2RCBA

Crystal structure of the nr3b ligand binding core complex with d-serine at 1.62 angstrom resolution
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
282
structure length
282
Chain Sequence
b'RPKLRVVTLVEHPFVFTRESDEDGQCPAGQLCLDPGTNDSARLDALFAALVNGSVPRTLRRCCYGYCIDLLERLAEDLAFDFELYIVGDGKYGALRDGRWTGLVGDLLAGRAHMAVTSFSINSARSQVVDFTSPFFSTSLGIMVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVWESSAEAYIKASFPEMHAHMRRHSAPTTPHGVAMLTSDPPKLNAFIMDKSLLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPQNSPLTSNLSEFISRYKSSGFIDLLHDKWY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 96
structure length 282
sequence length 282
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcbA02
1NH7A 3SEYA 3O9PA 4QHQA 3TTNA 4K3FA 2ZMBA 4R6KA 2H5YA 3Q26A 2XXYA 2Y7WA 1I6QA 1QUJA 1NMUA 1XC1A 2XX8A 2OJTA 3VVDA 3UORA 4JBZA 3M8UA 1SW1A 4GF8A 1B3EA 1IITA 2DS9A 1NFTA 4PFTA 5H8NB 4IO2A 1MY0A 3PD9A 3RNNA 3V5AA 3TAJA 4XKRA 3ZKLA 3HCQA 1PBQA 1LAHE 2OLBA 3ZKKA 3TPAA 3FXQA 4IO3A 1MXZA 2DSFA 4JWOA 5I59A 4R2BA 3OEMA 4MH5A 3M3FA 1NNKA 1URGA 4WEPA 5I56B 3C4MA 5I2KA 3FXRA 3RQTA 1PB7A 1L5TA 1R9QA 3I6VA 3IOUA 5ELVA 4H0WA 2VHAA 1LBCA 4BDRA 3QAXA 1FTMA 3S4UA 1SW5A 4XKNA 3PUWE 1BIYA 4G77A 3QXMA 1QJMA 3QUJA 4RK2A 3IJXB 2XXXA 3IO6A 3OOAA 3K6WA 3ODBA 1XVXA 1OVBA 2XX9A 1EZPA 4FEDA 3O28A 1WODA 3IB2A 1UIVA 3LSWA 1N04A 3VDFA 3FVKA 3OSQA 1IQ7A 4RK9A 3BKIB 3V89B 4IGRA 2V3UA 3K6VA 4U1ZA 2Z23A 3CFLA 1F9BA 4POXA 3KG2A 1MPBA 4NF8A 1B05A 1MS7A 3PMVA 1SW4A 4HW8A 1IUDA 5IAIA 3D4CA 1IXCA 3PMXA 1MY2A 3BBRA 1S50A 1BLFA 1A55A 2F7CA 1AL3A 1H76A 3PU5A 1ZJLA 3SETA 1Y3QA 1HSEA 4Z0IA 2FYIA 4LZ8A 4P11A 1B9JA 3VV5A 4YMAA 3E4RA 5EHSA 1CE2A 2THIA 1LCFA 3EF7A 4ZEIA 1FTJA 4DIGA 4NWDA 1N76A 1GGGA 3B6QA 1FCKA 1JQFA 4WXJA 4O3BA 2I0BA 