2R5PA

Crystal structure analysis of hiv-1 subtype c protease complexed with indinavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVSIKVGGQIKEALLDTGADDTVIEEIALPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title The Contribution of Naturally Occurring Polymorphisms in Altering the Biochemical and Structural Characteristics of HIV-1 Subtype C Protease
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2r5pA00
5ISKA 5P6TA 2ZJJA 3TOGA 3D1ZA 4B78A 5P15A 4I0JA 5P0MA 5HU1A 5OZQA 4OC6A 1E81E 3N3IA 1G35A 3S56A 2ZJIA 5P8JA 5APRE 3R1GB 5F00A 3IXJA 3S8IA 3LPIA 1LF3A 3S2OA 4QJ6A 5P2VA 2QI1A 4RROA 1QDMA 5HD0A 1HWRA 5P2KA 1A8KA 1IZIA 4FAFA 4MC6A 2FMBA 4Y47A 3RSXA 2QHZA 2Q3KA 1HTFA 4J0YA 2FGVA 5P2MA 3O9BA 5P6SA 5JFPA 4Y3GA 2J9KA 5P23A 3VYFA 2NMYA 1KJ4A 1MVPA 3UDNA 5P0UA 3BC4A 1EC3A 4PYVA 4Q1WA 5P6JA 4OBFA 4YD3A 5P7VA 3KFRA 3K4VC 4FAEA 2QI6A 1D4LA 5DR8A 1LYAB 4ER2E 2SAMA 5P2IA 4ER1E 4FSLA 3SO9A 1G2KA 4EXHA 1SH9A 5P64A 4DJWA 3BGCA 3K4VA 4CPQA 5P7KA 1IZHA 1HEGE 1IZDA 1WBKA 5ENMA 1ODYA 5P1BA 5JG1A 5P6YA 1EC0A 4D89A 4EXGA 1HTRB 4EQ0A 3LIYA 5P3NA 4I10A 5AH8A 1W5VA 5B18A 5P7QA 5P7LA 3KN0A 3MSJA 3QVIA 4B1EA 5P7WA 4Y3JA 4XX4A 1NSOA 2FXDA 2BKTA 4XXSA 3OK9A 2P3BA 5KAOA 5DQCA 4QJ8A 4ZE6A 3INHA 3O9GA 4KE0A 1GNMA 2F3FA 1A30A 5P3FA 2AZBA 5P2LA 4J0TA 3SFCA 2WKZA 5P8OA 5P4EA 1GVVA 4OBZA 4Y4GA 5SXNA 2IKUA 1GNOA 4KE1A 1SDVA 5P5BA 3SA3A 3BVBA 5P8KA 3O9DA 5OZGA 1HVCA 4ZEAA 2BJUA 3EL1A 4PZWA 5OZMA 3OUDA 4Y57A 3HD8A 2QZXA 1HIIA 2Q63A 4XX3A 5OZ8A 5P5KA 3NU6A 2JE4A 5P5FA 4U7QA 4Y3TA 3CICA 5T4SA 3TKGA 4M8YA 5P3QA 1META 4L1AB 5P3KA 1B6JA 3CIDA 3LPKA 3O9LA 3TL9A 4YD6A 3QAAA 4BELA 5KQFA 4RVJA 2P3CA 2V10C 3PRSA 1B5FB 1MSMA 3HZCA 4Y9WA 3S43A 3LIZA 2OHNA 3CKRA 1AIDA 1QBRA 5P5GA 5P54A 3S7MA 2BKSA 5P60A 4Y51A 5DPZA 