2RCBA

Crystal structure of the nr3b ligand binding core complex with d-serine at 1.62 angstrom resolution
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
282
structure length
282
Chain Sequence
RPKLRVVTLVEHPFVFTRESDEDGQCPAGQLCLDPGTNDSARLDALFAALVNGSVPRTLRRCCYGYCIDLLERLAEDLAFDFELYIVGDGKYGALRDGRWTGLVGDLLAGRAHMAVTSFSINSARSQVVDFTSPFFSTSLGIMVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVWESSAEAYIKASFPEMHAHMRRHSAPTTPHGVAMLTSDPPKLNAFIMDKSLLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPQNSPLTSNLSEFISRYKSSGFIDLLHDKWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B
total genus 96
structure length 282
sequence length 282
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcbA02
1B5JA 1RYXA 5AA2D 3C33A 5EHMA 1UTHB 4GOTA 2OLBA 2V3UA 1QULA 1JEUA 1P1UA 2ZNUA 3FVGA 2PX1A 5AA1A 4OYVA 2DSFA 3CG3A 4LZ5A 1VE4A 2REJA 2R6GE 2F34A 1FTJA 1XVXA 4F22A 4O3BA 2NVUB 3UIFA 4KFQA 1J1NA 1MPDA 2GHAA 1USYH 3HN0A 5LOMA 3HHGA 1IUDA 4NF5B 4WKMA 4XKNA 5K2XA 3BFTA 3KG2A 4ZECA 1H45A 4IO4A 1MPBA 1ZMGA 3IK6B 3FXQA 2OK2A 2DYXA 3IOWA 3RN8A 3THIA 4G68B 4OFLA 2XHDA 4BDLA 2QJEA 3LR1A 1P1WA 1HSJA 3TQWA 2RCBA 4C1TA 4F1YA 1MXXA 1GVCA 2ALUA 1I6QA 2HCAA 1B46A 1M5FA 4HCYA 2GHBA 4R75A 2Q88A 2F7AA 3SEWA 3PPPA 4X1DA 3N5LA 3FV2A 3LBSA 4QFPA 3M3LA 3VXBA 1B32A 3GXAA 4H8JA 4R6KA 2DWJA 1T0KA 4HCWA 4PETA 4QFNA 4KCCA 4OESA 2H9BA 1II5A 3RQTA 2D21A 3ZKLA 1LSTA 1SW2A 3Q25A 4ZEFA 2UXAA 1B05A 4KD5A 1QJMA 1Y3QA 5KDTA 4IB2A 4HW8A 1MH4A 4JWXA 3TCGA 1XS5A 3IX1A 3USDA 1B4HA 2I0BA 3MUQA 1MDQA 1QKBA 2DOJA 4ESWA 3S4UA 3C36A 4IY5A 1TT1A 3DLNA 4O3AA 4LP2B 3N94A 1ZJLA 1MQHA 5JK4A 5DYHA 3QK6A 3DP6A 1GR2A 4FECA 1OVBA 3MJNA 3S9LC 2ESNA 5ICTA 3OSRA 1JVXA 1OVTA 4YB5A 2RC9A 4RNSA 3QXMA 2O6AA 3T9HB 1LFIA 1NFTA 2O68A 2V84A 5HM4B 