2RB1X

2-ethoxyphenol in complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rb1X00
2IGCA 140LA 2F2QA 1DYBA 1L91A 1L98A 146LA 182LA 3EMLA 118LA 3HU8A 3HDEA 1L18A 4ARPA 3F9LA 3CDQA 1L01A 4W51A 4K5YA 1C66A 1L09A 3CDRA 2O79A 3GUNA 1L48A 3NY8A 1L42A 1G0KA 1KY1A 103LA 4I7NA 4I7KA 1NHBA 1CUQA 4YXCA 3DN2A 3HH4A 3G3WA 186LA 1L81A 3GUJA 1PQDA 1DYAA 1L44A 157LA 141LA 248LA 3SB9A 1OV5A 1L82A 2ANVA 3DMXA 227LA 1L77A 131LA 1C69A 1OVKA 1L39A 3G3XA 1D3NA 4EPFA 1KW7A 1P2RA 102LA 3DN3A 188LA 223LA 4W57A 3C8SA 3OE0A 3SB7A 1L16A 262LA 1C6CA 1L61A 170LA 1QUOA 1L25A 2B72A 206LA 214LA 4I7RA 4I7SA 1C6AA 1L28A 1L00A 1SX7A 2OE4X 201LA 3HTBA 2B6WA 1L40A 1T8AA 1LI2A 1L37A 4ARQB 1L62A 150LA 1CV4A 1G07A 1L60A 1L72A 3GUOA 189LA 241LA 4LDEA 3HT7A 1L76A 1L06A 1SWZA 242LA 1L74A 3V2WA 2CUUA 3OE8A 1LYFA 1L85A 1C6JA 1L63A 4DJHA 1D9WA 197LA 200LA 1L66A 1EPYA 2RBOA 3OE9A 2RBPA 1XJTA 1G1VA 120LA 1P3NA 1LGWA 3HUQA 3OE6A 3HUAA 1L14A 1L52A 128LA 1XEPA 3RUNA 1L67A 1L34A 2Q9DA 1L75A 3C8RA 1L11A 1LYIA 4I7PA 1L51A 1L58A 213LA 177LA 1P46A 1L05A 1D2YA 237LA 1L94A 2ANXA 251LA 211LA 1QTDA 220LA 195LA 3C83A 1QT5A 3NY9A 115LA 1CU3A 3LZMA 166LA 1L47A 1LGXA 4PJZA 4I7LA 229LA 1L29A 2RBNA 212LA 145LA 4W59A 3UONA 2RBRA 1L23A 1KY0A 1L84A 1L36A 2L78A 4DAJA 1L0KA 1LPYA 1L68A 3GUKA 1L79A 3HH5A 167LA 125LA 1LYJA 224LA 198LA 215LA 2B70A 3HTGA 2B6XA 1QTCA 4W56A 210LA 3HTFA 1L22A 178LA 1C64A 159LA 1CV3A 4YXAC 254LA 1D2WA 110LA 2RAZX 1KS3A 4AQNA 4EPIA 236LA 1ZYTA 2B6TA 1L46A 1L92A 3HWLA 4EXMA 228LA 2A4TA 1L03A 246LA 1L0JA 7LZMA 205LA 112LA 3RZEA 3K2RA 185LA 3DMZA 2NTGA 1I6SA 1QT7A 2Q9EA 1OWZA 1G0GA 222LA 1L71A 176LA 4I7TA 219LA 259LA 216LA 243LA 1CU0A 1ZURA 1LGUA 4LDOA 3DN0A 3SN6R 4ARMA 1C6PA 1QT6A 3GUIA 122LA 3SB6A 1CX6A 2Z6BA 1C67A 1L13A 3FI5A 144LA 1L45A 217LA 1P64A 155LA 2LZMA 1G0LA 129LA 1P56A 2B73A 252LA 3L64A 139LA 1JTMA 4EKPA 238LA 1PQKA 1C62A 2HUMA 175LA 1L56A 196LA 258LA 2NTHA 1L32A 1QT8A 1L08A 3L2XA 2RAYX 162LA 209LA 1T8FA 2OU0X 3DN1A 2HUKA 3DN4A 137LA 1T97A 256LA 3HH3A 3DN6A 3QAKA 3F8VA 1CX7A 1L33A 3SBBC 1LWGA 