2R5QA

Crystal structure analysis of hiv-1 subtype c protease complexed with nelfinavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVSIKVGGQIKEALLDTGADDTVIEEIALPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title The Contribution of Naturally Occurring Polymorphisms in Altering the Biochemical and Structural Characteristics of HIV-1 Subtype C Protease
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2r5qA00
1EEDP 3Q5HA 5OZBA 5P62A 1BWAA 3GI4A 4I12A 1AXAA 1IZIA 2JJJA 5P0WA 5P7HA 2O4PA 5P8JA 4DJYA 5C9BA 3LINA 3HDKA 3NU3A 5P42A 2BPZA 3ZKNA 5COPA 4YOBA 1LZQA 4L1AB 3B80A 2QMPA 3VFAA 5P4IA 7HVPA 3R1GB 1J71A 5OYZA 4B77A 5P5HA 3LPIA 3Q3TA 4ER2E 4FSLA 5P25A 1HWRA 1OEWA 3MSLA 4GJ5A 1XE6A 2OHNA 3CYXA 1PSNA 4RCFA 3OQAA 5OYRA 1C6XA 5P35A 1LF3A 4YA8A 2QZWA 5P5WA 4PYVA 3SA9A 3VYFA 3SA4A 2IQGA 5E5JA 3ZKMA 1MTBA 1WBKA 2ZE1A 5OZMA 1K6CA 3TPLA 1XDHA 2WF2A 4I8ZA 3EC0A 5OZRA 5P74A 5P3NA 5P4WA 4KE0A 5DGUA 4PPHA 5P1UA 3LIZA 3NWQA 3OOZA 5P6FA 3KT2A 5PEPA 2IKOA 4Y5KA 1FMBA 3KDDA 5HE4A 5P3AA 5P5QA 5P73A 3PLDA 4JPCA 3N3IA 5P3PA 2WEAA 1AJVA 2QZXA 4DJRA 3ER5E 4K4PA 2QD6A 5P58A 3BRAA 4COEA 3L3AA 5P5KA 1B6PA 5AH6A 3VF5A 3OHFA 4I0FA 5P86A 2Q64A 5DR0A 4JOOA 4Y48A 2Z54A 4K8SA 3K5FA 4HA5A 5P09A 1HTEA 3APRE 1HTGA 2HPEA 3M9FA 3DUYA 2Q3KA 4JP9A 3INDA 3CIDA 2AVVA 5P8VA 2ER7E 2P3BB 5HE7A 3EMYA 4H3IA 5P0EA 4QLHA 1EBYA 2PH6A 1GVTA 4Y54A 2IEOA 2IKUA 2R38A 3UDYA 5KR1A 3HLOA 3KM4A 3K1WA 5P3XA 4Z22A 2BPWA 4EXHA 1GVUA 5P4AA 5P6NA 2NMZA 2I4XA 3L5FA 4LAPA 4MC6A 4Y5GA 4Y47A 1LYWB 5P2ZA 4Y3DA 4RLDA 5HDXA 4DJWA 5P7VA 4YE3A 1F7AA 3GGAA 4DJQA 1HVCA 5P2IA 4R92A 2I1AA 2AVMA 4H1EA 3IN3A 3PEPA 4EQJA 5P0TA 5P4UA 4FRSA 2G24A 2ZHUA 1D4HA 2Q15A 5P6MA 3OAGB 3C9XA 3SO9A 5P2JA 1B5FB 4S1GA 5P80A 5P7IA 2O4NA 4K9HA 5P2QA 5IVRA 3KFRA 