2RB1X

2-ethoxyphenol in complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rb1X00
1L39A 1QT4A 173LA 1DYEA 3CDTA 1P37A 2F2QA 2B6WA 123LA 1T8AA 4I7OA 2O4WA 233LA 4GBRB 1CV1A 190LA 3RUNA 1KNIA 1G0LA 3CDRA 1L98A 2Q9EA 3HTDA 3HT6A 3G3XA 181LA 175LA 2OTZX 1CUQA 148LE 4EKRA 3DN6A 1L79A 4PK0A 1XEPA 1DYGA 228LA 1QT8A 3OE6A 1G06A 4EJ4A 1C6IA 149LA 3V2YA 4E97A 2RBSA 6LZMA 160LA 4DJHA 254LA 1NHBA 197LA 1L16A 1L44A 237LA 2LC9A 2IGCA 209LA 1L92A 1D9WA 1D3JA 3JR6A 2B6YA 4YXAC 2F47A 137LA 2Q9DA 3C7YA 1L91A 2CUUA 218LA 205LA 217LA 1L80A 1LWKA 230LA 1T8FA 152LA 1C66A 3HH3A 169LA 1P46A 184LA 1L19A 238LA 159LA 2RAYX 3C8SA 1DYDA 131LA 120LA 1P36A 1DYFA 1QS5A 1L81A 1L84A 1L05A 1P5CA 1OVHA 1C6JA 3V2WA 1TLAA 2RB2X 4W57A 185LA 3HT7A 3HT9A 2HULA 1L27A 1L33A 1C6EA 4S0WA 1L47A 1L08A 112LA 1D3NA 239LA 129LA 166LA 1L40A 2RB1X 1L90A 1XJUA 111LA 2RBRA 1L04A 251LA 1C6FA 246LA 1L86A 1SSYA 3RZEA 1D3FA 119LA 1L51A 1L95A 1D2YA 164LA 3HH5A 1C6AA 4ARLA 2B6ZA 140LA 3UONA 1P2LA 1CV5A 244LA 163LA 1L88A 139LA 3GUOA 4LDOA 1OWYA 7LZMA 2RAZX 1P2RA 1C6MA 1L13A 1P3NA 1SX2A 245LA 147LA 3FI5A 235LA 1PQOA 4K5YA 214LA 1L29A 2OU8A 3L2XA 122LA 3NYAA 3C8RA 3GULA 1P6YA 1LLHA 258LA 1QT5A 4I7PA 5LZMA 1PQJA 220LA 232LA 5I14A 1L22A 2L78A 4I7KA 1G0GA 1L41A 1G1WA 145LA 1L97A 1L11A 3DN8A 248LA 171LA 3HDFA 115LA 4GRVA 3SB5A 4EKQA 206LA 2QB0B 182LA 1L55A 1QUDA 1OV5A 4W58A 255LA 107LA 3HWLA 1LPYA 3OE8A 2QARC 3NY8A 2ANVA 1C6TA 2OEAX 3SB8A 4YXCA 213LA 2ANXA 229LA 3CDQA 4ARMA 1DYAA 4W59A 1L73A 113LA 1CU0A 102LA 1LYDA 186LA 252LA 168LA 1C6NA 240LA 1L50A 1QSQA 4ARMB 138LA 4DAJA 1L60A 2B75A 1CUPA 125LA 1P56A 1L67A 1QTBA 1L10A 2RBPA 4LDLA 1JTMA 2B6TA 109LA 1L85A 1L26A 1L36A 1SSWA 1L06A 3C81A 1L37A 1L87A 1L54A 256LA 167LA 1CU5A 1L53A 1L17A 1QTDA 3SB6A 2OE4X 114LA 1JQUA 1L66A 3HU8A 4W51A 195LA 1L32A 1QUGA 1L72A 1L18A 178LA 156LA 130LA 