2QZLA

Crystal structure of human beta secretase complexed with ixs
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
390
structure length
375
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title BACE-1 inhibition by a series of psi[CH2NH] reduced amide isosteres
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 375
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qzlA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qzlA02
5OZ9A 5P8GA 2VIYA 3URLA 5P7QA 5OZGA 4CPTA 4DQGA 3EXOA 4J0VA 1FQ8A 5P8DA 3CYWA 3OHFA 3APPA 5DR7A 5DQ5A 3HZCA 1IIQA 3BXRA 2CEMA 4Y3QA 5P0IA 1QBTA 5P79A 3QBHA 1FQ6A 1EBYA 1DP5A 1GVTA 4I10A 4Y3AA 3LINA 2WECA 2NXDA 5P51A 3R2FA 3B7VA 2OHQA 5P8LA 5P78A 4Y3JA 2AVMA 3UDHA 5P6IA 3OUBA 4AA9A 4APRE 3UDKA 3JW2A 2Q11A 3SA4A 5UPJA 1GVUA 4Y48A 5BWYA 3LPKA 2V11C 1W5XA 4OBZB 5I3YA 1AJVA 1IDAA 5HU0A 2G69A 2G26A 5P27A 1G0VA 5P4CA 1B6PA 5P0SA 2VA5A 3GGUA 4L7GA 3ZLQA 5AHCA 4KUPA 5P0RA 2G1OA 4R8YA 1OEWA 3OQ7A 3NDWA 2AOIA 2I4QA 5AH7A 5P1TA 3EKPA 1ODYA 5P63A 2G27A 3SACA 5OZBA 1FMUA 4A6BA 5P2IA 1ME6A 3NDXA 5P82A 3OQKA 3L5BA 5P25A 5P81A 1TSQA 4JPCA 2QD8A 1UPJA 1HTGA 3O9EA 5OZVA 3EKTA 2Z54A 3PSUA 3UQRA 5BS4A 5P0CA 4RVXA 3NDUA 2VIJA 2I4WA 2A4FA 5CLMA 4Y36A 1HIHA 1YTHA 4ZPGA 2HC0A 5P0ZA 2J9JA 2HB3A 1LV1A 2Q3KA 4Y3LA 3KDDA 5P3SA 1D4LA 4FGXA 5P08A 5P8RA 5B18A 2ER9E 5ENMA 5P4YA 4Y47A 5P6BA 3O9AA 7UPJA 4NJVA 2QI3A 2WEAA 4Y9WA 5P7EA 5P64A 3IXJA 2PK5A 2RENA 2ER0E 1K2CA 5P8NA 2JJJA 3ZKSA 5P3UA 4AUCA 5P2SA 4ZEAA 5HTZA 5P2YA 5P3AA 4RLDA 3U71A 1B6KA 3BUGA 3QI1A 1SH9A 5P26A 3OTSA 4EJDA 3OXWA 5P16A 3O9LA 4HDPA 5P1UA 4Y4XA 3ZL7A 3IAWA 4J1HA 1G35A 5P1OA 2Q55A 4J55A 5P8IA 5P6AA 5P66A 5OZYA 1HSGA 2NPHA 2BPWA 3SAAA 3SM1A 5P36A 4Y4BA 3GI4A 5P0EA 4FCOA 5P5BA 3IVHA 4YBFA 5P6OA 2AVQA 2J9JB 6FIVA 