5P26A 5P49A 3T6IA 4R91A 3LITA 1EPME 3OXCA 4Y3ZA 5P34A 5P6EA 5P7ZA 3VF7A 5P3OA 5OZUA 1G6LA 3R0WA 3EXOA 4YBIA 4CPSA 1SMEA 4GB2A 4GMIA 4NJVA 1EC0A 3DCKA 3HAUA 5P8QA 4RYCA 5P3WA 4FS4A 5P1CA 3NR6A 4B05A 1NPVA 1PSOE 2OHQA 5OZYA 3KFSA 1FKNA 2QZLA 5P0FA 3HD8A 4Y43A 5P89A 1W6IA 3IXOA 5C9FA 2WEBA 1WBMA 3INHA 7UPJA 3UQPA 3KT5A 4OBJA 1K1UA 1D4KA 5KQXA 2G94A 2QZKA 3SPKA 5P4KA 4YCYA 4DH6A 1MT8A 3LIYA 1LYBB 2VIZA 3OU3A 2AZCA 5P5AA 3UDQA 3KFPA 3ZPUA 3VSWA 3EKVA 3WZ8A 1BV7A 1TQFA 4MC9A 3O99A 3UQRA 2BPYA 5P6AA 4LC7A 4DJVA 5P65A 1MTRA 5AHCA 3UDKA 3JVWA 1YM4A 5P2MA 5P7RA 3L5EA 4JECA 2BQVA 4KUPA 3O9IA 5P1JA 5P6IA 4ZPGA 2F80A 4OBHA 3S54A 5AHBA 2BJUA 2BPVA 3F9QA 5P6LA 5HE5A 4HLAA 4L7GA 4FAFA 5P1WA 5P4OA 4B1DA 4Y38A 1EC3A 3I2LA 5HDZA 4A4QA 4Y44A 1EAGA 3JW2A 2ZHVA 3U71A 1FG6C 5P0RA 1ZSFA 2VS2A 2NTRA 1U8GA 1W6HA 2WF1A 2NPHA 4Y37A 3KYRA 2HB3A 5P00A 5P4CA 2QI7A 2XYFA 3CKTA 5OZFA 5DQ1A 1PSAA 3INEA 1D4SA 1ZJ7A 1UPJA 4I0DA 1TSQA 4Y3YA 4I1CA 5P7QA 1LV1A 2P3CA 5CLMA 5P6OA 3WSJA 5OZTA 3QI1A 4Z2ZA 3QN8A 4F74A 5FIVA 3RVIA 1KJGA 1ZPKA 4YD4A 3ZKQA 3Q70A 4DI2A 5P0QA 3H0BA 1B6JA 3VCMA 2VIEA 4LXAA 3EL0A 5B18A 5P8CA 2QU3A 5P40A 5P4NA 5P6JA 1QRPE 4ZPFA 4H3GA 4R95A 2ER0E 1UH7A 4NJTA 6FIVA 1ODXA 4Y3QA 5P4BA 4Z4XA 5P45A 2R3WA 5P1MA 1SBGA 1APWE 4R5NA 5KQZA 3LZUA 1K6TA 5E5KA 5OYVA 4YHQA 1SP5A 3ZLQA 2Z4OA 4R93A 5P29A 2AOEA 4J55A 4Y3SA 4EJKA 5P38A 3O9FA 3PCWA 5P1TA 2OHSA 5OZAA 2Q54A 2B8LA 2NR6A 5P7SA 3RTMA 1M43A 1ME6A 2XFKA 2R9BA 5JG1A 4DVFA 5I3VA 5P3IA 4M8XA 3KN0A 5P1GA 3BXSA 1HSIA 4Y3PA 4J0YA 2OF0A 4I8WA 2Q11A 3EKQA 5P7WA 4B1CA 4ZSRA 3OY4A 1ODYA 4FRKA 3D1XA 3T7PA 2ER6E 5P60A 4AUCA 4Y3XA 3OQFA 1BVEA 3IVIA 3TOGA 4QJ7A 4F73A 3SA3A 1IZHA 5P5VA 4FGXA 4J17A 3TKWA 1M0BA 4YDFA 2R8NA 3UDHA 3ER3E 1BXOA 5KR2A 1HOSA 3TPPA 3DM6A 1CPIA 5P59A 