2RGMA

Rice bglu1 beta-glucosidase, a plant exoglucanase/beta-glucosidase
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
471
structure length
471
Chain Sequence
WLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITENGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
publication title Structural Insights into Rice BGlu1 beta-Glucosidase Oligosaccharide Hydrolysis and Transglycosylation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
total genus 192
structure length 471
sequence length 471
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2007-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2rgmA00
3PBGA 2XVKA 1PAMA 2VR5A 4CGTA 1EDTA 1OGGA 1JF5A 4ZE5A 1B90A 3POHA 4KWUA 3BMWA 5AYIA 5HXMA 1E43A 3PTMA 5HPOA 2A3HA 2CKSA 1KXHA 2YJQA 5BCAA 3AHXA 1BGAA 2VZTA 4W5UA 2IXVA 4CUCA 2J4GA 1GCYA 5CXPA 3WEZA 1MQPA 3IK2A 1KWKA 3CGTA 2WW5A 1KGXA 1W3JA 4FLSA 3RIKA 5ABGA 5HNNA 3PTKA 1E3ZA 2YDRA 1W9VA 4GO9A 3N04A 1ODZA 4F8XA 4ZENA 1BGGA 3SCUA 4BQ5A 1QW9A 5ABFA 2VX7A 1EO5A 4D72A 2WB5A 3BAXA 4QAWA 1E70M 5I5RA 1VFFA 3AICA 1JNEA 1Y7VA 3NDYA 2XVGA 3AFBA 2VQTA 4N0RA 2PBOA 4V27A 1QNOA 4OIFA 4HU8A 3GZAA 3A4WA 1RD6A 2X0HA 2QF8A 2ZX5A 3T2QA 1HN1A 1QNSA 2DIJA 4Z2JA 3T2OA 1JL8A 4DWSA 1ISXA 1OT1A 1UR8A 2ZUVA 4NI3A 4OKDA 3EMQA 4GKLA 1SR0A 2JFEX 3CUIA 1KQZA 3N11A 1GHRA 2ZXQA 3GH4A 4MAZA 5D4YA 2VCBA 3GXDA 2JE8A 1UWUA 3WQ6A 3WNMA 1UKTA 3D3AA 4HZ6A 2X05A 3VM5A 2G4FA 3CO4A 1JD7A 3AMDA 3RO8A 3AS1A 2YKKA 2GVYA 2ZWYA 4AISA 3F4VA 1VEPA 4GXPA 2E9LA 3CUJA 1RP9A 3AIWA 4W84A 1TA3B 1KCKA 1JZ7A 4J7RA 2TAAA 3AHZA 2V3FA 4YHGA 1XV8A 3B9DA 1JYXA 3A4XA 2J7EA 1U2YA 4C7GA 2W4XA 1E6RA 4WIWA 1KXTA 3FY1A 4H8VA 2G41A 3VIOA 1KCLA 4PTVA 4P8XA 2YL8A 3SCWA 3GTNA 2FHCA 5M3WA 2CESA 1QI4A 2JEQA 3AMKA 2EEXA 5E6ZA 2XTKA 5DF0A 1H0IA 4KRUA 1ISZA 2WVVB 3MSGA 5A6AA 3TOPA 