1ZPAA 3QAAA 4J54A 5P4GA 4JP9A 3VV8A 3OUAA 3OQDA 5P6EA 5P4RA 4BFBA 3OUDA 5DQ2A 4OBFA 4Q1XA 2PC0A 5OZSA 3EL0A 1FQ7A 1AM5A 4DQCA 5OZ6A 2QNNA 3EBZA 4FS4A 3S43A 2QHYA 5KR8A 1CMSA 4DJPA 4OBKA 2AOFA 4HZTA 4HEGA 3O9LB 2VA6A 4R91A 3BRAA 2A1EA 4HLAA 1LEEA 4F76A 1A9MA 2QK5A 2OHPA 5P71A 4AZYA 1BDLA 1AXAA 3NU3A 5P4XA 1PPKE 4YBIA 3PM4A 2QI4A 3QVCA 4Y4DA 2FDDA 4M8YA 1G6LA 2G1YA 1SDTA 1HRNA 4TRWA 4TVHA 5COKA 4ZPFA 3ZPUA 5P7DA 4R92A 4YOAA 3PEPA 2BPXA 1IZIA 1HTRB 3O99A 3EKWA 5OZJA 1QBSA 2ER6E 5P5NA 3NSHA 1TW7A 5P4WA 2XYEA 5P3JA 5OZ4A 4Y3YA 2OAHA 1MSNA 5P0WA 2WF0A 3INDA 1A94A 1LYBB 3S43B 2V00A 3O9DA 3NUJA 3DUYA 2PSUA 5OZ3A 5I3XA 1XL5A 2VNMA 3EKVA 1FMXA 2ZJIA 4NPUA 1PPME 5OZUA 5P6WA 3FNSA 5P6RA 2ASIA 1IDBA 5HE4A 1T3RA 4Y3PA 3UDNA 5P8TA 4Y38A 5DR8A 1ZBGA 2WF2A 5OYRA 5P22A 3UDYA 5P4LA 4LAPA 5P35A 1FMBA 3PCWA 3WZ7A 3UQPA 2P83A 4QJ7A 3NWXA 5P0FA 4J1FA 1FGCC 5P7JA 4OBDA 4ZIPA 3I6OA 5OZZA 3FKTA 5AHBA 5P2EA 4YCTA 1ZJ7A 5P3ZA 3AIDA 5P43A 2P3BA 5P6QA 2G94A 1YTJA 5SY3A 5P1WA 3EKXA 1ZSRA 4Y5AA 1T6GA 2O4KA 2JXRA 5P7NA 4F75A 2O4PA 1ZAPA 3HLOA 5P33A 3OU4B 4YD6A 5P7PA 3N4LA 5P3FA 1G2KA 5P8BA 2QZXA 5P7GA 5OZQA 1YM2A 2MIPA 4J5JA 1FB7A 2QI0A 1TCWA 3ZKXA 1QBUA 1BWAA 4H3GA 3GGVA 3DCRA 4Y3GA 4LXKA 4RCEA 2Q63A 2QMPA 5P31A 5P7TA 2WJOA 2VKMA 4J1IA 5P3KA 4EP3A 3SM2A 3VSWA 5P49A 3OOTA 5OZCA 1HPVA 4Y3NA 1MERA 5P83A 5P53A 2FDPA 5P5UA 1HVLA 2P3BB 4J0PA 1FG8C 2B7FA 4I12A 4DVFA 4J0YA 4I0EA 3KA2A 1YG9A 4FM7A 5P0AA 4PPHA 2AQUA 1KJ4A 2NMZA 4RRSA 5P6TA 3ZKIA 2BQVA 3IXOA 1CZIE 5P4TA 3L59A 5P5YA 3VF5A 1HPXA 2OHLA 3L58A 5P8JA 4MC6A 4LP9A 1KJHA 1EPRE 3K5GA 5OZFA 2PSGA 5P0MA 2QU2A 5EZXA 2O4SA 1WBKA 5P0UA 2PH6A 5P0HA 4Y6MA 2IDWA 3TOFA 5OYXA 2XFIA 3BGBA 5P5RA 4QJ9A 1BVEA 4K8SA 4Y3RA 2I0AA 3OGQA 4XX3A 4Y57A 1XL2A 1LF3A 1BDRA 4YD3A 5P6FA 4E43A 4PYVA 