3SKFA 4Y3RA 3UFLA 5P12A 5P3HA 5P1ZA 4Y58A 4RYGA 3HAWA 4Y4XA 3NU5A 5P3DA 3TLHA 4CPWA 5P1LA 2MIPA 2PSGA 8HVPA 3VF3A 2XFIA 5P4QA 5ISKA 5P3FA 1D4YA 3PB5A 1YTIA 3GI0A 2BKTA 5P8NA 2ZGAA 3PLLA 5P0MA 4CPUA 1B6MA 2P4JA 5P0HA 3L5BA 3GGVA 5P66A 4GJBA 2ZJKA 1GKTA 4Y36A 5P13A 5P7GA 1EPRE 1HBVA 1MT9A 3K5CA 1YTHA 2WL0A 3OQ7A 5P17A 1A9MA 5HDUA 3D1ZA 3ZKGA 4J1KA 1SH9A 4HEGA 4B1EA 2ZHRA 4OBZB 3OHHA 3G70A 4LBTA 2VA7A 5P87A 1TCXA 5P5YA 2AZ8A 4B70A 3VG1A 4OBGA 2VIYA 3OAGA 3PI5A 2I4UA 2HAHA 3O9CA 5P6VA 3OXXA 3D91A 3OTSA 3GI5A 1B5FA 3U6AA 1BILA 3HBOA 2J9KA 5P8UA 4Y4WA 4EJDA 1T6EX 5P4EA 5P2CA 1ZTZA 2F81A 5P22A 2QI3A 3QBFA 4L6BA 3OOTA 1B6KA 5OZXA 2F3EA 1OD1A 5P2UA 1FQXA 3ZOVA 5P03A 5JFPA 5P79A 5P5LA 1KJFA 3S7LA 4Y5EA 2AIDA 4FE6A 5P76A 1GVWA 4A6BA 3CYWA 3OTYA 3TOHA 5HU1A 1KJ7A 5P2EA 3VUCA 3CIBA 3BC4A 4X7IA 5P1VA 2ANLA 2FGUA 5P6YA 5P3KA 3O9BA 4DUSA 1TSUA 1YG9A 2J9JB 5HCTA 5P05A 3PVKA 4RZ1A 5P20A 1W5YA 4RGHA 3INFA 5P81A 1SGUA 4Y39A 5P8RA 3I6OA 2OHTA 3HW1A 5SXNA 4QGIA 1ZP8A 3EBZA 2IDWA 2G27A 2AVSA 5DPZA 5P55A 5P0SA 2VJ6A 2P3AA 3FX5A 1SGZA 3A2OA 1XE5A 4HE9A 2I4VA 4CPXA 4DQEA 5P2DA 5P6CA 5P2KA 3QRMA 4RCDA 4EQ0A 3O9LB 4TRZA 5DQ5A 1T7KA 5P4FA 1ZAPA 5P5DA 5OYXA 1TCWA 3GGXA 3IN4A 3S2OA 3NU4A 5P4TA 4XKXA 4DPIA 2V12C 5P1XA 3SAAA 4Y4DA 1T6GA 3NDTA 4BFDA 1IZEA 5I70A 4GJ6A 3UQWA 4QJ9A 5P75A 5OZKA 4Y56A 3PI0A 5P5TA 5T4SA 2VKMA 2ZJJA 3QROA 1GVVA 4YOAA 2I4DA 3QIHA 5P2OA 5SY3A 3TL9A 5P6HA 1VIKA 4DQHA 2IGYA 2PK5A 3S43A 4DQCA 3VYEA 3VV6A 2QMDA 1LYAA 4R8YA 1DIFA 1IBQA 1T7JA 1HVLA 2FIVA 4Q1WA 4Y45A 5OZPA 5OYWA 5P1KA 2XFJA 5P4PA 5EZXA 5P71A 1K6VA 1YTJA 3EL4A 5P4ZA 2OHLA 5P3YA 3TKGA 5ISJA 5P3UA 5AGZA 4GYEA 1SDVA 5OZJA 3S85A 5P48A 1MSMA 3L58A 2O4SA 5OZDA 4OBKA 3SKGA 5P84A 5DQ4A 1BDQA 4Y3NA 5P7OA 1ZSRA 5P8AA 5P0VA 1EPQE 2QNQA 4GJ7A 4YD5A 