2RFJA

Crystal structure of the bromo domain 1 in human bromodomain containing protein, testis specific (brdt)
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
116
structure length
108
Chain Sequence
MRLTNQLQYLQKVVLKDLWKHSFSWPFQRPVDKLQLPDYYTIIKNPMDLNTIKKRLENKYYAKASECIEDFNTMFSNCYLYNKPGDDIVLMAQALEKLFMQKLSQMPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription regulator
molecule keywords Bromodomain testis-specific protein
publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 108
sequence length 116
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2rfjA01
5CQAA 5CU8A 4O74A 4OUFA 4KV1A 4NUCA 4UYHA 4UIUA 4O71A 5IGLA 5A5SA 5J0DA 4UIZA 5I7YA 4Y03A 5FG5A 4TT6A 3SVGA 2D9EA 2L5EA 4NR8A 3MUKA 4UIVA 4YYGA 5ENHA 4TQNA 4QB3A 3HMEA 5IG6A 4YC9A 5BT3A 5FG6A 3U5NA 5A82A 4CUPA 4J1PA 5IBNA 3QZVA 3D7CA 4PCEA 5FBXA 5A5RA 4QC1A 4YYIA 4PS5A 5CRMA 4PY6A 5D3LA 5FE2A 4HBVA 4NR6A 4MEOA 5EA1A 5HRVA 5LKTA 4QYDA 5CUDA 5DKCA 2RO1A 5DFBA 4QSUA 5I7XA 4QSTA 5DW2A 5DYCA 4AKNA 5EPBA 4CUSA 2DKWA 5D0CA 4X2IA 5I1QA 5LVQA 5CQ5A 5JI8A 2RS9B 5ENIA 5DLXA 5L8TA 4QSXA 4BW4A 3O33A 4HXNA 5AMFA 4ALHA 5FE4A 2YDWA 5HQ5A 3FKMX 4UYFB 5ENEA 4YY4A 4UYFA 4UIXA 4A9EA 4Z1QA 4ZQLA 1ZS5A 4HXMA 4N4HA 5HELA 1N72A 5I88A 4NQMA 4CFLA 2R0VA 4WHWA 4N4FA 3U5KA 4Z6HA 4O7CA 4QNSA 3MXFA 5E9LA 4YYHA 4BW1A 5EU1A 4O75A 5EV9A 5EQ1A 1JM4B 4UYEA 2H60A 5EGUA 3SVFA 2KTBB 2OUOA 4MR4A 1X0JA 4A9JA 3G0JA 3ZYUA 3TLPA 4RVRA 5FH6A 5C7NA 5DFCA 5H1TA 2RI7A 4WHUA 2E7NA 5CQ7A 5A5NA 4KV4A 4NRBA 2E7OA 5KTWA 5L98A 3LJWA 3U5OA 2WP1A 4A9NA 4CLBA 5FFVA 5F2PA 5EICA 5FE6A 5L97A 5E9IA 3I3JA 4C66A 4MEQA 4YABA 5CQ8A 5DW1A 3JVKA 4ZW1A 4HXOA 4QR3A 1JSPB 5LKXA 5IGKA 4Z93A 5CQ6A 5LUUA 3LQHA 4NYVA 5FDZA 5CUCA 5DLZA 2I7KA 4MR5A 5ENCA 4TT2A 5IGNA 5KTXA 5DBMA 5ENFA 3LQIA 4LR6A 4Z1SA 5DYUA 5LVRA 5FE5A 4IR3A 4XY8A 5CUGA 5F5ZA 2RNWA 1WUGA 4YBTA 5L99A 5G4RA 4WIVA 5D26A 5ETDA 4O7FA 3AQAA 4YYMA 5EPRA 4CURA 3Q2FA 5F25A 2RFJA 4YADA 5II1A 5A81A 5D3HA 1WUMA 5FG4A 5D3TA 5HQ6A 4QYLA 4LYSA 4Q0OA 