2RBRA

2-phenoxyethanol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rbrA00
174LA 2QB0B 3SN6R 192LA 1L57A 3DMVA 2B6WA 3OE0A 2B70A 4YX7C 1L15A 245LA 4LDLA 231LA 2OU8A 1G07A 4I7QA 1C6NA 4AQNA 1L73A 1CV5A 247LA 1L89A 1ZYTA 262LA 120LA 3NYAA 4S0WA 3F8VA 1L14A 3F9LA 225LA 1QS9A 2O7AA 1D9WA 251LA 1C6AA 4LDEA 1LYGA 2IGCA 1L85A 1L34A 1C65A 1T8FA 157LA 165LA 1L36A 4GRVA 6LZMA 3C81A 1L02A 1G0QA 3DN6A 238LA 150LA 3GUPA 1CV0A 4ARJA 2B74A 1L30A 3HU8A 131LA 1QSQA 143LA 1CVKA 2Q9DA 1C6BA 1G0KA 1OYUA 2Z6BA 1L39A 3DMZA 1L44A 3G3XA 2RBPA 1L06A 147LA 1L52A 1C62A 3JR6A 3CDQA 5I14A 1L88A 1L47A 7LZMA 190LA 222LA 1L31A 1QTBA 177LA 1JTMA 1K28A 4E97A 1T8AA 4GBRB 1SX2A 1CU6A 1P6YA 1PQIA 169LA 1SWZA 113LA 2B6TA 1LW9A 1C67A 1L56A 127LA 1L01A 1L46A 2A4TA 2B6XA 2OE7X 4EKQA 1QUHA 1L63A 223LA 4I7MA 4ARMA 170LA 1L33A 1C6IA 219LA 1XJUA 2RB2X 1ZWNA 1CU0A 3HT6A 4I7KA 1G0MA 1QUDA 4W53A 159LA 1KW7A 1QT6A 4PJZA 1SWYA 1C6HA 2B6ZA 1L37A 4DKLA 108LA 3DN8A 1C6CA 1L38A 3SB7A 3SB9A 1DYFA 257LA 144LA 3HUKA 2LC9A 1P7SA 1PQDA 119LA 1L26A 237LA 3DNAA 4EKPA 2NTGA 253LA 1QT8A 1L70A 213LA 114LA 3FADA 1QUGA 3C7YA 1P56A 1L72A 206LA 2ANVA 3GUIA 1L77A 1KY0A 1KS3A 205LA 3D4SA 3RUNA 1L79A 4W54A 141LA 3EMLA 1G0LA 3LZMA 1CU3A 3HH5A 1EPYA 2RBRA 3HDEA 1C6GA 2OU0X 224LA 2B72A 1DYGA 235LA 1L40A 1L65A 1L50A 1L11A 3G3WA 1L43A 103LA 212LA 3SB8A 1L92A 166LA 1C64A 1C60A 1D3JA 3C8SA 1D3MA 1WTHA 1C6LA 220LA 1PQJA 2B7XA 1L16A 2RH1A 4W58A 1L22A 4ARMB 2O4WA 1L10A 162LA 2OEAX 186LA 1L48A 195LA 3HUAA 1L09A 1CU5A 4I7TA 1I6SA 1L27A 2HULA 3HT9A 2LCBA 4EJ4A 4OO9A 2CUUA 1L66A 1C69A 1L84A 1LGWA 138LA 1P36A 4ARLA 1CX6A 3HDFA 1L94A 1C6MA 1D2YA 191LA 1QTCA 1TLAA 4ZPUA 1C6DA 1L23A 2Q9EA 3HH3A 1L42A 1LGUA 1L55A 1L28A 1L86A 104LA 2RAYX 1L58A 2OE4X 1L24A 1G0GA 1CV4A 226LA 3HTGA 241LA 3SB6A 1OV5A 1DYEA 1C6TA 4I7PA 3DKEX 1DYCA 4I7NA 4YXCA 3C83A 261LA 3QAKA 149LA 2RBOA 4EPFA 110LA 187LA 176LA 3OE9A 1L54A 1CV1A 178LA 175LA 181LA 1L18A 1L41A 1L96A 1XJTA 1P64A 115LA 1C61A 1L82A 1L98A 4EKSA 1L12A 152LA 112LA 2L78A 210LA 2NTHA 2QARC 252LA 1L81A 2HUMA 