2RM5A

Glutathione peroxidase-type tryparedoxin peroxidase, oxidized form
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
167
structure length
167
Chain Sequence
GMGSSIFDFEVLDADHKPYNLVQHKGSPLLIYNVASKCGYTKGGYETATTLYNKYKSQGFTVLAFPSNQFGGQEPGNEEEIKEFVCTKFKAEFPIMAKINVNGENAHPLYEYMKKTKPGILATKAIKWNFTSFLIDRDGVPVERFSPGASVKDIEEKLIPLLGSARL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a distinct catalytic mechanism in Trypanosoma brucei tryparedoxin peroxidase
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Trypanosoma brucei
molecule keywords Glutathione peroxidase-like protein
total genus 38
structure length 167
sequence length 167
ec nomenclature ec 1.11.1.9: Glutathione peroxidase.
pdb deposition date 2007-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2rm5A00
5G1LA 3ZTLA 4IJ3A 2P5QA 4HU9A 5DCHA 1WMJA 3TKSA 2YP6A 1E6BA 3QCPA 1W4VA 2FHEA 4KDXA 5IQYA 1GSEA 5G1KA 1O73A 1PRXA 2FWFA 4G2EA 2I1UA 4AJ8A 1XXUA 4MA9A 4K1FA 2EIOA 2H19A 1ILOA 2VL9A 4ZB9A 2H73A 5DAKA 2EC4A 2M46A 3VK9A 1Z7PA 2FA8A 3CXGA 4KAEA 1TRUA 4TVEA 3LXZA 2B6MA 2MBSA 1XWBA 2IN3A 3EINA 2C8UA 4EXJA 4PUAA 3LEFA 4JR4A 1EV4A 1M9BA 1TK8B 3MSZA 4MP4A 1AQXA 2L57A 3BOAA 4L8EA 3ZREA 3A2XA 1I5GA 3KTBA 4TW5A 1DBYA 4ECCA 1Q4JA 4YAVA 5J9CA 1NM3A 3ME8A 3DKSA 4F9ZA 3IBHA 4J57E 5B8BA 3EYTA 1EP8A 2JSZA 4V2LA 3KH9A 4V1Ag 1ACVA 2H01A 5A4WA 2LRTA 4DEJA 3EWLA 2O87A 2HXKA 2R37A 1XPVA 1Y25A 1SK0A 1UC7A 4DSQA 2YWOA 3S9FA 5ECRB 5HR1A 3KZQA 1ZMAA 5HFGA 1PD21 1R5PA 5GAPD 4BWSA 4E8HA 2C3QA 1ABAA 2LQQA 1A2MA 4K2DA 2VUPA 3IXRA 3ZVJD 1X9WB 4XS4B 1FVJA 1M2AA 1GRXA 2FGXA 3FHKA 3VFIA 1MDKA 2H6XA 1BX9A 2GQLA 1WIKA 2G0FA 2EIQA 4ZL7A 2NBSA 2GZYA 4MPGA 3HY2A 1O8WA 3DMLA 1X9SB 1UA5A 