3WEOA 5A6MA 4LX4A 3M7SA 2YA1A 1R87A 2A3AA 1NWRA 2QMJA 3RJXA 2YDQA 2EPLX 3UETA 3G6MA 5CSYA 1E5NA 1LLOA 3NYDA 2CNCA 3D5HA 3IJ8A 1V02A 1B3YA 5A8OA 2WZEA 3AS3A 3RM9A 2BY2A 2J8GA 1E15A 4C7DA 1OWQA 1BTCA 1GUVA 2PB1A 1J0IA 4FLQA 3EBVA 2J25A 3PZIA 1PX3A 3LPGA 1MVYA 2W67A 1GQIA 3VPLA 5A6LA 2BHYA 1XH0A 2WM0A 3VMOA 4R27A 3ZR6A 2E40A 1VB9A 3VTRA 5BWFA 2E0PA 4W8AA 1B1YA 4D6FA 1W9UA 2YDSA 4YPJA 4P7RA 3WH6A 4PN2A 3T0AA 3UG4A 1MXDA 1EH9A 3CUFA 2J78A 3AJ7A 3KL5A 4UCFA 2WK2A 3NUKA 1W1PA 1QHOA 5GNXA 3SUUA 3SUTA 4LQ1A 3L4VA 1OBAA 1H2JA 2OSWA 3ZT5A 2WBGA 1UKOA 1X1NA 3W6MA 2GDUA 2CBJA 1HNYA 2BVTA 2GUYA 4P8UA 3UG5A 4PMZA 1KBKA 3E1F1 4AD4A 3ARWA 1CGUA 4FMVA 4ACZB 2XIIA 4TOQA 4UQCA 1E1EA 4HA4A 4MNJA 2Z1SA 1BHGA 1XCWA 1C7SA 3MKKA 1JDDA 5LA2A 4AZCB 1GQKA 3IAPA 3EYPA 2XGIA 2VC9A 4JFVA 1QBBA 2J79A 3TONA 1IT0A 3VIKA 1QNRA 2AOSA 1UG6A 1TCMA 4B15A 1V03A 1JYVA 4S3KA 3ARYA 1BQCA 3BAIA 4LXFA 2WHKA 2YLAA 3ARPA 3SCTA 1RPKA 1JD9A 4EAMA 3WNOA 2ESCA 3SCOA 1E40A 4QP0A 1CGVA 2XHYA 5C70A 3VDHA 3AZSA 5ABHA 1JAKA 4UOQA 5AC4A 3EDEA 3OZOA 5TD4A 1MFVA 1JAEA 3MO4A 1I75A 4XZWA 1RP8A 1NH6A 4P7LA 5A95A 1QNQA 2XVNA 1F4AA 3SCNA 3L2LA 3WF4A 4Z2LA 1FH7A 3BXWA 3VDAA 2C0HA 1HKJA 1TFVA 1UKQA 3CBWA 1E4NA 3W38A 3WQWA 3U7VA 1C7TA 1PZ3A 1E73M 3VINA 2WANA 2OYMA 2OWCA 3NSXA 3CHEA 4MADA 1W3KA 4AZGA 5HPCA 2J77A 2G3IA 5A6SA 4HTYA 3RCNA 3W81A 4NRRA 5I0DA 3ZJ7A 3SCQA 3TP4A 1C92A 1H3GA 1UWTA 2FHBA 1VF8A 5CLWA 3AMGA 1PX8A 2VRJA 5A94A 3BCDA 4KH2A 4P8VA 1J12A 2XM1A 2D3NA 4QLKA 2DGAA 4IUGA 1XH1A 4W93A 4A3YA 4V28A 2VX5A 1ZJBA 2BY1A 1E1FA 1H1NA 4GPNA 1G0CA 1LF1A 5E09A 4M80A 1OINA 1UKSA 5DMYA 1TE1A 1OIFA 2CITA 2VZSA 1CGTA 2VI0A 2W91A 4FK9A 1JYNA 5F7UA 4AIUA 2D23A 1B2YA 4MB4A 4R5EA 5A2AA 1V3MA 3F5LA 4AYSA 5KEZA 4AZ6A 1Q4NX 2J7BA 1QI3A 4W7UA 3AIRA 4D6DA 1QHZA 4BS0A 3GBDA 1L8NA 4JKMA 1A3HA 4GIAA 2O9PA 