172LA 1CV1A 1L31A 1QSBA 1L64A 152LA 1CV0A 2RBQA 1L26A 2O4WA 4E97A 226LA 225LA 1G0PA 4I7QA 1C60A 4I7JA 3DMVA 3DN8A 1LWKA 187LA 1P37A 1TLAA 6LZMA 2OU8A 4LDLA 130LA 1KNIA 156LA 2B7XA 1C63A 239LA 1D3MA 3C80A 1L30A 1QT3A 2LCBA 2RB2X 3CDOA 114LA 1L90A 1L59A 260LA 184LA 249LA 1L43A 2OEAX 3HT9A 4ZPUA 4W58A 192LA 199LA 1L69A 2F47A 1QUDA 1G0MA 1XJUA 3HT8A 138LA 1DYDA 1L96A 261LA 3GUPA 1T8GA 1P36A 1P6YA 1L35A 2QB0B 151LA 1C65A 191LA 147LA 148LE 161LA 3GUMA 3HU9A 2OE7X 1C68A 1CV6A 2LC9A 1QT4A 1L50A 1L99A 1L95A 4PK0A 4W52A 158LA 1L41A 2F32A 1PQIA 165LA 1QSQA 1C6EA 3FA0A 160LA 1L27A 1PQMA 2HULA 4ARJA 1OVJA 2B6YA 1C61A 1L54A 1SSWA 3SBAA 109LA 180LA 1B6IA 1LYHA 1P5CA 3C7WA 1LLHA 1QTBA 1SWYA 3C7ZA 1D3JA 1C6IA 1DYEA 3GULA 1L12A 244LA 1SSYA 4ARMB 149LA 4W53A 1OWYA 1CU6A 1DYFA 1QTZA 107LA 174LA 181LA 2RB1X 3G3VA 1C6BA 1LYDA 4OO9A 143LA 234LA 240LA 1LYGA 1L89A 233LA 1L19A 183LA 1QTHA 1L86A 127LA 1L87A 221LA 1L88A 1L97A 3DKEX 1L49A 3FADA 4GRVA 1CUPA 1L15A 245LA 173LA 1LI6A 4I7MA 1C6NA 1L17A 1G0QA 4EKSA 1L21A 2O7AA 1DYCA 1C6QA 1L93A 253LA 3NYAA 1L65A 3C82A 3V2YA 4ARLA 2B75A 1L55A 2QARC 1L10A 3HT6A 3SB8A 1DYGA 255LA 126LA 230LA 1D3FA 113LA 4W54A 3SB5A 1LI3A 2OTYX 2RB0X 2OE9X 3C81A 1ZWNA 4W55A 164LA 3D4SA 2RH1A 1C6TA 2B6ZA 4EKRA 1KW5A 3CDTA 3VW7A 3C7YA 1LW9A 3HDFA 218LA 1OYUA 2B74A 231LA 4GBRB 1L24A 168LA 3CDVA 1L53A 247LA 1L20A 171LA 3C8QA 1L73A 4ARQA 111LA 4YX7C 1CTWA 1C6DA 1C6GA 1PQJA 4S0WA 2OU9A 4EKQA 4IAPA 1C6FA 1QUHA 2OTZX 1P2LA 235LA 1G0JA 163LA 190LA 1CVKA 1L02A 1C6KA 1OV7A 1CU5A 232LA 4LZMA 1L07A 3ODUA 1L80A 108LA 1G1WA 2RBSA 104LA 1L04A 3HTDA 142LA 1CV5A 1WTHA 3PDSA 1QUGA 1QS9A 169LA 1JTNA 1PQOA 250LA 1SX2A 3DNAA 1C6MA 1JQUA 1K28A 4DKLA 3HUKA 3HH6A 5LZMA 1P7SA 1QS5A 4EJ4A 1L70A 1LYEA 1L57A 123LA 119LA 1L83A 1L38A 1C6LA 3JR6A 1QTVA 257LA 1CU2A 1G06A 1OVHA 1T6HA 5I14A 1C6HA 3PBLA 4I7OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M18B 2IGCA 2F2QA 3LYTA 2HEEA 1DYBA 1L98A 4DDCA 146LA 1GAYA 4Z3MA 3HDEA 1GF9A 1LSEA 1EL1A 4WG1A 4B4JA 4WG7A 1HMLA 2CJLA 4TUNA 1KY1A 4I7NA 4LYBA 1CUQA 