2RBOA

2-nitrothiophene in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rboA00
195LA 1T8FA 1L63A 1L26A 1DYEA 2OE7X 1CV4A 1P6YA 4EKPA 1L54A 1G0GA 212LA 1L05A 3DN6A 3L2XA 1LYFA 258LA 1C6PA 215LA 114LA 169LA 1L20A 2B75A 3C83A 1P37A 180LA 2HULA 2Q9EA 3SBBC 1L67A 1L93A 2B6YA 4W56A 236LA 7LZMA 1QS5A 1L16A 3NY8A 1L22A 4EXMA 1SWZA 4W53A 3EMLA 3C81A 2F2QA 1QS9A 115LA 2OU9A 158LA 107LA 226LA 172LA 1SX2A 2NTGA 137LA 253LA 146LA 240LA 3HH5A 3FADA 3LZMA 197LA 2LCBA 4ARJA 3C7WA 108LA 3DN4A 170LA 1G06A 3HH4A 1PQKA 1L30A 1PQDA 120LA 3C8QA 1K28A 222LA 225LA 1QUGA 2OTZX 1EPYA 1C6NA 1DYFA 1C6QA 1JTNA 1LYIA 3HTBA 1D3MA 1QTHA 3FA0A 4EPIA 251LA 221LA 3V2YA 4ARQA 1L44A 1QT7A 2B6XA 3RZEA 1L98A 189LA 1L48A 248LA 118LA 2O4WA 1L35A 1CV6A 1C63A 211LA 255LA 1L31A 3C8SA 2B6WA 1C6BA 4ZPUA 168LA 228LA 3HTDA 1C60A 250LA 201LA 3JR6A 4AQNA 190LA 1L86A 144LA 1L72A 1L0KA 235LA 230LA 4EKRA 1QTZA 159LA 227LA 3C8RA 1L24A 217LA 1LYJA 1T8AA 3CDTA 129LA 1OV5A 1P2RA 182LA 246LA 2RB2X 1ZURA 119LA 2RBSA 1L21A 1QSBA 1CUQA 1CU5A 4IAPA 1L32A 1CV1A 3GULA 2O7AA 3GUMA 1C6HA 1L91A 2F32A 1C6EA 1KNIA 3OE0A 2NTHA 3VW7A 1T8GA 139LA 1G0KA 1LI3A 4I7MA 1OV7A 3CDQA 1OVJA 4W54A 209LA 1L79A 1ZWNA 4DKLA 1CV0A 1G0PA 2HUMA 2Z6BA 131LA 1I6SA 1QUHA 1L23A 1L14A 184LA 1L11A 3G3XA 109LA 1D3JA 1L94A 102LA 127LA 3QAKA 1L61A 2RBRA 4I7QA 1LW9A 1G1VA 1DYCA 1L96A 1L33A 128LA 4I7KA 1OVHA 151LA 178LA 1C66A 1LGUA 191LA 1L28A 1C61A 4I7OA 165LA 2L78A 1CX7A 3K2RA 3GUOA 1WTHA 167LA 4ARMA 1LI2A 1L09A 1L75A 1L68A 181LA 5LZMA 1D3NA 242LA 249LA 150LA 3GUNA 4W58A 2OE9X 3NY9A 3FI5A 1LYGA 1L04A 3C80A 4W57A 1QTCA 256LA 2ANVA 163LA 1L85A 257LA 1L92A 1L25A 4YX7C 3HH6A 1P7SA 1L38A 238LA 3D4SA 3HDEA 1L71A 1D2YA 3DMVA 1DYDA 1P36A 3G3WA 2IGCA 220LA 2RB0X 3OE6A 4DAJA 1L99A 1QT8A 2RBQA 5I14A 1L40A 4S0WA 1CTWA 3HUAA 4EKQA 3DN3A 192LA 1QTVA 1C6MA 1D3FA 2B72A 3DN8A 1KY0A 4K5YA 2B70A 1OVKA 1L17A 3HWLA 2OTYX 3HUQA 2B6TA 2ANXA 1L18A 1L97A 1L82A 1CX6A 3PBLA 1T6HA 1C6GA 1C6LA 1L45A 4LDOA 1L29A 103LA 1G07A 213LA 4W52A 3SN6R 2QB0B 175LA 231LA 130LA 1G0MA 1C6DA 3CDOA 