5D3RA 3JVMA 3P1EA 5EISA 3U5PA 4PKLA 3LXJA 4TYLA 5ACYA 4J0RA 5A5PA 5EK9A 5A83A 1E6IA 4XY9A 4LYIA 2F6NA 4O76A 4QSRA 4QSSA 3UVYA 5F36A 4A9HA 2E3KA 4YBMA 5F1HA 2D82A 3JVJA 3HMFA 3UW9A 5A7CA 4O7EA 5FE9A 4YH3A 4QSQA 5FFYA 5KTUA 5LJ1A 4NQNA 4UITA 5HFRA 5CQ3A 5E3GA 4QR5A 4XUBA 3MULA 5HQ7A 5C87A 5BT5A 5EWCA 5FH8A 5FB1A 5CY9A 3MB3A 5ENJA 4QUUA 4Z6IA 4QBMA 5D3SA 5F61A 5CS8A 4GPJA 4CFKA 5FE1A 5AMEA 5G4SA 4YAXA 5F60A 4NUDA 4TZ8A 5TB6A 2DVRA 2G4AA 5A5OA 5I86A 2MJVB 4O77A 4YYNA 4LZRA 4NXJA 4IR5A 5II2A 4LZ2A 4IOQA 4XUAA 2RNXA 5E74A 2DVSA 5IIDA 4Q0NA 4N3WA 3S92A 5CRZA 5JWMA 5L8UA 5CQTA 4HBXA 4QSVA 4HXKA 4YYJA 4PTBA 2OSSA 5DYAA 4NR5A 4A9IA 3P1FA 4TTEA 4F3IA 4LC2A 5EWDA 5DKHA 4A9MA 5E73A 4BW2A 5HRXA 5C85A 4NYWA 4LDFA 4FLPA 3K2JA 5EI4A 4DONA 5CFWA 5C89A 1EQFA 5FE7A 4HXLA 5CP5A 4HXRA 5FB0A 4QEUA 5HEMA 5KU3A 4J3IA 5F3AA 2YQDA 5COIA 4CUUA 5E9YA 3UVWA 5D24A 4TZ2A 5DKDA 5ENGA 4QSPA 4C67A 2DVQA 2YYNA 4BJXA 5CQ4A 4TS8A 4MR6A 5HLSA 5CPEA 3O34A 4YK0A 4ZC9A 4QUTA 4YYDA 4BW3A 3AADA 2DVVA 4LZSA 4OGJA 5EP7A 2L84A 4XYAA 5FE3A 4YYKA 5H85A 4IOOA 1F68A 5LKUA 2R10A 4QSWA 4OGIA 5BT4A 2DWWA 4NRAA 4CUQA 5FH7A 4HBWA 5EPSA 2YELA 4QY4A 5EVAA 4HXSA 3HMHA 3UVXA 2N9GA 5EWHA 5KHMA 2YEMA 5HCLA 4N4GA 5D3NA 5D25A 4E96A 5D3PA 2FSAA 5H1UA 3SVHA 5L96A 5CTLA 3NXBA 4A9OA 2R0YA 2DATA 2LSPB 5E3DA 4O78A 4IR4A 4BHWA 4NUEA 4QEVA 3S91A 3QZSA 3U5MA 5DYXA 5FFWA 2F6JA 3P1DA 3U5LA 4YBSA 5EWWA 4O7AA 5H1VA 4TU4A 4KCXA 4LRGA 5D7XA 5LJ2A 3G0LA 4IR6A 4CL9A 5CUEA 4TT4A 4J0SA 2R0SA 4MR3A 4N4IA 5IGMA 5D3JA 4CUTA 2I8NA 4YH4A 5F62A 4A9KA 5I29A 3UVDA 4YY6A 3P5OA 2GRCA 5HRWA 5HJCA 2WP2A 3O37A 5AD3A 5DFDA 3U5JA 5CUBA 4NR4A 4O70A 5E9MA 3Q2EA 4NYXA 5DY7A 4A9LA 5ETBA 4TU6A 4ALGA 4QR4A 5CGPA 5CUAA 3UV2A 3RCWA 5FE0A 5A5QA 5KO4A 5LJ0A 4QZSA 3UV5A 5E9VA 4PCIA 3O36A 4YATA 5E7DA 3UV4A 3IU6A 4IORA 3MB4A 2NXBA 4QEWA 2YW5A 4O7BA 4UIYA 5I80A 5HFQA 5EM3A 5F63A 3ONIA 3O35A 5TCMA 3MQMA 5EWVA 2OO1A 3DWYA 5LKZA 4LYWA 4MEPA 4NRCA 4QC3A 4A9FA 5HM0A 4UYDA 3GG3A 5DX4A 5AD2A 5A85A 5F1LA 2L85A 