1VEDA 3G3WA 5F16A 1YAMA 141LA 3SB9A 4LFPA 1OV5A 4G9SA 1GBWA 1KIPC 1L39A 1AT5A 1D3NA 5FCPA 1LSPA 1IWUA 4W57A 3OE0A 3P68A 4I7RA 4ZFPA 3HFMY 1L00A 4WM1A 1BVKC 2MEDA 3HTBA 4NIJA 1GB8A 1T8AA 1IOQA 1L37A 1L62A 3GUOA 5A3EA 5DM9A 4CHXA 1SWZA 242LA 1L74A 2HEFA 3TXEA 5ILFA 1C6JA 2YDGA 2DQJY 200LA 1L66A 1XJTA 120LA 2VB1A 3TXBA 1GEVA 4NHTA 4KXIA 3CT0A 1UICA 3HUQA 1GB6A 1L67A 2Q9DA 3K3TA 1P46A 4QGZA 1IVMA 1PS5A 1HEOA 1UIHA 211LA 4H9FA 1BB6A 3A93A 2BQLA 1B7SA 2MEEA 1LSMA 2ZWBA 4I7LA 5K7OA 1XSFA 3UONA 1B7NA 1D9UA 2ZIJA 1B5UA 3IWRA 4ET9A 1KY0A 1LPYA 167LA 224LA 4G4HA 1QUTA 215LA 3HTGA 4LYTA 2B6XA 3HBHA 4TSCA 1L22A 178LA 1QSWA 5HNLA 1LZRA 1NBYC 1D2WA 4LT3A 2RAZX 1KS3A 1ZYTA 3A6BY 3HWLA 228LA 1GFKA 1L0JA 112LA 3AJNA 1WQRA 1LMTA 3K2RA 5APFA 4J7VA 185LA 1I6SA 1OWZA 4UWUA 1CKCA 2ZQ3A 3FE0A 1YILA 1FKQA 1CU0A 5B59A 3BKVA 4IATA 4NGKA 1LSNA 1CX6A 1UIBA 2FBDA 3SB6A 2FYDA 2HEDA 1C67A 3FI5A 2Z18A 4HSFA 1LOZA 1QDRA 1BB5A 1LSDA 1LZSA 2D6BA 4YEMA 5I4XA 1UIDA 4NGWA 2HUMA 2MEBA 175LA 5KY1A 2LHMA 2YBJA 3EBAB 3N9EA 3T36A 1L32A 4BS7A 5B07A 1IC5Y 4WL6A 1LHLA 4HJZA 1T8FA 137LA 3QAKA 1CX7A 1IR9A 3WUAA 1GFJA 1LWGA 1L64A 152LA 4E97A 2O4WA 1LZDA 3A95A 4B49A 225LA 3W6BA 4OWAA 1P37A 6LZMA 4ANRA 1KNIA 156LA 2B7XA 239LA 1L30A 260LA 249LA 1L43A 5FELA 2YBNA 1L69A 5LVIA 1T8GA 1P36A 3TXGA 4N5RA 4PHIA 2QB0B 3W6DA 4I8SA 2BQOA 4WL7A 1LYSA 3HU9A 2LC9A 1B5YA 1L50A 1LPIA 4NGIA 4PK0A 4W52A 4LYCA 1VFBC 1L41A 1C6EA 1WVUA 5KKIA 3TXIA 1C61A 4A7DA 1B6IA 5KJ9A 3G3BB 1DYEA 1LHMA 1LMNA 3AGGG 1QSAA 1UACY 149LA 4ARMB 5KKJA 1LZCA 3CT5A 174LA 4NHPA 1C6BA 1LHHA 3M3UA 4J0LA 4OO9A 143LA 183LA 1L87A 4NWHA 1L88A 4YEOA 2D4JA 2F2NA 4LT1A 1L49A 5DL9A 4BAPA 4RLNA 4GRVA 4P2EA 1GF4A 1LMAA 4I7MA 1C6NA 5KXRA 4IJ4A 3A3RX 1BGIA 2O7AA 1DYCA 4R6CA 4OWEA 3A6CY 1BWJA 1LJEA 1OUHA 3V2YA 4ARLA 1LJHA 1IWXA 3AZ7A 5LAFA 1GE0A 230LA 3ZEKA 1TCYA 5APDA 3W6FA 1VATA 1IEEA 4QEQA 3IJUA 1CKDA 2IHLA 1C6TA 1AKIA 4TX7A 2DQAA 1LZ6A 218LA 2BQKA 4Z98A 2EQLA 3TXKA 168LA 4GN3A 4QY9A 4CGEA 4NEBA 1HMKA 1GBOA 1W6ZA 4YX7C 1CTWA 1B9OA 1C6DA 4HTKA 4GCCA 1LMCA 1ZVHL 2LZTA 2XBRA 