4JWYA 1I69A 2O7IA 5DYHA 5AA4A 1VR5A 5I58A 2I49A 2VD3A 3HPIA 3ZS6A 1XOCA 1SQYA 4LATA 2O69A 5F7VA 4P0GA 3CG3A 5KDTA 1IXGA 2Y84A 4QSEA 2XD3A 1B40A 1B4ZA 2YLNA 4YKJA 2RINA 4HCYA 3OMBA 3SKPA 2IEEA 1B1HA 1GR2A 2F78A 3O97A 2Y7RA 1JW1A 2B65A 4AB5A 2F35A 4Q5TA 4EXKA 5ICTA 5DVJA 3MVYA 2KLFA 4RPNA 3K01A 2QPQA 3KFMA 1ZKBA 2DXYA 4NF4A 4GWOA 2QMWA 3MPLA 2D3IA 2R9JA 4N6PA 3G7WA 3UK4A 4JB7A 2A5TA 2UYEA 2DP8A 3TTMA 1GVCA 2OWSA 3CR9A 3GLBA 4F39A 5A5XA 2XXHA 3CG1A 4ELOA 3FZVA 3MWBA 3OELA 3I3VA 3N26A 4H8JA 2F97A 3PGFA 4I8CA 2XXIA 2G29A 5KDTB 4FATA 4FORA 2RKMA 1N84A 4G68A 3TQWA 3EHUA 1TFAA 5AA1A 4ZE8A 3Q28A 1AIVA 3KGCA 1N7WA 5TU0A 1LCTA 3ECRA 1MQIA 1MPDA 2PYYA 1IZ1A 3PPRA 1LAFE 5BWJA 4ZS9A 4YB5A 1Y20A 1SDXA 1Y1MA 3E9XA 3IJOB 1FQDA 4YB7A 2D5WA 3U72A 4OFOA 3EPEA 3K2DA 1VSOA 4ZZAA 2A5TB 3GXAA 4ESWA 4F3SA 5CMMA 3T96B 2OWTA 3RPWA 1Y4CA 4ZDMA 4DXCA 2X7PA 3RTFB 2HZLA 1JW5A 4PFUA 4KFQA 4E0XA 3OEKA 4U4XA 4OXVA 4AQ4A 4I62A 2ONRA 5L9OA 4QFKA 1I6AA 4PQJA 1H43A 3IB0A 4LUBA 3A3UA 3MVXA 4G68B 4H6DA 5J1DA 1OVTA 4OZ9A 4DDDA 3K02A 2NVUB 4TLLB 1US5A 3FJMA 3UA8A 1AH5A 3O2AA 3RT8A 1EU8A 3KSJA 2UYFA 3KN7A 3MQ9A 2DVZA 1DPPA 3IOWA 4GLIA 1UTBB 3VVEA 2P2AA 2H98A 3OD7A 4ZEBA 1QVSA 2CMOA 3TKDA 5M2VA 1LB9A 2VP1A 1MXVA 3H6TA 4TLMB 1LAGE 5DVFA 2RC8A 5I2NA 1TWYA 3H7MA 4OESA 1HSJA 3R26A 4ZZEA 1H3DA 1FTLA 5ITPA 4X48A 5JTYB 1SBPA 4NF5B 1N3WA 5LOMA 4HCWA 3RN8A 1JVYA 3B6WA 1H44A 1LFGA 1D4NA 3MBPA 1J1NA 3C33A 5H8SA 4ZEDA 2O1MA 3PUXE 4ESXA 1LGBC 5ITOA 4Q0CA 3OO7A 3B7DA 1OQHA 3S9MC 3KSXA 1B51A 4IO5A 3VLVA 3OSRA 3FJ7A 1SYIA 1PB9A 4KHZE 4QRZA 4OERA 3TTRA 3HSTA 1FQCA 1UIUA 3WAFA 1PDAA 1MQGA 2NUVA 3Q27A 2DVCA 4U2RA 3RUMA 1MQDA 3FASA 3W15C 4U23A 3A3CA 2ZYOA 5KZTA 3IK6B 3DELB 3MW0A 4M4GA 1HSLA 3K00A 1XS5A 1LFIA 2W7YA 3T9UA 3SEUA 2H25A 