The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
62
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sequence length |
166
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structure length |
166
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Chain Sequence |
STIPSEIINWTILNEIISMDDDDSDFSKGLIIQFIDQAQTTFAQMQRQLDGEKNLTELDNLGHFLKGSSAALGLQRIAWVCERIQNLGRKMEHFFPNKTELVNTLSDKSIINGINIDEDDEEIKIQVDDKDENSIYLILIAKALNQSRLEFKLARIELSKYYNTNL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a complex between the phosphorelay protein YPD1 and
the response regulator domain of SLN1 bound to a phosphoryl analog
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule tags |
Signaling protein/transferase
|
| molecule keywords |
Phosphorelay intermediate protein YPD1
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| total genus |
62
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| structure length |
166
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| sequence length |
166
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-08-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01627 | Hpt | Hpt domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | HPT domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1I5N A; 3KYJ A; 4G78 A; 1C02 A; 2LCH A; 1A0B A; 2LP4 A; 4PAC A; 3U3B A; 2OOC A; 3MYF A; 1BDJ B; 1Y6D A; 3KYI A; 1QSP A; 1YVI A; 2LD6 A; 1OXK A; 2Q4F A; 3IQT A; 2A0B A; 1OXB A; 1TQG A; 1FR0 A; 1WN0 A; 3US6 A; 1C03 A; 4EUK B; 2R25 A; 1SR2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CJG A; 1A7E A; 1NU7 D; 1EKY A; 3BRJ A; 3ZQY A; 4LER A; 2QY9 A; 1T6Q A; 1YAR O; 1VTM P; 2R7T A; 4WAB A; 5JRA A; 1OKK D; 3NYL A; 2WVQ A; 5E33 A; 3RKO F; 2HJ3 A; 3B9Q A; 4DJ9 A; 3CZ6 A; 3DE8 A; 5EHH A; 2OQM A; 2KNH A; 2PBE A; 3AG2 C; 2WZF A; 4JZA A; 1LKX A; 3K7D A; 1Q0D A; 5GPG B; 2LSE A; 2QTV A; 1LE2 A; 5E2Q A; 3GM3 A; 3SXM A; 5L0C A; 1U0B B; 3S28 A; 3SXZ A; 4PK4 A; 1OXB A; 2R7U A; 4I44 A; 1A7V A; 4IAR A; 2FGY A; 1TWA A; 2ZD9 A; 5COF A; 1JRA A; 2HV6 A; 2I15 A; 1H6G A; 3M1C B; 3V5Y A; 4AL0 A; 1WGW A; 4OIN F; 3HLZ A; 4JEA A; 3PCV A; 5JSL A; 4BEJ A; 3RQE A; 4YT2 A; 2PNO A; 5KYY A; 4NTB A; 1I4Z A; 5K0I A; 3EFO B; 3QW0 A; 4XLP F; 3DJU B; 4MS2 A; 2VB6 A; 3DAG A; 1PV3 