2R3WA

I84v hiv-1 protease in complex with a amino decorated pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Structural and Kinetic Analysis of Pyrrolidine-Based Inhibitors of the Drug-Resistant Ile84Val Mutant of HIV-1 Protease
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2r3wA00
1D4HA 1BILA 1NH0A 3UPJA 2B8VA 4JECA 4YD4A 5P0OA 4OC6B 4EJKA 2Z4OA 2OHRA 2IRZA 2P4JA 5P3NA 5P8UA 4Y51A 5P2RA 5KQFA 5APRE 3NDTA 5P24A 5P5NA 4EJLA 4Y3QA 2B8LA 5P8NA 4RCDA 7UPJA 4GJ9A 3UCBA 5P81A 4OBHA 5OZAA 1FMUA 3SFCA 2A1EA 3OXWA 5OZDA 1T6GA 5P1FA 2IS0A 4YD6A 5P8PA 5P4NA 3D20A 2ZE1A 2AVOA 5TOLA 1E80E 4EJDA 1B11A 5HE7A 5P4FA 3K5CA 4DPIA 2AZCA 3KFNA 3QP0A 3VG1A 1A30A 4YA8A 5P3XA 4Y4XA 5P14A 5DQCA 2Q11A 5OZWA 4Y3GA 4D85A 1MRWA 5P0UA 5P2EA 5P6OA 1XS7D 5P5UA 5P16A 1SDVA 1D4KA 3OTYA 3OUCA 1GVUA 3VSXA 1EPQE 4J17A 4RVIA 4A6CA 3VYDA 1RV7A 5P3JA 4M8YA 3VYFA 1A9MA 4FE6A 5OZ7A 5P5AA 4HDPA 1SMEA 4H3IA 4Y3RA 4GMIA 1D4SA 4QJ7A 2IDWA 2FXEA 2JYSA 3NDXA 5OZQA 4RROA 5OZFA 5P04A 5OZ4A 4U7VA 5I70A 3UFNA 1BV7A 5BS4A 2IEOA 5KR0A 3R0WA 4ZEAA 5P2BA 5P6YA 2RENA 5P7TA 5COOA 5P2IA 3R2FA 4L7HA 3LZVA 3ZL7A 2VA7A 4Y3EA 5P52A 3G72A 5P0YA 4Z2ZA 5P0NA 1ODXA 2HB2A 4QJ9A 1BV9A 3K5DA 3B7VA 1FB7A 2NR6A 3LPKA 5P2LA 2R9BA 4U7QA 2RMPA 1C70A 5P3TA 5UPJA 1UPJA 3TNEA 5P2UA 3SA7A 1BVEA 3PVKA 2F3KA 5P7XA 3HBOA 2P3BA 5P0SA 2JJJA 2ZHSA 3ZOVA 4J55A 1TSQA 4DVFA 2ER7E 1G2KA 3OQ7A 3FSMA 4ACXA 5P54A 2O40A 2IKOA 5HE5A 1SP5A 4ZPGA 5OZNA 1BDRA 3BXRA 1BDLA 1YT9A 3KDBA 3SA5A 4LL3A 2VIZA 4FS4A 3VFBA 5ER1E 1OEXA 2IL2A 5OZ3A 5P4BA 1LF4A 3KT5A 2PQZA 3ZLQA 4B00A 5P8QA 1META 2P3BB 4X7IA 3NU4A 3TOGA 5P6UA 2QU2A 1HSGA 4Y43A 3EM4A 4TVHA 4EPJA 2QD7A 1LF3A 5P58A 4IVSA 1ZPKA 4HVPA 4D88A 5JG1A 2QI1A 1EPNE 1B5FA 3HDKA 3OXCA 3GGAA 5P6DA 1ZAPA 3JVWA 5P4AA 3IAWA 2XFIA 2V10C 3CKPA 3MXDA 1HEGE 5P4DA 2BPWA 2OHSA 3NUOA 2BPXA 5P4GA 3U7SA 3Q5HA 3TLHA 3QROA 4DPFA 3LHGA 3UDRA 2WEDA 3T7QA 5P7KA 1B6LA 5F00A 5P1JA 5JFPA 1LYAA 3UDJA 1D4LA 5P17A 5C9FA 1B5FB 1F7AA 