4LZMA 1G0QA 1L50A 1L90A 1OYUA 4I7PA 2OE4X 1L47A 2RBNA 3DN2A 4W55A 2OU0X 1L52A 3F8VA 1L27A 1C64A 187LA 1L60A 1P56A 142LA 1L34A 1QTDA 198LA 1DYAA 4LDEA 1CU0A 3SB6A 3L64A 2O79A 2B74A 4EJ4A 148LE 1L76A 3PDSA 1L51A 254LA 1G0JA 3GUKA 2RBOA 1SWYA 252LA 1C6AA 3HTFA 1JTMA 140LA 1L19A 1C6FA 3C7YA 3RUNA 1CU3A 3GUJA 4W59A 262LA 3GUIA 1L37A 1TLAA 196LA 210LA 3OE9A 4I7JA 3HDFA 216LA 3C82A 161LA 1L65A 1SSYA 141LA 1L62A 2HUKA 173LA 1C6TA 177LA 1L01A 4I7TA 4DJHA 1OWYA 1NHBA 1LWGA 1L12A 113LA 237LA 1C6JA 171LA 4I7SA 1L13A 3DN1A 138LA 4I7LA 239LA 2OEAX 3DNAA 199LA 1P64A 233LA 1P2LA 4GBRB 1L88A 6LZMA 152LA 1DYBA 1L39A 1L03A 1L95A 183LA 176LA 1L00A 1KY1A 1QT4A 1P3NA 3HT6A 1JQUA 2Q9DA 261LA 3HT7A 1L07A 2QARC 1L15A 4OO9A 3V2WA 4LDLA 1PQOA 3UONA 1KW5A 112LA 1L56A 126LA 1PQMA 1L73A 1L55A 2RH1A 1C62A 1L53A 3ODUA 1QT6A 1LYHA 1CV3A 123LA 1C65A 1L80A 2RAYX 1XJTA 4E97A 2LZMA 1L69A 2RBPA 149LA 1XEPA 3HH3A 3NYAA 4EKSA 4YXCA 1L81A 1D9WA 1C6CA 224LA 155LA 1L0JA 1C69A 1L49A 1L64A 1L66A 2B7XA 3HUKA 1QT3A 218LA 3F9LA 1L58A 3DN0A 1G0LA 1LYEA 2A4TA 188LA 259LA 3CDRA 3HT9A 3CDVA 2RB1X 1L10A 2B73A 1SX7A 3SB7A 3DMZA 1KS3A 147LA 162LA 241LA 229LA 1LLHA 1CVKA 122LA 1C6KA 1L46A 160LA 1L41A 3GUPA 1T97A 1LWKA 186LA 1B6IA 1L42A 4ARLA 125LA 219LA 1QT5A 1G1WA 1CV5A 143LA 4W51A 1PQJA 3SB8A 1LI6A 1C68A 1QUDA 3HT8A 4I7NA 1DYGA 4PK0A 1L36A 1L77A 4ARMB 1L74A 2OU8A 1QTBA 1L59A 1LPYA 1QSQA 2B6ZA 3SBAA 2LC9A 110LA 1KW7A 1P46A 157LA 156LA 1ZYTA 260LA 2F47A 3C7ZA 4I7RA 4YXAC 4EPFA 234LA 1LGWA 1LGXA 1L89A 164LA 1L83A 244LA 3HTGA 3HU9A 3OE8A 1C67A 4ARPA 3SB5A 3SB9A 214LA 1OWZA 232LA 3DKEX 1CU2A 2CUUA 1L02A 166LA 1L87A 1QUOA 104LA 206LA 4ARQB 1L06A 111LA 174LA 1L43A 4GRVA 4PJZA 245LA 1LYDA 1L08A 1D2WA 1L84A 1L70A 3HU8A 145LA 185LA 200LA 2RAZX 1CU6A 1C6IA 1CUPA 223LA 1L57A 243LA 1SSWA 247LA 3DMXA 205LA 3G3VA 1XJUA 1P5CA 1PQIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UACY 4NWEA 4EKPA 4DDCA 4ETAA 258LA 1L20A 2Q9EA 3GXRA 4AXTA 8LYZA 1HENA 1UIGA 1EL1A 1CKHA 6LYTA 2D91A 1GWDA 1G7HC 1LTMA 2BQDA 5KXPA 158LA 107LA 5KXXA 