2RM5A

Glutathione peroxidase-type tryparedoxin peroxidase, oxidized form
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
167
structure length
167
Chain Sequence
GMGSSIFDFEVLDADHKPYNLVQHKGSPLLIYNVASKCGYTKGGYETATTLYNKYKSQGFTVLAFPSNQFGGQEPGNEEEIKEFVCTKFKAEFPIMAKINVNGENAHPLYEYMKKTKPGILATKAIKWNFTSFLIDRDGVPVERFSPGASVKDIEEKLIPLLGSARL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a distinct catalytic mechanism in Trypanosoma brucei tryparedoxin peroxidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutathione peroxidase-like protein
source organism Trypanosoma brucei
molecule tags Oxidoreductase
total genus 38
structure length 167
sequence length 167
ec nomenclature ec 1.11.1.9: Glutathione peroxidase.
pdb deposition date 2007-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2rm5A00
5FWGA 1GRXA 5IOWA 1K0DA 1SK2A 3VPQA 2X8GA 4BWQA 4PQIA 5KEJA 2FWHA 4TR1A 2B5XA 3QDNA 4PUAA 3D5JA 1CQGA 3KGKA 4MMMA 4HOJA 1MDIA 1SL1B 4CW9A 4DSSB 1O8WA 1THOA 2REMA 4ZXGA 5G1LA 1JZOA 3F3QA 4K7IA 5A5KA 5ECRB 3MWHA 1M99A 2LJKA 2F8FA 5LCZA 5DDLA 1EV4A 2AJQB 2VCWA 2RM6A 3KZQA 4Q5RA 4IGJA 2HYXA 1GSEA 5JCWA 3NIVA 1AQWA 3CMIA 5DJMA 3HY2A 1GULA 2H70A 3IC4A 5F07A 3G7IA 5CRHA 3ME7A 1EV9A 1TRVA 3D6IA 3APQA 5ABRA 4KDYA 2J23A 1Q98A 4X43A 1GSFA 2FY6A 2TRXA 3DWVA 1PX7A 5ECIB 3FZ4A 3OR5A 3VI7A 22GSA 1E6BA 2YZHA 2H6XA 3FRCA 5IPGA 2FWFA 1XVQA 1AXDA 4F0BA 2QC7A 3QAGA 5KN2A 4AF2A 2OKAA 2M72A 4E8EA 2CV4A 3TOUA 1OE8A 1W4VA 1EP7A 3ZREA 3IV4A 4RI6A 3VWUA 3M1GA 4MPFA 1ZYEA 4HJ2A 1ACVA 4GSTA 2BTOT 1TRUA 5E59A 2YWOA 2D2ZA 1JFUA 4V2NA 1ABAA 7GSSA 3EMXA 3GYKA 3IAM2 1N8JA 3FZ5A 2I1UA 2L4CA 1DBYA 1BAYA 5G31A 4POBA 4NXIA 2CVDA 1XOBA 3WT1A 16GSA 1DE2A 2WRTA 2RLIA 