3GHAA 4RUVA 2LRNA 1M99A 4ZBDA 1BQ7A 3KIJA 3HYPA 1URMA 2HYXA 3CSJA 1TRSA 4IJIA 2CAIA 3ZL5A 3PGTA 4O5RA 3JCML 5D93A 4TXOA 1G6YA 1GUKA 2HSYA 4TN8A 4CDOA 4ZB8A 4K6XA 2QC7A 2YZHA 2DJ3A 1XVQA 5IMDA 1PL2A 1F9MA 3MWHA 5KN3A 1GSDA 1FB0A 2AJQB 4HS1A 1GTBA 2AAWA 3D6IA 1HD2A 5IOWA 2NTOA 1FVKA 1GSYA 1K0CA 4ZL8A 2XBIA 4JR6A 1U6TA 6GSWA 1EEMA 4KA0A 3I43A 3TJJA 3HJPA 2LUSA 4JEDA 2GTUA 4KX4A 3L9UA 5IO2A 2WB9A 2F8AA 1YDKA 2AYTA 1B9XC 3QOUA 1K3OA 1ZZYA 3EMPA 3E3EA 4EUYA 3D0ZA 2B7JA 2H66A 1DSBA 3TRQA 3LYKA 1B4QA 1F2EA 1EZKA 2EIRA 4XS1A 2IMFA 3FK8A 5F8BA 3DVXA 5AN1A 2YCDA 4KGIA 1T4YA 3TKSC 3UVTA 3KH7A 5KEJA 3LSZA 4GCIA 1SL0B 3RDWA 2KP1A 5B7CA 3TJGA 1PN9A 22GSA 4PUFC 1K0AA 1YQ1A 1XWKA 1YJ6A 1PGTA 1THXA 4EO3A 1UVZA 5ECIB 2I3YA 2R6KA 3L9VA 3M9JA 5C04A 3HD5A 1FOVA 1IYHA 5ID2A 1KEBA 4NMUA 1FB6A 1YY7A 4CHSA 4K0GA 1Q98A 4F03A 3FEUA 4IVFA 2IWTA 1PSQA 1O85A 1TU7A 6GSTA 1WRYA 3LYPA 1J0FA 1K0DA 6GSUA 1BAYA 1K0NA 2LS5A 1M2BA 5CAXA 2K8SA 1BEDA 20GSA 2H0HA 1EEJA 3HZ4A 1V2AA 4OCFA 2CX4A 2AB6A 3RPNA 2L5LA 2BMXA 4OFTA 2LV3A 5AIVA 3GA4A 1H75A 4TR1B 5AISA 2H6YA 4KE3A 1O7UA 1QQ2A 3F6FA 4TRXA 3IK7A 3TCOA 3GYKA 4MF7A 2GZZA 1S3AA 1T3BA 2LRCA 1R5AA 5ECLB 2FD3A 2GSQA 4ZB6A 1FO5A 5ECHB 4BPYA 3C73A 1WJKA 4WXTA 3UL3A 2YWMA 1SK1A 4IGJA 1M9AA 5G31A 2P31A 2R5GA 3C1SA 2LEGA 2GVPA 2D2ZA 3IAS2 3M0FA 4MDCA 1T8EB 2LJRA 4EF0A 2F9SA 4ILFA 1ST9A 4L0WA 4K8MA 3D22A 2C4JA 5KN0A 3M9KA 2HI7A 4RQXA 4LL1B 4HQZA 5IO0A 5A4VA 5ECQB 1TTZA 2VL3A 3IA1A 2VM1A 4J56E 3SBCA 2HSHA 2C3NA 4Q5QA 1GSUA 4HZ2A 3ZMKA 4GSSA 1AUCA 3GL5A 2X8GA 2RUFA 1GLPA 4D73B 5IMAA 1MTCA 2H1DA 4KDUA 2H1BA 2FWEA 1TK0B 3EC3A 2H8LA 3ZVJA 2E2MA 2L59A 1KBNA 1XIYA 2X64A 4TR3A 2DIYA 4WEYA 2VCTA 2YV7A 2DSAA 3NOFA 3C8EA 