5I83A 2YEKA 3IU5A 5CZGA 5HENA 2RNYA 4UYGA 5C8GA 5K29A 5I40A 4NS5A 5E0RA 5ENBA 5I89A 5C4QA 3QZTA 5E9KA 4HBYA 5FE8A 4NR7A 4NR9A 3P1CA 3DAIA 3LQJA 4MENA 4HXPA 3JVLA 4UIWA 4O72A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D1DA 5CQAA 5CU8A 4O74A 4OUFA 4KV1A 4NUCA 4UYHA 4UIUA 4O71A 5IGLA 5A5SA 5J0DA 4UIZA 5I7YA 4Y03A 5FG5A 4TT6A 3SVGA 2D9EA 2L5EA 4NR8A 3MUKA 4UIVA 4YYGA 5ENHA 4TQNA 4QB3A 3HMEA 5IG6A 4YC9A 5BT3A 5FG6A 3U5NA 5A82A 4CUPA 4J1PA 5IBNA 4AI6A 3QZVA 3D7CA 4PCEA 5FBXA 5A5RA 4QC1A 4YYIA 4PS5A 5CRMA 4PY6A 5D3LA 5FE2A 4HBVA 4NR6A 4MEOA 5EA1A 5HRVA 5LKTA 4QYDA 5CUDA 5DKCA 2RO1A 5DFBA 4QSUA 5I7XA 4QSTA 5DW2A 5DYCA 4AKNA 5EPBA 4CUSA 2DKWA 5D0CA 4X2IA 5I1QA 5LVQA 5CQ5A 5JI8A 2RS9B 5ENIA 5DLXA 5L8TA 4QSXA 4BW4A 3O33A 4HXNA 5AMFA 4ALHA 5FE4A 2YDWA 5HQ5A 3FKMX 4UYFB 5ENEA 4YY4A 4UYFA 4UIXA 4A9EA 4Z1QA 4ZQLA 1ZS5A 4HXMA 4N4HA 5HELA 1N72A 5I88A 4NQMA 4CFLA 2R0VA 4WHWA 4N4FA 3U5KA 4Z6HA 4O7CA 4QNSA 3MXFA 5E9LA 4YYHA 4BW1A 5EU1A 4O75A 5EV9A 5EQ1A 1JM4B 4UYEA 2H60A 5EGUA 3SVFA 2KTBB 2OUOA 4MR4A 1X0JA 4A9JA 3G0JA 3ZYUA 3TLPA 4RVRA 5FH6A 5C7NA 5DFCA 5H1TA 2RI7A 4WHUA 2E7NA 5CQ7A 5A5NA 4KV4A 4NRBA 2E7OA 5KTWA 5L98A 3LJWA 3U5OA 2WP1A 4A9NA 4CLBA 5FFVA 5F2PA 5EICA 5FE6A 5L97A 5E9IA 3I3JA 4C66A 4MEQA 4AKGA 4YABA 5CQ8A 5DW1A 3JVKA 4ZW1A 4HXOA 4QR3A 1JSPB 5LKXA 5IGKA 3VKGA 4Z93A 5CQ6A 5LUUA 3LQHA 4NYVA 5FDZA 5CUCA 5DLZA 2I7KA 4MR5A 5ENCA 4TT2A 5IGNA 5KTXA 1ZKRA 5DBMA 3LQIA 4LR6A 5ENFA 5DYUA 4Z1SA 5LVRA 5FE5A 4IR3A 4XY8A 5CUGA 5F5ZA 2RNWA 1WUGA 4YBTA 5L99A 5G4RA 4WIVA 5D26A 3D1BA 4O7FA 3AQAA 5ETDA 4YYMA 5EPRA 4CURA 3Q2FA 5F25A 3VKHA 2RFJA 4YADA 5II1A 5A81A 5D3HA 1WUMA 5FG4A 5D3TA 5HQ6A 4QYLA 4LYSA 4Q0OA 5D3RA 3JVMA 3P1EA 5EISA 3U5PA 4PKLA 3LXJA 4TYLA 5ACYA 4J0RA 5A5PA 5EK9A 5A83A 1E6IA 4XY9A 2EJNA 4LYIA 2F6NA 4O76A 4QSRA 4QSSA 3UVYA 5F36A 4A9HA 2E3KA 4YBMA 5F1HA 2D82A 3JVJA 3HMFA 3UW9A 5A7CA 4O7EA 5FE9A 4YH3A 4QSQA 5FFYA 5KTUA 5LJ1A 4NQNA 4UITA 5HFRA 5CQ3A 5E3GA 4QR5A 4XUBA 3MULA 5HQ7A 5C87A 5BT5A 5EWCA 