184LA 221LA 3C80A 151LA 3SB5A 1L35A 3UONA 3OE6A 1JTNA 242LA 1D3FA 1LPYA 236LA 2LZMA 1L17A 1L90A 1C6EA 171LA 1L76A 2OTZX 3HTBA 126LA 1L0JA 3PBLA 1L93A 3C8QA 3L64A 4LZMA 196LA 1LI3A 107LA 2O79A 185LA 234LA 1L49A 1L00A 4W52A 3GUOA 215LA 4DJHA 1C6QA 3NY8A 244LA 1L32A 3FI5A 3HT7A 1L67A 3FA0A 1C6KA 1L08A 4EXMA 230LA 3ODUA 3HTDA 1CV3A 5LZMA 1KW5A 3RZEA 2RBNA 1L80A 1L21A 1L20A 1LYDA 4IAPA 148LE 139LA 1L59A 1QT4A 3GUNA 2F47A 3GUMA 3OE8A 1QT7A 1L99A 1CV6A 1G0JA 3HT8A 228LA 146LA 1C68A 1L75A 201LA 1L60A 3SBBC 182LA 189LA 1C6JA 4W57A 1C66A 1G1WA 1QTHA 233LA 130LA 163LA 4ARQA 1L91A 1KY1A 145LA 1L05A 1CUPA 1L07A 2ANXA 2B75A 4I7LA 1CTWA 1PQMA 2RBQA 217LA 1G0PA 1G1VA 1L68A 4I7SA 2F32A 111LA 1L29A 1LWGA 1P37A 2B73A 1L03A 1LYFA 3C7WA 3C82A 3K2RA 218LA 3HWLA 214LA 1L51A 3G3VA 1P5CA 1JQUA 1L97A 164LA 3GUKA 3DN1A 160LA 1L25A 125LA 1NHBA 4I7JA 3HUQA 211LA 123LA 3CDTA 1LWKA 1SSWA 1L71A 1D2WA 198LA 1L45A 173LA 1G06A 180LA 239LA 209LA 3GULA 2RAZX 2OE9X 129LA 2OU9A 232LA 1L0KA 3GUJA 1LI2A 4YXAC 1KNIA 140LA 1L69A 1L53A 1LYIA 1SSYA 1XEPA 4W55A 1OVKA 1LLHA 1CU2A 3DMXA 1L13A 109LA 1PQKA 4I7OA 142LA 1DYDA 3DN3A 188LA 3C7ZA 1PQOA 161LA 1LYJA 1L64A 158LA 246LA 122LA 258LA 118LA 1P3NA 1QUOA 3L2XA 1LI6A 1L95A 4K5YA 4ARQB 2RBSA 3HTFA 1QTZA 1QT5A 3HU9A 255LA 3DN4A 243LA 2RB0X 1LGXA 2HUKA 128LA 137LA 259LA 183LA 4DAJA 1OWYA 4LDOA 1L61A 3C8RA 249LA 1QTDA 260LA 168LA 216LA 1ZURA 3HH6A 2F2QA 199LA 4W51A 1P2RA 1T8GA 1T6HA 1CX7A 1OV7A 1P2LA 1QS5A 1QTVA 3CDOA 172LA 3DN0A 1L83A 4I7RA 1T97A 1L62A 1OVJA 3VW7A 4ARPA 3CDVA 1C6FA 4W56A 256LA 1OWZA 1LYHA 2OTYX 167LA 2RB1X 3CDRA 1CUQA 4W59A 4EPIA 1QT3A 1L74A 3HH4A 1B6IA 3V2WA 1DYAA 240LA 1DYBA 248LA 227LA 1SX7A 1C6PA 1L04A 254LA 3V2YA 155LA 250LA 1P46A 1L19A 1C63A 229LA 197LA 102LA 1D3NA 1QSBA 3DN2A 1OVHA 156LA 3PDSA 1LYEA 200LA 1L87A 2B6YA 4PK0A 4EKRA 3SBAA 3NY9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HEAA 192LA 3DMVA 1IP5A 5KXSA 3OE0A 2OU8A 1G07A 1QTEA 1ZYTA 4NHSA 120LA 4LYOA 3F8VA 1L14A 1LJHA 1VEDA 225LA 4FJRA 5IDDA 251LA 3B0OA 4H93A 1IOCA 1C6AA 