2RAZX

4-(methylthio)nitrobenzene in complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2razX00
4PJZA 1CVKA 1L18A 3CDRA 4W56A 1KW7A 1L41A 1L94A 1I6SA 2B7XA 1DYCA 1L00A 3K2RA 3DN1A 2RBNA 1JTNA 1L79A 1L72A 1QS5A 1QT7A 3DN8A 3GULA 4YX7C 3SB7A 110LA 1L70A 253LA 1P3NA 113LA 1L16A 206LA 2HULA 1CU5A 1PQOA 1C6GA 155LA 1XJTA 1L06A 1L33A 1L54A 199LA 1C65A 3OE0A 1L91A 4EPIA 2B73A 1L52A 1QT6A 1L49A 1L0JA 150LA 139LA 3FI5A 4YXAC 220LA 248LA 2B6WA 1L26A 145LA 1P64A 196LA 1QT5A 1G1VA 2LC9A 261LA 1L37A 1L69A 3OE9A 1LI2A 197LA 1OYUA 210LA 3HU9A 1L04A 176LA 2OU9A 3HT9A 1L51A 2RBPA 1L60A 2HUMA 212LA 3OE6A 3HTGA 4ARQB 137LA 1L88A 2B6TA 4W55A 1QT3A 3C8SA 1L30A 2B70A 175LA 4I7KA 215LA 1L29A 3CDQA 1C6FA 164LA 1QUOA 217LA 2CUUA 4I7JA 1L80A 4IAPA 3QAKA 1L27A 1LYGA 138LA 3G3VA 4W57A 4ARLA 227LA 1CV5A 246LA 169LA 112LA 3HUAA 1L44A 131LA 3DNAA 222LA 3DMVA 2RB1X 1L50A 1T6HA 1QUDA 1EPYA 161LA 2NTGA 2OTZX 1C6CA 6LZMA 1L57A 1D2YA 4PK0A 3GUOA 209LA 2RAZX 3HUQA 2OE9X 4ZPUA 1L64A 1C6KA 1CV3A 119LA 1SX7A 4LDEA 159LA 1L20A 258LA 1L15A 1G06A 1P2RA 260LA 1P56A 2QB0B 3PBLA 1L09A 1L03A 122LA 230LA 1L96A 1L67A 1OVKA 1LYIA 1C6IA 1LYDA 4W53A 1G07A 1CV0A 1DYBA 3HWLA 1L42A 4I7PA 4K5YA 2Q9DA 231LA 205LA 158LA 1OVJA 1L83A 3JR6A 1PQDA 1C6QA 1L38A 1QTBA 156LA 1L68A 1L65A 237LA 1C6LA 3GUNA 4I7MA 1L89A 223LA 4YXCA 1L40A 1DYGA 2RB2X 3V2YA 2O79A 243LA 3C80A 3LZMA 1G0PA 108LA 1G0KA 2B72A 1JTMA 259LA 3HDEA 1P46A 3EMLA 198LA 128LA 1OV7A 1L61A 1G0MA 1QTHA 1DYEA 4ARMA 1LI3A 126LA 152LA 1L46A 3D4SA 3SBBC 1LI6A 1LLHA 1LW9A 240LA 2OE4X 115LA 1LYJA 168LA 216LA 1L23A 1CU6A 3DN6A 251LA 187LA 1L48A 4I7RA 1G0GA 1L22A 4W51A 148LE 4I7NA 166LA 3F8VA 4LDOA 3UONA 1L13A 3SBAA 1L92A 1K28A 1T8AA 3GUJA 1CUPA 1L25A 200LA 3HU8A 3NYAA 247LA 245LA 4W59A 3NY8A 160LA 1QT4A 1C60A 3HT7A 1CX6A 2F2QA 4EPFA 1QT8A 257LA 4DAJA 1SSYA 1LGWA 224LA 1PQJA 1SWYA 1L84A 2L78A 173LA 1L55A 3HH6A 211LA 178LA 1D3NA 1L99A 1L10A 191LA 1QTDA 241LA 3GUIA 1LYEA 1C61A 1L56A 4W58A 3HTDA 3DN3A 2OE7X 3C7WA 5LZMA 1ZYTA 4EJ4A 157LA 1L73A 3DKEX 118LA 186LA 1L86A 2NTHA 