2RDUA

Crystal structure of human glycolate oxidase in complex with glyoxylate
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
360
structure length
360
Chain Sequence
PRLICINDYEQHAKSVLPKSIYDYYRSGANDEETLADNIAAFSRWKLYPRMLRNVAETDLSTSVLGQRVSMPICVGATAMQRMAHVDGELATVRACQSLGTGMMLSSWATSSIEEVAEAGPEALRWLQLYIYKDREVTKKLVRQAEKMGYKAIFVTVDTPYLGNRLDDVRNRFKLPPQLRMKNFETSTLSFSPEENFGDDSGLAAYVAKAIDPSISWEDIKWLRRLTSLPIVAKGILRGDDAREAVKHGLNGILVSNHGARQLDGVPATIDVLPEIVEAVEGKVEVFLDGGVRKGTDVLKALALGAKAVFVGRPIVWGLAFQGEKGVQDVLEILKEEFRLAMALSGCQNVKVIDKTLVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Active Site and Loop 4 Movements within Human Glycolate Oxidase: Implications for Substrate Specificity and Drug Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Hydroxyacid oxidase 1
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 142
structure length 360
sequence length 360
ec nomenclature ec 1.1.3.15: (S)-2-hydroxy-acid oxidase.
pdb deposition date 2007-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2rduA00
2Z0IA 3MBFA 2DU2A 4JICA 2W0UA 4RKAA 5EYWA 4ZZ9A 3LBCA 1MZHA 3W1LA 1IIHA 4YCOA 4BFAA 1S5VA 2H6RA 3QJAA 4Y96A 3S5NA 4OHQA 3UY8A 1JRBA 3C61A 3U8GA 1M6JA 4UNKA 3IEBA 5A5WA 5CSSA 1ADOA 4DBDA 3NEVA 5GVJA 3TFXA 3NPXA 2J9ZA 3TQ0A 4AVFA 1PIIA 1CX9A 4DBEA 3NPWA 2BLEA 3W07A 1IXOA 4POCA 1SPQA 2PRHA 2YR1A 3I65A 3SJ3A 4WY0A 4OBTA 4YMZA 4NX0A 1P0KA 3DFPA 2OX1A 1G69A 1FDZA 5BMXA 2BSLA 1ZHAA 3GZ3A 4IWWA 2ZA2A 2WSRA 3JR2A 2NXHA 3CIWA 1ZAHA 3PBUA 4IXXA 1VYSX 5F4SA 5LGZA 4ZQRA 4UTIA 5DY3A 1SO5A 4MVAA 4GNJA 4PC8A 5I3KA 5BRBA 4L4MA 3W22A 3NM1A 2GVGA 1TV8A 3RLVA 3HGRA 4N2YA 5D2XA 1GQNA 1WXJA 4ZMGA 1YXYA 3HGOA 3MWAA 4R34A 5G2HA 2FB2A 1HFBA 3KFTA 3BVJA 4EF8A 1SZFA 3DFTA 4KFNA 1DQXA 1KV8A 3DBPA 4I7UA 2PURA 3NNTA 3CEPA 1AMKA 3T55A 3RFAA 3MHGA 3IRDA 1HUVA 3W2UA 2JKPA 5SWUA 3M0ZA 3HG3A 2ZZ3A 4X3ZA 4IMEA 4NX5A 1AK5A 2CLOA 3C2EA 4LNYA 4RXGA 1TPH1 4IMDA 5G2IA 3TFCA 4LVBA 4WX2A 1W31A 4AHOA 5AYXA 3GK0A 3HGJA 3BW4A 1VJIA 1U5JA 1FWRA 3C8FA 4UMAA 3TAOA 1VCVA 2WNZA 2HTMA 3QPYA 1O95A 1FCQA 1YDOA 5D2VA 1D3GA 1TCDA 4K8HA 3W7LA 5HWMA 