4YE3A 1KZKA 5P1DA 3GI4A 3LZSA 5TOLA 3DK1A 1C6YA 1HPOA 2PWCA 1WKRA 3OUAA 2Z4OA 2I1AA 2AVVA 4GJ6A 3PWMA 1UH7A 3PLDA 5E5JA 3UFLA 4BFBA 2G1RA 5P6XA 5P4HA 3NDWA 2QZKA 5P01A 2OHMA 5DGWA 3LZYA 1SGUA 1QS8A 4QJ7A 3D20A 5P1WA 3UFNA 1HVIA 3G6ZA 4B1DA 2R43A 2IGYA 4FM7A 3OQ7A 3CYWA 1FG6C 3HVPA 5HTZA 5P5DA 4Q1NA 1QBUA 3VLAA 1XE5A 4K4RA 3WZ8A 3NYGA 2PH6A 4FRJA 5P30A 3NDXA 4Y4ZA 4Y5CA 1MTRA 2HB4A 4OBGA 3KM4A 5P3BA 1GNNA 4KUPA 1MIQA 2G27A 5OZHA 3MSKA 5P16A 4R91A 2Q64A 1IBQA 5P1QA 1ODWA 2R38A 4YDGA 1HPVA 2O40A 3KFPA 5P71A 4LC7A 5P86A 5ER2E 2ZJMA 4DUSA 1NPAA 4CP7A 3SA7A 5P4JA 2QI5A 4J1EA 5P4LA 3OU4B 1BVEA 4Y48A 5P3AA 4RYGA 3I25A 4EP2A 3LNKA 2FDEA 1BDQA 4Y5GA 1ZJ7A 5P5VA 4MC1A 4Y6MA 3K5GA 3K5FA 3VFAA 4I0GA 2R5QA 2VKMA 1HEFE 4DJPA 5IE1A 1BWAA 3EKTA 1ZBGA 3EBZA 1ZPKA 4I0ZA 2BPZA 4Y3QA 3VYDA 5P8RA 4DJOA 4EHCA 2QHCA 4H3JA 4Y5MA 1B11A 2V13A 3NDUA 2JXRA 1T7KA 5SY3A 2R3TA 4I0IA 4B72A 1EC2A 7HVPA 3QRMA 3KT5A 4FIVA 2H6SA 4Y58A 4L6BA 2WECA 4RZ1A 3OHHA 4J1KA 3OQDA 5P5SA 1D4IA 1KJFA 1HVRA 4R8YA 4WY6A 3O9AA 5P67A 5P5TA 1BIMA 4B0QA 3O99A 5P28A 2VA6A 5P7SA 2VNNA 4LL3A 1BXOA 2OF0A 3LIXA 4YOAA 5P0BA 5OZ6A 2HC0A 1N49A 5P69A 2HS2A 5P22A 3OQAA 3PSGA 1XDHA 3ST5A 3FSMA 3INDA 5P2FA 5P4MA 3LIQA 5DR7A 3QI1A 2WEAA 1OHRA 2ASIA 4TVHA 4EJ8A 1K6PA 2RENA 3PBZA 5COKA 2I4WA 5P2XA 5CONA 1FMUA 2AZ8A 4Y3MA 5P1AA 5P0GA 3EXOA 5P2EA 2AOHA 3NUOA 5P19A 1AXAA 2HB3A 1ZP8A 3ZPSA 1BVGA 3KT2A 2ZDZA 3L38A 4RRSA 3FKTA 5P8TA 5P5YA 4TRYA 3WZ7A 5P2GA 3ZMGA 2ER7E 1ME6A 5EZZA 3EL4A 5P34A 5P00A 1BDLA 5DR4A 3HW1A 3ZKQA 1MPPA 5OYTA 5HCTA 3VF3A 5P68A 3OOZA 3UQUA 1ZSFA 5JFUA 5P0PA 1YTIA 2RKFA 4D85A 4U7VA 3ECGA 3GGVA 5P6FA 5P6PA 4MC9A 4S1GA 1C70A 3R0YA 3TOFA 1TQFA 4ZSPA 4DQGA 4I0FA 1BWBA 4YCYA 3UDYA 5P04A 1K6VA 4PEPA 4EJLA 1JLDA 2XFIA 1KJHA 2VIZA 3OAGA 4ACXA 