The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
74
|
structure length |
74
|
Chain Sequence |
MKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVDE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Substrate RNA positioning in the archaeal H/ACA ribonucleoprotein complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase/rna
|
| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| molecule keywords |
guide RNA 1
|
| total genus |
7
|
| structure length |
74
|
| sequence length |
74
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-09-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EQN A; 2RFK C; 3U28 C; 3MQK C; 3UAI C; 2HVY B; 2EY4 C; 2V3M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2H5D A; 1O2W A; 3GDV A; 1H8E D; 1QIX B; 4UD9 H; 3ZZ6 A; 3GIC B; 1O2V A; 1GL1 A; 1DPO A; 2OIN A; 2O9Q A; 2P16 A; 4YXW D; 2OK5 A; 3TIU A; 4WH8 A; 1J17 T; 1AQ7 A; 3VEQ B; 1DWD H; 1UTL M; 2BDB A; 1LQE A; 1SGQ E; 2Z94 A; 1AMH A; 5SGA E; 1TX7 A; 5EG4 A; 2PLX A; 3MHW U; 1HPG A; 2C3S A; 2XBW A; 1NN6 A; 3V12 A; 3CS7 A; 2KAI A; 4JZI A; 3A7Y A; 2EST E; 3LGW A; 3EYD A; 2ZGX H; 3BTE E; 5EGM A; 4ISI H; 4X6O A; 4DW2 U; 3MFJ A; 1QTF A; 5JB8 S; 3UQV A; 3BG8 A; 2CJI A; 5A0B A; 3PO1 B; 2VVV A; 2YMS B; 3F9H A; 4X6P A; 3FP7 E; 4ZMA H; 1UK2 A; 1TA2 A; 2YNB A; 5EPY A; 5IYT A; 1SHH B; 3LOX A; 1EZQ A; 4NG9 H; 4DT4 A; 2ZU5 A; 2HLD D; 2QAA A; 2ASU B; 3F6U H; 1OS8 A; 4EST E; 3SV2 H; 5FX6 A; 1CQQ A; 1O3L A; 3ITI A; 1FAX A; 1QFK H; 3TPI Z; 1OSS A; 3NXP A; 1MKX K; 3NWU A; 4TPI Z; 1SGN E; 4UFF H; 4WVP E; 4J1Y A; 2BB4 A; 5GXP A; 1OWH A; 3LGU A; 1P05 A; 4M9F A; 1ELE E; 2B5T B; 2F9B H; 2GP9 B; 3MU0 A; 4F48 B; 1WOF A; 2HOB A; 5FXL A; 4IMQ A; 1QBV H; 2ZHD A; 1G2M A; 1QUR H; 3ATI A; 4FUB A; 2EC9 H; 4MNV A; 1CU1 A; 1Y8T A; 2ZHE H; 1SR5 C; 1ETS H; 3HKI B; 3IIT A; 