4UR8A 3ZWTA 3BG5A 2C1HA 3SECA 4B5NA 3LRLA 3H55A 3LCIA 3LLFA 2ISSA 4FHAA 3LRKA 3TA6A 1B4KA 4X9SA 3LV6A 4DPPA 3C6CA 3PUDA 1R2SA 1KTBA 1SQ7A 1WX0A 3FFSA 4O28A 4RR4A 3DZ1A 3TIMA 1IGSA 3QMRA 3E96A 3M1ZA 4K7YA 4QNWA 2YYTA 1JRCA 3E9AA 3M41A 2DJLA 3LB0A 1G7UA 1XCFA 4N9CA 1YXCA 2CLIA 5K9XA 4AF0A 1VLWA 4LVDA 3P5ZA 3FKKA 4GE8A 1H7PA 3MI3A 2CLLA 4WQ6A 2W6RA 3M5ZA 3LRMA 3WJWA 1H7OA 1R47A 5K2ZA 4JTIA 3I68A 4HSOA 3ABOA 3HB9A 3P5YA 1FCBA 4O18A 3FEMA 3A5VA 3QH2A 5K4ZA 4PTNA 1PVNA 4ORMA 5G5IA 3GAYA 4XBKA 2O7QA 4XZ9A 3W76A 1JQVA 2WV8A 4JIPA 1XC4A 4Z0JA 1XFBA 3QM3A 5HJLA 3TU9A 1X1OA 3LTPA 2WOQA 1LRNA 4IGHA 1UB3A 1DORA 4QITA 2Y6ZA 2GOUA 4PFMA 2QAPA 1QPOA 3FYOA 4N9DA 3BK0A 5D33A 1YDVA 2GVLA 1ZENA 2J9YA 1XL9A 2GJNA 5CSRA 3IVTA 1LRQA 3STCA 1F2JA 3S1WA 4TMCA 3Q37A 1G4SA 2RH9A 4LS0A 1KW1A 5D37A 5EBUA 3EWXA 5U4NA 3W7MA 4LC6A 2FFCA 3IVSA 4NNCA 5H91A 1TSIA 3PR2A 4UCGA 5LNSA 1KM3A 2R14A 4JTHA 3M5XA 1TJPA 2CZFA 3NDOA 3F4WA 3W2MA 1OFDA 4MKNA 3FKRA 2D73A 2WKJA 1YTDA 1K8YA 1K7FA 3ZR4A 4UUIA 2C14A 3LHUA 3KVLA 5A8GA 4XUGA 4IMCA 1FWSA 4LRSA 3MYOA 5LNUA 4UTWC 5C2XA 1QNVA 4JIQA 1RD5A 3BV4A 3NQDA 1GVOA 5TQLA 3LBMA 2QF7A 5LNWA 4RXFA 2PE4A 3L5LA 4IJBA 1LDCA 3G1HA 4MOZA 1F6PA 4LVGA 3BG9A 1TO3A 4QM1A 4K39A 3TXVA 5LHEA 4JX5A 1IF2A 2E1DA 5C55A 5DLCA 3W7IA 1X8FA 1GTHA 2PRMA 1KBIA 1LOLA 1MEIA 3W1UA 3DH7A 3CQ0A 3SGUA 4EWND 2EAWA 1VRDA 2J9XA 1TJRA 4JTGA 3HPZA 5AC8A 1F7BA 1WQ5A 3EX4A 2Y70A 1OVDA 4O1BA 3NZ1A 1C29A 3F03K 5CPLA 2CLEA 3P80A 3B0PA 3IV3A 2FPVA 4UFIA 1NVMA 1PE1A 2Y85A 4JN6A 1EB3A 1DV7A 3MO7A 8TIMA 3ZS4A 1XM3A 4M19A 4N4PA 4E2BA 3GXPA 1PCKA 1OK6A 4N9BA 2ZBTA 4OWGA 4K7VA 1JUEA 1EIXA 1H7NA 3LHWA 4MJMA 1QOQA 4JXCA 1CI1A 2E77A 2A7RA 4MLJA 2E6AA 2PCQA 4JTTA 4R53A 4O0KA 5FEPA 1QPRA 1MXSA 2YXGA 5IM51 2Z6IA 1RV8A 2VKZG 2H90A 3PG8A 3NQ2A 4MYXA 3UWWA 3EWYA 5D09A 1FDJA 1FUYA 3GLCA 1PHWA 3C56A 4O14A 3EX1A 4UTJA 5G1YA 2NLIA 2QDGA 3LHYA 1GJPA 4O0ZA 1EEPA 2FPTA 3GDMA 4R33A 1H5YA 2CLMA 2DZPA 2H3BA 5FF0A 3GNDA 1UCWA 1DJQA 5AFDA 1EP2A 1EP3A 1SUXA 1Q3NA 2V81A 3PBWA 2DJXA 4NXKA 1THFD 1XUZA 4HPJA 3UWZA 3RLUA 3LTYA 5C6MA 1WV2A 2ABAA 3I7SA 4YLWA 3HMJG 