The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHLSSEEKSAVTALWGKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSSANAVMNNPKVKAHGKKVLAAFSEGLSHLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLSHHFGKEFTPQVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray crystal structure determination of hemoglobin from rabbit at 2.0 angstrom resloution
rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha-1/2
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| molecule tags |
Oxygen binding
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| total genus |
54
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5C6Y A; 1IT2 A; 2QRW A; 1YVT B; 3GDJ A; 3UHV A; 1NPG A; 3LB3 A; 2R80 B; 1C7C A; 1A9W E; 3EU1 A; 2MYD A; 4NI0 A; 1C7B A; 1CP5 A; 1JPB A; 1NQP B; 4MQH B; 3DUT A; 1A00 B; 1ABS A; 1ABY B; 1MYH A; 1O1I B; 2DXM A; 5CHR A; 1ABW B; 1K1K A; 4JAC A; 1YOH A; 1CBL A; 3R0G A; 1MBO A; 5CND A; 1YEQ B; 1COH B; 1Y8I B; 5ILE A; 1SPG A; 3ODQ A; 5JGG B; 1JP8 A; 1BZR A; 4C0N A; 1DWT A; 2B7H A; 4M4B A; 3WCV D; 4ZVB A; 1IWH B; 2VYZ A; 1QI8 A; 1SDK A; 1HGC A; 1NWI A; 1GDK A; 1M9P B; 1MOB A; 2BLH A; 3GQR B; 1YZI A; 3ECZ A; 4TYX A; 2ZS1 B; 1Y0D A; 2BK9 A; 2MGL A; 2EKT A; 5CHQ A; 3HYU A; 1VWT B; 2VLZ A; 2GKN A; 4NI1 A; 2OIF A; 4FC3 A; 2DN2 A; 1Y7G B; 1JDO A; 1SHR B; 1SI4 B; 3E4N A; 1RVW B; 1QPW B; 1CP0 A; 2VHB A; 1N9X A; 3WHM B; 1QSI B; 3AT6 B; 1XXT A; 3TM3 A; 1Y46 B; 1A6M A; 3NMM B; 1BZ1 A; 3IC2 A; 1Y01 B; 2SPN A; 2WY4 A; 3QJC B; 2AUQ A; 3AQ7 A; 5CNE A; 2VYW A; 3PIA B; 1LH7 A; 2ZT4 A; 2HCO A; 1SPE A; 1QSH B; 1Y5J A; 1A6N A; 2ZS0 C; 2G11 A; 3LB4 A; 1XZU B; 2ZS0 B; 1J3Y A; 1Y8K B; 1MBA A; 1HGB B; 1Y0W B; 1HHO A; 2ZT2 A; 3GOU A; 1GLI B; 1U7S A; 3UHN A; 4F68 A; 1HGA B; 2HHB B; 1RSE A; 1V4X B; 1VRE A; 3UHB A; 3ZJL A; 1MYZ A; 1Y22 A; 5CNC A; 1A3N A; 106M A; 4L2M A; 2ZLU A; 3SZK A; 2HZ1 A; 1LHS A; 1AZI A; 1JZM A; 5F2A A; 1DXC A; 3WCV A; 4N8T A; 112M A; 1JZK A; 1MBS A; 4YU4 B; 1QXD B; 2D2N A; 3RGK A; 1LHT A; 1S6A A; 3D17 A; 2MGK A; 1JEB A; 1OJ6 A; 4HBI A; 1F5P A; 1MGN A; 1BZP A; 2W6X A; 1MWB A; 1UX8 A; 1YIE B; 2H8F A; 3WCT D; 1HBS A; 3SDH A; 2RI4 A; 3ZOL A; 5KDQ A; 1Y35 B; 3H58 A; 1URV A; 1Y8H A; 5EUI B; 1EW6 A; 1LH1 A; 3WI8 A; 1G08 B; 2VLX A; 