3UARA 1BX9A 1Y6EA 2ZUPA 3VPTA 2R3XA 3JCML 2TRCP 3PR8A 3F4RA 3CYNA 4XTSA 3GHAA 3QOUA 1JZDA 5H5QA 4JEDA 2JL4A 2PN8A 5EL8A 2HZFA 1PL1A 4XS4A 1VF3A 2HZEA 1WIKA 2E7PA 3D0ZA 2FLSA 2B3SA 5ECOB 5HFGA 3GMFA 5HR1A 5CYYA 1NSWA 4HU9A 3FR6A 2GZYA 2NDOA 4OFTA 3F6FA 3ZFLA 3N9JA 3Q18A 4TR4A 5A4VA 2ALBA 3F0IA 1K0AA 2OJLA 5ECNB 1TI1A 2JSYA 2PUKC 3UVTA 3LYKA 3ZRDA 1AUCA 2VD0A 3VLNA 5G1KA 5EPFA 3CRTA 3LORA 5IMVA 3EINA 2PBJA 3GKNA 3LEFA 1H4OA 2HLSA 4K7NA 2GT5A 2HRNA 6GSXA 4IJ3A 5D9TA 3M9JA 4WF5A 1URMA 3UVHA 4HUAA 3H79A 20GSA 2VL9A 1QXHA 1GWCA 5DAKA 1A8YA 2NPBA 1YY7A 2H0HA 2ES7A 4D73A 3L9SA 5KN1A 2L6CA 4JR4A 2H1AA 3ERGA 4TXOB 1T7PB 3BD2A 1Q4JA 2MBTA 1PMTA 2GZZA 1A24A 1K0OA 1AQXA 2DJ1A 1YEXA 3CTGA 1VF1A 4KUNA 5DALB 3GTUA 2HSYA 3MSZA 4K7OA 2CX3A 2B7KA 1TTZA 5HFKA 3GIXA 4OO4A 3P8WA 4G9HA 4MDCA 1QQ2A 5ECKB 1V9WA 2XHFA 4RUVA 4IP6A 1XWKA 2JSZA 5ECHB 4TR1B 1X9MB 4EDYA 2HNLA 2O8VB 3DKSA 3PH9A 1GSSA 5C00A 4NHWA 5JCUA 3CRUA 3FYGA 4MLYA 13GSA 2V6OA 5CRWA 1PN9A 3F3RA 1OKDA 2VL2A 1F6MC 1FVJA 5D93A 5G5EA 3DIEA 3TKSE 2WZ9A 2WB9A 3ZIJA 1QGVA 1K3YA 4L5LA 2LJRA 2R37A 2O7KA 3HD5A 3IBHA 3WYWA 2A4VA 3KP8A 3HJPA 5CO3A 3IXRA 2GVPA 4IW9A 1GSDA 2JZTA 4N0VA 1SKRB 1HNBA 4IQ1A 1Z9HA 1TRWA 3L9VA 1EGOA 4BA7A 3H8QA 14GSA 4HDEA 4TVEA 2KP2A 1TRSA 2H8LA 2AB6A 4POKA 2IFQA 1WE0A 4Q5NA 3U6VA 2C3NA 2L5LA 2DMMA 1WJKA 2CVBA 1T3BA 3ERWA 3F4TA 2L5OA 3FY7A 3GH6A 2LQQA 2H66A 3C73A 4HS1A 5H5SA 4IBPA 1I9DA 3QCPA 3WGXA 1AAZA 2WDUA 1SK0A 3C1RA 4K2DA 2GSRA 1FB0A 2NVLA 1TKDB 3TUEA 1B48A 1GNEA 2B1LA 4EC0A 5AGYA 5J9BA 2K9FA 4F2IA 3Q6OA 2N5BA 4OFNA 5DBQA 3ISOA 2LS5A 2VCXA 2JZSA 3TRXA 1GUHA 3KD0A 2FWGA 1LJRA 1K3LA 4DEJA 5B8BA 2LRTA 2FA8A 3A2VA 2O89A 3A3TA 4EVMA 5AIVA 4MJAA 4G19A 4FYUA 4WETA 