3LGV A; 2BLO A; 1FPC H; 1ANE A; 3F1S B; 5K7R A; 1O3C A; 3BG4 B; 4FU9 A; 3SV6 A; 2XC5 A; 4NFE A; 1F92 A; 1GBD A; 1LCY A; 1KDQ A; 2D1J A; 1IQI A; 1S6H A; 4NZQ A; 2BVR H; 1OYQ A; 2FEQ H; 2Z3D A; 4JZD H; 1C2L A; 2FS8 A; 1AY6 H; 1MKW K; 1TNI A; 1EAU A; 3EA8 A; 3GCH B; 2UUJ B; 2J5U A; 3OE7 D; 4LZ1 H; 2XCN A; 4HTC H; 3M5L A; 1H9I E; 3MYW A; 1C2M A; 3S7K B; 4FET A; 1QGF A; 1BJU A; 2XBX A; 1LPG B; 2J9N A; 2AMQ A; 4AB8 A; 5LPR A; 1GDQ A; 2B9L A; 3K2U A; 1MKX H; 1L1N A; 3BEF B; 2FES H; 2XBV A; 1TMU H; 1TQ7 B; 2ZQ2 A; 3U69 H; 2R3Y A; 1SQO A; 1ZR0 A; 4WY3 A; 1KTT B; 5L2Y H; 3WWB A; 1Q3X A; 4DY7 B; 2WYJ A; 1BZX E; 1QB6 A; 4CHA B; 2M5T A; 2A45 B; 2JJ2 D; 1FZZ A; 1UVS H; 4ZHL U; 4KTS A; 1GMD F; 1C5M D; 1WDI A; 3N99 A; 2RCE A; 1DY9 A; 3DFL A; 3ENS B; 1G36 A; 1A7S A; 2GV6 A; 1HIA A; 1ZHR A; 1DOJ A; 2BY8 X; 2A4Q A; 1NRS H; 2C90 B; 1PJP A; 3E3T A; 5FX5 A; 2RA3 A; 1L1G A; 1BMA A; 2Z9K A; 1ZRB A; 1JRT A; 4AFU A; 3ZVB A; 3P92 A; 3OEH D; 1ORF A; 3TVJ B; 3NUM A; 4B76 A; 1SQA A; 4B6F A; 2FLR H; 1MKW H; 3FP6 E; 5C5N A; 3C27 B; 1ZPB A; 1EKB B; 1JOU B; 2RA0 A; 1C1N A; 1GJ9 B; 1L0Z A; 2DE9 A; 3QZR A; 4X2Y A; 4I32 A; 1UJ1 A; 3A7Z A; 2TGA A; 1GMC G; 3TGI E; 1C1U H; 2BZA A; 1KXC A; 2BY7 X; 6CHA B; 4Y76 A; 2FOB A; 3SU5 A; 1EAS A; 4OM9 A; 1J14 A; 3BTG E; 4INK A; 2H2Z A; 3AAS A; 1ELF A; 1NFY A; 1NM6 A; 1ZOM A; 3A8A A; 5EOD A; 3RMN H; 2WHX A; 1ZJD A; 5DKM A; 4YTA A; 3H7T A; 3SU0 A; 1BRU P; 2AFQ B; 3MU8 A; 4FU7 A; 1P2I A; 3VGC C; 1DWE H; 3ATL A; 4MQA A; 4X1R U; 3ZVC A; 2Q6D A; 1Z1J A; 3RXV A; 1YWU A; 2G52 A; 1FV9 A; 2HAL A; 3B9F H; 3UWI A; 1RRK A; 4MNY A; 2W3K A; 2H1U A; 4B2C A; 2FOA A; 3RML H; 1SGF A; 2KZ4 A; 1GHZ A; 1TWX B; 4ZH8 A; 3LGY A; 3SI4 H; 2BVS H; 3RXJ A; 3OAA D; 2Z9L A; 4NIW A; 1UVT H; 4K60 A; 1XKA C; 1LVY A; 3M7T A; 2GCH F; 2HLC A; 4YES B; 2FOM B; 3UR6 A; 1WAY B; 