2RBOA

2-nitrothiophene in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rboA00
1C61A 4I7NA 2O79A 142LA 1T8FA 1P3NA 2L78A 2ANXA 1PQMA 1K28A 3DN3A 1L38A 1L75A 1KS3A 1C66A 211LA 4EJ4A 1L10A 1C64A 3C7YA 112LA 3DN2A 1C6NA 3C7WA 102LA 4I7SA 1L86A 1G0QA 1JTMA 1SSYA 143LA 1L69A 1L46A 2F2QA 1L14A 1L22A 1P6YA 183LA 2HUMA 1C6LA 1D3MA 1CV4A 2O4WA 1L94A 1L15A 2RBSA 1DYFA 1C6IA 169LA 1L49A 1L96A 2B70A 2F32A 1QS9A 1C68A 4LDEA 1QTBA 1CV6A 3F8VA 1C60A 4GBRB 1P5CA 1L71A 129LA 1L33A 3HH3A 1L90A 1LI6A 3DKEX 1L06A 1L92A 2B72A 1D2YA 1C6BA 164LA 1SX7A 1QT8A 148LE 185LA 2B6TA 2Q9DA 1L08A 2OTZX 4ARQA 1C6AA 1QUGA 221LA 2LC9A 1CU6A 4S0WA 1L56A 1KW5A 3JR6A 3DN6A 262LA 1SX2A 1G1VA 1B6IA 1L24A 1CTWA 1L53A 1L04A 243LA 4W51A 4DJHA 254LA 115LA 3V2YA 2HULA 2RB1X 235LA 3VW7A 1D3JA 156LA 1DYCA 222LA 3C80A 4W55A 120LA 189LA 4ARPA 2NTGA 155LA 1PQKA 1OVHA 1C6QA 1CV1A 1G06A 1XJUA 140LA 1L84A 1L80A 1DYGA 3HTGA 4GRVA 1L88A 3GULA 1L99A 3HH5A 172LA 1XEPA 2HUKA 2OU9A 1P2RA 7LZMA 3NY8A 182LA 4W58A 3C8QA 1OYUA 1L01A 147LA 3FADA 3HTDA 3HTBA 215LA 4ARMA 1CU3A 226LA 1G0GA 234LA 1LLHA 1P56A 2B6YA 2QARC 1QTHA 1LPYA 1D9WA 195LA 3GUIA 4I7OA 2RAYX 128LA 4W56A 1C6EA 1L43A 212LA 3G3XA 152LA 1DYBA 258LA 4I7PA 2LZMA 252LA 2OEAX 1L31A 4EPIA 3DMXA 3NYAA 1L48A 1XJTA 4DKLA 246LA 166LA 5I14A 2OTYX 167LA 1L17A 2RBNA 1L05A 4E97A 1L36A 3GUJA 1CX7A 191LA 4I7QA 3EMLA 3SBBC 1PQDA 2A4TA 196LA 4ARJA 1CVKA 1OVKA 4AQNA 130LA 1L21A 4EKQA 1L61A 229LA 214LA 3HTFA 1L50A 3HDFA 3SB7A 197LA 2B74A 113LA 174LA 1EPYA 1SWZA 1QSQA 4I7MA 201LA 146LA 1QUDA 4PJZA 1CUPA 1QTDA 232LA 187LA 1L72A 248LA 1D3NA 1G0MA 3G3VA 138LA 3C8SA 1L41A 219LA 1QT4A 1L64A 3D4SA 1ZURA 4K5YA 1L87A 1L02A 1ZWNA 1L30A 230LA 110LA 1LW9A 127LA 1C6PA 3OE6A 160LA 1L65A 1LI3A 2CUUA 3C8RA 1L00A 1L47A 257LA 1T97A 1LYJA 2RBPA 176LA 1L16A 139LA 1LGXA 1T8GA 1ZYTA 4W52A 2QB0B 3UONA 4IAPA 3SB8A 4YX7C 1DYAA 250LA 239LA 1I6SA 2B6ZA 4PK0A 1L03A 2LCBA 220LA 1L70A 1L66A 2RB0X 2IGCA 4ARQB 1LWGA 1C6GA 200LA 206LA 181LA 3G3WA 1QTVA 240LA 4ZPUA 251LA 1L32A 217LA 3DMVA 1L58A 2B7XA 