3D22A 2LSTA 1M9AA 4LL4B 4OWYA 1XWBA 2BJXA 1SYRA 1ZCPA 2VL2C 4XRDA 1ZGNA 5C04A 1QFNA 4EO3A 4JRRA 4ZBAA 2NTOA 4WR4A 3UAPA 1DE1A 3J7Yk 4ZL8A 2YWMA 3U5RE 4XS4B 3FHKA 4ZBBA 3M8NA 2HZEB 5J9CA 1PX6A 4F9ZA 4CDOA 2XPEA 5F8BA 11GSA 1A0RP 3E0UA 4F82A 5J41A 2C8UA 5IIZA 5KN0A 4TOPA 2C0GA 1T4ZA 4AGSA 5INYA 2PU9C 2JZRA 4V2LA 1PRXA 2HRFA 3G7YA 5L71A 2ON5A 3KMNA 3J7Yb 1G6YA 2AAWA 2RUFA 2C0FA 2VD1A 3TKRA 3LGCA 5ENUA 2YWNA 4J57E 3WT2A 5HR0A 4TW5A 4EL1A 4WXTA 1S3AA 3NOFA 2G0FA 2TIRA 1SD8A 4NV2A 3GL3A 2M80A 2LUSA 1K3OA 1GH2A 2VO4A 4OMVA 5DAKB 4L5OA 3QMXA 2YWIA 1JZRA 4ZB6A 4D73B 1XW6A 3QAWA 5HQPA 3CSHA 3IHQA 5HR2A 4NPBA 1FHEA 8GSSA 1GLQA 1BQ7A 2MBSA 5G5FA 5E4WA 2ON7A 3IPZA 1RW1A 3NZNA 4TXVA 2GLRA 2H01A 4KSMA 2MYGA 4I6XA 3GTUB 1B9XC 2OBKA 1V58A 3FW2A 5KN3A 3FR9A 2H76A 2VUPA 4N10A 3EYTA 1O81A 2H73A 5COHA 2K18A 4MZBA 4ECIA 4GF0A 4KCEA 3FZ9A 1ERWA 2JU5A 3UIWA 2PVOC 1O7UA 3LQ7A 1K0NA 2CAIA 3ED3A 2GSQA 5FHIA 3LXZA 2O85A 5B7CA 4BVYA 1GUMA 2X8HA 2V41A 1SJIA 4L0UA 5ECLB 4HI7A 2AV4A 4DSRA 4KX4A 4PGTA 2OA7A 1EWXA 1VGLA 2C3TA 2DJ2A 1NHOA 2YANA 2WCIA 2F9SA 1PGTA 1GUKA 4GLTA 4N30A 4TN8A 4IQAA 3GURA 4PNFA 4NAXA 2DJ0A 3KXOA 5IMFA 1ST9A 3F8UA 2H72A 3GN3A 3P2AA 3KM6A 2B1KA 2MMAA 4X0XA 4MF6A 5J4UA 2L4QA 4NHZA 1X5CA 2BMXA 4KDXA 3ZITA 3HHVA 1PL2A 2V6KA 3QPMA 1Z7PA 3H4KA 1XFLA 2GDRA 1AIUA 1T4YA 4KE3A 5ECPB 3UL3A 2CZ2A 3I43A 2DSAA 1ZZYA 4I2TA 3A2WA 4MH2A 1DSBA 3CXGA 2L57A 3KCMA 2IFQB 2V32A 4GTUA 2P0GA 3ZVJD 4NV5A 1ML6A 2A2SA 1OYJA 4OCEA 4O92A 1XW9A 3DYRA 5IM9A 5ELAA 1VRSD 3FZAA 3KH9A 3HA9A 2JADA 1SYXA 2VLVA 3TJGA 1K0BA 2IMIA 2IMEA 4ECCA 2LQOA 3HJMA 4MK3A 4HJMA 4TKYA 5EY6A 5D8IA 2K6VA 4TRXA 1W89A 4L0WA 2AHEA 2DJ3A 3A2XA 3GV1A 3HJOA 3KTBA 1MEKA 4PX1A 3APOA 1ON4A 