5E70A 3WUEA 4AD5A 4ACZA 4JHZA 2OWWA 4J3XA 2WXDM 4F66A 1ZBCA 4IPLA 4W7VA 4HZ7A 4CN6A 3WNLA 4AZCA 1E9LA 3QGVA 3BLKA 4ZXLA 3CHDA 4U2ZA 2CCRA 2O9RA 3CUGA 4Q7NA 4X0NA 2PWHA 3A4AA 5E6YA 3ZSTA 5D8WA 2XGBA 4JHOA 3L4XA 3VD4A 1P6WA 3WUFA 4AXNA 4AY1A 3VD5A 2BNJA 4JFTA 1R86A 3BAJA 1JF6A 1V6UA 5A6BD 3AS2A 1GJUA 4MDOA 3WH8A 3VX0A 4OBSA 3CTTA 1NQ6A 9CGTA 3ZJ8A 4KGLA 1EA9C 3TTOA 2VRQA 4UFLA 1AQMA 1JXJA 1IV8A 3GBEA 4OBRA 4WKHA 4NSBA 2AAAA 2DQXA 4F79A 2DSUA 1UR0A 1EQCA 1XH2A 1X6LA 2D2OA 3FHQA 2EPMX 2X1IA 3CHFA 1GJWA 1KWGA 2YA2A 1C93A 1H49A 5JIWA 1UH2A 1K6AA 2V5DA 1US3A 4D6CA 4OOUA 3M07A 3QHOA 2JF7A 2XJ7A 1LJYA 4PMNA 3RDKA 1WDPA 4K68A 1C91A 2Q8XA 3W29A 1J0ZA 3THDA 5DT7A 4HMDA 1CXFA 3CZLA 1WDQA 1ZL1A 1PZ2A 5BRQA 4TVCA 4D6GA 2WZIA 1OD0A 3CLWA 1RH9A 4PBGA 4UZUA 5EBAA 1E4IA 1CNVA 4GQQA 3AISA 3QOMA 1E3XA 4E2OA 3GM8A 4LGXA 4HU0A 1WZMA 1UA3A 1J18A 1G94A 1V6XA 1PX4A 4PMUA 2WMFA 1E4MM 4ATWA 3EMCA 4P7NA 2D24A 4CCDA 5LA0A 3ZMRA 1Q6EA 1FP9A 1UR2A 1QW8A 4PMXA 4DM2A 1V08A 4IPNB 2D0GA 1V3LA 1WE5A 4MJ4A 1GONA 3DC0A 1BYBA 1XD0A 4Y7EA 1CTNA 1BFNA 4BQ3A 5BRPA 1XCXA 5A8NA 3MUIA 1LL4A 3AMLA 2WC3A 4H8HA 5DFAA 3L4WA 4M24A 2VCAA 4JKLA 2W61A 1TR1A 4TVDA 2XSBA 4MNLA 1HJVA 2DT2A 1G1YA 2JIEA 4TTUA 5GQBA 3WFZA 3VILA 4M29A 1C3FA 1GPFA 2F2HA 4PMRA 1BAGA 2JALA 2WSPA 1YQ2A 1KFWA 2D0FA 2OYKA 2CHNA 4B3KA 4CN1A 1DEDA 1IZKA 2QMKA 1HJWA 4KMQA 2VOTA 2VZOA 1MW1A 3VM7A 2VZUA 2Y24A 2GJXA 2WC7A 1VIWA 5D9OA 3VIJA 2HISA 4UTFA 4XX6A 4AWEA 1OB0A 5IXEA 3CZ8A 1QNPA 3AIQA 2XG9A 3VGEA 4W5ZA 4AZIA 3AS0A 3AHTA 5D9MA 3AI0A 1FHLA 1W2VA 2G3MA 2WBKA 2ZWZA 2CEQA 2DSVA 1LG2A 1UWSA 2AMGA 4HMCA 3W6LA 2DIEA 2Y8VA 4D1JA 3CPUA 1ZJAA 3FHAA 3MSDA 1XSJA 3ALFA 2XVLA 2DDXA 4PCTA 5JBDA 4U2YA 2A3EA 4NRSA 2YIHA 1HF6A 1U30A 5CSUA 2ZX8A 3WDJA 4AW7A 4CD5A 2J7FA 1VFOA 1J01A 3QR3A 1GQLA 3K8MA 1KB3A 1K9DA 1US2A 2PWGA 