4W57A 3K2RA 1C6HA 1L26A 109LA 1L25A 1L93A 177LA 1OV7A 218LA 2B6XA 3FA0A 3GUMA 3HT7A 103LA 1P64A 151LA 1G1WA 1G0LA 2OE9X 4YXCA 1L81A 3GUKA 3HU9A 159LA 261LA 163LA 1L85A 1C63A 1L97A 137LA 247LA 1LYHA 111LA 3SB6A 1TLAA 190LA 1L12A 125LA 3CDRA 1LI2A 1CU5A 1L45A 171LA 1L54A 1QSBA 157LA 3HH6A 3DN1A 144LA 3OE0A 2B73A 1PQOA 3HDEA 1P2LA 1C6JA 216LA 3L64A 3SN6R 4ARMB 4ARLA 1C69A 1PQJA 198LA 1QT3A 1L27A 260LA 4EKRA 3NY9A 3FI5A 186LA 3SB5A 6LZMA 3DNAA 1CV3A 1PQIA 3HT9A 249LA 1L28A 1QUOA 1C6CA 122LA 1L18A 1L68A 1OWZA 1LWKA 4EKSA 1L19A 1CX6A 168LA 244LA 5LZMA 3RZEA 180LA 1L13A 1L35A 1L79A 1L42A 3CDOA 192LA 1OV5A 3HUQA 2RH1A 1L62A 1C6KA 1JTNA 3CDVA 1P36A 3DN4A 4DAJA 3OE8A 2RAZX 107LA 4EKPA 1QS5A 1L89A 2B6WA 2OU0X 1L73A 1NHBA 1L11A 210LA 3GUOA 3QAKA 3OE9A 1L52A 3RUNA 2RBOA 3HH4A 161LA 1DYDA 1C6FA 4I7TA 1QUHA 241LA 1G0KA 1LGWA 245LA 1C6TA 3HT8A 126LA 3SBAA 1KW7A 2Q9EA 1L67A 2RB2X 3GUPA 1L95A 1QT5A 2OE7X 1L98A 238LA 3HU8A 1C6DA 225LA 1D3FA 1KY0A 1L23A 119LA 3L2XA 1L59A 1LYIA 1G07A 3PDSA 4I7KA 233LA 3ODUA 2RBRA 4EXMA 3C81A 2OE4X 1LYFA 4I7JA 1SWYA 3DN0A 3C83A 158LA 3V2WA 1OWYA 1QT6A 1L07A 1L51A 1L34A 1L83A 253LA 173LA 259LA 2RBQA 4OO9A 4LDLA 1T6HA 1C67A 118LA 1C6MA 236LA 1L0KA 1WTHA 1L44A 108LA 1L74A 1P7SA 3CDTA 1C62A 237LA 150LA 1KY1A 3LZMA 224LA 227LA 2F47A 4W59A 3C7ZA 1CU0A 1JQUA 1L91A 1L37A 205LA 4I7LA 4YXAC 178LA 1L29A 2NTHA 1LGUA 1L60A 3F9LA 4W53A 1L57A 3C82A 1LYDA 1QTZA 3SB9A 1L77A 2O7AA 1L55A 1L40A 4LZMA 2ANVA 3PBLA 1QT7A 104LA 1KNIA 149LA 1G0JA 123LA 184LA 162LA 1T8AA 4I7RA 114LA 256LA 228LA 1L39A 213LA 1L82A 3HUKA 223LA 1CV5A 1DYEA 199LA 170LA 1LYGA 2B75A 1L63A 3DN8A 2OU8A 1LYEA 1CUQA 131LA 145LA 1OVJA 1P37A 188LA 1CU2A 2Z6BA 3HUAA 4EPFA 175LA 1QTCA 4LDOA 1L0JA 1L09A 3CDQA 1D2WA 1G0PA 3GUNA 1SSWA 141LA 3HT6A 165LA 4W54A 209LA 255LA 242LA 231LA 1L20A 1CV0A 3HWLA 1P46A 1C65A 3DMZA 1L76A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4X3BA 3W6EA 1GEZA 1YAQA 3DN3A 4GCEA 1C66A 5IHGA 3P68A 4M4OA 112LA 1IWUA 3C7WA 102LA 1LZTA 1GFUA 4I7SA 4TSCA 4NGIA 4NWEA 1SSYA 