3HTBA 250LA 1P36A 3NY9A 3HH3A 3VW7A 1KW5A 109LA 2O4WA 4ARMB 1L71A 1SX2A 3DMZA 1C6HA 3G3WA 4I7TA 232LA 1L93A 1QUGA 4EKRA 1B6IA 1C6NA 2RBSA 1C66A 7LZMA 165LA 1L98A 1XJUA 170LA 1L82A 3SB6A 3ODUA 2RAYX 242LA 1L14A 1C6PA 1KY0A 262LA 1CU2A 4EKPA 3C7ZA 1L43A 4DKLA 3RZEA 3DMXA 174LA 2LZMA 218LA 5I14A 1L19A 1G0QA 1QTVA 3DN0A 162LA 195LA 147LA 1CU0A 214LA 2QARC 4EKQA 1PQKA 3GUKA 1PQIA 1P7SA 1JQUA 1SSWA 1L34A 229LA 1L11A 3C82A 102LA 1PQMA 4I7LA 3C8RA 3SB9A 235LA 141LA 1L58A 3C7YA 3SB5A 1XEPA 1L77A 3HUKA 3FA0A 1L02A 4OO9A 1C6DA 1CTWA 184LA 3CDTA 180LA 1L74A 1QSBA 201LA 1L31A 127LA 1D2WA 1D3FA 1L01A 1OV5A 1TLAA 1P6YA 1L62A 1L28A 2O7AA 1ZWNA 149LA 228LA 1CV6A 3HTFA 1L63A 2OU8A 244LA 4GBRB 1LYFA 1C6AA 1QSQA 1L59A 144LA 1LWKA 1C68A 1L36A 1OVHA 1L17A 188LA 3SB8A 1P2LA 3DN4A 177LA 1L24A 185LA 3C81A 254LA 172LA 1CU3A 219LA 1LGUA 1CV4A 252LA 1C62A 1QUHA 1LGXA 4DJHA 3GUMA 1LYHA 1OWZA 2HUKA 1L08A 3HH4A 3C8QA 3GUPA 1L21A 3C83A 167LA 1T8FA 125LA 234LA 1G0JA 1L76A 1L07A 1C67A 4I7OA 1C69A 213LA 1CV1A 1L35A 140LA 3F9LA 4W52A 4E97A 1D3JA 4S0WA 1KNIA 1L47A 239LA 1D9WA 3V2WA 1C63A 1DYAA 192LA 1C6JA 3DN2A 183LA 1C64A 2ANVA 143LA 104LA 2IGCA 4EKSA 2B74A 2RBRA 2F32A 4W54A 120LA 1C6EA 1L66A 3SN6R 2OU0X 1LWGA 1WTHA 123LA 1L05A 1P5CA 146LA 163LA 1QTCA 1L12A 4EXMA 1L32A 3HDFA 111LA 151LA 1OWYA 1QS9A 1QTZA 4ARJA 2RH1A 1DYDA 182LA 2ANXA 2RB0X 103LA 1L95A 4I7QA 1CX7A 1KS3A 2OEAX 3L64A 4LZMA 2B6YA 114LA 2F47A 1SWZA 2OTYX 1ZURA 1C6MA 189LA 107LA 129LA 181LA 1C6BA 1G0LA 1L90A 1NHBA 1T8GA 1T97A 130LA 226LA 4AQNA 1C6TA 1L39A 225LA 3HT6A 1L87A 171LA 1L53A 1CUQA 142LA 2A4TA 3CDVA 1L85A 236LA 190LA 221LA 3PDSA 2Q9EA 233LA 3HT8A 3HH5A 2B6XA 1L75A 4GRVA 3RUNA 1D3MA 2Z6BA 4ARPA 1G1WA 1L97A 3L2XA 3G3XA 1LPYA 2RBQA 2RBOA 4ARQA 1KY1A 3FADA 3OE8A 4I7SA 3CDOA 238LA 1P37A 2LCBA 256LA 4LDLA 1L0KA 249LA 2B75A 1DYFA 1L81A 1L45A 255LA 2B6ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AUBA 4W56A 1L41A 1IP7A 2G4PA 4RLMA 1F10A 4A7DA 2RBNA 6LYZA 3AW7A 4C3WA 4NHQA 3GULA 4B0DA 4YX7C 253LA 1L16A 5D5FA 1LSBA 4WM6A 1L54A 1HHLA 2F30A 