4FXG H; 1YC0 A; 1XUG A; 1RTK A; 1AUJ A; 1V2R T; 5JB9 S; 3SZN A; 3GCT G; 2XTT B; 4FUC A; 1RTL A; 5HIY A; 2V0B A; 2BHG A; 1V2M T; 1F0R A; 3W1E A; 4Q4L A; 5FAH A; 1O33 A; 1D6R A; 4ZKS U; 1O2K A; 3MO6 A; 4QT8 C; 2D26 C; 4IMZ A; 3AAU A; 1GVK B; 3DSP A; 1TRY A; 5EXM A; 2ZGB H; 1EB1 H; 3TK6 A; 2ZGC A; 1MCV A; 1Y3U A; 3JZ2 B; 3BG4 C; 4WF8 A; 2XND D; 4XD7 D; 4XE4 A; 3SUF A; 3RP2 A; 1BMN H; 2Y6T A; 1XMN B; 2ZIQ H; 1ID5 H; 4YOG A; 1H8I H; 5CE1 A; 2WZQ A; 3TK9 A; 1TNL A; 3UIR A; 1OWE A; 1MAY A; 1ZSK A; 3OYP A; 1BHX B; 1PYT D; 1HAP H; 1K1I A; 2Z3C A; 1HV7 A; 1EOJ A; 3A8B A; 2UUY A; 4H42 U; 1YPM H; 4K3J A; 1F2S E; 3A84 A; 4AOQ A; 2EQN A; 4ZHA A; 8GCH G; 4Y8X A; 3M35 A; 4E7N A; 4B2A A; 3VXE H; 1HCG A; 2QYI A; 3PLK A; 1TPS A; 1EAX A; 3TJO A; 4YT6 H; 1MAX A; 1W0K D; 2C93 B; 3HK6 B; 2A5I A; 1CSO E; 2RDL A; 1E79 D; 1X7A C; 4VGC C; 2QXJ A; 3QN7 A; 4JYV H; 4AB9 A; 1O5D H; 2NU0 E; 1HAG E; 3D65 E; 2WIN I; 1TFX A; 1C9P A; 2OP9 A; 2QXH A; 3T29 A; 3SU4 A; 1VKY A; 2G5V A; 4JK5 A; 1HAV A; 4Q7Z A; 1HB0 B; 1P3E A; 1OWJ A; 2YOL A; 5AHG H; 1H8H D; 1YPJ H; 1T7C A; 2FOF A; 1YCP M; 1VCW A; 5DK1 A; 4H6S B; 1EJN A; 3STI A; 3UUZ A; 1OP0 A; 5T6D A; 3UOU A; 1RS0 A; 2BMG B; 4OS7 A; 3KGP A; 4TY7 A; 2YMS D; 1P10 A; 2GZ8 A; 1SSX A; 3GY8 A; 1V2O T; 2C8Y B; 1CA0 C; 2BM2 A; 2QN5 T; 2VJ1 A; 2I6Q A; 1F0U A; 1O5F H; 3RXH A; 1CHO F; 2P8O B; 1SG8 B; 3U8O H; 1EZS C; 2BLQ A; 3T27 A; 3F3B A; 2JDI D; 2IN2 A; 1TQ0 B; 8KME 2; 1EX3 A; 2BZ6 H; 4Z0K A; 1CBW C; 2A0Q B; 3KHV A; 1T4U H; 4NWL A; 5A8Y A; 4I8J A; 5E0J A; 3EE0 B; 3F2F A; 1C2H A; 3ZZ3 A; 4A5T S; 4BOH A; 2P94 A; 5TCA A; 2O8W A; 3SYJ A; 3GY2 A; 1S81 A; 1YF4 A; 2FZZ A; 3SJK A; 2ZI2 H; 1YKT A; 3ZVF A; 2QF0 A; 3MMG A; 4D9R A; 3A8D A; 4O3U A; 2GCT C; 5FPS A; 3RXQ A; 1ACB E; 1QJ1 B; 4AFS A; 4NGA H; 1GPZ A; 4MTB A; 4UE7 H; 2A7J A; 3SGA E; 2KAI B; 