2R38A

I84v hiv-1 protease mutant in complex with a carbamoyl decorated pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Structural and Kinetic Analysis of Pyrrolidine-Based Inhibitors of the Drug-Resistant Ile84Val Mutant of HIV-1 Protease
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2r38A00
5P7AA 4B0QA 3OK9A 1FFFC 3NUJA 4H3FA 3KDBA 2VNNA 2WECA 4Y58A 5P0RA 4RVXA 5P2XA 5COKA 3BXSA 1C6ZA 4Y4UA 5P4IA 3PI0A 3EKPA 2FNSA 3OTSA 1WBMA 4DJPA 3D1YA 1GVXA 4HZTA 1RPIA 3RVIA 3O9AA 3OOTA 2AOEA 5OZWA 3T6IA 5OZSA 5P1LA 2HB3A 4A6BA 3ZKQA 2NR6A 2QZXA 4J1FA 4Y3TA 4QJ9A 3EL4A 3IVHA 2R8NA 5OZ6A 5P49A 3OU4A 3SA5A 5P48A 3SM1A 1M0BA 5P8BA 5DR8A 1E80E 3VLAA 2AZ9A 3ZKXA 2OAHA 5P8NA 5P7FA 3QIHA 3HZCA 2VS2A 4J1EA 1ENTE 5P7BA 1EC2A 4TVGA 4NPTA 1MRXA 4Y53A 3QP0A 2BKTA 4Y54A 1M4HA 4LHHA 1T7IA 5DQCA 5P6DA 3SO9A 2B60A 4XX3A 4YDFA 5P4JA 2J9JB 1TZSA 3CKRA 5P77A 5P70A 4RCEA 3NU4A 5SY2A 3GI4A 3SAAA 4M8XA 2P3BB 5P1EA 3TKWA 5P37A 5P8AA 3TPPA 4R5NA 2ER7E 4U8WA 4B05A 5P5VA 3HD8A 4PYVA 3DUYA 2ZHRA 3PCZA 3APRE 4X7IA 1UH9A 2JJJA 3UDNA 3PSUA 2PSVA 2G1SA 4DJWA 3EKTA 3K5FA 4Y45A 1OEXA 5P3MA 2AVSA 5C9BA 4Y36A 5IE1A 5DGUA 4BFBA 3S43A 5P05A 5P6CA 1AAQA 4DV9A 4EJDA 4A4QA 5P6AA 5P7GA 5HTZA 1META 1EPLE 4EHCA 3DM6A 4Y51A 5P0OA 4Y3MA 3UCBA 4JP9A 4ZSMA 5HCTA 5P1DA 1B11A 1W6IA 1PSNA 3N3IA 4Y47A 2WJOA 5P7DA 3KFNA 1G35A 4Y43A 5P7KA 4Y3FA 5TOLA 3TOGA 2G1RA 5ER1E 5KQYA 2FMBA 3EKQA 1AXAA 5P22A 1VIKA 2OHUA 3PB5A 4B72A 4GJ8A 2QMPA 5P7RA 3KDCA 1FMXA 3OQAA 1KJ7A 1RNEA 4DQBA 5T4SA 4RYCA 4RZ1A 1C6YA 4I0EA 1B6PA 5OZIA 2VIEA 1A8KA 1BDQA 3PGIA 4NPUA 3R0YA 4Y57A 5P89A 4Z4XA 4I10A 5JFPA 1PPME 3NDXA 2JYSA 5P6BA 2BPWA 1HIIA 5P87A 5P25A 3QVIA 5P10A 1FLHA 5P78A 2ZE1A 2IKUA 2RENA 2PYMA 3EKYA 4R91A 4Y41A 5OYWA 2PH8A 5P0EA 