2YDGA 4LDEA 1VDPA 4ANRA 2XJWA 1C65A 2MEEA 165LA 2YBHA 1L02A 1G0QA 2CGIA 1QQYA 1GFKA 2PC2A 3WPKA 2DQDY 1GXV2 1LJNA 1L30A 5APDA 4YOPA 1CVKA 3A90A 5IELA 1C6BA 4LT3A 1JEFA 2Z6BA 1L44A 4G4CA 2RBPA 1L06A 1H87A 147LA 3AJNA 5KXOA 2CWIA 1NBZC 4H1PA 4YM8A 5F14A 1LHJA 177LA 3EMSA 1JUGA 1HENA 1A2YC 5LVKA 1DKKA 1D6PA 1LCNA 1IEEA 1JTPL 3TXKA 1XSFA 1LJ4A 1LMPA 1IP4A 1QUHA 4I7MA 1DI4A 170LA 3P4ZA 1XJUA 1CU0A 2MEGA 4NHQA 3LYTA 159LA 1DXJA 1GFHA 1SWYA 4IATA 4DD0A 2B6ZA 3AYQA 1L37A 3M3UA 1C6CA 1L38A 3TMXA 4UWNA 1GBYA 1DYFA 5KXMA 3HUKA 135LA 119LA 1L26A 3A95A 4WM2A 4WOAA 4EKPA 253LA 3AGIA 1QUGA 1ZV5L 4IJ4A 2ANVA 4OWBA 1HFZA 4DDBA 4LYBA 1OUHA 1IY3A 2I6ZA 2W1MA 1IOQA 1CU3A 1UIGA 1LZBA 1J1XY 1NMMA 3HH5A 4BAPA 3HDEA 1REZA 3TXDA 5KXRA 1DYGA 1YIKA 1L65A 2F30A 4H94A 4G9SA 1DQJC 3CT5A 2BQNA 2WARA 1C60A 5LVJA 4P2EA 4EMNA 2LHMA 1GF3A 2RH1A 1YANA 2O4WA 4ARMB 3ZEKA 4WM3A 2EIZC 195LA 2Z2FA 1LYYA 1UIBA 1YAQA 4I7TA 2LCBA 3EXDA 1OUIA 2DQAA 1YQVY 3CQLA 138LA 1CJ9A 1W6ZA 1MLCE 1QTCA 1RCMA 4LYCA 4HTKA 1C6DA 1FLYA 2CJLA 2BQIA 1G7HC 1L28A 1L86A 1HF4A 1GEVA 4ET8A 1G0GA 1CV4A 2LYOA 4U3XB 5FDJA 1C6TA 3DKEX 1DYCA 1LJIA 4I7NA 1QSWA 1GFJA 261LA 3QAKA 3WYHA 187LA 4H9FA 4N5RA 1IP1A 178LA 5KXKA 1G7JC 2Z19A 115LA 1L82A 1L98A 2L78A 3WUAA 2DQIY 252LA 1D6QA 1HFXA 4RLNA 1DPWA 1JTNA 242LA 4PRUA 1LPYA 1LHLA 2LZMA 1L17A 1C6EA 6LYZA 1D0KA 1REYA 3PBLA 3L64A 1ZVHL 5A3ZA 5L3HA 4LZMA 1YKZX 3AB6A 234LA 1LZTA 4ZFPA 4GLAA 1LKRA 2Q0MX 3HBDA 4DJHA 5FSTA 1UIHA 2RSCA 3FA0A 1C6KA 4LGKA 1L08A 2DQCY 5KXZA 1BB4A 230LA 4ET9A 2B5ZA 3HTDA 2YSSC 1KW5A 1JKAA 2EQLA 4NG1A 3TXBA 3OE8A 4YEMA 4WM4A 228LA 3WW5A 146LA 1L75A 201LA 3SBBC 5IHGA 189LA 233LA 3WVXA 3WH1A 1KY1A 2B75A 1B7OA 2F4GA 4WM5A 1XGRC 1LZCA 1G0PA 1L29A 1I20A 1LWGA 1MELL 2B73A 1L03A 3WXUA 4C3WA 3WU8A 218LA 1GF4A 4NGVA 3QE8A 1L51A 4NGOA 1P5CA 1L97A 4XENA 3GUKA 3KAMA 2DQGY 4H9HA 1I56A 1GEZA 1UC0A 1GFVA 4TSBA 3HUQA 1PZYA 1UUZC 3HBEX 123LA 4CJ2A 4J7VA 4WG1A 4NY5A 1L45A 4H9CA 4DQ7A 1IWYA 5LINA 1JKCA 5KY1A 232LA 4YXAC 1JJ3A 140LA 1FBIX 1LTMA 4TWSA 4W55A 1OUFA 4I7OA 1BGIA 3C7ZA 1LYJA 4D9ZA 