2P3AA 5P3VA 2R5QA 3GI5A 1EPPE 5P2TA 4EWOA 2NXMA 5DR3A 5AH9A 1BBSA 1KJFA 5OZOA 2WEZA 5JG1A 3I2LA 3H5BA 5P12A 1MIQA 1EC3A 4YE3A 4RCFA 5HDZA 5DR0A 3OXXA 4H3IA 5P32A 5P2LA 1GVVA 5P0TA 1ZLFA 2AVVA 2F8GA 1YX9A 3EM6A 5P01A 5P1AA 4Y41A 4IVTA 3DCKA 1B6MA 5P4HA 4RCDA 5AH6A 3WB4A 5P2KA 4DPIA 5P4EA 5P0YA 1KJ7A 5COOA 2R43A 3G6ZA 3VLBA 3VV7A 2QHZA 4Y5BA 5P0DA 5P70A 3S45A 5P69A 1B5FA 4Y3WA 1MT7A 1WBMA 5P85A 5P8MA 4DPFA 5P44A 4Y3TA 3U6AA 5P8QA 1T7IA 4FIVA 1K6PA 2AVSA 3R0YA 2BPZA 4NJUA 2CEJA 1DAZC 3G72A 4H1EA 4CPRA 3CIBA 5P4UA 5P1DA 5P0VA 2RKFA 5C9BA 4JECA 3CKPA 1RL8A 2VJ6A 4X2LA 1HSHA 1HVIA 4K4RA 4Y3DA 5P1XA 5P3EA 3LHGA 5P7LA 5P3PA 3NWQA 4Y37A 5P1FA 5P1CA 3FNTA 3RTNA 1BXOA 1OEXA 5P37A 1APVE 3JVWA 4Y4WA 1HVKA 1UH7A 4Y50A 3QN8A 3WSJA 3KFRA 4RVJA 5P5JA 3MSLA 3VFAA 2HS1A 1HVJA 3VLAA 3WB5A 4Q1NA 3MWSA 1B5FB 5P20A 5P5ZA 2QMFA 1D4YA 2QI5A 3LITA 5P7AA 4QLHA 2I1AA 5P3TA 2RKGA 1YTGA 5P5SA 1IVPA 1XE6A 5P1LA 5JFPA 3Q3TA 4ZSRA 2BPVA 1AJXA 3BVBA 3QRVA 3SO9A 2FIVA 4B78A 2AZBA 4CPSA 3ZKMA 3D20A 3TPJA 1LYWA 5P6VA 1TZSA 5P4MA 4D85A 4OBJA 1UH9A 4RZ1A 4Y53A 4B00A 2VA7A 3S85A 5P2UA 5HD0A 4HVPA 5P5PA 1EC0A 1BV9A 4B05A 2FMBA 5P2FA 5P1RA 2ZHRA 2ANLA 3WZ6A 3FSMA 4FSEA 3O9IA 4M8XA 3LZUA 2IGYA 2IL2A 3HBOA 2G1NA 5OYZA 3S56A 4L1AA 4I0GA 5E5KA 3OU1A 4FRJA 2BB9A 5OZXA 3OQAA 1F7AA 4Y3XA 1MRXA 5P6KA 1OD1A 4PEPA 4QJ6A 3VF3A 4F74A 3TKGA 5ER2E 3EKQA 4L6BA 2I4XA 4U7QA 2FNTA 5OZAA 5P2BA 5P3LA 5P18A 5OZTA 4DQFA 5IE1A 3RTHA 2FGUA 5P4IA 1SBGA 1EPOE 2NNPA 1W51A 5JODA 3B80A 4OBHA 1LYWB 1KZKA 3VYFA 5P5GA 2H6TA 4B77A 2UPJA 3UDRA 4Z4XA 4I1CA 2VNNA 4Y5NA 5HE7A 5P74A 5P3DA 1A8GA 1SP5A 4I0FA 5P89A 4LHHA 5P6SA 5P7OA 4ACUA 4DFGA 3T3CA 3G70A 5P5XA 3H0BA 1BDQA 3O9BA 2V16C 4YA8A 4DI2A 5P1MA 5P4BA 4YD5A 2P3DA 1MSMA 4B70A 3CMSA 4L1AB 4J0ZA 4DJQA 3ER3E 5P8OA 