6FIVA 1QBRA 3JVYA 3D3TA 3TNEA 1LF3A 1SIPA 3C9XA 3NSHA 5P08A 2G26A 5P3RA 5P0UA 5P4SA 3I6OA 4LC7A 4GJAA 5P5JA 4Y4GA 4Y3NA 2ZJMA 3LIQA 2V12C 5P5XA 3GW5A 1HTEA 4QJ7A 1HSGA 1PPLE 5KR0A 3EMYA 2BPZA 5OYTA 2I4DA 3ZLQA 2B7FA 5P04A 4LL3A 5P2SA 5P33A 3R4BA 4COEA 3ER3E 1SDVA 1J71A 2IDWA 5P0IA 2AVOA 5P7JA 5P40A 5P0MA 5P2DA 3OUDA 1K1UA 4YDGA 3BHEA 5PEPA 1ZSFA 4L1AA 4Y5EA 1AIDA 1D4HA 4LBTA 3H0BA 5P4OA 3NU6A 1ZPAA 2VJ6A 1ZBGA 5P6FA 4NJTA 3NLSA 4DQEA 4ZLSA 2BJUA 3R1GB 3ECGA 2ER0E 3NDUA 2VNMA 4GJ7A 4FL8A 2PK5A 5P4UA 2ER6E 4Y5BA 5P7CA 1EBZA 3ZKGA 2O4KA 5P5EA 4H3IA 4H1EA 2QHCA 5P2EA 5P6ZA 1MPPA 2HS2A 5P5AA 1FB7A 3TH9A 1FQ5A 1FKNA 5OYRA 4Y3QA 1MT9A 3PJ6A 2AZBA 1FQ8A 2JXRA 5P88A 5OZTA 5P7UA 2VA7A 3K4VC 1EC3A 1YTIA 2G94A 4F73A 4DI2A 1NPAA 3VUCA 2V10C 5P3LA 5P4VA 1PSAA 1RQ9A 4QJ8A 4L6BA 4Q1XA 4GJ5A 4CPWA 1MT8A 4L7GA 7UPJA 5AHCA 5P8HA 4ACXA 2O4LA 1QBUA 2FDEA 1D4JA 2PH6A 5AH7A 2SAMA 5P5SA 2QD8A 1APVE 1EPQE 1EPOE 1D4IA 4Y4BA 3G6ZA 5P34A 4TRZA 5OZXA 5P27A 5P6VA 3L59A 5IVSA 4BELA 4Y5MA 2QI4A 4CPSA 3ZPUA 5P3YA 1LYWB 1B6JA 2HPFA 5OZ1A 2ZHTA 4I0IA 2FNTA 5P1ZA 3SPKA 4Y5KA 1HVSA 3I8WA 3OQ7A 3KMXA 2V0ZC 4K9HA 5DGWA 1FEJC 5I3VA 1BBSA 1EPPE 1NPVA 3UQWA 2QMDA 3PRSA 1XL5A 5P6QA 5OZ9A 1HPSA 4MC1A 1K6VA 2HS1A 4Y5PA 3UHLA 3UQPA 5ISJA 4FRSA 1XN3A 4OBJA 4HDPA 3MSLA 2R5QA 5P1WA 3KFSA 4Y4AA 1HPOA 1TCXA 2Q5KA 5OZUA 1LZQA 1LF4A 5P64A 3DV5A 1SH9A 5CONA 1K2BA 2AIDA 4H3JA 5E5KA 5P72A 5P43A 4Y3AA 4TVHA 2HAHA 5P52A 2I4XA 4RLDA 5P56A 4GJ9A 3CIBA 3OU1A 3Q3TA 3QBHA 5P54A 1YTGA 4EJLA 1ZAPA 4Y5LA 1QDMA 4LXMA 3GI6A 4MC2A 3T7XA 5KQZA 2NXLA 3Q5HA 2ANLA 4JPEA 5P3BA 4EWOA 4Y38A 5HDUA 5P0KA 5AH6A 4CPRA 5COPA 3TOFA 3TL9A 3VLBA 5P4FA 5HE7A 5OZ2A 5P3PA 5P7QA 3CICA 2R3WA 3BUHA 5P3KA 3BGCA 4OBHA 2PQZA 1HIHA 5P1JA 1UH8A 2RKGA 