5ER1E 4I10A 1DP5A 5P23A 5P6GA 4Y4TA 1EPNE 5P67A 5P52A 5IS4A 1UH9A 2QNNA 5HDVA 3RSXA 3OUAA 2PWRA 5P04A 3MSKA 5P1HA 4RROA 4Y6MA 5HD0A 3O9GA 2VNMA 1A94A 1YTGA 4DPFA 3OQDA 2Q55A 3ECGA 5P6SA 5P64A 5P7UA 1FB7A 4FAEA 3SABA 1KJ4A 3SACA 3D1YA 3KDCA 2ZHTA 5P8BA 4Y5NA 3UDPA 4Y5PA 4X2LA 4LXKA 4NPUA 5P85A 3T7XA 2AOJA 2F8GA 2OHMA 5P2RA 3APPA 4GIDA 3KMXA 3NYGA 5KOSA 4KB9A 1ODWA 3UQUA 4XX4A 3KDBA 3OK9A 5P1QA 2PYNA 5P5GA 4MC1A 3BUHA 5P0BA 1QBUA 4Y3HA 1A30A 2WJOA 3DJKA 4Y3JA 4YCTA 1HXWA 2BKSA 1HIVA 1FQ6A 5P3TA 1SMRA 5P8IA 3OADB 3VLBA 2QNPA 3OGQA 2UPJA 2NMYA 2FDPA 2G22A 2FGVA 3OUCA 4OBDA 3QVIA 1GNNA 1PPLE 1MSNA 3NWXA 5OZLA 5P0LA 4TVHA 3MWSA 5OZ2A 3LNKA 3ZKIA 2V10C 4JPEA 2HB4A 2WF3A 1G35A 4Y5LA 5JFUA 1PPME 5P6ZA 1HPVA 2G1YA 4U8WA 2BBBA 1HRNA 4NKKA 4PZWA 2QU2A 2FDEA 5P1FA 3SFCA 3I7EA 2P3DA 5I3XA 4GJCA 2V11C 1W51A 4LL3A 2G1OA 4Y4AA 4HDBA 3HZCA 4DV9A 4J0ZA 1TW7A 5DR3A 3UDMA 5P2AA 5P19A 5P88A 5OYYA 2R5PA 4J1CA 2G21A 1EBKC 5IVSA 2VJ9A 1G0VA 5P5IA 5P18A 1APUE 5P07A 5P6UA 2NNKA 2FS4A 2FNTA 3EKXA 1PFZA 5P6BA 3T3CA 2ZYEA 4OBZA 5SZ9A 4RRSA 5OZ8A 2ZHSA 1PPKE 3OQKA 4Y4BA 3VLAA 3RU1A 1HVKA 1YX9A 3UQXA 3PSGA 4FRIA 1M4HA 5P15A 1MUIA 2B60A 3RSVA 3SA6A 4WY6A 3UPJA 3OUBA 1D4IA 1IDBA 1MESA 5OZ0A 1BBSA 3LIXA 2AOFA 4YD7A 5DQCA 5P0YA 1T3RA 5P2XA 1K2BA 4DJUA 3ZPTA 1E81E 4QJAA 4FCOA 5BWYA 4AA9A 1OHRA 5P8EA 2HIZA 4L1AA 3IXKA 3PWRA 5P4MA 3UFNA 2V16C 2QD7A 4FSEA 1ZBGA 5SY2A 3T11A 2FMBA 2IENA 5P83A 3TH9A 2BB9A 1RL8A 1K2CA 1HIIA 3ZMGA 2RKGA 2J9JA 5OZ3A 1IVQA 4OC6B 5OZ7A 3MXDA 3PGIA 3BVBA 1Z1HA 5P53A 1QDMA 4IVSA 4AA8A 3DV5A 3D3TA 4D8CA 1B11A 3LHGA 5P1SA 2PSUA 5P08A 3OU1B 1W5XA 5P4HA 2QI4A 2O4KA 2HS1A 3QPJA 5P8KA 2I4WA 4EWOA 1MERA 3FSMA 5P39A 5OZZA 5DGWA 3FKTA 2Q5KA 3NLSA 4MC2A 4B72A 5OZ5A 1MVPA 5KR0A 5OZOA 5P1BA 5DR4A 5P0ZA 5OYQA 