4X43A 3IV4A 1CQGA 3ERFA 1TI3A 3HA9A 2DMMA 4NWYA 1GNWA 2CX3A 2G2QA 5IMZA 2DJKA 1Z5YE 2VAFA 3IE3A 5H5QA 4JBBA 2QKEA 2VCWA 2A4VA 4OCEA 3FKFA 1J08A 2H70A 4FH8A 2C3TA 14GSA 3FZ9A 2LJKA 3L78A 4RI7A 2LSTA 2JACA 4BVYA 3APSA 1QK8A 3HJMA 1HQOA 3P8WA 1GTAA 2CVDA 1K3YA 4MH2A 1ZGNA 3R2QA 4RQRA 4XS4A 2WRTA 1FW1A 1A8LA 2M72A 2I9HA 1MD3A 1XFLA 4TR0A 3J7Yb 2YWIA 1A23A 4BVXA 2V1MA 3ISOA 3IRAA 7GSSA 5DALB 2F8FA 1X5EA 2BTOT 3N9JA 4H86A 3GRXA 4POLA 2KLXA 3GKNA 1GUHA 1K0BA 3KXOA 1QXHA 1NSWA 5JCUA 1Z9HA 3ERGA 2CA8A 3BBYA 3UMAA 5D8IA 2WJUA 2IFQA 2OKAA 5ELAA 2VIMA 2DBCA 3LGCA 1HNCA 2I4AA 1AW9A 4ZIJA 4DSSB 5JWOB 3NIVA 2WULA 4GF0A 4K7NA 2RM6A 3IDVA 1PKZA 1H4OA 4XRAA 4EVMA 1F37A 3NZNA 1HNBA 1GSFA 4WBRD 3QFAC 5ELGA 5ABRA 2BJXA 1TW9A 3GX8A 2O7KA 3M1GA 5GSTA 3DD3A 5GSSA 9GSSA 1PKWA 3Q6OA 5GZZB 4I6XA 3ZMLA 3UAPA 3APQA 3GMFA 3Q19A 2VLVA 1HNAA 1SU9A 2HZEB 3D4MA 3BCKA 3D21A 1K0OA 1SKWB 1JZWA 2JZRA 5H5RA 1C72A 4K7IA 2C0EA 2CZ2A 2FY6A 1SJ6A 3ZITA 5B8AA 3VWXA 2JSYA 4XCSA 4OWYA 3TOUA 19GSA 4V1Ap 5HQPA 2LKUA 2XBQA 3G9BA 3UVHA 1RW1A 3VWUA 2K9FA 1MEKA 1T4ZA 3PINA 1AAZA 3MNGA 4HEA2 2MMNA 4ULXA 3RBTA 3F6DA 5J41A 1SKSB 5ECPB 3APOA 4PNFA 5HFIA 3ZLPA 2N5BA 2HT9A 4OO4A 4LMWA 1XWGA 3F3RA 4IBPA 4N0VA 3VI5A 1ON4A 2XC2A 1V58A 5CRGA 2C0DA 3GL3A 2X8HA 4ECBA 3RHCA 8GSSA 1OVNA 3DEXA 1YEPA 1NHYA 5D9XA 2DC5A 3GX0A 5J9BA 1A8YA 3EMXA 3Q18A 4KW6A 3HDCA 3O76A 1GSQA 4HI7A 3QR6A 3GTUB 3IK9A 1VGLA 1DE1A 1TI1A 1XZOA 1DUGA 4ZBAA 3FY7A 3TKPA 5J3RA 2WZ9A 2QSIA 1SKRB 1KTEA 2C1YA 3EU3A 1QFNA 1GULA 4IN0A 13GSA 4Z7XA 17GSA 3CTGA 3ZRDA 4PNGA 5CO3A 5INYA 5E4WA 3BD2A 1V9WA 3H79A 1YEXA 4HJMA 1OKTA 1T00A 4F82A 3UIWA 4TR1A 1WOUA 3GH9A 4MJBA 3F8UA 4O7HA 4V2MA 2H0IA 2HNLA 1R26A 1A0RP 1JFUA 5KN1A 