5P3OA 5P4XA 4AZYA 3T7PA 4DH6A 3LIYA 3OGQA 5I70A 1T6EX 3ER5E 1BXOA 3S85A 5EZZA 1E5OE 5KQFA 5P8IA 1EC1A 3IXKA 3NDWA 3OU4B 1YM2A 2Z54A 3D1ZA 5P8MA 5P1NA 5P68A 1WKRA 1W5WA 3OXXA 5P1IA 2AOHA 4ZIPA 5AGZA 3OHHA 1MRWA 5P5CA 2P83A 5P6OA 2I1AA 3IAWA 5P7SA 3LZYA 3U7SA 4Y4TA 1VIJA 5JFUA 3CKTA 5DR7A 3EKXA 3QN8A 5P0WA 2HIZA 3BVBA 4R93A 3HAUA 4B77A 2I4VA 4J1CA 4WY1A 1FGCC 3VYDA 4UPJA 5OZ8A 5P1SA 3SA9A 4APRE 5P5BA 2OHQA 3UTLA 2BPYA 4F75A 4ZE6A 4Y3PA 1FF0C 4Y4ZA 4R92A 2F80A 5P2HA 3VV8A 3G72A 5JODA 4Y39A 1IDAA 3UDQA 5OZLA 5P85A 3VG1A 3WSJA 4B1DA 4GIDA 2P3CA 4RGHA 2FXDA 3R0WA 1IBQA 1HHPA 4HE9A 3BXRA 1MIQA 5P5IA 5P20A 3S7LA 1FQ6A 4ZPFA 3S43B 5KAOA 5OZVA 1IZEA 1CMSA 4B1EA 3RSVA 3KDDA 3D91A 1HTFA 1TSQA 1Z1RA 1Z1HA 5P5KA 4Q5MA 1GNNA 4FRJA 3O99A 3TPRA 2XFIA 2HB2A 2NTRA 4Y44A 1B5FA 3OGPA 2H6SA 3S2OA 5P6PA 5P3JA 5P3GA 1F34A 3OTYA 4Y3XA 2FLEA 4Y5AA 5OZBA 2QK5A 4FIVA 5P8QA 4ZSRA 2I0AA 2G27A 2ZJKA 1QS8A 1HOSA 5P11A 5AHBA 4J1HA 5P3ZA 5P6YA 1ZP8A 2WF0A 5P41A 2UPJA 4NJUA 5P62A 3QRSA 1MUIA 3OXVA 5HDVA 2WF4A 5P1QA 3IXJA 5P0YA 5P1CA 5P55A 1B6LA 2Q3KA 1IZHA 3UQRA 2VIJA 2IRZA 3EBZA 4EYRA 3SACA 3HLOA 1LYAA 4ER4E 3GI5A 3L38A 5P8UA 1A30A 4A6CA 5P5PA 4AUCA 2CEJA 5EZXA 4Y3RA 5P5YA 5P69A 5P5WA 5P1VA 1SBGA 2V13A 1Q9PA 1SMRA 3BUGA 3NXEA 2BBBA 3O9FA 2MIPA 4YD3A 5P1MA 4MC9A 1W5XA 4HA5A 5OYVA 4GB2A 5P14A 5P8RA 4R8YA 3VSXA 4YCTA 1NH0A 3HBOA 5P7YA 5P4KA 3VF5A 4KB9A 2G1NA 3O9IA 2Z4OA 2WKZA 5P2UA 1BV9A 5HE5A 5P0HA 5P0BA 5P02A 2OHLA 5P1KA 1OHRA 4Y3SA 3OXWA 5P3QA 1QRPE 5P2GA 2NNPA 5OZMA 2IGYA 5P6GA 1HSIA 1HXBA 4OBDA 5P6HA 4IVSA 5P0GA 4J0YA 4EXHA 5P2RA 3OUDB 1NPWA 1MSMA 5P3WA 5P7PA 4L1AB 3O9BA 4CPTA 1KJ4A 2VKMA 3K5DA 2XYEA 4FSEA 4Y4JA 5P15A 5P0XA 4XX4A 4FE6A 4OBFA 2UXZA 4I8WA 3UQUA 5SXNA 2HB4A 4AA9A 3PWMA 4H3GA 5P1GA 