3KFPA 3PSUA 4LHHA 3SA4A 3OGQA 1HTFA 4GJ8A 2ZYEA 4PZXA 5OYWA 2R5PA 5P0DA 2PMAA 6UPJA 1MIQA 4Y50A 5P19A 1IVQA 5P3YA 4QJ6A 1HRNA 3TPJA 3NWQA 5KR1A 4X2LA 4K4QA 5P2QA 1C6ZA 1B6JA 1KJ7A 1MTRA 4L7JA 1EPRE 1LYAB 3O9FA 2ZJIA 5I3WA 3O9LA 5P2OA 3HAWA 5P2TA 3UQXA 2P3AA 4DJPA 5P7LA 1FG8C 5P40A 3LNKA 3S2OA 2FXDA 1EPOE 3ZKXA 1AJXA 2HPFA 1LS5A 1FG6C 5P07A 3ZPSA 3PMYA 2RKFA 3VEUA 4Y58A 4J0ZA 4DQFA 5P10A 4RGHA 5AHAA 3ZKGA 5P1TA 3UQPA 2AVVA 4CPSA 4Y5MA 5OZRA 3UDKA 2OHUA 5IVTA 1IVPA 3QRSA 4Y3JA 2G21A 2HB4A 5P61A 2R43A 2FDEA 2WJOA 1E81E 4EXHA 4KE1A 2ANLA 4R91A 5OYXA 3UQWA 5P4WA 2V0ZC 4DI2A 4UPJA 1KJGA 2JXRA 4XX4A 1GKTA 3APPA 3B80A 3TTPA 3BHEA 4PZWA 1VIKA 5OZMA 3ZKNA 5P0MA 3VSWA 5P0KA 3GW5A 5P4OA 5P2HA 4OD9A 1GNMA 2WEZA 5P4YA 5DQ2A 5P1DA 2VS2A 4F74A 4BFBA 3L38A 1HVLA 2BKTA 4MC9A 5P4LA 3EL5A 5IE1A 3G6ZA 1ZTZA 2AOGA 4E43A 2G1OA 1FQ8A 2AOFA 4Y5EA 2BBBA 4L1AB 3M9FA 3URLA 3INDA 2ZJHA 5P31A 4YHQA 3NU9A 1SDUA 1G35A 3NR6A 4B1CA 1HVCA 3SABA 3TPLA 4YOBA 5P0AA 2NPHA 5P2FA 5P51A 4DQHA 2OHTA 4Y4GA 5P7NA 5OZUA 4JP9A 1CPIA 5P1GA 3EMYA 5P8MA 3PMUA 2QZLA 4YE3A 2I4WA 5BWYA 4DV9A 2ER0E 1YTJA 1EC3A 5AHCA 1K1UA 3GGVA 4I0HA 7HVPA 3I25A 1SDTA 2PH6A 1PSAA 3DUYA 4LXMA 2ER6E 3KDCA 2B60A 1Q9PA 3CYWA 1CMSA 2AOHA 2I4VA 5KAOA 5P5LA 4BELA 2NXMA 4Y4TA 3EL4A 2ZJLA 1UH8A 3ZPUA 1NPWA 4Q1NA 5FIVA 3VYEA 5P23A 5P3LA 3S54A 2QNQA 4I0GA 3K1WA 3LITA 4DQBA 3OK9A 5HDXA 5DR7A 2EWYA 3NUJA 2FNTA 4Y4JA 4NJVA 1YX9A 1FQXA 5P7VA 3S45A 3FX5A 2XYFA 3PWWA 4FM6A 4D8CA 2G20A 4QJ2A 3QRMA 3MWSA 5P8RA 3OY4A 1BXQA 4ZSPA 3RTNA 2R5QA 4Y5BA 4OBDA 5P3UA 2AQUA 3NU6A 3KFRA 3EKTA 2AOIA 3L5CA 3S56A 2ER9E 5P3PA 3PM4A 4Y4EA 2VJ9A 4CKUA 3CIBA 3ZMGA 5HTZA 1W6HA 3EKXA 1FEJC 5P71A 4YD5A 4B77A 3FKTA 1FGCC 2Z54A 1BXOA 1D4IA 3PEPA 5P83A 5P7UA 2UXZA 4Y5LA 4Y57A 5P5KA 4S1GA 2QMGA 3WSJA 3RSXA 3RTMA 5P2JA 3FIVA 2IKUA 1MT9A 4Y3DA 5P87A 2UPJA 3O9HA 1APTE 5P30A 3INHA 5P11A 3UDHA 5P41A 4FAFA 3UF3A 2I4DA 4YD7A 4DJXA 4B05A 1ZSFA 3U71A 2V13A 5P4SA 1IDAA 4CPWA 1N49A 3ER5E 