4FYCA 1HNCA 4HQZA 1ZL9A 3BCIA 4ILFA 4XHMA 3GNJA 3KIJA 4DVCA 4LMWA 5J3RA 3CTFA 5D96A 4PQ1A 4KGIA 5ID2A 2R2JA 2J9HA 4GQCA 3G9BA 2CT6A 2MMNA 1OAZA 1UA5A 4O7HA 2FWEA 4ZB9A 1OC3A 2WULA 4JU5A 6GSSA 3E9JB 3KP9A 2WJUA 3IA1A 1JLWA 1M2AA 4HZ2A 1WOUA 2DBCA 1FO5A 5CRDA 4ZIJA 4IS0A 2XPDA 3VI5A 1TK8B 2PMTA 4MA9A 2VCZA 2V1MA 1A2JA 1LU4A 3GX0A 4XS1A 4ECJA 3HVVA 5DJLA 4KA0A 4YQMA 2ZCTA 3LWAA 1PKWA 2HSHA 1GLPA 4FH8A 1EEJA 1J08A 4ID0A 2I9HA 1R5AA 1RQMA 4L8EA 4ML6A 1KTEA 1OE7A 5IMAA 2H6YA 4BL7A 1M2BA 3FKFA 1C72A 2LKUA 4JE1A 4V1Ag 3QFAC 1MTCA 2KOKA 1TOFA 4KW6A 3UEMA 18GSA 1XVWA 1ZMAA 4V1Ap 4J56E 3D4TA 2VL3A 2YV9A 1X9WB 3GUSA 5D9VA 3L0HA 2IMKA 1I5GA 5F0GA 1HD2A 2VCVA 1QMVA 1YZXA 4RI7A 2DC5A 3IR4A 1XPVA 4EDZA 4GQFA 5F05A 1FG4A 2N5AA 1F2EA 3TKPA 1V98A 4KDUA 3KH7A 5A4UA 2LNTA 3TKSA 2YZUA 1WWJA 4GRFA 1YQ1A 3LJRA 2R5GA 4MP4A 3IRAA 4RQXA 4V2MA 3HZ4A 2E2GA 2WS2A 4I5QA 4OCFA 4MPGA 1R7HA 3RHBA 3VWVA 3HZ8A 19GSA 5JWQB 2YJ7A 3ZLPA 2PPTA 3GKMA 2OE0A 4O5RA 2CQ9A 4WBRD 2F3MA 3GX8A 5CRGA 3TJJA 2C4JA 3EU4A 3WGEA 2VCTA 1M7TA 1GL8A 2C0DA 3IE3A 1BG5A 2VCQA 2B6MA 1MD3A 2FHEA 1A2MA 3TOTA 1XXUA 1M9BA 2L6DA 1B8XA 1XCCA 2HXKA 3QFBC 6GSTA 4J2FA 1XWCA 4MH3A 3ZIVA 3ME8A 17GSA 2VM2A 2FUG2 2IWTA 2LEGA 4GCIA 2B5YA 4K0GA 1XBSA 1S3DA 4KAEA 1ZYQB 3GL5A 4PUFC 3GSSA 10GSA 1EZKA 4AJ6A 2DLXA 1ERTA 1BYEA 5AISA 2V2GA 4I8BA 3TJFA 1THXA 2QKEA 1WPIA 1ZOFA 4MABA 5IOXA 1HQOA 1MDKA 5G30A 3HCZA 5JCGA 1PKZA 4JR6A 4KCAA 1G0TA 2A2RA 4WBJA 2MZCA 2YP6A 1NW2A 3ZZXA 5CAXA 2H30A 4POMA 1OC9A 5IMZA 3IAS2 2KUCA 5IMDA 3CSJA 2H1BA 3O6TA 2CX4A 2EC4A 3TKSC 3GRXA 1B9YC 5IO2A 2WFCA 3TRQA 1M0UA 1WRYA 5ECQB 1Z6NA 4F03A 1SL0B 5ID2B 2GQKA 3KJYA 3D21A 1JHBA 2RUEA 3H93A 1Z5YE 1GNWA 2LTKA 1Z3EA 1TU8A 2IPAA 2OBIA 