4Y79 A; 2K8I A; 1FLE E; 2R3U A; 2SNV A; 2CF8 H; 2ZU2 A; 4E7R G; 1DLK B; 1XVO A; 1TX6 A; 5L30 H; 2A2Q H; 2UUF B; 4Y0Z E; 2QIQ A; 5C1X A; 1GCT B; 4INL A; 3U1J B; 4YM9 A; 1W12 U; 3UFA A; 2ZC9 H; 3BIU H; 1Y3W A; 3KQ5 A; 5ETX A; 2EI8 A; 1GHX H; 2W3I A; 1A0H B; 2ZZU H; 2ALP A; 2OQ5 A; 3SOS A; 4MPV A; 8LPR A; 1VJ9 U; 1XM1 A; 5CHA B; 4Q2K A; 1P2Q A; 1SBW A; 3A81 A; 4MPU A; 1TNG A; 2FOG A; 5L2Z H; 1YCP K; 3K65 B; 3MI4 A; 3RXK A; 4JK6 A; 1E37 B; 5C3N A; 1HXE H; 2UWL A; 1W2K H; 2A4G A; 3RMM H; 1FY3 A; 1CT4 E; 1OPH B; 4BAH B; 5JBT A; 3CEN A; 1ETT H; 3M3S A; 1FPH H; 4AFZ A; 3BTD E; 3M7U A; 1EST A; 1P06 A; 3VB4 A; 1NES E; 1ANC A; 3PYH A; 1CGI E; 1TMT H; 1YPH E; 3SV7 A; 2SNW A; 1MD7 A; 1V2J T; 1V2Q T; 5EJL A; 2TGP Z; 3H09 A; 4X2W A; 1W13 U; 4A6L A; 1BTU A; 5J4S A; 2HGT H; 1K1O A; 2P3T B; 1LVM A; 4TPY A; 2PHB A; 1S0Q A; 3S9C A; 4ISL A; 1FY8 E; 1O34 A; 1Z7K A; 5DJ7 A; 2OCV B; 2FTL E; 2LNC A; 2EA3 A; 3I77 A; 1AUT C; 1C5R A; 1LMW B; 3RC4 A; 3GY7 A; 2J4I A; 5EW2 H; 2PKA A; 5A8X A; 1C2E A; 1C5S A; 3GY6 A; 1O3M A; 1KDQ B; 2H6M A; 1C5T A; 3M37 A; 4FVD A; 6EST A; 1WTG H; 1TB6 H; 2QF3 A; 1F5K U; 4HFP B; 1HDT H; 2FI3 E; 1V2L T; 1Y5A T; 1C5Q A; 4IS5 A; 1C4V 2; 2FPZ A; 1AB9 B; 4NZL A; 1YCP H; 1O2H A; 3P8N A; 1DY8 A; 4ZXX H; 1D3Q B; 1V2P T; 2NU1 E; 1NZQ H; 1T4V H; 1L4Z A; 5DPA A; 1AZ8 A; 3LIW A; 2W7U A; 3ZZ4 A; 1TPP A; 4AGK A; 4ASU D; 1AIX H; 1GBB A; 2R0L A; 1NU9 A; 4D9Q A; 1AFE H; 2A31 A; 2ZDV H; 2VU8 E; 2Z3E A; 4X0W U; 1CVW H; 4JZE H; 1FIW A; 1SGD E; 2JIZ D; 4FUF A; 3RM2 H; 3SJO A; 1JIM A; 3ZV8 A; 3ZIA D; 1SGY E; 1GHA F; 3MO9 A; 1GVZ A; 2ZTX A; 4KGA A; 3QZQ A; 2FM2 A; 1C2F A; 2CHA B; 1C5X B; 5F6M A; 2KCA A; 1MTV A; 1UCY K; 4U2W A; 1Y59 T; 2O8T A; 1TBR H; 4X8U H; 5F8Z A; 1PPH E; 2IJO B; 4DUR A; 2F9O A; 2V3O H; 4ZXY H; 1GI8 B; 1HIA B; 2G4T A; 1XUK A; 2F4L A; 3A86 A; 1ELG