3EKQA 3APRE 4L7GA 5IVQA 4R5NA 4KE0A 1OHRA 2O4LA 3UDYA 5P1IA 3LINA 3EKVA 3HAUA 3VV7A 5P34A 5JFUA 5P3HA 2PWCA 2XYEA 4AMTA 2I0DA 3BUHA 3NXNA 1IZDA 2SAMA 5P03A 5SXNA 2HM1A 1B6MA 4NPTA 1M4HA 5P3SA 3LPJA 2JJIA 1JLDA 3UTLA 2P83A 1HPXA 4TRZA 3GGXA 3VLAA 4R93A 3EKYA 2OHKA 4DUSA 4CPRA 1HPVA 3I8WA 3PGIA 4Y6MA 5DPZA 5P12A 5P2ZA 4QLHA 5P33A 4Y3LA 4HZTA 4GIDA 5P49A 2BB9A 1VIJA 5P7QA 4WY6A 4ZLSA 2OAHA 5P2AA 1Z1HA 5P67A 1FQ4A 3D3TA 5P0CA 2QD8A 3PRSA 3TKWA 3KN0A 5P55A 4APRE 2WKZA 5OYZA 4I11A 5P1ZA 4J1HA 3LIVA 5OZCA 3GI0A 5P6IA 2G1RA 3DCRA 4RLDA 1MESA 3H0BA 3Q4BA 5P25A 4GJAA 5OZ9A 3G70A 5E5KA 4XX3A 2PSVA 3EXOA 5HDZA 5P59A 5P6SA 3ZKMA 4Y5GA 4Y4ZA 5ISJA 4RYGA 2FGVA 4K8SA 3UDQA 3UDMA 5P4IA 5P7MA 5P45A 5P7DA 5P4MA 4Y3AA 1ENTE 5I3XA 3SQFA 1HWRA 3BXSA 1EC2A 3QPJA 2RSPA 1ODYA 5P42A 5P69A 5KQZA 4Y3FA 5AH8A 3O9GA 2ZJMA 3OU4A 1UH9A 5P8IA 5P0LA 1K6CA 5P6XA 1EC0A 2F3FA 4YBIA 5DQ1A 3CYXA 4YBFA 5P8EA 4R92A 5HDVA 1E82E 5P22A 5SZ9A 4ER4E 5DR8A 3OUBA 5P6PA 1DPJA 2PWRA 1GVTA 4WY1A 1NPAA 5KQYA 4DH6A 2V12C 4DQGA 3HZCA 5P5TA 1F34A 2QMFA 4QJAA 3GI5A 3UHLA 3S8IA 4RCFA 4BEKA 1UH7A 5P6GA 4J1FA 3EM6A 4Q1WA 3TL9A 5P1UA 4I0IA 4GJ7A 3OWNA 5P5DA 4FAEA 3OU4B 4F76A 5ER2E 3QVIA 4LC7A 1FLHA 5P3ZA 5DQ4A 4I0ZA 3O99A 3NYGA 5P79A 5P7SA 4Y4BA 4YCKA 3WB5A 4GJDA 5P4CA 3OQFA 1APWE 2G1SA 1PPLE 5OYVA 4KUPA 3Q70A 2QD6A 3R1GB 5P3RA 4NJUA 5KR2A 3PCWA 5P32A 2QHCA 5P60A 1LYBB 5OZGA 1BWAA 5KOQA 1ODWA 5P46A 5OZPA 3KYRA 2Q15A 3A2OA 3EM3A 4EWOA 2HAHA 2NMYA 1OD1A 3K5FA 8HVPA 4RVJA 4K4PA 1NSOA 4K9HA 5DR3A 4B0QA 3HW1A 1C6YA 5P8KA 2A4FA 5P2GA 4MC1A 3O9EA 4CP7A 2ZGAA 5P57A 4PYVA 4Q1YA 3EKPA 4OBZA 4ZSRA 5P7BA 5EZXA 5ISKA 1QS8A 4OBJA 1YTHA 5P29A 3HVPA 5E5JA 3QRVA 4LXAA 4YDGA 5P1MA 2XFKA 5KQXA 5P4JA 2ZHTA 3LIXA 3F9QA 5IS4A 5P6WA 3ST5A 1FFFC 3UQRA 1M0BA 3S7MA 1TW7A 4HA5A 3EKWA 4FL8A 1TCWA 5OZ0A 5OYUA 4QGIA 3HVGA 5P53A 1EEDP 2R8NA 3TOHA 3TPPA 2OHLA 5P6HA 4J1CA 4H1EA 1QBTA 3I6OA 1EPME 4OBZB 2QAKA 3KMYA 3VF7A 4AA9A 2VIJA 4CPTA 4FSLA 4D89A 5P0HA 