4NPTA 3VFBA 5P6HA 5P1EA 1E80E 3OK9A 5P3YA 2OHRA 5OZ7A 5P6UA 2F81A 5P1HA 3LZYA 2HPFA 1W6IA 5DGWA 1LF2A 5P2JA 4ZLSA 2NXLA 5P54A 1LYAA 1EBWA 5P2NA 5P0BA 1YT9A 3PLDA 5P88A 4BELA 1JLDA 4IVSA 3I25A 4NKKA 5P1SA 4FAEA 5P0OA 1EC1A 1IVQA 1Q9PA 4RYGA 5P3XA 5P5OA 1Z1RA 5P2HA 2BJUA 2OHSA 7HVPA 4Y5LA 4Z22A 3PHVA 3SFCA 4B1CA 2WL0A 5OZ5A 1YTIA 2F3EA 4CPXA 4DH6A 5P3BA 4Y4AA 2R3WA 3D1XA 3VEUA 5CONA 4K9HA 4TVGA 3TH9A 5DR1A 4YCYA 3ECGA 1EPME 2XYFA 5P8KA 5P3HA 4MC2A 1BXQA 5OZRA 1HBVA 3GW5A 5P5AA 5P4SA 3L5DA 4Y3EA 4YD7A 3LNKA 4HA5A 4TRZA 3DV5A 1DW6C 5P60A 1HTFA 1E5OE 4Y4EA 1NH0A 2ZE1A 4Y3MA 3OAGA 4GJ9A 5P77A 1LYAB 2JYSA 3MSKA 2NR6A 1IZEA 5PEPA 3SQFA 1ZSFA 3S7LA 3OUCA 5P2DA 2QNPA 3OUDB 5P4DA 5OZWA 1M4HA 5P7HA 5P57A 5OZ2A 1HVCA 5OYTA 1N49A 5P7XA 1META 1BWBA 3I7EA 3OOZA 2OHUA 2I4VA 4YHQA 5P8AA 2IEOA 5P19A 5I70A 1GKTA 2P4JA 1DMPA 1MEUA 3TLHA 5P42A 3R0WA 2WF4A 4LBTA 5AH8A 1K1UA 1DIFA 4FLGA 3K4VC 5P8FA 2IKUA 5P7MA 5P7WA 5HE5A 1HPOA 1SDVA 5I3WA 2ZGAA 2Z4OA 2HIZA 4GYEA 2B60A 4FRKA 5P8UA 5P6GA 5KR2A 1T7KA 2I4UA 5P4FA 5IVRA 3AUPA 3UQXA 5JFUA 4OC6A 5P3QA 5ER1E 2QHCA 2V0ZC 4PZWA 5P29A 2ZHSA 3QP0A 3URJA 2FNSA 4DJXA 3DV1A 1DPJA 1TQFA 4RGHA 3VYEA 5OZDA 1HVSA 3S53A 3PI5A 5KQYA 5P56A 1M43A 4I11A 5HCTA 1SGUA 2Q5KA 2B7ZA 3LIQA 1PPLE 2PMAA 3TKWA 3VG1A 1SDUA 5KOQA 3GGXA 5OZIA 4L7JA 2FGVA 3EL9A 1AVFA 3PBDA 4WY6A 1RV7A 1AIDA 5C9FA 3KT5A 2EWYA 2P3CA 5P6LA 2PWRA 2QU3A 3D1ZA 5P7UA 2AOHA 1QRPE 3HW1A 1XS7D 5P7FA 3NU6A 5P2RA 3K5CA 5HU1A 5P6DA 4BFDA 3CIDA 3FX5A 5P5KA 4JPEA 5P00A 3OXCA 3INFA 1VIJA 1FEJC 3DM6A 5HDVA 3K5DA 2VJ7A 3KFNA 5P1VA 1HVRA 1SIVA 5P1IA 1K6VA 4CP7A 4EJKA 4Y4ZA 4Y5CA 4CMSA 3WZ8A 5P1YA 5P0NA 4Q5MA 5P40A 2PQZA 3EKYA 5P41A 5J25A 5P4KA 3SPKA 2AOCA 2R3TA 2AIDA 3IGBA 3PB5A 4J1EA 4FE6A 4AMTA 5P4OA 2VIEA 3MXEA 2FXEA 3GI6A 3OWNA 