4Z0IA 1SVXB 4DIGA 4DCXA 3JV9A 4PFYA 4YKPA 2Z22A 3ILUB 4EQBA 4GF8A 2B3BA 1P1QA 1SQYA 2P0SA 1QUIA 3D4GA 3U8QA 2ZYOA 4U4SA 4U1ZA 5I84A 4THIA 3IOVA 3MW0A 1AL3A 3H7MA 3FZVA 3S9MC 2D3IA 1MY4A 1IXHA 5FTHA 4H5FA 2RINA 3QUJA 4QF9A 4JSOA 4IGRA 4Q5TA 2OCUA 2ZXTA 3DP4A 1B9JA 2XD3A 2ZYNA 5HBCA 3G3JA 3IO4A 3A09A 1NL5A 5CMMA 4OERA 4RPOA 3DM0A 5B70A 2G93A 2H4IA 3FUZA 3M8UA 4PFUA 4XXUA 2HZKA 5EHSA 1N3WA 3K00A 3IB0A 1NH7A 1O7TA 4UACA 1YPNA 5A5XA 3D4CA 1MM6A 2D5WA 3B6WA 4R73A 3IJXB 3MPKA 5B7DA 1URDA 4EXKA 3FJGA 3O9PA 5IKBA 3HPIA 3TAJA 1EZOA 4NF4B 4NF8B 3C31A 4NEDA 4MH5A 2VHAA 2Z8FA 2QSXA 2QS1A 4H5GA 4YAHX 4OFOA 3OENA 4JBZA 1QVSA 3O28A 4RY1A 4X9TA 3G7WA 4OFJA 3JYRA 1N7XA 3W9WA 3O6IA 3FVKA 3K6WA 4FIMA 1URGA 5DVFA 2O51A 3IL1B 2ZYKA 2NOOA 5DVIA 1R9LA 3MVZA 5I2KB 4EQ7A 3RUMA 2OZZA 4K3FA 4JWOA 3IJOB 1Y3PA 1XVYA 5I2NB 2Y7PA 2A5TB 5J1DA 5H8FA 3MZ9A 1UTBB 1B2HA 3LUYA 2R71A 4NTLA 1B5IA 2B65A 1BIYA 3ECRA 2PBWA 2Q2CA 1MQDA 5DEXA 1FQBA 3I6VA 1B6HA 5H8SA 3OEKA 1TXFA 1XC1A 3U72A 4I1DA 3O29A 3N26A 4Q0CA 3Q29A 4JWYA 3EHTA 1PB8A 4FAJA 2HEUA 1Y9UA 4PE5B 4N07A 4H1XA 2I3WA 3MP1A 1XOCA 3IO6A 4KR5A 5ISUA 3TFLA 3PUZE 3UGWA 4FE8A 5CRYA 1DPEA 1MQGA 3R26A 5H8NB 1POY1 2I58A 1IZ1A 1MM7A 2DWIA 3TPAA 3TYHA 1OQHA 4ELOA 1MQIA 1B1XA 4ZEKA 3QAXA 2FNCA 1IIWA 5H8HB 4BDOA 2H98A 2I48A 2UYEA 1TFAA 1S50A 2W7YA 1QW0A 1Y1ZA 3G3IA 3UN6A 2FYIA 1MS7A 1IITA 1Z7ME 1A54A 4ELPA 3UK4A 3PD8A 3GBBA 5I59B 3GBAA 4NF4A 2ONRA 4NF8A 4EF2A 1MG1A 3TZAA 5KCJB 2DP8A 4OMBA 5I58B 2XX7A 1MXZA 3IOTA 1PDAA 4Q8RA 3MPLA 3B6TA 2DE4A 1B3FA 3T93B 2QMWA 2F97A 2ZMBA 2UYFA 5I2KA 1OMPA 4PFWA 4BDNA 3VVEA 4YMBA 1Z7NE 4OZ9A 5I2NA 1AMFA 2A5TA 3U1OA 3H6WA 1N7WA 2XXXA 4LA9A 4FEDA 3V5AA 2YJPA 3K4UA 5TP9B 2B3FA 5L9OA 1B58A 2GFEA 4P11A 4F1VA 1MXUA 2V3QA 1Y20A 3MQ9A 2Q9TA 