5P8BA 5P05A 3OWNA 4GJ9A 3EKWA 3PHVA 4Y54A 1AAQA 4Y3FA 5P4ZA 3M9FA 2QI7A 1QBSA 2IL2A 1GKTA 1PFZA 2QU2A 4YBIA 5P4AA 1RL8A 5P6LA 1XS7D 5AHBA 3TH9A 2FNTA 4EJDA 4Z4XA 3U6AA 1APWE 5F01A 5OZ0A 5P76A 5P0WA 3PEPA 3IAWA 2MIPA 5DQ5A 2Q54A 5IS4A 3OQFA 2PK5A 3G70A 1NPWA 1E82E 2HPEA 4DJRA 3VV8A 1M4HA 3QROA 5KR1A 4NJTA 1FQ8A 5AHAA 4HVPA 3Q5HA 5P0QA 2O4KA 4RGHA 3QPJA 3TNEA 4TVGA 2UY0A 5P2SA 1KJ7A 4X2LA 2UXZA 5P38A 2P83A 3VV7A 4DFGA 2QI0A 3GGAA 1FKNA 3NDTA 1K6CA 3PCZA 3IXOA 5P5OA 5P57A 2NNPA 4HDBA 3OADB 4AMTA 3L59A 4L7JA 5P6AA 3PMYA 4LAPA 3T7PA 2BPXA 2ZHRA 5P7PA 5P55A 2QMGA 2VJ9A 5OZ3A 3L5BA 2ZE1A 1UH8A 4RVXA 5P78A 5P8QA 3BXRA 2ANLA 5DR0A 5P7IA 4LHHA 5P0YA 3SM2A 4GMIA 1PSAA 3PWWA 5P0EA 1OEWA 1K2BA 3H5BA 4ZPEA 4QJ9A 5P4BA 4EJKA 3Q70A 5P6UA 4LP9A 1EPLE 1GVXA 5P3EA 3F9QA 5P5RA 2QHYA 4GJ7A 5P2JA 2AVSA 5P20A 3SQFA 3DJKA 5P4XA 5IVQA 2NTRA 1NH0A 2ER6E 5P83A 5P4CA 5P45A 3D3TA 5P3OA 2WF2A 5P0RA 3MXEA 1GVTA 5OZJA 2G1YA 3SPKA 3MWSA 5EZXA 5P29A 1FEJC 1FGCC 5OZNA 5P0CA 2WHHA 5P7AA 1LYAA 3SA4A 2AVQA 2QD8A 4R92A 5OYVA 4Z22A 4Y3EA 5P62A 4GJBA 4FL8A 1FQ5A 2NR6A 5P63A 3LPJA 3FNSA 2Q5KA 5P1FA 1TSUA 3PMUA 1MERA 5HDUA 3IN3A 3IN4A 3NSHA 1HXWA 3ZKIA 4IVSA 3Q6YA 5KQXA 3H0BA 3PJ6A 3VV6A 1EPRE 4OC6B 3K5CA 3OY4A 3ZKMA 5P74A 1EPNE 1T3RA 5P41A 5P5PA 4APRE 3N4LA 5P1CA 3EL5A 3RU1A 4YDFA 4Y5LA 5P3ZA 2I0AA 2G69A 1HRNA 2FXEA 5OZUA 4I11A 4YCKA 1Q9PA 4AA8A 4FE6A 3K5DA 5P6BA 4F73A 5J25A 3L3AA 4XKXA 5KR8A 1XE6A 2VNMA 5P50A 3SA9A 5P8DA 2F80A 3HBOA 4Q1XA 3JVYA 5DQ2A 5P1UA 5P82A 3R2FA 3T7XA 1SP5A 5JODA 4J1CA 3TOHA 1T7IA 5HE5A 3OTSA 5OYZA 3PB5A 4CPXA 1FIVA 4I8ZA 2PQZA 2G21A 5P59A 1W50A 5P5LA 5P0XA 5P88A 5P03A 2HM1A 4L1AA 3AUPA 2OHTA 3VEUA 5P08A 4L7GA 3S7LA 1FQ7A 1K6TA 4Y3SA 2IKOA 4UPJA 5OZPA 5P1TA 5P7MA 1LF2A 3ZLQA 1MEUA 5P33A 3VFBA 3VUCA 4QLHA 