1GB0A 1L69A 2A7FA 3MGWA 2MEDA 3W3EA 3ATNA 5IELA 1LZ1A 183LA 2HUMA 4I8SA 1C6LA 1CV4A 1C6IA 1GB9A 169LA 2B70A 2F32A 4XJIA 1GBWA 1B5ZA 4NG8A 1P5CA 4TX7A 1JUGA 1L92A 2RSCA 1D2YA 2EKSC 1LCNA 1LYYA 3WUAA 5FDJA 4IJ4A 1QSAA 1IP4A 1LSCA 2I6ZA 1L08A 3A92A 4NGOA 1E8LA 3SP3A 1JPOA 1QUGA 4S0WA 1L56A 1LMAA 4OWBA 5LXWA 262LA 4B4EA 1UACY 2F4GA 1L04A 3CB7A 3A6BY 4W51A 4J1BA 2HULA 2YSSC 1GPQC 4NGYA 4W55A 3ZVQA 120LA 1IY3A 4DQ5A 1QTEA 2NTGA 4L41A 155LA 4ETDA 1OVHA 4NHIA 5DN4A 4WO6A 3HTGA 1L88A 3HH5A 1GEVA 3TMWA 172LA 1HEQA 1LSEA 2HUKA 4GN4A 1QUSA 1DXJA 1L01A 1IWZA 4H8YA 5LA8A 3HTDA 1GFEA 1WTNA 1QDTA 1BB6A 215LA 4ARMA 1I1ZA 2G4QA 4DDBA 1GDXA 2FBBA 1YANA 2BLXA 1LPYA 4I7OA 4W56A 1LHIA 3G3XA 1LTMA 152LA 3CSZA 2OEAX 2MEBA 1YKYX 166LA 1G7IC 1C46A 5I14A 1GE3A 4W96A 4RLMA 4C5FA 1AM7A 130LA 2YVBA 229LA 5LAGA 197LA 1L50A 1CJ9A 1C10A 1CUPA 7LYZA 5J7CA 3IWRA 2D91A 1F0WA 1OUAA 3BKHA 4AGAA 1CKDA 1GAYA 1L64A 1G7JC 5L9JA 2BQBA 1FN5A 4N1EI 127LA 1PZYA 3C8RA 3AJNA 5KXSA 3A34A 1B5XA 4B1AA 176LA 1L16A 139LA 1T8GA 3FI7A 1LSZA 4NSJA 1GFHA 2DQCY 5I5QA 1LMTA 4IAPA 3SB8A 4YX7C 239LA 4WM4A 135LA 4HTKA 1FLWA 1IVMA 4PK0A 2B5ZA 4TTDA 1VDQA 220LA 1BHZA 1L66A 2HEEA 2IGCA 4N5RA 1UIEA 1RE2A 200LA 4H90A 206LA 4TUNA 4G4BA 2ZNWY 3A96A 4W57A 4ZIXA 3K2RA 109LA 1L93A 1LHLA 2BQMA 5F81A 177LA 1OV7A 3FA0A 1NKHA 103LA 1LPIA 2OE9X 1J1XY 4O34A 4TSBA 159LA 261LA 3WUNA 2BQFA 4ET8A 5KKIA 2I25L 1L85A 2ZIJA 2AUBA 1L97A 2HEAA 5F9UA 1H87A 247LA 4GCBA 3WMKA 1LYHA 5B05A 3CDRA 4E3UA 1HELA 3A6CY 1L45A 5APFA 4DD1A 1D0KA 2B73A 1PQOA 3HDEA 1P2LA 260LA 1L27A 4HPEA 1LSGA 1IO5A 3WPLA 4EMNA 186LA 1CJ6A 5L3HA 249LA 1L18A 5KXPA 168LA 5LZMA 5KXKA 3LZTA 1C08C 1GFRA 3HFMY 3CDOA 1OV5A 3P4ZA 1LAAA 1C6KA 1LJFA 3CDVA 3OE8A 107LA 1VDSA 4H93A 3AZ7A 1MLCE 1F6RA 3J4GA 4NSHA 1C45A 3EXDA 1NHBA 210LA 1ZMYL 1GB7A 2IFFY 161LA 4LT1A 1C6FA 1G0KA 245LA 1DPWA 1GBXA 3WU8A 1IWXA 4RW1A 3HT8A 1HSXA 3QY4A 1LYOA 3N9EA 194LA 3GUPA 1L95A 2IHLA 4PHIA 3HU8A 2BQOA 4KL7A 3L2XA 1G07A 3PDSA 233LA 3ODUA 1B7NA 2RBRA 4H8ZA 3TMVA 1W08A 2OE4X 1LYFA 2HU1A 4I7JA 158LA 1GB6A 