3PAJA 4WZHA 2RDWA 1LLZA 3KRZA 4O50A 3QF0A 1BEUA 2ISVA 3LI1A 1QFEA 3S1UA 3NQVA 2A85A 3TC7A 3NPUA 3B4UA 2ZTJA 4ZQPA 3B03A 1FCUA 1SO3A 4TU1A 5LSMA 3CC1A 4TR9A 5L9FA 2V2HA 3W7NA 4OT7A 3EWUA 3TCEA 1D3HA 5CKSA 1GVSA 3S9YA 2KZHA 3N73A 4RZ5A 4MY8A 1ONRA 2DZTA 1R2TA 2X1SA 2C19A 1YDNA 4FIQA 4Q33A 1F6KA 2DORA 3NQ6A 4FXRA 3FJLA 4GUFA 2WO5A 4A22A 5G4EA 1H7RA 1ME9A 4N4QA 3G18A 4AMAA 1QR7A 4PEKA 2WSYA 1Z44A 4Y8FA 4JTSA 4AAJA 1SR9A 2V2DA 5BNKA 3TSBA 2P0OA 3SSJA 3Q94A 3SI9A 2A21A 3STFA 2C0AA 3NG3A 5F2LA 2X16A 2EKCA 1Q45A 4Q32A 3JRKA 1GVQA 2G5WA 2V2CA 3BLIA 1WYIA 3R13A 4M5PA 3STGA 4UR7A 3L21A 1B3OA 3QEZA 3DENA 2V5BA 1B57A 1O94A 1VC4A 5KINA 2BX7A 4CNPA 1KM1A 3O6YX 3DHDA 1OYCA 1W8SA 3NQCA 4O57A 1YLVA 1ME7A 1KM6A 2C6QA 3TJXA 4S1FA 3R5EA 2NWRA 4BR1A 3TMLA 3W7DA 1G4PA 1L2UA 3S1XA 3CHVA 3IVUA 3G8RA 2J6XA 1PHQA 3UXAA 5TIMA 4DF0A 4E0CA 1KTCA 1FQ0A 3ABRA 2DZXA 4OQVA 2QUTA 2EPHA 2R8WA 2YCEA 2JGYA 1OJXA 5AHLA 3A23A 3P67A 4A2RA 3OVQA 5CZJA 2YFOA 4DF2A 4ZQMA 3O06A 1ZAJA 4ORIA 3ANYA 1ZJIA 4HNVA 1W3IA 1LBFA 3W7JA 3P8JA 2QCDB 3QMTA 4JTEA 1LZOA 1KM4A 2ZDRA 1EX5A 4GC4A 1H61A 3TV8A 1KFJA 4CLMA 3UPBA 1G7VA 5T26A 3YPIA 5FF4A 4ADUA 3L9CA 3W7OA 3MUXA 3DAQA 1TRDA 3W74A 3LCWA 2VEIA 5D2WA 2UV8G 1Q6RA 4MIMA 4UFJA 2ZRZA 1JQXA 1TV7A 2Y89A 1F74A 2LLEA 4NZJA 3TXZA 4ALDA 4BWLC 4JX4A 3QW4B 2VEKA 4LV4A 2GQAA 1SZGA 4MPQA 2A5HA 3LV5A 5AHFA 3MYPA 2ZZ4A 3DU0A 3L0NA 4CCEA 3R89A 3C2VA 3ZFHA 4AEOA 4JTUA 1QOPA 3DGRA 3QSRA 5DCBA 2ZRWA 1ALDA 3EWBX 2E5CA 3NQ7A 2NXIA 4AHPA 3W1QA 3W7PA 1LRTA 2ZZ1A 2Z1BA 4UXDA 4NU7A 1S5TA 2NV2A 1OHLA 4BI6A 2VOMA 4FNSA 3V75A 2I14A 2HS8A 3BPWA 4O12A 1OG0A 1TPDA 2GJLA 4PODA 3M5VA 4DPQA 3NO5A 1SW3A 1VQTA 1JUKA 4Y90A 1KLZA 1VPXA 1GYLA 3KRSA 5IBXC 4ZQOA 4CCCA 5CZSA 4C1LA 3PG9A 1KFEA 4LUIA 3VE9A 4A21A 1RR2A 4XTIA 4MJZA 2CWNA 1I8JA 1TTPA 1C9DA 4O4VA 1W37A 3TJLA 3SW6A 1XXXA 1IXQA 3UWUA 1KFKA 5D2TA 2NZLA 5CZTA 5K4XA 1N7KA 4KFPA 1TREA 3O6DA 1GTEA 3THAA 1SFLA 3C0JA 3FOKA 1KA9F 2Y7GA 2CLKA 3F4NA 4O53A 4QJ1A 3G1FA 5D05A 4DEFA 3O07A 1IIGA 1OFOA 3W9ZA 4HPXA 4HHPA 2ZZ2A 4K36A 3WK2A 1OFEA 3GXTA 3NYZA 1TTJA 3PSVA 2WSQA 4UTMA 3O1NA 3N9RA 