2RAYX

Beta-chlorophenetole in complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rayX00
141LA 1L25A 209LA 214LA 3FA0A 173LA 232LA 1SSYA 139LA 228LA 237LA 4GRVA 1C67A 1C6HA 1DYCA 3K2RA 172LA 243LA 1C6CA 1L01A 218LA 3JR6A 165LA 4W58A 1OWZA 1LYDA 3DNAA 4EXMA 189LA 2NTHA 3HTFA 4ARLA 1KY1A 1L52A 1L82A 1L49A 1SSWA 1D3FA 3C8RA 1T8GA 3HH4A 229LA 199LA 2O4WA 178LA 3CDTA 3HT9A 3GUOA 2RBNA 3DN1A 184LA 256LA 206LA 4W52A 242LA 1D9WA 239LA 2ANVA 1OVHA 1OV7A 1L55A 130LA 1L96A 2ANXA 1L85A 2B6YA 1XJUA 3GUMA 3SB8A 119LA 1L73A 1L79A 1P37A 4W51A 1L35A 3LZMA 108LA 1P5CA 1QTHA 4W53A 254LA 3CDOA 3RZEA 107LA 2Z6BA 197LA 2OU9A 1C63A 1LYFA 1D2WA 1SX2A 1L17A 1SWZA 3CDRA 3OE0A 1L48A 1L05A 110LA 226LA 1L27A 4I7SA 4OO9A 1L26A 3SB5A 1P2LA 4I7OA 1C6BA 4ZPUA 1DYFA 3DN2A 155LA 3OE6A 1QSQA 1QUGA 3NY8A 1LWGA 3SB9A 211LA 4LDEA 1QUHA 4I7RA 3SBBC 247LA 245LA 1L29A 2OU8A 1L72A 2Q9EA 1QTDA 1QTVA 3DKEX 1L16A 3OE8A 6LZMA 3HH6A 215LA 2OEAX 157LA 1L51A 1L86A 1DYGA 1QT7A 4LDLA 164LA 2RBSA 3UONA 1L70A 1L58A 1C6PA 103LA 1C6DA 2B6WA 4DKLA 1L54A 1QUOA 1L98A 3D4SA 1QT8A 112LA 2RB0X 4PJZA 2B73A 1CU6A 163LA 4LDOA 3GULA 1LYIA 149LA 1PQKA 2L78A 1CV3A 1KNIA 162LA 174LA 1L56A 4I7LA 261LA 1C68A 3SN6R 1NHBA 4PK0A 1QS9A 127LA 210LA 3DN0A 1PQIA 2RH1A 183LA 2B6ZA 1LYJA 4I7MA 1D2YA 1C6LA 251LA 231LA 1LPYA 1P2RA 3HDFA 1QT4A 3C7WA 258LA 1QUDA 4K5YA 1P36A 230LA 227LA 1L83A 2B75A 1L03A 1XEPA 3L2XA 1G0PA 3HUQA 2Q9DA 3C83A 1PQJA 3CDVA 1CUPA 236LA 1L36A 1C65A 191LA 1L19A 1L40A 217LA 262LA 2NTGA 1L64A 1CU0A 3PDSA 181LA 248LA 3QAKA 1L10A 4I7PA 3HH5A 1I6SA 4I7JA 1D3NA 3NYAA 1OVJA 221LA 4I7NA 1EPYA 1L69A 120LA 1CV6A 3ODUA 2LZMA 1G0MA 4EPIA 1OVKA 3RUNA 4GBRB 1LW9A 160LA 1QT3A 1C6NA 3DN4A 2B6TA 4ARQA 122LA 1LLHA 3SB7A 257LA 131LA 1QT5A 1L59A 223LA 1L37A 3GUIA 2O7AA 3HDEA 2RBQA 1P56A 1L50A 171LA 1C6EA 3HTBA 1L61A 3CDQA 2QB0B 3HU8A 249LA 3DN6A 4W59A 1CVKA 1L91A 2RAYX 1L08A 238LA 1L44A 1C69A 1L92A 1C6MA 1OV5A 3C82A 1L46A 146LA 1C6GA 1L02A 1L15A 1LI6A 3GUKA 3G3WA 3HU9A 1G07A 1WTHA 3DMVA 246LA 3HT8A 2LC9A 1L74A 1DYEA 4EKRA 1OYUA 1L07A 