2QRYA

Periplasmic thiamin binding protein
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
KPVLTVYTYDSFAADWGPGPVVKKAFEADCNCELKLVALEDGVSLLNRLRMEGKNSKADVVLGLDNNLLDAASKTGLFAKSGVAADAVNVPGGWNNDTFVPFDYGYFAFVYDKNKLKNPPQSLKELVESDQNWRVIYQDPRTSTPGLGLLLWMQKVYGDDAPQAWQKLAKKTVTVTKGWSEAYGLFLKGESDLVLSYTTSPAYHILEEKKDNYAAANFSEGHYLQVEVAARTAASKQPELAQKFLQFMVSPAFQNAIPTGNWMYPVANVTLPAGFEKLTKPATTLEFTPAEVAAQRQAWISEWQRAVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Similarities between Thiamin-Binding Protein and Thiaminase-I Suggest a Common Ancestor
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords Thiamine-binding periplasmic protein
total genus 88
structure length 308
sequence length 308
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qryA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qryA01
5CBSA 4PFYA 3THIA 2NOOA 4X1DA 3MPLA 5HPQA 4HS7A 4KD5A 5DEXB 4H6DA 5CBRA 1N3WA 3HHFA 3PUXE 5CM6A 5A5XB 4IY5A 4PFTA 4I9DA 1H45A 1Z7ME 3VLUA 3N6TA 3B6QA 3UGWA 2VHAA 3CSBA 3PPQA 4OHNA 3D4CA 3IOUA 4C1UA 1IXGA 4KCCA 3H4ZA 4OEUA 3G3GA 3SERA 1UTHA 4OESA 5JEIA 3PMWA 4DZ1A 2Y7IA 4LQ2A 4LP2B 1IUDA 4OZ9A 1MY4A 4NF5A 3RT6B 4EQBA 4LZ5A 1KWHA 1H76A 4DXCA 4ISUA 1JEUA 1N3XA 2XXUA 2PVUA 3O6GA 5AA4A 1YAEA 5TPAA 4BDMA 4BLAA 3SEXA 3MVYA 3TTNA 2DYXA 1MS7A 4WEDA 2I3VA 4YKIA 4TQUQ 3G3KA 1Y3PA 2B3BA 4GIZA 5H8NA 5KCJB 5I57A 3SKPA 4ZECA 3TYHA 1A8EA 3RN8A 4Z0IA 3M8UA 4G77A 2GH9A 1FW0A 1LBCA 1WVJA 5I2NA 3PUWE 3GBAA 2H5YA 3FJGA 4R6KA 5EHSA 1LAFE 3KOSA 1II5A 2QSXA 1O64A 3U8QA 1SI0A 3T9HB 1FTMA 3T9XB 4RYAA 3K6WA 1MQHA 3KG2A 3MVZA 1ATGA 4JWXA 1HSLA 5FHMA 1FQCA 2XXRA 4N6PA 2XD2A 2I49A 1MQIA 4QFLA 2XXTA 3FATA 3KGCA 2P1SA 3OEKA 4LVQA 2RC8A 2DVZA 4DXBA 1EZ9A 4ZZAA 3UK4A 2O1MA 4ECFA 1M5CA 1Y9UA 1DMBA 3MC2A 3K01A 4MF3A 4ESWA 1B52A 