4O1T A; 3HRW A; 4GZG A; 3PT7 A; 1BUW B; 2W6W A; 1RPS B; 3WCP B; 1Y4V A; 5CNF A; 1MTJ A; 1NZ2 A; 1G0B B; 2RAO B; 1O1K A; 1PBX B; 2H35 B; 1G09 B; 5EE4 D; 1CH2 A; 1MLU A; 5HY8 B; 1W92 A; 1YFF A; 2HBG A; 1MBI A; 1HBA A; 3QM6 A; 2R1H B; 2MGE A; 2HBS A; 4PQC A; 5EV5 A; 5ILR A; 4ROL A; 3PEL B; 3S1J A; 3LQD B; 4F69 A; 2NX0 A; 2G0S A; 1ASH A; 4N7O B; 1Y85 B; 1YMA A; 1LFT A; 3G52 A; 1CPW A; 1A01 B; 5E83 B; 1MYF A; 2DHB A; 1MTK A; 2CMM A; 1YDZ B; 1TES A; 2MGJ A; 3U3E A; 1Y5K A; 2D2M A; 2D60 A; 3ZJN A; 2ZFO A; 1X9F D; 3WCU C; 1LH5 A; 2LH6 A; 4F6F A; 2DN3 B; 3UH7 A; 3WCU B; 3MN0 A; 3VAU A; 2GTL D; 3WCT A; 4SDH A; 1IDR A; 1FAW A; 3UHC A; 3EOK B; 1BAB B; 1CIK A; 3GKV B; 1LFZ B; 1I3D A; 1XZ2 A; 3VRF A; 1MYG A; 2V1G A; 2ZSR A; 1GJN A; 3BJ3 A; 1V75 B; 2MYC A; 1C40 B; 3D7O B; 3BJ1 A; 1S69 A; 1DUO A; 3H57 A; 4MQC A; 4YU3 B; 2GRF A; 2XKG A; 1MCY A; 4HSW A; 2OHA A; 2O58 X; 3M39 A; 1YHE B; 2BW9 M; 1NS9 A; 1A4F B; 1Y4R A; 3DHT A; 1V07 A; 3BA2 A; 5CN7 A; 2H8D A; 3S66 B; 1JF3 A; 1YHU D; 3WFT A; 4PQB A; 1XYE B; 3OO4 B; 1GCV B; 1YCB A; 1XQ5 A; 3PI9 A; 5CN6 A; 4MXK A; 1UFJ A; 1Y4Q A; 3OO5 A; 1HAB B; 2MGH A; 2PEG A; 4L7Y B; 1HBG A; 4MQJ B; 5B84 A; 1CMY A; 1GBU B; 1MYT A; 1CH4 A; 1RTX A; 2QU0 A; 4PNJ A; 4TWV A; 3MYM A; 1GBV B; 3WFU A; 1OUU B; 2R4X A; 1N9I A; 2O5O X; 1NAZ A; 1EBT A; 4UUR A; 1YGD A; 3QZZ A; 2ZLT B; 1MKO B; 1JP9 A; 4DWT A; 2ZLW B; 4G51 A; 2ZT1 A; 1YHR B; 1BIJ A; 1MOD A; 1LUE A; 2ZSX A; 2LH3 A; 5JDO C; 2HZ2 A; 4WJG 1; 1BVD A; 4G1B A; 4O35 A; 3CIU A; 3UBV A; 2Z6N B; 1J40 A; 3ZJM A; 4IRO A; 3QJE A; 1XY0 B; 4XDI A; 3K8B B; 1Y4B A; 3QJD A; 1A0U B; 1U7R A; 3G4V A; 5MBA A; 3UH6 A; 4AVE A; 5ILP A; 1MBC A; 3OZV A; 2O5Q X; 1LFL B; 1YVQ B; 5CNG A; 3HEP A; 1DXD A; 3HXN B; 1Y45 A; 4B3W A; 1Y5F B; 1CQ2 A; 3WR1 A; 2ZST A; 1VXC A; 5E29 B; 2OH8 A; 2W6V B; 4F4O A; 1YHU A; 1VXE A; 1DUK A; 4F6I A; 111M A; 2QSS B; 2GLN A; 2HHE B; 1NZ4 A; 1B86 B; 1NPF A; 3A5G A; 3CY5 A; 3G4Y A; 4TWU A; 105M A; 2MHB B; 1MLH A; 3FH9 B; 3K9Z A; 1MTI A; 1D8U A; 1DTI A; 5SW7 A; 1YOI A; 1LA6 A; 5EYS A; 3QM5 A; 3WCW D; 1YEN B; 2NRL A; 1FN3 B; 2C0K A; 3PT8 A; 3LHB A; 1Y09 B; 3WFW A; 2LH1 A; 1MLK A; 2WTG A; 3ZJO A; 4MQK A; 3PI3 A; 1WVP A; 3ONZ B; 4U8U A; 5CN9 A; 1Y4G B; 3GLN A; 4N7P B; 3DUT B; 1HLB