1FQBA 4PFYA 3EN3A 2DWHA 1P1WA 5I2NB 3G3IA 2H9BA 3ZSFA 5AE4A 4BDQA 3PV0E 1A99A 1BKAA 4P0IA 4G8HA 2ZYKA 2I4BA 4XTCQ 4OWDA 2ONSA 3RLFE 4IGTA 1URSA 1QUKA 1JEVA 1UQWA 5KCJB 1DMBA 4ISUA 4JXIA 3VE1B 3C9HA 1NNFA 2PBWA 5AA2D 4R2FA 1B5HA 2OBGA 2XXWA 5K2YA 1DTGA 4X1DA 4N13A 1ELJA 1YTVA 2I6EA 3GBBA 3LC8A 2Q9TA 2VD2A 4RXLA 2M8CA 3H6UA 3H4ZA 3V83A 3I5OA 4X1BA 1LSTA 2Z8DA 1A40A 3FD3A 1LAXA 4ND9A 3K6UA 3OENA 3PUVE 4OEVA 3K6XA 4QFNA 1MH3A 2B3BA 3M3LA 2H4IA 4R6YA 3IAZA 1LB8A 1TXFA 3FV1A 3T9VA 1ZTYA 2DOJA 2QJEA 4OHNA 4YICA 5CBRA 3C32A 2UVJA 4LVQA 1P1NA 2YPNA 3KJ7A 5I84A 2O84X 3SESA 3WAEA 4F1VA 3C35A 4H8IA 2PT2A 2RF1A 3TTLA 1FQFA 4LZ7A 3UIFA 1MQHA 4QSCA 4G4PA 4R74A 4Q8RA 3S9LC 1GV8A 5I59B 3G3KA 3TUSA 1B58A 4ELQA 3PMWA 4XXUA 4KR5A 1DPEA 4YKPA 4R6HA 3SEWA 5I2KB 4M1VA 5FHMA 1EH3A 4FJPA 3TCGA 4U22A 2ALUA 1BP5A 4LONB 4BDMA 4QFPA 2HAVA 5L8DA 4EUOA 4IY6A 1P99A 4RJZA 3S9EA 4F3GA 3CRBA 3R7XA 1MY4A 2XXUA 2R6GE 5H8HA 2P1SA 3S9NC 1A7LA 3SDFA 4GL0A 1B0HA 3K1NA 3VVFA 1POY1 3PPOA 4QFOA 1B32A 5CMBA 4U1OA 1IXHA 1B52A 4BLAA 3IL1B 4UACA 2A5SA 2NWJA 4GQOA 3TTKA 3DLNA 4NF8B 5DT6A 1B46A 1LFHA 4IO4A 3KEIA 1PEBA 1O63A 2XXRA 2R71A 1B7HA 3G3JA 3VXBA 4L17A 1CB6A 3H3GA 4XIGQ 2V3QA 1JNFA 4UA8A 4JDFA 2Z8EA 1MQJA 2HCAA 4GRKA 4QSDA 3FVOA 3JYRA 4POWA 4F3PA 4R72A 2DWJA 4WEDA 3FV2A 1Y9UA 2REGA 4DXBA 5FTHA 1D9YA 2QS2A 4RNSA 1JEUA 3FJGA 5IKBA 2GHBA 3MAMA 3LSXA 2GFEA 4OVJA 5HBCA 3GBAA 5BUUA 1OIBA 3IX1A 2DE2A 2V25A 1FQEA 4H5FA 4G8NA 2XXTA 2Q88A 5H8FA 1RKMA 5AA4B 5I58B 4RPOA 3T66A 1A8EA 4F19A 1B6HA 4KPTA 3L6HA 1NNPA 5FTIA 1A8FA 3GZGA 3P7IA 1B0LA 4KQPA 3MP6A 1EZOA 1ZIUA 4E0WA 5FHOA 2NOOA 4EQ9A 4NE4A 1T0KA 2V84A 3G3HA 4TQUQ 1FW0A 5DEXA 1MPCA 1IXIA 4PETA 2Y7KA 1RYOA 3C31A 2I4CA 2XX7A 4BDLA 1A54A 2AYSA 3USDA 3A09A 4NF4B 5F1QA 4U4SA 