2B7JA 2VM1A 3DD3A 4MCUA 2GGTA 2LRCA 3WD6A 4MJCA 1YF0A 2P31A 2EIRA 4HZ4A 3AY8A 4FYBA 5LNKe 1UVZA 1J0FA 2VLUA 2K8SA 5D73A 4GXZA 1AC1A 2E0QA 2KHPA 1PA3A 1F37A 4QQ7A 1VF4A 4WF4A 2IIYA 3TGZA 1SENA 3DXBA 4DSQA 1X9SB 3FEUA 2MMZA 5HR3A 1O6JA 2KLXA 1A2LA 1R26A 3UMAA 9GSSA 2X64A 3C71A 3EVIA 5D9WA 1F3AA 4MF7A 4IJIA 3WGDA 4IKHA 1PD21 1R5PA 6GSUA 1GSUA 3TCOA 3F6DA 2EIQA 1YKAA 1KBNA 4ML1A 2KP1A 3F63A 3F9UA 4PNGA 1J9BA 2QGVA 4LLRA 4HQSA 2M46A 4MJBA 3ZTLA 1AW9A 3C1SA 4NMUA 1FAAA 4MF5A 2VIMA 3TB2A 1K0CA 2CA8A 4IP1A 4GWRA 3TJBA 2LRNA 1EGRA 2I3YA 4ULXA 2ZNMA 4AJ7A 1SU9A 1T00A 1TJDA 3DMLA 4TR3A 1XZOA 1RK4A 3O76A 1GTBA 2VAFA 5DCHA 1GTIA 3ZFBA 4GSSA 3RAZA 1KEBA 5CNWA 1O85A 1N2AA 1GSYA 4F0CA 4IELA 1K0MA 5B6NA 3SWLA 4PQHA 5JWOB 1DUGA 2PGTA 1PSQA 1YEPA 1GTUA 3MAKA 3RDWA 3GSTA 5IMCA 2DJJA 2IJYA 4ZBDA 5IPHA 4QL7A 4HEA2 4Z7XA 2X99A 2XBQA 3LG6A 3Q19A 1MD4A 4XS6A 5FT3A 12GSA 1A23A 1SJZA 2PERA 4KH7A 1T1VA 3IDVA 1Y25A 4BWSA 1U6TA 2H1GA 4K6XA 3PINA 3F4SA 4IVFA 2XC2A 4Q5QA 2FGXA 5B8AA 2OACA 3DGQA 1YJ6A 5AN1A 1V2AA 1TI3A 4OFMA 5JWRB 4EF0A 1G7EA 1SD9A 3HVSA 2GQLA 2HE3A 4EE0A 6GSVA 5HFIA 3IK9A 1AQVA 2YN1A 3I69A 1YF1A 2X8CA 1OVNA 5DQSA 3US3A 4FIWA 1OC9B 4ZB8A 2HI7A 3Q74A 2H74A 3KMOA 4XRAA 1MDJA 3HXSA 4MZCA 2VLTA 1TW9A 1KNGA 2CVKA 3L78A 3RPPA 1BJXA 1GP1A 5AIXA 3VWXA 4JBBA 5ECSA 3K8NA 1TK5B 3TJKA 2C80A 2GT6A 1ERUA 1ERVA 1G6WA 3BCKA 3MDKA 2CAQA 3L4NA 4YQUA 4POLA 3M3MA 4OO5A 1U88A 1XWAA 4P3YB 5EVOA 4PXOA 2FD3A 3MNGA 3S9FA 2YPMA 2FA4A 4X1UA 4WKWA 2OADA 4TR0A 5A4WA 3QAVA 2R4VA 5GAPD 3ZMKA 4YAVA 3KEBA 2RM5A 4FO5A 2O87A 3QR6A 1PQNA 2P5QA 3IOSA 5IO0A 1UC7A 1U3IA 3C7MA 4ACSA 1EOHA 2GSTA 3DEXA 2B5EA 3VFIA 1NHYA 5DCGA 1VF2A 4XCSA 4JZQA 3CSIA 3O3TA 1HYUA 1G7OA 4KSOA 