255LA 3C8QA 1T8FA 4DAJA 4E97A 2F2QA 4I7TA 216LA 252LA 156LA 1G0GA 4YXAC 147LA 1L06A 2LCBA 192LA 1C6QA 1C61A 2A4TA 4DJHA 1SWYA 201LA 2HULA 3C80A 176LA 1G0LA 196LA 1DYBA 1L31A 3GUJA 3HUAA 259LA 3V2WA 1P3NA 5I14A 244LA 1L13A 3SBAA 1L93A 1L77A 1LYEA 4EPFA 2HUMA 1C6TA 180LA 3DN8A 1L95A 1L00A 166LA 5LZMA 1L75A 1K28A 1D3JA 3L64A 2B72A 2OE9X 126LA 1G0QA 151LA 1L09A 3HT6A 3C7YA 3FADA 2RBPA 2CUUA 2HUKA 1JTNA 1L87A 1P6YA 115LA 1L65A 1QTBA 3G3VA 4YXCA 1CV5A 1C6AA 3GUPA 1KY0A 1L97A 1C6JA 159LA 1G0KA 1XJTA 3DMZA 118LA 3VW7A 4W56A 2B70A 1LGXA 3HH3A 1L63A 1L28A 128LA 1T8AA 1TLAA 3F9LA 1L24A 109LA 1L60A 7LZMA 1G1WA 1L42A 1CV1A 1LYGA 4I7KA 1D3MA 1L71A 1PQMA 1C6FA 3PBLA 1CU5A 1QTCA 4W55A 253LA 4W57A 1C6KA 1ZURA 2RB1X 3DMXA 3HTDA 4YX7C 113LA 1L04A 2B6XA 1L62A 1L76A 1L41A 1L11A 1L39A 1LYHA 137LA 3HTGA 175LA 1L22A 1L81A 188LA 2RBOA 1L33A 1L53A 1OWYA 1QS5A 1T6HA 1LGUA 212LA 2OU0X 3C81A 4ARQB 1L66A 1L21A 1L34A 222LA 1L68A 250LA 2F47A 1CV4A 260LA 1CX6A 235LA 1L89A 241LA 1CTWA 1PQOA 1B6IA 3HUKA 2OTZX 1JTMA 144LA 140LA 220LA 3DN3A 1LI2A 4I7QA 1L88A 2O79A 2OE4X 125LA 138LA 1LGWA 3F8VA 148LE 3C8SA 4EKPA 1L47A 4IAPA 1T97A 1L94A 167LA 123LA 161LA 102LA 224LA 1P7SA 219LA 1L14A 1DYAA 1L84A 4EJ4A 185LA 4ARMA 1LWKA 150LA 1SX7A 1C62A 4S0WA 4ARJA 3HWLA 1L12A 1L90A 4LZMA 4EKSA 1KS3A 169LA 3C7ZA 142LA 1L0JA 1L80A 1P64A 190LA 1ZWNA 2OTYX 104LA 143LA 4EKQA 1L23A 182LA 1LI3A 1ZYTA 1C60A 3G3XA 1G06A 1CU3A 129LA 1CUQA 195LA 1L32A 1L38A 1L67A 1QT6A 4ARMB 3EMLA 2RBRA 1P46A 111LA 1JQUA 240LA 198LA 1PQDA 200LA 1L30A 1L99A 3NY9A 1L57A 1CV0A 205LA 1L43A 3V2YA 1DYDA 1KW5A 2F32A 170LA 2QARC 3HT7A 114LA 168LA 1QTZA 2OE7X 187LA 1G0JA 1L45A 152LA 2B74A 4AQNA 1CX7A 1C64A 213LA 1QSBA 2IGCA 2B7XA 177LA 186LA 2RB2X 3SB6A 1L20A 1L0KA 1L18A 225LA 3OE9A 1C66A 1C6IA 4ARPA 1CU2A 233LA 3FI5A 145LA 4W54A 1G1VA 234LA 2RAZX 1KW7A 3GUNA 158LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VEDA 1L25A 4H9FA 3FA0A 1B5UA 228LA 2BPUA 4BS7A 4HV1A 2BQGA 1UC0A 1G7HC 1GBYA 1GXXA 1JWRA 3LHMA 2XJWA 189LA 3HTFA 3TMUA 4NGJA 3A91A 3P4ZA 4BAFA 