3EHUA 4XKNA 3OXNA 2Z8DA 2O6AA 1XT8A 2UVHA 2PT2A 1LAGE 3AXFA 4JWOA 4MBPA 3U72A 4NMYA 2OJTA 3EHTA 3U1OA 1URDA 3PPOA 3KJ7A 3PPPA 1VSOA 3OO9A 5H8FB 2ONKE 3IAZA 1TFDA 3QUJA 1R6ZA 4NEDA 3N5LA 5I59A 4XKPA 2I3WA 3M3FA 4X48A 2CMOA 4EQ9A 2HAUA 4QSCA 4G68C 4OQOA 2DQVA 5CMBA 1JNFA 1US4A 3LR1A 1USYE 2Y7WA 2ZYNA 5JTYB 3TTRA 2DVCA 1MM7A 3T96B 4GD5A 2OWSA 5B7DA 3PU5A 3MBPA 2O7UA 1B7ZA 4G8MA 3QYTA 5AA3A 4NF6B 3PV0E 2YJPA 2V3UA 1SW2A 2R9JA 3KFMA 2G29A 4YKPA 1D9YA 4RY1A 3OO8A 3BBRA 3KOTA 4O3AA 3CRBA 2D21A 2H25A 4OVJA 1MXWA 1B7HA 3K2DA 3OENA 3TUSA 3SEWA 2XX7A 4EF1A 1I6BA 5ICQA 3M3LA 5L9OA 3S9NC 1MY0A 5ITOA 4LONB 4BDRA 3WAFA 3FXUA 3QUFA 3A09A 4RK2A 2XXIA 4LQ5A 2LAOA 4AQ4A 5IKBA 2Q9TA 1MM6A 5I2KA 5BUUA 1Y3QA 2A5TA 3O28A 1B0HA 2F8DA 3DP4A 4ZE8A 4H1XA 1I6AA 1WODA 2D5WA 4THIA 3VVDA 2QPQA 4FE8A 4KYSA 3HCQA 1QUJA 1A8FA 3HSTA 1B3GA 4YAHX 3OSRA 4U23A 3V89B 1XVXA 4BDNA 1CB6A 4LUBA 3FV2A 3R6UA 3OOAA 1OIBA 5KDTB 3UN6A 1N84A 3PMXA 4F1YA 1NNTA 2ONSA 2XXHA 1NH8A 4DXUA 1YTVA 3FGSA 1FQDA 1PB7A 5K2YA 1AOVA 5CI5A 1IXIA 1D3KA 2DE3A 4LZ7A 3IO6A 4IO5A 3SETA 2P0SA 3KSXA 1B3FA 1OLAA 4JB7A 3TAJA 2F6GA 4NF4A 1GV8A 1M5BA 4YMAA 4LATA 1B7UA 3B6TA 1N04A 1A7LA 2RINA 3CG1A 4PETA 3RUMA 3EHSA 3JYRA 3LSWA 3MP1A 3HV1A 2FYIA 2REGA 3KBRA 5L9MA 3C33A 1LCFA 1B5IA 3MPKA 4G68A 1JQFA 4F2OA 2HZLA 3RLFE 4F22A 3K0VA 3TTKA 1ZTYA 4UA8A 1MDQA 3K1NA 1DPEA 2XXXA 4YB5A 4OENA 1UQWA 4QFPA 4RXLA 4GLIA 3VFJA 4EF2A 5HBCA 1SYHA 3C9HA 1QUIA 3H7MA 3JV9A 2O69A 3PD9A 5ELVA 4AB6A 4BDQA 3FVOA 4F39A 3QSLA 2DSFA 3V8XB 3LSFB 4ELRA 4Z7EA 2WKYA 3USDA 4IO2A 2Q8JA 3IO4A 1FTJA 5EYFA 1AMFA 4N07A 3RY3A 3KJTA 4KFQA 4DE8A 1XC1A 3CG3A 5AA4B 1MXYA 5TPAB 1O7TA 2ZYKA 2CZLA 5I56A 4FORA 4EDPA 1B05A 1MXUA 1D4NA 1NH7A 5TU0A 4U1ZA 1HSJA 2RC9A 2DOJA 2XXPA 2PYYA 3VE1B 3G3HA 2ZNTA 4ZEBA 2QJEA 1PBPA 