3PBDA 6FIVA 1FG8C 1YG9A 5P6CA 1SDTA 2ZYEA 2VJ6A 4Y4UA 1FQ6A 3FNTA 5P7RA 3EL9A 2VS2A 1Z8CA 2P3BB 3DCRA 5P58A 3TLHA 5P2DA 3PGIA 5P8FA 5P51A 1T6GA 1T7JA 5DR1A 4N00A 2IQGA 4HLAA 1BAIA 1FFFC 4FRKA 5DGUA 1PPME 2AOIA 2V16C 5P32A 4OBZB 5P4RA 4DQHA 4B77A 4CPUA 9HVPA 1NPVA 1D4KA 4FRIA 2Z54A 3INFA 1DMPA 4K9HA 3PCWA 1CPIA 2OHQA 4EP3A 2VIEA 5SY2A 1YM2A 5P2BA 5P4FA 5P4UA 1VIJA 2QZLA 4I1CA 4DPIA 5P1GA 3VF5A 4GJ8A 1VIKA 3OXCA 1EAGA 2BPYA 3NWXA 2BBBA 4Q5MA 2PK6A 5P8PA 3WZ6A 3FNUA 4OD9A 3O9LB 4FM8A 5P70A 2ZJHA 4DJUA 2G26A 1GVUA 3UQWA 3NU4A 3UDRA 3SA5A 1TSQA 3O9CA 3QRVA 5P3GA 5PEPA 3QN8A 5CLMA 3R4BA 3URJA 3S43B 3MSLA 2A4FA 3OU4A 1MT9A 4GIDA 6APRE 5P84A 2I4UA 1FQ4A 5ER1E 2ER0E 5P73A 2WJOA 3C9XA 3RTNA 2AZCA 1SBGA 5P2UA 3ZKNA 3EKQA 2IEOA 1M43A 3NU9A 2FGUA 5P37A 5P06A 3LHGA 1LV1A 2F81A 1AVFA 3PLLA 1LYBA 4Y5AA 2ZHVA 5P7ZA 3RTMA 5P0JA 2JJJA 1HSIA 2AVOA 1HIHA 3SA6A 4Y4AA 4Y56A 5P4TA 5P4DA 2FS4A 4MC2A 4JOOA 4FCOA 4Z2ZA 2B8VA 3QS1A 2O4LA 4OBHA 2QP8A 3HDKA 2EWYA 2I4QA 3HLOA 3LZUA 5HE7A 3KA2A 5P6VA 5P13A 2AOGA 1AZ5A 3OU1A 5COPA 5P5MA 2J9JB 5OZOA 3VYEA 1MSNA 4YBFA 5P4GA 5P0FA 1QRPE 2IENA 5P89A 4J55A 2FDPA 5OZAA 3FV3A 4RRNA 2QNNA 3RTHA 3A2OA 1APVE 3TTPA 1EBKC 2PMAA 4LXMA 3JW2A 4J1IA 5P0SA 2P8HA 3DOXA 2O4PA 1HVKA 5P61A 2WEBA 1APUE 5P36A 2ZJLA 4JP9A 3UTLA 3GI5A 5P7EA 1IVPA 5P6ZA 1MT7A 5P3LA 4K8SA 4Y3ZA 1W5XA 2IS0A 4Y3RA 3UQRA 3EM4A 7UPJA 3ZKGA 4I0EA 2G1SA 5P4QA 5P3JA 1W5YA 1ZLFA 4YA8A 5P35A 3FIVA 3CMSA 3SKFA 4Y3WA 2OAHA 5HU0A 3KFSA 3GGXA 5OYXA 3KDDA 5OZZA 3FX5A 2WF4A 3UQPA 1HIVA 1BV7A 1ER8E 5P6EA 5OYUA 5P2QA 1W5WA 1F34A 5P56A 4COEA 5OZWA 1LEEA 5P5AA 3CKPA 1CZIE 1SMEA 3NXEA 5KQYA 5P8VA 1TCXA 5HVPA 1ZPAA 3SAAA 2BPWA 4DJQA 1AJVA 3BXSA 1YX9A 3APPA 1PROA 2PH8A 2XYEA 5P3RA 1TCWA 1Z1RA 2Q55A 3ZOVA 2AOJA 2NNKA 2HIZA 4F75A 