1I69A 1IXCA 4ZEIA 3TTMA 2X7PA 4F2QA 1DPPA 1OLCA 2QRYA 2VP1A 3TTNA 4U22A 5AA3A 1Y3NA 1ATGA 3T9XB 4F1UA 3EF7A 3TODA 1WODA 1GV8A 2M8CA 1EH3A 2PYYA 3OO8A 1Y4CA 2VGQA 4XKPA 2GH9A 1TWYA 4N6PA 4GD5A 3UP9A 1FCKA 1B7ZA 2Y7KA 4ZZAA 2O84X 5ELVA 3ZSFA 3R7XA 2DXYA 1JETA 4YU0A 2I0CA 4NE4A 2AL5A 2F7CA 3HO7A 1POTA 1EU8A 4ZDMA 1H76A 1NH8A 3BKIB 3TKDA 1NNPA 1MDP1 3K01A 2RC7A 2WKYA 1SYHA 1I6AA 3SEXA 4LUBA 5CBSA 3VV5A 1NNTA 3VVDA 5H8HA 3LC8A 2F35A 4X1BA 1MPCA 2THIA 4HS7A 3PU5A 5I56A 3H6VA 1LGBC 1OIBA 1EZ9A 2DXRA 1LCFA 3CFXA 3R6UA 2XXYA 4PQJA 2YPNA 4ONYA 4ZEBA 5I57B 3OOAA 4U1OA 3KN7A 4JSDA 3K0VA 5I58A 2O1MA 2P1SA 1UTHA 1A55A 3M3FA 1VSOA 2XXIA 3CI8A 3FJ7A 3C32A 2HAVA 3RNNA 2NXOA 5H8QB 2UVGA 3EHUA 1RKMA 3MBPA 3A3CA 4Z7EA 4YZZA 3LSXA 1BTJA 3CRBA 3TEPA 3OELA 1LAGE 4KI0E 3ZS6A 1ELJA 4YB7A 2HXWA 1MRPA 5F7VA 3PV0E 5JTYB 4U21A 3KSXA 2HZLA 1DSNA 4NF5A 2HAUA 4R6HA 1O64A 3PUYE 1N3XA 1A8FA 2QS2A 3C35A 2NWJA 1MY0A 3KEIA 4AB6A 3E4RA 3KBRA 3KSJA 3VXCA 5CM6A 3CVGA 3O6GA 3K2DA 1A99A 1FTOA 4YKIA 5DT6A 4NWCA 3FD3A 3FXUA 4G68A 5FHNA 1UIUA 4ZE9A 2Y7WA 2Q8JA 5CMCA 4R2FA 3DELB 2F5XA 3OO7A 4RJZA 3IR1A 4DZ1A 1ZIUA 3EQ1A 3H3GA 4ZEDA 4OHNA 4LONB 4L17A 1FQAA 3MZ1A 4RK2A 3GLBA 3MZBA 5K2YA 3I5OA 4RA1A 1JW4A 1LAXA 3VDFA 2DQVA 3EHSA 4M4GA 3PPRA 3ODBA 2F78A 4TQUQ 4QHQA 4G2ZA 4OTEA 5TU0A 1L5TA 1Y1MA 4DXUA 1B3GA 4E0XA 3U92A 4DCYA 2QPQA 4WEDA 1Q35A 4RPNA 4F29A 3SEYA 1D3KA 3KJTA 5ITOA 2FA7A 1LAHE 3G3KA 3CFLA 4WXJA 2AL4A 2ZNSA 1MXVA 4TOZA 3PMVA 3T22A 4LATA 3KGCA 4M1VA 4OEVA 1AOVA 2ABHA 1AIVA 2QL3A 3BBRA 5CI5A 1NNFA 1JVYA 3HSTA 1HSEA 4NMYA 5IAIA 2F36A 1FQEA 2CZLA 1YTVA 1VFDA 5I57A 3MVWA 4R74A 4Q30B 4AB5A 4ND9A 3T9UA 4ELQA 5BUUA 1VR5A 4F2OA 1LLSA 2VD2A 1QUKA 2LAOA 4JDFA 5CMBA 2E1SA 4H8IA 4OVJA 4ZZEA 4KCDA 1MY2A 1M5BA 2Q89A 2QS3A 4FEBA 