2XXQA 1I6QA 3JZJA 4MH5A 5FTHA 5I2NB 5KZTA 2HEUA 3GBBA 4R75A 4N13A 2O51A 4F1UA 4FEDA 2AL5A 1OMPA 3TPAA 1NNPA 4QSDA 3U93A 4I62A 2F7AA 4NF8A 1B46A 2F7BA 2V3QA 5I84A 4G4PA 5I58A 5AA2A 4OFLA 3DELB 2ZNSA 5CMCA 3UIFA 4OTEA 2HQ0A 1P1OA 5L9SA 1SW4A 5H8QA 5ITPA 2V25A 1B3EA 2ABHA 1JW5A 2I4BA 1IXCA 2PT1A 2Y7RA 2F34A 3TODA 1SD3A 3L6HA 3U92A 2ONRA 3G7WA 4U2RA 2V3TA 1LB8A 2DWHA 1LB9A 3E9XA 2ZYMA 3RGYA 2IEEA 2DXRA 4H0WA 1P1UA 3E13X 2BJJX 3RTFB 3P7IA 4U4XA 4Q5TA 4GOTA 3VVFA 5F7VA 2NWJA 4QHQA 4KR5A 3MWBA 2GRVA 3QIMA 2DP8A 4NE4A 3PD8A 1NMUA 4ZEDA 1Y4TA 1B58A 5I59B 4Q0CA 4WXJA 3DP8A 4IO7A 3MP6A 4QFOA 4AB5A 4ONYA 4IB2A 3O9PA 1M5FA 1GVCA 4XKRA 3K6VA 2M8CA 2I0CA 4XKQA 4YKKA 5TP9A 3MQ9A 3OO6A 4M4GA 1FQAA 3MZBA 3T93B 1B40A 5AA2D 2UYFA 1FCKA 3KEIA 3ONMA 1B32A 4F29A 2UVJA 1XS5A 3TTMA 3EPEA 3TELA 4HCYA 4E0XA 1NNKA 1OQGA 1P1QA 5DEXA 3TMGA 3UP9A 2Q89A 1N76A 4H8JA 1QJMA 1PB9A 3C4MA 5DT6A 4NWDA 1SW5A 3SEUA 4ZEFA 4YB7A 3RTWB 3D4GA 3FD3A 3KN7A 4IGRA 3FVGA 4GRKA 3Q25A 5M2VA 5ICTA 4L17A 3MZ1A 1B5JA 3FXQA 2OBGA 3UA8A 3VLWA 4TOZA 1FTLA 4F3PA 1UIVA 3C35A 3W9VA 5I2KB 3IL1B 2I4CA 4GWOA 5K2XA 1MPDA 5H8HA 5BWJA 4FJPA 1USYH 1QUKA 2Q2AA 3O97A 1P99A 4R6YA 2XD3A 4NTLA 4EXKA 3V83A 3T22A 4H8IA 3O29A 4X9TA 2VP1A 3N26A 1NKXA 4QSEA 2QMWA 4DCXA 1Z7NE 4WEPA 4KHZE 3C31A 2X7PA 3IX1A 3OO7A 3PMVA 4KCDA 4RNSA 3ZSFA 1RYOA 4R9GA 1LBBA 1MY1A 3B6WA 2GFEA 3VDFA 4U4SA 1ZBMA 1S7YA 5KCJA 5CC2A 1IZ1A 3G3FA 2UVGA 1XOCA 1LAHE 3HN0A 3N6UA 3QAXA 5CMKA 3KSJA 1JEVA 3QXMA 1Y1ZA 3FJ7A 1H44A 1EZPA 4NF4B 4K3FA 3CFLA 3MP8A 3S9LC 3IOTA 1N7WA 1S50A 3VV5A 4GL8A 2H98A 3PUVE 3S2VA 1EH3A 3MZ9A 3PUZE 3C36A 1EU8A 3S9MC 4G68B 4IY6A 1BKAA 4C1TA 4P0GA 4UACA 3I3VA 4FECA 4IO3A 1OLCA 5FTIA 3TZAA 3LSLA 4FEBA 4XIGQ 1N7XA 3IK6B 3E3KA 2ALUA 2NXOA 1MDP1 4MFIA 4KPTA 4HCWA 3TQLA 2I0BA 1LFGA 