4GWEA 4JD4A 4H4IA 4GRSA 2TYSA 3VKJA 2RDUA 5HR6A 1UASA 2TRSA 3G24A 1WBJA 4M7SA 3CT7A 5HUPA 1H1YA 2QCEA 2H3DA 2F7FA 3HPXA 3BGJA 3PWAA 3NQ8A 3WJSA 5CPNA 4QNEA 3W84A 3ATZA 2GUUA 4XTDA 3L0KA 5I3HA 1YPFA 3NZRA 1AW1A 5DELA 1U83A 5DCEA 3LCLA 1VHCA 3QSTA 1OFQA 4FNPA 1KM5A 1LBMA 2FIQA 5EL1A 3A9IA 2Z2UA 3RF9A 4BWLA 3WJYA 4HIBA 3DKJA 3KVJA 5AHNA 5EPDA 1T96A 1J4EA 1WAUA 5AHMA 5AYZA 3G0XA 4O54A 4O10A 1YTKA 2DZSA 3W83A 4JYDA 1GVRA 4Z1AA 1PV8A 1YXDA 4LV9A 2ZRYA 4RJEA 1K3UA 4Z1CA 2A2IA 3EKZA 3GR7A 3OVRA 3TSMA 3C2RA 2CFFA 3CWOX 4LS1A 1OYAA 1KBJA 2YW3A 4JTJA 3EB2A 4I7WA 2B7NA 4RV8A 3LX9A 3N2XA 3LTSA 3EXTA 3TQKA 4RZ4A 7TIMA 2Y7FA 3WK0A 1FWWA 3R2GA 4FXSA 4OV4A 3PS7A 3IGUA 2ZRVA 3D0CA 1O5XA 2WNNA 4ZQCA 2Y88A 1S5WA 2EHHA 1UUOA 5IBXA 3SR7A 5HWNA 3KAOA 3M7WA 2V5LA 1Z41A 1M7PA 4MLRA 3N19B 1KFBA 3QW3A 1EWDA 2DZVA 3RK8A 4NJKA 1HO1A 3W1XA 3W7CA 3NL6A 4MY1A 3G1XA 3PSWA 3R12A 3MJYA 1FXQA 4JS3A 1B9BA 2B7OA 3E0IA 2VFGA 4UTTA 1TPVA 3LI0A 3MW7A 3DKLA 4UTHA 2ABBA 4PL1A 1OFRA 3DI0A 4LWWA 4AHQA 2OT1A 2JKEA 5DBUA 1SZNA 4W9TA 1TV5A 3GKFA 3EXRA 4JYFA 3SIZA 1DHPA 3KX6A 5J5DA 3UPWA 3W1RA 1ZY9A 2Z6JA 3A5FA 1V5XA 5G1TA 3PF3A 1A50A 3DI1A 1KLYA 3AJXA 4K37A 2YX0A 3RNDA 3T78A 1XKYA 4ADTA 5F2MA 2RHGA 2Y61A 4BF9A 1ME8A 5DN1A 1SU5A 3HG4A 2NX3A 3NL5A 4DXVA 1UJPA 5MHBA 3N34A 1K8ZA 1LOQA 2C16A 4JYEA 5F4WA 1A5AA 3TMQA 1QPNA 1FCVA 1K7XA 4FX6M 5I3GA 3W7EA 2QJHA 4IOTA 1OFPA 1TYGA 3OIXA 4JTLA 1ZCOA 1JCYA 2NXGA 4FF7A 4HNUA 1IXPA 4NVTA 5AC7A 3GX9A 5AB3A 5F4XA 4FX7A 3MHUA 1PCWA 1NSJA 2A0NA 5HR7A 4IX2A 4TMBA 5DXXA 4M6VA 1W1ZA 1TQXA 3RU6A 4NNBA 1TTIA 1G4TA 3AO0A 3C2OA 5FF2A 3E49A 1L9WA 4O8RA 5D2YA 3FIGA 3NQGA 1OF8A 4EOUA 1TMHA 4NXSA 3W75A 4IUOA 1ZFJA 3L65A 2YW4A 1MEWA 4HNTA 1C8VA 4ONVA 1TTQA 5F2GA 1L6WA 3VI2A 2C13A 3KVMA 2CW6A 4WD0A 3IIXA 2AGKA 4GUHA 1CW2A 1JJKA 1JVNA 2ZCGA 3TC6A 2WNQA 2TPSA 1T0OA 1DKWA 1LOSA 2ZZ6A 1H7WA 4LY8A 3BARA 2V30A 4LC8A 3LM7A 2QJGA 4Y6GA 3W23A 4KWWA 2QKFA 3LERA 3PUOA 3DFNA 5E0KA 2CZ5A 4WOZA 5FEXA 4O16A 2J24A 2H8XA 1GWJA 1KM2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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