4AMTA 1DPJA 2IS0A 4TRWA 1EC0A 1PFZA 4FRIA 4L7HA 1FMUA 2QZKA 4DQGA 5P29A 3U6AA 4BFDA 2VJ7A 5P5ZA 5P50A 2G21A 2VJ9A 3PHVA 5P73A 5P7WA 2R9BA 2AOJA 5P06A 4EP2A 1MSNA 5ER2E 4Y4EA 2H6TA 4QGIA 1PPKE 1HRNA 2PWCA 1E82E 2B42A 8HVPA 5P3AA 3RTNA 4Y5GA 5HDXA 5ISKA 5P4DA 4EQ0A 2QHZA 2P3BA 4Q1WA 3RTHA 1HWRA 3PMUA 5I3YA 5AH8A 3UDKA 5P4RA 3DOXA 4YA8A 3FNTA 2IGXA 1ZSRA 1M43A 3K5CA 3B80A 1YTJA 5I3WA 3LPIA 3WB5A 4M8YA 2UY0A 3IXOA 2ZJIA 4Y3JA 3OOZA 2PWRA 2ZDZA 5OYZA 3EL5A 5P8LA 4DPFA 3OY4A 4PZWA 4HDBA 4J54A 3EM3A 4EPJA 3LNKA 5P8EA 2QI5A 5OZOA 4DQCA 4YHQA 3VFBA 5BRYA 2P3DA 4GZFA 4J17A 2QU3A 4KE0A 5BWYA 4DPIA 4Y3EA 3KN0A 1AZ5A 2OHTA 3DCKA 3OHFA 3N4LA 2AVMA 4ZSQA 4HVPA 2PSGA 3MSJA 1JLDA 5F00A 1AM5A 3ZL7A 2B7ZA 2AODA 2A4FA 4GJCA 6APRE 4GMIA 4I0FA 5P6TA 1Z8CA 1YT9A 1GNOA 2P8HA 1HVRA 2XFJA 4Y3LA 3MSKA 3DV1A 5OZHA 4E43A 3OU1B 2BPXA 1BWBA 1EBYA 3O9CA 5P5QA 1W5VA 3UF3A 2CEMA 1GVVA 3VV6A 2QD6A 4OBZA 3TTPA 1IZIA 2O40A 3LPJA 5P6XA 1MTRA 3WB4A 5OZYA 4OD9A 1AJVA 2WEZA 5DR4A 5P6UA 2QAKA 5P7TA 3ZKMA 1AVFA 3MXEA 3SA6A 5SZ9A 1K6PA 1LEEA 5P2NA 5HVPA 3ZKSA 2J9KA 4U7QA 1K6CA 4I0GA 2QNNA 3VYFA 4HEGA 3L5CA 4RRSA 1BXQA 1SDTA 4Y3WA 3URLA 5P1PA 4Y6MA 2G69A 4ER1E 4YOBA 1A8GA 1ODYA 1MVPA 3K1WA 3INFA 2WEBA 3EL9A 3VFAA 3T11A 2AOIA 4YCYA 1APWE 2EWYA 4CKUA 3NU5A 3BVAA 2AOFA 5P0SA 5P18A 1KJHA 2QI1A 5P4GA 2WEDA 5P7EA 4OBKA 5UPJA 5P1UA 2QZLA 5P3FA 5P60A 1YX9A 1BDLA 4LP9A 5P6MA 5P07A 3UDPA 3DK1A 1T3RA 5P0TA 5P83A 4Y56A 4DJUA 3QRVA 5DQ4A 5ENMA 1UPJA 5P74A 4YD6A 4HDFA 4GJDA 3ST5A 5P8SA 4YBFA 1N49A 5OZJA 2QHYA 1D4YA 5P4AA 3QI1A 3KT2A 5P6LA 3RSXA 3S54A 3L5FA 3OADA 3EM6A 1SGUA 3LITA 2OHMA 1SMEA 2ZYEA 3SLZA 5P38A 5P0CA 3LIXA 4OC6A 4QJ2A 3QROA 4D89A 2QI3A 5P4QA 4FS4A 2QMFA 5P2BA 2F81A 5P30A 1AJXA 3GGUA 1A9MA 3PMYA 1T7JA 