1L68A 158LA 1C62A 4I7RA 3GUMA 3VW7A 1WTHA 1L20A 2HUKA 3HUKA 1L93A 234LA 198LA 1I6SA 1L61A 1LGWA 3DN1A 4I7SA 225LA 1L02A 3CDOA 1L52A 3F9LA 4PJZA 187LA 170LA 1K28A 3D4SA 1C6HA 1L30A 1L34A 3HUAA 1L23A 103LA 3C83A 3L64A 3GUIA 1L48A 110LA 1QTCA 1LGXA 1LW9A 1L01A 4W56A 3HTGA 3DMVA 1L15A 1C6LA 1ZYTA 3GUKA 1LWGA 1C65A 1L49A 2A4TA 1L75A 3ODUA 1QSBA 118LA 227LA 3NY9A 1DYCA 1L74A 200LA 3DN2A 1L31A 3SN6R 1SWYA 3EMLA 3HH6A 1L12A 2B72A 1L00A 199LA 2B7XA 1L0JA 1L83A 2OTYX 3QAKA 260LA 2O7AA 4W54A 4ARQA 2B6XA 191LA 1L59A 1L46A 4EPIA 1QTVA 4W52A 2HUMA 1L64A 165LA 1XJTA 3DNAA 4I7JA 4ARQB 222LA 4I7NA 146LA 2OE7X 3PBLA 3C8QA 1G0JA 1C6GA 1KS3A 221LA 4I7LA 2NTHA 1L14A 1QT6A 3DN3A 224LA 1P64A 1LI3A 1ZWNA 1L25A 4ARJA 3FADA 1L28A 196LA 1L76A 174LA 1SX7A 1QTHA 1JTNA 1L65A 4I7TA 1CTWA 1P7SA 4W55A 4EXMA 231LA 1L96A 1C6BA 1PQDA 3HTFA 1L62A 1OV7A 1L77A 1L24A 177LA 1C6QA 1G1VA 4IAPA 1CVKA 1QUHA 1KW7A 3HUQA 126LA 226LA 3G3WA 1B6IA 242LA 3DKEX 3K2RA 223LA 241LA 249LA 3C7WA 4AQNA 3OE0A 1LYFA 2RBQA 1CU6A 188LA 151LA 1L42A 2NTGA 3HU9A 3SBBC 4EPFA 210LA 253LA 141LA 1G07A 1EPYA 1CX7A 1C64A 3C82A 1C63A 1C6PA 1L99A 104LA 1L57A 2B74A 1L0KA 1LYHA 1G0QA 1QTZA 1OWZA 1T97A 250LA 1CU3A 3C7ZA 211LA 2B70A 4YX7C 3FA0A 1QS9A 3GUJA 3HH4A 4I7MA 3CDVA 1CV6A 1KY1A 1PQMA 127LA 143LA 2RBNA 2RH1A 1LYGA 1C61A 3DN4A 1L21A 212LA 3GUPA 215LA 157LA 1L07A 1C69A 1L94A 1CU2A 1L56A 189LA 2LZMA 259LA 2RB0X 1LI6A 1G0PA 1L45A 3G3VA 1LI2A 216LA 4LDEA 1T6HA 3F8VA 1C6CA 2F32A 261LA 2O79A 1L35A 3SBAA 1DYBA 183LA 2OU9A 3HDEA 1C67A 1L71A 1C6DA 155LA 236LA 4W53A 3C80A 1PQKA 3PDSA 192LA 1G0KA 1KY0A 1LYIA 3DN0A 1D3MA 3GUNA 180LA 1C68A 1L38A 1LYEA 150LA 1L43A 1C60A 4LZMA 201LA 1ZURA 3LZMA 1L58A 176LA 1PQIA 161LA 1LYJA 1SWZA 243LA 3DMZA 3HTBA 2Z6BA 1KW5A 3HT8A 4EKSA 1G0MA 142LA 2OE9X 4ARPA 172LA 2B73A 128LA 219LA 1QUOA 1L89A 262LA 4ZPUA 108LA 1OVKA 