4GWRA 3GFKA 5G2ZA 3W6GA 2TIRA 2NPBA 3GSTA 4ML1A 4G10A 2O8VB 3I69A 4F2IA 2FNOA 3CSHA 3EURA 1X0RA 5DQSA 3FYGA 3FRCA 5IIZA 1CQHA 2V2GA 6GSYA 2YJHA 3F4TA 1A2JA 1KNGA 3GUSA 1WPIA 1V57A 4DSRA 3P7XA 2ZUPA 2DJ2A 2WFCA 2AHEA 18GSA 2A2SA 3EVIA 3GURA 5AIXA 1EGRA 3A3TA 2H0GA 3IPZA 2CZ3A 4ZL9A 1ERWA 2WDUA 3TUEA 1JHBA 2J23A 1ZCPA 4X1UA 3H93A 5G5FA 4FYBA 2L6CA 4ZXGA 1EWXA 4N0ZA 2GSSA 3CYNA 3UBKA 2P0GA 4GXZA 1SK2A 4D73A 1EV9A 2R3XA 2GGTA 5ECNB 1ZOFA 1F3AA 3UOMA 4K0NA 4XHMA 5EPFA 2TRCP 3CBUA 4MJEA 5A4UA 2JADA 5D9WA 4V2NA 1TJDA 2RLIA 3C7MA 4PQHA 2JL4A 1SJZA 2GZPA 2MYGA 3FR3A 4LA1A 1U3IA 3QAGA 2V41A 1B9YC 4FYUA 1XW9A 5EL8A 4XS6A 3DRNA 4MMMA 1QUWA 2KP2A 11GSA 1OC8A 3ZFBA 2VCZA 4KDYA 1Z3EA 2REMA 2YPMA 4ECIA 3HVSA 4POBA 1W89A 3G7YA 2RIIA 1JLWA 2OACA 2RUEA 3GH6A 1UN2A 2PN8A 3F9UA 1X5DA 3IHQA 4ML6A 4Q5NA 2YNXA 2H74A 4JU5A 4OFNA 4F0CA 3CRUA 3O3TA 4WETA 4GSNA 1X9MB 1AIUA 1A2LA 2L5OA 3WGDA 3M3MA 3FZ4A 4JZQA 3QAVA 5FT3A 5DALA 4EKZA 4AJ6A 4HQSA 3IR4A 1EP7A 3EU4A 2X8CA 2F51A 1G6WA 1SL2B 1ERTA 2H76A 3LXTA 2H71A 3RHBA 3U5RE 3HXSA 1U87A 2GSRA 2PUKC 4QL7A 4NHZA 2LTKA 1ML6A 4HJ2A 4L5OA 2VD0A 1I9DA 1SYXA 2PU9C 1GSSA 2OBIA 1O8XA 3TB2A 2O89A 3WYWA 2IJYA 4KCAA 2YJ7A 2VLTA 4IHUA 4DSSA 2LJAA 2HRFA 2GDRA 12GSA 3LG6A 2R4VA 1PX6A 4GQFA 5LD0A 4K9ZA 4MLYA 4EC0A 2CT6A 3DYRA 4IW9A 3F4SA 1YZXA 4MF5A 3F4RA 5EVOA 4GSTA 2JU5A 3KMOA 4ZILA 4PQ1A 2WCIA 3PR8A 2HZEA 1O81A 1IYIA 4PXOA 2AV4A 1PMTA 6GSXA 1OC9B 3FZ5A 3W8JA 2YWNA 3WT1A 1M0UA 4YQMA 2K6VA 5IPGA 4NHWA 2VD1A 5ECSA 3KP8A 2KUCA 1GWCA 1OKDA 1TP9A 2CV4A 3KJYA 5ID2B 2XPDA 3TRXA 5FWGA 3FW2A 5JWQB 3HCZA 3D4TA 1JZDA 1F6MC 2ON7A 2VL2A 1OAZA 3GNJA 2R2JA 4O92A 2YOIA 2OE1A 4WR4A 2B5EA 5DCGA 2MMOA 4IELA 1MDIA 10GSA 2MBTA 4IS0A 