5LVJA 1C08C 1L91A 4EPIA 4GCCA 2Z12A 1QTEA 2BQEA 150LA 2XJWA 139LA 1TDYA 3FI5A 3MGWA 3W6EA 1B9OA 145LA 196LA 1QT5A 4H1PA 2EIZC 2IFFY 210LA 2IHLA 4ETEA 3OK0A 1BHZA 5F9UA 4QEQA 1YL1X 3A93A 2FYDA 2B6TA 4W55A 1QT3A 1L30A 1DI4A 1UIGA 1BWHA 1XGRC 175LA 2BQCA 2BQMA 1B7LA 1LMAA 1L80A 1UCOA 4IAPA 4GLAA 1UBZA 2HEBA 1CV5A 169LA 112LA 4ML7A 3HUAA 1HF4A 3DNAA 3QY4A 222LA 1L50A 1GE4A 4H92A 4B4EA 6LYTA 153LA 1D2YA 1VAUA 1V7SA 4H90A 1L64A 119LA 2B5ZA 3LN2A 1L15A 4H9AA 2XTHA 3ATNA 4YEMA 1AT5A 5HNLA 4ZEEA 230LA 4PRQA 4R6CA 1C6IA 1GB6A 3WW6A 1LZ4A 4W53A 1G07A 1DYBA 1LZRA 3HWLA 4I7PA 5LA5A 1B7PA 2Q9DA 205LA 3SP3A 1A2YC 1LHLA 3JR6A 1C6QA 1QTBA 237LA 2Z19A 4ETAA 1BB6A 4II8A 4YXCA 1L40A 1DYGA 4MR1A 3V2YA 243LA 3A90A 3LYTA 3E3DA 3LZMA 5F16A 1G0PA 2BQIA 259LA 2DQIY 2YBHA 1LSPA 2YBJA 1GFKA 4G9SA 1QTHA 1DYEA 1GB0A 1GWDA 3TXIA 4NIJA 1LI3A 5APEA 2HEDA 1LJJA 2DQCY 3B6LA 1UIAA 3D4SA 3HFMY 1RI8B 3SBBC 1LLHA 1LJKA 1HELA 1L23A 2MEBA 4H8XA 1CU6A 3DN6A 1LMQA 2G4NA 1L22A 2MECA 2A7DA 5A3ZA 4Z3MA 2LHMA 5HQ1A 1V7TA 5KKJA 3W6BA 245LA 1QT4A 3D3DA 1VDPA 1YKXX 1GB3A 1FDLY 1QT8A 5LVHA 1HEOA 257LA 224LA 5KXYA 3P65A 1L55A 1LSMA 3KAMA 3WULA 1L99A 1IOSA 1UIDA 1C61A 1L56A 1LCNA 3HTDA 3LYMA 4ET9A 5LZMA 3TMWA 3WUNA 1LZCA 3DKEX 1LKRA 3A92A 1L86A 1P36A 1GBYA 1EQ5A 4NWEA 1L71A 1KIRC 3DMZA 1C6HA 3G3WA 1LJEA 4I7TA 1N4FA 1L93A 1QUGA 2W1YA 7LZMA 4DD9A 1HERA 3F6ZA 3SB6A 1G7IC 3P66A 1XEJA 1C6PA 2Z2EA 4UWNA 4DKLA 1LZAA 4RW1A 1L19A 1G0QA 2BQHA 3N9CA 2F4GA 3AYQA 214LA 2QARC 4EKQA 1G7HC 4NHIA 1QSWA 1UACY 1QUSA 4WM4A 4LT1A 4WMGA 1UA6Y 4QY9A 141LA 2FYCA 1JWRA 1L77A 4NSJA 3B0IA 4HV2A 1GEVA 1VDTA 1GFTA 4CJ2A 1AZFA 1D3FA 1L01A 1OV5A 4OWEA 1UIFA 149LA 5HLLA 1CV6A 2OU8A 4WM1A 1LSDA 1D0LA 1QSQA 1VATA 1L59A 3CSZA 5B1FA 1C68A 1L36A 1LJNA 1JTOL 3C81A 3P64A 1FLYA 1GBZA 5JENB 4XJFA 252LA 2CGIA 5IDDA 4UWVA 1QUHA 2YBNA 4WLTA 1LGXA 1QTKA 1ZVHL 3GUPA 1LJIA 1T8FA 125LA 1JKBA 234LA 1L07A 1C69A 5B05A 4J1AA 1L35A 140LA 3F9LA 1D3JA 4FJRA 1GB7A 2DQDY 1B5VA 1GXV2 1C64A 2ZNXY 143LA 1GFAA 3A3QA 1PZYA 1LJFA 2F32A 3QNGA 4W54A 1L66A 2OU0X 1JTTL 4W96A 3EXDA 3GXRA 