A; 1YE2 B; 5HU6 A; 1HBR B; 2QLS A; 2SPL A; 2AV0 A; 3V2V A; 1XZ7 A; 1CBM A; 1LFQ B; 1BZZ A; 4VHB A; 2IN4 A; 3UHX A; 4XS0 A; 2VLY A; 2R50 A; 1MBN A; 3ARK A; 1AJH A; 2ZLX B; 1LFY A; 1KR7 A; 3S1I A; 5E6E B; 3NL7 A; 3K3U A; 1DXT A; 1SDL B; 4F6B A; 1Y7C A; 3VRE B; 4JYQ A; 2OLP A; 2W6Y A; 5CMV A; 3G4Q A; 2HHD A; 3UGY A; 2ZSQ A; 1J41 A; 2O5M X; 1CG5 B; 1HDB A; 2KSC A; 1TU9 A; 1XXT B; 1G0A B; 1YH9 A; 1FDH G; 1DM1 A; 1S5X A; 2EB8 A; 6HBW A; 3DHR A; 4ODC A; 3VRG A; 5HLQ A; 1Y4P A; 5C6E A; 2ZT3 A; 2EVK A; 4HHB A; 4MAX A; 3UGZ A; 3ECX A; 1JWN A; 3IA3 B; 2QSP A; 3TLD A; 3QMA A; 1Y0C B; 2AUR A; 107M A; 3IC0 A; 4ESA A; 1V4U B; 1YG5 B; 1LJW A; 1K0Y A; 3P5Q B; 3GYS A; 3S65 B; 1YEU A; 3UHT A; 4HSX A; 5ILM A; 4ROM A; 3QQR A; 1Y7D A; 1NXF A; 1VXB A; 3A0G A; 2D2N D; 2ZS1 C; 5KKK A; 1Y2Z B; 1JL6 A; 1HDA A; 1CH7 A; 3WCV B; 1NEJ A; 1HBH A; 3O7N A; 2MYA A; 1Y0A A; 1LTW A; 2M6Z B; 2BMM A; 1IBE B; 3AT5 B; 3D17 B; 1VXF A; 1JEB B; 4O2G A; 1MLF A; 1MNH A; 2HBC B; 3MJP A; 2ZFB A; 2V1I A; 5KDQ B; 2LHB A; 1LH2 A; 1IRD A; 2VEE A; 1J3Z B; 4O4T A; 2ZSZ A; 4H2L A; 2BKM A; 2W72 A; 2MGG A; 1O1N B; 1OR6 A; 1HJT A; 3UHY A; 1UT0 A; 1CIO A; 1WMU A; 1YVT A; 1BBB B; 2R80 A; 2QMB B; 1MLJ A; 3PI8 B; 2HBE B; 1UX9 A; 3PI2 A; 4LPI A; 4MBN A; 2ZT0 A; 3ARJ A; 1H97 A; 3D4X B; 1HBA B; 1NQP A; 4MQH A; 2D5X B; 4WCH D; 1A00 A; 2AUO A; 2V1F A; 1ABY A; 1O1I A; 1ITH A; 1N9H A; 1YEQ A; 1COH A; 5F0B A; 1Y8I A; 5JGG A; 3PI4 A; 1XZ5 A; 1J7Y B; 2D2M D; 4O4Z A; 4MQI B; 2ZFO D; 1HBB A; 3BOM A; 4FH6 A; 1S5Y B; 1Y0T B; 1IWH A; 3M3A A; 1Y8W B; 1YIH B; 3HHB B; 3AQ6 A; 2ZSY A; 3M3B A; 1DO3 A; 4KMV A; 1M9P A; 1Y5K B; 3GQG B; 3GQR A; 1BIN A; 1FSX A; 1A3O A; 4F6G A; 3MYN A; 1VWT A; 1O1L B; 5EQM A; 3RJN B; 3W4U B; 3MKB A; 2MYB A; 1Y7G A; 110M A; 1NS6 B; 1SHR A; 1J7S A; 3WCT B; 1R1X A; 1SI4 A; 2HBD B; 2R4W A; 1FAW B; 3LB2 A; 1RVW A; 3HF4 B; 4MU5 A; 3MJU B; 3UHS A; 1S56 A; 2OH9 A; 3WHM A; 1QSI A; 3AT6 A; 2G0V A; 1UVX A; 1A6G A; 1Y46 A; 1T1N A; 3NMM A; 1NZ3 A; 4HRR B; 3QJC A; 1S0H B; 3PIA A; 1QSH A; 1YE0 B; 3HC9 A; 1XZV B; 5EE4 C; 3A59 B; 1EMY A; 1V4W B; 1XZU A; 1AJG A; 2ZS0 A; 1CO9 A; 1Y8K A; 1JW8 A; 4X0L B; 1HGB A; 1NS9 B; 1Y0W A; 3DHT B; 1RQ4 B; 4NK2 A; 2SPO A; 1GLI A; 1IRC A; 1RQ3 B; 1MWD A; 3D1A B; 2VRY A; 