A; 2EEK A; 3QX5 H; 6GCH F; 1P2M A; 4Y8Y A; 5T1V A; 1DXW A; 1UTO A; 1QA0 A; 2HNT F; 1Y3X A; 4BNR A; 1GJ5 H; 3QO6 A; 2GT7 A; 1AD8 H; 1GI0 A; 3SU6 A; 2PTC E; 3VB5 A; 3QTO H; 1FAK H; 1V2T T; 1THP B; 2CMY A; 3LDX H; 2FLB H; 1O2S A; 1YPE H; 1ZPC A; 3IG6 B; 3K6Y A; 2JH0 D; 1BB0 B; 5ABW A; 4X8S H; 3BN9 A; 1DFP A; 1HAH H; 1OP8 A; 1TGN A; 2QXG A; 1ELD E; 1HAZ B; 1O31 A; 3DSG A; 2IPQ X; 3EDX B; 4I7Y H; 3QLP H; 1SLU B; 1CHG A; 3OFN D; 3PTB A; 4ABE A; 1XX9 A; 2OUA A; 4IW4 E; 1INC A; 1VIT H; 4WMD A; 5DP9 A; 1UCY H; 2QF5 A; 4GCH G; 4Y10 E; 2Y7X A; 5E0H A; 1C1T A; 2HPQ H; 2ZFP H; 4XOJ A; 1UCY E; 2ZDK A; 3L33 A; 3PMH B; 3Q00 A; 1F5R A; 3B8J A; 1FI8 A; 1GBH A; 2TBS A; 3U1I B; 2DUC A; 4AN7 A; 4Y71 A; 1YYY 1; 2JET B; 5CHA C; 1Z8G A; 2FOH A; 3V3M A; 3RXF A; 1C5Z B; 1FXY A; 1UVU H; 1ELB A; 1MAB B; 1WQS A; 2NWN A; 1BA8 B; 1MH0 A; 1BUI A; 1C1P A; 1FQ3 A; 1XUF A; 3ZVG A; 2FYR A; 2HVX A; 1UW7 A; 4TT3 D; 5HYO A; 2C8W B; 2GD4 B; 1BIO A; 1O39 A; 3M36 A; 3MO3 A; 1FNI A; 1O5E H; 1GGD B; 2BD3 A; 1AU8 A; 1DUA A; 1RGQ A; 1GWA A; 1TGS Z; 4LZ4 B; 2V7Q D; 5DP6 A; 1MTW A; 1O2G H; 1C1O A; 2NU3 E; 2BD9 A; 2BTC E; 4F55 A; 4IN2 A; 1PPZ A; 5EPN A; 2J38 A; 1Z6E A; 1CE5 A; 5B6L A; 4R8T B; 1O5B B; 4JZ1 A; 1BTH H; 2XXL A; 1H9L B; 1PPF E; 4MVN A; 7GCH F; 3FZZ A; 1NTP A; 2WPL S; 3LH1 A; 1O2Y A; 5EJ1 A; 1GJD B; 3KNX A; 1C9T A; 3JZ1 B; 4BTI B; 3P8F A; 2EY4 C; 5I25 A; 3PRO A; 2VIP A; 1YPK H; 3A87 A; 2H9H A; 3WY8 A; 1AKS A; 2BD2 A; 5G4B A; 3GOV B; 1SGE E; 1W10 U; 4Y11 E; 3GDU A; 3NPS A; 1YY3 A; 1NFU A; 3FKS D; 2GMT B; 2ZPQ A; 1TMB H; 3TNT A; 2HWL B; 1CT2 E; 5DO4 H; 2DE8 A; 3SQE E; 2M2A A; 3H5C B; 1KLI H; 1MCT A; 4ABH A; 1SHY A; 2BXT H; 1DT2 A; 2WPK S; 1BTP A; 1GJ7 B; 2WPD D; 3MH7 A; 1TAL A; 3VB7 A; 1P04 A; 1V2S T; 2ZFQ H; 1A3B H; 5H4I B; 1G3E A; 3QUM P; 5LGO A; 4GHT A; 3Q77 A; 1F0S A; 3S0N