2YBLA 4NY5A 2DQDY 4M4OA 3D9AC 2D6BA 2RBNA 2BQCA 5A3EA 4XYYA 1OUAA 1GEVA 2A7DA 1WQPA 1OV7A 4WM4A 2G4NA 4LYMA 130LA 4N1CC 2CGIA 1OP9B 4NGKA 1LMCA 4H8ZA 5DM9A 1XJUA 5L3IA 1N4FA 1L73A 5D5FA 1RJCB 1P37A 4W51A 3LZMA 1QDTA 4OW1A 4WLDA 4J0LA 1ALCA 1JJ3A 110LA 1L27A 3AB6A 1P2LA 1TDYA 3W6CA 2ZWBA 1DYFA 1B7SA 1GBOA 155LA 1LJJA 5DL9A 3AZ7A 1HEQA 1QSQA 2Y8PA 1GAYA 3NY8A 1XEJA 2HECA 211LA 1HSWA 3LYMA 1L29A 2OU8A 1IWTA 1QTDA 2PC2A 5DN4A 1L51A 2ZIJA 164LA 1XEKA 2DQFC 3UONA 4WOAA 4HSFA 1C6PA 1C6DA 1L98A 1GE2A 1DPWA 2X0AA 4PJZA 193LA 1QSWA 3GULA 1LYIA 1I1ZA 1LHKA 1LJHA 162LA 4NIJA 4QDNA 2RH1A 1MLCE 1LYJA 4I7MA 1C6LA 231LA 1NDMC 3WPLA 1P2RA 2H5ZA 1QUDA 1HFYA 1D9UA 4K5YA 230LA 227LA 4WLYA 1L03A 1XEPA 4I0CA 1G0PA 1LZ5A 4PJ2C 1LZNA 236LA 1C65A 262LA 2ZIKA 2NTGA 4DDCA 181LA 4I7PA 4I7JA 1YKXX 1D3NA 4NGYA 1L69A 120LA 3ODUA 2LZMA 4WLXA 4EPIA 3RUNA 1LW9A 160LA 4ARQA 1DKKA 3QY4A 3SB7A 4RW1A 4GCFA 4NGLA 5LA5A 131LA 1GHLA 4G4CA 4YEOA 4H8YA 223LA 3AW7A 1L37A 1KIQC 5KXPA 1IOTA 171LA 4GN3A 3CDQA 4CFPA 1C6MA 1L46A 1PZYA 5F16A 1IIZA 4HTKA 3HT8A 5APDA 1DYEA 4EKRA 1LZ9A 3KAMA 1T8FA 2VB1A 1HFXA 216LA 3A95A 4UWUA 252LA 1XGUC 4HV2A 1BVKC 1SWYA 176LA 1OQMA 1XGPC 1DYBA 1GDWA 2I26L 3GUJA 1HEMA 259LA 1GFVA 153LA 2DQIY 4BAPA 2F30A 2HUMA 1C6TA 2D4JA 1B5ZA 3WUMA 5LYTA 4G4HA 2HEAA 3EMSA 1L00A 1IC5Y 4HPIA 1B5XA 1L75A 2B72A 4PPOA 1G0QA 3W6EA 3HT6A 4GCEA 3WPJA 2HUKA 3N9CA 3WH1A 2DQCY 4CGEA 3G3VA 1CJ9A 1C6JA 1G7LC 3DMZA 4LT1A 4W56A 2GV0A 1L28A 1T8AA 4QEQA 7LZMA 1L42A 4NGOA 3AYQA 1CU5A 1QTCA 3J4GA 2ZQ4A 1IP7A 253LA 4W57A 1ZURA 2W1MA 4YX7C 1WQMA 3HBHA 1L76A 1L11A 1LMAA 1TCYA 1UIDA 4II8A 2F4AA 1L22A 4N0JA 1MELL 1NDGC 2RBOA 1L33A 2CWIA 4AGAA 4OOOA 212LA 3HBEX 4Z3MA 222LA 1C7PA 1CV4A 260LA 5I5QA 1L89A 241LA 4O34A 1GFUA 1GXV2 4OWHA 1VFBC 3DN3A 1RFPA 4NGVA 4DT3A 138LA 3LN2A 3C8SA 3B0OA 1IP2A 1LHJA 1CJ6A 1T97A 2G4QA 1W6ZA 2ZQ3A 1IP1A 1WQRA 1O23A 2MEBA 2BQAA 102LA 224LA 5KKIA 4ET9A 1L84A 1B2KA 2HTXA 4ANRA 3G3BB 2C8PA 4NGWA 4WM2A 6LYTA 3D3DA 4Z41A 4L41A 169LA 1REZA 2D91A 190LA 1ZWNA 4EKQA 2B5ZA 1CU3A 3EMLA 1B7OA 5ILCA 111LA 1LMQA 