2RC9A 4DE8A 4EF1A 1UTHA 4HS7A 3T22A 3DM0A 4MLVA 3FVNA 3U94A 4F22A 3MC2A 4ZEKA 1OQGA 2DWAA 4F29A 3UN6A 2ZNSA 5A5XB 4NF6A 2F36A 2XXQA 5TPAA 3FVGA 4ONYA 4KYDA 4YAHX 1MXWA 5CC2A 5L9MA 3N5LA 1SYHA 3IB1A 4YB6A 1B1XA 3PPQA 3EQ1A 3DP4A 1B3FA 2BJJX 3KN8A 2X26A 4PFWA 2AIXA 3UGWA 5H8QA 3B6TA 5FHNA 2O51A 2QS4A 3D4GA 4GD5A 2QL3A 3O29A 1MXXA 2RCAA 4PP0A 4LQ2A 3U93A 3IOTA 2FNCA 3KOSA 1P1UA 1QUIA 5B70A 2O1LA 1N3XA 1PBPA 3TEPA 2P0SA 3E3KA 3VLWA 4GL8A 3MZ9A 2QRYA 3MP8A 4N07A 2YJPA 4I1DA 2DYXA 1SVXB 1US4A 5CMCA 1M5DA 2X7QA 1RYXA 5DVIA 3Q25A 2Q89A 3QYTA 3VXCA 2PVUA 3HHGA 2ANJA 1B7ZA 3ILUB 1SI0A 4H5GA 1B3GA 3TQLA 4HTGA 2F6GA 3S2VA 4H67A 3TFLA 3FGSA 1TFDA 5I56A 3K0VA 4RY1A 1M5FA 1JETA 1H45A 3OO6A 4MFIA 4F2QA 2F5XA 3DP8A 1B7UA 4MBPA 3RTWB 4DCXA 4FIMA 2HEUA 4GXAA 4R73A 1VE4A 5DTBA 4JSOA 4QF9A 5JK4A 5H8QB 4LZ5A 2XXPA 3EHTA 2I58A 1Z7NE 4ELPA 4RA1A 5ISUA 3IO4A 4PE5B 2QS3A 3TCFA 4KYEA 4OTEA 4LA9A 1R6ZA 2Z8FA 4OFJA 3H03A 4KI0E 1NL5A 3BFTA 4X9TA 4GFRA 4NEDA 2CZLA 1MXYA 2I48A 4XKQA 3MVZA 2O7UA 2V3TA 3CIJA 3K1PA 2ABHA 3CSGA 1Q1KA 1M5BA 1LLSA 1GTKA 1ZU0A 3ONMA 4G68C 3QUFA 3LR1A 4O3AA 2O6AA 4LP2B 4DZ1A 3QIMA 2G93A 1KWHA 1MG1A 3RGYA 2I0CA 3T9XB 3TDJA 4IY5A 2DQVA 4EF2A 4FAJA 1P1QA 4O3CA 1XHYA 2REJA 3W9WA 5HPQA 4RYAA 5AA2A 3OO8A 2FA7A 3LBSA 4ZEFA 2AL5A 3O6GA 4OYVA 2UVGA 3RT6B 1B5IA 2F34A 3ILTB 2HFBA 2UXAA 2E0SA 4C1UA 1B4HA 4C0RA 3C34A 5L9SA 4JSDA 1D9VA 2Y7PA 1M5EA 3CI8A 3KZGA 1MM7A 4DXUA 3W9VA 1SI1A 1AOVA 5TP9A 1EZ9A 2O68A 1II5A 3DP6A 3TCHA 1JVXA 3TELA 1DOTA 1JW4A 1XT8A 2AL4A 4EDPA 4ECFA 1B2HA 5JEIA 4EXLA 2ESNA 1OMPA 2DE4A 4ZE9A 1ZLQA 4IO7A 4JWXA 1NNTA 4EQ7A 2QSXA 5I57A 1M5CA 1PC3A 4THIA 3E13X 2XHDA 4OQOA 5EYFA 2GRVA 3AXFA 2B3FA 1S9TA 4FE8A 2WKYA 3HO7A 1IEJA 4H65A 2HAUA 1OLAA 5AA2B 3MP1A 4YMBA 4KCCA 4AB6A 