4G2ZA 2IA4A 1MQDA 4JXIA 4R9FA 4I1DA 2REJA 3EQ1A 2XXWA 2PBWA 2RC7A 4LA9A 2G93A 5IAIA 2OK2A 1JVYA 1RKMA 4ZE9A 5H8FA 2ESNA 1ZMGA 4H67A 5I56B 4OYVA 3B7DA 2RKMA 1XVYA 4R73A 3MUQA 2HAVA 2Q2CA 1Y20A 4PE5B 4QFNA 4C0RA 3V5AA 1ZU0A 2V84A 1S9TA 1Q35A 4KI0E 3IR1A 3OELA 2F7CA 4H5FA 3Q26A 5L8DA 2ZYOA 3WAEA 2F36A 1JVXA 3S4UA 3K6XA 3IB0A 1NNFA 1ZIUA 4GXSB 3RQTA 2DWAA 4F19A 2R6GE 5J1DA 5AA2B 3RPWA 4F18A 1T0KA 3FUZA 3H6TA 3TTLA 3LBSA 1DPPA 2NUVA 5H8QB 2Q88A 1A55A 4RPOA 4F3SA 4R74A 5FHNA 2HCAA 4KYDA 3Q29A 1B3LA 2P2AA 4U1OA 2B3FA 1MRPA 2DWIA 2AL4A 3A3UA 3MVWA 1UTHB 5FHOA 1D9VA 3RNNA 2ZNUA 1DTZA 4NF5B 3GLBA 1B5HA 3IJOB 2ZMBA 2F78A 1B1XA 2QS4A 4ZZEA 3I5OA 2O84X 4RA1A 1VFEA 2OCUA 4FATA 4ZDMA 2Z22A 3CIJA 3CVGA 4OETA 1R9LA 3VLVA 5KDTA 4R6HA 1IITA 5AE4A 4POXA 1MH4A 1QULA 1AL3A 4GL0A 5H8NB 5I57B 2XXVA 5ISUA 3PGFA 4P0IA 4H5GA 1LCTA 1MPBA 4JSDA 5TP9B 4Q8RA 3LC8A 2XXYA 4EUOA 2OWTA 1OVBA 3OSQA 3FVKA 3C32A 1US5A 3MAMA 1JETA 4IO4A 1Q1KA 2E1SA 1A54A 3SESA 1VR5A 4KYEA 5DVIA 3A3CA 1R1NA 2Y7PA 3KN3A 4GFRA 4ELQA 1NFTA 2XX9A 3DP6A 2QS1A 3H3GA 1UTBA 3K1PA 5HM4B 1TXFA 2O1LA 1J1NA 2B65A 3GXAA 2F97A 5F1QA 4TLMB 3R7XA 2W7YA 4EQ7A 1TWYA 3SEVA 4F3GA 1Y3NA 4GXAA 1M5EA 3H6UA 4F1VA 3IB1A 1MH3A 3TKDA 5H8HB 3TCGA 4QF9A 1P1NA 2Y7KA 4HW8A 3FASA 2THIA 2X7QA 1MXXA 4GQOA 3GZGA 1QW0A 3VXBA 1LSTA 1B4HA 3QK6A 4OXVA 3MJNA 4X1BA 4RK9A 1BTJA 1MXZA 3HPIA 4POWA 3FIRA 3H6WA 3K4UA 2QS2A 1SBPA 2QRYA 1TT1A 4DIGA 1B6HA 1H43A 4E0WA 4EXLA 4YICA 1NL5A 3OEMA 4MLQA 1B3HA 3PPRA 3ZKLA 1WDNA 1SW1A 2OLBA 4R72A 1ZKBA 2PX1A 3CFZA 3IJXB 1DOTA 2OZZA 2YPNA 3FJMA 3FV1A 1B51A 1MPCA 2Z23A 1OQHA 4RPNA 1FQFA 1IIWA 1LAXA 3W9WA 2F5XA 1LFIA 3FZVA 1GTKA 1QKAA 1YPNA 3G3IA 1SYIA 5A5XA 2X26A 1SI1A 1EZOA 4FAJA 4O3CA 2DE2A 2I6EA 2A5SA 1B0LA 2O7IA 2UXAA 2XHDA 3LSXA 4JDFA 2VOZA 1B2HA 3IB2A 