A; 2VWL A; 1GI2 A; 2BY9 X; 1G3D A; 4GPG A; 1EAT A; 1HXF H; 1BMF D; 3QTV H; 4AX9 H; 1H1B A; 1HAV B; 2A7C A; 3S7H B; 2OC0 A; 2PKS B; 3SHA H; 3R3G B; 3QDZ B; 1W8B H; 1A46 H; 2HPP H; 4BAM B; 2A4R A; 4TYD A; 3RXA A; 3T5F H; 1QB9 A; 4MPW A; 2ZKS A; 1NU7 B; 4E06 H; 1O2M A; 1FDP A; 4INH A; 4NA7 A; 1LKB A; 2AGG X; 1GBT A; 4KP0 A; 1SFQ B; 1O2I A; 2BXU H; 2ZFS A; 1H4W A; 2ZCH P; 4LXB H; 1ZTL A; 2XYA A; 1PPB H; 2ZG0 H; 1DX5 M; 1O38 A; 2JJ1 D; 2C8X B; 1GJC B; 3RXD A; 1JIR A; 1BBR K; 3EE7 A; 3LON A; 4GVU A; 1W14 U; 1PQA A; 3GYL B; 1UMA H; 3M61 U; 3T25 A; 1ELA A; 2VIQ A; 1YLN A; 4K2Y A; 3SOR A; 4AOR A; 1EFR D; 3Q76 A; 4FUI A; 4X6N A; 3K6Z A; 3SO3 A; 1WUN H; 5JDU B; 1C5P A; 1YGC H; 2XOK D; 1A5I A; 5ESB A; 1O30 A; 3IWM A; 2W5E A; 3BV9 B; 3PWC A; 4DIH H; 4SGA E; 3SUD A; 3SI3 H; 5B6O A; 5LPE A; 1GL0 E; 1PYT C; 1RD3 B; 4CH2 B; 2WPI S; 2W7S A; 1FY1 A; 1QRW A; 2P93 A; 3UR9 A; 1DIT H; 3DD2 H; 1MU8 B; 3D62 A; 4GSO A; 2W6J D; 3RXP A; 1BIT A; 1QHR B; 2JET C; 3TJV A; 5FCR A; 3BSQ A; 3UQO A; 3RXB A; 3ZYD A; 3CS0 A; 4Q80 A; 1NPM A; 3ZZ8 A; 1LTO A; 4B71 A; 3GY4 A; 2VH0 A; 3A7W A; 4O9V A; 1JBU H; 3KF2 A; 5C5O A; 1LDT T; 2BYA X; 1GMD G; 4RN6 A; 3WWF A; 1SGF G; 2WV5 A; 3URD A; 1AWF H; 2R2W U; 1UVO A; 1C5L H; 1EPT A; 3SN8 A; 3SUE A; 5CMX H; 1C1Q A; 2Z7F E; 1BBR H; 3E1X B; 2ZDM A; 1B5G H; 2B0F A; 2F83 A; 3U8R H; 5BRR E; 1Z6J H; 1OWI A; 4JCN A; 3LC5 A; 3GIS B; 1O3E A; 4D76 A; 3LJO A; 2AMD A; 3KQC A; 1ELC A; 2PUQ H; 3FO8 D; 2OD3 B; 2TIO A; 1IQK A; 1HBT H; 1SQT A; 3N7E A; 2IJD 1; 1O3F A; 3PO1 C; 1O37 A; 4CBO A; 2GDE H; 1K22 H; 2SGA A; 1A61 H; 1UHB A; 2JH6 D; 2YMS C; 3SUG A; 4NFF A; 3MOC A; 1AGJ A; 5EU8 A; 1O2R A; 2CGA A; 3EST A; 1E35 B; 2FX4 A; 3MWI U; 1QL9 A; 1LHD H; 2F3C E; 2VID A; 4PRO A; 5DSF A; 1ZSJ A; 4BAK B; 1C5Y B; 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