A; 3ABM C; 3U3F A; 2R02 A; 3NG1 A; 1ZU5 A; 1JOG A; 2Y3G A; 2FAP B; 4OIQ F; 3EGX A; 3KH2 A; 2LP4 A; 4DRJ B; 3IHU A; 2P61 A; 2D4U A; 4PFO A; 2I8B A; 1E2X A; 1ORJ A; 2OKU A; 4FWV A; 1SZI A; 1APC A; 3DI5 A; 3FAP B; 3U9J A; 3VRC A; 1QLE C; 1U89 A; 1TWC A; 3LNR A; 1O87 A; 3QZC A; 4WJ0 A; 3VAY A; 4BJ5 C; 1UFB A; 1ZHY A; 2ZXP A; 3EGD A; 4E7S A; 2P6V A; 4U5B E; 2Y3B A; 4XPX A; 4QDL A; 3DM5 A; 1FTS A; 5HV9 A; 2J7P A; 3L34 A; 3OEO A; 1YYX A; 1L7C A; 3KPH A; 3HNK A; 2YHS A; 3R7C A; 3F47 A; 3ATP A; 3PHF 2; 4Q5S F; 3SNH A; 3FMS A; 4LDK A; 2P0N A; 2AU5 A; 1O3U A; 4C3D A; 1EA8 A; 3EHN A; 2XLH A; 1K04 A; 3NKE A; 4EIY A; 5L3V A; 3LEV A; 1D0Z A; 4H54 A; 4JUR I; 4U5C E; 1DOV A; 2YLD A; 1OR2 A; 1M6T A; 1OQC A; 1KU2 A; 4YL1 A; 2L6H A; 2LQG A; 2UUH A; 2ICW G; 3MYF A; 3EZH A; 3K33 A; 2R05 A; 3K1H A; 1L3P A; 4CS7 A; 4CIP A; 3LAY A; 4E17 A; 3T9O A; 3K1I A; 4JIO A; 2EPM X; 1OXK A; 2B0H A; 3W8I A; 1OCZ C; 3W8H A; 3ASN C; 3CAX A; 3IQ5 A; 4J7Y A; 3GWL A; 3UMI A; 1DOW A; 2PF4 E; 2Q9B A; 3LS1 A; 3ZVR A; 1WN0 A; 1R4T A; 4EWC A; 3U8V A; 4E7Z A; 2XS8 A; 4BPM A; 4IGG A; 2W4B A; 4GEH A; 3O55 A; 4CX9 A; 1T6U A; 2DYR C; 5E3C A; 3KYJ A; 1EI7 A; 4JCZ A; 2ZXO A; 1ORY A; 2IXO A; 2VH3 A; 2ETS A; 2NPU A; 3HNI A; 3U2M A; 4HEA J; 4A2N B; 2J0X A; 4RDA A; 2IXM A; 4K7B A; 2C03 A; 2JD3 A; 2XLD A; 4JTA B; 1K40 A; 2X51 A; 3SXK A; 4KBL A; 3RQG A; 3AOU A; 2Y3D A; 3VYW A; 3DAF A; 3O39 A; 3NMK A; 1FMW A; 1A7D A; 2IXP A; 1YAU O; 3RW0 A; 4ANJ A; 2M64 A; 4B6I A; 5IY5 C; 4LLC A; 1Y6D A; 4OIR F; 5KYY B; 3DE9 A; 3N0T A; 4NTA A; 1XWJ A; 2R7V A; 2ZPA A; 3MLG A; 3C8G B; 1VYK A; 3AGU A; 4MVQ A; 4XQ1 A; 4H4K C; 3LNM B; 2A0U A; 2DGJ A; 1OCC C; 2J8W A; 3U5S A; 3ZSU A; 2A68 F; 3JYY A; 1Q0G A; 4XWJ A; 1RKC A; 1B68 A; 4Z9J A; 1YZC A; 5B3I A; 3AG4 C; 2H7V C; 1H7I A; 3ECS A; 5A6B D; 5A6B A; 3A11 A; 4P6I C; 5CIV A; 1NFN A; 4ZLD A; 4N06 A; 1ZYR F; 2OJE D; 5DVW A; 2R7R A; 2L9J A; 2NUP B; 5JS5 A; 3PDM P; 1LS1 A; 1M2O A; 5DS6 A; 4KI2 A; 2Q9A A; 2AWC A; 2KJG A; 4UDV A; 3ABK C; 3KMI A; 1ST6 A; 2OOC A; 4XPW A; 5L0I A; 4YT4 A; 1CGM E; 1G8X A; 4G0H A; 1HMO A; 1FAP B; 2UUI A; 5T3T A; 1LI7 A; 3HTK C; 3AG1 C; 5JUA A; 3RH3 A; 1EQ1 A; 4CBE A; 4J30 B; 4HFK B; 2YZS A; 3O6X A; 4OD4 A; 2QUP A; 2P1A A; 4JEB A; 1CGN A; 2NUP A; 4LLE A; 4M63 A; 4MQ9 F; 3T4R A; 1TWG