3SA4A 4ACUA 2PC0A 5OZQA 4ER2E 5BS4A 5P0JA 4Y35A 2FGVA 5P4BA 4U7VA 3URIA 4RCFA 5P4PA 3QRMA 5P4WA 5KQXA 2APRA 1G0VA 2BQVA 9HVPA 3PWRA 3EC0A 3FNUA 3GGAA 2XFKA 3IN3A 2QNPA 5P8PA 5P82A 1B5FB 1C6XA 1HVIA 5OZPA 4FM8A 3UFLA 1ODXA 2NMYA 4Y37A 2ZHSA 4ZPGA 4J5JA 3O9EA 3URJA 3KFPA 3IVIA 4OBGA 2Q54A 1TW7A 2P4JA 5HU0A 3FV3A 1FQXA 4DJQA 1ZTZA 3BGBA 1ZJ7A 2O4PA 5P23A 1G6LA 2ZHVA 1TQFA 3UDMA 4EJKA 4EJ8A 3OAGA 1HEFE 4YCKA 4K4PA 3SA3A 4I0DA 5AH9A 1APTE 5OZGA 5OYYA 5OZKA 5P5RA 5DQ1A 5P5UA 1LYAB 1HPVA 3U71A 4PPHA 1HVLA 4I0HA 2R5PA 1EBWA 1W50A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7A A;  4B0Q A;  3OK9 A;  1FFF C;  3NUJ A;  4H3F A;  3KDB A;  2VNN A;  2WEC A;  4Y58 A;  5P0R A;  4RVX A;  5P2X A;  5COK A;  3BXS A;  1C6Z A;  4Y4U A;  5P4I A;  3PI0 A;  3EKP A;  2FNS A;  3OTS A;  1WBM A;  4DJP A;  3D1Y A;  1GVX A;  4HZT A;  1RPI A;  3RVI A;  3O9A A;  3OOT A;  2AOE A;  5OZW A;  3T6I A;  5OZS A;  5P1L A;  2HB3 A;  4A6B A;  3ZKQ A;  2NR6 A;  2QZX A;  4J1F A;  4Y3T A;  4QJ9 A;  3EL4 A;  3IVH A;  2R8N A;  5OZ6 A;  5P49 A;  3OU4 A;  3SA5 A;  5P48 A;  3SM1 A;  1M0B A;  5P8B A;  5DR8 A;  1E80 E;  3VLA A;  2AZ9 A;  3ZKX A;  2OAH A;  5P8N A;  5P7F A;  3QIH A;  3HZC A;  2VS2 A;  4J1E A;  1ENT E;  5P7B A;  1EC2 A;  4TVG A;  4NPT A;  1MRX A;  4Y53 A;  3QP0 A;  2BKT A;  4Y54 A;  1M4H A;  4LHH A;  1T7I A;  5DQC A;  5P6D A;  3SO9 A;  2B60 A;  4XX3 A;  4YDF A;  5P4J A;  2J9J B;  1TZS A;  3CKR A;  5P77 A;  5P70 A;  4RCE A;  3NU4 A;  5SY2 A;  3GI4 A;  3SAA A;  4M8X A;  2P3B B;  5P1E A;  3TKW A;  5P37 A;  5P8A A;  3TPP A;  4R5N A;  2ER7 E;  4U8W A;  4B05 A;  5P5V A;  3HD8 A;  4PYV A;  3DUY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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