1SDTA 2PMAA 2G1NA 1W5VA 5P46A 3WB5A 2AOGA 4ZSQA 1MRWA 2V00A 3AUPA 3K5DA 4M8YA 5P3ZA 3OXWA 5P3VA 1HIHA 3MSJA 5P4LA 5UPJA 4HZTA 2PSVA 4Q1YA 2ER9E 1ZPAA 4Y4GA 5P54A 1EBZA 2QI6A 3ZPSA 1RPIA 2G1SA 5P5NA 5P7NA 4Y3GA 5P3QA 3NDWA 5P0UA 4B78A 1YM2A 5OZGA 1FMUA 3PCZA 1AJXA 3PJ6A 4GJDA 5P5RA 5IVQA 5P1RA 1EPOE 5P4RA 5P0OA 4Q1XA 5P2TA 3S7MA 5COKA 3QS1A 4ACXA 4J1HA 4OD9B 4BFBA 3K4VC 2WHHA 2P3BA 4F76A 1D4LA 4Y50A 3IXJA 3PMUA 4EP2A 3O9HA 3H5BA 4ZIPA 5P78A 4E43A 2IS0A 4CP7A 1BDLA 5P7AA 4CKUA 2QI1A 3DCRA 3OGPA 5P5SA 3PM4A 5P5MA 4NPTA 3TPRA 5P11A 5P5OA 4D83A 4WY1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EED P;  3Q5H A;  5OZB A;  5P62 A;  1BWA A;  3GI4 A;  4I12 A;  1AXA A;  1IZI A;  2JJJ A;  5P0W A;  5P7H A;  2O4P A;  5P8J A;  4DJY A;  5C9B A;  3LIN A;  3HDK A;  3NU3 A;  5P42 A;  2BPZ A;  3ZKN A;  5COP A;  4YOB A;  1LZQ A;  4L1A B;  3B80 A;  2QMP A;  3VFA A;  5P4I A;  7HVP A;  3R1G B;  1J71 A;  5OYZ A;  4B77 A;  5P5H A;  3LPI A;  3Q3T A;  4ER2 E;  4FSL A;  5P25 A;  1HWR A;  1OEW A;  3MSL A;  4GJ5 A;  1XE6 A;  2OHN A;  3CYX A;  1PSN A;  4RCF A;  3OQA A;  5OYR A;  1C6X A;  5P35 A;  1LF3 A;  4YA8 A;  2QZW A;  5P5W A;  4PYV A;  3SA9 A;  3VYF A;  3SA4 A;  2IQG A;  5E5J A;  3ZKM A;  1MTB A;  1WBK A;  2ZE1 A;  5OZM A;  1K6C A;  3TPL A;  1XDH A;  2WF2 A;  4I8Z A;  3EC0 A;  5OZR A;  5P74 A;  5P3N A;  5P4W A;  4KE0 A;  5DGU A;  4PPH A;  5P1U A;  3LIZ A;  3NWQ A;  3OOZ A;  5P6F A;  3KT2 A;  5PEP A;  2IKO A;  4Y5K A;  1FMB A;  3KDD A;  5HE4 A;  5P3A A;  5P5Q A;  5P73 A;  3PLD A;  4JPC A;  3N3I A;  5P3P A;  2WEA A;  1AJV A;  2QZX A;  4DJR A;  3ER5 E;  4K4P A;  2QD6 A;  5P58 A;  3BRA A;  4COE A;  3L3A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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