1L82A 1OYUA 1CV4A 1QT3A 3SB9A 1L09A 1T8GA 4DKLA 1D2WA 2RBOA 1CX6A 1LGUA 257LA 247LA 1L70A 4I7QA 1CV0A 1L63A 162LA 3DMXA 2OU0X 3SB7A 4EKPA 3OE9A 4OO9A 1CV3A 1OVJA 1QT7A 1L69A 1C6KA 1L03A 2LCBA 144LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NBYC 1C46A 4XN6A 1LZTA 2LYOA 1P37A 1LJKA 4H9CA 123LA 1T8AA 4I7OA 5I4YA 2D4JA 233LA 2O4WA 1CV1A 190LA 3HBEX 5D5CA 6LYZA 2BQKA 2HEFA 4PPOA 175LA 1QQYA 1L79A 4PK0A 1XEPA 1LMAA 4HSFA 2H5ZA 2RBSA 5T3FA 4Z46A 4PRUA 1IWZA 1D3JA 4C5FA 2F47A 137LA 1TEWA 4YF2A 1BB7A 3P64A 2CUUA 1GD6A 217LA 1L80A 230LA 1T8FA 4DDAA 1KIRC 1UIHA 169LA 3HH3A 1P46A 3G3BB 1BVXA 4LYOA 184LA 1L19A 238LA 159LA 2RAYX 3HBDA 194LA 1GPQC 1VDSA 3AZ5A 3WULA 1C6JA 2MEIA 1OQMA 1IORA 4S0WA 1L47A 5DN5A 239LA 166LA 1SLYA 1LOZA 1L40A 1TAYA 1UACY 1L90A 8LYZA 3AZ7A 4LT3A 1C6FA 119LA 1IC5Y 1OUAA 5DLAA 140LA 3UONA 1CV5A 4AXTA 1LZ5A 1J1XY 1QDTA 4MCKA 1C6MA 1SX2A 4G9SA 1B0DA 1GBXA 2Z18A 1QSAA 1GFTA 1CKDA 1GE2A 1FLUA 3RW8A 2X0AA 4WG1A 3W6AA 1J1PY 232LA 1IY3A 2DQDY 1IVMA 4E3UA 5B05A 4GCBA 2QB0B 1L55A 1QUDA 1OV5A 2BQEA 3N9CA 3OE8A 2QARC 3NY8A 1VEDA 2BQDA 3CB7A 229LA 3CDQA 4TSCA 1JISA 1L73A 1LYDA 4LYBA 168LA 1C6NA 5LVJA 5C6JA 2B75A 2HEEA 1LJHA 1L10A 2RBPA 4I8SA 1AM7A 4LDLA 2B6TA 1L85A 1L36A 5L3HA 3C81A 4H8ZA 1L54A 256LA 1LHJA 2G4NA 2F4AA 5LA5A 3LN2A 2Z39A 1WQMA 114LA 3HU8A 4W51A 133LA 3LYZA 1LZ1A 2BQJA 1L72A 4GCDA 1GF8A 4G4BA 1B5UA 4ETBA 4B49A 1C43A 3GUMA 1XEIA 1WTHA 1L20A 2HUKA 1OUGA 2BPUA 5LAGA 1FN5A 1LGWA 1IWYA 4PJZA 2I6ZA 170LA 4WLXA 1QUSA 4HPEA 1L30A 3K3TA 3HUAA 4NSJA 5KY1A 3C83A 1DQJC 3GUIA 4LT0A 4RW2A 4II8A 3WU7A 1GDXA 3P68A 1VATA 1BB3A 2A4TA 1L75A 3ODUA 1F0WA 1IP6A 118LA 1NHEA 227LA 3WH1A 3WL2A 3DN2A 1L31A 4ETDA 3HH6A 2XTHA 2NWDX 1QTEA 1WTMA 1GFAA 4W54A 191LA 2BQFA 1AT6A 1GEZA 4WL6A 4HJYA 4ML7A 1XJTA 2EPEA 2BQLA 4I7NA 1C6GA 5A3EA 1DXJA 1QT6A 1IR9A 3OJPA 224LA 2DQIY 5KXWA 