5FH8A 5FB1A 5CY9A 3MB3A 5ENJA 4QUUA 4Z6IA 4QBMA 5D3SA 5F61A 5CS8A 4GPJA 4AKIA 4CFKA 5FE1A 5AMEA 5G4SA 4YAXA 5F60A 4NUDA 4TZ8A 5TB6A 2DVRA 2G4AA 5A5OA 5I86A 2MJVB 4O77A 4YYNA 4LZRA 4NXJA 4IR5A 5II2A 4LZ2A 4IOQA 4XUAA 2RNXA 5E74A 2DVSA 5IIDA 4Q0NA 4N3WA 3S92A 5CRZA 5JWMA 5L8UA 5CQTA 4HBXA 4QSVA 4HXKA 4YYJA 4PTBA 2OSSA 5DYAA 4NR5A 4A9IA 3P1FA 4TTEA 4F3IA 4LC2A 5EWDA 5DKHA 4A9MA 5E73A 4BW2A 5HRXA 5C85A 4NYWA 4LDFA 4FLPA 3K2JA 5EI4A 4DONA 5CFWA 5C89A 1EQFA 5FE7A 4HXLA 5CP5A 4HXRA 5FB0A 4QEUA 5HEMA 5KU3A 4J3IA 5F3AA 2YQDA 5COIA 4CUUA 5E9YA 3UVWA 5D24A 4TZ2A 5DKDA 5ENGA 4QSPA 4C67A 2DVQA 2YYNA 4BJXA 5CQ4A 4TS8A 4MR6A 5HLSA 5CPEA 3O34A 4YK0A 4ZC9A 4QUTA 4YYDA 4BW3A 3AADA 2DVVA 4LZSA 4OGJA 5EP7A 1PUOA 2L84A 4XYAA 5FE3A 4YYKA 5H85A 4IOOA 1F68A 5LKUA 2R10A 4QSWA 4OGIA 5BT4A 2DWWA 4NRAA 4CUQA 5FH7A 4HBWA 5EPSA 2YELA 4QY4A 5EVAA 4HXSA 3HMHA 3UVXA 4AKHA 2N9GA 5EWHA 5KHMA 2YEMA 5HCLA 4N4GA 5D3NA 5D25A 4E96A 5D3PA 2FSAA 5H1UA 3SVHA 5L96A 5CTLA 3NXBA 4A9OA 2R0YA 2DATA 2LSPB 5E3DA 4O78A 4IR4A 4BHWA 4NUEA 4QEVA 3S91A 3QZSA 3U5MA 5DYXA 5FFWA 2F6JA 3P1DA 3U5LA 4YBSA 5EWWA 4O7AA 5H1VA 4TU4A 4KCXA 4LRGA 5D7XA 5LJ2A 3G0LA 4IR6A 4CL9A 5CUEA 4TT4A 4J0SA 2R0SA 4MR3A 4N4IA 5IGMA 5D3JA 4CUTA 2I8NA 4YH4A 5F62A 4A9KA 5I29A 3UVDA 4YY6A 3P5OA 2GRCA 5HRWA 5HJCA 2WP2A 3O37A 5AD3A 5DFDA 3U5JA 5CUBA 3ERRA 4NR4A 4O70A 5E9MA 3Q2EA 4NYXA 5DY7A 4A9LA 5ETBA 4TU6A 4ALGA 4QR4A 5CGPA 5CUAA 3UV2A 3RCWA 5FE0A 5A5QA 5KO4A 5LJ0A 4QZSA 3UV5A 5E9VA 4PCIA 3O36A 4YATA 5E7DA 3UV4A 3IU6A 4IORA 3MB4A 2NXBA 4QEWA 2YW5A 4O7BA 4UIYA 5I80A 5HFQA 5EM3A 5F63A 3ONIA 3O35A 5TCMA 3MQMA 5EWVA 2OO1A 3DWYA 5LKZA 4LYWA 4MEPA 4NRCA 4QC3A 4A9FA 5HM0A 4UYDA 3GG3A 5DX4A 5AD2A 5A85A 5F1LA 2L85A 5I83A 2YEKA 3IU5A 5CZGA 5HENA 2RNYA 4UYGA 5C8GA 5K29A 5I40A 4NS5A 5E0RA 5ENBA 5I89A 5C4QA 3QZTA 5E9KA 4HBYA 5FE8A 4NR7A 4NR9A 3P1CA 3DAIA 3LQJA 4MENA 4HXPA 3JVLA 4UIWA 4O72A
chains in the Genus database with same CATH topology
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