5JTYA 3KFMA 3H06B 1UIVA 3L6HA 1PB7A 5AA4B 4WEPA 1LFGA 1IXGA 1QUJA 3G3GA 1B3EA 1FTMA 4G4PA 1PC3A 1M5EA 1N04A 5EYFA 4AQ4A 3G3HA 3JZJA 3O2AA 2ONSA 1B1HA 3H03A 1KWHA 4C0RA 3FATA 3WAEA 4H65A 3A3UA 4ISUA 1A7LA 3IB1A 3O97A 5CMKA 4NWDA 1SW4A 1SI0A 1DTGA 2AYSA 3CSGA 4KPTA 4LZ7A 1FTLA 4ZS9A 1SD3A 2G29A 1LAFE 1D4NA 4OETA 2ANJA 3F11A 1JW1A 4BDMA 3FJMA 2VOZA 3W15C 4KYEA 5M2VA 1SBPA 1ZU0A 4GL0A 4ESXA 4POWA 1DTZA 4I9DA 4ZE8A 1GTKA 4QSEA 4F31B 2Y84A 3CSBA 2H25A 2OBGA 1JNFA 2X7QA 5HPQA 2XXVA 1I6BA 4R72A 5KDTB 3TTRA 3RTWB 2Q2AA 4E0WA 4QRZA 2ZNTA 5JEIA 3H6TA 2Y7IA 2DS9A 4N13A 3L6GA 4GVOA 2UVIA 2XXUA 3MC2A 4XIGQ 2V93A 3K6VA 3WAFA 4U2RA 3B7DA 3T9VA 3T66A 1LB8A 1PBPA 2XXQA 3TELA 4BLAA 2O7IA 1P1NA 4RYAA 4EUOA 1SI1A 3OD7A 1UTBA 3K1MA 3B6QA 1H43A 1S9TA 2HFBA 4KYDA 5AA2B 2DE2A 4YICA 2RCAA 3ZKKA 1LBCA 5DTBA 2I6EA 1IXIA 4I8CA 5F1QA 1N76A 3K1PA 3ONMA 3FGSA 3CR9A 3OXNA 1LB9A 4QSCA 3V89B 1UQWA 4ELRA 5FHOA 2H99A 5AA4A 1B52A 3TTKA 3VVFA 3MP8A 3KOSA 1B4ZA 3IB2A 3QYTA 1YAEA 1B0LA 3FV1A 2KLFA 3FASA 4KYSA 1MH3A 4F3SA 2A5SA 4EDPA 4GQOA 1FW0A 1IQ7A 3H6UA 3RGYA 1R1NA 2PVUA 1LFHA 1EZPA 1ZBMA 3E13X 4QFKA 1B3LA 4LVQA 3TQLA 4C1UA 1QKAA 2ONKE 3PUWE 4QFLA 3EPEA 3PUXE 2QS4A 4R9GA 5H8NA 1B51A 3N6TA 1D9VA 2Y7RA 3ILTB 2R9JA 2VD3A 1P99A 1B5HA 2V3TA 1B3HA 4RK9A 3C34A 2OWTA 1B7UA 4O3CA 1OQGA 3OMBA 3TDJA 1US5A 5A5XB 3TTLA 1MQJA 4H0WA 3QIMA 3V83A 3O6HA 3C9HA 3VLUA 3K02A 3AXFA 5AE4A 4UA8A 5L9MA 1TFDA 1XHYA 3PMXA 4GRKA 1SW5A 1CE2A 4MF3A 2X26A 5I59A 5KZTA 3IOUA 5KCJA 4KQPA 4IO7A 4F3BA 2GRVA 2XXPA 4U4XA 4IY6A 3VLWA 4X48A 3O66A 1RYOA 3PPNA 2O7UA 4NF6B 3PUVE 1WDNA 5H8FB 3MAMA 1B40A 1SW1A 1N84A 3SDFA 1VFEA 2I4BA 1BLFA 2OJTA 3V8XB 4EXLA 4QFOA 1PB9A 3QUFA 5DEXB 4EF1A 3U93A 5TP9A 1A8EA 2F6PA 2DVCA 2Z23A 3VLVA 5TPAB 3PMWA 5AA2A 2H5YA 