1HGA A; 2HHB A; 1HLM A; 1V4X A; 1FHJ B; 1OR4 A; 2EVP A; 1UMO A; 1M6C A; 5M3S A; 2Z8A A; 1Y7Z B; 1YEV A; 1Y83 B; 2ZLV A; 1A0Z B; 1YCA A; 1C7D B; 3PI9 B; 3UHE A; 3BCQ A; 1OFJ A; 4FWZ A; 1VXD A; 3A9M A; 4NXC A; 4YU4 A; 2PEG B; 3NML A; 3B75 B; 1MLN A; 2MGF A; 1MLO A; 4H0B A; 1X9F C; 3BJ2 B; 1DO4 A; 1X9F B; 103M A; 3UHU A; 3KUO A; 1FDH A; 1YIE A; 4MPM A; 2FRK X; 1Y35 A; 2GTL C; 3G4U A; 2GL3 A; 2GTL B; 1G9V A; 5EUI A; 5EET A; 1X3K A; 2GKM A; 1O1P A; 1J40 B; 3QJE B; 3FS4 B; 1G08 A; 3MOU A; 1Y4B B; 3UHD A; 3WCP A; 1MLQ A; 2JHO A; 3E5O A; 1ECD A; 1MZ0 A; 1G0B A; 1O1M B; 2RAO A; 2H35 A; 3R5I A; 5HY8 A; 2R1H A; 1MOA A; 5EU2 A; 4QAU A; 3O89 A; 1CLS A; 4N7N A; 1IOP A; 3PEL A; 4PQ6 A; 3LQD A; 3NG6 A; 109M A; 1UIW B; 1URY A; 3GK9 A; 4N7O A; 5JDO F; 4B4Y A; 1YHU B; 2MGD A; 3KMF C; 3SDN A; 1HV4 A; 2HBF B; 1A01 A; 1XZ4 A; 3QZX A; 1MYI A; 5E83 A; 1V5H A; 1YDZ A; 2HZ3 A; 2GDM A; 1CG8 B; 1S61 A; 3WCU A; 2XKI A; 3ECL A; 1ECA A; 1FLP A; 1KD2 B; 2G10 A; 1GVH A; 1R1Y A; 3QQQ A; 1YEO B; 3NFE B; 2E2Y A; 3EOK A; 1GCW B; 1BAB A; 3GKV A; 1LFZ A; 4MQG B; 4U8U D; 2FRJ X; 1JP6 A; 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4AVD A; 3QM7 A; 1Y0D B; 1JZL A; 3HYU B; 2QSS A; 2HHE A; 2V1K A; 1OUT A; 1LH6 A; 4OF9 A; 4NI1 B; 4FC3 B; 2DN2 B; 2MHB A; 3FH9 A; 4KJT A; 3A2G A; 1ECN A; 3OZU A; 2ZFB B; 4HRT A; 3G4R A; 5AZR A; 1IRD B; 2AA1 A; 3G46 A; 1YEN A; 1NZ5 A; 1DTM A; 1JY7 A; 2BWH A; 1BZ1 B; 1FN3 A; 2W72 B; 3IC2 B; 4MBA A; 3KUN A; 1Y09 A; 1NGK A; 3PI1 A; 1WMU B; 2HCO B; 3OK5 A; 1DWS A; 3G53 A; 1Y5J B; 2D6C A; 3ONZ A; 1J3Y B; 2AUP A; 1OBM A; 2G0X A; 1A9W A; 1AJ9 A; 1HHO B; 1Y4G A; 3ASE A; 3GOU B; 1RQA A; 1GDJ A; 4N7P A; 1THB A; 2AV3 A; 1F63 A; 1YE2 A; 1Y22 B; 2ZSS A; 5D5R A; 1A3N B; 1HBR A; 2ZLU B; 3SZK B; 3WCV C; 1LFQ A; 1YMC A; 3UHH A; 2BLJ M; 1XZ5 B; 2FAM A; 2ZWJ A; 4N8T B; 5CN8 A; 1HBB B; 2D2N C; 2ZS1 D; 2FAL A; 3BOM B; 2D2N B; 1EWA A; 5HBI A; 2ZLX A; 2MBW A; 2H8F B; 1FSX B; 1HBS B; 2RI4 B; 1A3O B; 5E6E A; 1SDL A; 1DXV A; 1A6K A; 3VRE A; 3MKB B; 1Y8H B; 2WTH A; 3OVU C; 1J7S B; 1R1X B; 2NSR A; 1CG5 A; 3HRW B; 3PT7 B; 4G1V A; 1CH5 A; 1G0A A; 1T1N B; 1Y4V B; 1O1K B; 3UI0 A; 2ZS0 D; 1YFF B; 2FRI X; 3ZJJ A; 2MB5 A; 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