3UARA 4I8BA 5CRHA 3I6AA 4Q5FA 5G30A 4BWQA 2HRNA 3RAZA 5CYYA 2H1AA 2VLUA 2H6ZA 4DVCA 2HZFA 5D9TA 3CTFA 1RK4A 1XWAA 4FYCA 2C0GA 3D5JA 4I2TA 1A0FA 3GSSA 4NV2A 1M2DA 4X0XA 1GUMA 2OBKA 1J9BA 3ZIJA 1VRSD 2CQ9A 5D96A 4KB3A 3WD6A 3DXBA 3QDNA 2OE0A 5ECKB 3LWAA 3CSIA 2YZUA 1Z6NA 2NVLA 4KUNA 2A2RA 2N5AA 3KTLA 4F0BA 2I81A 5COHA 5ECMB 3Q74A 1XBSA 2L4QA 3VPTA 5IPHA 3C1RA 3KEBA 2NDOA 1YKCA 1N8JA 2GT6A 4LLRA 4FIWA 1HYUA 3FZAA 3L4NA 5DJMA 2K8VA 2VCVA 1R4WA 1B4PA 3UEMA 5A5KA 2B1LA 2KOKA 4KCEA 2MZCA 3GKKA 3PH9A 5HR3A 2MMAA 4P3YB 2PVOC 4BL7A 5H5SA 3QAWA 4BA7A 2XHFA 2LQOA 3GIXA 4GQCA 2V6KA 1SJIA 4GLTA 1THOA 2GSTA 1U3AA 4JE1A 2HE3A 1FG4A 2VO4A 4TKYA 2H72A 3VPQA 4RI6A 3VWWA 5CP1A 1A24A 3BCIA 3LORA 4MCUA 3KGKA 1FAAA 1TOFA 2KHPA 3P2AA 4HUAA 1OE8A 2IIYA 1ZL9A 2JZTA 1SENA 4ID0A 4WR5A 1WWJA 3TKSE 1USBA 3KP9A 4WF5A 2XPEA 3TJBA 2J9HA 3DGQA 2WS2A 3WGEA 3KMNA 4KH7A 3MAKA 1EOHA 2GT5A 4YH2A 2JZSA 1AXDA 1PQNA 2H30A 3J7Yk 3GN3A 3O6TA 1LBKA 1TRVA 1SL1B 5E59A 2WGRA 4JRRA 1SD8A 1Z7RA 1EOGA 4MJAA 1ERVA 1XCCA 4POMA 4POKA 4WBJA 3W8SA 3QPMA 3WGXA 1XOAA 5IMCA 3F3QA 3TOTA 3OR5A 3TKQA 4KSOA 3CMIA 1YF1A 1ZYEA 1LJRA 4HU7A 4HDEA 4EDYA 4L5LA 4ACSA 3ZYWA 1AC1A 4AF2A 2DJ1A 3GV1A 3IC4A 2FCHA 3RPPA 4KNDA 1GP1A 4OFMA 5J5NA 4XIHA 4IKHA 1TKDB 2E0QA 2F3MA 3AY8A 3L9SA 3M8NA 2PGTA 1TU8A 1Y6EA 2IFQB 2ON5A 1G7OA 1EGOA 5ENUA 5CNWA 4MZBA 2VCXA 5DAKB 5B6NA 2HLSA 6GSVA 3N5OA 2VL2C 2LNSA 4IP1A 5GAND 16GSA 2FA4A 3KD0A 3HHVA 4I2UA 2OADA 2B1KA 3HJOA 4OO5A 3GKXA 3ME7A 2OE3A 4NPBA 3KM6A 4Q5RA 1VF1A 1U88A 6GSSA 5IOXA 1XVWA 5CRWA 1TXXA 4E8EA 1G7EA 1YF0A 2ALBA 3LFLA 3QFBC 4PX1A 2GLRA 2IL3A 4EL1A 4MK3A 1OE7A 1VF2A 2FUG2 1XWCA 2L4CA 3WT2A 3HKRA 3VI7A 3VWVA 3QMXA 4I5QA 1JZOA 3TDGA 2OJLA 4EDZA 