2NTGA 2IFFY 146LA 3HH5A 1JKBA 4ARJA 1FBIX 3C7WA 3LHMA 170LA 1IOCA 5E4PA 4N1CC 1PQKA 4TTDA 1JTOL 1K28A 225LA 1GDWA 1GEVA 1GE0A 1C6QA 1OUAA 3FA0A 1QTHA 4NSJA 1NWGA 3MGWA 1L44A 1YANA 1QT7A 1F6SA 2IHLA 1L98A 1GE2A 1L48A 248LA 1B7SA 1LZ9A 5LVIA 1YKYX 1I1ZA 1C63A 211LA 1B5YA 1TDYA 1IP1A 1C60A 1LKRA 1WTNA 1VDQA 144LA 1L0KA 1LZSA 1ZVYB 227LA 2YDGA 4TWSA 1T8AA 1IWVA 4DQJA 1GBOA 1GD6A 182LA 246LA 2HTXA 2RB2X 5B06A 4H9BA 3AB6A 5APCA 2CWIA 1QSBA 1QUTA 1CU5A 1ZV5L 4IAPA 1L32A 1OUDA 2HEBA 1CV1A 2O7AA 1LSPA 1C6HA 1GB8A 1L91A 1VDSA 1BWIA 2ZIJA 1C6EA 1XEJA 4PGJB 2NTHA 1HSXA 3LYZA 4N5RA 4NGJA 1T8GA 4RW1A 1D0KA 4I7MA 1OVJA 131LA 1I6SA 1QUHA 1HEWA 1FLWA 5LA5A 4B49A 1L94A 1L61A 1LZ4A 4DD1A 3A96A 4I7QA 4LYZA 1L96A 1CJ9A 1LSFA 1C61A 4TSCA 3GUOA 4CFOA 1LI2A 3QNGA 181LA 1D9UA 4NY5A 4DDAA 1DI3A 1C46A 1GFHA 3NY9A 3FI5A 1L04A 4WOAA 1IP3A 163LA 1L25A 3AW6A 4LGKA 1C45A 1GF7A 1D2YA 1BQLY 2HUBA 2IGCA 4DD7A 3OE6A 1FLQA 1L99A 2CGIA 1L40A 2ZQ4A 4MSTA 3DN3A 3AZ4A 4PRUA 3HUQA 3P66A 2ZNWY 3PBLA 1C6GA 2W1LA 1L29A 103LA 3IWRA 1NF5A 4HSFA 231LA 130LA 1G0MA 3WPKA 2ZQ3A 3T6UA 1IVMA 1B2KA 4XJIA 1IP7A 1BB4A 2RBNA 1GE1A 4ZFPA 5B05A 1L27A 1KIPC 142LA 1LZTA 4BAFA 3WW5A 1CU0A 3SB6A 4GLVA 3RU5A 1BB5A 2RBOA 1C6AA 3C7YA 2Z18A 4J7VA 1IWTA 3GUJA 4W59A 196LA 1LSNA 1IX0A 216LA 5APFA 4NSIA 1W6ZA 5LYZA 1L65A 2MECA 1IOTA 1GFGA 1LZ1A 3A6CY 1ALCA 1NHBA 1OWYA 1JKAA 4KL7A 5L3HA 4I7SA 1YAMA 3AW7A 1XSFA 4GCFA 4GBRB 1DYBA 1LZBA 1L39A 1L03A 183LA 1LJEA 176LA 3HT6A 2HEFA 1FLUA 4N0JA 261LA 2Z12A 1MELL 1L15A 4W94A 1AKIA 1L55A 1RJCB 2YBLA 1GFEA 1L53A 3ODUA 1GXXA 1L80A 2RAYX 1L69A 2RBPA 1YL1X 5A3ZA 3ZEKA 2W1XA 2BQIA 2Z37A 1C69A 5FEKA 3TXDA 1UIBA 1DPWA 4YOPA 4C5FA 1L66A 4MR1A 218LA 1L58A 1JUGA 1LYEA 4QY9A 3CDRA 2RB1X 1SX7A 3DMZA 1SQ2L 3WH1A 160LA 5B07A 3B6LA 5I4YA 1YAQA 1C7PA 219LA 1LHJA 1G1WA 1CV5A 3WU7A 1PQJA 1LMCA 1D6QA 1BB7A 3HT8A 4PJ2C 1DYGA 3IJUA 4PK0A 1LZNA 1GF4A 4RLNA 1LZRA 2B6ZA 1OUHA 110LA 1LHKA 1DKKA 2MEAA 4YXAC 1WVVA 1IR7A 4EPFA 2Z39A 3CT0A 2XJWA 3AGIA 1LHLA 3BKHA 4EMNA 1CU2A 5LVJA 4BADA 1REMA 104LA 206LA 2H9JA 4Z3MA 5FCPA 