1QBTA 2PSVA 5P5QA 2WF0A 3T6IA 1MESA 2OHKA 3ZPUA 3OXWA 4B1CA 2AODA 3RVIA 3S45A 2VA7A 4RLDA 4RYCA 3URLA 3IVIA 1WBMA 4K4QA 4YOBA 1EPME 3I7EA 3KMYA 1EBWA 1HVSA 2XYFA 5P1SA 1EC1A 2ZHUA 3DCKA 1K1TA 3SLZA 1B6MA 2B8LA 3BRAA 5OZ4A 4FS4A 2CENA 4Y4EA 3D1YA 4LXKA 5HCOA 1W6HA 2G22A 1IIQA 2FIVA 3G72A 1LYWA 4ZIPA 2NMZA 1YM4A 4DI2A 4TRWA 2NXMA 4BFDA 4B00A 4NKKA 5P48A 1FB7A 2QMFA 1A94A 3LZVA 2I4DA 5P7XA 4PHVA 2PYNA 5P6RA 5E5KA 5HDZA 3CKTA 5P0KA 3L5EA 1MUIA 5P8MA 1YTHA 3UDKA 1U8GA 4RCDA 4RCEA 2WL0A 3EKVA 4NJVA 1IDBA 2AOEA 5ISJA 2NXDA 1RV7A 4ZSQA 4ZSRA 5P7YA 5P1OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5ISK A;  5P6T A;  2ZJJ A;  3TOG A;  3D1Z A;  4B78 A;  5P15 A;  4I0J A;  5P0M A;  5HU1 A;  5OZQ A;  4OC6 A;  1E81 E;  3N3I A;  1G35 A;  3S56 A;  2ZJI A;  5P8J A;  5APR E;  3R1G B;  5F00 A;  3IXJ A;  3S8I A;  3LPI A;  1LF3 A;  3S2O A;  4QJ6 A;  5P2V A;  2QI1 A;  4RRO A;  1QDM A;  5HD0 A;  1HWR A;  5P2K A;  1A8K A;  1IZI A;  4FAF A;  4MC6 A;  2FMB A;  4Y47 A;  3RSX A;  2QHZ A;  2Q3K A;  1HTF A;  4J0Y A;  2FGV A;  5P2M A;  3O9B A;  5P6S A;  5JFP A;  4Y3G A;  2J9K A;  5P23 A;  3VYF A;  2NMY A;  1KJ4 A;  1MVP A;  3UDN A;  5P0U A;  3BC4 A;  1EC3 A;  4PYV A;  4Q1W A;  5P6J A;  4OBF A;  4YD3 A;  5P7V A;  3KFR A;  3K4V C;  4FAE A;  2QI6 A;  1D4L A;  5DR8 A;  1LYA B;  4ER2 E;  2SAM A;  5P2I A;  4ER1 E;  4FSL A;  3SO9 A;  1G2K A;  4EXH A;  1SH9 A;  5P64 A;  4DJW A;  3BGC A;  3K4V A;  4CPQ A;  5P7K A;  1IZH A;  1HEG E;  1IZD A;  1WBK A;  5ENM A;  1ODY A;  5P1B A;  5JG1 A;  5P6Y A;  1EC0 A;  4D89 A;  4EXG A;  1HTR B;  4EQ0 A;  3LIY A;  5P3N A;  4I10 A;  5AH8 A;  1W5V A;  5B18 A;  5P7Q A;  5P7L A;  3KN0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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