4H8ZA 4GCBA 1HNLA 1EQ4A 2F2NA 1L12A 4EXMA 1LMOA 3HDFA 4WO6A 4XJGA 1E8LA 1BVXA 3A95A 2RB0X 1H87A 4I7QA 3A8ZA 1KS3A 4BS7A 1DZBX 4LZMA 1SLYA 1LMNA 5LXWA 1L90A 1EL1A 4NGLA 1T6VL 3HBEX 4NGJA 5C6LA 4WO9A 2DQEY 142LA 4XJIA 4CFPA 4XYYA 3CSRA 3PDSA 2Q9EA 3HH5A 1RCMA 1XGUC 3A6CY 4GRVA 1JEFA 2ZQ3A 2Z38A 1LPYA 2HECA 4ARQA 3FADA 4WG7A 1G7LC 2BLYA 1P37A 4DD1A 4NGOA 3BKHA 2PC2A 1L81A 4IATA 1RJCB 1CVKA 3AGIA 2DQFC 1KW7A 1BQLY 1I6SA 1B7MA 1WQMA 3K2RA 3WPKA 5KXKA 3DN1A 1LHHA 113LA 206LA 4XN6A 193LA 155LA 199LA 4CHXA 1HSXA 2B73A 2EQLA 248LA 3TMXA 4GN5C 3CQLA 1CKDA 1P64A 1LSZA 3N9AA 261LA 1LZ6A 5ILFA 4W94A 3OE9A 1LI2A 1OYUA 1IWTA 1L04A 1IP6A 4GLVA 2C8OA 2RBPA 2VB1A 1L60A 2HUMA 212LA 3OE6A 2MEGA 2B70A 5LYZA 215LA 1BWIA 4WOAA 4I7JA 2CWIA 1FLUA 3AZ6A 4W57A 1JSEA 4G4CA 1LHIA 4YOPA 1JJ3A 4LYTA 1YAPA 3M18B 131LA 1UIHA 1DXJA 3DMVA 3B0KA 5T3FA 1EPYA 161LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2AUB A;  4W56 A;  1L41 A;  1IP7 A;  2G4P A;  4RLM A;  1F10 A;  4A7D A;  2RBN A;  6LYZ A;  3AW7 A;  4C3W A;  4NHQ A;  3GUL A;  4B0D A;  4YX7 C;  253L A;  1L16 A;  5D5F A;  1LSB A;  4WM6 A;  1L54 A;  1HHL A;  2F30 A;  5LVJ A;  1C08 C;  1L91 A;  4EPI A;  4GCC A;  2Z12 A;  1QTE A;  2BQE A;  150L A;  2XJW A;  139L A;  1TDY A;  3FI5 A;  3MGW A;  3W6E A;  1B9O A;  145L A;  196L A;  1QT5 A;  4H1P A;  2EIZ C;  2IFF Y;  210L A;  2IHL A;  4ETE A;  3OK0 A;  1BHZ A;  5F9U A;  4QEQ A;  1YL1 X;  3A93 A;  2FYD A;  2B6T A;  4W55 A;  1QT3 A;  1L30 A;  1DI4 A;  1UIG A;  1BWH A;  1XGR C;  175L A;  2BQC A;  2BQM A;  1B7L A;  1LMA A;  1L80 A;  1UCO A;  4IAP A;  4GLA A;  1UBZ A;  2HEB A;  1CV5 A;  169L A;  112L A;  4ML7 A;  3HUA A;  1HF4 A;  3DNA A;  3QY4 A;  222L A;  1L50 A;  1GE4 A;  4H92 A;  4B4E A;  6LYT A;  153L A;  1D2Y A;  1VAU A;  1V7S A;  4H90 A;  1L64 A;  119L A;  2B5Z A;  3LN2 A;  1L15 A;  4H9A A;  2XTH A;  3ATN A;  4YEM A;  1AT5 A;  5HNL A;  4ZEE A;  230L A;  4PRQ A;  4R6C A;  1C6I A;  1GB6 A;  3WW6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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