A; 1CPQ A; 1OR3 A; 4YL0 A; 2Q00 A; 3CQZ A; 5D92 A; 2ZXW C; 1G4W R; 4KNW A; 1H9T A; 4EBK A; 1JPJ A; 2A6E F; 1XZP A; 3FHD A; 1GS9 A; 3H65 A; 3PMR A; 4U5F E; 3EQL F; 4RBN A; 4LDR A; 1T5O A; 1ZW3 A; 1I4Y A; 2HUJ A; 3S27 A; 1E86 A; 2VCC A; 4OD5 A; 4ER9 A; 5F5F A; 3DM9 B; 3W2W A; 1YVI A; 2AWY A; 2LFD A; 1WAT A; 3JCU Q; 3SZR A; 4JW1 A; 4DRI B; 3EGD B; 2GAQ A; 3KKB A; 2VCA A; 2W4M A; 1D1B A; 2E87 A; 3QTH A; 3ZTM A; 3HNJ A; 3AGT A; 5B1B C; 4IAQ A; 4N4W A; 3AJM A; 1KNY A; 5AGF A; 2YLI A; 4HFF B; 1OCR C; 3QW1 A; 4JC7 A; 3DD7 A; 3B0P A; 2IXN A; 4K1O A; 2XLW A; 4C3E A; 3DMD A; 4Z9I A; 2NSF A; 4CDV A; 4K0D A; 2V26 A; 2G3K A; 3DKA A; 3W4Y A; 3A9C A; 3I4U A; 3FVY A; 2DB4 A; 3MBG A; 4MVO A; 1YZA A; 5B1A C; 5L0F A; 2YEV A; 2CW0 F; 5BQG A; 2IOQ A; 3AQC A; 2OEV A; 3Q7L A; 1JAF A; 4D4N A; 3S9O A; 4BJ1 A; 4FX5 A; 2LD6 A; 5A6A A; 3C8Z A; 3EG9 A; 4NTF A; 1TFO B; 1BR4 A; 2PX3 A; 2Q3T A; 2CDQ A; 3LEO A; 2ASR A; 2JPU A; 4U9D A; 4C3B A; 1G4U S; 2L6F A; 4P9F A; 4CS8 C; 3C8G D; 2VCB A; 4EHP A; 4OIO F; 2HMQ A; 4JVS A; 2C04 A; 2KW3 C; 4MTO A; 2HSQ A; 1YA9 A; 2XM4 A; 3M15 A; 3B0U X; 2CYD A; 1ZZP A; 2RD9 A; 4R32 A; 3NMI A; 1FFH A; 1O5H A; 3O10 A; 4U5G A; 3U2L A; 3OWT A; 1RKE A; 1QQ3 A; 4CIH A; 5EK0 A; 1TFK B; 3GAN A; 4IJJ A; 4XEK A; 1RJ9 B; 1C02 A; 4O7G A; 4AE4 A; 4N6H A; 1LVK A; 5T1D B; 3X1O A; 3U3B A; 1Q0M A; 2XS1 A; 3EH1 A; 1T01 A; 1E85 A; 2KC3 A; 1BDJ B; 1VMA A; 4DXW A; 3K1I C; 1VLT A; 1ZHX A; 2MYS A; 2CNW D; 2Q4F A; 3IQT A; 3QMK A; 3L8J A; 1CPR A; 2EIM C; 3NKD A; 4AK9 A; 2MHR A; 4N6C A; 3RF3 A; 4CSA A; 3US6 A; 1NG1 A; 3T6G B; 2EIJ C; 2OJQ A; 1RKE B; 3ITF A; 1MMN A; 4MVR A; 2R7O A; 4WGZ A; 5A6J A; 3BEH A; 5BQI A; 5L0J A; 1GQA A; 4J32 B; 2DI3 A; 3TJ6 A; 4NQF A; 5F28 E; 3M4B A; 3UMH A; 1SYQ A; 1HE1 A; 1OW6 A; 1V55 C; 2HSB A; 2YL7 A; 4AX2 A; 2CNW A; 1A0B A; 1QVX A; 4I1M A; 1IW7 F; 3GEI A; 3F46 A; 3K6B A; 3JSZ A; 2HMZ A; 1LE4 A; 2QE9 A; 1H9G A; 3MYI A; 5FZT A; 2CCY A; 1A41 A; 2G3V A; 2H8A A; 2NSG A; 2GWW A; 3B29 A; 3LUT B; 4YL3 A; 3WOD F; 3UR3 C; 2KK1 A; 3Q6M A; 4DVZ A; 1PCX A; 1Q0F A; 4IB4 A; 4EKW A; 4W8P A; 1ORS C; 3B71 A; 2A1D D; 4Z9H A; 1WAS A; 3IEE A; 2B0J A; 2HV7 A; 2H7O A; 4QI2 A; 2R7W A; 2A69 F; 4JE9 A; 3RIP A; 1U6H A; 5A6K A; 2J45 A; 5KYW B; 1M56 C; 3V5X A; 4ONS A; 5DS5 A; 2BL2 A; 3C8G A; 4YK5 