4DWSD 4ZFMA 4QCFA 1LG1A 1QVBA 2XIBA 2J7HA 3UERA 1VFUA 2BXZA 4H04A 1OT2A 3PZOA 1E56A 1DTUA 2W5FA 1DWGM 1OM0A 4GQRA 1HP5A 1FH9A 1UWQA 5GNZA 4AZ5A 2UY2A 1W2PA 2EPNA 3BAYA 2Y2WA 2G8ZA 2UY3A 4ACYA 1CXLA 1KR0A 4U3CA 1UD3A 4W88A 4TTGA 4EKJA 3WQVA 4CCCA 4MB3A 1V3JA 4JL2A 4ZXOA 2WPGA 3QHNA 3PZGA 2CIPA 5I6SA 4P7QA 1E6QM 2PI6A 3GH7A 1V0MA 2W66A 1V3HA 3KL0A 3EDDA 4YN5A 1JFHA 1EHNA 2B31A 5CPTA 2ZXBA 1W9XA 4GI6A 2VVSA 3OGRA 1HVQA 1W91A 5E9AA 2HVMA 1D3CA 1MQRA 4IISA 1VEMA 1W1TA 1GOIA 1DP0A 3VIFA 3W27A 2A3CA 2XSAA 3T0BA 3U57A 1XD1A 4GZIA 4PMYA 3LPFA 3K1DA 1UD8A 3EMZA 3FXYA 3MUAA 4UFIA 2ZUUA 2ZUNA 5C8BB 3WD4A 1H09A 5A3HA 3DYOA 3J7HA 3UESA 3FN9A 1JZ8A 1FP8A 1UYQA 2WKLA 3MANA 3WDHA 4ZE4A 5LA1A 1G9HA 3N12A 4QDMA 1CLVA 1W9BM 3UR8A 5M03A 4J3UA 4FLRA 3PZNA 4XB3A 3DYMA 1E0XA 2FGZA 1CXHA 3B8SA 1CPUA 4RE2A 4GO8A 1I1XA 5A2CA 1MW2A 4D1IA 1OCQA 3WELA 3IANA 4E8CA 3WN6A 3U7BA 4UQ9A 3AOFA 4PEEA 1GOKA 4XUYA 1HP4A 3RPMA 5A2BA 3TTSA 4JIEA 8CGTA 2WMGA 3WUBA 4QLLA 4MDPA 4UQAA 2E8YA 2WCSA 1LQ0A 3K4DA 2A3BA 4H2CA 3N1AA 1VFMA 1GOOA 3WNKA 4BZYA 5C71A 1E6PA 1E6SM 3AIUA 3W24A 2GJRA 1E6XM 3WENA 1JI1A 3VDBA 1E55A 1YHTA 1TA3A 1H0GA 5GPRA 1ZB5A 2WKGA 6CGTA 3ARQA 2FHFA 4QCEA 3KL3A 4CU8A 1O6IA 2J7DA 3RM4A 2E9BA 4W86A 2Z1KA 1VBRA 1QI0A 2NT1A 2PC8A 5I23A 3VX1A 1HKIA 1E0WA 1QBAA 3NIYA 3VO0A 1GORA 5JBFA 1M53A 2NSXA 2BVYA 3VGFA 1K9TA 3MUZ1 1FFRA 1E71M 1JFXA 2G3NA 3OZPA 1GOQA 4PMQA 1GOMA 2EXOA 2ZOXA 4Z2HA 3LMYA 4JFSA 1HJUA 1BF2A 4E8DA 4CVWA 4W85A 1AVAA 1B31A 2WVVA 1DHKA 3AQUA 1BYCA 2WMJA 1V0LA 2J7CA 3CHCA 2V38A 2EPKX 3GH5A 5DEZA 5CLTA 3AXIA 3NCOA 2V3DA 3WD0A 4GI8A 2BY3A 1M04A 5E0FA 4JCMA 3VD9A 3M6DA 4PSPA 1B30A 1ODUA 4L4PA 2WYSA 4W7WA 4DWSC 1TMQA 3WNNA 1BYAA 3S2CA 4MPKA 1L0PA 5CPQA 4PUEA 2VCCA 2VT0A 2YOCA 3CZEA 4PMOA 1FH8A 4CD8A 1JIBA 1N82A 1CLXA 1H4PA 3PTQA 2PBGA 4HMEA 4HOWA 