4WEYA 1GSQA 1IYHA 2FCHA 1B4PA 2XBIA 1F3BA 3APSA 5GAND 1O8XA 1OKTA 4YH2A 1M2DA 4YQVA 4BPYA 2IL3A 4KNDA 1GTAA 4DSSA 2K8VA 4I97A 4QL9A 2MMOA 1A8LA 5D9XA 5ECMB 2IMFA 3LYPA 2RIIA 4HU7A 3V1WA 1BEDA 5J5NA 1X0RA 3DVWA 2GTUA 1YDKA 3EU3A 2OE1A 2FNOA 1X5DA 4ISDA 3M0FA 1T8EB 4E8HA 3RHCA 3UOMA 1E2YA 4BVXA 3P7XA 2HT9A 2P5RA 3E3EA 4ZL7A 3RBTA 2IMDA 4RQRA 1TU7A 3CBUA 5DQYA 5GSTA 3I9V2 1SL2B 3HYPA 2H0IA 3EC3A 1NM3A 3HVXA 5CREA 2N5FA 2C0EA 3EURA 1USBA 3VK9A 2YJHA 3N5OA 3BBYA 2JACA 3LFLA 3KTLA 2EIOA 2LJAA 2GSSA 2PVQA 3HKRA 4IN0A 3I6AA 3ZYWA 3H1NA 4MJEA 3LSZA 2YV7A 4K1FA 2HFDA 4XIHA 4IHUA 3PGTA 4GSNA 4WR5A 1CQHA 4EUYA 4K0NA 4G2EA 3GKKA 1QK8A 2WGRA 3P90A 1H75A 1LBKA 4K9ZA 1V57A 5IQYA 2QSIA 5DVBA 4OD7A 1QUWA 2OE3A 2H19A 1R4WA 2H75A 3FK8A 3L9UA 4K8MA 1EP8A 1SK1A 2DIZA 1X5EA 1EOGA 4ZL9A 3FR3A 3A5WA 1U87A 2I81A 1TK0B 1IYIA 2I4AA 4ECBA 4N11A 2G2QA 5LD0A 2H71A 1S3CA 3UBLA 3IK7A 3EE2A 2AYTA 3EWLA 1Z6MA 4CHSA 2LV3A 1FVKA 3W6GA 1SKSB 3DVXA 4KB3A 2VOCA 3ZL5A 4YAPA 2F8AA 5H5RA 4I2UA 4EKZA 5ELGA 2H1DA 1XWGA 2YNXA 3R2QA 5B6MA 4O32A 2DJKA 3C8EA 5F06A 3UBKA 3SBCA 1FOVA 6GSYA 3VWWA 4Q5FA 4PURA 3GFKA 2LNSA 2GS3A 3ZMLA 3W8SA 3ERFA 4ZILA 5GSSA 4AJ8A 1YKCA 2IN3A 3TDGA 2C1YA 1WMJA 1FW1A 1OC8A 4G10A 4MZWA 2F51A 3BJ5A 3QD9A 4N0ZA 1O73A 1XOAA 1B4QA 3G7JA 1HNAA 5CP1A 2Z9SA 1XIYA 3DRNA 3GA4A 3D4MA 2H0GA 3ZVJA 4EXJA 1SKWB 3TKQA 1WP0A 1Z7RA 2AUVA 2C3QA 1SJ6A 4LL1B 1JZWA 6GSWA 2E2MA 3TRPA 2GQMA 4H86A 4LA1A 3GKXA 1UN2A 2CZ3A 4LMVA 3RPNA 1U3AA 1TXXA 3M9KA 3EMPA 3HDCA 3LXTA 1ILOA 1V40A 5G2ZA 1TDIA 3W8JA 4NWYA 2GZPA 2YOIA 3UJ1A 2R6KA 4TXOA 2NBSA 2DIYA 3GH9A 2DMLA 2L59A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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