3VCMA 3VSXA 1TSUA 3S54A 1MPPA 5P10A 3HVGA 2Q15A 2G24A 2QMDA 4ZE6A 3HDKA 4EJ8A 5P5FA 3EC0A 2FDEA 3HVPA 4K4PA 5P80A 1APTE 1VIKA 1OHRA 2JE4A 3PGIA 3T6IA 4L7HA 5P8EA 5OYUA 5P7ZA 1ZTZA 5P3OA 1XN2A 2QNQA 4Q1WA 5F00A 1KJGA 2IKOA 5OZMA 3PWMA 3QPJA 2AOEA 4Z50A 3EM3A 1Z8CA 5OYVA 5P3CA 1MT9A 3URIA 4ZSQA 1SMRA 9HVPA 5P6MA 2WEBA 5P4ZA 1MTBA 4EP2A 4H3FA 4Y54A 1XN3A 3PI0A 2VS2A 5P14A 2OF0A 2RSPA 3PSYA 5KAOA 5P61A 4Q1YA 3UTLA 1A8KA 5OZ0A 2F80A 3PMUA 2IENA 4YDGA 3IN3A 3Q6YA 1HVHA 4ER2E 1C6XA 3S8IA 4EQJA 3ER5E 3IN4A 5P62A 3MXDA 2R5PA 1ENTE 1HWRA 1HEGE 1W5YA 3VV6A 3IXKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ9 A;  5P8G A;  2VIY A;  3URL A;  5P7Q A;  5OZG A;  4CPT A;  4DQG A;  3EXO A;  4J0V A;  1FQ8 A;  5P8D A;  3CYW A;  3OHF A;  3APP A;  5DR7 A;  5DQ5 A;  3HZC A;  1IIQ A;  3BXR A;  2CEM A;  4Y3Q A;  5P0I A;  1QBT A;  5P79 A;  3QBH A;  1FQ6 A;  1EBY A;  1DP5 A;  1GVT A;  4I10 A;  4Y3A A;  3LIN A;  2WEC A;  2NXD A;  5P51 A;  3R2F A;  3B7V A;  2OHQ A;  5P8L A;  5P78 A;  4Y3J A;  2AVM A;  3UDH A;  5P6I A;  3OUB A;  4AA9 A;  4APR E;  3UDK A;  3JW2 A;  2Q11 A;  3SA4 A;  5UPJ A;  1GVU A;  4Y48 A;  5BWY A;  3LPK A;  2V11 C;  1W5X A;  4OBZ B;  5I3Y A;  1AJV A;  1IDA A;  5HU0 A;  2G69 A;  2G26 A;  5P27 A;  1G0V A;  5P4C A;  1B6P A;  5P0S A;  2VA5 A;  3GGU A;  4L7G A;  3ZLQ A;  5AHC A;  4KUP A;  5P0R A;  2G1O A;  4R8Y A;  1OEW A;  3OQ7 A;  3NDW A;  2AOI A;  2I4Q A;  5AH7 A;  5P1T A;  3EKP A;  1ODY A;  5P63 A;  2G27 A;  3SAC A;  5OZB A;  1FMU A;  4A6B A;  5P2I A;  1ME6 A;  3NDX A;  5P82 A;  3OQK A;  3L5B A;  5P25 A;  5P81 A;  1TSQ A;  4JPC A;  2QD8 A;  1UPJ A;  1HTG A;  3O9E A;  5OZV A;  3EKT A;  2Z54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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