1OWYA 4GLVA 154LA 4PJ2C 1HEMA 1IWVA 1LJNA 253LA 259LA 4LDLA 4NIJA 4LYZA 1C6MA 2BPUA 1L44A 3TMXA 2XJWA 1NDMC 108LA 1D9UA 2ZQ4A 1LMQA 1KY1A 3LZMA 5AMYA 224LA 3W6FA 5B07A 1KXYA 5FELA 4I7LA 1JJ0A 4NGJA 1LZDA 3WVYA 3C82A 1LYDA 1XGUC 2DQHY 2W1LA 5C6JA 1VEDA 1G0JA 1LZCA 2BQNA 2XBSA 114LA 228LA 213LA 1CV5A 1DYEA 3AB6A 199LA 170LA 4N8ZA 2OU8A 5KXOA 1CUQA 131LA 1YKXX 1UIDA 1P37A 2Z6BA 3HUAA 175LA 1IP6A 1QTCA 5LA5A 1KXWA 2N5ZA 1BQLY 3HBEX 1LHHA 141LA 1GF4A 255LA 242LA 1B5UA 1LMOA 5LYMA 2ZYCA 1N4FA 1P3NA 1T8FA 4A7DA 4RW2A 2ANXA 4H9AA 153LA 1EL1A 1L75A 2XTHA 4NHPA 1KS3A 4RDSA 4EJ4A 4OWEA 1L10A 4Z41A 1BB3A 1C7PA 1GF0A 2DQEY 3C7YA 2DKVA 2YBIA 1G0QA 1DQJC 1L46A 3EO5A 1LJ4A 4LT0A 1YAOA 1L14A 5APCA 1REXA 1GFKA 2Z12A 5I4WA 1OUBA 3VWOA 1G7HC 2RBSA 1DYFA 1QS9A 1C68A 4N1CC 5HMJA 1XGQC 1DPXA 4LDEA 3F8VA 1C60A 129LA 1L33A 3HH3A 5F16A 1L90A 1JHLA 2Z2FA 1L06A 2B72A 1QSWA 1C6BA 4GCCA 3WYHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4X3B A;  3W6E A;  1GEZ A;  1YAQ A;  3DN3 A;  4GCE A;  1C66 A;  5IHG A;  3P68 A;  4M4O A;  112L A;  1IWU A;  3C7W A;  102L A;  1LZT A;  1GFU A;  4I7S A;  4TSC A;  4NGI A;  4NWE A;  1SSY A;  1GB0 A;  1L69 A;  2A7F A;  3MGW A;  2MED A;  3W3E A;  3ATN A;  5IEL A;  1LZ1 A;  183L A;  2HUM A;  4I8S A;  1C6L A;  1CV4 A;  1C6I A;  1GB9 A;  169L A;  2B70 A;  2F32 A;  4XJI A;  1GBW A;  1B5Z A;  4NG8 A;  1P5C A;  4TX7 A;  1JUG A;  1L92 A;  2RSC A;  1D2Y A;  2EKS C;  1LCN A;  1LYY A;  3WUA A;  5FDJ A;  4IJ4 A;  1QSA A;  1IP4 A;  1LSC A;  2I6Z A;  1L08 A;  3A92 A;  4NGO A;  1E8L A;  3SP3 A;  1JPO A;  1QUG A;  4S0W A;  1L56 A;  1LMA A;  4OWB A;  5LXW A;  262L A;  4B4E A;  1UAC Y;  2F4G A;  1L04 A;  3CB7 A;  3A6B Y;  4W51 A;  4J1B A;  2HUL A;  2YSS C;  1GPQ C;  4NGY A;  4W55 A;  3ZVQ A;  120L A;  1IY3 A;  4DQ5 A;  1QTE A;  2NTG A;  4L41 A;  155L A;  4ETD A;  1OVH A;  4NHI A;  5DN4 A;  4WO6 A;  3HTG A;  1L88 A;  3HH5 A;  1GEV A;  3TMW A;  172L A;  1HEQ A;  1LSE A;  2HUK A;  4GN4 A;  1QUS A;  1DXJ A;  1L01 A; 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