A; 1T9K A; 1YA7 O; 2DYS C; 3FOO A; 4PFP A; 3SXY A; 4JTD B; 2YKZ A; 5COG A; 4MVU A; 5E3A A; 5D91 A; 2WVN A; 5BUO A; 1NSG B; 3MX3 A; 3AG3 C; 4PAC A; 3V7O A; 1F1M A; 1ZHW A; 3V5Z A; 1D0Y A; 2J46 A; 3R2P A; 4MTG A; 2Z15 A; 5BQH A; 1C17 M; 1Z63 A; 3EZI A; 3DXJ F; 1FMV A; 4MVS A; 1VOM A; 3ZWI A; 1PD1 A; 3WAQ A; 1LS4 A; 4CS9 C; 5A69 A; 1FFT C; 2VAS A; 4U9E A; 1J8Y F; 5DLJ A; 3FDQ A; 4PJJ A; 5KYW A; 2WB7 A; 4KNV A; 1MMA A; 3H2U A; 3NYM A; 1MQV A; 2W9Y A; 3TD7 A; 3EFO A; 3N24 A; 3G4X A; 2EIK C; 2A6H F; 3TJ5 A; 3KL4 A; 3VM6 A; 2W45 A; 2OG2 A; 2H7B A; 2R9R B; 3C18 A; 4FES A; 2HJM A; 3SEO A; 3WHN A; 1TWH A; 5T3W A; 1V4A A; 1Y4C A; 4YT5 A; 3T6B A; 4G7H F; 1K05 A; 3NDB B; 2KSF A; 4JTC B; 4EBJ A; 1BBH A; 2XLV A; 4NC3 A; 5L0G A; 3GEH A; 4LDQ A; 4CJO A; 1J8M F; 3X2Q C; 4U5H A; 3TK0 A; 1R5I D; 3HKK A; 2XLM A; 3GM2 A; 4PJM A; 2XRH A; 3ZTZ A; 5TJ5 E; 2WL8 A; 2RSE B; 3KYI A; 1QSP A; 3ASO C; 3JSE O; 4MW8 A; 4BJT A; 1LPE A; 4A4A A; 2Y3H A; 4DBQ A; 1NZE A; 2ZXR A; 1JR8 A; 3ZQV A; 2Q7R A; 2QLA A; 1D1A A; 4U5D E; 3UMK A; 4C7O A; 4D4X A; 2HFI A; 2EPL X; 1CGO A; 1WTY A; 4EUK B; 1AUE A; 5KYX B; 1D1C A; 1M2V B; 1KTM A; 1I5N A; 4MND A; 1AVO B; 2PFD A; 4Q4Z F; 1G5Z A; 1QZX A; 3S29 A; 1YDI A; 3S90 A; 4HE8 D; 3LJB A; 3LES A; 1VYI A; 256B A; 5JP7 A; 1S05 A; 4OIP F; 2XLE A; 4W8K A; 3RQF A; 3TQO A; 4ULV A; 1GGQ A; 2BC5 A; 2NUT B; 2XLO A; 5KYU A; 3JYH A; 4CDY A; 1BR2 A; 2AP3 A; 2QNL A; 3FAJ A; 3G4Z A; 3GOR A; 3U9M A; 3NMJ A; 1BZ4 A; 1HE9 A; 4AE4 B; 3UGO A; 1N1C A; 1WWP A; 3GM1 A; 2NG1 A; 4E0I A; 3M4C A; 2FFH A; 5B3S C; 1W2W A; 4XLN F; 2XM0 A; 3JTL O; 4YJW A; 3WG7 C; 3U8P A; 4YT8 A; 2XXA B; 2GA0 A; 1GM5 A; 3DZA A; 3QVZ A; 1VB5 A; 1Z3I X; 1HMD A; 1T6I A; 4BJ6 A; 3GWN A; 5JVE A; 5L0H A; 4O6Y A; 3DWW A; 2NUT A; 2Y39 A; 1ZVZ A; 2YQY A; 3L0I A; 3OA1 A; 1JMW A; 4E18 A; 2IYL D; 4BEM J; 1LIH A; 3NYJ A; 1WOL A; 4J7T A; 3GEE A; 4JJG A; 1MMD A; 1OW8 A; 3T6J A; 3FXH A; 3I5P A; 1Z5Z A; 2BE5 F; 3AQB A; 3VF0 A; 1M57 C; 3Q7G A; 4X0R A; 4YWQ A; 2R7Q A; 4I1O B; 2XL4 A; 2YRF A; 3HNL A; 4NCQ A; 2YL1 A; 4BJ5 A; 3K66 A; 4KC9 A; 2PP4 A; 2XL8 A; 4JCH A; 3CSK A; 1IZM A; 4O6N A; 3RVZ A; 1MNE A; 4XEV A; 3JT1 A; 2YL3 A; 4LAC B; 3ABL C; 3N2Z B; 3MFN A; 4XEF A; 3H2V A; 4IRU A; 5KYN A; 2V3C C; 1C03 A; 4FAP B; 5JLI A; 1ZU4 A; 1NFO A; 