1O6JA 5EY6A 2TRXA 1X5CA 4OMVA 2B5XA 1BJXA 4AJ7A 3HVVA 5ECOB 5CRDA 1DE2A 2CAQA 1AQVA 3CRTA 3H1NA 2DJJA 1Z6MA 2IPAA 5L71A 2ZNMA 3US3A 1SD9A 3E9JB 2DLXA 3GKMA 4N10A 3A5WA 2K18A 2N5FA 2MMZA 2V6OA 3UBLA 1YKAA 2P5RA 5JWRB 1MD4A 1OC3A 1OC9A 4K7OA 4N30A 4EE0A 3QD9A 1S3DA 3G7IA 4J2FA 3ED3A 3DVWA 5F05A 3G7JA 4YAPA 2CVBA 4G19A 1SYRA 3TGZA 4IP6A 1V98A 2OA7A 3EE2A 3HZ8A 4YQUA 1N2AA 1T1VA 4TXVA 4HZ4A 1ERUA 1GH2A 5D73A 5J4UA 4MABA 2ES7A 3TJFA 1WP0A 5DBQA 5G5EA 1V40A 3DIEA 4N11A 4NAXA 4WKWA 5JCGA 4GTUA 4MJCA 4TXOB 4PGTA 3K8NA 5DJLA 4MH3A 3FR9A 3ZFLA 4QQ7A 2IMEA 2PERA 1BG5A 2VOCA 2AUVA 4WF4A 4HOJA 3TJKA 1AQWA 1VF3A 2IMDA 4NV5A 5D9VA 4PURA 3P90A 5LCZA 3V1WA 1GTIA 5FHIA 2YV9A 2O85A 4MF6A 1RQMA 1XW6A 1JZRA 4IQAA 5F06A 1T7PB 1XW5A 2ZCTA 4GRFA 2PWJA 2E2GA 1TK5B 1B48A 4CW9A 1ZYQB 1K3LA 1B8XA 2M80A 4O32A 4AGSA 4IQ1A 4PQIA 2DMLA 4XRDA 1R7HA 5DQYA 5IMFA 1MDJA 1S3CA 3A2WA 2IMKA 1XOBA 3IAM2 5C00A 3C71A 4LL4B 2YN1A 2C0FA 1NW2A 2X99A 1FHEA 5CREA 3ZZXA 1GNEA 4TOPA 3IOSA 1PA3A 3TRPA 3VLNA 3L0HA 1G0TA 1PX7A 2FWGA 1GLQA 3F63A 2PPTA 3MDKA 2GQKA 2H75A 3ZIVA 4ECJA 2GQMA 2H1GA 3BJ5A 1NHOA 3VURA 2B7KA 3SWLA 5IMVA 3A2VA 5LNKe 2IMIA 4FO5A 2FWHA 1K0MA 2QGVA 2Z9SA 5HFKA 2YANA 3F0IA 2PVQA 3KCMA 3LQ7A 4YQVA 5JCWA 1LU4A 1WE0A 5F0GA 5KN2A 1QGVA 5HR0A 2LNTA 3LJRA 1TDIA 4OD7A 2B3SA 2C80A 5DVBA 1PL1A 2FLSA 1QMVA 3TKRA 5B6MA 3ERWA 4ZBBA 1OYJA 3E0UA 2RM5A 5F07A 1JLVA 3HVXA 5DDLA 3UJ1A 3FR6A 5HR2A 3H4KA 4QL9A 2B5YA 4LMVA 2V32A 4MZCA 4KSMA 1GL8A 1E2YA 2GS3A 2CVKA 4XTSA 3I9V2 4TR4A 2PMTA 1F3BA 2DIZA 3GTUA 2DJ0A 3H8QA 1BYEA 1M7TA 4ISDA 4I97A 5AGYA 3U6VA 2HFDA 2E7PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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