4J1BA 2OTZX 1P2LA 3LYMA 3T6UA 235LA 1IIZA 1GXV2 2YVBA 3ULRA 190LA 2ZNWY 4HV2A 3WMKA 1JJ1A 3WH1A 1WQPA 2ZQ4A 4ETEA 2AUBA 3LZ2A 1QUGA 2MEFA 1PQOA 1LMOA 1C6MA 1K28A 4DKLA 4ZEEA 4Z46A 3AW7A 4WM6A 5HMVA 1L70A 123LA 119LA 2A7FA 4M6DA 1G06A 1OVHA 1UIFA 1JIYA 1TDYA 4I7OA 5FEKA 207LA 140LA 4LFXA 1BHZA 5L3HA 1LZ8A 3EMLA 118LA 4ARPA 1LZEA 1D6PA 4W51A 1FDLY 2FYCA 3TMWA 1L09A 3N9CA 3ZVQA 3WULA 1OQMA 5C6JA 4WOAA 1GFTA 103LA 4NGYA 2XBSA 4U3XB 1FLYA 3GUJA 4R0FA 1PQDA 1DYAA 1OUAA 157LA 1GE3A 4PRQA 3WPLA 1WQNA 227LA 4GLAA 1GBSA 2XQOA 1RCMA 2F4GA 3G3XA 5L3IA 4H92A 1Z55A 188LA 3C8SA 262LA 1IOTA 3RW8A 5KXKA 1JUGA 5IELA 1LHKA 2DQEY 2B6WA 1UBZA 4ARQB 1D0LA 1UIEA 150LA 1CV4A 1LSAA 4NGOA 1GEZA 1L60A 3WW5A 2BQFA 4WM5A 2G4PA 1YAPA 3HT7A 2HECA 4KPMA 1YAOA 3V2WA 3OE8A 2C8OA 1L85A 1D9WA 1CJ8A 1GFVA 1EPYA 3OE9A 2RSCA 2I26L 1P3NA 1AZFA 4YF2A 5J7CA 1LGWA 1L14A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3M18 B;  2IGC A;  2F2Q A;  3LYT A;  2HEE A;  1DYB A;  1L98 A;  4DDC A;  146L A;  1GAY A;  4Z3M A;  3HDE A;  1GF9 A;  1LSE A;  1EL1 A;  4WG1 A;  4B4J A;  4WG7 A;  1HML A;  2CJL A;  4TUN A;  1KY1 A;  4I7N A;  4LYB A;  1CUQ A;  1VED A;  3G3W A;  5F16 A;  1YAM A;  141L A;  3SB9 A;  4LFP A;  1OV5 A;  4G9S A;  1GBW A;  1KIP C;  1L39 A;  1AT5 A;  1D3N A;  5FCP A;  1LSP A;  1IWU A;  4W57 A;  3OE0 A;  3P68 A;  4I7R A;  4ZFP A;  3HFM Y;  1L00 A;  4WM1 A;  1BVK C;  2MED A;  3HTB A;  4NIJ A;  1GB8 A;  1T8A A;  1IOQ A;  1L37 A;  1L62 A;  3GUO A;  5A3E A;  5DM9 A;  4CHX A;  1SWZ A;  242L A;  1L74 A;  2HEF A;  3TXE A;  5ILF A;  1C6J A;  2YDG A;  2DQJ Y;  200L A;  1L66 A;  1XJT A;  120L A;  2VB1 A;  3TXB A;  1GEV A;  4NHT A;  4KXI A;  3CT0 A;  1UIC A;  3HUQ A;  1GB6 A;  1L67 A;  2Q9D A;  3K3T A;  1P46 A;  4QGZ A;  1IVM A;  1PS5 A;  1HEO A;  1UIH A;  211L A;  4H9F A;  1BB6 A;  3A93 A;  2BQL A;  1B7S A;  2MEE A;  1LSM A;  2ZWB A;  4I7L A;  5K7O A;  1XSF A;  3UON A;  1B7N A;  1D9U A;  2ZIJ A;  1B5U A;  3IWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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