1FOBA 3WDPP 4AD1A 3SUVA 4AD2A 1VENA 4OZOA 1UUQA 1NOFA 4ZEPA 5BXRA 1K9EA 1R85A 1M7XA 4W87A 4UOZA 2WC4A 3WL1A 1LL7A 2EPOA 4A3HA 5A1AA 1HJSA 2DT0A 1W3LA 5I2UA 4IM4A 4BCEA 1W3HA 4PTMA 2CBIA 5E0CA 1WDSA 2FDMA 2D22A 5A8PA 4H41A 2PWEA 1E6NA 2IXUA 4DUXA 1BG4A 4U5KA 1ISWA 3AHVA 4CD6A 5EFFA 4GI9A 2WHMA 3OLGA 1VAHA 1HJQA 4TXEA 4PUDA 1HJXA 3ARXA 1FA2A 3CH9A 3QHMA 2ZICA 1X6NA 3ARVA 2QPSA 1E4LA 1KGUA 3AYSA 2JIWA 4WSJA 1EIBA 3K4AA 1MFUA 2VRKA 3CZJA 1W32A 4J3VA 3VIPA 3WDQA 1R8LA 4AD3A 4JL1A 1BLIA 2ZX6A 1FFQA 2ZUWA 5IDIA 4JFUA 2DT1A 2VL4A 3ZJ6A 4S3JA 4PRWA 1WKYA 4U31A 2YLLA 4UQEA 1MXGA 3L4UA 2WLYA 2CERA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PBG A;  2XVK A;  1PAM A;  2VR5 A;  4CGT A;  1EDT A;  1OGG A;  1JF5 A;  4ZE5 A;  1B90 A;  3POH A;  4KWU A;  3BMW A;  5AYI A;  5HXM A;  1E43 A;  3PTM A;  5HPO A;  2A3H A;  2CKS A;  1KXH A;  2YJQ A;  5BCA A;  3AHX A;  1BGA A;  2VZT A;  4W5U A;  2IXV A;  4CUC A;  2J4G A;  1GCY A;  5CXP A;  3WEZ A;  1MQP A;  3IK2 A;  1KWK A;  3CGT A;  2WW5 A;  1KGX A;  1W3J A;  4FLS A;  3RIK A;  5ABG A;  5HNN A;  3PTK A;  1E3Z A;  2YDR A;  1W9V A;  4GO9 A;  3N04 A;  1ODZ A;  4F8X A;  4ZEN A;  1BGG A;  3SCU A;  4BQ5 A;  1QW9 A;  5ABF A;  2VX7 A;  1EO5 A;  4D72 A;  2WB5 A;  3BAX A;  4QAW A;  1E70 M;  5I5R A;  1VFF A;  3AIC A;  1JNE A;  1Y7V A;  3NDY A;  2XVG A;  3AFB A;  2VQT A;  4N0R A;  2PBO A;  4V27 A;  1QNO A;  4OIF A;  4HU8 A;  3GZA A;  3A4W A;  1RD6 A;  2X0H A;  2QF8 A;  2ZX5 A;  3T2Q A;  1HN1 A;  1QNS A;  2DIJ A;  4Z2J A;  3T2O A;  1JL8 A;  4DWS A;  1ISX A;  1OT1 A;  1UR8 A;  2ZUV A;  4NI3 A;  4OKD A;  3EMQ A;  4GKL A;  1SR0 A;  2JFE X;  3CUI A;  1KQZ A;  3N11 A;  1GHR A;  2ZXQ A;  3GH4 A;  4MAZ A;  5D4Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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