1QKBA 3PPPA 4OEUA 1DTZA 2RC7A 3V8XB 3N6TA 5EHMA 3SEXA 1DSNA 2I3VA 3CVGA 4KYSA 4GIZA 4BDNA 3U8QA 2PMSA 3MVWA 2QMXA 1ZMGA 4XKPA 3SEVA 3BFUA 4R75A 2OZZA 4TOZA 5TP9B 1ATGA 2PT1A 2OK2A 3R6UA 2V93A 1QKAA 4NTLA 1I6BA 2VOZA 4R9GA 3O66A 1Q35A 4G8MA 1USYH 3THIA 1QW0A 4GOTA 3OO9A 3PUYE 4I9DA 1B3LA 2Q2AA 1WVJA 1QULA 5ICQA 1MDQA 4MLQA 5I57B 3QK6A 2XD2A 4Q30B 3HHFA 4ZECA 3N94A 4YKIA 2ZYMA 4QFLA 1Y3NA 3FUZA 2ONKE 3TYHA 2LAOA 2UVHA 5H8HB 5AA3A 4DCYA 1ZBMA 3G3FA 3U92A 4NWCA 1S7YA 2GH9A 3HV1A 3M3KA 1NH8A 2UVIA 1WDNA 1N7XA 1AMFA 4IB2A 1MRPA 4KCDA 4ELRA 4FEBA 4YU0A 4OMBA 2H99A 3K1MA 3F11A 3QSLA 1IIWA 3H6WA 2F7AA 4OFLA 1USYE 3UP9A 1MDP1 3KJTA 3MPKA 1SD3A 3FATA 2F8DA 2QS1A 4F31B 4FECA 4YKKA 1NKXA 2ZYNA 1VFDA 1B5JA 4KD5A 3KN3A 3O6HA 1PB8A 5CMKA 1UTBA 3MUQA 4IO6A 2Q2CA 2DXRA 4F3BA 2E1SA 3HN0A 3LSFB 1POTA 3U1OA 1R9LA 1FQAA 3MZBA 3IOVA 5CRYA 2DWIA 4F1YA 1R1NA 2RCBA 1FTKA 1P1OA 3EHSA 2ZNTA 1VFEA 1URDA 1BTJA 5H8FB 4YZZA 4MF3A 5JTYA 3FIRA 2NXOA 4NF5A 2Z22A 1SW2A 3IR1A 3O6IA 4U21A 1Z7ME 3SERA 5CBSA 2IA4A 2F7BA 3KOTA 3T9HB 1OLCA 3Q29A 1XVYA 5CM6A 2Y7IA 3LSLA 4Z7EA 1Y1ZA 4F18A 3K4UA 1TT1A 4F1UA 5DEXB 2HXWA 2DE3A 4G2ZA 3RY3A 3PUZE 2Q8JA 1YAEA 3CSBA 3CFZA 3TODA 1Y3PA 3H06B 2GHAA 3KBRA 3L6GA 1MH4A 1D3KA 4DLDA 4NMYA 4WKMA 1UTHB 1MM6A 3PPNA 1YCJA 3JZJA 5H8NA 1MXUA 3T93B 2OCUA 3C36A 4GVOA 5K2XA 1MY3A 5HM4B 4OENA 1YPNA 4NF6B 2I3WA 4F2OA 1B3HA 5TPAB 2F6PA 1O64A 3H6VA 5CI5A 1LBBA 1ANFA 3VFJA 4R9FA 2XXVA 2VGQA 4BDOA 2HQ0A 5KCJA 1FTOA 3TZAA 2ZNUA 3VLUA 3G3GA 1O7TA 1N0TA 4GXSB 1Y4TA 4EQBA 3PD8A 3CFXA 3TMGA 2PX1A 3FXUA 3JV9A 5B7DA 3OXNA 1MY1A 4LQ5A 4OETA 3MJNA 3N6UA 4H1XA 2ZXTA 2D21A 3IORA 2HZKA 3MZ1A 3LUYA 4C1TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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