2CENA 5P6FA 1BBSA 4J0PA 5P8AA 1HIVA 4FGXA 5HU0A 4HEGA 1SGUA 3DJKA 3AIDA 3NXEA 5P1YA 5P6VA 4OBGA 5J25A 3Q6YA 1APUE 5OZYA 3TPRA 1GVXA 1BDQA 2BPVA 5P5RA 1HIIA 1ZBGA 4Y5KA 5P0GA 5HCTA 1HVIA 5P3QA 1TSUA 5P2YA 4Y3ZA 4Y36A 3JW2A 2V00A 3NDUA 2WEAA 5CONA 2QU3A 4GYEA 5P5OA 3OGPA 5P0TA 5P5MA 5P43A 1W51A 5OZVA 5P8OA 3PI0A 2IQGA 5P8SA 2H6SA 1HXWA 1EBWA 2HS2A 2FNSA 4DJWA 4Z22A 1HBVA 1AZ5A 4I12A 3OQAA 5P0PA 3PSGA 3IXJA 5P3BA 2HB3A 1G0VA 5CLMA 2PSGA 2Q63A 5P1SA 1U8GA 2G24A 3NSHA 5OZSA 3HLOA 5P6LA 1ZPAA 4JOOA 3QN8A 3UDNA 3UDPA 1HSIA 5P50A 2QP8A 5P3WA 5P7GA 2VA6A 5P1KA 3SAAA 3KA2A 3T6IA 4L1AA 3DCKA 5P5IA 1IBQA 5EZZA 4F75A 1ZP8A 5OYYA 3IN4A 5P6JA 2QNPA 3OU1B 5IVRA 1RL8A 2OF0A 3T7XA 4MC2A 4R95A 5DR0A 5P8FA 3LPIA 3LIYA 5OYQA 3VV6A 3IA9A 1AXAA 2G1YA 5P64A 1DIFA 3PI5A 4J0TA 2O4SA 1SBGA 1WKRA 4Y5AA 5P44A 2R3WA 5P5JA 2HIZA 1BWBA 4DJVA 5P7AA 3PLDA 3FNTA 3INEA 2PK6A 1KJFA 1GVWA 5P6ZA 2BJUA 1QBSA 5AH7A 4IVTA 5P1CA 2CEJA 3EL1A 1XN3A 3OAGB 2QZXA 2FLEA 2QI7A 3KMXA 3SA6A 4TRYA 5P37A 5P2SA 3L59A 3PHVA 1HIHA 2VKMA 1AJVA 5P85A 3LZSA 4I1CA 4I0JA 1QBRA 5P0RA 3TKGA 2JE4A 5B18A 5P3KA 2VNMA 5P8LA 1AAQA 3OOTA 1SIVA 5P1LA 5OZZA 2F80A 2FGUA 3L5DA 4M8XA 3OUDB 3O9CA 5P86A 1K6VA 5P3IA 2PK5A 5P5HA 1ER8E 1HEFE 2P8HA 4J0YA 4DJRA 4B1EA 2WECA 3OQDA 3CMSA 1RPIA 2CEMA 5P2VA 4I0DA 4DQEA 5P0FA 5P4UA 1XDHA 2AOJA 2WF0A 4HE9A 2WEBA 1DW6C 2WHHA 3N3IA 5P3VA 2O4KA 4FRKA 1T7IA 2H6TA 1FQ6A 2NTRA 5OZ5A 1E5OE 5P1EA 3TH9A 1B6PA 3R0YA 2WL0A 3GI6A 1HVKA 1RNEA 2QMDA 4Y5NA 1W5YA 4YDFA 2PYNA 3RVIA 5P5QA 3KT2A 2FMBA 5P2DA 3WZ6A 3UFLA 4GJBA 5OZIA 4EJ8A 1FQ7A 5P8VA 1D4YA 4PEPA 3SA9A 3INFA 1QRPE 3K4VC 1T3RA 5P2NA 2AOCA 4Q1XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1D4H A;  1BIL A;  1NH0 A;  3UPJ A;  2B8V A;  4JEC A;  4YD4 A;  5P0O A;  4OC6 B;  4EJK A;  2Z4O A;  2OHR A;  2IRZ A;  2P4J A;  5P3N A;  5P8U A;  4Y51 A;  5P2R A;  5KQF A;  5APR E;  3NDT A;  5P24 A;  5P5N A;  4EJL A;  4Y3Q A;  2B8L A;  5P8N A;  4RCD A;  7UPJ A;  4GJ9 