3S84 A; 4IWB A; 1RMV A; 1VLS A; 4U5E E; 3EHM A; 5HSW A; 4Q7C A; 3E9V A; 3L8I A; 1ZHT A; 3IQC A; 4I3M A; 1TR2 A; 3J06 A; 2G62 A; 2WVO A; 1YYJ A; 4F4B A; 1AEP A; 4G78 A; 2MWQ A; 2VC9 A; 2PX0 A; 2YL0 A; 2HKV A; 4MVZ A; 4MW3 A; 4PJN A; 2KQ9 A; 1LM3 B; 2YVK A; 1Q0K A; 4G7O F; 2HS5 A; 4MTF A; 3RVY A; 4DOZ A; 1Z23 A; 3C62 A; 1OW7 A; 3Q6N A; 2WZG A; 2EIN C; 3EH2 A; 4YN0 B; 3UNG C; 3I5Q A; 4GYT A; 5DQZ A; 5KYX A; 2LK4 A; 1QPU A; 2P7V A; 5CI9 A; 3M79 A; 4DVY P; 3B0V C; 4WGY A; 3CEX A; 2EIL C; 2F22 A; 5AC4 A; 3S0X A; 2A0B A; 1OKK A; 4XPY A; 1RCP A; 1XZQ A; 3TUL A; 1V74 B; 1TQG A; 2O9X A; 2R03 A; 2Y69 C; 5F5H A; 5L0D A; 3LLK A; 1TKN A; 1HY5 A; 4L6R A; 5KYU B; 3RFY A; 1QKR A; 1D0X A; 1HW1 A; 2IBF A; 3EPV A; 2XSE A; 2WZL A; 3U0C A; 4NY3 A; 4P9T A; 3JZ0 A; 4DRH B; 1V54 C; 2XXA A; 1FNT c; 2OCC C; 2CGE A; 2L7A A; 2GFH A; 2J7P D; 3G50 A; 5AC5 A; 1ZHZ A; 4BJ6 C; 1BR1 A; 3EJN A; 2GDC A; 2KYH A; 3LLI A; 5CI8 A; 2EPO A; 4CS8 A; 5EGY A; 5JT4 A; 4XTK A; 1UG7 A; 4DBR A; 1RXQ A; 5L3Q A; 3IQ6 A; 1NBB A; 4EBB A; 2L81 A; 1NU9 C; 1RJ9 A; 1JPN A; 2YWA A; 2AVK A; 5DS4 A; 4CS9 A; 4AL1 A; 1MMG A; 3SYN A; 4PJL A; 2IM8 A; 2HZ8 A; 3FOP A; 1MND A; 2Q9C A; 3L1M A; 4C7O B; 4JRZ A; 3EGX B; 3QVY A; 2EPN A; 2OU6 A; 1M2V A; 3C63 A; 2XL6 A; 4MVM A; 2R25 A; 2YLG A; 1SR2 A; 2OEX A; 3E70 C; 5COM A; 3TOL A; 4CDA A; 5FCL A; 1Z6A A; 3C7J A; 3IPM O; 2J9U A; 1LI5 A; 4JKV A; 2EPK X; 2LFF A; 3DJN B; 3LS0 A; 3ZDL A; 1SMY F; 2M4E A; 1ZW2 A; 5DQT A; 2TMV P; 4IAO A; 3JRT A; 3RYL A; 4E0H A; 1Z7Q c; 2R7S A; 3GOD A; 1E83 A; 2R7X A; 3NRH A; 2J9W A; 3JRM O; 3ZG1 A; 1SF8 A; 2LCH A; 3UGP A; 1HW2 A; 4CSA C; 1YJG A; 2J9B A; 2LIG A; 4O79 A; 3SP1 A; 1S7Z A; 2KGO A; 1VK5 A; 3EG9 B; 4O6M A; 4RD9 A; 4ZLC A; 2J0W A; 3POV A; 2JX0 A; 3ZC4 A; 1E84 A; 4PR9 A; 4BG0 A; 4JJF A; 1NLX A; 2D5R B; 3W2V A; 4G7Z F; 1OCO C; 3ZIB A; 2L6G A; 4ULW A; 2J9V A; 4GQH A; 1FR0 A; 1PD0 A; 1YLM A; 2X0C A; 3TOM A; 4QI0 A; 3HJC A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1I5N A; 3KYJ A; 4G78 A; 1C02 A; 2LCH A; 1A0B A; 2LP4 A; 4PAC A; 3U3B A; 2OOC A; 3MYF A; 1BDJ B; 1Y6D A; 3KYI A; 1QSP A; 1YVI A; 2LD6 A; 1OXK A; 2Q4F A; 3IQT A; 2A0B A; 1OXB A; 1TQG A; 1FR0 A; 1WN0 A; 3US6 A; 1C03 A; 4EUK B; 2R25 A; 1SR2 A;
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