4F18A 4R6YA 3TCFA 1AH5A 4FORA 3MVYA 3K6XA 3OO6A 3S9EA 3K6UA 2V25A 1FQDA 3BFUA 1SDXA 1USYE 2E0SA 3OO9A 1WVJA 5DVJA 1ZLQA 3C4MA 3OSQA 4R2BA 2Z8DA 4JXIA 1XT8A 4BDQA 4GWOA 2DWAA 4OENA 2RKMA 3KZGA 3FIRA 5CBRA 4GXAA 2RC8A 4RXLA 2F6GA 3M3KA 3KN3A 3IAZA 1M5CA 3CIJA 3QSLA 2XX8A 3RT8A 4IO5A 1Q1KA 4F19A 4MFIA 3IORA 4MLVA 2XXTA 2XXHA 4QSDA 3KOTA 4IO6A 3SERA 3LSWA 2F8DA 4MBPA 3GZGA 4U23A 4XKRA 5FHMA 4IO2A 3SKPA 1NKXA 2XX9A 2Z8EA 2PT1A 4H67A 4IO3A 4P0GA 3MP6A 3HCQA 3Q26A 4EQ9A 3HV1A 1S7YA 4KHZE 1H3DA 2PT2A 1PBQA 4GXSB 4TLLB 2AIXA 4XTCQ 3SEUA 1CB6A 1BKAA 1B7HA 3T96B 3CG1A 2ZYMA 4DE8A 2DVZA 3E9XA 1R9QA 4DXBA 3RTFB 3LSFB 1JQFA 3FXRA 4FJPA 4LQ5A 1NNKA 3MVXA 4F3GA 1N0TA 3S2VA 3PGFA 2OWSA 4G68C 2O69A 1ZTYA 1FQCA 1URSA 2F7BA 1IEJA 4OXVA 3PPQA 2HQ0A 3G3FA 1ZKBA 4DLDA 5H8QA 1LBBA 4OWDA 1SYIA 3W9VA 3KJ7A 4NF6A 3U94A 5L9SA 5ITPA 5ICQA 4LZ8A 4POXA 1HSLA 1B0HA 2BJJX 2I3VA 2O1LA 4YMAA 2QMXA 3TCHA 2I49A 3H4ZA 4F3PA 1FTKA 4MLQA 3PPOA 4R9FA 4G8NA 4F39A 3LSLA 5CC2A 1YCJA 3VFJA 3SETA 4YB6A 2RF1A 3CFZA 1P1OA 3RPWA 5TPAA 3HHFA 3VE1B 3RLFE 3KN8A 1A40A 4PFTA 4YKKA 3UA8A 4H6DA 4YKJA 2XXWA 1D9YA 3TMGA 3N6UA 4PP0A 4HTGA 4XKQA 3OEMA 1R6ZA 1JEVA 2DE3A 4P0IA 3EN3A 3I3VA 2I4CA 3FVOA 2XXRA 2IEEA 3SESA 1NMUA 4IGTA 1FQFA 3PD9A 2CMOA 1F9BA 4GLIA 3RT6B 1MY3A 4FATA 4TLMB 2UVJA 1GGGA 3K1NA 2YLNA 2NUVA 1MXWA 4DXCA 4OEUA 2UVHA 3S9NC 1O63A 4OQOA 2IA4A 3FVNA 3RY3A 1US4A 3Q28A 3MWBA 1DOTA 1ANFA 4G77A 4ECFA 2DWHA 1Y4TA 4LQ2A 1LCTA 3SEVA 4G8HA 4BDRA 1OLAA 2REGA 4I62A 4GFRA 2XD2A 1M5DA 1JW5A 1DMBA 1MXYA 4GL8A 1H44A 4DDDA 5I56B 1PEBA 3P7IA 3Q27A 5FTIA 3TUSA 5L8DA 4JB7A 1MY1A 4G8MA 1BP5A 2PMSA 3UORA 4GIZA 2P2AA 3E3KA 3DP8A 5BWJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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