1ZWNA 4NEBA 1BQLY 2HEDA 4ARJA 4WO9A 1L28A 1GF6A 3LZTA 5LIOA 1UIBA 1QTHA 1B2KA 4W55A 4WM2A 4NG8A 2DQAA 2CWIA 1HFZA 1KW7A 2FYCA 3G3WA 1XEJA 1B6IA 1G7IC 3OE0A 2A7DA 1UIDA 1QTKA 3F6ZA 1CU6A 1DKKA 4XYYA 1UBZA 210LA 1GE4A 1C64A 1C63A 1C6PA 1IWTA 1D0LA 3A94A 1L57A 4YENA 1GF0A 1G0QA 1UUZC 154LA 4G4CA 3C7ZA 4LT2A 2B70A 5I4XA 2D4IA 1CKGA 5II3A 5KXYA 1CJ9A 3ULRA 1CV6A 1PQMA 127LA 5F9XA 2RBNA 2RH1A 1LYGA 1JSFA 1FBIX 4DD7A 157LA 1L07A 1GEVA 4IATA 1G0PA 1L45A 3G3VA 1LI2A 4LZTA 4XJBA 1KXXA 2BQGA 3KAMA 3W6CA 9LYZA 2YSSC 3ATNA 2H9KA 3A6BY 1GF5A 1L71A 2VB1A 4XENA 1Z55A 4W53A 3C80A 4WM1A 3SP3A 1G0KA 1LKRA 1D3MA 1XFPL 1GAYA 2G4QA 1C68A 1LJ3A 2MEBA 4OWAA 1D0KA 1L43A 2MEFA 3LZMA 3TXGA 1L58A 1LZ8A 1HSWA 1GBSA 1GB0A 1LYYA 3HT8A 142LA 2OE9X 1BWJA 1XEKA 262LA 4ZPUA 1L82A 1OYUA 3A91A 1QT3A 1KXWA 3E3DA 1LGUA 5C6LA 1GB7A 4I7QA 3DMXA 3SB7A 4EKPA 3OE9A 4NSGA 4R0FA 3WUMA 3ATOA 4CGEA 1G7HC 1QT7A 5LYTA 1C6KA 1TBYA 1IWVA 1RFPA 2LCBA 1YL1X 1L39A 3CDTA 4UWUA 2ZYCA 1HFYA 1BHZA 4GBRB 1KNIA 2EQLA 3HT6A 2WARA 3P4ZA 5HNCA 1UCOA 2OTZX 2Y8PA 1DI4A 1XSFA 1G7MC 3DN6A 1ZVYB 1VDPA 1QT8A 3OE6A 3V2YA 4DJHA 193LA 1L44A 4BS7A 2I26L 209LA 1L92A 4W96A 2BQOA 1WQPA 2B6YA 1QIOA 2Q9DA 5L9JA 2YBIA 4HP0A 1C66A 3GXRA 3A67Y 2LHMA 4NSIA 1C7PA 3C8SA 3A95A 5B07A 3EXDA 1IP7A 4NSHA 1JKAA 3CSZA 4N1EI 4H8XA 4XJFA 3V2WA 3B72A 4DD3A 185LA 1GF7A 1BB6A 1L27A 2HULA 4P2EA 4XADA 112LA 1LYZA 1UIGA 1YAOA 2A7FA 5B1GA 1AKIA 2Q0MX 1WQQA 111LA 4H9HA 1RI8B 3OK0A 4IJ4A 1IC7Y 251LA 4TUNA 4B4JA 246LA 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1B7PA 2G4PA 4I7LA 4N5RA 2D91A 3WVYA 1LJIA 3IWRA 1GFGA 1L25A 4H92A 4DT3A 1HF4A 2FBDA 4H9FA 4HV2A 5FEKA 1JTNA 1L65A 4WLDA 1H87A 1P7SA 1LSFA 231LA 1L96A 3TMXA 1RE2A 5HMVA 4DC4A 2HU3A 1L24A 4H1PA 4WLTA 1G1VA 5KKJA 1CVKA 5FSTA 3FE0A 1LZSA 242LA 4NGKA 5ILFA 1DI5A 3C7WA 241LA 1YL0X 1LYFA 2RBQA 1GFRA 3IJVA 3SBBC 