC A; 1EGC A; 2W0X A; 3WU2 Z; 2H8P C; 1RP3 B; 3W7U A; 4B3T B; 1B04 A; 5B1A B; 2PUS A; 1IBM B; 3JAS B; 1R6T A; 4ZXV A; 3AG7 A; 3STZ C; 1ZLZ A; 1K90 A; 3A0R A; 5BR8 B; 3ASN C; 4OXS A; 1S72 V; 1KB9 F; 4PEL A; 1PL4 A; 3HKD A; 2PZS A; 1HNZ O; 1THZ A; 3FB8 C; 3OIB A; 2M6Y A; 3FFQ A; 5KMG A; 3CC7 V; 4MVQ A; 1H2G A; 2ZD9 A; 1RJ4 A; 4FXY P; 4Q0T A; 1RPO A; 3CX5 F; 3ZRX A; 4EB6 B; 4Q20 A; 2DWE C; 1I7F A; 3I56 V; 3SWO A; 3K0D A; 4AIL C; 2EIJ C; 3RYH B; 1PP9 H; 1FPO A; 5B5W A; 1U8V A; 4CBC A; 2AW9 A; 2IU0 A; 1K97 A; 4W4K A; 3NXS A; 2DQ0 A; 4R50 A; 4I9Q A; 2CJ6 A; 1AR4 A; 3S7W A; 4DR7 O; 3ZRW A; 1WN7 A; 3U11 A; 4TV9 B; 2YEV A; 4G27 B; 4X20 A; 1LUW A; 1FS8 A; 3C3S A; 2X0L A; 4X64 B; 3W7W A; 3ABK B; 1H38 A; 4FZ1 A; 2K9P A; 4O4J A; 5LA6 B; 4FMT A; 3CXH F; 4H13 B; 4ZHQ B; 3T1H O; 5EBM C; 4LBE C; 4D7T A; 4X62 O; 5K3H A; 3ZRS A; 2Y4U A; 4FLZ A; 5ITZ A; 3BVO A; 4AKG A; 3JYC A; 3JAW A; 4JTC B; 3C3L A; 3UO2 A; 1EN4 A; 4JI0 O; 1VQ8 V; 2DYS B; 4XDJ A; 4I4T B; 3TZ2 A; 1YDX A; 1XFZ A; 2UU9 B; 1DGS A; 3HWC A; 1K9M W; 4JIO A; 5B5V A; 2NLJ C; 4WF9 V; 4DUY O; 1KP2 A; 1U97 A; 4OPH A; 3IC9 A; 4Q6G A; 1UPG A; 1YIJ V; 3I5D A; 5BMV A; 5H6Q A; 5L3F A; 1ZWI C; 4YHH O; 4W4L A; 1V55 C; 3MKH A; 1R73 A; 3D9G A; 2EUL A; 4WFA V; 4O5M A; 4DUZ O; 2CTR A; 3SDL A; 2JS5 A; 4TUY B; 3K59 A; 5EK0 A; 4OX9 O; 2BU2 A; 4O2B A; 2K1E A; 1OCZ C; 2CX9 A; 3JAL A; 4J7Z A; 2OIE A; 4MW8 A; 2WLM A; 1I0H A; 5D5Q A; 1L0L H; 1RX0 A; 2LGW A; 4HKR A; 4WJY A; 4IYI A; 4NXN O; 1BZK A; 2F43 G; 1XFU A; 4JI7 B; 2KG7 B; 1SIR A; 2ZXW B; 1JA8 A; 2ZCE A; 5FPR A; 4UV8 A; 2O57 A; 4JYY A; 2Q6A A; 1MZE A; 4BR6 A; 5FL7 G; 5J2T A; 4LFC O; 2LO1 A; 3DC5 A; 1CP9 A; 4DR4 O; 1Q3E A; 1FXV A; 5L3C A; 2FP1 A; 2LFR A; 3J81 N; 1AP5 A; 2JRI A; 4A5U B; 4UCV A; 3J80 N; 1KA4 A; 1YZB A; 5LGT A; 5JJJ B; 5EYP B; 4DR1 O; 4LH6 A; 3P32 A; 3G6B A; 1WA8 A; 5FNV B; 2OCC B; 4DV3 B; 3LSS A; 2UXB B; 2P90 A; 1VQN V; 2Q7E A; 2ILM A; 2QE7 G; 4U7O A; 3AG1 C; 2Q8G A; 4WBN B; 1WPX A; 1PL0 A; 1XFW A; 5TIS Z; 4GKK B; 4UCU A; 3L74 H; 1HNX B; 2JGU A; 3HPL C; 2EBA A; 5JH7 B; 5CA1 A; 4N5F A; 2EZO A; 1SIQ A; 1BHB A; 1S5H C; 2DYR B; 1N36 B; 4LF4 B; 1IXM A; 1PD3 A; 3LG1 A; 4LNU B; 1JX9 A; 1D5N A; 1US6 A; 3CJH B; 1FFT B; 1WNS A; 4B08 A; 1OCC C; 3CEI A; 3W7X A; 2H1J A; 2XAH A; 1Y76 B; 1QLN A; 3QO5 A; 1NKD A; 1XBL A; 2AHZ A; 1SQG A; 1VF6 C; 1AB3 A; 4IIJ A; 4GX2 A; 2N05 A; 2QSA A; 5L3D A; 3SPC A; 5CBF A; 4PA4 A; 1XNQ B; 4LF7 O; 1IBL O; 4KTO A; 2ZE6 A; 3HB3 B; 4E00 A; 4N21 A; 3HKB A; 3OUS A; 4PUT A; 4X1K B; 1L8D A; 2UUA B; 3RFR A; 3HR0 A; 2UXC B; 4JI6 O; 3E22 B; 1JOY A; 1YXB A; 1B3Q A; 4RM7 A; 4ASU G; 3MDD A; 4C7U A; 3K9S A; 2O36 A; 3N0R A; 4DV0 B; 2L6L A; 3ASN B; 1YSC A; 2ZDI C; 2NN4 A; 4H33 A; 1MOF A; 2ITC C; 1M93 A; 1PPJ H; 5LXT A; 3QTC A; 3SGI A; 1KP3 A; 5CB4 B; 3AK1 A; 4XDL A; 5IYD O; 2FON A; 1QDB A; 4UVA A; 1GTO A; 2BSK B; 5JJN B; 1U96 A; 3ZHT A; 1N33 B; 4WFG A; 4QPK A; 1HW7 A; 5H9C A; 5B66 Z; 2EIM B; 3R7K A; 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