3BFUA 1GR2A 3ILTB 1QKBA 2DXYA 3U94A 1MG1A 2A5TB 3IORA 4IO6A 3H06B 2KLFA 3C34A 4I8CA 1L5TA 1M5DA 4YU0A 1PDAA 4ZEKA 4FIMA 2V93A 1A99A 3T9UA 2YLNA 4PFUA 2QS3A 3G3JA 1SVXB 1VE4A 1DSNA 3N94A 5EHMA 1MY3A 1ZJLA 4YB6A 1FTKA 5CRYA 3M3KA 3ECRA 1ZLQA 4ELOA 3UORA 1Y1MA 4DDDA 1TFAA 4OMBA 4P11A 2UVIA 2VD3A 3DM0A 4U21A 3L6GA 4WKMA 5AA1A 1JW4A 4H65A 2HXWA 1PB8A 3T9VA 1MQJA 1AIVA 1R9QA 4JSOA 4OWDA 1ANFA 4QRZA 2UYEA 2DE4A 3W15C 4U22A 4XXUA 5DTBA 4PQJA 1XHYA 2DS9A 3LUYA 1MY2A 4YKJA 3BFTA 3O2AA 1O63A 2H99A 1VFDA 1PBQA 3K00A 2Y84A 2H4IA 2FA7A 4GVOA 4OERA 4JBZA 2GHAA 3O66A 1AH5A 3TCHA 4M1VA 1LFHA 4PFWA 3VVEA 1CE2A 2XX8A 2FNCA 2I48A 2O68A 1B1HA 2D3IA 3KN8A 1BIYA 3K6UA 3KZGA 2F35A 3CI8A 3BKIB 2QL3A 3R26A 3FVNA 2HFBA 4XTCQ 4YZZA 3ZS6A 3IOVA 1SQYA 3TFLA 3O6HA 1HSEA 2Z8FA 4OFOA 1IQ7A 4PP0A 1URSA 4BDLA 1QVSA 3FXRA 2DWJA 1H3DA 4BDOA 1FQBA 2AIXA 4JWYA 4R2BA 5DVJA 3Q27A 4RJZA 4OEVA 1BP5A 4ELPA 1YCJA 5H8SA 4Q30B 3MW0A 4YMBA 1I69A 3OMBA 1DTGA 3OD7A 2VGQA 4HTGA 4GF8A 3T66A 4OFJA 2NVUB 5JTYA 3O6IA 1MXVA 3SEYA 4KQPA 1Y4CA 3TCFA 3IOWA 1OVTA 4ESXA 1POY1 3TEPA 3SDFA 1URGA 3E4RA 2RF1A 2Z8EA 3CR9A 3ZKKA 2E0SA 4NF6A 3H6VA 1N0TA 1IXHA 4F31B 2VD2A 3Q28A 4IGTA 3CFXA 4NF8B 2RCAA 2ZXTA 1A40A 3VXCA 5JK4A 5I58B 2GHBA 4LZ8A 1IEJA 1F9BA 1B4ZA 1POTA 2I58A 4QFKA 4DCYA 3I6VA 1ELJA 4NWCA 5DYHA 5DVFA 1BLFA 1UTBB 2HZKA 3EN3A 2PMSA 4G8HA 2AYSA 3F11A 1UIUA 2R71A 4G8NA 2H9BA 1MQGA 3RT8A 4ZEIA 3S9EA 4R2FA 4F3BA 1FQEA 2RCBA 3DLNA 3K1MA 1JW1A 1FTOA 2ANJA 5LOMA 3PUYE 4ZS9A 3PPNA 1SDXA 1LLSA 3K02A 3ILUB 1P1WA 1B9JA 1PC3A 3EF7A 4O3BA 1RYXA 2QMXA 3ODBA 3CSGA 4MLVA 4ND9A 3HHGA 3H03A 5CMMA 4F2QA 3TDJA 3TQWA 1LGBC 1PEBA 4DLDA 5B70A 4TLLB 3HO7A 2F6PA 3MVXA 1GGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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