1B9OA 4EOFA 1GD6A 3WXTA 240LA 1IR7A 3ULRA 5F9UA 1IC4Y 205LA 2F32A 1QTZA 187LA 1G0JA 1DKJA 4YF2A 5LYMA 2FBDA 1VDTA 186LA 2BQJA 1LSZA 3ATNA 3OE9A 1JUGA 5DLAA 1DI3A 209LA 173LA 4RLNA 3WU9A 1GAZA 1LSPA 1DYCA 3K2RA 172LA 2ZILA 4YM8A 4G9SA 1VDQA 1D6QA 1GE1A 4EXMA 4ZIXA 2AUBA 2W1XA 1L49A 1NMMA 3FE0A 1J1PY 1BHZA 4ETAA 5APFA 3TXIA 1B7MA 2MEDA 1LJIA 3M18B 1HC0A 3GUOA 1Z55A 4D9ZA 184LA 1LHIA 256LA 3CQLA 1TBYA 3E3DA 5I4WA 239LA 2ANVA 1OVHA 1XGQC 5HNCA 3TXFA 2MEEA 1YAQA 1EQ4A 1L96A 2ANXA 1OUEA 1UA6Y 5EBHA 4B1AA 3SB8A 4XJDA 1YKZX 1F6SA 108LA 1P5CA 2Z2EA 3RZEA 3CDOA 107LA 2Z6BA 1D2WA 1FN5A 1ZMYL 1A2YC 4WM3A 1SX2A 1L17A 4GCDA 1SWZA 4N9RA 1L05A 5KXNA 226LA 4N1EI 1L26A 2FYCA 3SB5A 2YBMA 4I7OA 4ZPUA 2DQEY 1GF8A 1BB7A 1XSFA 2D4KA 3OE6A 1FKVA 1LWGA 2BQMA 4LDEA 3M3UA 1QUHA 1GB7A 3SBBC 3OK0A 1HSXA 4MSTA 3A94A 2Q9EA 1CKFA 3RU5A 1QTVA 1L16A 3B6LA 3HH6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VED A;  1L25 A;  4H9F A;  3FA0 A;  1B5U A;  228L A;  2BPU A;  4BS7 A;  4HV1 A;  2BQG A;  1UC0 A;  1G7H C;  1GBY A;  1GXX A;  1JWR A;  3LHM A;  2XJW A;  189L A;  3HTF A;  3TMU A;  4NGJ A;  3A91 A;  3P4Z A;  4BAF A;  2YBL A;  4NY5 A;  2DQD Y;  4M4O A;  3D9A C;  2D6B A;  2RBN A;  2BQC A;  5A3E A;  4XYY A;  1OUA A;  1GEV A;  2A7D A;  1WQP A;  1OV7 A;  4WM4 A;  2G4N A;  4LYM A;  130L A;  4N1C C;  2CGI A;  1OP9 B;  4NGK A;  1LMC A;  4H8Z A;  5DM9 A;  1XJU A;  5L3I A;  1N4F A;  1L73 A;  5D5F A;  1RJC B;  1P37 A;  4W51 A;  3LZM A;  1QDT A;  4OW1 A;  4WLD A;  4J0L A;  1ALC A;  1JJ3 A;  110L A;  1L27 A;  3AB6 A;  1P2L A;  1TDY A;  3W6C A;  2ZWB A;  1DYF A;  1B7S A;  1GBO A;  155L A;  1LJJ A;  5DL9 A;  3AZ7 A;  1HEQ A;  1QSQ A;  2Y8P A;  1GAY A;  3NY8 A;  1XEJ A;  2HEC A;  211L A;  1HSW A;  3LYM A;  1L29 A;  2OU8 A;  1IWT A;  1QTD A;  2PC2 A;  5DN4 A;  1L51 A;  2ZIJ A;  164L A;  1XEK A;  2DQF C;  3UON A;  4WOA A;  4HSF A;  1C6P A;  1C6D A;  1L98 A;  1GE2 A;  1DPW A;  2X0A A;  4PJZ A;  193L A;  1QSW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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