1DPWA 141LA 4FDYA 1EPYA 1CX7A 1JSEA 4ET9A 2MEHA 1L99A 7LYZA 4H8YA 5J7CA 1O23A 1VFBC 1F6RA 1OWZA 1T97A 250LA 3P65A 4O34A 1CJ8A 3A3RX 5APDA 1GFUA 1LHHA 3HH4A 2D6BA 1IOQA 1L21A 1VAUA 4NGWA 1YAMA 1LSBA 1CU2A 3WPJA 2RB0X 1LI6A 1REYA 1YROA 216LA 2LZTA 1T6HA 1LSCA 261LA 2O79A 2YBMA 3AZ4A 3A90A 3SBAA 1C10A 5LVIA 2HECA 2OU9A 3HDEA 3A92A 3TXFA 3TMWA 155LA 1LMCA 5KXMA 4BAPA 4N9RA 192LA 1B5VA 1GFVA 3D3DA 4YM8A 3EMSA 1LYEA 150LA 1H6MA 1ZURA 4HJVA 5KKIA 1GB6A 1PQIA 161LA 1SWZA 3DMZA 4OWBA 2Z6BA 4YEOA 1G0MA 1ZMYL 4ARPA 1DZBX 2CGIA 1QUOA 4J1AA 1L89A 4KXIA 5IHGA 4N0JA 1CV4A 3HFMY 1L09A 1T8GA 4DKLA 2RBOA 257LA 1L70A 1CV0A 1L63A 1HEOA 2OU0X 4OO9A 1CV3A 4ETCA 1LZGA 1OUBA 3AGIA 1QT4A 3TMVA 1DYEA 1JHLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NBY C;  1C46 A;  4XN6 A;  1LZT A;  2LYO A;  1P37 A;  1LJK A;  4H9C A;  123L A;  1T8A A;  4I7O A;  5I4Y A;  2D4J A;  233L A;  2O4W A;  1CV1 A;  190L A;  3HBE X;  5D5C A;  6LYZ A;  2BQK A;  2HEF A;  4PPO A;  175L A;  1QQY A;  1L79 A;  4PK0 A;  1XEP A;  1LMA A;  4HSF A;  2H5Z A;  2RBS A;  5T3F A;  4Z46 A;  4PRU A;  1IWZ A;  1D3J A;  4C5F A;  2F47 A;  137L A;  1TEW A;  4YF2 A;  1BB7 A;  3P64 A;  2CUU A;  1GD6 A;  217L A;  1L80 A;  230L A;  1T8F A;  4DDA A;  1KIR C;  1UIH A;  169L A;  3HH3 A;  1P46 A;  3G3B B;  1BVX A;  4LYO A;  184L A;  1L19 A;  238L A;  159L A;  2RAY X;  3HBD A;  194L A;  1GPQ C;  1VDS A;  3AZ5 A;  3WUL A;  1C6J A;  2MEI A;  1OQM A;  1IOR A;  4S0W A;  1L47 A;  5DN5 A;  239L A;  166L A;  1SLY A;  1LOZ A;  1L40 A;  1TAY A;  1UAC Y;  1L90 A;  8LYZ A;  3AZ7 A;  4LT3 A;  1C6F A;  119L A;  1IC5 Y;  1OUA A;  5DLA A;  140L A;  3UON A;  1CV5 A;  4AXT A;  1LZ5 A;  1J1X Y;  1QDT A;  4MCK A;  1C6M A;  1SX2 A;  4G9S A;  1B0D A;  1GBX A;  2Z18 A;  1QSA A;  1GFT A;  1CKD A;  1GE2 A;  1FLU A; 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