A;  3UCB A;  5P81 A;  4OBH A;  5OZA A;  1FMU A;  3SFC A;  2A1E A;  3OXW A;  5OZD A;  1T6G A;  5P1F A;  2IS0 A;  4YD6 A;  5P8P A;  5P4N A;  3D20 A;  2ZE1 A;  2AVO A;  5TOL A;  1E80 E;  4EJD A;  1B11 A;  5HE7 A;  5P4F A;  3K5C A;  4DPI A;  2AZC A;  3KFN A;  3QP0 A;  3VG1 A;  1A30 A;  4YA8 A;  5P3X A;  4Y4X A;  5P14 A;  5DQC A;  2Q11 A;  5OZW A;  4Y3G A;  4D85 A;  1MRW A;  5P0U A;  5P2E A;  5P6O A;  1XS7 D;  5P5U A;  5P16 A;  1SDV A;  1D4K A;  3OTY A;  3OUC A;  1GVU A;  3VSX A;  1EPQ E;  4J17 A;  4RVI A;  4A6C A;  3VYD A;  1RV7 A;  5P3J A;  4M8Y A;  3VYF A;  1A9M A;  4FE6 A;  5OZ7 A;  5P5A A;  4HDP A;  1SME A;  4H3I A;  4Y3R A;  4GMI A;  1D4S A;  4QJ7 A;  2IDW A;  2FXE A;  2JYS A;  3NDX A;  5OZQ A;  4RRO A;  5OZF A;  5P04 A;  5OZ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4Y5P A;  5P7R A;  1K6P A;  4Y4U A;  5HU1 A;  3SA3 A;  3PJ6 A;  3WZ8 A;  1Z1R A;  4U8W A;  5P7Y A;  1HVS A;  3DOX A;  2ZJJ A;  1MT8 A;  2F3E A;  5DGW A;  5P73 A;  3RU1 A;  2I4U A;  1C6X A;  2MIP A;  4MC6 A;  1FQ5 A;  2HS1 A;  3QAA A;  5P47 A;  4B78 A;  3OXV A;  1HVH A;  1GVV A;  2IEN A;  1QBU A;  2P3C A;  4EQ0 A;  5BRY A;  4I0E A;  4YD3 A;  3NU5 A;  5OZ6 A;  4J0V A;  2F81 A;  5P1B A;  5P6Q A;  4CMS A;  4RYC A;  1SIP A;  2QHZ A;  5P6K A;  5P5C A;  1YM4 A;  2AVM A;  4OBK A;  5P4R A;  2V11 C;  3OOZ A;  1HTR B;  3BVA A;  1EPL E;  1LYW A;  4Y41 A;  5P68 A;  4OBF A;  2WF2 A;  5P72 A;  3T7P A;  1LZQ A;  5P0Z A;  3ZKI A;  5COK A;  2RKG A;  5P1O A;  1K2B A;  3K5G A;  3N4L A;  2NXL A;  3ZKQ A;  4PPH A;  4FLG A;  2PH8 A;  4NPU A;  5P8C A;  3IVI A;  5P4Z A;  3PBZ A;  3SA8 A;  3O9D A;  4J1E A;  3EBZ A;  2OHM A;  1PRO A;  3OTS A;  1CZI E;  4Y3M A;  4RCE A;  2G69 A;  2B7F A;  4GZF A;  5PEP A;  4Y39 A;  1K6T A;  4Z50 A;  4HDB A;  1DMP A;  3LZU A;  2ZDZ A;  4YCY A;  2QI0 A;  4Q5M A;  1FMB A;  2V16 C;  3MSK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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