1OUIA 1YAOA 4U3XB 3FE0A 4HTKA 145LA 1LSCA 2LYOA 4HJZA 1HELA 7LYZA 1SSWA 247LA 1PQIA 195LA 4WM1A 3EXDA 1CV4A 1LPIA 4XENA 2W1YA 114LA 1IR8A 2HULA 4J0LA 4OWBA 2B6YA 1L93A 2HU1A 4IJ4A 4B4EA 1BHZA 1QS5A 7LZMA 3A8ZA 1L16A 1CKFA 1SWZA 4W53A 5HMVA 1PS5A 3C81A 4IATA 3WU9A 1GF0A 4WL6A 4DQ7A 3LYMA 3LZMA 1LYOA 2AUBA 1G7IC 2CDSA 5KXZA 1PQDA 3D3DA 120LA 3C8QA 1Z55A 2F4GA 1B7RA 1CKGA 4GCCA 3AGHA 1JTNA 1LYIA 3V2YA 2XBSA 3RZEA 5ILFA 189LA 5E9RA 1A2YC 118LA 1DI4A 5B1GA 1L35A 1CV6A 1UC0A 2NWDX 4EOFA 1FN5A 4GN4A 2B6WA 1OQMA 168LA 3HTDA 250LA 1LJNA 4H9AA 1L72A 4XJBA 159LA 1NKHA 2BLYA 4G49A 208LA 217LA 3CDTA 4YM8A 4N8ZA 2N5ZA 4DT3A 1LOZA 2RBSA 4MCKA 4NGWA 2DQDY 3WVXA 1MLCE 2PC2A 4NGLA 3GUMA 1YAPA 3P64A 1CKDA 4LYOA 1KNIA 5I4WA 2BQEA 3A3QA 3LN2A 2LZTA 1OV7A 5F9UA 1AT5A 1GB7A 1ZWNA 5L9JA 184LA 2BQJA 3B0IA 3G3XA 4NGOA 3CSQA 1UBZA 1JHLA 1LCNA 5KXSA 1LW9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1UAC Y;  4NWE A;  4EKP A;  4DDC A;  4ETA A;  258L A;  1L20 A;  2Q9E A;  3GXR A;  4AXT A;  8LYZ A;  1HEN A;  1UIG A;  1EL1 A;  1CKH A;  6LYT A;  2D91 A;  1GWD A;  1G7H C;  1LTM A;  2BQD A;  5KXP A;  158L A;  107L A;  5KXX A;  2NTG A;  2IFF Y;  146L A;  3HH5 A;  1JKB A;  4ARJ A;  1FBI X;  3C7W A;  3LHM A;  170L A;  1IOC A;  5E4P A;  4N1C C;  1PQK A;  4TTD A;  1JTO L;  1K28 A;  225L A;  1GDW A;  1GEV A;  1GE0 A;  1C6Q A;  1OUA A;  3FA0 A;  1QTH A;  4NSJ A;  1NWG A;  3MGW A;  1L44 A;  1YAN A;  1QT7 A;  1F6S A;  2IHL A;  1L98 A;  1GE2 A;  1L48 A;  248L A;  1B7S A;  1LZ9 A;  5LVI A;  1YKY X;  1I1Z A;  1C63 A;  211L A;  1B5Y A;  1TDY A;  1IP1 A;  1C60 A;  1LKR A;  1WTN A;  1VDQ A;  144L A;  1L0K A;  1LZS A;  1ZVY B;  227L A;  2YDG A;  4TWS A;  1T8A A;  1IWV A;  4DQJ A;  1GBO A;  1GD6 A;  182L A;  246L A;  2HTX A;  2RB2 X;  5B06 A;  4H9B A;  3AB6 A;  5APC A;  2CWI A;  1QSB A;  1QUT A;  1CU5 A;  1ZV5 L;  4IAP A;  1L32 A;  1OUD A;  2HEB A;  1CV1 A;  2O7A A;  1LSP A;  1C6H A;  1GB8 A;  1L91 A;  1VDS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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