2FBBA 1HMKA 1WVUA 5C6IA 258LA 1QUOA 1P3NA 5I5QA 1LI6A 2C8OA 1L95A 3A8ZA 5L9JA 4ARQB 4HJYA 4KPMA 4NGJA 1QT5A 3W6AA 2ZIKA 3DN4A 3WU9A 2LYMA 2ZQ3A 128LA 183LA 1OWYA 4LDOA 5J7CA 1ZURA 4RW1A 3P68A 1JPOA 1JIYA 3CSZA 4W51A 1T6HA 1GF7A 4BS7A 3IWRA 1QS5A 4XJFA 4I7RA 3ATNA 1IP2A 3OJPA 3VW7A 1C6FA 3WU7A 256LA 4OW1A 2XBSA 3GXRA 1LYHA 1YKXX 1F6SA 1CUQA 4W59A 4EPIA 3V2WA 1L74A 2FYDA 3A93A 1SX7A 3CT1A 1B7RA 1GB0A 1DPXA 1LSFA 2D4IA 102LA 4H91A 1QSBA 156LA 200LA 1O23A 4PK0A 1LHMA 3SN6R 1LJGA 3WMKA 4NHIA 4YX7C 2B70A 1GBSA 245LA 1IWXA 4XJDA 4M4OA 1C6NA 247LA 1L89A 262LA 3W6DA 1VATA 2XQOA 3NYAA 4G49A 1LMQA 3EBAB 4S0WA 1QS9A 3W6BA 1LMNA 5D5FA 1LYGA 5B06A 1GBWA 1LKSA 4CFOA 1L85A 1L34A 1GFAA 4Z98A 4GRVA 134LA 3DN6A 150LA 3GUPA 4H9AA 2MEHA 3HU8A 143LA 2Q9DA 1IC4Y 3W6EA 3LYMA 2DQEY 5DN4A 3JR6A 1B5WA 5I14A 2W1XA 4NSHA 7LZMA 5LXWA 5L3IA 1JTMA 5KKJA 1OUCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HEA A;  192L A;  3DMV A;  1IP5 A;  5KXS A;  3OE0 A;  2OU8 A;  1G07 A;  1QTE A;  1ZYT A;  4NHS A;  120L A;  4LYO A;  3F8V A;  1L14 A;  1LJH A;  1VED A;  225L A;  4FJR A;  5IDD A;  251L A;  3B0O A;  4H93 A;  1IOC A;  1C6A A;  2YDG A;  4LDE A;  1VDP A;  4ANR A;  2XJW A;  1C65 A;  2MEE A;  165L A;  2YBH A;  1L02 A;  1G0Q A;  2CGI A;  1QQY A;  1GFK A;  2PC2 A;  3WPK A;  2DQD Y;  1GXV 2;  1LJN A;  1L30 A;  5APD A;  4YOP A;  1CVK A;  3A90 A;  5IEL A;  1C6B A;  4LT3 A;  1JEF A;  2Z6B A;  1L44 A;  4G4C A;  2RBP A;  1L06 A;  1H87 A;  147L A;  3AJN A;  5KXO A;  2CWI A;  1NBZ C;  4H1P A;  4YM8 A;  5F14 A;  1LHJ A;  177L A;  3EMS A;  1JUG A;  1HEN A;  1A2Y C;  5LVK A;  1DKK A;  1D6P A;  1LCN A;  1IEE A;  1JTP L;  3TXK A;  1XSF A;  1LJ4 A;  1LMP A;  1IP4 A;  1QUH A;  4I7M A;  1DI4 A;  170L A;  3P4Z A;  1XJU A;  1CU0 A;  2MEG A;  4NHQ A;  3LYT A;  159L A;  1DXJ A;  1GFH A;  1SWY A;  4IAT A;  4DD0 A;  2B6Z A;  3AYQ A;  1L37 A;  3M3U A;  1C6C A;  1L38 A;  3TMX A;  4UWN A;  1GBY A;  1DYF A;  5KXM A;  3HUK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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